Name: Campionamento efficiente dello spazio di progettazione di biosensori geneticamente codificati grazie alla progettazione di esperimenti e al flusso di lavoro di automazione (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-17T12:50:00.000+00:00
Duration: 8 min 58 s
Description: Scopri l'ottimizzazione automatizzata di biosensori geneticamente codificati mediante design of experiments e screening di varianti promoter in Pseudomonas putida. Questo metodo identifica candidati robusti con attivazione superiore a 3,6 volte.

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<table><tbody><tr><td>1000 &micro; Puntali L CO-RE, sterili non filtranti</td><td>Hamilton</td><td>235939</td><td></td></tr><tr><td>Piastra Deepwell 96 da 2,2 mL, pozzetti quadrati con fondo a forma di V</td><td>Termo</td><td>11594754</td><td></td></tr><tr><td>300 &micro; Puntali L CO-RE, NT impilati, sterili</td><td>Hamilton</td><td>235985</td><td></td></tr><tr><td>Fondo trasparente a 96 pozzetti, piastre per microtitolazione nere</td><td>Greiner&nbsp;</td><td>655097</td><td></td></tr><tr><td>Agarosio</td><td>Invitrogen</td><td>16500100</td><td></td></tr><tr><td>DNA plasmidico assemblato</td><td>Fornito dall'utente&nbsp;</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Lettore di micropiastre ClarioStar Plus&nbsp;</td><td>BMG</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Miscela di soluzioni di dexynucloetide (dNTP)&nbsp;</td><td>NEB</td><td>N0447L</td><td></td></tr><tr><td>Dimetilsolfossido (DMSO)&nbsp;</td><td>Fisher BioReaggents&nbsp;</td><td>BP231-100</td><td></td></tr><tr><td>Scala DNA 100bp</td><td>NEB</td><td>N3231L</td><td></td></tr><tr><td>Scala del DNA 1KB</td><td>NEB</td><td>N3232L</td><td></td></tr><tr><td>Sequenziamento del DNA&nbsp;</td><td>Fonte Bioscienze</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Sintesi del DNA&nbsp;</td><td>IDT</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Escherichia coli DH5&alfa; Cellule compotenti</td><td>NEB</td><td>C2987H</td><td></td></tr><tr><td>Colorante di caricamento in gel, viola x6 senza SDS</td><td>NEB</td><td>B7025S</td><td></td></tr><tr><td>Cuvette per elettroporazione Gene Pulser/Micropulser, distanza di 0,2 cm</td><td>Biorad&nbsp;</td><td>1652082</td><td></td></tr><tr><td>Blocco grafico Prism 10&nbsp;</td><td>GraphPad</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Hamilton Star Liquid Handler&nbsp;</td><td>Hamilton</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Incubatore per agitatore a piastre HT multitron&nbsp;</td><td>Infors HT</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Suite di analisi statistica JMP&nbsp;</td><td>JMP</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>LB Brodo (Miller)</td><td>Miller&nbsp;</td><td>L3522</td><td></td></tr><tr><td>LB Brodo (Miller) con agar</td><td>Sigma</td><td>L3147</td><td></td></tr><tr><td>Elettroporatore MicroPulser&nbsp;</td><td>Biorad&nbsp;</td><td>1652100</td><td></td></tr><tr><td>NEBuilder HiFi DNA Assemblaggio Master Mix</td><td>NEB</td><td>E2621S</td><td></td></tr><tr><td>Q5 DNA polimerasi ad alta fedeltà</td><td>NEB</td><td>Codice: M0491S</td><td></td></tr><tr><td>Kit MIDIPREP per la rotazione QIAprep</td><td>QIAGEN</td><td>&nbsp; 12143</td><td></td></tr><tr><td>QIAprep Spin Miniprep Kit</td><td>QIAGEN</td><td>27104</td><td></td></tr><tr><td>Kit di estrazione del gel QIAquick</td><td>QIAGEN</td><td>Codice 28706X4</td><td></td></tr><tr><td>Kit di purificazione QIAquick PCR&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28104</td><td></td></tr><tr><td>Qpix 420 Raccoglitore di colonie</td><td>Molecular Devices Regno Unito</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Terreno di crescita SOC&nbsp;</td><td>NEB</td><td>B9020S</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Sicuro DNA Gel Macchia</td><td>Invitrogen</td><td>S33102</td><td></td></tr><tr><td>Tampone TAE (Tris-acetato-EDTA, 50X)&nbsp;</td><td>Thermo Fisher</td><td>B49</td><td></td></tr><tr><td>Acqua distillata UltraPureTM senza DNASI/RNASI&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr></tbody></table>

campionamento efficiente dello spazio di progettazione di biosensori geneticamente codificati grazie alla progettazione di esperimenti e al flusso di lavoro di automazione

Efficient Sampling of Genetically Encoded Biosensor Design Space Enabled with a Design of Experiments and Automation Workflow

Campionamento efficiente dello spazio di progettazione di biosensori geneticamente codificati grazie alla progettazione di esperimenti e al flusso di lavoro di automazione

Genetically encoded biosensors are powerful tools for high-throughput information processing, enabling the transduction of environmental or chemical input ...

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Abbiamo sviluppato e validato un piccolo ingombro serie di chemostati in miniatura costruito da prontamente parti disponibili per basso costo. Risultati evoluzione fisiologiche e sperimentali sono stati simili a chemostati volumi più grandi. La matrice Ministat fornisce una piattaforma compatta, poco costoso, e accessibile per gli esperimenti chemostato tradizionali, genomica funzionale, e le applicazioni di screening chimici.

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Una piattaforma automatizzata versatile per micro-scala Cellulari esperimenti di stimolazione

Descriviamo un disegno di esperimenti approccio che può essere utilizzato per determinare e modellare l'influenza del transgene elementi regolatori, parametri di crescita e sviluppo delle piante, e condizioni di incubazione sulla espressione transiente di anticorpi monoclonali e proteine ​​reporter nelle piante.

Caratterizzazione dei sistemi complessi Utilizzando il Design of Experiments Approccio: Transient Protein Expression in tabacco come un caso di studio

Questo lavoro presenta un metodo di screening ad alto rendimento utilizzando un sistema di screening enzimatico genetico universale che può essere teoricamente applicato a oltre 200 enzimi. Qui, il singolo sistema di screening identifica tre diversi enzimi (lipasi, cellulasi e fosfatasi alcalina) semplicemente cambiando il substrato utilizzato (p-nitrofenil acetato, p-nitrofenil-β-D-cellobioside e fenil fosfato).

Multi-enzima screening utilizzando un high-throughput genetica Enzyme Screening System

Qui, un flusso di lavoro automatizzato per eseguire il montaggio modulare di "dispositivo" di DNA usando un metodo di assemblaggio modulare clonazione di DNA su robot di maneggio del liquido è presentato. Il protocollo utilizza uno strumento intuitivo software per la generazione di elenchi a discesa gestore liquido per combinatoria generazione della libreria dispositivo DNA, che dimostriamo utilizzando due piattaforme di gestione dei liquidi.

Automatizzato robot Liquid Handling Assembly di dispositivi modulari del DNA

Abbiamo progettato una apparecchiatura per le colture in continuo per l'uso con i sistemi optogenetic per illuminare le culture di microbi e regolarmente celle di immagine negli effluenti con un microscopio invertito. La coltura, il campionamento, l'imaging, e l'analisi delle immagini sono completamente automatizzati in modo che le risposte dinamiche a illuminazione possono essere misurati per diversi giorni.

Progettazione e Realizzazione di un Illuminating automatizzato, Coltura, e di campionamento per microbica optogenetic Applicazioni

Questo manoscritto descrive un approccio generico per la progettazione su misura di media di coltura microbica. Questa opzione è attivata da un flusso di lavoro iterativo che unisce Kriging sperimentale design e microbioreactor tecnologia per una velocità effettiva coltivazione sufficiente, che è supportata da robotica lab per aumentare affidabilità e velocità nella gestione dei mezzi liquidi preparazione.

Protocollo generico per l'ottimizzazione della produzione di proteine eterologhe utilizzando tecnologia automatizzata di Microbioreactor

Il Framework eVOLVER consente una coltura microbica continua ad alta produttività con alta risoluzione e controllo dinamico sui parametri sperimentali. Questo protocollo illustra come applicare il sistema per condurre un esperimento di fitness complesso, guidando gli utenti a programmare il controllo automatizzato su molte culture individuali, misurando, raccogliendo e interagendo con i dati sperimentali in tempo reale.

Progettare esperimenti di crescita cellulare automatizzati, ad alta produttività e continui utilizzando eVOLVER

Parti genetiche ben caratterizzate sono necessarie per la progettazione di nuovi circuiti genetici. Qui descriviamo un metodo economico e ad alto rendimento per caratterizzare rapidamente le parti genetiche. Il nostro metodo riduce costi e tempi combinando lisati privi di cellule, DNA lineare per evitare la clonazione e manipolazione acustica dei liquidi per aumentare la produttività e ridurre i volumi di reazione.

Caratterizzazione rapida di parti genetiche con sistemi cell-free

Questo protocollo presenta un flusso di lavoro standard ad alta produttività per lo screening dei microrganismi industriali. Consiste nella costruzione di una libreria mutante tramite mutagenesi ARTP, nell'esecuzione di screening positivo delle gocce con microfluidica automatizzata, e successivamente nella verifica dei risultati. L'affidabilità del flusso di lavoro è stata convalidata tramite lo screening di ceppi ad alta resa di B. coagulans .

Screening ad alta produttività dei mutanti di Bacillo coagulante iperproduttore di acido lattico L-lattico utilizzando una piattaforma microfluidica automatica a gocce

Scopri l'ottimizzazione automatizzata di biosensori geneticamente codificati mediante design of experiments e screening di varianti promoter in Pseudomonas putida. Questo metodo identifica candidati robusti con attivazione superiore a 3,6 volte.

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