Name: 実験計画法と自動化ワークフローで実現された遺伝子コード化されたバイオセンサー設計空間の効率的なサンプリング (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-17T12:50:00.000+00:00
Duration: 8 min 58 s
Description: 学ぼう、遺伝子コード化バイオセンサーの最適化手法。自動化ライブラリ生成と実験計画法を統合し、Pseudomonas putidaを用いて蛍光活性プロモーター変異体を効率的にスクリーニングする方法です。

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<table><tbody><tr><td>1000 & マイクロ;L CO-REチップ、滅菌ノンフィルター</td><td>ハミルトン&nbsp;</td><td>235939</td><td></td></tr><tr><td>2.2 mL 96ディープウェルプレート、V字型底部の角型ウェル</td><td>熱</td><td>11594754</td><td></td></tr><tr><td>300 & マイクロ;L CO-RE チップ、スタックNTR、滅菌</td><td>ハミルトン&nbsp;</td><td>235985</td><td></td></tr><tr><td>96ウェルクリアボトム、ブラックマイクロタイタープレート</td><td>グライナー&nbsp;</td><td>655097</td><td></td></tr><tr><td>アガロース&nbsp;</td><td>インビトロゲン</td><td>16500100</td><td></td></tr><tr><td>組み立てられたプラスミドDNA</td><td>ユーザー指定&nbsp;</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>ClarioStar Plus マイクロプレートリーダー&nbsp;</td><td>BMGの</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>デキシヌクロエチド (dNTP) 溶液混合物&nbsp;</td><td>NEB</td><td>N0447L</td><td></td></tr><tr><td>ジメチルスルホキシド(DMSO)&nbsp;</td><td>フィッシャーバイオリジェント&nbsp;</td><td>BP231-100</td><td></td></tr><tr><td>DNAラダー 100bp</td><td>NEB</td><td>N3231L</td><td></td></tr><tr><td>DNAラダー 1KB</td><td>NEB</td><td>N3232L</td><td></td></tr><tr><td>DNAシーケンシング&nbsp;</td><td>出典:バイオサイエンス</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>DNA合成&nbsp;</td><td>IDTの</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>大腸菌 DH5&α;コンポテントセル</td><td>NEB</td><td>C2987H</td><td></td></tr><tr><td>ゲルローディング染料、パープルX6SDSなし</td><td>NEB</td><td>B7025S</td><td></td></tr><tr><td>遺伝子パルサー/マイクロパルサーエレクトロポレーションキュベット、0.2cmギャップ</td><td>バイオラッド&nbsp;</td><td>1652082</td><td></td></tr><tr><td>グラフパッドプリズム10&nbsp;</td><td>グラフパッド</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>ハミルトンスターリキッドハンドラー&nbsp;</td><td>ハミルトン&nbsp;</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>HT マルチトロンプレートシェーカーインキュベーター&nbsp;</td><td>インフォーサー HT</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>JMP統計分析スイート&nbsp;</td><td>JMPの</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>LBブロス(ミラー)</td><td>ミラー&nbsp;</td><td>L3522</td><td></td></tr><tr><td>寒天入りLBブロス(ミラー);</td><td>シグマ</td><td>L3147</td><td></td></tr><tr><td>マイクロパルサーエレクトロポレーター&nbsp;</td><td>バイオラッド&nbsp;</td><td>1652100</td><td></td></tr><tr><td>NEBuilder HiFi DNAアセンブリマスターミックス</td><td>NEB</td><td>E2621S型</td><td></td></tr><tr><td>Q5 高忠実度DNAポリメラーゼ</td><td>NEB</td><td>M0491S</td><td></td></tr><tr><td>QIAprep スピン ミディプレップキット</td><td>キアゲン</td><td>&nbsp;12143</td><td></td></tr><tr><td>QIAprep スピン ミニプレップキット</td><td>キアゲン</td><td>27104</td><td></td></tr><tr><td>QIAquickゲル抽出キット&nbsp;</td><td>キアゲン</td><td>28706X4</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick PCR精製キット&nbsp;</td><td>キアゲン</td><td>28104</td><td></td></tr><tr><td>Qpix 420 コロニーピッカー</td><td>モレキュラーデバイス英国</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>SOC成長媒体&nbsp;</td><td>NEB</td><td>B9020S</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Safe DNAゲル染色</td><td>インビトロゲン</td><td>S33102</td><td></td></tr><tr><td>TAEバッファー(トリス-酢酸-EDTA、50X)&nbsp;</td><td>サーモフィッシャー&nbsp;</td><td>B49</td><td></td></tr><tr><td>UltraPureTM Dnase/Rnase フリー蒸留水&nbsp;</td><td>インビトロゲン</td><td>10977015</td><td></td></tr></tbody></table>

実験計画法と自動化ワークフローで実現された遺伝子コード化されたバイオセンサー設計空間の効率的なサンプリング

Efficient Sampling of Genetically Encoded Biosensor Design Space Enabled with a Design of Experiments and Automation Workflow

Genetically encoded biosensors are powerful tools for high-throughput information processing, enabling the transduction of environmental or chemical input ...

efficient-sampling-genetically-encoded-biosensor-design-space-enabled

Research

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Bioengineering

バイオエンジニアリング（生体工学）

我々が開発し、低コストで容易に入手できる部品から構築ミニチュアケモスタットのフットプリントの小さい配列を検証されています。生理学的および実験的な進化の結果は、大きなボリュームケモスタットに類似していた。...

多重ケモスタットアレイの設計および使用

我々は、マイクロスケール細胞刺激実験のために自動細胞培養と尋問プラットフォームを開発した。プラットフォームは、栽培と細胞の小集団を刺激し、分子解析のための溶解物の回収で、シンプルで汎用性の高い、かつ正確なコントロールを提供しています。プラットフォームはよく貴重な細胞および/または試薬を使用した研究に適しています。...

マイクロスケール細胞刺激のための実験のための多目的自動化プラットフォーム

我々は、植物におけるモノクローナル抗体およびレポータータンパク質の一過性発現に対する導入遺伝子の調節エレメント、植物の成長および発達パラメータ、およびインキュベーション条件の影響を決定し、モデル化するのに使用することができる実験アプローチの設計を記載している。...

ケーススタディとして、タバコにおける一過性タンパク質発現：実験アプローチのデザインを使用した複雑系のキャラクタリゼーション

この研究は、理論的には200以上の酵素に適用できる普遍的な遺伝的酵素スクリーニングシステムを使用したハイスループットスクリーニングの方法を提示しています。ここでは、シングルスクリーニングシステムで、使用する基質(p-ニトロフェニルアセテート、p-ニトロフェニル-β-D-セロビオシド、およびフェニルリン酸)を変更するだけで、3つの異なる酵素(リパーゼ、セルラーゼ、アルカリホスファターゼ)を同定します。...

マルチ酵素ハイスループット遺伝的酵素スクリーニングシステムを用いたスクリーニング

ここで、液体ハンドリング ロボットのクローン DNA のモジュラー アセンブリの方法を使用してモジュールの DNA「デバイス」アセンブリを実行する自動化されたワークフローが表示されます。プロトコルは、組合せの DNA デバイス ライブラリ世代は、我々 の 2 つの液体処理プラットフォームを使用して例を示す液体ハンドラー候補リストを生成するための直感的なソフトウェア...

モジュラー DNA デバイスの液体ハンドリング アセンブリを自動化

我々は、倒立顕微鏡を用いて流出液中の微生物、定期的に画像を細胞の培養物を照明する光遺伝学システムを使用するための連続的な培養装置を設計しました。照明の動的応答は、数日間にわたって測定することができるように培養、サンプリング、画像化、および画像解析は完全に自動化されています。...

微生物光遺伝学アプリケーションのための自動照明、培養、およびサンプリングシステムの設計と実装

本稿では、微生物培養メディアのオーダーメイド設計のための一般的なアプローチについて説明します。技術を組み合わせることクリギングを用いた実験設計および microbioreactor...

自動 Microbioreactor 技術を用いた異種タンパク質生産の最適化のための汎用プロトコル

EVOLVER を用いた自動、高スループット、連続細胞増殖実験の設計

新しい遺伝子回路の設計には、十分に特徴付けられた遺伝的部分が必要です。ここでは、遺伝子部分を迅速に特性評価するための費用対効果の高いハイスループットの方法について説明します。私たちの方法は、無細胞溶解物、クローニングを回避するための線状DNA、およびスループットを向上させ、反応量を減らすための音響液体処理を組み合わせることにより、コストと時間を削減します。...

無細胞システムによる遺伝子部分の迅速な特性評価

このプロトコルは、産業用微生物向けの標準的な高スループットスクリーニングワークフローを提供します。これはARTP変異誘発による変異体ライブラリの構築、自動マイクロ流体解析による陽性液滴スクリーニングを行い、その後結果を検証する過程を含みます。ワークフローの信頼性は、高収量の B. coagulans...

自動液滴マイクロ流体プラットフォームを用いたL-乳酸高産生 バチルス凝固変 異体の高スループットスクリーニング

学ぼう、遺伝子コード化バイオセンサーの最適化手法。自動化ライブラリ生成と実験計画法を統合し、Pseudomonas putidaを用いて蛍光活性プロモーター変異体を効率的にスクリーニングする方法です。

実験計画法と自動化ワークフローで実現された遺伝子コード化されたバイオセンサー設計空間の効率的なサンプリング

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