Name: Automatizzata Modular High Throughput Screening esopolisaccaride piattaforma Accoppiato con altamente sensibile Analisi Carboidrati impronte digitali (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-04-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 2 s
Description: Scopri un metodo automatizzato modulare per lo screening ad alto rendimento di esopolisaccaridi microbici con analisi delle impronte digitali dei carboidrati. Questa tecnica accelera la ricerca sui polimeri batterici.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Ringraziamo sinceramente Thomas Howe e Jörg Carsten per la programmazione e il supporto tecnico con i sistemi di gestione dei liquidi.

<ol><li>Milani, J., Maleki, G. Ch. 2, Hydrocolloids in Food Industry. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMilani%2C+J+%22Food+Industrial+Processes+-+Methods+and+Equipment%22">Food Industrial Processes - Methods and Equipment</a>. Valdez, B. 2, InTech. (2012).</li>
<li>Thibodeau, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protecting+the+skin+from+environmental+stresses+with+an+exopolysaccharide+formulation%5BTitle%5D)+AND+%22Cosmet+Toiletries%22%5BJournal%5D)">Protecting the skin from environmental stresses with an exopolysaccharide formulation.</a> Cosmet Toiletries. 120 (12), 81-90 (2005).</li>
<li>Prajapati, V. D., Jani, G. K., Zala, B. S., Khutliwala, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+insight+into+the+emerging+exopolysaccharide+gellan+gum+as+a+novel+polymer%5BTitle%5D)+AND+%22Carbohydr+Polym%22%5BJournal%5D)">An insight into the emerging exopolysaccharide gellan gum as a novel polymer.</a> Carbohydr Polym. 93 (2), 670-678 (2013).</li>
<li>Schmidt, W., Brouwers, H. J. H., Kuehne, H. C., Meng, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+working+mechanism+of+starch+and+diutan+gum+in+cementitious+and+limestone+dispersions+in+presence+of+polycarboxylate+ether+superplasticizers%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Rheol%22%5BJournal%5D)">The working mechanism of starch and diutan gum in cementitious and limestone dispersions in presence of polycarboxylate ether superplasticizers.</a> Appl. Rheol. 23 (5), 52903(2013).</li>
<li>Srinivasan, R. Natural Polysaccharides as Treatment Agents for Wastewater. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSrinivasan%2C+R+%22Green+Materials+for+Sustainable+Water+Remediation+and+Treatment%22">Green Materials for Sustainable Water Remediation and Treatment</a>. , The Royal Society of Chemistry. 51-81 (2013).</li>
<li>Rühmann, B., Schmid, J., Sieber, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+throughput+exopolysaccharide+screening+platform%3A+From+strain+cultivation+to+monosaccharide+composition+and+carbohydrate+fingerprinting+in+one+day%5BTitle%5D)+AND+%22Carbohydr+Polym%22%5BJournal%5D)">High throughput exopolysaccharide screening platform: From strain cultivation to monosaccharide composition and carbohydrate fingerprinting in one day.</a> Carbohydr Polym. 122, 212-220 (2015).</li>
<li>Ortega-Morales, B. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+extracellular+polymers+synthesized+by+tropical+intertidal+biofilm+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Characterization of extracellular polymers synthesized by tropical intertidal biofilm bacteria.</a> J Appl Microbiol. 102 (1), 254-264 (2007).</li>
<li>Xu, R., Ma, S., Wang, Y., Liu, L., Li, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Screening+identification+and+statistic+optimization+of+a+novel+exopolysaccharide+producing+Lactobacillus+paracasei+HCT%5BTitle%5D)+AND+%22Afr.+J.+Microbiol.+Res%22%5BJournal%5D)">Screening identification and statistic optimization of a novel exopolysaccharide producing Lactobacillus paracasei HCT.</a> Afr. J. Microbiol. Res. 4 (9), 783-795 (2010).</li>
<li>Dubois, M., Gilles, K. A., Hamilton, J. K., Rebers, P. A., Smith, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Colorimetric+method+for+determination+of+sugars+and+related+substances%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Colorimetric method for determination of sugars and related substances.</a> Anal. Chem. 28 (3), 350-356 (1956).</li>
<li>Masuko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbohydrate+analysis+by+a+phenol-sulfuric+acid+method+in+microplate+format%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Carbohydrate analysis by a phenol-sulfuric acid method in microplate format.</a> Anal Biochem. 339 (1), 69-72 (2005).</li>
<li>Geater, C. W., Fehr, W. R., Wilson, L. A., Robyt, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+more+rapid+method+of+total+sugar+analysis+for+soybean+seed%5BTitle%5D)+AND+%22Crop+Sci%22%5BJournal%5D)">A more rapid method of total sugar analysis for soybean seed.</a> Crop Sci. 41 (1), 250-252 (2001).</li>
<li>Sutherland, I. W. Ch 16, Microbial Exopolysaccharides. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSutherland%2C+IW+%22Polysaccharides+Structural+Diversity+and+Functional+Versatility%22">Polysaccharides Structural Diversity and Functional Versatility</a>. Dumitriu, S. , Marcel Dekker. 431-457 (2005).</li>
<li>Wingender, J., Neu, T. R., Flemming, H. C. What are Bacterial Extracellular Polymeric Substances?. Microbial extracellular polymeric substances: characterization, structure and function. Wingender, J., Neu, T. R., Flemming, H. C. , Springer. 258(1999).</li>
<li>Rühmann, B., Schmid, J., Sieber, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+carbohydrate+analysis+via+liquid+chromatography+coupled+with+ultra+violet+and+electrospray+ionization+ion+trap+detection+in+96-well+format%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">Fast carbohydrate analysis via liquid chromatography coupled with ultra violet and electrospray ionization ion trap detection in 96-well format.</a> J. Chromatogr. A. 1350, 44-50 (2014).</li>
</ol>

Non abbiamo nulla da rivelare.

Rilevamento polisaccaride con il metodo del fenolo-solforico-acido: diversi monosaccaridi mostrano diversi massimi di assorbimento e coefficienti di estinzione molare utilizzando questo metodo 9. Ciò si traduce in diversi massimi di assorbimento dei polimeri, che contengono molti zuccheri in quantità differenti. Le diverse lunghezze d&#39;onda massimi di assorbimento per 16 diversi polimeri disponibili in commercio sono riportati in Tabella 5. I polimeri sono stati sciolti (1 g / l) in DDH 2 O, agitazione (150 rpm) per una notte e misurata con l&#39;acido metodo fenolo-solforico . gum Diutan ha mostrato la massimi di assorbimento più basso a 470 nm e l&#39;acido ialuronico scleroglucano e il più alto a 484 nm. Sulla base di questi risultati 480 nm è stato scelto per questa piattaforma screening. L&#39;assorbanza relativa dei polimeri è stata calcolata sulla base della assorbanza ottenuto con 1 g / L di glucosio (impostato come 100%). I risultati più bassi sono stati ottenuti con scleroglucano e succinoglycan, entrambi con 92%. Questo è stato expette perché scleroglucano contiene solo glucosio e succinoglycan contiene glucosio e galattosio in un rapporto di 7: 1. Entrambi i polimeri commerciali hanno differenti perdite di essiccazione e contenuto di ceneri differenti, questo è il motivo per cui non è stato raggiunto il valore teorico di ~ 110%. Xylan ha mostrato la più alta assorbanza relativa con 311%. La ragione di questo è l&#39;elevato coefficiente di estinzione molare ottenuto da xilosio causa della forma furanosica più dominante. Ad un livello di 0,1 g / L di glucosio è stato raggiunto il limite di quantificazione, così come il limite di rilevamento ad una concentrazione &lt;0,05 g / L. Tuttavia, il limite di rivelazione per i ceppi positivi screening è superiore a 0,7 g / L e di conseguenza, il saggio ha mostrato una buona prestazione. Al fine di ottenere risultati affidabili, glucosio rimanente dopo gel-filtrazione è stata determinata con glucosio-test e questo valore è stato sottratto dal valore dal metodo fenolo-solforico-acido. Automatizzata di diluizione di glucosio-test: le prestazionidella determinazione del glucosio dopo coltivazione (diluizione 1: 100) è stata studiata. Per questo, 10 pl di surnatante sono stati trasferiti a 990 ml di DDH 2 O in un piatto pozzo profondo e mescolati con dieci volte aspirare e dispensare 180 microlitri di questa diluizione. Il secondo passo fondamentale è stata la corretta dispensazione di soli 5 un&#39;aliquota microlitri per la diluizione 1:10 dal glucosio-test dopo il gel-filtrazione. Per generare la diluizione 25 ml di DDH 2 O trasferiti con un microlitri punta 50 prima, successiva 20 ml di DDH 2 O e 5 microlitri gel filtrato sono stati aspirati insieme. Ciò garantisce una migliore rimozione della parte aliquota 5 microlitri dalla punta. Entrambi i passaggi di diluizione sono stati verificati con i vari standard di glucosio attraverso una glucosio-test. I risultati di due concentrazioni esemplari sono riportati nella Tabella 6 Il 1:. 100 diluizione per la determinazione del tenore di glucosio dopo coltivazione mostrato alta precisione per entrambi gli standard con un CV &amp; #60; 1,2%. Allo stesso tempo, la precisione per lo standard elevato era fino a 11.6 (errore%). Tuttavia, questo è trascurabile la determinazione del glucosio rappresenta solo il tenore di glucosio rimanente dopo coltivazione e di conseguenza, non è importante per la rilevazione del polimero. La diluizione 1:10 per il glucosio rimane dopo gel-filtrazione ha mostrato risultati molto affidabili, con un CV &lt;1,4% e una precisione &lt;errore 2,1%. Esame di evaporazione: La proiezione richiede 3,5 ore dal primo passo per la prima glucosio-test. Al fine di scoprire, se questo lasso di tempo ha un influsso su storage MTP non ridotti, 50 ml di standard di calibrazione di glucosio-test sono stati conservati con e senza copertura per 3,5 ore nel carosello robot. Nell&#39;intervallo di calibrazione (da 45 a 4,5 mg / L) la concentrazione del campione difficilmente aumentato. Un aumento - causata dall&#39;evaporazione - era al di sotto del 2,1% e solo per le due concentrazioni più basse (1,8 e 0,9 mg / L) ha raggiunto fino a 12,4% ( <strong&gt; Tabella 7). Gel-filtrazione: Elevate quantità di glucosio non metabolizzato disturbano la determinazione quantitativa di glucosio dal polimero idrolizzato. Pertanto, una fase gel-filtrazione è stato richiesto di rimuovere il glucosio rimane dopo la coltivazione. Inoltre, il gel-filtrazione purifica il polimero contenente supernatante da sali e composti monomerici carboidrati, diverse da quelle di glucosio, per minimizzare lo sfondo analitico nell&#39;analisi monomero. Nella fase gel filtrazione 35 ml di filtrato sono stati collocati al centro del pozzo. Per la convalida della robustezza del gel filtrazione nel sistema automatizzato, otto standard di calibrazione da 0,045 fino a 9 g / L di glucosio sono stati filtrati (n = 8). Il glucosio di ogni concentrazione è stata sempre ridotta di oltre il 95% del valore iniziale (Tabella 8). In tal modo, il gel-filtrazione mostrato ottimi risultati per diverse concentrazioni di glucosio. Inoltre, il rimanente glucosio dopo gel-filtration stata determinata anche con glucosio-test e sottratto dalla determinazione di fenolo-solforico-acido per ricevere la corretta quantità di glucosio equivalente per il polimero idrolizzato. Piruvato-assay: Prima di tutto, è stato esaminato se l&#39;neutralizzato e diluito (1,10) TFA-matrice dallo stadio di idrolisi interferisce con la reazione enzimatica. Pertanto, il dosaggio completo è stato eseguito due volte, una volta con e una volta senza matrice e ha mostrato risultati affidabili. Infine, il contenuto piruvato di 16 polimeri disponibili in commercio è stata misurata con successo ed è mostrata in Figura 3. E &#39;generalmente noto che su quei 16 polimeri solo succinoglycan e xanthan contengono naturalmente piruvato. Con la nostra piruvato-saggio di entrambi questi polimeri sono stati identificati correttamente. In scleroglucano, gomma welan e xylan piruvato è stata anche rilevata in quantità significative. In generale, la capacità del metodo è stato convalidato e la piruvato-assay showed un rendimento elevato. Essa ha dimostrato di essere in grado di rilevare piruvato in diversi polimeri dopo idrolisi. impronte digitali Carboidrati: Dopo aver eseguito tutti i moduli di analisi di screening automatizzato, potenziali produttori EPS sono stati selezionati per l&#39;analisi dei carboidrati delle impronte digitali. Per questo, sono stati applicati diversi criteri: 1) l&#39;osservazione positiva della viscosità dopo centrifugazione e / o dopo la filtrazione. 2) Precipitazione prima e dopo la filtrazione. fibre osservato e fiocchi sono stati valutati come positivi. 3) il valore equivalente di glucosio dal metodo fenolo-solforico-acido. Valori&gt; 700 mg / L sono stati classificati come positivi e valori tra 300 e 700 mg / l sono stati classificati come produttori EPS putativi. Quando due o tre criteri sono stati valutati come positivi, i ceppi sono stati selezionati per ulteriore analisi fingerprint carboidrati. I criteri possono essere personalizzati verso l&#39;obiettivo individuale dello screening EPS (ad esempio EPS a bassa viscosità). Il nostro approccio volto a trovare efficient EPS produttori. Durante la ricerca di ceppi che producono solo piccole quantità di EPS limite valutazione del glucosio equivalente deve essere ridotta. vantaggio tecnico e applicazioni future: Una caratteristica interessante di questo protocollo è il carattere modulare dei passi e dei diversi moduli di analisi. Essi possono essere combinati in vari modi, adattato alle esigenze individuali e nuovi moduli possono essere facilmente implementati. Inoltre, i moduli di analisi possono essere utilizzati separatamente, per esempio il modulo di idrolisi in combinazione con il modulo HT-PMP-derivatizzazione è in grado di eseguire una analisi della composizione monomerica da diverse soluzioni polimeriche (1 g / L) in formato a 96 pozzetti. Per i laboratori senza avere accesso ad un sistema di gestione dei liquidi lo screening completo può essere gestito manualmente senza alcuna modifica al regime di dispensazione. Tuttavia, utilizzando un sistema di gestione dei liquidi aumenta la velocità fino a 768 ceppi (invece di 192 ceppi se Screened manualmente) al giorno. Il protocollo descritto qui è capace di screening per generi diversi e quindi, per lo screening di grandi collezioni di deformazione per identificare nuovi produttori EPS e analizzare l&#39;impronta digitale di carboidrati in un unico approccio (Figura 4). Inoltre, uno screening mirato per polisaccaridi contenenti zuccheri rare come fucosio, acidi uronici o anche zuccheri sconosciuti può essere eseguito tramite la dettagliata analisi monosaccaride. Inoltre, diverse combinazioni di zucchero in rapporti definiti possono essere rilevati. In questo modo la semplice identificazione di varianti strutturalmente correlate di EPS già noti e di nuovi EPS.

esopolisaccaridi microbici (EPS) sono un gruppo strutturalmente molto diversi di polimeri che soddisfano diverse funzioni biologiche. Di solito sono costruite delle unità di ripetizione complesse, che si distinguono per i diversi tipi di monomeri (zuccheri, derivati ​​da zucchero, acidi zucchero), i legami tra questi monomeri e le loro sostituzioni. La diversità strutturale di polisaccaridi microbici conferisce caratteristiche piuttosto diverse per i membri di questa classe molecola, che permette la loro applicazione in diversi settori, come il cibo 1, cosmetici 2,3, la costruzione della chimica 4 o il trattamento delle acque 5. Per estendere ulteriormente il campo di applicazione di questi bio-based e tali polimeri sostenibili all&#39;identificazione di nuovi polisaccaridi microbici naturali e l&#39;ingegnerizzazione di varianti strutturali rappresenta approcci promettenti. In entrambi i casi, un metodo di screening rapido è richiesta per la scansione rapidamente un gran numero di ceppi microbici per theiR formazione polisaccaride, e di analizzare i loro prodotti. Pertanto, abbiamo recentemente sviluppato una piattaforma HT-proiezione 96 pozzetti per l&#39;analisi della produzione polisaccaride microbica da isolati naturali o varianti di deformazione ingegnerizzati che comprende l&#39;identificazione della composizione monomerica 6. Applicando questa piattaforma per un primo giro proiezione di ~ 500 isolati naturali ha permesso di identificare solo circa 10 al 20% dei ceppi isolati da poter produrre EPS (dati non mostrati). Ciò significa che il 80-90% dei ceppi analizzati non ha prodotto EPS alle condizioni applicate, e quindi un&#39;ulteriore analisi dettagliata delle impronte carboidrati non era necessario. Poiché questo altamente complesse di identificazione della composizione monomerica è un processo che richiede tempo, in particolare per l&#39;analisi dei dati, un metodo di pre-screening veloce per identificare i ceppi positivi nella produzione EPS, sarebbe aumentare drasticamente l&#39;efficienza. Inoltre, i reagenti,materiali di consumo e tempo di misura a UHPLC-UV-ESI-MS sarebbero ridotti. Inoltre, i diversi moduli analitici, se da un lato rendere il metodo altamente affidabile, sono invece complicando la movimentazione manuale di più di due piastre a 96 pozzetti in parallelo, e come tale limitare la potenzialità del metodo. Per queste ragioni, abbiamo deciso di sviluppare una piattaforma di screening automatizzato. Pertanto, abbiamo combinato il formato modulare della tecnica carboidrati impronte esistente con un metodo di rilevamento rapido completamente automatizzato del tenore totale di zucchero, sulla base della misurazione di assorbanza. Il metodo fenolo-solforico-acido rappresenta ancora il metodo di scelta per la rapida determinazione del contenuto totale di carboidrati di batteriche e vegetali polisaccaridi 7,8. Questo metodo è stato descritto da Dubois et al. 9 e adattato per diverse applicazioni e dimensioni del campione, anche per piccole dimensioni in piastre da 96 pozzetti 10,11. il pheMetodo nol-solforico-acido misura il contenuto totale di carboidrati di un valore, summating tutto monomerica, oligomerica e carboidrati polimerici dei campioni. Tenendo conto di tali aspetti, la scelta di un mezzo di coltura adatto è essenziale applicare questo metodo. mezzi complessi contenenti oligomerica o composti di carboidrati polimerici come estratto di lievito potrebbero portare a un contenuto di polimero modificato e, pertanto, devono rigorosamente essere evitati. Inoltre, elevate quantità di zuccheri sono utilizzati come C-source per la coltivazione dei ceppi. Alti livelli di carboidrati rimanenti dal processo di coltivazione potrebbero interferire negativamente con la misurazione del contenuto di EPS. Pertanto, si consiglia l&#39;uso di zuccheri definiti e puri. Nei nostri esperimenti abbiamo usato il glucosio per la coltivazione delle cellule. Il glucosio rimane dopo la coltivazione è stata ridotta mediante un gel-filtrazione e fissata mediante un glucosio-test. Infine, il glucosio equivalentes dei polisaccaridi sono stati calcolati sottraendo glucosio rimanente dopo il gel-filtrazione dal contenuto totale di carboidrati che era stata rilevata con il metodo del fenolo-solforico-acido. Gel-filtrazione e glucosio-test in combinazione con il metodo di fenolo-solforico-acido assicurano risultati affidabili e sono in grado di essere il primo sistema di rilevamento, completamente automatizzato. Due nuovi moduli analitici sono stati inclusi nella piattaforma di screening automatizzato per aumentare la quantità di informazioni dal sistema EPS rilevamento: la precipitazione e l&#39;osservazione di un aumento della viscosità. Molti diversi EPS - ad esempio succinoglycan, xantano e del colon acido 12 - sono segnalati per essere modificato con un non-carboidrati piruvato chetale su posizioni di zucchero C4 e C6. Tali chetali piruvato (proprio come esteri succinil mezzo e acidi uronici) contribuiscono alla natura polianionica e quindi, al prope fisicaproprietā del polimero interagendo con ponti catione bivalente 13. Al fine di identificare quei polimeri particolari determinazione del piruvato è stato stabilito come un altro modulo analitico aggiuntivo. Questo aumenta le informazioni sui sostituenti polisaccaridi e le loro potenziali proprietà macroscopiche. Combinando tutti i moduli consente l&#39;identificazione di diverse EPS e una determinazione rapida ed efficiente dei produttori EPS. Con questo approccio la piattaforma di screening potrebbe essere diviso in due parti principali (Figura 1). Entro la proiezione automatica (parte I) il flusso di lavoro avviene completamente automatizzato (Tabella 1) per preselezionare rapidamente le EPS ceppi produttori. L&#39;analisi carboidrati impronte digitali (parte II) determina quantitativamente la composizione monomerica del EPS prodotti dai ceppi preselezionati. In tal modo, l&#39;analisi dei dati è stato minimizzato per ottimizzare lo screening di grandi collezioni di deformazione. Questooffre la possibilità di analizzare 384 ceppi in una sola corsa di screening automatizzato e con due piste che sono possibili al giorno di 768 ceppi al giorno. Inoltre, l&#39;analisi dei carboidrati fingerprint fornisce una panoramica ancora più dettagliata di tutti i EPS identificati. Ciò consente l&#39;analisi diretta e l&#39;identificazione di solo leggermente diverse varianti EPS o completamente nuovi rispetto alle strutture chimiche già descritte di EPS.

<table><tbody><tr><td>Piastra a pozzetti profondi a 96 pozzetti da 2,0 ml (DWP)</td><td>Greiner Bio-One</td><td>780271</td><td>Main-culture (CP da 1-1 a 1-4), piastre di equilibratura per la filtrazione su gel (CP 1-6, 1-7, 2-6 e 2-7), diluizione 1:100 per il saggio del glucosio (da CP 4-1 a 4-4) contenente 990&nbsp; &micro; l di ddH2O</td></tr><tr><td>Pellicola sigillante traspirante</td><td>Axygen</td><td>BF-400-S</td> Film <td>di incubazione per pre- e main-coltura</td></tr><tr><td>DWP Pellicola sigillante in alluminio</td><td>Axygen</td><td>PCR-AS-200-80</td> <td>&deg; C pellicola di stoccaggio per piastre in glicerolo</td></tr><tr><td>MCA96 Nested Disposable Tips 200 &micro; l</td><td>TECAN</td><td>30038619</td><td>Posizione del piano di lavoro (WTP da 2-1 a 2-4)</td></tr><tr><td>A/B vetro-filtro-piastra 1&nbsp; &micro; m</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 8031</td><td>Conservato su piastra di raccolta (CP da 2-1 a 2-4)</td></tr><tr><td>Piastra di microtitolazione a 96 pozzetti V-Bottom</td><td>Greiner Bio-One</td><td>651201</td><td>Piastra di raccolta per piastra di filtrazione (CP da 2-1 a 2-4)</td></tr><tr><td>SpinColumn G-25 a 96 pozzetti</td><td>Harvard Apparatus</td><td>74-5612</td><td>Conservato su DWP di lavaggio (CP 1-6, 1-7, 2-6 e 2-7)</td></tr><tr><td>Piastra di microtitolazione a 96 pozzetti V-Bottom</td><td>Nunc</td><td>249944</td><td>Piastra di raccolta per piastra di filtrazione in gel (CP da 3-1 a 3-4)</td></tr><tr><td>Puntali monouso nidificati SBS 50 & micro; l punte</td><td>TECAN</td><td>30038609</td><td>Posizione del carosello (CP 4-6, 4-7 e da 5-1 a 5-6)</td></tr><tr><td>Tramite 250 ml</td><td>di Axygen</td><td>Res-SW96-HP</td><td>Water WTP 1-1, Miscela di reagenti per il dosaggio del glucosio WPT 1-2, tampone acetato di ammonio pH 5,6 (CP 5-7)</td></tr><tr><td>Piastra per microtitolazione a 96 pozzetti F-Bottom (MTP)</td><td>Greiner Bio-One</td><td>655101</td><td>precipitazione 1 (CP da 6-1 a 6-4), valore del pH (CP da 7-1 a 7-4), precipitazione 2 (da CP 8-1 a 8-4), metodo dell'acido fenolsolforico (da CP 8-5 a 8-8), saggio del glucosio (da CP 9-1 a 9-9), piastre fittizie (WTP 3-1, 3-2)</td></tr><tr><td>96 pozzetti con tappo in silicone</td><td>Whatmann</td><td>7704-0105</td><td>Tappetino di copertura per MTP</td></tr><tr><td>200 &micro; l. puntali per pipette</td><td>Sarstedt</td><td>70.760.002</td><td>Per la movimentazione manuale</td></tr><tr><td>di 1.000 &; micro; l puntali per pipette</td><td>Sarstedt</td><td>70.762</td><td>Per la manipolazione manuale</td></tr> di <tr><td>piastre per micro titolazione PCR a 96 pozzetti&nbsp;</td><td>Marca</td><td>781350</td><td>Idrolisi, derivatizzazione</td></tr><tr><td>PMP TPE (elastomero termoplastico) cap mat&nbsp;</td><td>Marca</td><td>781405</td><td>Idrolisi, derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Piastra filtrante 0,2&nbsp; &micro; m Supor</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 8019</td><td>Filtrazione di campioni per analisi UHPLC-ESI-MS con una piastra di raccolta MTP</td></tr><tr><td>Puntali per pipette LHS 5-300&nbsp; &micro; l</td><td>Marca</td><td>732150</td><td>Marca Sistema LHS</td></tr><tr><td>Glucosio ossidasi&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G2133</td><td>Dosaggio del glucosio</td></tr><tr><td>Perossidasi di rafano&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P6782</td><td>Saggio del glucosio, saggio del piruvato</td></tr><tr><td>DA-64 (N-(Carbossimetilamminocarbonil)-4.4'-bis(dimetilammino)-difenilammina sale sodico)</td><td>Wako Chemicals GmbH</td><td>043-22351</td><td>Piruvato-saggio</td></tr><tr><td>Piruvato ossidasi&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P4591</td><td>Piruvat-assay</td></tr><tr><td>Potassio fosfato bibasico</td><td>Carl-Roth</td><td>P749.3</td><td>Pyruvat- e glucosio-assay</td></tr><tr><td>Potassio fosfato monobasico</td><td>Carl-Roth</td><td>3904.3</td><td>Pyruvat- e glucosio-assay</td></tr><tr><td>Tiamina pirofosfato</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C8754</td><td>Pyruvat-assay</td></tr><tr><td>Cloruro di magnesio esaidrato</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>31413</td><td>Piruvat-saggio</td></tr><tr><td>2-propanolo</td><td>VWR</td><td>20922.466</td><td>Precipitazione</td></tr><tr><td>Fenolo</td><td>VWR</td><td>20599.231</td><td>Metodo dell'acido fenolo-solforico</td></tr><tr><td>Acido solforico</td><td>Carl-Roth</td><td>4623.4</td><td>Metodo dell'acido fenolo-solforico</td></tr><tr><td>Acido trifluoroacetico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508</td><td>Idrolisi</td></tr><tr><td>Soluzione di ammonio</td><td>Carl-Roth</td><td>P093.1</td><td>Idrolisi, derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Etanolo assoluto</td><td>VWR</td><td>20821.321</td><td>Idrolisi, derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Rosso fenolo</td><td>Alfa Aesar</td><td>B21710</td><td>Idrolisi, derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>1-fenil-3-metil-5-pirazolone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M70800</td><td>Derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Metanolo LC-MS</td><td>VWR</td><td>83638.320</td><td>Derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Acetonitril LC-MS</td><td>VWR</td><td>83040.320</td><td>Derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Acido acetico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>338826</td><td>Derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Etanolo absolut</td><td>VWR</td><td>20821.321</td><td>Derivatizzazione PMP</td></tr><tr><td>Rosso metile</td><td>Alfa Aesar</td><td>36667</td><td>Valore pH</td></tr><tr><td>Sistema robotizzato di manipolazione dei liquidi&nbsp;</td>Configurazione del piano di lavoro <td>Tecan</td><td>Freedom EVO</td><td>in Figura 2</td></tr><tr><td>Stazione di movimentazione liquidi LHS</td><td>Marca</td><td>709400</td><td>Configurazione del piano di lavoro in Figura 2</td></tr><tr><td>Tip-Adapter</td><td>Brand</td><td>709434</td><td>Configurazione del piano di lavoro in Figura 2</td></tr><tr><td>Liquid Ends MC 20-300&nbsp; &micro; l</td><td>Marca</td><td>709416</td><td>Configurazione del piano di lavoro in Figura 2</td></tr><tr><td>Adattatore 60 mm</td><td>Marca</td><td>709430</td><td>Configurazione del piano di lavoro in Figura 2</td></tr></tbody></table>

automatizzata modular high throughput screening esopolisaccaride piattaforma accoppiato con altamente sensibile analisi carboidrati impronte digitali

Automated Modular High Throughput Exopolysaccharide Screening Platform Coupled with Highly Sensitive Carbohydrate Fingerprint Analysis

Molti microrganismi sono in grado di produrre e secernere esopolisaccaridi (EPS), che hanno importanti implicazioni in campo medico, applicazioni alimentari o nella sostituzione delle sostanze chimiche petro-based. Descriviamo una piattaforma analitica essere automatizzato in un sistema di gestione dei liquidi che permette l&#39;analisi veloce e affidabile del tipo e la quantità di EPS prodotta da microrganismi. Esso consente all&#39;utente di identificare nuovi produttori esopolisaccaride microbici naturali e di analizzare l&#39;impronta digitale carboidrati dei corrispondenti polimeri entro un giorno in high throughput (HT). Utilizzando questa piattaforma, le collezioni di deformazione così come le biblioteche di varianti deformazione che potrebbero essere ottenuti in approcci di ingegneria possono essere sottoposti a screening. La piattaforma ha una configurazione modulare, che consente una separazione del protocollo in due parti principali. In primo luogo, vi è un sistema di screening automatizzato, che combina diversi moduli di rivelazione polisaccaride: un&#39;analisi semi-quantitativa di viscositformazione y attraverso una fase di centrifugazione, l&#39;analisi della formazione del polimero mediante precipitazione alcol e la determinazione del contenuto totale di carboidrati tramite una trasformazione fenolo-solforico-acido. Qui, è possibile allo schermo fino a 384 ceppi per ciclo. La seconda parte fornisce un&#39;analisi monosaccaride dettagliata per tutti i produttori EPS selezionati identificati nella prima parte combinando due moduli fondamentali: l&#39;analisi della composizione completa monomero tramite cromatografia liquida ad altissime prestazioni accoppiata con ultravioletti e rilevazione trappola ionica ionizzazione elettrospray ( UHPLC-UV-ESI-MS) e la determinazione del piruvato come sostituente polimero (presenza di piruvato chetale) tramite ossidazione enzimatica che è accoppiato ad una formazione di colore. Tutti i moduli di analisi di questa piattaforma di screening possono essere combinati in modi diversi e regolati alle esigenze individuali. Inoltre, possono essere gestiti manualmente o eseguiti con un sistema di gestione dei liquidi. In tal modo, il PLA di screeningTForm consente una grande flessibilità per identificare vari EPS.

Presentiamo un metodo modulare automatizzato ad alto rendimento per l'identificazione e la caratterizzazione di esopolisaccaridi microbici su piccola scala. Questo metodo combina una rapida preselezione per analizzare la quantità totale di polisaccaridi secreti con un'impronta digitale dettagliata dei carboidrati per consentire lo screening rapido di ceppi batterici appena isolati o di intere collezioni di ceppi.

Automatizzata Modular High Throughput Screening esopolisaccaride piattaforma Accoppiato con altamente sensibile Analisi Carboidrati impronte digitali

Many microorganisms are capable of producing and secreting exopolysaccharides (EPS), which have important implications in medical fields, food ...

L'obiettivo generale di questo approccio è lo screening rapido e affidabile dei produttori di esopolisaccaridi microbici e l'identificazione della loro impronta digitale di carboidrati. Questo è un passo essenziale per utilizzare la diversità inesplorata degli esopolisaccaridi. Il nostro metodo può aiutare ad accelerare la ricerca sui polimeri nel campo degli esopolisaccaridi microbici.Consente la rapida identificazione di nuove varianti di polisaccaridi con proprietà diverse per applicazioni specifiche. Il vantaggio principale di questa tecnica è la combinazione di diversi sistemi di rilevamento degli esopolisaccaridi in un concetto di screening modulare e completamente automatizzato. Questo lo rende estremamente veloce e affidabile.Questa tecnica può essere eseguita anche manualmente in laboratori in cui non è disponibile una piattaforma di automatizzazione, quindi il suo utilizzo è molto flessibile e può essere adattato alle diverse esigenze di screening. Questa piattaforma di screening degli esopolisaccaridi, o EPS, ha una configurazione modulare, che consente una separazione del protocollo in due parti principali, lo screening automatizzato e l'impronta digitale dei carboidrati. Il primo compito è quello di coltivare i ceppi per lo screening e rimuovere le cellule mediante centrifugazione.I ceppi vengono coltivati su glucosio come fonte di carbonio in piastre a 96 pozzetti ricoperte da una pellicola sigillante traspirante su un micro agitatore per piastre di titolazione a 30 gradi Celsius e 1.000 giri/min. Il giorno dello schermo, preparare il piano di lavoro del robot e il carosello di stoccaggio come descritto nel testo del protocollo. Rimuovere la pellicola sigillante traspirante dalle piastre e allocare le colture principali nelle posizioni del carosello da 1-1 a 1-4.Avviare il programma robotico automatizzato. Per rimuovere le cellule dopo la coltivazione, trasferire le piastre a pozzetti profondi della coltura principale dal carosello alla centrifuga e centrifugare a 4, 300 x g e 20 gradi Celsius per 30 minuti. Per la precipitazione prima della filtrazione, spostare le piastre per microtitolazione e le piastre per microtitolazione con indicatore di pH, dalla giostra al piano di lavoro.Trasferire anche le piastre di filtrazione, che garantiscono la completa rimozione di tutte le cellule batteriche, insieme alle piastre di raccolta nelle posizioni del piano di lavoro. Dopo la centrifugazione, trasferire 180 microlitri del surnatante della coltura principale nella piastra di filtrazione. Aspirare 150 microlitri dal surnatante della coltura principale ed erogare 50 microlitri nella piastra del microtitolo per la precipitazione prima della filtrazione e 100 microlitri nella piastra dell'indicatore di pH.La precipitazione del surnatante con 2-propanolo viene eseguita per valutare la produzione di EPS. Utilizzare una pipetta multifase da 12,5 millilitri per aggiungere manualmente 150 microlitri di 2-propanolo a ciascun pozzetto. Dopo aver agitato le piastre di microtitolazione a temperatura ambiente per 10 minuti a 900 giri/min, osservare visivamente le formazioni di fibre o scaglie che indicano la produzione di EPS.Dopo che le piastre di coltura principali sono state riposte nella giostra, esaminare i brodi di fermentazione, che dovrebbero mostrare una sedimentazione ridotta dopo la centrifugazione. L'aumento della viscosità è un'altra indicazione della produzione di EPS. Il secondo compito è quello di garantire la completa rimozione delle cellule dal brodo di fermentazione viscoso tramite una filtrazione a 96 pozzetti.Centrifugare le piastre di filtrazione a 3.000 x g e 20 gradi Celsius per 10 minuti. Quindi riportare le piastre nella loro posizione iniziale del carosello ed eseguire l'equilibratura della gel-filtrazione come descritto nel testo del protocollo. Quindi, pipettare 35 microlitri di filtrato al centro della piastra di filtrazione in gel bilanciata e 50 microlitri alla piastra di microtitolazione utilizzata per la precipitazione.Spostare le piastre di filtrazione del gel nella centrifuga e spostare tutte le altre piastre dal piano di lavoro alle posizioni iniziali nella giostra. Dopo aver riposto tutte le piastre nella giostra, prendere nota dei surnatanti altamente viscosi come indicato dai residui nella piastra filtrante. Una mancanza di filtrato può portare a risultati falsi negativi nei seguenti moduli analitici.Il terzo compito dello screening automatizzato è la rimozione degli zuccheri monomerici rimanenti dal terreno di coltura tramite una filtrazione su gel a 96 pozzetti. Centrifugare le piastre di filtrazione in gel a 1.000 x g e 20 gradi Celsius per due minuti. Preparare il piano di lavoro tramite il manipolatore robotizzato per la lavorazione dei filtrati di gel.Per rilevare il glucosio rimanente dopo la filtrazione su gel, utilizza puntali da 50 microlitri per trasferire 25 microlitri di acqua doppiamente distillata in una piastra di microtitolazione fresca. Aspirare 20 microlitri di acqua distillata doppiamente, cinque microlitri di aria e 5 microlitri di gel-filtrato ed erogare nella stessa piastra. Prelevare puntali da 200 microlitri e aspirare 50 microlitri di miscela di reagenti per il dosaggio del glucosio dalla posizione del piano di lavoro 1-2 per avviare il primo saggio.Spostare le piastre di microtitolazione nell'incubatrice. Dopo 30 minuti di incubazione, spostare le piastre dall'incubatore al lettore di microtitolazione e registrare l'assorbanza a 418 e 480 nanometri. Per determinare il contenuto totale di carboidrati con il metodo dell'acido fenolo-solforico, pipettare 20 microlitri di gel-filtrato nelle piastre per microtitolazione.Rimuovere manualmente le piastre dalla giostra e posizionarle nella stazione di movimentazione dei liquidi. Includere la piastra di calibrazione con 20 microlitri di diverse concentrazioni di glucosio in triplicati. Posizionare un contenitore per i rifiuti in posizione 1, una scatola per puntali da 300 microlitri in posizione 2 e un trogolo da 250 millilitri con 110 millilitri di acido fenolo-solforico appena preparato in posizione 3.Utilizzare una pipetta a 8 canali con puntali da 300 microlitri per trasferire 180 microlitri di acido fenolo-solforico in ciascuna fila di tutte le piastre. Coprire tutte le micro piastre di titolazione con i coperchi e mescolare agitando per cinque minuti a 900 giri/min a temperatura ambiente. Incubare per 35 minuti a 80 gradi Celsius in forno per la reazione del colore.Dopo aver raffreddato le piastre sotto una cappa aspirante, misurare l'estinzione a 480 nanometri. I ceppi provenienti dallo screening automatizzato sono designati come EPS-positivi se soddisfano almeno due dei seguenti tre criteri. Controllo della viscosità, rilevamento del polimero e calcolo del glucosio equivalente.L'equivalente di glucosio viene calcolato utilizzando questa equazione. L'impronta digitale dei carboidrati della piattaforma di screening contiene le ultime tre attività che vengono eseguite manualmente. Il filtrato rimanente dei risultati positivi del secondo compito fornisce la base per il gel-filtrato del quinto compito.Il sesto compito è la microidolisi a 96 pozzetti del gel-filtrato. A tale scopo, utilizzare prima una pipetta a 12 canali da 50 microlitri per trasferire 20 microlitri di gel-filtrato su una nuova piastra per PCR. Quindi utilizzare una pipetta multifase da 1,25 millilitri per aggiungere 20 microlitri di acido trifluoroacetico a quattro molari in ciascun pozzetto.Coprire la piastra PCR con un tappetino in elastomero termoplastico e posizionare la piastra PCR in uno speciale dispositivo di serraggio. Miscelare le soluzioni invertendo il dispositivo di serraggio 10 volte. Dopo aver centrifugato la piastra per PCR e averla fissata nel dispositivo di bloccaggio, posizionare il dispositivo di bloccaggio fissato in un bagno di sabbia preriscaldato e incubare a 121 gradi Celsius per 90 minuti.Utilizzando una pipetta a 12 canali da 200 microlitri, aggiungere una soluzione di ammoniaca al 3,2% per regolare il pH a circa otto. Coprire la piastra PCR con un tappetino in elastomero termoplastico e agitarla manualmente utilizzando il dispositivo di bloccaggio. Il compito finale consiste nell'analizzare l'impronta digitale dei carboidrati tramite il metodo HTPMP (1-fenil-3-metil-5-pirazolone) ad alto rendimento.Per iniziare questa procedura, utilizzare una pipetta a 12 canali da 50 microlitri per trasferire 25 microlitri di idrolizzato neutralizzato in una nuova piastra PCR. Aggiungere 75 microlitri di reagente-miscela di derivatizzazione e coprire la piastra con un tappetino in elastomero termoplastico. Posizionare la piastra per PCR in un ciclatore per PCR a 70 gradi Celsius per 100 minuti, quindi raffreddarla a 20 gradi Celsius.Trasferire un'aliquota da 20 microlitri in una nuova piastra per microtitolazione, quindi utilizzare una pipetta a 12 canali da 200 microlitri per aggiungere 130 microlitri di acido acetico da 19,23 millimolari a ciascuna linea. Miscelare direttamente tramite aspirazione ed erogazione almeno sei volte e trasferire tutto il liquido in una piastra filtrante da 0,2 micrometri con una piastra di raccolta del microtitolo. Centrifugare la piastra a 1.000 x g per cinque minuti, rimuovere la piastra filtrante e sigillare la piastra di raccolta del microtitolo con un tappetino in silicone.Posizionare la piastra del micro titolo nell'UHPLC-UV-ESI-MS per la determinazione dell'impronta digitale dei carboidrati. Questa tabella mostra i risultati di tre nuovi ceppi esemplari identificati con successo con questa piattaforma di screening. Nella parte sinistra della tabella vengono visualizzati i risultati dei moduli di screening automatizzati relativi alla formazione della viscosità, alla produzione di polimeri e all'equivalente di glucosio dall'idrolisi totale, che sono stati utilizzati come parametri di valutazione per l'analisi dettagliata delle impronte digitali dei carboidrati.L'impronta digitale dei carboidrati basata su zuccheri calibrati, zuccheri sconosciuti, dimeri e sostituenti è riportata nella parte destra della tabella. Utilizzando queste informazioni, la composizione monomerica può essere calcolata e confrontata con strutture polimeriche già note. Inoltre, può essere eseguito uno screening mirato per interessanti composizioni monomeriche e carboidrati rari.Una volta padroneggiata, questa tecnica può essere eseguita per 386 varietà in sole cinque ore. A seguito di questa procedura, possono essere inclusi ulteriori saggi come il piruvato già esistente o ulteriori saggi per acetati o fosfato per rispondere a ulteriori domande sulla dichiarazione degli esopolisaccaridi. Dopo il suo sviluppo, questa tecnica, grazie alla sua elevata sensibilità, ha aperto la strada alla nostra ricerca nel campo dei produttori di esopolisaccaridi microbici geneticamente ingegnerizzati per esplorare l'effetto di vie biosintetiche esopolisaccaridiche alterate sulla struttura chimica residente.Dopo aver visto questo video, dovresti avere una buona comprensione di come identificare nuovi produttori di esopolisaccaridi in modo molto veloce e affidabile.

automated-modular-high-throughput-exopolysaccharide-screening

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Un modo rapido per guadagnare è descritto lo studio della struttura di polisaccaridi in una matrice extracellulare. Il metodo sfrutta la specificità del glycosylhydrolases e la sensibilità della spettrometria di massa permette piccole quantità di materiale da analizzare. Questa tecnica è adattabile per essere utilizzato direttamente sul tessuto stesso.

Oligo Profiling di massa (OLIMP) di polisaccaridi extracellulari

Un metodo semplice e rapido per determinare il potenziale saccarificazione di un gran numero di campioni di biomassa vegetale è descritto. La piattaforma automatizzata per questa analisi comporta la preparazione della biomassa vegetale per l'analisi in 96 pozzetti e le prestazioni successive di pretrattamento, l'idrolisi e la quantificazione degli zuccheri rilasciato.

High-throughput per l&#39;analisi Saccarificazione materiali lignocellulosici

Profiling Glycan dei polimeri cellula vegetale da parete usando i microarrays

In questo video, dimostriamo un test ad alto rendimento per lo screening di enzimi attivi in carboidrati utilizzando substrati di idrogel polimerici cromogenici insolubili. L'enzima degrada questi substrati in un prodotto colorato solubile che può essere quantificato misurando l'intensità del colore del prodotto.

Saggio di screening enzimatico basato su idrogel polimerico cromogenico: un metodo ad alto rendimento per lo screening degli enzimi attivi dei carboidrati utilizzando substrati sintetici

La struttura della parete cellulare vegetale e i tratti chimici vengono valutati per identificare le materie prime ideali per i biocarburanti e i biomateriali. I metodi standard presentano limitazioni quando vengono applicati a set di dati di grandi dimensioni. Questi metodi di pretrattamento ad alto rendimento, saccarificazione enzimatica e spettrometria di massa a fascio molecolare di pirolisi confrontano un gran numero di campioni di biomassa con tempi e costi sperimentali ridotti.

High-throughput screening delle Variazioni riluttanza a lignocellulosica Biomassa: Total lignina, lignina monomeri, e enzimatica Zucchero di uscita

È stato sviluppato un protocollo ad alto rendimento per la purificazione combinata di proteomica e glicomica e la quantificazione LC-MS/MS nel plasma. L'analisi della deamidazione dei motivi di glicosilazione legati all'N era specifica per i siti deglicosilati. La quantificazione accurata degli N-glicani è stata ottenuta accoppiando la separazione degli N-glicani assistita dal filtro alla normalizzazione dell'individualità durante la marcatura con la strategia dei tag glicano idrazide.

Un quantitativo Glycomics e proteomica combinata strategia Purificazione

Viene descritto un test ad alto rendimento per lo screening enzimatico. Questo kit di saggi multiplexato e pronto all'uso comprende substrati prescelti diC hromogenic Polymer Hydrogel (CPH) e substrati di C insolubileC iomogenico Biomass (ICB). Gli enzimi bersaglio sono gli endoenzimi che degradano i polisaccaridi e le proteasi.

High-throughput screening degli enzimi carboidrati di degradazione Utilizzando Novel insolubile Chromogenic Substrate Assay Kit

Descriviamo qui il rilevamento ad alta velocità e la quantificazione degli oligosaccaridi del latte umano fucosylated (HMOs) utilizzando un biosensore di cellule intere. Inoltre dimostriamo qui, l'adattamento di questa piattaforma nei confronti di ceppi di produzione HMO, concentrandosi sul miglioramento del rapporto segnale-rumore.

Analisi di Fucosylated Human latte trisaccaridi nel contesto biotecnologica utilizzando geneticamente codificato biosensori

La profilazione polimerica microarray (MAPP) è una tecnica ad alto rendimento per l'analisi della composizione dei glicani in campioni biologici.

Microarray Polymer Profiling (MAPP) per l'analisi dei glicani ad alto rendimento

In precedenza era stato sviluppato un sistema per l'analisi automatizzata e rapida dei glicani sulle proteine. Questo articolo presenta il protocollo per l'"analisi glico-qualitativa", ottimizzato per un ampio spettro di utenti, come quelli impegnati nell'analisi delle strutture dei glicani nei biofarmaci e in altri materiali glicoconiugati.

Valutazione rapida glico-qualitativa delle proteine ricombinanti utilizzando un sistema completamente automatizzato

Questo protocollo presenta un flusso di lavoro standard ad alta produttività per lo screening dei microrganismi industriali. Consiste nella costruzione di una libreria mutante tramite mutagenesi ARTP, nell'esecuzione di screening positivo delle gocce con microfluidica automatizzata, e successivamente nella verifica dei risultati. L'affidabilità del flusso di lavoro è stata convalidata tramite lo screening di ceppi ad alta resa di B. coagulans .

Screening ad alta produttività dei mutanti di Bacillo coagulante iperproduttore di acido lattico L-lattico utilizzando una piattaforma microfluidica automatica a gocce

Scopri un metodo automatizzato modulare per lo screening ad alto rendimento di esopolisaccaridi microbici con analisi delle impronte digitali dei carboidrati. Questa tecnica accelera la ricerca sui polimeri batterici.

Automatizzata Modular High Throughput Screening esopolisaccaride piattaforma Accoppiato con altamente sensibile Analisi Carboidrati impronte digitali (Video) | JoVE Journal

Automatizzata Modular High Throughput Screening esopolisaccaride piattaforma Accoppiato con altamente sensibile Analisi Carboidrati impronte digitali

Esplora altri video