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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
La resa quantistica della fotoisomerizzazione è una proprietà fotofisica fondamentale che dovrebbe essere determinata con precisione nello studio dei fotointerruttori di nuova concezione. Qui, descriviamo una serie di procedure per misurare la resa quantistica di fotoisomerazione di un idratone fotocromatico come un fotointerruttore bistabile modello.
Le molecole organiche fotointercabilizzate che subiscono trasformazioni strutturali guidate dalla luce sono componenti chiave per costruire sistemi molecolari adattivi e sono utilizzate in un'ampia varietà di applicazioni. Nella maggior parte degli studi che impiegano fotointerruttori, diverse importanti proprietà fotofisiche come le lunghezze d'onda massime di assorbimento ed emissione, il coefficiente di attenuazione molare, la durata della fluorescenza e la resa quantistica della fotoisomerizzazione sono attentamente determinate per studiare i loro stati elettronici e processi di transizione. Tuttavia, la misurazione della resa quantistica di fotoisomerizzazione, l'efficienza della fotoisomerizzazione rispetto ai fotoni assorbiti, in un tipico ambiente di laboratorio è spesso complicata e soggetta a errori perché richiede l'implementazione di rigorose misure spettroscopiche e calcoli basati su un metodo di integrazione appropriato. Questo articolo introduce una serie di procedure per misurare la resa quantistica di fotoisomerazione di un fotointerruttore bistabile utilizzando un idrazzone fotocromatico. Prevediamo che questo articolo sarà una guida utile per l'indagine dei fotointerruttori babili che sono sempre più in fase di sviluppo.
Le molecole organiche fotocromatiche hanno attirato una notevole attenzione in una vasta gamma di discipline scientifiche poiché la luce è uno stimolo unico che può allontanare un sistema dal suo equilibrio termodinamico in modo non invasivo1. L'irradiazione della luce con energie appropriate consente la modulazione strutturale di fotointerruttori con elevata precisione spaziotemporale 2,3,4. Grazie a questi vantaggi, sono stati sviluppati e utilizzati vari tipi di fotointerruttori basati sull'isomerizzazione configurazionale dei doppi legami (ad esempio, stilbene, azobenzeni, imine, fumaramidi, tioindigos) e sull'apertura/chiusura dell'anello (ad esempio, spiropirani, ditienilteni, fulgidi, addotti Stenhouse donatore-accettore). Le applicazioni rappresentative dei fotointerruttori coinvolgono materiali fotocromatici, somministrazione di farmaci, recettori e canali commutabili, informazioni o accumulo di energia e macchine molecolari 5,6,7,8,9,10,11,12. Nella maggior parte degli studi che presentano fotointerruttori di nuova progettazione, le loro proprietà fotofisiche come λmax di assorbimento ed emissione, coefficiente di attenuazione molare (ε), durata di fluorescenza e resa quantistica di fotoisomerizzazione sono caratterizzate in modo approfondito. L'indagine di tali proprietà fornisce informazioni chiave sugli stati elettronici e le transizioni che sono cruciali per comprendere le proprietà ottiche e il meccanismo di isomerizzazione.
Tuttavia, la misurazione accurata della resa quantistica di fotoisomerizzazione - il numero di eventi di fotoisomerizzazione che si sono verificati diviso per il numero di fotoni alla lunghezza d'onda di irradiazione assorbita dal reagente - è spesso complicata in un tipico ambiente di laboratorio a causa di diversi motivi. La determinazione della resa quantistica di fotoisomerizzazione è generalmente ottenuta monitorando l'avanzamento della reazione e misurando il numero di fotoni assorbiti durante l'irradiazione. La preoccupazione principale è che la quantità di assorbimento di fotoni per unità di tempo cambia progressivamente perché l'assorbimento totale da parte della soluzione cambia nel tempo man mano che la reazione fotochimica procede. Pertanto, il numero di reagenti consumati per unità di tempo dipende dalla sezione temporale in cui viene misurato durante l'irradiazione. Pertanto, si è obbligati a stimare la resa quantistica di fotoisomerizzazione che è definita in modo differenziale.
Un problema più fastidioso sorge quando sia il reagente che il fotoprodotto assorbono la luce alla lunghezza d'onda dell'irradiazione. In questo caso, l'isomerizzazione fotochimica avviene in entrambe le direzioni (cioè una reazione fotoreversibile). I due rendimenti quantistici indipendenti per le reazioni avanti e indietro non possono essere ottenuti direttamente dalla velocità di reazione osservata. Anche l'intensità della luce imprecisa è una causa comune di errore. Ad esempio, l'invecchiamento del bulbo cambia gradualmente la sua intensità; l'irraggiamento della lampada ad arco allo xeno a 400 nm diminuisce del 30% dopo 1000 ore di funzionamento14. La diffusione della luce non collimata rende l'irraggiamento incidente effettivo significativamente inferiore alla potenza nominale della sorgente. Pertanto, è fondamentale quantificare con precisione il flusso di fotoni efficace. Da notare, il rilassamento termico della forma metastabile a temperatura ambiente dovrebbe essere sufficientemente piccolo da essere ignorato.
Questo documento introduce una serie di procedure per determinare la resa quantistica di fotoisomerazione di un fotointerruttore bistabile. Un certo numero di fotointerruttori di idrazone sviluppati dal gruppo di Aprahamian, il team di ricerca pioniere nel campo, sono stati sotto i riflettori grazie alla loro fotoisomeria selettiva e alla notevole stabilità dei loro isomeri metastabili 15,16,17. I loro fotointerruttori dell'idrazone comprendono due anelli aromatici uniti da un gruppo di idrazone e il legame C = N subisce un'isomerizzazione selettiva E / Z dopo irradiazione a lunghezze d'onda appropriate (Figura 1). Sono stati incorporati con successo come componenti mobili di sistemi molecolari dinamici 18,19,20,21. In questo lavoro, abbiamo preparato un nuovo derivato dell'idrazone che porta gruppi ammidici e ne abbiamo studiato le proprietà di fotointerruttoria per la determinazione della resa quantistica della fotoisomerizzazione.
1. Acquisizione dello spettro NMR 1H allo stato fotostazionario (PSS)
2. Spettroscopia di assorbimento UV-Vis al PSS
(1)
(2)3. Studi cinetici sul rilassamento termico
(3)
(M) = la concentrazione di 1-E allo stato iniziale;
(M) = la concentrazione di 1-E all'equilibrio termodinamico ad una temperatura specifica; k (s-1) = la costante di velocità del rilassamento termico a una temperatura specifica; t (s) = il tempo di riscaldamento.
ed eseguire un adattamento lineare secondo l'equazione di Arrhenius (Eq (4)) per estrapolare la costante di velocità a temperatura ambiente (Figura 7).
(4)
(5)
(6)
(7)
(J·mol-1) = l'energia di Gibbs di attivazione per il rilassamento termico; k1 (s-1) = la costante di velocità di rilassamento termico stimata alla temperatura elevata; k2 (s-1) = la velocità costante di rilassamento termico a temperatura ambiente (298,15 K); T1 (K) = la temperatura assoluta alla quale si ottiene k1 ; (K) = temperatura ambiente (298,15 K).4. Attinometria ferriossalato
NOTA: Tutte le procedure per l'actinometria ferriossalato devono essere eseguite al buio o >600 nm per prevenire l'influenza della luce ambientale.
(8)
(9)5. Determinazione della resa quantistica di fotoisomerizzazione
(10)
(11)
; V(L) = il volume del campione; I (mol·s-1) = il flusso di fotoni molari che arriva alla cuvetta; l (cm) = la lunghezza del percorso ottico; t1, t2 (s) = i due punti temporali consecutivi di irradiazione; F(t1), F(t2) = i fattori fotocinetici al tempo t1 e t2, rispettivamente; Aobs,t1, Aobs,t2, Aobs,∞ = le assorbanze a lunghezza d'onda specifica al tempo, t1 e t2 a PSS, rispettivamente.
(12)
(13)
,
(M-1 cm-1) = i coefficienti di attenuazione molare di 1-Z e 1-E alla lunghezza d'onda dell'irradiazione;
,
(M) = le concentrazioni di 1-Z e 1-E a PSS, rispettivamente; Ctot (M) = la concentrazione totale di 1.Dopo irradiazione di 1 in un tubo NMR con luce 436 nm (Z:E = 54:46 nello stato iniziale), la proporzione di 1-E aumenta a causa dell'isomerizzazione dominante Z-to-E del legame idrazone C=N (Figura 1). Il rapporto isomerico può essere facilmente ottenuto dalle intensità relative del segnale di isomeri distinti nello spettro NMR 1H (Figura 2). Dopo 5 giorni di irradiazione a 436 nm, il campione raggiunge PSS contenente il 92% di 1-E. L'irradiazione prolungata è necessaria per raggiungere PSS a causa dell'elevata concentrazione del campione (10 mM) e della debole intensità della sorgente luminosa. La successiva irradiazione a 340 nm induce l'isomerizzazione E-to-Z, raggiungendo PSS contenente l'82% di 1-Z dopo 3 giorni di irradiazione.
È necessario un tempo di irradiazione più breve per raggiungere PSS nell'esperimento di spettroscopia UV-Vis (10 h e 4 h per l'irradiazione a 436 e 340 nm, rispettivamente) a causa della minore concentrazione del campione (10 μM). Poiché è difficile isolare gli isomeri puri mediante cromatografia o ottenerli mediante fotoisomerizzazione, gli spettri di assorbimento UV-Vis di 1 nei PSS vengono utilizzati per dedurre gli spettri di assorbimento dei puri 1-Z e 1-E (Figura 4). La lunghezza d'onda del massimo assorbimento (λmax, 398 nm per 1-Z e 375 nm per 1-E) e il coefficiente di attenuazione molare (ε) possono essere ottenuti dagli spettri dedotti. Gli spettri UV-Vis degli isomeri puri suggeriscono che la fotoisomerizzazione incompleta è attribuita al processo fotochimico inverso, cioè alla sovrapposizione della banda di assorbimento alle lunghezze d'onda di irradiazione.
Per determinare la resa quantistica di fotoisomerazione, vengono prima studiati il tasso di rilassamento termico e l'effettivo flusso di fotoni molari. Poiché l'isomero metastabile 1-E è altamente stabile a temperatura ambiente, l'isomerizzazione E-to-Z guidata termicamente viene monitorata a temperature elevate (da 131 a 143 °C) utilizzando la spettroscopia NMR da 1H e vengono stimate le costanti di rilassamento del tasso di primo ordine (Figura 6). Le costanti di velocità ottenute a temperature diverse vengono quindi tracciate rispetto alla temperatura reciproca e adattate linearmente usando l'equazione di Arrhenius (Eq (4)) (Figura 7). Il tasso di rilassamento termico ((2,2 ± 0,5) × 10-10 s-1) e l'emivita di 1-E (101 ± 24 anni) a temperatura ambiente possono quindi essere estrapolati. Pertanto, è sicuro ignorare l'effetto del rilassamento termico nel processo di fotoisomerizzazione a temperatura ambiente. Si può anche usare l'equazione di Eyring riorganizzata (Eq (6)) mostrata nel passo 3.11 per stimare l'emivita se è disponibile una sola costante di velocità.
Per la determinazione del flusso effettivo di fotoni molari nella configurazione di irradiazione, la frazione di luce assorbita dalla soluzione di ferriossalato (f) deve essere misurata con precisione (Figura 8). Sebbene in questo protocollo venga utilizzata una soluzione di ferriossalato da 0,006 M, si raccomanda una soluzione di 0,15 M se si utilizza la luce >440 nm per l'irradiazione a causa della bassa assorbanza25. Una volta misurata la f , la soluzione di ferriossalato viene sottoposta all'esperimento di fotoriduzione. Dopo l'irradiazione, il ferriossalato viene ridotto a uno ione ferroso (Fe2+) che viene successivamente coordinato da tre ligandi fenantrolina per formare il complesso [Fe(phen)3]2+ . Il grado di fotoriduzione può quindi essere ottenuto misurando l'assorbimento del complesso [Fe(phen)3]2+ (Figura 9). Il flusso effettivo di fotoni molari può essere calcolato dal noto coefficiente di attenuazione molare del complesso [Fe(phen)3]2+ e dalla resa quantistica della fotoriduzione alla lunghezza d'onda di irradiazione. Il potere di irradiazione della sorgente luminosa utilizzata in questo esperimento è sufficiente per calcolare il flusso di fotoni molari senza diluizione del campione irradiato. Se l'assorbanza del campione irradiato è superiore a 1, il campione di ferriossalato deve essere diluito dopo l'irradiazione.
Una volta ottenuti il flusso di fotoni molari effettivi e i coefficienti di attenuazione molare degli isomeri puri, è ora possibile determinare la resa quantistica della fotoisomerizzazione. La fotoisomerizzazione di 1 viene effettuata utilizzando la stessa configurazione di irradiazione dell'esperimento di actinometria e monitorata mediante spettroscopia UV-Vis. Poiché l'isomerizzazione fotochimica è reversibile alle lunghezze d'onda dell'irradiazione, i rendimenti quantistici individuali per le reazioni avanti e indietro sono impigliati nella velocità di reazione complessiva e non possono essere determinati direttamente. È quindi necessario calcolare prima la resa pseudo quantistica (Q) alla lunghezza d'onda di irradiazione da cui vengono estratti successivamente i singoli rendimenti quantistici. La resa pseudo quantistica è definita da Eq (14), che permette l'espressione dei due passi lineari dipendenti con un Eq lineare indipendente (15) (Informazioni supplementari).
(14)
(15)
Usando Eq (15), la resa pseudo quantistica può essere ottenuta dal tempo totale di assorbanza e irradiazione osservato in cui viene misurata (Eq. (15) nelle Informazioni supplementari). F(t), il cosiddetto fattore fotocinetico, è una variabile dipendente dal tempo che non può essere integrata direttamente quando sia 1-Z che 1-E assorbono la luce alla lunghezza d'onda dell'irradiazione. Quando l'intervallo di irradiazione tra il tempo t1 e t2 è breve, l'integrazione di F(t) dal tempo t1 a t2 è approssimata a (t2 - t1) {F(t1) + F(t2)}/2 per dare Eq (11) (passo 5.7 ed Eq. (27) nelle Informazioni supplementari ). I valori medi della pseudo resa quantistica calcolata sono 43,0 ± 4,6 M-1 cm-1 a 436 nm e 405,6 ± 20,3 M-1 cm-1 a 340 nm (Tabella 1).
(11)
La relazione numerica tra ΦZ→E e ΦE→Z è ottenuta in base al rapporto isomerico a PSS (Eq. (23) nelle informazioni supplementari) e, infine, i rendimenti quantistici individuali possono essere determinati usando Eq (12) ed Eq (13) (passo 5.9).
(12)
(13)
I rendimenti quantistici di fotoisomerizzazione unidirezionale stimati sono ΦZ→E = 1,3 ± 0,1%, ΦE→Z = 0,6 ± 0,1% sotto 436 nm di irradiazione e ΦZ→E = 2,0 ± 0,1%, ΦE→Z = 4,6 ± 0,2% sotto 340 nm di irradiazione.

Figura 1: Isomerizzazione E/Z dell'interruttore idrazzone 1 indotta dalla luce e dal calore. I due isomeri 1-Z e 1-E si interconvertono per fotoirradiazione a diverse lunghezze d'onda. Metastable 1-E può rilassarsi termicamente a 1-Z. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: SpettriNMR 1 H di 1 (A) prima e dopo l'irradiazione a (B) 436 nm o (C) 340 nm per raggiungere PSSs in DMSO-d 6 a 298,15 K. Le composizioni PSS a 436 e 340 nm sono costituite rispettivamente dall'8 e dall'82% di 1-Z. Abbreviazione: PSSs = stati fotostazionari. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Una configurazione sperimentale per la fotoisomerizzazione e l'actinometria ferriossalato. La soluzione campione in una cuvetta viene posta 1 cm davanti alla lampada ad arco Xe dotata di un filtro passa-banda. Abbreviazione: d = distanza. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Spettri di assorbimento UV-Vis di 1 (1 × 10-5 M in DMSO). Le linee continue blu e rosse indicano spettri di assorbimento di 1 nelle PSS sotto l'irradiazione a 436 e 340 nm, rispettivamente. Le linee tratteggiate blu e rosse indicano spettri di assorbimento dedotti di 1-E e 1-Z puri, rispettivamente. Abbreviazione: PSSs = stati fotostazionari. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 5: Una configurazione sperimentale per il monitoraggio del processo di rilassamento termico. Un circolatore a bagno di riscaldamento viene utilizzato per mantenere costante la temperatura durante il riscaldamento del campione. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 6: Grafico della concentrazione di 1-E rispetto al tempo di riscaldamento in DMSO-d 6 a temperature diverse. Le costanti di velocità di rilassamento termico a diverse temperature sono ottenute dalle trame. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 7: Grafico arrhenius dell'isomerizzazione termica da E a Z di 1 in DMSO-d 6. L'estrapolazione dell'adattamento lineare suggerisce che l'emivita termica di 1-E a temperatura ambiente è di 101 ± 24 anni. Abbreviazioni: k = la costante di velocità del rilassamento termico; T = temperatura. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 8: La frazione di luce assorbita da 0,006 M di ferriossalato in soluzione acquosa H2SO4 da 0,05 M. Le frazioni misurate di luce assorbita alle lunghezze d'onda della fotoirradiazione sono utilizzate nell'actinometria ferriossalato. Abbreviazione: f = frazione di luce assorbita. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 9: Differenze di assorbanza tra i campioni di ferriossalato irradiati (linea blu: irradiato a 436 nm, linea rossa: irradiato a 340 nm) e non irradiato. La differenza di assorbanza a 510 nm (ΔA510) e il valore noto del coefficiente di attenuazione molare del complesso [Fe(phen)3]2+ (ε510 = 11100 M-1 cm-1) sono usati per calcolare il flusso di fotoni molari. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 10: Spettri UV-Vis monitorati dopo l'irradiazione. Irradiazione con irraggiamento (A) 436 nm e (B) 340 nm. Grafici dell'assorbanza a 398 nm (λmax dell'1-Z puro) durante l'irradiazione a (C) 436 nm e (D) 340 nm rispetto al tempo. I valori medi della resa pseudo quantistica sono ottenuti utilizzando i primi dieci punti dati in C e D. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Tabella 1: Rendimenti pseudo quantistici stimati e rendimenti quantistici di fotoisomerizzazione unidirezionale sotto le lunghezze d'onda di irradiazione. Fare clic qui per scaricare questa tabella.
Informazioni supplementari: Una guida per l'utente per scegliere una procedura appropriata per determinare la resa quantistica di fotoisomerizzazione di un interruttore bistabile e la caratterizzazione del composto 1. Fare clic qui per scaricare questo file.
Gli autori non dichiarano conflitti di interesse.
La resa quantistica della fotoisomerizzazione è una proprietà fotofisica fondamentale che dovrebbe essere determinata con precisione nello studio dei fotointerruttori di nuova concezione. Qui, descriviamo una serie di procedure per misurare la resa quantistica di fotoisomerazione di un idratone fotocromatico come un fotointerruttore bistabile modello.
Questo lavoro è stato supportato dalle borse di ricerca dell'Università Chung-Ang nel 2019 e dalla National Research Foundation of Korea (NRF-2020R1C1C1011134).
| 1,10-fenantrolina | Sigma-Aldrich | 131377-2.5G | |
| Filtro passa-banda 340 nm, diametro 25 mm, 10 nm FWHM | Edmund Optics | #65-129 | |
| Filtro passa-banda 436 nm, diametro 25 mm, 10 nm FWHM | Edmund Optics | #65-138 | |
| Acetato di sodio anidro | Alfa aesar | A13184.30 | |
| Dimetilsolfossido | Samchun | D1138 | Grado HPLC |
| Dimetilsolfossido-d6 | Sigma-Aldrich | 151874-25g | |
| Gemini 2000; spettrometro NMR 300 MHz | Varian | ||
| H2SO4 | Duksan | 235 | |
| Bagno di riscaldamento | JeioTech | CW-05G | |
| MestReNova 14.1.1 | Mestrelab Research S.L., https://mestrelab.com/ | ||
| Tubo NMR in quarzo naturale | Norell | S-5-200-QTZ-7 | |
| Ferrossalato di potassio triidrato | Alfa aesar | 31124.06 | |
| Cella di assorbimento al quarzo | Hellma | HE.110.QS10 | |
| Spettrofotometro UV-VIS | Scinco | S-3100 | |
| Lampada ad arco allo xeno | Thorlabs | SLS205 | L'adattatore in fibra è stato rimosso |