Name: 분할 및 풀 합성 펩타이드 급 아미드 도서관의 특성 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: 학습하세요 분할 및 풀 합성법을 이용한 펩타이드 3차 아미드 도서관 합성 방법입니다. 천연 아미노산으로 PTA 서브모노머를 준비하고 고분자 지지체에서 펩타이드 링커 영역을 합성한 후 조합 화학 라이브러리를 구축하여 고처리량 스크리닝을 통해 신약 후보 물질을 발굴할 수 있습니다.

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저자는 가치있는 도움 박사 Jumpei 모리모토 박사 토드 도란에게 감사의 말씀을 전합니다. 이 작품은 NHLBI (NO1-HV-00242)에서 계약에 의해 지원되었다.

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

저자는 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.

펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)는 펩티 올리고머의 슈퍼 패밀리입니다. 잘 공부 펩타이드, peptoids 및 N-메틸화 펩티드 게다가,이 가족 내에서 화합물의 큰 부분은 할 majorly 때문에 일반적으로 N-알킬화 펩타이드 액세스 할 수있는 합성 방법의 부족으로 understudied 아르 남아있다. 여기에서 우리는 아미노산에서 파생 된 키랄 빌딩 블록과 학부모 교사 협의회를 합성하는 효율적인 방법을 설명합니다. 이전에, 우리는 PTA 분자 (23)의 합성 라이브러리에 새 하위 단량체 경로를 사용하는 것으로보고있다. 우리는 학부모 교사 협의회의 백본을 통해 구조적 제지을 가지고 고도로 구조화 된 올리고머 것으로 나타났습니다. 생체 내에서 시험 할 때 PTA 분자는 개선 된 세포 투과성 따라서 향상된 활성을 보여 주었다 (25). 그러나 함께 모든 장점과 함께, 학부모 교사 협의회는 할 majorly 방해 된 위치에서 2 급 아민의 실화에서 ...

펩티 천연 펩티드의 구조를 모방하는 화합물이다. 이들은 단백질 분해 1-3 대 세포 투과성과 안정성을 포함한 천연 펩티드와 관련된 몇 가지 문제를 극복하면서 생리 활성을 유지하도록 설계된다. 때문에 이들 화합물의 올리고머 성격, 큰 합성 라이브러리는 쉽게 단량체 또는 하위 단량체 합성 경로 4-7를 통해 액세스 할 수 있습니다. 펩티 도미 메틱의 가장 공부 클래스 중 하나는 peptoids입니다. Peptoids는 서브 단량체 전략 (8, 9)를 이용하여 용이하게 합성 할 수있는 N-알킬화 글리신의 올리고머이다. 많은 유용한 단백질의 리간드가 성공적으로 단백질 표적 1, 10 ~ 14에 대한 큰 합성 펩 토이 드 라이브러리를 스크리닝에서 확인되었습니다. 그럼에도 불구하고, 펩 토이 드 라이브러리에서 확인 된 &quot;히트&quot;거의 단백질 표적 1,10-14,22으로 매우 높은 친화력을 보관하지 않습니다. 한 엄마조 peptoids 천연 펩티드 간의 차이 peptoids의 대부분은 일반적으로 인해 키랄 중심과 구조적 제약 부족 이차 구조를 형성하는 능력이 부족하다는 것이다. 이 문제를 해결하기 위해, 여러 전략은 크게 주쇄 질소 원자 15-22에 함유 측쇄의 변형 예에 초점을 지난 10 년에 걸쳐 개발되었다. 최근에는 펩티드 급 아미드 (23)를 생성하는 펩 토이 드 골격 상 천연 아미노산 측쇄를 도입하는 신규 합성 루트를 개발했다. 펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)를 포함하지만 펩티드 (R 2 = H), peptoids (R 1 = H) 및 N-메틸화 펩티드에 국한되지 않습니다 펩티 도미 메틱의 최고 가족입니다 (R 1 ≠ H는, R 2 나를 =) . 우리의 합성 경로는 자연에 키랄성 (chirality)와 사이드 체인의 소스로 아미노산을 발생 채택하여 (그림 1 참조)45, 탄소, 및 N-치환을 제공하는 상용 급 아민. 따라서, 간단한 펩티드 peptoids 또는 N-메틸화 펩티드보다 큰 화학 공간 탐구 할 수있다. 원 편광 이색 스펙트럼은 PTA 분자가 높은 솔루션으로 구성되어 나타났습니다. PTA-단백질 복합체의 하나의 특성은 명확하게 PTA의 구조적 제약 조건이 바인딩에 필요한 것을 보여줍니다. 최근에, 우리는 또한 PTA 분자 중 일부는 자신의 펩 토이 드 펩타이드에 비해 개선 된 세포 투과성을 가지고 것을 발견했습니다. 우리는이 PTA 라이브러리 단백질 표적에 대한 높은 친 화성 리간드의 좋은 원천이 될 수 있다고 생각합니다. 이 논문에서, 우리는 샘플 이들 화합물의 결합 및 분해에 대한 몇 가지 개선 조건과 함께 세부 사항에 하나의 구슬 한 화합물 (OBOC) PTA 라이브러리의 합성을 설명합니다.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 트리메틸 피리딘</td><td>아크로스</td><td>161950010</td><td>CAS : 108-75-8</td></tr><tr><td>2- 모르 폴리 노 에탄 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>06680</td><td>CAS : 2038-03-1&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>48 % HBr 수용액</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS : 10035-10-6</td></tr><tr><td>아세트 알데히드</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>402788</td><td>CAS : 75-07-0&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>아세토 니트릴</td><td>피셔</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS : 75-05-8</td></tr><tr><td>무수 테트라 하이드로 푸란 (THF)</td><td></td> <td>EMD EM-TX0277-6</td><td>CAS : 109-99-9</td></tr><tr><td>벤질 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>185701</td><td>CAS : 100-46-9</td></tr><tr><td>비스 (트리클로로 메틸) 탄산염 (BTC)</td> <td>아크로스</td><td>258950050</td><td>CAS : 32315-10-9</td></tr><tr><td>브로 모 아세트산</td><td>아크로스</td><td>106570010</td><td>CAS: 79-08-3</td></tr><tr><td>클로라 닐</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>23290</td><td>CAS : 118-75-2</td></tr><tr><td>시클로 헥산 메틸 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>101842</td><td>CAS : 3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>캠브리지 동위 원소</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS : 7789-20-0</td></tr><tr><td>D- 알라닌</td><td>아나 스펙</td><td>61387-100</td><td>CAS : 338-69-2</td></tr><tr><td>디클로로 메탄 (DCM)</td> <td>피셔</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS : 75-09-2</td></tr><tr><td>디메틸 포름 아미드 (DMF)</td> <td>피셔</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS : 68-12-2</td></tr><tr><td>에틸렌 글리콜</td><td>오크 우드</td><td>44710</td><td>CAS : 107-21-1</td></tr><tr><td>이소 펜틸 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>W321907</td><td>CAS : 107-85-7</td></tr><tr><td></td><td>KBr 아크로스</td><td>424070025</td><td>CAS : 7758-02-3</td></tr><tr><td>L- 알라닌</td><td>아나 스펙</td><td>61385-100</td><td>CAS: 56-41-7</td></tr><tr><td>3- 메 톡시 프로필 아</td><td>민 시그마 - 알드리치</td><td>M25007</td><td>CAS : 5332-73-0</td></tr><tr><td>2- 메 톡시 에틸 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>143693</td><td>CAS : 109-85-3</td></tr><tr><td>N- (3- 아미노 프로필) -2- 피 롤리 디논</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>136565</td><td>CAS : 7663-77-6&nbsp;</td></tr><tr><td>N, N'- 디 이소 프로필 카르 보디 이미드 (DIC)</td> <td>아크로스</td><td></td><td>115211000 CAS : 693-13-0</td></tr><tr><td>N, N- 디 이소 프로필 에틸 아민 (DIPEA)</td> <td>시그마 - 알드리치</td><td>D125806</td><td>CAS : 7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO 2 </td> <td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS : 7631-99-4</td></tr><tr><td>Naod 40 % 용액</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS : 7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidine</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS : 110-89-4</td></tr><tr><td>피페로 닐 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>P49503</td><td>CAS : 2620-50-0</td></tr><tr><td>프로필 아민</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>240958</td><td>CAS : 107-10-8</td></tr><tr><td>트리 플루오로 아세트산</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>299537</td><td>CAS : 76-05-1</td></tr> <tr><td>&alpha; -시아노 -4- 하이드 록시 신남 산</td><td>시그마 - 알드리치</td><td>39468</td><td>CAS : 28166-41-8&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>&alpha;-Ketoglutarate</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS:328-50-7</td></tr><tr><td>RINK 링커가 있는 텐타젤 수지</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>알라닌 트랜스아미나제</td><td>Roche</td><td></td><td>10105589001 AKA: 글루타메이트-피루베이트 트랜스아미나제(GPT)</td></tr> <tr><td>인큐베이터</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400MHz</td><td></td></tr><tr><td>MALDI 질량 분석기</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>동결 건조기</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis 벤치탑 K</td><td></td></tr><tr><td>주사기 반응</td>기 <td>INTAVIS</td><td>반응 기둥</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>진공 매니폴드</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

분할 및 풀 합성 펩타이드 급 아미드 도서관의 특성

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

펩티 단백질 리간드의 좋은 소스입니다. 이들 화합물의 올리고머 자연 조합 화학을 사용하여 고체 상태에 큰 합성 라이브러리에 액세스하는 가능하게한다. 펩티 도미 메틱의 가장 잘 공부 클래스 중 하나는 peptoids입니다. Peptoids는 합성하기 쉽고 단백질 분해를 방지하고 세포 투과성 것으로 표시되었습니다. 지난 10 년간 많은 유용한 단백질의 리간드는 펩 토이 드 라이브러리의 검사를 통해 확인되었습니다. 그러나, 펩 토이 드 라이브러리에서 확인 된 리간드의 대부분은 드문 예외를 제외하고, 높은 선호도를 표시하지 않습니다. 이것은 펩 토이 드 분자 내에 키랄 중심과 구조적 제약의 부족 때문에, 부분적으로 기인 할 수있다. 최근에, 우리는 펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)에 액세스 할 수있는 새로운 합성 경로를 설명했다. 학부모 교사 협의회는 포함하지만, 펩티드, peptoids 및 N-메틸화 펩티드에 국한되지 않습니다 펩티 도미 메틱의 슈퍼 패밀리입니다. α-탄소 및 주쇄에 질소 원자를 모두에 측쇄와,이러한 분자의 형태는 크게 sterical 방해하고 알릴 1,3 변형에 의해 제한됩니다. (도 1) 우리의 연구는 이러한 PTA 분자 높게 용액으로 구성되는 단백질 리간드를 식별하기 위해 사용될 수 있음을 시사한다. 우리는이 분자가 높은 친 화성 단백질의 리간드의 미래 원천이 될 수 있다고 생각합니다. 여기에서 우리는 샘플 학부모 교사 협의회의 1 구슬 한 화합물 (OBOC) 라이브러리를 합성하는 분할과 풀과 하위 단량체 전략 모두의 힘을 결합하는 합성 방법을 설명합니다.

여기에서 우리는 링커와 PTA 트리머에서 세 대표 MALDI 스펙트럼을 보여줍니다. 도 6a에 도시 된 바와 같이 50 % TFA / DCM 용액을 사용하여 실온하에 절단 될 때, 상당한 저하가 관찰된다. 그림 6a에, 593 피크와 484은 전체 분자가 성공적으로 구슬에 합성하지만 분열하는 동안 저하 된 것을 보여 각각 링커와 PTA 트리머에 해당합니다. 전술 한 바와 같이, 저온 조건에서 절단하면도 6b에 도시 된 바와 같이, TFA 유도 열화 량은 크게 억제된다. 이러한 분열의 메커니즘은 이전 문헌 24에 기재되어 있으며, 이는 옥사 졸리 딘 중간 통과 여겨진다. PTA 분자는 MS / MS에 의해 서열화 될 수 있고,도 6c에 도시 된 바와 같이 단편화 패턴은, 펩티드 및 peptoids 유사하다. 와 (S)-2-bromopropanoic 일반적으로 산 - D 4</sub...

펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)를 포함하지만, 펩티드, peptoids 및 N-메틸화 펩티드에 국한되지 않습니다 펩티 도미 메틱의 슈퍼 패밀리입니다. 여기에서 우리는 학부모 교사 협의회의 한 구슬 한 화합물 라이브러리를 합성하는 분할과 풀과 하위 단량체 전략을 결합 합성 방법을 설명합니다.

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

본 실험의 전반적인 목적은 펩타이드 3차 아미드 또는 PTA 단위를 포함하는 조합 라이브러리를 합성하는 방법을 제시하는 것입니다. 이는 먼저 천연 아미노산으로부터 PTA 서브 모노머를 준비함으로써 수행됩니다. 두 번째 단계는 고체 지지체 상에서 펩타이드 링커 영역을 합성하는 것입니다.다음으로, PTA 및 펩타이드 서브유닛을 포함하는 조합 라이브러리를 합성합니다. 마지막 단계는 합성된 라이브러리를 특성화하여 합성 품질을 확인하는 것입니다. 최종적으로, 입체 구조가 제한된 PTA 서브유닛을 포함하는 조합 라이브러리가 합성되며, 이러한 라이브러리는 고처리량 스크리닝에 사용되어 단백질 리간드를 제공하고 신약 발견으로 이어질 수 있습니다.본 논문의 주제가 되는 화학 기술은 이전에 연구했던 펩타이드 및 기타 물질보다 훨씬 더 강직한 분자를 찾으려는 시도에서 개발되었습니다. 더 강직한 분자 라이브러리를 발굴하면 단백질 표적에 훨씬 더 높은 친화력으로 결합할 수 있다는 아이디어였으며, 이는 향후 약물을 개발하거나 흥미로운 프로브 분자를 만드는 데 매우 중요하다고 생각했습니다. PTA 서브오더 합성의 시각적 시연은 매우 결정적인데, 온도와 타이밍 조절이 성공적인 합성에 매우 중요하므로 합성법을 익히기가 어렵기 때문입니다.먼저, 마그네틱 스터 바가 들어 있는 500 milliliter 3구 라운드 바텀 플라스크에 dine 8.9 grams와 브로민화 칼륨 11.9 grams를 넣습니다. 그런 다음, 이전에 준비한 30% 브로민화 수소 용액 100 milliliters를 플라스크에 추가합니다. 플라스크를 -10 °C의 에틸렌 글리콜-드라이아이스 배스에 넣은 후, 긴 바늘을 통해 플라스크 바닥부터 아르곤 가스를 10분 동안 버블링합니다.마그네틱 stir bar를 사용하여 용액을 300 RPM으로 교반합니다. 그 후, 미리 준비한 아질산나트륨 용액을 3구 라운드 바텀 플라스크에 연결된 압력 평형 적하 깔때기에 넣고 세프텀으로 밀봉합니다. 적하 깔때기의 밸브를 천천히 열어 아질산나트륨 용액이 플라스크 안으로 한 방울씩 떨어지게 합니다.밸브를 조절하여 적하 속도가 초당 약 2방울이 되도록 맞춥니다. 아질산나트륨 첨가가 완료되면, 용액을 3시간 동안 더 교반하며 온도가 -10 °C에서 실온까지 올라가도록 둡니다. 용액의 색이 너무 진할 경우, 진공을 가해 반응 중에 생성된 과잉 질소 산화물과 생성되었을 가능성이 있는 브롬을 제거합니다.용액

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Research

연구

JoVE Journal

Chemistry

화학

기본 장비 및 상용 시약과 관련된 단순하고 일반적인 수동 peptoid 합성 방법은 peptoids 쉽게 대부분의 실험실에서 합성 수있게 설명되어 있습니다. amphiphilic peptoid의 36mer의 합성, 정제 및 특성은 물론 높은 주문한 nanosheets로의 자기 조립과 같이 설명되어 있습니다.

높은 명령으로 Nanosheets에 Peptoid 폴리머 및 자기 조립의 고체 상 합성 Submonomer

HMBA 수지에서 절단 절차를 "안전 잡는 '활용하는 작용 비스 - 펩티드 trimer의 효율적인 고체 상 펩타이드 합성이 설명되어 있습니다.

기능화 비스 - 펩타이드의 고상 합성은 방법론 &quot;을 안전 잡아라&quot;사용

동일한 순서로 양이온 기능이 혼합된 펩토이드를 합성하는 프로토콜이 제시됩니다(라이신 및 아르기닌 유형 단량체). 피부 리슈마니아증을 일으키는 원생동물 기생충인 Leishmania mexicana에 대한 이러한 화합물의 후속 테스트도 설명됩니다.

이들 안티 leishmanial 역가의 혼합 리신 형 / 아르기닌 형 단량체 및 평가를 펩 토이 드의 합성을위한 효과적인 방법

이 종이 합성 및 펩 티 드 amphiphile micelles monocyte 대상의 특성을 포함 하는 메서드를 제공 하 고 해당 생체 적합성 및 monocytes에 바인딩할는 micelle의 능력에 대 한 테스트 분석 실험.

동맥 경화 증의 영상에 대 한 펩 티 드 Amphiphile Micelles Monocyte 타겟팅의 합성

프로토콜은 질량 분석에 의해 올리고 peptoids 시퀀스 분석 다음의 수동 합성에 설명 되어 있습니다.

합성 및 올리고 peptoids의 질량 분석 분석

선물이 thioether/비닐의 건설에 대 한 프로토콜 황화 닿는 헬리컬 펩 티 드 사진 유도 thiol-ene/thiol-yne hydrothiolation를 사용 하 여.

헬리컬 펩 티 드를 통해 사진 유도 Thiol-ene 또는 yne Hydrothiolation Thioether/비닐 황 화물-곁에 건설

Polyamine 기반 펩타이드 amphiphiles (PPAs)의 합성은 이러한 반응 기능 마스크 그룹 보호의 사리 분별이 사용 여러 아민 nitrogens의 존재로 인해 중요 한 도전 이다. 이 문서에서 우리는 자기 조립 분자의 이러한 새로운 클래스의 준비에 대 한 손쉬운 방법을 설명합니다.

Polyamine 기반 펩타이드 Amphiphiles (PPAs) 및 관련된 생체 자기 조립의 합성에 대 한 손쉬운 프로토콜

1, 2-dithiolane의 합성에 대 한 프로토콜 펩 티 드와 펩 티 드에서 자기 조립 결과 supramolecular 구조의 특성 수정.

합성 및 특성 1, 2-Dithiolane의 수정 자가 조립 펩 티 드

시스테인 부유한 펩 티 드 그들의 이황화 연결에 따라 고유한 3 차원 구조로 접어. 개별 이황화가 성체의 타겟된 합성 필요한 때 버퍼 산화 원하는 이황화 연결 리드 하지 않습니다. 프로토콜 선택 합성 펩 티 드 3 이황화 결합 그리고 NMR 및 MS/MS를 사용 하 여 그들의 구조 분석을 다루고 있다.

합성 및 다른 아 황산 연결 된 μ-Conotoxin PIIIA이 성체의 구조 결정

정보 부호화 된 펩토이드 올리고머의 합성과 동적 공유 반응체 쌍 및 루이스 산성 희토류로 아민과 알데히드를 사용하여 분자 사다리로 이러한 펩토이드의 시퀀스 지시자가 조립하기 위한 프로토콜이 제시됩니다. 다중 역할 시약으로 금속 triflates.

정보 베어링 펩토이드의 합성과 시퀀스 지향 동적 공유자 자체 조립

이 프로토콜은 시스테인과 메티오닌 사이의 비스알킬화와 프로파길 설포늄 중심에 의해 유발되는 용이한 티올-인 반응을 통한 고리형 펩타이드의 합성을 제시합니다.

온테더 설포늄 중심을 사용한 순환 펩타이드 구성

학습하세요 분할 및 풀 합성법을 이용한 펩타이드 3차 아미드 도서관 합성 방법입니다. 천연 아미노산으로 PTA 서브모노머를 준비하고 고분자 지지체에서 펩타이드 링커 영역을 합성한 후 조합 화학 라이브러리를 구축하여 고처리량 스크리닝을 통해 신약 후보 물질을 발굴할 수 있습니다.

분할 및 풀 합성 펩타이드 급 아미드 도서관의 특성

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