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DOI: 10.3791/65715-v
Carolina Moraes Cabé1, Sophie Novault1, Ana Jeemin Choi2, Valerie Seffer1, Laura Barrio Cano1, Valentina Libri1,3, Milena Hasan1
1Cytometry and Biomarkers UTechS, C2RT,Institut Pasteur, Université Paris Cité, 2Microenvironment and Immunity Unit,Institut Pasteur, Université Paris Cité, INSERM U1224, 3Istituto Superiore di Sanità
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
This study focuses on the optimization of nuclei isolation from brain and bone marrow tissues for downstream single-nuclei multiome assays. The importance of high-quality nuclei extraction is highlighted due to its impact on single-cell transcriptomics and multi-omics analyses.
Il successo della trascrittomica e della multiomica a singola cellula/singolo nucleo dipende in gran parte dalla qualità delle cellule/nuclei. Pertanto, l'isolamento di cellule/nuclei dai tessuti e la loro purificazione devono essere altamente standardizzati. Questo protocollo descrive la preparazione di nuclei dal cervello e dal midollo osseo per il test multioma a singolo nucleo a valle.
L'Unità Tecnologica di Citometria e Biomarcatori supporta progetti biomedici attraverso tecnologie e pipeline all'avanguardia per la fenotipizzazione cellulare e la profilazione molecolare con risoluzione a singola cellula. In questo contesto, utilizziamo diversi strumenti per l'analisi multiomica di singole cellule per ottenere informazioni sull'espressione genica e sulla regolazione genica in salute e malattia. La citometria a flusso identifica e individua le singole cellule in base a caratteristiche uniche.
I recenti progressi includono selezionatori spettrali ad alta produttività, basati su immagini, e queste tecnologie offrono flessibilità nella progettazione del pannello, consentono l'uso simultaneo di coloranti simili e la gestione dell'autofluorescenza. Una delle principali sfide sperimentali quando si utilizzano tecnologie all'avanguardia a cellula singola è quella di lavorare con popolazioni cellulari particolarmente fragili o rare. Ogni tessuto o tipo di cellula deve essere sottoposto a un'ottimizzazione del protocollo per ottenere un numero sufficiente di cellule altamente vitali che si traducono in dati di sequenziamento di alta qualità.
Il nostro protocollo di preparazione dei singoli nuclei modificato migliora il recupero dei nuclei e riduce al minimo lo stress sui nuclei. È specificamente ottimizzato per i tessuti cerebrali e del midollo osseo e copre tutte le fasi, dalla dissociazione del campione alla purificazione dei nuclei.
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