Milieumicrobiologie

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - De Universiteit van Arizona Demonstrerende auteur: Bradley Schmitz Gronden bevatten normaal gesproken een eindige hoeveelheid water, die kan worden uitgedrukt als de “bodemvochthorigheid.” Deze vochtinhoud bevindt zich in de poriën tussen de bodemaggregaten (inter-aggregat porie ruimte) en binnen de bodemaggregaten (intra-aggregat porie ruimte) (Figuur 1). Normaal gesproken wordt deze porie ruimte ingenomen door lucht en/of water. Als...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - De Universiteit van Arizona Demonstrerende auteur: Luisa Ikner Aseptische techniek is een fundamentele vaardigheid die wijd wordt toegepast in het veld van de milieumicrobiologie en vereist een balans tussen aandacht en oefening in het laboratorium. Het juiste gebruik van deze techniek vermindert de kans op bacteriële of schimmelbesmetting van reagentia, kweekmedia en milieumonsters. Aseptische techniek is ook van vitaal belang om de...

Bron: Laboratories van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstrerende auteur: Luisa Ikner Het spectrum van onderzoek in de milieumicrobiologie is breed qua omvang en potentieel voor toepassing. Of het werk nu op laboratoriumschaal wordt uitgevoerd met bekende bacterie-isolaten, of in het veld met het verzamelen van bodem- of watermonsters die onbekende bacterie-isolaten bevatten, de mogelijkheid om snel en visueel belangrijke bekweekbare populaties te...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - De Universiteit van Arizona Demonstrerende auteur: Bradley Schmitz Bodem bestaat uit de dunne laag op het aardoppervlak, die biotische en abiotische factoren bevat die bijdragen aan het leven. Het abiotische gedeelte omvat anorganische deeltjes in verschillende groottes en vormen die de textuur van de bodem bepalen. Het biotische deel bevat plantresten, wortels, organisch materiaal en micro-organismen. De abundantie en diversiteit van...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstrerende auteur: Bradley Schmitz Schimmels zijn heterotrofe eukaryote organismen en met uitzondering van gisten, zijn ze aëroob. Ze komen veel voor in oppervlaktegrond en zijn belangrijk vanwege hun rol in de kringloop van voedingsstoffen en de afbraak van organisch materiaal en organische verontreinigingen. Witte rotschimmels (phanerochaete chryosporium) bijvoorbeeld, (Figuur 1) zijn bekend om hun...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstrerende auteur: Luisa Ikner Traditionele methoden voor de analyse van microbiële gemeenschappen in bodems hebben meestal betrekking op culturele analyses met behulp van verdunning en plateringsmethodologie op selectieve en differentiële media, of directe tellingen. Directe tellingen bieden informatie over het totale aantal aanwezige bacteriën, maar geven geen informatie over het aantal of de diversiteit...

Bron: Laboratories of Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - Arizona University Aantonen Auteur: Bradley Schmitz Polymerasekettingreactie (PCR) is een techniek die wordt gebruikt om micro-organismen te detecteren die aanwezig zijn in bodem, water en atmosferische omgevingen. Door specifieke secties van DNA te versterken, kan PCR de detectie en identificatie van doelmicro-organismen tot op soort-, stam- en serovar/pathovar-niveau vergemakkelijken. De techniek kan ook worden gebruikt om hele...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstratie door: Bradley Schmitz Reverse transcriptie-polymerasekettingreactie (RT-PCR) omvat hetzelfde proces als conventionele PCR — temperatuurcyclus om nucleïnezuren te versterken. Terwijl conventionele PCR echter alleen deoxyribonucleïnezuren (DNA) versterkt, maakt RT-PCR de versterking van ribonucleïnezuren (RNA) mogelijk door de vorming van complementair DNA (cDNA). Dit maakt het mogelijk om...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - Universiteit van Arizona Demonstrerende auteur: Bradley Schmitz Kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR), ook bekend als real-time PCR, is een veelgebruikte moleculaire techniek voor het tellen van micro-organismen in het milieu. Voor deze aanpak was het kwantificeren van micro-organismen grotendeels beperkt tot klassieke cultuurgebaseerde technieken. Het kweken van microben uit milieumonsters kan echter bijzonder uitdagend zijn,...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - De Universiteit van Arizona Demonstrerende auteur: Luisa Ikner Waterkwaliteitanalyse bewaakt antropogene invloeden zoals verontreinigingen, nutriënten, pathogenen en alle andere bestanddelen die de integriteit van het water als bron kunnen aantasten. Fecale besmetting draagt microbiële pathogenen bij die planten, dieren en de menselijke gezondheid met ziekte of kwaal bedreigen. Toenemende waterbehoeften en strenge kwaliteitsnormen...

Bron: Laboratories van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstratie door: Luisa Ikner De kwaliteit van water dat bestemd is voor gebruik in landbouwkundige, recreatieve en huishoudelijke omgevingen is van groot belang vanwege het potentieel voor uitbraken van watergedragen ziekten. Microbiële agentia die bij dergelijke gebeurtenissen betrokken zijn, omvatten parasieten, bacteriën en virussen die in hoge aantallen worden uitgescheiden in de uitwerpselen van...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstrerende auteur: Alex Wassimi Virussen zijn een unieke groep biologische entiteiten die zowel eukaryote als prokaryote organismen infecteren. Het zijn obligate parasieten die geen metabole capaciteit hebben en om zich te repliceren, vertrouwen op het metabolisme van de gastheer om virale delen te produceren die zichzelf assembleren in gastcellen. Virussen zijn ultramicroscopisch - te klein om met de...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - De Universiteit van Arizona Demonstrerende auteurs: Bradley Schmitz en Luisa Ikner Oppervlaktegronden zijn een heterogene mix van anorganische en organische deeltjes die samenkomen om secundaire aggregaten te vormen. Binnen en tussen de aggregaten zijn holtes of poriën die visueel zowel lucht als water bevatten. Deze omstandigheden creëren een ideaal ecosysteem voor bacteriën, dus alle gronden bevatten enorme populaties bacteriën,...

Bron: Laboratories van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstrerende auteur: Luisa Ikner Bacteriën behoren tot de meest voorkomende levensvormen op aarde. Ze zijn te vinden in elk ecosysteem en zijn essentieel voor het dagelijks leven. Bacteriën hebben bijvoorbeeld invloed op wat mensen eten, drinken en inademen, en er zijn eigenlijk meer bacteriële cellen in het lichaam van een persoon dan zoogdiercellen. Vanwege het belang van bacteriën is het wenselijk om...

Bron: Laboratoria van Dr. Ian Pepper en Dr. Charles Gerba - The University of Arizona Demonstrerende auteur: Bradley Schmitz Algen zijn een zeer heterogene groep micro-organismen die één gemeenschappelijk kenmerk hebben, namelijk het bezit van fotosynthetische pigmenten. In de omgeving kunnen algen problemen veroorzaken voor zwembadeigenaren door in het water te groeien. Algen kunnen ook problemen veroorzaken in oppervlaktewateren, zoals meren en reservoirs, vanwege algenbloei die toxines...