L'approccio ChroP Combina ChIP e Spettrometria di Massa a sezionare Locus-specifiche proteomica Paesaggi della cromatina

L'obiettivo generale di questa procedura è quello di caratterizzare la composizione proteomica di domini cromatinici funzionalmente distinti al fine di comprendere come i diversi elementi sinergizzano per determinare lo stato trascrizionale. Otto. Ciò si ottiene preparando prima i nuclei da cellule in coltura e digerendo la cromatina in frammenti di lunghezza ottimale attraverso mezzi enzimatici o meccanici. Il secondo passo consiste nel purificare un dominio funzionale distinto dalla cromatina di massa mediante immunoprecipitazione utilizzando anticorpi esca contro una modificazione post-traduzionale dell'istone o una proteina nota per marcare specificamente la regione di interesse.

Successivamente, le proteine della cromatina immunopurificate vengono separate mediante SDS page e digerite in ingel prima della spettrometria di massa. La fase successiva è l'analisi della spettrometria di massa con cromatografia liquida su uno strumento ad alta risoluzione. Infine, i dati grezzi della spettrometria di massa vengono analizzati da un software ad hoc, seguito da un'ispezione manuale degli spettri per identificare e quantificare le modificazioni istoniche e le proteine di arricchimento del coen basate rispettivamente sul calcolo dell'abbondanza relativa nel materiale immuno precipitato rispetto all'input o sul rapporto SLAC e esperimenti di competizione utilizzando peptidi solubili come concorrente dell'esca Attraverso la coltura, Possiamo ottenere informazioni sulle interazioni tra il modello di modifica dell'istografia e la varianza e raggiungere quelle specifiche regioni della cromatina e l'interac nucleare reclutato da esse, che agiscono tutte in modo concertato.