"Cell Surface Capture" Workflow for Label-Free Quantification of the Cell Surface Proteome

Akul Naik; Sanjeeva Srivastava; Arun P. Wiita

doi:10.3791/64952

Flusso di lavoro "Cell Surface Capture" per la quantificazione senza marcatura del proteoma della...

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Biochemistry

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“Cell Surface Capture” Workflow for Label-Free Quantification of the Cell Surface Proteome

Flusso di lavoro "Cell Surface Capture" per la quantificazione senza marcatura del proteoma della superficie cellulare

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06:31 min

March 24, 2023

DOI: 10.3791/64952-v

Akul Naik¹, Sanjeeva Srivastava^1,2, Arun P. Wiita^1,3,4

¹Department of Laboratory Medicine,University of California, San Francisco, ²Department of Biosciences and Bioengineering,Indian Institute of Technology Bombay, ³Deptartment of Bioengineering and Therapeutic Sciences,University of California, San Francisco, ⁴Chan Zuckerberg Biohub

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This protocol describes a workflow for characterizing the cell surface proteome of various cell types, focusing on antigen identification. It includes steps for protein enrichment, sample preparation, and mass spectrometry analysis.

Key Study Components

Area of Science

Proteomics
Cell Biology
Cancer Research

Background

Understanding cell surface proteins is crucial for identifying specific antigens.
Cell membrane proteins can serve as targets for immunotherapies.
Optimizing sample input is essential for accurate results.
This protocol can be applied to various cell types, including tumor cells.

Purpose of Study

To enrich and analyze cell surface proteins from whole cell lysates.
To identify antigens specific to different cell types.
To explore potential targets for cancer immunotherapy.

Methods Used

Cell surface protein enrichment techniques.
Sample preparation for mass spectrometry.
LC-MS/MS analysis for protein identification.
Data processing with specialized software.

Main Results

Successful enrichment of cell membrane proteins.
Identification of unique antigens on tumor cells.
Demonstration of the protocol's effectiveness through iterative optimization.
Potential for discovering novel cancer immunotherapy targets.

Conclusions

The protocol provides a reliable method for studying cell surface proteomes.
It highlights the importance of optimizing experimental conditions.
Findings could lead to advancements in cancer treatment strategies.

Frequently Asked Questions

What is the main goal of this protocol?

The main goal is to characterize the cell surface proteome and identify specific antigens on various cell types.

How can this protocol be applied in cancer research?

It can be used to identify antigens on tumor cells that may serve as targets for immunotherapies.

What techniques are used in this workflow?

The workflow includes cell surface protein enrichment, mass spectrometry analysis, and data processing.

Why is sample optimization important?

Optimizing sample input is crucial for achieving accurate and reliable results in proteomic analysis.

Who demonstrates the procedure in the video?

The procedure is demonstrated by Akul Naik, a junior specialist from the laboratory.

Qui, descriviamo un flusso di lavoro proteomico per la caratterizzazione del proteoma della superficie cellulare di vari tipi di cellule. Questo flusso di lavoro include l'arricchimento delle proteine della superficie cellulare, la successiva preparazione del campione, l'analisi utilizzando una piattaforma LC-MS/MS e l'elaborazione dei dati con un software specializzato.

Questo protocollo ci consente di studiare gli antigeni presenti sulla superficie cellulare di vari tipi di cellule per trovare antigeni specifici per quel tipo di cellula o tessuto. La tecnica che presentiamo qui consente l'arricchimento delle proteine della membrana cellulare da un intero lisato cellulare, in ultima analisi per l'analisi mediante proteomica basata sulla spettrometria di massa. Quindi un'applicazione specifica di questo protocollo è quella di applicarlo alle cellule tumorali per cercare antigeni presenti sulla superficie di quelle cellule tumorali e non cellule normali che potrebbero fungere da nuovi bersagli per le immunoterapie del cancro.

Una cosa da notare su questo protocollo è che può essere importante ottimizzare l'input del campione per l'esperimento di interesse. Pertanto, potrebbero essere necessarie diverse iterazioni o titolazioni per trovare le condizioni ottimali. A dimostrare la procedura sarà Akul Naik, uno specialista junior del nostro laboratorio.

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