Name: サッカロマイセス・セレビジアにおける新生および成熟転写産物のRNA構造比較解析 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-27T13:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: 学ぼう、Saccharomyces cerevisiaeにおける新生RNAの二次構造をCoSTseq法で解析する方法。DMS処理とビオチン標識を用いて、転写産物の構造動態とRNAポリメラーゼ位置を同定し、成熟RNAとの比較も可能にする。

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<ol><li>Zhang, J., Fei, Y., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+and+opportunities+in+RNA+structure+experimental+determination+and+computational+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling.</a> Nature Methods. 19 (10), 1193-1207 (2022).</li>
<li>Bonilla, S. L., Jones, A. N., Incarnato, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+biophysical+dissection+of+RNA+conformational+ensembles%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Structural and biophysical dissection of RNA conformational ensembles.</a> Current Opinion in Structural Biology. 88, (2024).</li>
<li>Bose, R., Saleem, I., Mustoe, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Causes%2C+functions%2C+and+therapeutic+possibilities+of+RNA+secondary+structure+ensembles+and+alternative+states%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Causes, functions, and therapeutic possibilities of RNA secondary structure ensembles and alternative states.</a> Cell Chemical Biology. 31 (1), 17-35 (2024).</li>
<li>Rapakko, J., Scaravilli, M., Änkö, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+RNA-protein+interactions+and+RNA+structures+in+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Open+Bio%22%5BJournal%5D)">Interplay between RNA-protein interactions and RNA structures in gene regulation.</a> FEBS Open Bio. , (2025).</li>
<li>Rodgers, M., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+roadmap+for+rRNA+folding+and+assembly+during+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+biochemical+sciences%22%5BJournal%5D)">A roadmap for rRNA folding and assembly during transcription.</a> Trends in biochemical sciences. 46 (11), 889-901 (2021).</li>
<li>Tomezsko, P., Swaminathan, H., Rouskin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+Genome-Wide+or+Targeted+RNA+Structure+Probing+In+Vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for Genome-Wide or Targeted RNA Structure Probing In Vitro.</a> Methods in Molecular Biology. 2254, 219-238 (2021).</li>
<li>Xu, H., Douglas, C. W., Lambowitz, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+TGIRT-seq+methods+for+comprehensive+transcriptome+profiling+with+decreased+adapter+dimer+formation+and+bias+correction%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Improved TGIRT-seq methods for comprehensive transcriptome profiling with decreased adapter dimer formation and bias correction.</a> Scientific Reports. 9 (1), (2019).</li>
<li>Lopes, R., Agami, R., Korkmaz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROseq%2C+A+Tool+for+Identification+of+Transcripts+Regulating+Gene+Expression%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+molecular+biology+%28Clifton%2C+N.J%29%22%5BJournal%5D)">GROseq, A Tool for Identification of Transcripts Regulating Gene Expression.</a> Methods in molecular biology (Clifton, N.J). 1543, 45-55 (2017).</li>
<li>Mahat, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Base-Pair+Resolution+Genome-Wide+Mapping+Of+Active+RNA+polymerases+using+Precision+Nuclear+Run-On+%28PROseq%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+protocols%22%5BJournal%5D)">Base-Pair Resolution Genome-Wide Mapping Of Active RNA polymerases using Precision Nuclear Run-On (PROseq).</a> Nature protocols. 11 (8), 1455-1476 (2016).</li>
<li>Schärfen, L., Vock, I. W., Simon, M. D., Neugebauer, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+folding+of+nascent+RNA+regulates+eukaryotic+RNA+biogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Rapid folding of nascent RNA regulates eukaryotic RNA biogenesis.</a> Molecular Cell. 85 (8), 1561-1574 (2025).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+steps+in+transcription+initiation+and+reinitiation+from+the+major+late+promoter+in+a+HeLa+nuclear+extract%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Functional steps in transcription initiation and reinitiation from the major late promoter in a HeLa nuclear extract.</a> Journal of Biological Chemistry. 262 (8), 3452-3461 (1987).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+and+partial+characterization+of+three+functional+steps+in+transcription+initiation+by+human+RNA+polymerase+II%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Separation and partial characterization of three functional steps in transcription initiation by human RNA polymerase II.</a> Journal of Biological Chemistry. 260 (13), 8163-8172 (1985).</li>
<li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nature Methods. 14 (1), 75-82 (2017).</li>
<li>Tijerina, P., Mohr, S., Russell, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS+foot-printing+of+structured+RNAs+and+RNA-protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">DMS foot-printing of structured RNAs and RNA-protein complexes.</a> Nature Protocols. 2 (10), 2608-2623 (2007).</li>
<li>Liebig, A., Waldsich, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+RNA+structure+within+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+enzymology%22%5BJournal%5D)">Probing RNA structure within living cells.</a> Methods in enzymology. 468, 219-238 (2009).</li>
<li>Pelechano, V., Chávez, S., Pérez-Ortín, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Complete+Set+of+Nascent+Transcription+Rates+for+Yeast+Genes%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">A Complete Set of Nascent Transcription Rates for Yeast Genes.</a> PLOS ONE. 5 (11), (2010).</li>
<li>Wery, M., Descrimes, M., Thermes, C., Gautheret, D., Morillon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zinc-mediated+RNA+fragmentation+allows+robust+transcript+reassembly+upon+whole+transcriptome+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq.</a> Methods. 63 (1), 25-31 (2013).</li>
<li>Wang, L. K., Lima, C. D., Shuman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+mechanism+of+T4+polynucleotide+kinase%3A+an+RNA+repair+enzyme%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Structure and mechanism of T4 polynucleotide kinase: an RNA repair enzyme.</a> The EMBO Journal. 21 (14), 3873-3880 (2002).</li>
<li>Köster, J., Rahmann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snakemake+a+scalable+bioinformatics+workflow+engine%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Snakemake a scalable bioinformatics workflow engine.</a> Bioinformatics. 28 (19), 2520-2522 (2012).</li>
<li>Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y., Gu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((fastp%3A+an+ultrafast+all-in-one+FASTQ+preprocessor%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">fastp: an ultrafast all-in-one FASTQ preprocessor.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 34 (17), i884-i890 (2018).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAR%3A+ultrafast+universal+RNA-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithms+for+efficiently+collapsing+reads+with+Unique+Molecular+Identifiers%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Algorithms for efficiently collapsing reads with Unique Molecular Identifiers.</a> PeerJ. 7, (2019).</li>
<li>Spasic, A., Assmann, S. M., Bevilacqua, P. C., Mathews, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+RNA+secondary+structure+folding+ensembles+using+SHAPE+mapping+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Modeling RNA secondary structure folding ensembles using SHAPE mapping data.</a> Nucleic Acids Research. 46 (1), 314-323 (2018).</li>
<li>Saldi, T., Fong, N., Bentley, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcription+elongation+rate+affects+nascent+histone+pre-mRNA+folding+and+3%E2%80%B2+end+processing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Transcription elongation rate affects nascent histone pre-mRNA folding and 3′ end processing.</a> Genes & Development. 32 (3-4), 297-308 (2018).</li>
<li>Pan, T., Artsimovitch, I., Fang, X., Landick, R., Sosnick, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Folding+of+a+large+ribozyme+during+transcription+and+the+effect+of+the+elongation+factor+NusA%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Folding of a large ribozyme during transcription and the effect of the elongation factor NusA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 96 (17), 9545-9550 (1999).</li>
<li>Heilman-Miller, S. L., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+transcription+on+folding+of+the+Tetrahymena+ribozyme%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Effect of transcription on folding of the Tetrahymena ribozyme.</a> RNA. 9 (6), 722-733 (2003).</li>
<li>Yu, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computationally+reconstructing+co-transcriptional+RNA+folding+from+experimental+data+reveals+rearrangement+of+nonnative+folding+intermediates%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Computationally reconstructing co-transcriptional RNA folding from experimental data reveals rearrangement of nonnative folding intermediates.</a> Molecular Cell. 81 (4), 870-883 (2021).</li>
<li>Yu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+probing+of+eukaryotic+nascent+RNA+structure+elucidates+cotranscriptional+folding+and+its+antimutagenic+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+communications%22%5BJournal%5D)">Genome-wide probing of eukaryotic nascent RNA structure elucidates cotranscriptional folding and its antimutagenic effect.</a> Nature communications. 14 (1), (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10mM ATP</td><td>インビトロジェン</td><td>18330019</td><td></td></tr><tr><td>10mM ビオチン-11-CTP</td><td>イェナ・バイオサイエンス</td><td>NU-831-バイオオックス</td><td></td></tr><tr><td>10mM GTP</td><td>インビトロジェン</td><td>18332015</td><td></td></tr><tr><td>10mM UTP</td><td>インビトロジェン</td><td>18333013</td><td></td></tr><tr><td>10倍 NEBuffer 1</td><td>ニューイングランド・バイオラボ</td><td>B7001S</td><td>ステップ7.2.1での使用</td></tr><tr><td>10倍リン酸塩緩衝生理食塩水(PBS)</td><td>ギブコ</td><td>70011-044</td><td></td></tr><tr><td>SDS20%</td><td>RPI&nbsp;</td><td>L23100-500</td><td></td></tr><tr><td>酸性フェノール:クロロホルム&nbsp;</td><td>アンビオン</td><td>AM9722</td><td></td></tr><tr><td>サイズ選択用のAMPure XPビーズ</td><td>ベックマン・コールター&nbsp;</td><td>A63880</td><td>ステップ7.5.1のサイズ選択に使用されます</td></tr><tr><td>バクト・ペプトーン</td><td>ギブコ</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>バクト酵母エキス</td><td>ギブコ</td><td>212750</td><td></td></tr><tr><td>ビシネ</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>B3876-100G</td><td></td></tr><tr><td>クロロホルム</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>319988</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-グルコース</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>G5767-500G</td><td></td></tr><tr><td>ディフコアガー</td><td>BD DIFCO</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>ジメチル硫酸塩</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>D186309-5ML</td><td></td></tr><tr><td>ダイナビーズ&トレード;MyOneストレプタビジンC1ビーズ&nbsp;</td><td>インビトロジェン</td><td>65001</td><td>セクション4.1のビオチンプルダウンに使用されます</td></tr><tr><td>ダイナビーズ&トレード;mRNA DIRECT&trade;浄化キット</td><td>インビトロジェン</td><td>61011</td><td>セクション5.1のPoly A選択に使用されます</td></tr><tr><td>EDTA、pH 8、0.5M</td><td>シグマ・オルドリッチ&nbsp;</td><td>03690-100ML</td><td></td></tr><tr><td>エタノール</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>E7023-500ML</td><td></td></tr><tr><td>グリコブルー</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9516</td><td>ステップ4.2.7および5.2.4で使用される共沈殿剤</td></tr><tr><td>インデューロ&レグ;&nbsp;逆転写酵素</td><td>ニューイングランド・バイオラボ</td><td>M0681S</td><td>ステップ6.3.1で使用されたRT酵素</td></tr><tr><td>イソアミルアルコール</td><td>シグマ・オルドリッチ&nbsp;</td><td>W205710-1KG-K</td><td></td></tr><tr><td>イソプロパノール</td><td>JT-ベイカー</td><td>9084-05-01</td><td></td></tr><tr><td>KAPA HiFi ホットスタートPCRキット&nbsp;&nbsp;</td><td>ロッシュ</td><td>07958889001</td><td>PCR反応用に7.3.2および7.4.1で使用された高忠実度DNA Pol</td></tr><tr><td>塩化マグネシウム</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>SLCM2154</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR精製キット</td><td>キアゲン</td><td>28004</td><td>ステップ6.3.3および7.2.2でのDNAクリーンアップに使用されます</td></tr><tr><td>Mth RNAリガーゼ</td><td>ニューイングランド・バイオラボ</td><td>M2611A</td><td></td></tr><tr><td>オリゴ・クリーン&コンセントレーター</td><td>ザイモリサーチ</td><td>D4060</td><td>ステップ7.1.2でDNAオリゴのクリーンアップに推奨されています</td></tr><tr><td>酢酸カリウム&nbsp;</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>236497-500G</td><td></td></tr><tr><td>塩化カリウム</td><td>JT・ベイカー</td><td>3040-01</td><td></td></tr><tr><td>水酸化カリウム</td><td>アヴァントール</td><td>6984-04-01</td><td></td></tr><tr><td>RNAクリーン&コンセントレーター-5</td><td>ザイモリサーチ</td><td>R1014</td><td>PNK治療後のステップ5.3.2で使用したRNAクリーンアップキット</td></tr><tr><td>RNaseOUT&trade;組換えリボヌクレアーゼ阻害剤</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>10777019</td><td>PNK治療中のステップ5.3.1で使用されるRNase阻害剤</td></tr><tr><td>サルコシル</td><td>IBIサイエンティフィック</td><td>IB07080</td><td></td></tr><tr><td>酢酸ナトリウム</td><td>クオリティ・バイオロジカル</td><td>351-035-721</td><td></td></tr><tr><td>塩化ナトリウム</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>S5150-1L</td><td></td></tr><tr><td>水素ナトリウム&nbsp;</td><td>マクロン</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>SUPERase&middot;イン&トレード;RNase阻害剤(20 U/&mu;L)</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>AM2696</td><td>ステップ6.3.1で使用されたRNase阻害剤</td></tr><tr><td>T4ポリヌクレオチドキナーゼ</td><td>ニューイングランド・バイオラボ</td><td>M0201S</td><td></td></tr><tr><td>熱安定性5フィートApp DNA/RNAリガーゼ</td><td>ニューイングランド・バイオラボ</td><td>M0319L</td><td></td></tr><tr><td>三塩酸、pH 7.4、1M</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>J60202。K2</td><td></td></tr><tr><td>トライトン X-100</td><td>テクノヴァ</td><td>T1105</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol&trade;試薬</td><td>インビトロジェン</td><td>15596-026</td><td>4.2節の初期RNA洗脱については、セクション4では「RNA試薬」とも呼ばれます</td></tr><tr><td>&β;-メルカプトエタノール</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>M6250-1L</td><td></td></tr></tbody></table>

サッカロマイセス・セレビジアにおける新生および成熟転写産物のrna構造比較解析

Comparative RNA Structure Analysis of Nascent and Mature Transcripts in Saccharomyces cerevisiae

サッカロマイセス・セレビジアにおける新生および成熟転写産物のRNA構造比較解析

During transcription, nascent RNA starts base pairing as it exits RNA polymerases (Pols). This base pairing permits the formation of RNA structures that ...

comparative-rna-structure-analysis-nascent-mature-transcripts

Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

このプロトコルは、酵母の遺伝子発現（内...

マイクロアレイ解析のためのサッカロマイセスセレビシエ</em

このプロトコルは、蛍光を実行するための実験手順を説明...

蛍光を用いたmRNA分子の可視化と分析<em&gt;その場で</emで&gt;ハイブリダイゼーション<em&gt;サッカロミセス·セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）</em

特定のmRNAの定常状態レベルは、mRNAの合成および減衰の速度によって決定される。ゲノムワイドなmRNAの分解速度または特定のmRNAの崩壊速度は、mRNAの半減期を決定することによって測定することができる。このプロトコルは、Saccharomyces cerevisiae中のmRNA減衰率の測定に焦点を当てています。...

mRNAの崩壊料金の測定で<em&gt;サッカロマイセス·セレビシエ</em&gt;使い方<em&gt; rpb1-1</em&gt;株

ここでは、RNA シーケンスを使用して酵母細胞の低酸素応答中に時間をかけての mRNA...

S の酵母酵母の低酸素応答中に時間をかけての mRNA のレベルを測定

ここで説明されているプロトコルは、4-チオウラシルが付いた酵母から精製した新しく合成された mRNA のゲノムワイドな定量化に基づいています。このメソッドは、mrna から非 mRNA 合成を測定することができ、したがって、RNA のポリメラーゼ II...

酵母4 チオウラシルの定量化とラベリング代謝新しく合成された mRNA RNA ポリメラーゼ II の活性のためのプロキシとして

ここでは、RNAのDNAzyme依存性切断に関するプロトコルを提示する。これにより、RNA...

rRNA 2'-O-メチル化のDNAzyme依存性分析

cDNAの速度論的架橋と解析は、生細胞におけるタンパク質-RNA相互作用のダイナミクスを高い時間分解能で調べることができる方法です。ここでは、酵母細胞の増殖、UV架橋、収穫、タンパク質精製、次世代シーケンシングライブラリ調製ステップなど、プロトコルについて詳しく説明します。...

χCRACを用いたin vivoでのタンパク質-RNA相互作用ダイナミクスの高時間分解能モニタリング

このプロトコルでは、自動グラジエントメーカーやグラジエント分画システムを使用せずにポリソームプロファイルを生成する方法について説明します。...

グラジエントメーカーまたは分画システムを使用しないポリソームプロファイリング

このプロトコルは、突然変異プロファイリング実験のために硫酸ジメチルでRNAを修飾するための指示を提供します。これには、2つの代替ライブラリ調製方法を使用したin vitro および in vivo...

硫酸ジメチルによるRNA構造のプロービング in vitro および細胞内でのシーケンシングによる突然変異プロファイリング(英語)

本プロトコルは、アクチノマイシンD処理、RT-qPCR、非線形回帰解析を用いて、マウス胚性幹細胞における遺伝子間および遺伝子内強化RNAの安定性と半減期を定量的に測定します。位置特異的な正規化戦略を組み込み、文脈依存的なeRNA崩壊動態を正確にモデル化します。...

マウス胚性幹細胞におけるエンハンサーRNA安定性の最適化された定量的評価

5-エチニルウリジン(5-EU)を用いて、ツ メガエル...

ツメガエル初期胚発生における新生転写体の代謝標識

学ぼう、Saccharomyces cerevisiaeにおける新生RNAの二次構造をCoSTseq法で解析する方法。DMS処理とビオチン標識を用いて、転写産物の構造動態とRNAポリメラーゼ位置を同定し、成熟RNAとの比較も可能にする。

サッカロマイセス・セレビジアにおける新生および成熟転写産物のRNA構造比較解析

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