Name: Identificazione e classificazione delle varianti missenso della subunità del recettore GABAA posizionate per il loro ruolo nei neuroni piramidali dellippocampo (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-06T13:15:00.000+00:00
Duration: 8 min 4 s
Description: Scopri un framework multiscala per analizzare le mutazioni patogene del recettore GABA A nei neuroni piramidali CA1. Questo metodo innovativo aiuta a comprendere i meccanismi neurali dell'epilessia.

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<table><tbody><tr><td>Brian2&nbsp;</td><td>Sorbonne Universit&eacute;, INSERM, CNRS, Institut de la Vision, Francia; Imperial College London, Regno Unito</td><td>2.8.0.4</td><td>Stimberg et al., 2019 (https://pypi.org/project/Brian2/ )</td></tr><tr><td>server dbNSFP&nbsp; &nbsp;</td><td>Genos Bioinformatics LLC, Stati Uniti</td><td>v3.0</td><td>Liu et al., 2020 (http://database.liulab.science/dbNSFP) (https://sites.google.com/site/jpopgen/dbNSFP)</td></tr><tr><td>SPERANZA&nbsp; &nbsp;</td><td>Centro per l'Informatica Molecolare e Biomolecolare CMBI, Università Radboud, Paesi Bassi.</td><td>1.1.1</td><td>Venselaar et al., 2010 (https://www3.cmbi.umcn.nl/hope/)</td></tr><tr><td>Jalview&nbsp; &nbsp;</td><td>Università di Dundee, Regno Unito</td><td>JV2</td><td>Waterhouse et al., 2009 (https://www.jalview.org/)</td></tr><tr><td>Taccuino Jupyter</td><td>Progetto Jupyter, Stati Uniti</td><td></td><td>https://jupyter.org/install&nbsp;</td></tr><tr><td>Phyton</td><td>Python Software Foundation, Stati Uniti</td><td>3.13</td><td>https://www.python.org/downloads/</td></tr><tr><td>Protter&nbsp; &nbsp;</td><td>ETH Zurigo, Svizzera</td><td>Versione 1.0</td><td>Omasits, et al., 2014 (https://wlab.ethz.ch/protter/start/)</td></tr><tr><td>R&nbsp;</td><td>La Fondazione R per il calcolo statistico, USA</td><td>R versione 4.3.2&nbsp;</td><td>&nbsp; https://www.r-project.org/&nbsp;</td></tr><tr><td>RStudio</td><td>Software Posit, PBC, Stati Uniti</td><td>Versione RStudio 2023.12.1+402 "Ocean Storm"</td><td>https://posit.co/downloads/</td></tr></tbody></table>

identificazione e classificazione delle varianti missenso della subunità del recettore gabaa posizionate per il loro ruolo nei neuroni piramidali dell'ippocampo

Identification and Classification of Position-specific GABAA Receptor Subunit Missense Variants for Their Role In Hippocampal Pyramidal Neurons

Questo studio utilizza un approccio multiscala per prevedere e caratterizzare le varianti patogene nella subunità γ2 del recettore GABAA , un componente chiave nella fisiopatologia dell'epilessia. Attraverso l'uso di modelli predittivi, modellazione molecolare, conservazione evolutiva, esame strutturale, analisi di correlazione e simulazioni neurali, questo approccio migliora la classificazione delle varianti, con una rilevanza significativa per la ricerca sull'epilessia e poss...

Identificazione e classificazione delle varianti missenso della subunità del recettore GABAA posizionate per il loro ruolo nei neuroni piramidali dell'ippocampo

Understanding the effects of functionally unknown variants in epilepsy associated genes is crucial for elucidating disease pathophysiology and developing ...

Il nostro studio si basa sull'idea che le mutazioni epilettogene e prossimali nelle subunità del recettore GABA-A possano influenzare in modo simile il modello di neurone piramidale CA1. Esploriamo questo aspetto attraverso un framework multiscala. Gli esperimenti di laboratorio sono essenziali per scoprire la verità, ma non possono catturare completamente la diversità e la complessità della vita a tutte le scale, dalle molecole agli organismi. Ci sono troppe possibilità, questo è il problema.Il nostro protocollo e i nostri risultati hanno aperto la strada a un ambiente computazionale che può essere utilizzato per esplorare l'impatto dei polimorfismi, come i polimorfismi delle subunità del recettore GABA-A sulla funzione neurale.Il nostro studio solleva nuove domande riguardo alla misura in cui le varianti patogene previste e le mutazioni epilettogene mostrano proprietà simili e come queste relazioni possono essere efficacemente catturate e simulate.La nostra attenzione attuale è sulla funzione del microcircuito corteccia entorinale-ippocampo. Studieremo modelli animali in vivo e modelli computazionali di microcircuiti per esplorare il controllo del setto nasale su questo circuito,

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Neuroscience

Neuroscienze

I neuroni vengono prima caratterizzata elettrofisiologico. Poi il citoplasma dal neurone registrato è aspirato e sottoposto a trascrizione inversa-PCR per rilevare l'espressione di mRNA per la sintesi degli enzimi dei neurotrasmettitori, canali ionici e recettori.

Profiling di potassio voltaggio-dipendenti espressione di mRNA nei neuroni Canale nigral con singola cella di RT-PCR Tecniche

Qui mostriamo l'uso di colorante fluorescente Alexa accoppiato ad α-bungarotossina per misurare GABA A localizzazione superficiale recettore e endocitosi nei neuroni dell'ippocampo. Attraverso l'uso di costrutti recanti un breve tag extracellulare che lega α-bungarotossina, analisi di proteine ​​di membrana plasmatica traffico endocitico può essere raggiunto.

L&#39;utilizzo di un α-bungarotossina Binding Tag sito per studiare GABA un recettore di membrana localizzazione e il traffico

Reti corticali sono controllati da un piccolo, ma diverso insieme di interneuroni inibitori. Indagine funzionale degli interneuroni richiede quindi la registrazione mirata e l'identificazione rigorosa. Qui descritto è un approccio combinato che coinvolge le registrazioni whole-cell da coppie singole o sinapticamente-accoppiati di neuroni con etichettatura intracellulare, post-hoc analisi morfologica e immunocitochimica.

Whole-cell patch-clamp registrazioni da Morphologically- e neurochimico-identificati interneuroni dell&#39;ippocampo

I meccanismi molecolari che coordinare la formazione di sinapsi inibitorie GABAergici durante l'ontogenesi sono in gran parte sconosciuti. Per studiare questi processi, abbiamo sviluppato un sistema di co-coltura modello che incorpora embrionali i neuroni GABAergici di medie spinosa coltivate insieme stabilmente trasfettate rene embrionale umano 293 (HEK293), le cellule che esprimono i recettori GABA A funzionali.

Inibitorio formazione di sinapsi in un co-coltura modello che incorpora GABAergici di medie spinosa neuroni e cellule HEK293 che esprimono stabilmente GABA A Recettori

Sequestro di electroconvulsive (ECS) è un modello sperimentale animale della terapia electroconvulsive per la depressione grave. ECS globalmente stimola l'attività nell'ippocampo, che conduce a sinaptogenesi e plasticità sinaptica. Qui, descriviamo i metodi per induzione ECS in ratti e per frazionamento subcellulare dei loro ippocampi per esaminare le modifiche grippaggio-indotto proteine sinaptiche.

Sequestri di Electroconvulsive in ratti e frazionamento dei loro ippocampi di esaminare grippaggio-indotto cambiamenti nella densità postsinaptica proteine

Descriviamo la tecnica di soffio, da cui reagenti farmacologici possono essere somministrati durante la registrazione di cellule intere patch-clamp ed evidenziano vari aspetti delle caratteristiche che sono cruciali per il suo successo.

Cellule intere correnti indotte dall'applicazione di Puff di GABA nelle fette del cervello

Mirati sequenziamento di nuova generazione è un approccio di tempo e costo-efficiente che sta diventando sempre più popolare in diagnostica clinica e ricerca di malattia. Il protocollo descritto qui presenta il complesso flusso di lavoro richiesto per la sequenza e il processo di bioinformatica utilizzato per identificare varianti genetiche che contribuiscono alla malattia.

Sequenziamento di nuova generazione e bioinformatica Pipeline per valutare fattori determinanti genetici della malattia costituzionale mirati

Questo protocollo descrive le fasi critiche e le precauzioni necessarie per eseguire la singola cella multisala trascrizione d'inversione della polimerasi reazione a catena dopo patch clamp. Questa tecnica è un metodo semplice ed efficace per analizzare il profilo di espressione di un insieme predeterminato di geni da una singola cellula caratterizzata da registrazioni di patch-clamp.

Singola cella multisala trascrizione inversa Polymerase Chain Reaction dopo Patch-clamp

Qui, presentiamo protocolli per scoprire composti attivi sui recettori GABAA , dall'associazione alla fisiologia e alla farmacologia.

Metodi per la scoperta di nuovi composti modulando un recettore dell'acido Gamma - aminobutirrico tipo una neurotrasmissione

Eccitabilità di un neurone può essere modulata attraverso un processo dinamico di endo - ed esocitosi dei ricevitori ionotropici eccitanti del glutammato. Descritto qui è un test accessibile, ad alto contenuto per la quantificazione del recettore di superficie e interno popolazione piscine.

Un'analisi ad alto contenuto per monitoraggio AMPA traffico recettoriale

Scopri un framework multiscala per analizzare le mutazioni patogene del recettore GABA A nei neuroni piramidali CA1. Questo metodo innovativo aiuta a comprendere i meccanismi neurali dell'epilessia.

Identificazione e classificazione delle varianti missenso della subunità del recettore GABAA posizionate per il loro ruolo nei neuroni piramidali dellippocampo (Video) | JoVE Journal

Identificazione e classificazione delle varianti missenso della subunità del recettore GABA_A posizionate per il loro ruolo nei neuroni piramidali dell'ippocampo

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