Name: Cell-ACDC를 사용한 다차원 현미경 데이터 분석 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-07T13:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 17 s
Description: 학습하세요 Cell-ACDC를 활용한 다차원 현미경 데이터 분석 방법을. AI 기반 세분화 및 추적 알고리즘으로 세포 분열 주기를 정밀하게 분석하고, 사용자 중심 시각화 도구로 생물학적 발견을 가속화합니다.

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<ol><li>Cuny, A. P., Schlottmann, F. P., Ewald, J. C., Pelet, S., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+cell+microscopy%3A+from+image+to+insight%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+Rev%22%5BJournal%5D)">Live cell microscopy: from image to insight.</a> Biophys Rev. 3, 021302(2022).</li>
<li>Hugelier, S., Colosi, P. L., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">Quantitative single-molecule localization microscopy.</a> Annu Rev Biophys. 52, 139-160 (2023).</li>
<li>Tavakoli, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light-microscopy-based+connectomic+reconstruction+of+mammalian+brain+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Light-microscopy-based connectomic reconstruction of mammalian brain tissue.</a> Nature. 642, 398-410 (2025).</li>
<li>Seal, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+painting%3A+a+decade+of+discovery+and+innovation+in+cellular+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Cell painting: a decade of discovery and innovation in cellular imaging.</a> Nat Methods. 22, 254-268 (2025).</li>
<li>Robertson, M. J., Meyerowitz, J. G., Skiniotis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+discovery+in+the+era+of+cryo-electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Drug discovery in the era of cryo-electron microscopy.</a> Trends Biochem Sci. 47, 124-135 (2022).</li>
<li>Al-Refaie, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fasting+shapes+chromatin+architecture+through+an+mTOR%2FRNA+Pol+I+axis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Fasting shapes chromatin architecture through an mTOR/RNA Pol I axis.</a> Nat Cell Biol. 26, 1903-1917 (2024).</li>
<li>Ueda, H. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+clearing+and+its+applications+in+neuroscience%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Tissue clearing and its applications in neuroscience.</a> Nat Rev Neurosci. 21, 61-79 (2020).</li>
<li>Ko, J., Hyung, S., Cheong, S., Chung, Y., Li Jeon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revealing+the+clinical+potential+of+high-resolution+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Revealing the clinical potential of high-resolution organoids.</a> Adv Drug Deliv Rev. 207, 115202(2024).</li>
<li>Vitacolonna, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+multiparametric+analysis+including+single-cell+and+subcellular+feature+assessment+reveals+differential+behavior+of+spheroid+cultures+on+distinct+ultra-low+attachment+plate+types%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Bioeng+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">A multiparametric analysis including single-cell and subcellular feature assessment reveals differential behavior of spheroid cultures on distinct ultra-low attachment plate types.</a> Front Bioeng Biotechnol. 12, 1422235(2024).</li>
<li>Qian, N., Weinstein, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+imaging+of+an+intact+organism+using+volumetric+DNA+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic imaging of an intact organism using volumetric DNA microscopy.</a> Nat Biotechnol. , (2025).</li>
<li>Wallace, C. T., St. Croix, C. M., Watkins, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Data+management+and+archiving+in+a+large+microscopy-and-imaging%2C+multi-user+facility%3A+microscopy+and+data+management%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Reprod+Dev%22%5BJournal%5D)">Data management and archiving in a large microscopy-and-imaging, multi-user facility: microscopy and data management.</a> Mol Reprod Dev. 82, 630-634 (2015).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9, 676-682 (2012).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7, 16878(2017).</li>
<li>Sofroniew, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((napari%3A+a+multi-dimensional+image+viewer+for+Python%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">napari: a multi-dimensional image viewer for Python.</a> Zenodo. , (2025).</li>
<li>Padovani, F., Mairhörmann, B., Falter-Braun, P., Lengefeld, J., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Segmentation%2C+tracking+and+cell+cycle+analysis+of+live-cell+imaging+data+with+Cell-ACDC%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Segmentation, tracking and cell cycle analysis of live-cell imaging data with Cell-ACDC.</a> BMC Biol. 20, 174(2022).</li>
<li>Piñeiro López, C., Rodrigues Neves, A. R., Čavka, I., Gros, O. J., Köhler, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Segmentation+of+C.+elegans+germline+nuclei%5BTitle%5D)+AND+%22microPubl+Biol%22%5BJournal%5D)">Segmentation of C. elegans germline nuclei.</a> microPubl Biol. , (2023).</li>
<li>Ohira, M., Rhind, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((pomBseen%3A+an+automated+pipeline+for+analysis+of+fission+yeast+images%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">pomBseen: an automated pipeline for analysis of fission yeast images.</a> PLoS One. 18, e0291391(2023).</li>
<li>Goldsborough, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((InstanSeg%3A+an+embedding-based+instance+segmentation+algorithm+optimized+for+accurate%2C+efficient+and+portable+cell+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">InstanSeg: an embedding-based instance segmentation algorithm optimized for accurate, efficient and portable cell segmentation.</a> arXiv. , (2024).</li>
<li>Pietsch, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determining+growth+rates+from+bright-field+images+of+budding+cells+through+identifying+overlaps%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Determining growth rates from bright-field images of budding cells through identifying overlaps.</a> Elife. 12, e79812(2023).</li>
<li>Bunk, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((YeastMate%3A+neural+network-assisted+segmentation+of+mating+and+budding+events+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">YeastMate: neural network-assisted segmentation of mating and budding events in Saccharomyces cerevisiae.</a> Bioinformatics. 38, 2667-2669 (2022).</li>
<li>Cutler, K. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Omnipose%3A+a+high-precision+morphology-independent+solution+for+bacterial+cell+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Omnipose: a high-precision morphology-independent solution for bacterial cell segmentation.</a> Nat Methods. 19, 1438-1448 (2022).</li>
<li>Zargari, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeepSea+is+an+efficient+deep-learning+model+for+single-cell+segmentation+and+tracking+in+time-lapse+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep+Methods%22%5BJournal%5D)">DeepSea is an efficient deep-learning model for single-cell segmentation and tracking in time-lapse microscopy.</a> Cell Rep Methods. 3, 100500(2023).</li>
<li>Lugagne, J. B., Lin, H., Dunlop, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeLTA%3A+automated+cell+segmentation%2C+tracking%2C+and+lineage+reconstruction+using+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">DeLTA: automated cell segmentation, tracking, and lineage reconstruction using deep learning.</a> PLoS Comput Biol. 16, e1007673(2020).</li>
<li>Kirillov, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Segment+anything%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Segment anything.</a> arXiv. , (2023).</li>
<li>Weigert, M., Schmidt, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclei+instance+segmentation+and+classification+in+histopathology+images+with+StarDist%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Int+Symp+Biomed+Imaging+Challenges+%28ISBIC%29%22%5BJournal%5D)">Nuclei instance segmentation and classification in histopathology images with StarDist.</a> IEEE Int Symp Biomed Imaging Challenges (ISBIC). , (2022).</li>
<li>Dietler, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+convolutional+neural+network+segments+yeast+microscopy+images+with+high+accuracy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A convolutional neural network segments yeast microscopy images with high accuracy.</a> Nat Commun. 11, 5723(2020).</li>
<li>Stringer, C., Pachitariu, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellpose3%3A+one-click+image+restoration+for+improved+cellular+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Cellpose3: one-click image restoration for improved cellular segmentation.</a> Nat Methods. 22, 592-599 (2025).</li>
<li>Pachitariu, M., Stringer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellpose+2.0%3A+how+to+train+your+own+model%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Cellpose 2.0: how to train your own model.</a> Nat Methods. 19, 1634-1641 (2022).</li>
<li>Gallusser, B., Weigert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trackastra%3A+transformer-based+cell+tracking+for+live-cell+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Trackastra: transformer-based cell tracking for live-cell microscopy.</a> arXiv. , (2024).</li>
<li>Allan, D. B., Caswell, T., Keim, N. C., van der Wel, C. M., Verweij, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((soft-matter%2Ftrackpy%3A+v0.6.4%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">soft-matter/trackpy: v0.6.4.</a> Zenodo. , (2024).</li>
<li>Ulicna, K., Vallardi, G., Charras, G., Lowe, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+deep+lineage+tree+analysis+using+a+Bayesian+single+cell+tracking+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Comput+Sci%22%5BJournal%5D)">Automated deep lineage tree analysis using a Bayesian single cell tracking approach.</a> Front Comput Sci. 3, 734559(2021).</li>
<li>Doersch, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TAPIR%3A+tracking+any+point+with+per-frame+initialization+and+temporal+refinement%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">TAPIR: tracking any point with per-frame initialization and temporal refinement.</a> arXiv. , (2023).</li>
<li>Zargari, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeepSea+is+an+efficient+deep-learning+model+for+single-cell+segmentation+and+tracking+in+time-lapse+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep+Methods%22%5BJournal%5D)">DeepSea is an efficient deep-learning model for single-cell segmentation and tracking in time-lapse microscopy.</a> Cell Rep Methods. 3, 100500(2023).</li>
<li>O'Connor, O. M., Alnahhas, R. N., Lugagne, J. B., Dunlop, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeLTA+2.0%3A+a+deep+learning+pipeline+for+quantifying+single-cell+spatial+and+temporal+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">DeLTA 2.0: a deep learning pipeline for quantifying single-cell spatial and temporal dynamics.</a> PLoS Comput Biol. 18, e1009797(2022).</li>
<li>Chatzitheodoridou, D., Bureik, D., Padovani, F., Nadimpalli, K. V., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decoupled+transcript+and+protein+concentrations+ensure+histone+homeostasis+in+different+nutrients%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Decoupled transcript and protein concentrations ensure histone homeostasis in different nutrients.</a> EMBO J. 43, 5141-5168 (2024).</li>
<li>Schmoller, K. M., Turner, J. J., Kõivomägi, M., Skotheim, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dilution+of+the+cell+cycle+inhibitor+Whi5+controls+budding-yeast+cell+size%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Dilution of the cell cycle inhibitor Whi5 controls budding-yeast cell size.</a> Nature. 526, 268-272 (2015).</li>
<li>Moore, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OME-Zarr%3A+a+cloud-optimized+bioimaging+file+format+with+international+community+support%5BTitle%5D)+AND+%22Histochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">OME-Zarr: a cloud-optimized bioimaging file format with international community support.</a> Histochem Cell Biol. 160, 223-251 (2023).</li>
<li>Seshadri, A., Badrinarayanan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exonuclease+action+of+replicative+polymerase+gamma+drives+damage-induced+mitochondrial+DNA+clearance%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">Exonuclease action of replicative polymerase gamma drives damage-induced mitochondrial DNA clearance.</a> EMBO Rep. 26, 1385-1405 (2025).</li>
<li>Dengler, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((When+mitochondria+fall+apart%3A+unbalanced+mitochondrial+segregation+triggers+loss+of+mtDNA+in+the+absence+of+mitochondrial+fusion%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">When mitochondria fall apart: unbalanced mitochondrial segregation triggers loss of mtDNA in the absence of mitochondrial fusion.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Xiao, J., Turner, J. J., Kõivomägi, M., Skotheim, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whi5+hypo-+and+hyper-phosphorylation+dynamics+control+cell-cycle+entry+and+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Whi5 hypo- and hyper-phosphorylation dynamics control cell-cycle entry and progression.</a> Curr Biol. 34, 2434-2447.e5 (2024).</li>
<li>Roussou, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+assessment+of+mitochondrial+DNA+heteroplasmy+dynamics+at+the+single-cell+level%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Real-time assessment of mitochondrial DNA heteroplasmy dynamics at the single-cell level.</a> EMBO J. 43, 5340-5359 (2024).</li>
<li>Padovani, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SpotMAX%3A+a+generalist+framework+for+multi-dimensional+automatic+spot+detection+and+quantification%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">SpotMAX: a generalist framework for multi-dimensional automatic spot detection and quantification.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Lanz, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+dilution+by+cell+growth+drives+starvation-like+proteome+remodeling+in+mammalian+and+yeast+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome dilution by cell growth drives starvation-like proteome remodeling in mammalian and yeast cells.</a> Nat Struct Mol Biol. 31, 1859-1871 (2024).</li>
<li>Kukhtevich, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+origin+of+septin+ring+size+control+in+budding+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">The origin of septin ring size control in budding yeast.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Chadha, Y., Kukhtevich, I. V., Padovani, F., Schneider, R., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+imaging+reveals+a+key+role+of+Bck2+in+budding+yeast+cell+size+adaptation+to+nutrient+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Single-cell imaging reveals a key role of Bck2 in budding yeast cell size adaptation to nutrient challenges.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Seel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+with+cell+size+ensures+mitochondrial+DNA+homeostasis+during+cell+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Regulation with cell size ensures mitochondrial DNA homeostasis during cell growth.</a> Nat Struct Mol Biol. 30, 1549-1560 (2023).</li>
<li>Schuh, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Altered+expression+response+upon+repeated+gene+repression+in+single+yeast+cells%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Altered expression response upon repeated gene repression in single yeast cells.</a> PLoS Comput Biol. 18, e1010640(2022).</li>
<li>Kukhtevich, I. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+RNA+imaging+in+single+live+cells+reveals+age-dependent+asymmetric+inheritance%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Quantitative RNA imaging in single live cells reveals age-dependent asymmetric inheritance.</a> Cell Rep. 41 (7), 111656(2022).</li>
<li>Freitag, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+experiments+reveal+the+elbow+as+an+essential+folding+guide+in+SMC+coiled-coil+arms%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">Single-molecule experiments reveal the elbow as an essential folding guide in SMC coiled-coil arms.</a> Biophys J. 121, 4702-4713 (2022).</li>
<li>Sugawara, K., Çevrim, Ç, Averof, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracking+cell+lineages+in+3D+by+incremental+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Tracking cell lineages in 3D by incremental deep learning.</a> Elife. 11, e69380(2022).</li>
<li>Ershov, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TrackMate+7%3A+integrating+state-of-the-art+segmentation+algorithms+into+tracking+pipelines%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">TrackMate 7: integrating state-of-the-art segmentation algorithms into tracking pipelines.</a> Nat Methods. 19, 829-832 (2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>아기</td><td>줄리안 피에치</td><td>10.7554/eLife.79812</td><td>세분화 및 추적 소프트웨어는 선택 사항으로, Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>베이지안 추적기</td><td>크리스티나 울리크나</td><td>10.3389/fcomp.2021.734559</td><td>추적 소프트웨어는 선택 사항으로 셀-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>셀-ACDC</td><td>프란체스코 파도바니</td><td>10.1186/s12915-022-01372-6</td><td>소프트웨어</td></tr><tr><td>세포 생식선 핵</td><td>크리스티나 핀틸데; 에이로 L&아큐트; pez / Ana Rita Rodrigues Neves / Ivana <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/68954/68954eq1.jpg" style="margin: auto; "/>avka</td><td>10.17912/마이크로퍼블릭. 생물학.001062</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>셀포즈 버전 2</td><td>카센 스트링거</td><td>10.1038/s41592-020-01018-x</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>셀포즈 버전 3</td><td>카센 스트링거</td><td>10.1038/s41592-025-02595-5</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>세포 포즈 버전 4 (셀포즈-SAM)</td><td>마리우스&nbsp; 파치타리우</td><td>10.1101/2025.04.28.651001</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>컴퓨터</td><td>-</td><td>-</td><td>아래의 권장 사양을 참고하세요</td></tr><tr><td>컴퓨터 - CPU</td><td>어떤</td><td>-</td><td>권장 최소 4코어, 2.5GHz &nbsp;</td></tr><tr><td>컴퓨터 - GPU</td><td>엔비디아(선호)&nbsp;</td><td>-</td><td>(선택 사항) 권장 최소 8GB VRAM</td></tr><tr><td>컴퓨터 - 하드 드라이브 공간</td><td>어떤</td><td>-</td><td>4GB + 3 x 마이크로스코프 파일 크기</td></tr><tr><td>컴퓨터 - 운영체제</td><td>마이크로소프트, 애플, 기타</td><td>-</td><td>Windows, MacOS, Linux 모두 지원됩니다</td></tr><tr><td>컴퓨터 - RAM</td><td>어떤</td><td>-</td><td>3 x 단일 위치 파일 크기, 최소 16GB</td></tr><tr><td>딥씨</td><td>아볼파즐&nbsp; 자르가리</td><td>10.1016/j.crmeth.2023.100500</td><td>세분화 및 추적 소프트웨어는 선택 사항으로, Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>DeLTA&nbsp;</td><td>장-밥티스트 루가뉴 / 오웬 M. 오' 코너</td><td>10.1101/720615 / 10.1371/journal.pcbi.1009797</td><td>세분화 및 추적 소프트웨어는 선택 사항으로, Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>인스턴세그</td><td>티보 골즈버러</td><td>10.48550/arXiv.2408.15954</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>미니포지</td><td>콘다-포지</td><td>-</td><td>Miniforge 웹사이트에서 설치 파일을 다운로드할 수 있는 링크: https://conda-forge.org/download/</td></tr><tr><td>옴니포스</td><td>케빈 커틀러</td><td>10.1038/s41592-022-01639-4</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>pomBseen</td><td>오히라 마코토</td><td>10.1371/journal.pone.0291391</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>SAM (세그먼트 애니씽 모델)</td><td>알렉산더 키릴로프</td><td>10.48550/arXiv.2304.02643</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>스타디스트</td><td>우베 슈미트 / 마틴 바이거트</td><td>10.1007/978-3-030-00934-2_30 / 10.1109/WACV45572.2020.9093435 / 10.1109/ISBIC56247.2022.9854534</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>맥</td><td>칼 도어쉬</td><td>10.48550/arXiv.2306.08637</td><td>추적 소프트웨어는 선택 사항으로 셀-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>트랙아스트라</td><td>벤자민 갤러서</td><td>https://doi.org/10.48550/arXiv.2405.1570</td><td>추적 소프트웨어는 선택 사항으로 셀-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>트랙피</td><td>다니엘 앨런</td><td>10.5281/zenodo.1213240</td><td>추적 소프트웨어는 선택 사항으로 셀-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>이스트메이트</td><td>데이비드 벙크</td><td>10.1093/bioinformatics/btac107</td><td>세분화 소프트웨어는 선택 사항으로 Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr><tr><td>예이즈</td><td>니콜라 디틀러</td><td>10.1038/s41467-020-19557-4</td><td>세분화 및 추적 소프트웨어는 선택 사항으로, Cell-ACDC와 함께 자동으로 설치할 수 있습니다</td></tr></tbody></table>

cell-acdc를 사용한 다차원 현미경 데이터 분석

Analysis of Multidimensional Microscopy Data Using Cell-ACDC

Cell-ACDC를 사용한 다차원 현미경 데이터 분석

Recent advances in quantitative microscopy for the life sciences have enabled experimental biologists to probe cells with unprecedented resolution and ...

analysis-of-multidimensional-microscopy-data-using-cell-acdc

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

세포 구조를 정상화 접착제 micropatterns는 약물 효과의 검출에 감도를 증가 재현성을 개선하고 자동화된 이미지 수집 및 분석을 단순화하는 데 사용할 수 있습니다. 이러한 기술은 기존의 세포 배양 지원을 수행하고 결과적으로 과도한 휴대 전화의 변화로 고통 받고 약물 / siRNA 심사 assays를 도움이 될 것입니다.

Micropatterned 세포를 사용하여 약물의 영향 향상된 시각화 및 정량 분석

우리는 단일 세포의 세 차원 공 촛점 형광에서 가져 정의되지 않은 형태의 형태학의 변화를 측정하기 Imaris 신경 과학, ImarisXT 및 MATLAB을 사용하는 소프트웨어 플랫폼을 개발했습니다. 이 새로운 접근 방식은 수용체 활성화에 따라 세포 모양의 변화를 수량화하는 데 사용되므로 약물 발견을위한 가능한 추가 도구를 나타냅니다 할 수 있습니다.

3 차원 형광 이미지에서 세포 형태학의 변경 사항 단정 지을 분석 도구

형광 표지 된 세포의 다중 이미지 기반 분석을 가능하게하는 유연한 정보학 워크 플로우입니다 발표. 워크 플로는 핵 및 세포질 마커를 정량화하고 이러한 구획 사이에 마커 전위를 계산한다. 절차 96- 웰 포맷으로 간접 면역 형광에 의해 마커 검출 용 siRNA를 안정적인 방법을 사용하여 세포의 섭동 제공된다.

높은 콘텐츠, 오픈 소스 소프트웨어에 의해 지원되는 범용 현미경 데이터에서 형광 마커, 개별 셀 정량화를위한​​ 워크 플로우

세포 분화를 모두 매트릭스 조성물과 기판의 재료 특성을 포함한 미세 환경 요인의 호스트에 의해 조절된다. 우리는 여기에 세포 분화 및 미세 환경 콘텍스트의 함수로서 생체 역학적 세포 기질 상호 작용 모두를 평가 견인력 현미경과 함께 세포의 마이크로 어레이를 이용하는 방법을 설명한다.

세포 분화 및 견인 힘의 상관 관계 분석을위한 높은 처리량 세포 마이크로 어레이 플랫폼

이 논문은 세포 내 ROS 수준과 미토콘드리아 막 전위와 형태학을 동시에 정량화하기위한 고 - 내용 현미경 검사 워크 플로우를 제시한다. 세포 투과성 형광 리포터 분자 5- (and- 6) - 클로로 메틸 -2 ', 7'- 디클로로 디 히드로 플루 오렌 시스 디 아세테이트, 아세틸 에스테르 (CM-H 2 DCFDA) 및 테트라 메틸 로다 민 메틸 에스테르 (TMRM)...

고감도 현미경을 이용한 세포 산화 환원 프로파일 링

이 문서에서는 물리와 화학의 높은 처리량 조작 신호 세포 microenvironments vivo에서 흉내 낸 고을 다중화 인공 세포 MicroEnvironment (MACME) 배열 준비 하 상세한 방법론 단일 셀 프로 파일링 인간 만능 줄기 세포 (hPSCs)를 위한 최적의 휴대폰 환경을 식별 합니다.

멀티플렉스 인공 세포 MicroEnvironment 배열의 제작

여기에 제시된 방법은 포유류 문화 내에서 공간 조직을 드러내기 위하여 양적 화상 진찰과 함께 마이크로 패터닝을 이용합니다. 이 기술은 표준 세포 생물학 실험실에서 확립하기 쉽고 시험관 내에서 패터닝을 연구할 수있는 견인 시스템을 제공합니다.

마이크로패턴과 정량적 이미징을 사용하여 포유류 세포의 응급 공간 조직 매핑

여기서, 3차원 공간에 분포된 모든 개별 라이브 셀로부터 광적으로 추출 및 분류하는 프로토콜(즉, 세포 자동 형광)을 제시한다. 이 방법은 박테리아, 곰팡이, 효모, 식물 및 동물의 세포를 포함하여 단일 세포 해상도에서 다양한 생물학적 시스템의 타고난 형광 서명을 연구하는 데 적합합니다.

공초점 현미경 검사법에 의한 단세포 인천성형광서명의 재구성

우리는 세포 수를 식별하기 위해 일반화 가능한 영역 기반 이미지 분석 접근법을 활용하는 방법을 제시합니다. 상이한 세포 집단의 분석은 적응형 알고리즘 내에서 별개의 세포 유형 사이의 유의한 세포 높이 및 구조 차이를 이용하였다.

대식세포-섬유아세포 공동배양물의 정량화를 위한 영역 기반 이미지 분석 알고리즘

iTACS(셀룰러 신호)를 분석하는 통합 툴킷은 부착 셀에서 다양한 화학 및 기계적 신호를 동시에 측정하는 과정을 자동화합니다. iTACS는 지역 사회 기반의 개발을 용이하게하고 연구원이 교육 배경에 관계없이 모든 플랫폼 기능을 사용할 수 있도록 설계되었습니다.

세포 신호를 분석하는 통합 툴킷: 힘, 동작, 형태학 및 형광

차동 동적 현미경 (DDM)은 동적 광산란과 현미경의 기능을 결합합니다. 여기서, DDM을 사용하여 비멘틴 네트워크에서 입자의 서브확산 및 케이징된 역학을 정량화함으로써 재구성된 세포골격 네트워크를 특성화하는 과정과 활성 미오신 구동 액틴-미세소관 복합체의 탄도 운동이 제시된다.

차등 동적 현미경을 사용하여 세포 골격 역학 정량화

학습하세요 Cell-ACDC를 활용한 다차원 현미경 데이터 분석 방법을. AI 기반 세분화 및 추적 알고리즘으로 세포 분열 주기를 정밀하게 분석하고, 사용자 중심 시각화 도구로 생물학적 발견을 가속화합니다.

Cell-ACDC를 사용한 다차원 현미경 데이터 분석

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