Name: RNA 연관 염색질 DNA-DNA 상호작용법 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-30T13:10:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: 배우세요 RNA 연관 염색질 DNA-DNA 상호작용법(RDD)을 사용하여 특정 RNA에 의해 고정된 염색질 상호작용을 고해상도로 매핑하는 방법을. 생물정보학 분석을 통해 RNA 고정 염색질 상호작용 맵을 생성하여 유전자 조절 메커니즘을 규명합니다.

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<ol><li>Rao, S. S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+3D+map+of+the+human+genome+at+kilobase+resolution+reveals+principles+of+chromatin+looping%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.</a> Cell. 159 (7), 1665-1680 (2014).</li>
<li>Fullwood, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oestrogen-receptor-%CE%B1-bound+human+chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462 (7269), 58-64 (2009).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRID-seq+reveals+the+global+RNA-chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.</a> Nat Biotechnol. 35 (10), 940-950 (2017).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+chromatin+structures+associated+with+ncRNA+roX2+for+hyperactivation+and+coactivation+across+the+entire+X+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">3D chromatin structures associated with ncRNA roX2 for hyperactivation and coactivation across the entire X chromosome.</a> Sci Adv. 10 (30), eado5716(2024).</li>
<li>Rinn, J., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+and+dynamic+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">RNA and dynamic nuclear organization.</a> Science. 345 (6202), 1240-1241 (2014).</li>
<li>Chu, C., Qu, K., Zhong, F. L., Artandi, S. E., Chang, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions.</a> Mol Cell. 44 (4), 667-678 (2011).</li>
<li>Simon, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genomic+binding+sites+of+a+noncoding+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The genomic binding sites of a noncoding RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 108 (51), 20497-20502 (2011).</li>
<li>Yan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+colocalization+of+RNA-DNA+interactions+and+fusion+RNA+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide colocalization of RNA-DNA interactions and fusion RNA pairs.</a> Proc Natl Acad Sci. 116 (8), 3328-3337 (2019).</li>
<li>Quinodoz, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+promotes+the+formation+of+spatial+compartments+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus.</a> Cell. 184 (23), 5775-5790 (2021).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-read+ChIA-PET+for+base-pair-resolution+mapping+of+haplotype-specific+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions.</a> Nat Protoc. 12 (5), 899-915 (2017).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Meth. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
<li>Lee, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIA-PIPE%3A+A+Fully+Automated+Pipeline+for+Comprehensive+ChIA-PET+Data+Analysis+and+Visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">ChIA-PIPE: A Fully Automated Pipeline for Comprehensive ChIA-PET Data Analysis and Visualization.</a> Sci Adv. 6 (28), eaay2078(2020).</li>
<li>Meller, V. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ordered+Assembly+of+roX+RNAs+into+MSL+Complexes+on+the+Dosage-Compensated+X+Chromosome+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ordered Assembly of roX RNAs into MSL Complexes on the Dosage-Compensated X Chromosome in Drosophila.</a> Curr Biol. 10 (3), 136-143 (2000).</li>
<li>Egloff, S., Studniarek, C., Kiss, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((7SK+small+nuclear+RNA%2C+a+multifunctional+transcriptional+regulatory+RNA+with+gene-specific+features%5BTitle%5D)+AND+%22Transcription%22%5BJournal%5D)">7SK small nuclear RNA, a multifunctional transcriptional regulatory RNA with gene-specific features.</a> Transcription. 9 (2), 95-101 (2018).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+the+Epstein-Barr+virus-host+chromatin+interactome+and+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Landscape of the Epstein-Barr virus-host chromatin interactome and gene regulation.</a> EMBO J. 44 (13), 3872-3915 (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.5 M EDTA</td><td>인비트로젠</td><td>AM9260G</td><td></td></tr><tr><td>1 M 마그네슘 아세테이트</td><td>시그마-올드리치</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1 M 트리스-HCl pH 7.0</td><td>인비트로젠</td><td>AM9851</td><td></td></tr><tr><td>1 M 트리스-HCl pH 8.0</td><td>인비트로젠</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>1.5mL 튜브</td><td>에펜도르프</td><td>30108051</td><td></td></tr><tr><td>10 mM dATP</td><td>인비트로젠</td><td>18252015</td><td></td></tr><tr><td>10% SDS (무게/볼륨)</td><td>인비트로젠</td><td>AM9822</td><td></td></tr><tr><td>10번과 10번; A-테일링 버퍼</td><td>NEB</td><td>B7002S</td><td></td></tr><tr><td>10번과 10번; 엔드 리페어 버퍼</td><td>NEB</td><td>B6002S</td><td></td></tr><tr><td>10번과 10번; T4 DNA 리게아제 완충제</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>10번과 10번; TBE 버퍼</td><td>인비트로젠</td><td>AM9863</td><td></td></tr><tr><td>14mL 둥근 바닥 시험관</td><td>코닝</td><td>352057</td><td></td></tr><tr><td>2&times; PCR 마스터 믹스</td><td>NEB</td><td>M0541</td><td></td></tr><tr><td>20번, SSC 버퍼</td><td>인비트로젠</td><td>AM9770</td><td></td></tr><tr><td>200-&mu; L PCR 튜브</td><td>상곤 바이오텍</td><td>F611541-0010</td><td></td></tr><tr><td>250mL 정사각형 PET 저장 병</td><td>코닝</td><td>431531</td><td></td></tr><tr><td>2-머캅토에탄올 (&beta;-ME)</td><td>시그마-올드리치</td><td>M6250-100mL</td><td>! 주의 & 베타; 나는, 독성이 있다; 항상 연기통에서 사용하세요.</td></tr><tr><td>2-mL 튜브</td><td>에펜도르프</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>3 M 아세테이트 나트륨 pH 5.5</td><td>인비트로젠</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>5 남자 NaCl&nbsp;</td><td>인비트로젠</td><td>AM9759</td><td></td></tr><tr><td>5 M 아세테이트 칼륨</td><td>시그마-올드리치</td><td>95843-100ML-F</td><td></td></tr><tr><td>500mL 정사각형 PET 저장 병</td><td>코닝</td><td>431532</td><td></td></tr><tr><td>분석 균형</td><td>사르토리우스</td><td>BP211D</td><td></td></tr><tr><td>자동 셀 카운터</td><td>카운터스타</td><td>IC1000</td><td></td></tr><tr><td>자동 모세관 전기영동 시스템</td><td>생검</td><td>C100100</td><td></td></tr><tr><td>비오티닐화 프로브</td><td>제네위즈</td><td></td><td>표 1</strong을 참고하세요></td></tr><tr><td>블로킹 파우더</td><td>인비트로젠</td><td>T2015</td><td></td></tr><tr><td>브리지 링커 올리고</td><td>제네위즈</td><td></td><td>표 1</strong을 참고하세요></td></tr><tr><td>CO2 인큐베이터</td><td>써모 사이언티픽</td><td>51033549</td><td></td></tr><tr><td>디메틸 설폭사이드 (DMSO)</td><td>시그마-올드리치</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>일루미늄용 DNA 라이브러리 준비 키트 V2</td><td>바지임</td><td>TD501</td><td></td></tr><tr><td>DNA 정제 키트</td><td>자이모</td><td>D4013</td><td></td></tr><tr><td>둘벡코 인산염 완충 식염수 (DPBS) (1&times;)</td><td>깁코</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>EDTA 프리 프로테아제 억제제 칵테일</td><td>로슈</td><td>11836170001</td><td></td></tr><tr><td>EGS (에틸렌 글리콜 비스[succiniMidylsuccinate])</td><td>써모 사이언티픽</td><td>21565</td><td></td></tr><tr><td>용출 버퍼</td><td>치아겐</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>에틸 알코올, 순수</td><td>시그마-올드리치</td><td>E7023-500mL</td><td></td></tr><tr><td>포름알데히드 용액</td><td>시그마-올드리치</td><td>47608-250mL-F</td><td>! 주의: 포름알데히드는 독성이 있습니다; 항상 연기통에서 사용하세요.</td></tr><tr><td>포름아마이드</td><td>인비트로젠</td><td>AM9342</td><td></td></tr><tr><td>젤 이미징 시스템</td><td>타논</td><td>3500R</td><td></td></tr><tr><td>글리신</td><td>인비트로젠</td><td>50046-1kg</td><td></td></tr><tr><td>청색 염료가 들어간 글리코겐</td><td>인비트로젠</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>고감도 탄환</td><td>생검</td><td>C105105</td><td></td></tr><tr><td>고밀도 위상 고정관 (1.5 mL)</td><td>치아겐</td><td>129046</td><td></td></tr><tr><td>고감도 dsDNA 형광측정 분석 키트</td><td>인비트로젠</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>일루미늄용 인덱스 키트 V2</td><td>바지임</td><td>TD202</td><td></td></tr><tr><td>아이오도아세틸-PEG2-비오틴 (IPB)</td><td>써모 사이언티픽</td><td>21334</td><td></td></tr><tr><td>이소프로필 알코올</td><td>시그마-올드리치</td><td>I9030</td><td>! 주의: 이소프로필 알코올은 독성이 있습니다; 항상 연기통에서 사용하세요.</td></tr><tr><td>킬로 베이스 탄환</td><td>생검</td><td>C105106</td><td></td></tr><tr><td>클레노우 단편 (3'&rarr; 5' 엑소-)&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0212L</td><td></td></tr><tr><td>자기 비즈</td><td>벡맨</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>자기 분리 선반 및 nbsp; 15mL 튜브에 대해</td><td>인비트로젠</td><td>12301D</td><td></td></tr><tr><td>자기 분리 선반 및 nbsp; 2mL 튜브의 경우</td><td>인비트로젠</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>PCR 튜브용 자기 분리 랙</td><td>NEB</td><td>S1515S</td><td></td></tr><tr><td>미생물 인큐베이터</td><td>써모 사이언티픽</td><td>IMH180</td><td></td></tr><tr><td>현미경</td><td>니콘</td><td>이클립스 TS2</td><td></td></tr><tr><td>믹서</td><td>엘미</td><td>RM-2L</td><td></td></tr><tr><td>N,N-디메틸포름아마이드 (DMF)</td><td>시그마-올드리치</td><td>227056-100ML</td><td>! 주의: DMF는 독성이 있습니다; 항상 연기통에서 사용하세요.</td></tr><tr><td>비냉장 마이크로 원심분리기</td><td>에펜도르프</td><td>5405000204</td><td></td></tr><tr><td>뉴클레아제 없는 물 (DEPC 처리 미완료, 1000 mL)</td><td>인비트로젠</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>뉴클레아제 없는 물 (DEPC 처리되지 않음, 50 mL)</td><td>인비트로젠</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>핵산 정량기</td><td>인비트로젠</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>궤도 셰이커</td><td>크리스탈</td><td>SYC-2102</td><td></td></tr><tr><td>페놀:클로로포름:IAA</td><td>솔라비오</td><td>P1012-100mL</td><td></td></tr><tr><td>단백질분해효소 K 용액</td><td>인비트로젠</td><td>AM2548</td><td></td></tr><tr><td>냉장 원심분리기</td><td>에펜도르프</td><td>22628180</td><td></td></tr><tr><td>냉장 인큐베이터</td><td>써모 사이언티픽</td><td>IMP180</td><td></td></tr><tr><td>냉장 마이크로 원심분리기</td><td>에펜도르프</td><td>5404F1621754</td><td></td></tr><tr><td>냉장고</td><td>하이얼</td><td>DW-25L262</td><td></td></tr><tr><td>RNase 억제제</td><td>암비온</td><td>AM2696</td><td></td></tr><tr><td>RNase 프리 15mL 튜브</td><td>인비트로젠</td><td>AM12500</td><td></td></tr><tr><td>RNase 프리 50 mL 튜브</td><td>인비트로젠</td><td>AM12502</td><td></td></tr><tr><td>소닉케이터</td><td>소닉스 & 재료</td><td>VCX130</td><td></td></tr><tr><td>스트렙타비딘 코팅 자기 구슬 C1</td><td>인비트로젠</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>스트렙타비딘 코팅 자기 구슬 M-280 &nbsp;</td><td>인비트로젠</td><td>11205D</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA 리아제&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA 중합효소</td><td>NEB</td><td>M0203S</td><td></td></tr><tr><td>TE 버퍼 pH 8.0</td><td>인비트로젠</td><td>AM9849</td><td></td></tr><tr><td>열 사이클러</td><td>바이오-래드</td><td>1851148</td><td></td></tr><tr><td>열믹서</td><td>에펜도르프</td><td>5382000023</td><td></td></tr><tr><td>트리톤 X-100</td><td>아크로스 오가닉스</td><td>327371000-100mL</td><td></td></tr><tr><td>초저온 냉동고</td><td>써모 사이언티픽</td><td>995</td><td></td></tr><tr><td>진공 집축기</td><td>토미</td><td>MV-100</td><td></td></tr></tbody></table>

rna 연관 염색질 dna-dna 상호작용법

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method

RNA 연관 염색질 DNA-DNA 상호작용법

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method (RDD) is a targeted strategy for mapping chromatin interactions anchored by a specific RNA. It ...

rna-associated-chromatin-dna-dna-interaction-method

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

히 - C 방식은 염색질 상호 작용 (1) 편견, 게놈 차원의 식별이 가능합니다. 히 - C의 커플 근접 결합 및 대규모 병렬 시퀀싱합니다. 그 결과 데이터가 여러 스케일에서 게놈 구조를 연구하는 데 사용할 수 있습니다 : 초기 결과는 같은 염색체 지역, 개방적이고 닫힌 염색질의 분리 및 megabase 규모의 염색질 구조와 같은 기능을 확인.

안녕하세요 - C : Genomes의 3 차원 구조를 공부하는 방법.

관련된 염색체 트랩 (ACT) 분석은 장거리 DNA 상호 작용을 확인하는 소설 편견 방법입니다. 장거리 DNA 상호 작용의 특성은 우리가 정상적인 생리 모두와 질병 상태에서 유전자 발현에 핵 건축의 관계를 확인할 수 있습니다.

장거리 DNA의 상호 작용을 확인을위한 관련 염색체 트랩

이점 엔드 태그 장면 (ChIA-PET)에 의한 염색질 상호 작용 분석을위한...

염색질 상호 작용을 매핑 및 전사 규정을 이해하는 데 이점 엔드 태그 장면 (ChIA-PET)과 염색질의 상호 작용 분석

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Chromatin 바인딩 단백질의 순차적 소금 추출 큰 단백질 복합물의 바인딩 속성을 결정 하기 위한 유용한 도구입니다. 개별 하위 단위 또는 단백질 복잡 한 대량 chromatin의 전반적인 선호도에 도메인의 역할을 평가 하기 위해이 메서드를 사용할 수 있습니다.

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염색질 면역침전 분석을 위한 냉동 키메라 간 조직에서 염색질 추출

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고처리량 단일 분자 이미징 기술인 DNA 커튼은 다양한 단백질-DNA 상호 작용의 실시간 시각화를 위한 플랫폼을 제공합니다. 본 프로토콜은 DNA 커튼 기술을 활용하여 Schizosaccharomyces pombe bromodomain-containing AAA+ ATPase인 Abo1의 생물학적 역할과 분자 메커니즘을 조사합니다.

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우리는 유크로마틴, 헤테로크로마틴, RNAP II의 재현 가능한 지도화를 가능하게 하는 3색 염색질 단분자 위치 현미경(SMLM) 염색 및 분석 프로토콜을 제시합니다. 이 프로토콜은 크로마틴 관련 표적을 포함한 고밀도 핵 환경에서 효율적인 다색 라벨링을 가능하게 하여 신뢰할 수 있는 동시 검출을 가능하게 합니다.

밀집된 핵 환경에서 크로마틴 연구를 위한 다중 표지 단일 분자 위치 현미경 프로토콜

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