Name: シアノゲートモジュラークローニングツールキットを用いたコンジュゲーションによるシアノバクテリアの遺伝子改変 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-10-31T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 25 s
Description: 学ぶシアノゲートモジュラークローニングとコンジュゲーションによるシアノバクテリアの遺伝子改変法。Synechocystis PCC 6803とSynechococcus elongatus UTEX 2973を用いた合成生物学研究に有用です。

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著者らは、産業バイオテクノロジー・バイオエネルギー研究評議会(BBSRC)ネットワークと産業バイオテクノロジーイノベーションセンター(IBioIC)の資金援助に感謝しています。GARG、AASO、APは、BBSRC EASTBIO CASE PhDプログラム(助成金番号BB/M010996/1)、コンセホ・ナシオナル・デ・シエンシア・イ・テクノロジア(CONACYT)博士課程、およびIBioIC-BBSRC共同トレーニングパートナーシップ(CTP)博士プログラムからの資金援助を認め、それぞれ。コンラッド・ムリノー(ロンドンのクイーン・メアリー大学)とポール・エリック・ジェンセンとジュリー・アンネマリー・ゼドラー(コペンハーゲン大学)は、プラスミドベクターとプロトコルの貢献とアドバイスに感謝します。

著者たちは何も開示する必要はない。

ゴールデンゲートアセンブリは、他のベクトルアセンブリメソッドと比較して、特にスケーラビリティ20、21の点でいくつかの利点があります。それにもかかわらず、ラボでゴールデンゲートシステムを設定するには、さまざまな部品とアクセプタベクトルライブラリと全体的なアセンブリプロセスに精通する時間が必要です。多くの場合、より複雑なアセンブリや多数の複雑なアセンブリを並行して実行する場合 (たとえば、複数の遺伝子発現カセットを含むレベル T ベクターのスイートを作成する場合) には、慎重な計画が必要です。最初に必要なすべての遺伝子発現カセットの組み合わせをリストしてから、ワークフローをレベル 0 からレジコのレベル T にマッピングすることをお勧めします。このプロセスの間、ユーザーはレベルTの非シーケンシャルレベル1ベクトルの組み立てを可能にするPlant MoCloキットで利用可能なレベル1の「ダミー」部品を考慮する必要があります(例えば、レベル1の位置1と位置3のベクトルは「ダミー」部分と一緒に組み立てることができますレベル1の位...

シアノバクテリアは、多種多様な天然および異種値の代謝産物1、2、3、4、5の生合成に使用できる自己栄養性細菌である。 6.いくつかのハードルは、商業的生存率を拡大するためにまだ克服する必要があり、特に、異栄養性バイオプラットフォーム(例えば、大腸菌および酵母)に比べて比較的低い収率は7である。シアン細菌研究における利用可能な遺伝子工学ツールの最近の拡大と合成生物学パラダイムの取り込みは、このような課題を克服し、効率的なバイオファクトリーとしてシアノバクテリアをさらに開発するのに役立っています8,9、10。
シアノバクテリアにDNAを導入する主なアプローチは、形質転換、結合およびエレクトロポレーションである。形質転換またはエレクトロポレーションによってシアノバクテリアに移されるベクターは「自殺」ベクター(すなわち、相同組換えを促進する統合ベクター)であるのに対し、自己複製ベクターはシアノバクテリアに移すことができる。変換、結合またはエレクトロポレーション。前者の場合、自然変換11に適した工学モデル種に対してプロトコルが利用可能である。さらに最近では、CyanoGateと呼ばれるシアノバクテリア用モジュラークローニング(MoClo)ツールキットが開発されており、自然変換、エレクトロポレーションまたはコンジュゲーション12を用いたエンジニアリング用の標準化されたゴールデンゲートベクトル組み立て方法を採用している。
ゴールデンゲート型組み立て技術は近年ますます普及しており、組み立て規格や部品図書館は様々な生物に対して利用可能になりました13,14,15,16、17.ゴールデンゲートは、IIS制限酵素(例えば、BsaI、Bpi、BsmBI、BtgZIおよびAarI)とアクセプタとユニークなオーバーハングのスーツを使用して、「1つのポット」アセンブリ反応における複数の配列の方向性階層アセンブリを容易にします。IIS制限酵素は、一意の非対称配列を認識し、その認識部位から定義された距離を切断して、驚異的な「粘着性の端」カット(通常は4ヌクレオチド[NT]オーバーハング)を生成し、その後、順序付けられたDNAを駆動するために利用することができます組み立て反応15,18.これにより、PhytoBricks標準19のような一般的な構文によって定義されるモジュラーレベル0部品(例えば、プロモーター、オープンリーディングフレームおよびターミネータ)の大規模なライブラリの開発が容易になった。レベル0の部品は、レベル1式カセットに容易に組み立てることができ、その後、より複雑な高次アセンブリ(例えば、多遺伝子発現構造体)を選択12、15のアクセプタベクトルに組み込むことができる。ゴールデンゲート型組み立て技術の主な利点は、DNAファウンドリ20、21などの高スループット施設で自動化を行うことができるため、複雑な実験設計のテストが可能です。肉体労働では容易に達成できない。
シアノゲートは、確立されたプラントモクロシステム12、15に構築します。CyanoGateに新しい部品を組み込むには、まず部品シーケンスを家畜化する必要があります。オープンリーディングフレーム(すなわち、コード配列、CDS)の部品コードの場合、認識部位は、配列中の同義変異を生成することによって破壊され得る(すなわち、同じアミノ酸残基に対してコード化する代替にコドンを変更する)。これは、DNA合成からポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅ベースの戦略(ギブソンアセンブリ22など)に至るまで、様々なアプローチによって達成することができる。使用される発現ホストに応じて、翻訳23の効率を阻害する可能性のある希少なコドンの導入を避けるように注意する必要があります。プロモーターおよびターミネータシーケンスの認識部位を削除することは、通常、変更が機能に影響を与える可能性があり、部品が期待どおりに動作しない可能性があるため、リスクの高い作業です。例えば、プロモーター内のプットアトリプション因子結合部位またはリボソーム結合部位への変更は、誘導/抑圧に対する強度および応答性を変化させ得る。同様に、主要なターミネータ構造特徴(例えば、GCリッチステム、ループおよびポリUテール)に対する改変は、終端効率および効果遺伝子発現24、25を変化させ得る。プロモーターおよびターミネータ配列の活性を予測し、提案された突然変異がパフォーマンス26、27に影響を与えるかどうかを通知するために、いくつかのオンラインリソースが利用可能ですが、これらのツールは、多くの場合、不十分な予測変数ですシアノバクテリアでの性能28,29,30.そのため、改変部品の生体内特性評価は、依然として活性を確認することをお勧めします。再計算配列のクローニングを支援するために、CyanoGateは、BioBrickベクターpSB4K512、16、31に基づく低コピークローニングアクセプタベクターを含む。さらに、エディンバラゲノムファウンドリーを通じて「デザインとビルド」ポータルを利用して、ベクターデザイン(dab.genomefoundry.org)を支援します。最後に、最も重要なのは、CyanoGateには、自殺ベクターを用いてシアノバクテリアにDNAを導入するための2つのレベルTアクセプタベクター設計(レベル2アクセプタベクターに相当)15、または自己複製が可能な広範な宿主範囲ベクターが含まれています。いくつかのシアノバクテリア種で 32,33,34.
ここでは、レベルT自己複製ベクターを生成するためのプロトコルとシネコシスティスPCC 6803とシネココッカス・エロンガトゥスUTEX 2973(シネコシスティスPCC 6803およびS.エロンガトゥス)の遺伝子改変を記述することに焦点を当てます。UTEX 2973以下)により、活用(トライペアレンタル交配とも呼ばれる)。細菌細胞間のDNAの共役移動は、よく記述されたプロセスであり、以前にシアノバクテリア種の工学に使用されてきましたが、特にS.エロンガトゥスUTEX 297335のような自然に有能でないもの、 36、37、38、39、40、41 .簡単に言えば、シアノバクテリア培養物は、移送されるベクター(「貨物」ベクター)とベクター(同じ大腸菌株または追加株のいずれか)を運ぶ大腸菌株をインキュベートして、コンジュゲーション(「モビライザー」)を可能にします。および "ヘルパー" ベクター)。共役転移が起こるためには4つの重要な条件が必要である:1)DNA移動に関与する細胞間の直接接触、2)貨物ベクターはコンジュゲーションシステムと互換性がなければならない(すなわち、適切な伝達起源(oriT)が含まれている必要があります。また、BOM(移動度の基礎)部位として知られ、3)DNAニッキングタンパク質(例えば、暴徒遺伝子によってコードされる)は、DNAをシアノバクテリウムへの一本鎖移動を開始するためにオリットでDNAをニックし、発現しなければならない貨物またはヘルパーベクターのいずれかから、および4)転写されたDNAは、レシピエントシアノバクテリウム内で破壊されてはならない(すなわち、例えば、制限エンドヌクレアーゼ活性によって分解に対して耐性でなければならない)35、42。貨物ベクターが持続するためには、複製の起源がレシピエントシアノバクテリウムと互換性があり、自己複製および後の分裂後の娘細胞への増殖を可能にする必要があります。条件3および4を支援するために、いくつかのヘルパーベクターは、ホストシアノバクテリウム43内の天然のエンドヌクレアーゼから保護するために、暴徒のためにコードするAddgeneおよび他の商業ソースおよびいくつかのメチルアーゼを介して利用可能である。このプロトコルでは、コビライザーおよびヘルパーベクターpRK24(www.addgeneorg/51950)およびpRL528(www.addgene.org/58495)をそれぞれ運ぶMC1061大腸菌株によって結合が促進された。共役転写に使用するベクターを選択する際には注意が必要です。例えば、CyanoGateキットでは、自己複製貨物ベクトルpPMQAK1-Tがモブタンパク質12に対してコード化される。ただし、pSEVA421-Tは44ではなく、そのため、mobは適切なヘルパーベクトルから発現されなければならない。使用されるベクターは、標的生物にも適している必要があります。例えば、Anabaena sp. PCC 7120における効率的な共役伝達は、消化からモビライザーベクトルを保護するヘルパーベクターを必要とします(例えば、pRL623は、3つのメチルアベイム、Eco47iiMおよびEcot22iM)45のためにコードする、 46.
このプロトコルでは、プレートリーダーまたはフローサイトメーターを使用して蛍光マーカーを使用して部品(すなわちプロモーター)の性能を特徴付ける方法をさらに概説します。フローサイトメーターは、大規模な集団に対して単一の細胞ベースで蛍光を測定することができます。さらに、フローサイトメーターは、ユーザーが取得したデータを「ゲート」し、バックグラウンドノイズ(例えば、培養または汚染中の粒子状物質から)を除去することを可能にします。対照的に、プレートリーダーは、所定の培養量の凝集蛍光測定を取得し、典型的には複数の複製井戸で得る。キロメートル計を超えるプレートリーダーの主な利点は、低コスト、高可用性、通常はダウンストリームデータ分析のためのスペシャリストソフトウェアの必要性がないことです。プレートリーダーの主な欠点は、細胞計に比べて感度が比較的低く、測定された培養物の光学密度に関する潜在的な問題です。比較分析では、プレートリーダーサンプルを各ウェル(例えば、培養密度の測定に、通常750nm[OD750]の光学密度での吸光度として取られる)を正規化する必要があり、これはあまりにも不正確なサンプルの不正確さにつながる可能性があります。高密度および/または十分に混合されていない(例えば、凝集または凝集が起こりやすい場合)。
概要として、ここではレベル0部品を生成し、続いてCyanoGateキットを使用して階層アセンブリを作成し、共役転送に適したベクトルにクローニングするという原則を詳細に示します。次に、共役伝達プロセス、蛍光マーカーを発現する軸経共役株の選択、およびフローサイトメーターまたはプレートリーダーを用いた蛍光データの取得について説明します。

<table><tbody><tr><td>5-ブロモ-4-クロロ-3-インドリル-&β;-D-ガラクトピラノシド(X-Gal)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>R0404</td><td>2.1.3で使用。</td></tr><tr><td>アデノシン5&prime;-三リン酸(ATP)二ナトリウム塩</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2383</td><td>表2で使用。</td></tr><tr><td>寒天培地(微生物学試験済み)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A1296-500g</td><td>8.3で使用。</td></tr><tr><td>アガロース</td><td>バイオライン</td><td>BIO-41026</td>は<td>6で使用されます。</td></tr><tr><td>Attune NxT Flow Cytometer</td><td>Thermo Fisher</td><td></td> <td>Scientific-4.3.1で使用。</td></tr><tr><td>表2で使用した</td><td>ウシ血清アルブミン(BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2153</td>。</tr><tr><td>BpiI (BbsI)</td>表<td>2で使用している</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>ER1011</td>。</tr><tr><td>BsaI (Eco31I)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ER0291</td><td>を表2で使用。</td></tr><tr><td>カルベニシリン二ナトリウム</td><td>VWRインターナショナル</td><td>A1491.0005</td>は<td>2.1.3で使用されます。</td></tr><tr><td>Corning Costar TC-Treated 平底 24 ウェルプレート</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS3527</td><td>4.1.3 で使用。</td></tr><tr><td>ジメチルスルホキシド(DMSO)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>BP231-100</td><td>3.6.2で使用されます。</td></tr><tr><td>DNeasyプラントミニキット</td><td>Qiagen</td><td>69104</td><td>DNA抽出キット。5で使用されます。</td></tr><tr><td>FLUOstar Omega マイクロプレートリーダー</td><td>BMG Labtech</td> <td>-</td> <td>4.2.2 で使用。</td></tr><tr><td>GeneJETプラスミドミニプレップキット</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>K0503</td><td>プラスミド精製キット。ステップ 2.3.2 で使用します。</td></tr><tr><td>ガラスビーズ(直径0.5mm)</td><td>BioSpec製品</td><td>11079105</td><td>5.2で使用されています。</td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィ</td>ック<td>10021083</td><td>2.3.1、3.6.2で使用されます。</td></tr><tr><td>イソプロピル-β-D-チオガラクトピラノシド(IPTG)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィ</td>ック<td>10356553</td><td>2.1.3で使用。</td></tr><tr><td>硫酸カナマイシン(Gibco)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11815-024</td><td>2.1.3で使用。</td></tr><tr><td>メンブレンフィルター(0.45 &mu;m)</td><td>MF-Millipore</td><td>HAWP02500</td><td>3.3.7</td></tr>マイクロ<tr><td>プレート、96ウェル、平底(チムニーウェル)およびマイクロで使用されます。CLEAR</td><td>Greiner Bio-One</td><td>655096</td><td>4.2.1 で使用されています。</td></tr><tr><td>Monarch DNAゲル抽出キットニュー</td><td>イングランドバイオラボ</td><td>T1020S1.1.2.2</td><td>で使用。</td></tr><tr><td>モナークPCR DNAクリーンアップキット</td><td>ニューイングランドバイオラボ</td><td>T1030</td><td>DNA精製キット。1.1.2.3で使用します。</td></tr><tr><td>LED付きMultitron Proインキュベーター</td><td>インフォサーHT</td><td></td><td>白色LEDライト付き振とうインキュベーター。4.1.4 で使用します。</td></tr><tr><td>7.1で使用された</td><td>MyTaq DNAポリメラーゼ</td><td>バイオライン</td><td>BIO-21108</td>。</tr><tr><td>NanoDrop One</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td>は 2.3.3 で使用されました。</td></tr><tr><td>ワンショットTOP10化学的に有能な大腸菌</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>C404010</td><td>2.1.1で使用されます。</td></tr><tr><td>リン酸緩衝生理食塩水(PBS)溶液(10倍濃縮物)</td><td>VWRインターナショナル</td><td>K8134.3.2</td><td>で使用されます。</td></tr><tr><td>Q51.1.2.1で使用した</td><td>High-Fidelity DNA Polymerase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0491S</td>.</tr><tr><td>Quick-Load 1 kb DNA Ladder</td><td>New England Biolabs</td><td>N0468S</td><td>図4で使用。</td></tr><tr><td>スクリューキャップチューブ(1.5 ml)</td><td>Starstedt</td><td>72.692.210</td><td>3.6.3で使用</td></tr><tr><td>スペクチノマイシン二塩酸塩五水和物</td><td>VWRインターナショナル</td><td>J61820.06</td><td>2.1.3で使用。</td></tr><tr><td>Sterilin Clear Microtiter 丸底 96 ウェルプレート</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>612U96</td><td>4.3.1 で使用。</td></tr><tr><td>表2で使用した</td><td>T4 DNAリガーゼ</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>EL0011</td>。</tr><tr><td>TissueLyser II</td><td>Qiagen</td><td>85300</td><td>ビーズミル。5.2 で使用。</td></tr></tbody></table>

シアノゲートモジュラークローニングツールキットを用いたコンジュゲーションによるシアノバクテリアの遺伝子改変

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

シアノバクテリアは、有用な工業製品の再生可能な生産のために遺伝子組み換えすることができる原核生物の多様なグループです。合成生物学の最近の進歩は、シアノバクテリアへのその後の形質転換または共役転移のためのプラスミドベクターを構築するための標準化されたモジュラークローニングシステムであるCyanoGateなどのいくつかのクローニングツールキットの開発につながっています。ここでは、自己複製ベクター(例えば、蛍光マーカー発現カセットを運ぶ)を組み立てるための詳細な方法と、シアノバクテリア株シネキスシスプスPCC 6803またはシネココッカスへのベクターの共役移動の概要を説明します。エロンゲトゥスUTEX 2973。さらに、プレートリーダーまたはフローサイトメトリーを用いて遺伝的部分(例えばプロモーター)の性能を特徴付ける方法を概説する。

ゴールデンゲートアセンブリワークフローを実証するために、次のレベル0の部分を含むレベル1(前方)アクセプタベクトル(pICH47732)に発現カセットを組み立て、C-フィコシアニンオペロンP cpc560(pC0.005)のプロモーターを、eYFP (pC0.008) およびダブルターミネータ TrrnB (pC0.082)12のコーディングシーケンス。組み立て反応の変換後、大腸菌コロニーの標準的な青白色スクリーニングを用いて成功したアセンブリを同定した(図3)。次いで、レベル 1 ベクトルとエンド リンク 1 ベクトル (pICH50872) の eYFP 発現カセットをレベル T アクセプタ ベクトル (pPMQAK1-T) に組み立てて、ベクトルcpcBA-eYFP (図 4<stron...

ここでは、i)CyanoGateモジュラークローニングツールキットを用いて自己複製ベクターを組み立てる方法を記述するプロトコルを提示し、ii)結合によりシアノバクテリア宿主にベクターを導入し、iii)を用いてトランスジェニックシアノバクテリア株を特徴付ける。プレートリーダーまたはフローサイトメトリー。

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

シアノバクテリアは、合成生物学や再生可能なバイオテクノロジーアプリケーションに有用なプラットフォームとしてますます認識されている光合成微生物の重要なフィラムです。したがって、異種DNAを異なるシアノバクテリア種に設計、クローニング、導入を簡素化するための堅牢な技術を開発することが重要です。したがって、この技術は、自然に変換できないシアノバクテリア種にDNAを導入するための結合または三親交配と呼ばれる確立された方法を実証する。結合は単細胞から多細胞糸状体種へのシアノバクテリア株の広い配列で正常に行われている。初めてこの技術を試みている場合は、シアノバクテリアと大腸菌の両方を注意して扱ってください。たとえば、プロトコルで指定された値を上回る遠心分離は行わないし、渦を巻かないでください。細菌とシアノバクテリアを混合することは、初めてのユーザーには奇妙に思えるかもしれません.私たちは、活用プロセスを実証することによって、これを明確にするために役立つことを願っています。レベル 1 のアセンブリを構築した後、適切なレベルの T アクセクター ベクターを選択します。適切な終了リンクを選択して、最終レベル 1 アセンブリの 3 つの素端をレベル T バックボーンにリゲートします。レベル T で 1 つ以上のレベル 1 のアセンブリを組み立てるには、PBI1 と必要なエンド リンク ベクタとの反応ミックスを準備します。サーマルサイクラープログラムを設定し、原稿に従って進めます。初日には、シネコシスティスPCC 6803またはシネココッカス・エロンガトゥス・ユートックス2973の新鮮な培養を設定することにより、シアノバクテリア培養を成長させます。熱無菌ループで、無菌BG-11寒天プレートから細胞を削り取り、50ミリリットルの新鮮なBG-11培地で満たされた100ミリリットルの円錐形フラスコに入れて接種します。フラスコを照明付きの振盪インキュベーターに入れ、100 RPMで摂氏30度でシネコシスティスPCC 6803細胞培養を成長させます。シネコクス・エロンゲタスUTEX 2973の場合、細胞培養物を摂氏400度で100RPMで成長させます。1~2日後、細胞培養の1ミリリットルを引き、分光光度計で測定する。OD 750の吸光度は0.5から1.5に達する。2日目に、1ミリリットル当たり100マイクログラムの濃度でアンピシリンとクロラムフェニコールの濃度で5ミリリットルのLB培地中のベクターPRK24およびPRL528を含むMC1061大腸菌ヘルパー株を接種する。揺れインキュベーターで225 RPMで一晩摂氏37度で成長します。次に、レベルT貨物ベクターを運ぶ大腸菌培養で適切な抗生物質を含むLB培地の5ミリリットルを接種する。揺れインキュベーターで225 RPMで一晩摂氏37度で培養を成長させます。3日目には、ヘルパーと貨物大腸菌の一晩培養物を室温で10分間10分間遠心分離します。細胞ペレットを乱さずに上清を捨てます。抗生物質を使わずに新鮮なLB培地を5ミリリットル加えてペレットを洗います。ペレットを上下に軽くピペット化し、遠心分離機を軽くピペットして上清を取り除きます。この洗浄工程を3回繰り返して、一晩培養から残留抗生物質を除去する。最後の洗浄後、細胞ペレットを初期培養体積のLB培地の半分の体積で再懸濁する。その後、ヘルパー株の450マイクロリットルを2ミリリットルチューブ内の貨物株450マイクロリットルと組み合わせ、室温で放置します。次に、シアノバクテリア培養物を1ミリリットルで1ミリリットル室温で10分間500g遠心してシアノバクテリア培養を調製する。その後、細胞ペレットを邪魔することなく慎重に上清を捨てます。同じ初期ボリュームの新鮮なBG-11培地を加えてペレットを4回洗浄します。洗浄したシアノバクテリア培養液の900マイクロリットルを、2ミリリットルチューブ内の結合された大腸菌株の900マイクロリットルに加える。上下に軽くピペットを入れ、文化を混ぜます。シネコシスティスPCC 6803または2時間の間、室温で混合物を30分間インキュベートします。混合物を室温で1,500gで10分間遠心する。上清の1.6ミリリットルを除去し、残りの上清のペレットを再懸濁します。抗生物質なしでLB BG-11寒天プレートに1つの0.45ミクロン膜フィルターを置きます。滅菌スプレッダーまたは無菌曲げ先端で膜上に大腸菌/シアノバクテリア培養液の200マイクロリットルを慎重に広げます。パラフィンフィルムでプレートを密封し、プレートを照らされたインキュベーターに24時間置きます。24時間後、炎殺菌鉗子を用いて膜を、適切な抗生物質を含む新鮮なBG-11寒天プレートに慎重に移動し、貨物ベクターを選択します。パラフィンフィルムでプレートを密封し、コロニーが現れるまで以前と同じ条件でインキュベートします。コロニーは通常、シネコシスティスPCC 6803の7-14日後に、シネココッカス・エロンゲタスUTEX 2973の3〜7日後に現れる。コンジュガントを選択するには、熱無菌接種ロッドを使用して、膜から少なくとも2つの個々のコロニーを選択し、適切な抗生物質を含む新しいBG-11寒天プレートにストリークする。その後、シアノバクテリア培養物のストリークをLB培地5ミリリットルを含む15ミリリットル遠心分離管に接種し、振盪インキュベーターで一晩摂氏37度でインキュベートする。明確な培養は、大腸菌汚染の存在を確認する。7日間の十分な成長期間に続いて、長期の凍結貯蔵またはその後の実験のための液体培養物を設定するために個々の無分類コロニーを選ぶ。本研究では、ゴールデンゲートアセンブリのワークフローが実証されました。組立反応の変換後、大腸菌コロニーの標準の青色白色スクリーニングを使用して、成功したアセンブリを同定した。レベル1ベクトル及びエンドリンク1ベクトルにおけるeYFP発現カセットを、次にレベルTアクセプターベクターに組み立てて、ベクトルcpcBA-eYFPを与えた。組み立てられたcpcBA-eYFPベクターを制限消化により検証した。cpcBA-eYFPまたはpPMQAK1-Tベクターの共役移動に成功すると、シネコシスティスPCC 6803およびシネココッカス・エロンガトゥスUTEX 2973の膜上で最大数百コロニーの成長をもたらした。強いPcpc560プロモーターに対して予想されるように、フローサイトメーターからのプレートリーダーおよびeYFP蛍光1細胞あたりのeYFP蛍光の正規化されたeYFP蛍光の値は陰性対照と比較して高かった。プレートリーダーとフローサイトメーターの両方を用いて、シネコシスス・エロンゲタスUTEX 2973では、シネコシスティスPCC 6803よりも蛍光値が高かった。あなたが結合している株に応じて最小時間のインキュベートを確認してください。

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生物学

出典:Lea-Smith、DJ、et al。モデルシアノバクテリア種におけるマーク及びマーカーレス変異体の生成J. Vis.

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モデルシアノバクテリア種のマークとマーカーレス変異体の生成

ここでは、プラスミド結合に関与する目的の遺伝子をノックアウトするプロトコルを提示し、その後、交配アッセイを使用してその不在の影響を分析します。遺伝子の機能は、欠失または点突然変異を使用して、その配列の特定の領域にさらに調査されます。...

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