Name: Functionele karakterisering van endogene uitgedrukte menselijke RYR1-varianten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-06-09T13:45:00.000+00:00
Duration: 7 min 59 s
Description: Leer functionele karakterisering van RYR1-mutaties in menselijke B-lymfocyten en myotubes voor neuromusculaire onderzoek. Deze methode evalueert calciumhomeostase en helpt bij diagnostiek en therapeutisch onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Het werk beschreven in dit manuscript werd ondersteund door subsidies van de Swiss National Science Foundation (SNF) en de Swiss Muscle Foundation.

De hieronder beschreven protocollen voldoen aan de ethische richtlijnen van de Ethikkommission Nordwest- und Zentralschweiz EKNZ.
1. Bereiding van Epstein Barr vereeuwigde B-lymfocyten cellijnen11
<ol><li>Verzamel na geïnformeerde toestemming 30 ml volbloed in met EDTA behandelde steriele buisjes uit de proband met een RYR1-mutatie en van gezonde familieleden zonder mutatie. OPMERKING: Houd alle oplossingen steriel en werk in een weefselkweekkap.</li>
	<li>Isoleer mononucleaire cellen uit volbloed door middel van dichtheidsgradiënt centrifugatiemedia (bijv. Ficoll-Hypaque, .077 g / L).<ol>
<li>Plaats 30 ml steriel bloed in een conische steriele buis van 50 ml.</li>
		<li>Plaats de punt van een Pasteur-pipet met de dichtheidsgradiëntcentrifugatiemedia aan de onderkant van de buis en laag 20 ml steriele dichtheidsgradiëntcentrifugatiemedia-oplossing langzaam onder het bloed.</li>
		<li>Centrifugeer gedurende 30 minuten bij 900 x g bij 18°-20°C, zonder onderbreking. OPMERKING: De mononucleaire cellaag verschijnt als een troebele ring in de interfase tussen de dichtheidsgradiënt centrifugatiemedialaag en de bovenste laag met met bloedplaatjes verrijkt plasma.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Verwijder met een steriele pipet voorzichtig de interfaselaag met mononucleaire cellen (ongeveer 3-5 ml) en breng de oplossing over in een schone steriele conische buis van 50 ml.</li>
	<li>Voeg 20 ml fosfaatbufferzoutoplossing (PBS) toe aan spoelcellen, centrifugeer gedurende 10 minuten bij 600 x g bij kamertemperatuur en resuspend de pellet in PBS. Herhaal dit in totaal drie keer; dit zorgt ervoor dat alle media worden verwijderd.</li>
	<li>Na de laatste wassing resuspend cellen in 1-2 ml weefselkweekmedium (RPMI-medium aangevuld met 10% foetaal kalfsserum, 2 mM L-glutamine en 100 eenheden penicilline en streptomycine). Breng mononucleaire cellen (ongeveer 1 x 106 cellen) in een T125 weefselkweekkolf met 20 ml weefselkweekmedium.</li>
	<li>Infecteer mononucleaire cellen met het Epstein-Barr-virus.<ol>
<li>Gebruik supernatanten uit B95.8 cellijnculturen (met 102-10 3 transformerende eenheden/ml gevuld bij -80 °C) als bron van EBV.</li>
		<li>Resuspend 1 x 106 mononucleaire cellen uit stap 1.5 in 20 ml weefselkweekmedium en stel ze bloot aan 2 ml supernatant uit de B95.8-cellijn in aanwezigheid van ciclosporine A (0,2 μg / ml eindconcentratie) voor infectie.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Plaats de kolf in een celkweekincubator van 37 °C en laat de cellen groeien. Na een week verander je het cultuurmedium. OPMERKING: Zodra B-cellen zich beginnen te vermenigvuldigen, vormen ze herkenbare klonten en groeien ze snel, zodat de culturen kunnen worden uitgebreid en bevroren.</li>
	<li>Extraheer het genomische DNA uit de EBV vereeuwigde B-lymfocytencellijnen11 om de aan- of afwezigheid van de gegeven mutatie te bevestigen.</li>
</ol>2. Intracellulaire Ca2+ metingen
OPMERKING: Veranderingen in de intracellulaire calciumconcentratie van de EBV-getransformeerde B-lymfocytencellijnen kunnen worden gevolgd in celpopulaties, met een spectrofluorometer uitgerust met een magnetische roerder en cuvettehouder ingesteld op 37 °C. Als alternatief kunnen Ca2+ veranderingen in afzonderlijke cellen worden gevolgd door fluorescentiemicroscopie. In beide gevallen worden cellen uit de weefselkweekkolf verwijderd, tweemaal gewassen met Krebs Ringer's oplossing (140 mM NaCl, 5 mM KCl, 1 mM MgCl2,20 mM HEPES, 1 mM NaHPO4,5,5 mM glucose, pH 7,4 met 1 mM CaCl2) en geteld.
<ol><li>Voor experimenten in celpopulaties met behulp van een spectrofluorometer11,13,14<ol>
<li>Resuspend cellen in een eindconcentratie van 1 x 107 cellen/ml in de oplossing van Krebs Ringer en incubeer bij 37°C gedurende 30 minuten met een eindconcentratie van 5 μM Fura-2/AM.</li>
		<li>Centrifugeer cellen bij 900 x g gedurende 10 minuten en resuspend ze in de oplossing van Krebs Ringer in een concentratie van 2 x 106 cellen/ml.</li>
		<li>Meet fluorescentieveranderingen (verhouding 340/380 nm) met behulp van een spectrofluorometer die is uitgerust met een magneetroerder die is ingesteld op maximale snelheid en is ingesteld op 37 °C.</li>
		<li>Spincellen vlak voor het experiment bij 900 x g gedurende 5 minuten in een microcentrifuge en resuspend de pellet snel in 1,5 ml Krebs Ringer's oplossing met 0,5 mM EGTA maar geen toegevoegde Ca2+.</li>
		<li>Plaats cellen in een 3 ml glazen spectrofluorometer cuvette en registreer de fluorescentieverhouding (340 nm/380 nm excitatie, 510 nm emissie).</li>
		<li>Bereik een stabiele basislijn (ongeveer 30 seconden), voeg de geselecteerde concentratie RyR1-agonist (4-chloor-m-kresol of 4-cmc) toe en noteer de calciumtransiënt. OPMERKING: Een 300 mM stockoplossing van 4 cmc gemaakt in DMSO wordt gebruikt als startreagens. Deze oplossing kan van tevoren worden gemaakt, aliquoteerd en gedurende enkele maanden bij -20 °C worden bewaard.</li>
		<li>Voer experimenten uit voor verschillende 4-cmc-concentraties. OPMERKING: Inclusief 75 μM, 150 μM, 300 μM, 450 μM, 600 μM, 750 μM tot 1 mM om een dosisresponscurve van agonist versus verandering in [Ca2+ ]te genereren. De verschillende 4-cmc-concentraties worden verkregen door het juiste volume van 4-cmc uit de stamoplossing rechtstreeks toe te voegen aan het cuvet dat de Fura-2-geladen cellen bevat. Voor een eindconcentratie van 300 μM 4 cmc wordt bijvoorbeeld 1,5 μL van de stamoplossing toegevoegd aan het cuvet met 1,5 ml cellen in de oplossing van Krebs Ringer. Voor lagere agonistenconcentraties moet de 300 mM stockoplossing worden verdund tot 75 mM met DMSO en moet het juiste volume worden toegevoegd aan het cuvet dat 1,5 ml cellen bevat in de oplossing van Krebs Ringer.</li>
		<li>Voeg 400 nM thapsigargin toe aan cellen om de totale hoeveelheid Ca2+ te berekenen die aanwezig is in intracellulaire winkels. Noteer de piek Ca2+.</li>
		<li>Plot de piekcalcium geïnduceerd door een gegeven 4-cmc-concentratie versus de piekcalcium geïnduceerd door thapsigargin, die als 100% wordt beschouwd en construeer een 4-cmc dosisresponscurve waarin cellen uit een proband en gezonde relatieve</li>
	</ol></li>
	<li>Voor experimenten op afzonderlijke cellen13<ol>
<li>Verdun poly-L-lysine 1:10 in steriel H2O en behandel de glazen afdekplaten gedurende 30 minuten voor. Laat aan de lucht drogen onder een steriele weefselkweekkap.</li>
		<li>Suspensie van EBV-getransformeerde B-lymfocyten opnieuw tot een eindconcentratie van 1 x10 6 cellen/ml in de oplossing van Krebs Ringer met 1 mM CaCl2 en voeg een eindconcentratie van 5 μM Fura-2/AM toe.</li>
		<li>Plaats 1 ml cellen op de met poly-L-lysine behandelde coverslips en incubeer bij 37 °C in een bevochtigde celkweekincubator gedurende 30 minuten zodat de EBV-cellen tijdens het laden aan de glazen afdekplaat kunnen blijven plakken.</li>
		<li>Plaats de coverslip in de perfusiekamer en start de perfusie (met een snelheid van 2 ml/min) met krebs ringer's oplossing die 1 mM Ca2+bevat.</li>
		<li>Gebruik een omgekeerde fluorescerende microscoop (uitgerust met een 40x olie-onderdompelingsobjectief (0,17 numeriek diafragma), filters (BP 340/380, FT 425, BP 500/530) om online metingen op te nemen, met een softwaregestuurde CCD-camerabevestiging (Charge Coupled Device).</li>
		<li>Verkrijg beelden met intervallen van 1 s op een vaste belichtingstijd (100 ms voor zowel 340- als 380-nm excitatiegolflengten. Gebruik beeldvormingssoftware om veranderingen in fluorescentie te analyseren. Meet de gemiddelde pixelwaarde voor elke cel bij excitatiegolflengten van 340 en 380 nm13.</li>
		<li>Om celstimulatie te bereiken, gebruikt u een celperfusiestimulator met 12 kleppen en voegt u verschillende concentraties van 4 cmc toe. De spoelklep bevat de oplossing van Krebs Ringer zonder toegevoegde Ca2+ plus 100 μM La3+ om de calciumafgifte uit intracellulaire winkels alleen te controleren.</li>
		<li>Construeer een dosisresponscurve van 4 cmc versus verandering in [Ca2+], zoals hierboven beschreven.</li>
	</ol></li>
</ol>3. Bereiding van menselijke myotubes uit spierbiopten10,12,15
OPMERKING: Verschillende methoden zijn gebruikt door verschillende laboratoria om satellietcel-afgeleide myoblasten en myotubes te verkrijgen. Hieronder vindt u de beschrijving van de methode die in Basel wordt gebruikt.
<ol><li>Spoel spierbiopsie met steriel PBS om overtollig bloed te verwijderen en snijd in kleine fragmenten van ongeveer 0,5-1 mm.</li>
	<li>Bereid 6 goed weefselkweekschalen met insert. Voeg 1,5 ml menselijk spiergroeimedium toe aan elke put en 0,5 ml menselijk spiergroeimedium aan elke insert. OPMERKING: Het groeimedium is als volgt opgebouwd: 500 ml Dulbecco's gemodificeerd Eagle's medium met hoge glucose, of DMEM (4,5 mg / ml), met 10% paardenserum, 5 ng / ml insuline, 3 mM glutamine, 600 ng / ml penicilline G en streptomycine, en 7 mM HEPES, pH 7,4. Commercieel verkrijgbaar skeletspiergroeimedium kan ook worden gebruikt.</li>
	<li>Plaats 2-3 kleine spierfragmenten in elke insert(figuur 1A)en plaats kweekschalen in de celkweekincubator (5% CO2,37 °C). Na ongeveer 8-10 dagen kunnen satellietcellen worden gezien die uit en rond de spierbiopsie groeien, bevestigd aan de insert(figuur 1,B en C, pijlen).</li>
	<li>Laat een voldoende aantal cellen uit de biopsie los (na ongeveer 10-14 dagen), trypsine als volgt:<ol>
<li>Verwijder alle kweekmedium, spoel de cellen eenmaal met 1 ml PBS, voeg 0,5 ml trypsine/EDTA-oplossing (0,025% trypsine en 0,01% EDTA) toe en incubeer bij 37 °C gedurende 5 minuten.</li>
		<li>Voeg 1 ml groeimedium toe aan de cellen om het effect van trypsine te neutraliseren en breng de satellietcellen over in een nieuwe T25-celkweekkolf; voeg 3 ml groeimedium toe en plaats de cellen in een celkweekincubator (5% CO2,37 °C).</li>
		<li>Verander het groeimedium de volgende dag om de EDTA te verwijderen en verander vervolgens het medium eenmaal per week.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Wanneer myoblasten ongeveer 75% confluent zijn, trypsiniseren en overbrengen op met laminine behandelde glazen afdekkingsplaat. OPMERKING: In verhouding moeten cellen die in één T25-kolf groeien, worden overgebracht op één met laminine behandelde glazen afdekplaat met een diameter van 43 mm. De glazen afdekplaat moet worden geplaatst in een weefselkweekplaat met een diameter van 60 mm die 3 ml groeimedium bevat.</li>
	<li>Kweekcellen op de glazen afdekking in groeimedium in een celkweekincubator (5% CO2,37 °C) die het medium eenmaal per week ververst. Bij 90% confluentie, schakel over op differentiatiemedium dat als volgt is opgebouwd: hoge glucose DMEM (4,5 mg / ml), 0,5% runderserumalbumine, 10 ng / ml epidermale groeifactor, 0,15 mg / ml creatine, 5 ng / ml insuline, 200 mM glutamine, 600 ng / ml penicilline G en streptomycine, en 7 mM HEPES, pH 7,4). In de handel verkrijgbare differentiatiemedia kunnen ook worden gebruikt. Verander het differentiatiemedium eenmaal per week.</li>
	<li>Na 7-10 dagen in differentiatiemedium zijn multinucleaire myotubes zichtbaar. Beoordeel binnen een week op veranderingen in [Ca2+],zoals hieronder beschreven.</li>
</ol>4. [Ca2+]i verhoudingsmetingen bepaald met Fura-2
<ol><li>Load glass coverslip gekweekte myotubes met Fura-2/AM (eindconcentratie van 5 μM) verdund in DMEM gedurende 30 min bij 37 °C. Verwijder kort het differentiatiemedium uit de glazen coverslip gekweekte cellen en voeg 2 ml vers differentiatiemedium toe. Voeg 10 μL Fura-2 AM toe uit een stamoplossing van 1 mM en incubeer 30 min in een celkweekincubator (5% CO2,37 °C).</li>
	<li>Breng de afdekkingen van het glas over naar de perfusiekamer en spoelcellen met de oplossing van Krebs Ringer die 2 mM CaCl2bevat.</li>
	<li>Voer online [Ca2+ ]metingen uit zoals hierboven beschreven in de EBV-sectie met één cel met behulp van een FLUAR-objectief van 20x waterdompeling (0,17 numeriek diafragma).</li>
</ol>

<ol><li>Dlamini, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+RYR1+are+a+common+cause+of+exertional+myalgia+and+rhabdomyolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Neuromuscular+Disorders%22%5BJournal%5D)">Mutations in RYR1 are a common cause of exertional myalgia and rhabdomyolysis.</a> Neuromuscular Disorders. 23 (7), 540-548 (2013).</li>
<li>Klein, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+and+genetic+findings+in+a+large+cohort+of+patients+with+ryanodine+receptor+1+gene-associated+myopathies%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Mutation%22%5BJournal%5D)">Clinical and genetic findings in a large cohort of patients with ryanodine receptor 1 gene-associated myopathies.</a> Human Mutation. 33, 981-988 (2012).</li>
<li>Robinson, R., Carpenter, D., Shaw, M. A., Halsall, J., Hopkins, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+RYR1+in+malignant+hyperthermia+and+central+core+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Mutation%22%5BJournal%5D)">Mutations in RYR1 in malignant hyperthermia and central core disease.</a> Human Mutation. 27 (20), 977-989 (2006).</li>
<li>Xu, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ca2%2B+mediated+activation+of+the+skeletal+muscle+ryanodine+receptor+ion+channel%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Ca2+ mediated activation of the skeletal muscle ryanodine receptor ion channel.</a> Journal of Biological Chemistry. 293 (50), 19501-19509 (2018).</li>
<li>Treves, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alteration+of+intracellular+Ca2%2B+transients+in+COS-7+cells+transfected+with+the+cDNA+encoding+skeletal-muscle+ryanodine+receptor+carrying+a+mutation+associated+with+malignant+hyperthermia%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">Alteration of intracellular Ca2+ transients in COS-7 cells transfected with the cDNA encoding skeletal-muscle ryanodine receptor carrying a mutation associated with malignant hyperthermia.</a> Biochemical Journal. 301 (3), 661-665 (1994).</li>
<li>Nakai, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+dihydropyridine+receptor+channel+activity+in+the+presence+of+ryanodine+receptor%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Enhanced dihydropyridine receptor channel activity in the presence of ryanodine receptor.</a> Nature. 389 (6569), 72-75 (1996).</li>
<li>Durham, W. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RyR1+S-nitrosylation+underlies+environmental+heat+stroke+and+sudden+death+in+Y522S+RyR1+knockin+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RyR1 S-nitrosylation underlies environmental heat stroke and sudden death in Y522S RyR1 knockin mice.</a> Cell. 133 (81), 53-65 (2008).</li>
<li>Zvaritch, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ca2%2B+dysregulation+in+Ryr1%28I4895T%2Fwt%29+mice+causes+congenital+myopathy+with+progressive+formation+of+minicores%2C+cores%2C+and+nemaline+rods%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Ca2+ dysregulation in Ryr1(I4895T/wt) mice causes congenital myopathy with progressive formation of minicores, cores, and nemaline rods.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (51), 21813-21818 (2009).</li>
<li>Elbaz, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bi-allelic+expression+of+the+RyR1+p.A4329D+mutation+decreases+muscle+strength+in+slow-twitch+muscles+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Bi-allelic expression of the RyR1 p.A4329D mutation decreases muscle strength in slow-twitch muscles in mice.</a> Journal of Biological Chemistry. 295, 10331-10339 (2020).</li>
<li>Censier, K., Urwyler, A., Zorzato, F., Treves, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intracellular+calcium+homeostasis+in+human+primary+muscle+cells+from+malignant+hyperthermia+susceptible+and+normal+individuals%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Investigations%22%5BJournal%5D)">Intracellular calcium homeostasis in human primary muscle cells from malignant hyperthermia susceptible and normal individuals.</a> Journal of Clinical Investigations. 101 (6), 1233-1242 (1998).</li>
<li>Girard, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((B-lymphocytes+from+Malignant+Hyperthermia-Susceptible+patients+have+an+increased+sensitivity+to+skeletal+muscle+ryanodine+receptor+activators%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">B-lymphocytes from Malignant Hyperthermia-Susceptible patients have an increased sensitivity to skeletal muscle ryanodine receptor activators.</a> Journal of Biological Chemistry. 276 (51), 48077(2001).</li>
<li>Ducreux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+ryanodine+receptor+mutations+on+interleukin-6+release+and+intracellular+calcium+homeostasis+in+human+myotubes+from+Malignant+Hyperthermia-+Susceptible+individuals+and+patients+affected+by+Central+Core+Disease%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Effect of ryanodine receptor mutations on interleukin-6 release and intracellular calcium homeostasis in human myotubes from Malignant Hyperthermia- Susceptible individuals and patients affected by Central Core Disease.</a> Journal of Biological Chemistry. 279 (42), 43838-43846 (2004).</li>
<li>Ducreux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+properties+of+ryanodine+receptors+carrying+three+amino+acid+substitutions+identified+in+patients+affected+by+multi-minicore+disease+and+central+core+disease%2C+expressed+in+immortalized+lymphocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">Functional properties of ryanodine receptors carrying three amino acid substitutions identified in patients affected by multi-minicore disease and central core disease, expressed in immortalized lymphocytes.</a> Biochemical Journal. 395, 259-266 (2006).</li>
<li>Tilgen, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+four+novel+mutations+in+the+C-terminal+membrane+spanning+domain+of+the+ryanodine+receptor+1%3A+association+with+central+core+disease+and+alteration+of+calcium+homeostasis%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Molecular+Genetics%22%5BJournal%5D)">Identification of four novel mutations in the C-terminal membrane spanning domain of the ryanodine receptor 1: association with central core disease and alteration of calcium homeostasis.</a> Human Molecular Genetics. 10 (25), 2879-2887 (2001).</li>
<li>Treves, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+excitation-coupled+Ca2%2B+entry+induces+nuclear+translocation+of+NFAT+and+contributes+to+IL-6+release+from+myotubes+from+patients+with+central+core+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Molecular+Genetics%22%5BJournal%5D)">Enhanced excitation-coupled Ca2+ entry induces nuclear translocation of NFAT and contributes to IL-6 release from myotubes from patients with central core disease.</a> Human Molecular Genetics. 20 (3), 589-600 (2011).</li>
<li>Yasuda, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((JP-45%2FJSRP1+variants+affect+skeletal+muscle+excitation+contraction+coupling+by+decreasing+the+sensitivity+of+the+dihydropyridine+receptor%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Mutation%22%5BJournal%5D)">JP-45/JSRP1 variants affect skeletal muscle excitation contraction coupling by decreasing the sensitivity of the dihydropyridine receptor.</a> Human Mutation. 34, 184-190 (2013).</li>
<li>Sei, Y., Gallagher, K. L., Basile, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Skeletal+muscle+ryanodine+receptor+is+involved+in+calcium+signaling+in+human+B+lymphocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Skeletal muscle ryanodine receptor is involved in calcium signaling in human B lymphocytes.</a> Journal of Biological Chemistry. 274 (9), 5995-6062 (1999).</li>
<li>Tegazzin, V., Scutari, E., Treves, S., Zorzato, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chlorocresol%2C+an+additive+to+commercial+succinylcholine%2C+induces+contracture+of+human+malignant+Hyperthermia+Susceptible+muscles+via+activation+of+the+ryanodine+receptor+Ca2%2B+channel%5BTitle%5D)+AND+%22Anesthesiology%22%5BJournal%5D)">Chlorocresol, an additive to commercial succinylcholine, induces contracture of human malignant Hyperthermia Susceptible muscles via activation of the ryanodine receptor Ca2+ channel.</a> Anesthesiology. 84, 1275-1279 (1996).</li>
<li>Kushnir, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ryanodine+receptor+calcium+leak+in+circulating+B-lymphocytes+as+a+biomarker+for+heart+failure%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Ryanodine receptor calcium leak in circulating B-lymphocytes as a biomarker for heart failure.</a> Circulation. 138 (11), 1144-1154 (2018).</li>
<li>Zullo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+characterization+of+ryanodine+receptor+sequence+variants+using+a+metabolic+assay+in+immortalized+B-lymphocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Mutation%22%5BJournal%5D)">Functional characterization of ryanodine receptor sequence variants using a metabolic assay in immortalized B-lymphocytes.</a> Human Mutation. 30 (4), 575-590 (2009).</li>
<li>Hoppe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hypermetabolism+in+B-lymphocytes+from+malignant+hyperthermia+susceptible+individuals%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Hypermetabolism in B-lymphocytes from malignant hyperthermia susceptible individuals.</a> Scientific Reports. 6, 33372(2016).</li>
<li>Monnier, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+homozygous+splicing+mutation+causing+a+depletion+of+skeletal+muscle+RYR1+is+associated+with+multi-minicore+disease+congenital+myopathy+with+ophthalmoplegia%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Molecular+Genetics%22%5BJournal%5D)">A homozygous splicing mutation causing a depletion of skeletal muscle RYR1 is associated with multi-minicore disease congenital myopathy with ophthalmoplegia.</a> Human Molecular Genetics. 12, 1171-1178 (2003).</li>
<li>Schartner, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dihydropyridine+receptor+%28DHPR%2C+CACNA1S%29+congenital+myopathy%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathologica%22%5BJournal%5D)">Dihydropyridine receptor (DHPR, CACNA1S) congenital myopathy.</a> Acta Neuropathologica. 133, 517-533 (2017).</li>
<li>Ullrich, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+of+excitation-contraction+coupling+and+excitation+coupled+Ca2%2B+entry+in+human+myotubes+carrying+CAV3+mutations+linked+to+rippling+muscle+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Mutation%22%5BJournal%5D)">Alterations of excitation-contraction coupling and excitation coupled Ca2+ entry in human myotubes carrying CAV3 mutations linked to rippling muscle disease.</a> Human Mutation. 32, 1-9 (2010).</li>
<li>Rokach, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+a+human+skeletal+muscle-+derived+cell+line%3A+biochemical%2C+cellular+and+electrophysiological+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">Characterization of a human skeletal muscle- derived cell line: biochemical, cellular and electrophysiological characterization.</a> Biochemical Journal. 455, 169-177 (2013).</li>
<li>Zhou, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+RYR1+mutations+in+core+myopathies%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Molecular+Genetics%22%5BJournal%5D)">Characterization of RYR1 mutations in core myopathies.</a> Human Molecular Genetics. 15, 2791-2803 (2006).</li>
<li>Klinger, W., Baur, C., Georgieff, M., Lehmann-Horn, F., Melzer, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+proton+release+from+cultured+human+myotubes+to+identify+malignant+hyperthermia+susceptibility%5BTitle%5D)+AND+%22Anesthesiology%22%5BJournal%5D)">Detection of proton release from cultured human myotubes to identify malignant hyperthermia susceptibility.</a> Anesthesiology. 97, 1043-1056 (2002).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

De protocollen die in dit artikel worden beschreven, zijn met succes gebruikt door verschillende laboratoria om de impact van RYR1-mutaties op calciumhomeostase te bestuderen. De kritische stappen van de benaderingen die in dit artikel worden beschreven, hebben betrekking op steriliteit, celkweekvaardigheden en -technieken en beschikbaarheid van biologisch materiaal. In principe is het gebruik van EBV-vereeuwigde B-lymfocyten eenvoudiger en kan men cellijnen genereren die mutante RyR1-kanalen bevatten. De cellen kunnen v...

Tot op heden zijn meer dan 700 RYR1-varianten geïdentificeerd in de menselijke populatie en gekoppeld aan verschillende neuromusculaire aandoeningen, waaronder maligne hyperthermiegevoeligheid (MHS), door inspanning geïnduceerde rabdomyolyse, centrale kernziekte (CCD), multi-minicoreziekte (MmD), centronucleaire myopathie (CNM)1,2,3 ; niettemin blijven studies om hun functionele effecten te karakteriseren achter en slechts ongeveer 10% van de mutaties is functioneel getest. Verschillende experimentele benaderingen kunnen worden gebruikt om de impact van een bepaalde RyR1-variant te beoordelen, waaronder transfectie van heterologe cellen zoals HEK293- en COS-7-cellen met plasmidecodering voor de WT en mutant RYR1 cDNA4,5, transductie van dyspedische muisfibroblasten met plasmiden en vectoren die coderen voor de WT en mutant RYR1 cDNA, gevolgd door transductie met myo-D en differentiatie in myotubes6 , generatie van transgene diermodellen met mutant RyR1s7,8,9, karakterisering van cellen van patiënten die de RYR1-variant endogeen tot expressie brengen10,11,12. Dergelijke methoden hebben geholpen vast te stellen hoe verschillende mutaties functioneel van invloed zijn op het RyR1 Ca2+ kanaal.
Hier worden methoden beschreven die zijn ontwikkeld om de functionele effecten van RYR1-mutaties te beoordelen. Verschillende parameters van intracellulaire calciumhomeostase worden onderzocht in menselijke cellen die endogeen het RyR1-calciumkanaal tot expressie brengen, waaronder myotubes en epstein barr-virus (EBV) vereeuwigde B-lymfocyten. Cellen worden verkregen van patiënten, uitgebreid in cultuur en geladen met ratiometrische fluorescerende calciumindicatoren zoals Fura-2 of indo-1. Parameters waarvan is gemeld dat ze zijn gewijzigd als gevolg van pathogene RYR1-mutaties, waaronder de rust [Ca2+], de gevoeligheid voor verschillende farmacologische agonisten en de grootte van de intracellulaire Ca2+-winkels, worden gemeten op het niveau van één cel, met behulp van fluorescentiemicroscopie, of in celpopulaties met behulp van een fluorimeter. Resultaten verkregen in cellen van mutatiedragers worden vervolgens vergeleken met die verkregen van gezonde controlefamilieleden. Deze benadering heeft aangetoond dat: (i) veel mutaties gekoppeld aan MHS leiden tot een toename van de rust [Ca2+] en een verschuiving naar links in de dosisresponscurve naar ofwel KCl-geïnduceerde depolarisatie of farmacologische RyR1-activering met 4-chloor-m-cresol10,11,12,13; ii) mutaties in verband met CCD leiden tot een afname van de piek [Ca2+ ]die vrijkomt door farmacologische activering van de RyR1 en een afname van de omvang als het intracellulaire Ca2+ 12,13,14,15opslaat; (iii) sommige varianten hebben geen invloed op Ca2+ homeostase13. Voordelen van deze experimentele aanpak zijn: het RyR1-eiwit is niet overexpressie en fysiologische niveaus zijn aanwezig, cellen kunnen worden vereeuwigd (zowel spiercellen als B-lymfocyten) en cellijnen met mutaties leveren. Sommige nadelen hebben betrekking op het feit dat patiënten mutaties kunnen dragen in meer dan één gen dat codeert voor eiwitten die betrokken zijn bij calciumhomeostase en / of excitatiecontractiekoppeling (ECC) en dit kan experimentele conclusies bemoeilijken. Er werden bijvoorbeeld twee JP-45-varianten geïdentificeerd in de MHS- en controlepopulatie en hun aanwezigheid bleek de gevoeligheid van de dihydropyridinereceptor (DHPR) voor activering te beïnvloeden16. Patiënten moeten beschikbaar zijn, biologisch materiaal moet vers worden ingezameld en ethische vergunningen moeten worden verkregen van de lokale ethische raden.

<table><tbody><tr><td>4-chloro-m-cresol</td><td>Fluka</td><td>24940</td><td></td></tr><tr><td>Bloedopnamebuisjes</td><td>Sarstedt</td><td>172202</td><td></td></tr><tr><td>Bovine serum albumine (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7906</td><td></td></tr><tr><td>cafeïne</td><td>Merk</td><td>102584</td><td></td></tr><tr><td>Cascade 125+ CCD-camera</td><td>Photometrics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cascade 128+ CCD</td><td>Photometrics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Creatine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C-3630</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>11965092</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Sigma</td><td>41639</td><td></td></tr><tr><td>EGTA</td><td>Fluka</td><td>3778</td><td></td></tr><tr><td>Epidermale groeifactor (EGF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E9644</td><td></td></tr><tr><td>Ficoll Paque</td><td>Cytiva</td><td>17144002</td><td></td></tr><tr><td>Foetaal runderserum</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>26140079</td><td></td></tr><tr><td>Fura-2/AM</td><td>Invitrogen Life Sciences</td><td>F1201</td><td></td></tr><tr><td>Glutamax</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>35050061</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15630049</td><td></td></tr><tr><td>Paarden serum</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>16050122</td><td></td></tr><tr><td>Insulin</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A11382II</td><td></td></tr><tr><td>Ionomycin</td><td>Sigma</td><td>I0634</td><td></td></tr><tr><td>KCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P9333</td><td></td></tr><tr><td>Laminine</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>23017015</td><td></td></tr><tr><td>Lanthaan</td><td>Fluka</td><td>61490</td><td></td></tr><tr><td>Microperfusiesysteem</td><td>ALA-Scientific</td><td>DAD VM 12 kleppenpaneel</td><td></td></tr><tr><td>Origin Software</td><td>OriginLab Corp</td><td>Software</td><td></td></tr><tr><td>Pennicilline/Streptomycine</td><td>Gibco Life Sciences</td><td>15140-122</td><td></td></tr><tr><td>Perfusiekamer POC-R</td><td>Pecon</td><td>000000-1116-079</td><td></td></tr><tr><td>poly-L-lysine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P8920</td><td></td></tr><tr><td>RPMI</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>21875091</td><td></td></tr><tr><td>Spectrofluorimeter</td><td>Perkin Elmer</td><td>LS50</td><td></td></tr><tr><td>Thapsigargin</td><td>Calbiochem</td><td>586005</td><td></td></tr><tr><td>Weefselkweekschalen</td><td>Falcon</td><td>353046</td><td></td></tr><tr><td>Weefselkweekflacon</td><td>Falcon</td><td>353107</td><td></td></tr><tr><td>Weefselkweekinzetstukken</td><td>Falcon</td><td>353090</td><td></td></tr><tr><td>Trypsine/EDTA-oplossing</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>25300054</td><td></td></tr><tr><td>Visiview</td><td>Visitron Systems GmbH</td><td>Software</td><td></td></tr><tr><td>Zeiss Axiovert S100 TV-microscoop</td><td>Carl Zeiss AG</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Zeiss glazen dekglasjes</td><td>Carl Zeiss AG</td><td>0727-016</td><td></td></tr></tbody></table>

functionele karakterisering van endogene uitgedrukte menselijke ryr1-varianten

Functional Characterization of Endogenously Expressed Human RYR1 Variants

Meer dan 700 varianten in het RYR1-gen zijn geïdentificeerd bij patiënten met verschillende neuromusculaire aandoeningen, waaronder maligne hyperthermiegevoeligheid, kernmyopathieën en centronucleaire myopathie. Vanwege de diverse fenotypen die verband houden met RYR1-mutaties is het van fundamenteel belang om hun functionele effecten te karakteriseren om varianten te classificeren die door patiënten worden gedragen voor toekomstige therapeutische interventies en niet-pathogene varianten te identificeren. Veel laboratoria zijn geïnteresseerd in het ontwikkelen van methoden om RYR1-mutaties in cellen van patiënten functioneel te karakteriseren. Deze aanpak heeft tal van voordelen, waaronder: mutaties worden endogeen tot expressie gebracht, RyR1 wordt niet overexpressie gegeven, het gebruik van heterologe RyR1-expressiecellen wordt vermeden. Omdat patiënten echter naast RYR1 mutaties in verschillende genen kunnen vertonen, is het belangrijk om resultaten van biologisch materiaal te vergelijken van personen met dezelfde mutatie, met verschillende genetische achtergronden. Het huidige manuscript beschrijft methoden die zijn ontwikkeld om de functionele effecten van endogene tot expressie gebrachte RYR1-varianten te bestuderen in: (a) Epstein Barr-virus vereeuwigde menselijke B-lymfocyten en (b) satellietcellen afgeleid van spierbiopten en gedifferentieerd in myotubes. Veranderingen in de intracellulaire calciumconcentratie veroorzaakt door de toevoeging van een farmacologische RyR1-activatoren worden vervolgens gecontroleerd. Het geselecteerde celtype wordt geladen met een ratiometrische fluorescerende calciumindicator en intracellulaire [Ca2+] veranderingen worden gecontroleerd op het niveau van één cel door fluorescentiemicroscopie of in celpopulaties met behulp van een spectrofluorometer. De rust [Ca2+], agonist dosisresponscurven worden vervolgens vergeleken tussen cellen van gezonde controles en patiënten met RYR1-varianten, wat leidt tot inzicht in het functionele effect van een bepaalde variant.

[Ca2+]i metingen in populaties van EBV-vereeuwigde B-lymfocyten Primaire B-lymfocyten drukken de RyR1-isovorm uit die functioneert als een Ca2+ afgiftekanaal tijdens B-cel antigeenreceptor gestimuleerde signaleringsprocessen17. Onsterfelijkheid van B-cellen met EBV, een procedure die routinematig door genetici wordt gebruikt om cellijnen te verkrijgen die genomische informatie ...

Hier worden methoden beschreven die worden gebruikt om het functionele effect van RYR1-mutaties te bestuderen die endogeen tot expressie komen in epstein barr-virus vereeuwigde menselijke B-lymfocyten en spierbiopsie afgeleide satellietcellen gedifferentieerd in myotubes.

Functionele karakterisering van endogene uitgedrukte menselijke RYR1-varianten

More than 700 variants in the RYR1 gene have been identified in patients with different neuromuscular disorders including malignant hyperthermia ...

Dit protocol is belangrijk omdat het gebruik maakt van patiëntenmateriaal. Als de patiënt de ziekte heeft, moet het gebruik van hun cellen de biologische reactie van de patiënt nauwkeuriger weergeven. Deze techniek is eenvoudig uit te voeren, eenvoudig en vereist geen geavanceerde apparatuur.Deze methoden kunnen worden gebruikt voor de diagnose, bijvoorbeeld om te bewijzen dat een RYR1-mutatie de calciumhomeostase functioneel verandert, en om de potentiële therapeutische functie van een verbinding te testen. Afhankelijk van de kennis en technische vaardigheden van de individuele onderzoeker, moeten testexperimenten worden uitgevoerd voordat daadwerkelijke patiëntmonsters worden gebruikt. Om veranderingen in de intracellulaire calciumconcentratie van EBV-getransformeerde B-lymfocyten te controleren, resuspendeert u de vereeuwigde B-cellen met een concentratie van één keer 10 tot de zevende cellen per milliliter in de oplossing van Krebs Ringer en Fura-2 AM tot een uiteindelijke concentratie van vijf micromolair gedurende een incubatie van 30 minuten bij 37 graden Celsius.Verzamel aan het einde van de incubatie de cellen door centrifugering en resuspend de pellet in verse Krebs Ringer-oplossing met een concentratie van twee keer 10 tot de zesde cel per milliliter. Centrifugeer de cellen vlak voordat u met het experiment begint opnieuw en suspens de cellen snel opnieuw in 1,5 milliliter Krebs Ringer's oplossing aangevuld met 0,5 millimolaire EGTA maar geen toegevoegd calcium. Breng de cellen over naar een glazen, drie milliliter spectrofluorometer cuvette, en noteer de fluorescentieverhouding op een spectrofluorometer uitgerust met een magnetische roerder ingesteld op maximale snelheid en 37 graden Celsius gedurende ongeveer 30 seconden.Om de calciumafgifterespons in afzonderlijke cellen te beoordelen, plaatst u één keer 106 Fura-2 AM geladen cellen in één milliliter van Krebs Ringer's oplossing aangevuld met één millimolair calciumchloride op individuele poly-L-lysine gecoate glazen afdekselslips en incubeert u de afdekslips bij 37 graden Celsius in een bevochtigde celkweekincubator gedurende 30 minuten. Wanneer de cellen zijn bevestigd, plaatst u een dekselslip in een perfusiekamer en begint u de cellen te perfuseren met een oplossing van twee milliliter Krebs Ringer aangevuld met een stroomsnelheid van één millimolair calcium per minuut. Gebruik een omgekeerde fluorescerende microscoop uitgerust met een 40 keer olie-onderdompelingsobjectief en de juiste filters, registreer online metingen met een softwaregestuurde, opgeladen gekoppelde apparaatcamerabevestiging met intervallen van één seconde, op een vaste belichtingstijd.Om celstimulatie te bereiken, gebruikt u een celperfusiestimulator met 12 kleppen om de verschillende concentraties agonist toe te voegen. Om myotubes te isoleren van menselijke spierbiopten, spoelt u eerst de biopsie met steriel PBS om overtollig bloed te verwijderen voordat u het weefsel in kleine fragmenten van 0,5 tot één millimeter hakt. Plaats twee tot drie fragmenten in afzonderlijke inserts in elke put van een weefselkweekplaat met zes putjes met 1,5 milliliter menselijk spiergroeimedium per put en 500 microliter medium per insert, en plaats de plaat in de celkweekincubator.Om veranderingen in calciumexpressie in menselijke myotubes te meten, wanneer multinucleaire myotubes kunnen worden waargenomen, vervangt u de myotube-cultuursupernatanten door vers differentiatiemedium aangevuld met 10 microliter één millimolaire Fura-2 AM voor een incubatie van 30 minuten in de celkweekincubator. Breng aan het einde van de incubatie één glasdekselslipcultuur over naar de perfusiekamer en spoel de cellen met de oplossing van Krebs Ringer aangevuld met calciumchloride van twee millaris. Voer vervolgens online calciummetingen uit zoals aangetoond met behulp van een 20 keer waterdompelingsdoel.In deze representatieve analyse werd een snelle toename van calcium waargenomen in EBV-vereeuwigde B-lymfocyten na de toevoeging van agonist die in de loop van de tijd langzaam terugviel tot rustniveaus. In een vergelijkbaar experiment veroorzaakte de toevoeging van 400-nanomolaire thapsigargin een grote calciumtransiënt die een piekfluorescentiewaarde van 2,4 willekeurige eenheden bereikte. Deze fluorescentiewaarde werd als 100% beschouwd wanneer de overeenkomstige dosisresponscurve werd geconstrueerd.In deze analyse werden vereeuwigde B-cellen gedurende 20 seconden gestimuleerd met vijf millimolaire cafeïne, wat resulteerde in een onmiddellijke toename van de fluorescentieverhouding van 340 en 380 nanometer. Voor elke geteste cafeïneconcentratie werd de cafeïne-geïnduceerde piek in de verhouding van 340 bij 380 nanometer fluorescentie berekend en gebruikt om een dosisresponscurve te construeren. Calciumafgifte uit gedifferentieerde myotubes kan ook worden beoordeeld als reactie op blozen met kaliumchloride, verschillende concentraties agonist en / of cafeïne, en normale dosisresponscurven kunnen worden gegenereerd.Het is belangrijk om ervoor te zorgen dat de cellen correct worden geladen met Fura-2 en dat zowel de golflengten van 340 als 380 nanometer reageren op de toevoeging van de agonist. Intracellulaire calciummetingen met fluorescerende calciumindicatoren kunnen in de meeste zoogdiercellen worden onderzocht en kunnen worden toegepast op de studie van intracellulaire calciumveranderingen als reactie op verschillende stimuli.

functional-characterization-endogenously-expressed-human-ryr1

Research

JoVE Journal

Medicine

Geneeskunde

Interacties tussen eiwitten zijn fundamenteel voor alle cellulaire processen. Met Bioluminescentie Resonance Energy Transfer, kan de interactie tussen twee eiwitten worden gecontroleerd in levende cellen en in real time. Bovendien kunnen de effecten van potentieel pathogene mutaties worden beoordeeld.

Onderzoeken eiwit-eiwit interacties in levende cellen met behulp van bioluminescentie resonantie energieoverbrenging

Oligomerisatie van de ryanodine receptor, een homo-tetramer ionkanaal dat Ca2+ vrijmaakt uit intracellulaire opslag, is cruciaal voor skeletspier- en hartspiercontractie. Hier presenteren we complementaire in vivo en in vitro methoden om eiwit-zelfassociatie te detecteren en homo-oligomeer stoichiometrie te bepalen.

Genetische en biochemische benaderingen voor<em&gt; In Vivo</em&gt; en<em&gt; In Vitro</em&gt; Evaluatie van Protein Oligomerisatie: De ryanodinereceptor Case Study

Een facile fluorescentie-bepaling is bedoeld om te evalueren van de doeltreffendheid van amino-acyl-tRNA-synthetase/tRNA paren integratie van niet-canonieke aminozuren (ncAAs) in eiwitten uitgedrukt in zoogdiercellen. De toepassing van ncAAs op het bestuderen van de G-eiwit gekoppelde receptoren (GPCRs) wordt beschreven, met inbegrip van foto-crosslinking toewijzing van bindende sites en bioorthogonal GPCR etiketten op levende cellen.

Optimaliseren van de genetische opneming van chemische sondes in GPCRs voor foto-crosslinking kartering en Bioorthogonal scheikunde in levende cellen van zoogdieren

Gerichte volgende-generatie rangschikken is een tijd - en kostenbesparende aanpak die wordt steeds populairder in zowel ziekteonderzoek en klinische diagnostiek. Het protocol beschreven hier presenteert de complexe workflow vereist voor het rangschikken en het proces van de bioinformatica gebruikt ter identificatie van de genetische varianten die aan de ziekte bijdragen.

Next-generation Sequencing en Bioinformatics pijpleiding om te evalueren van genetische determinanten van constitutionele ziekte gericht

Hier zijn vier protocollen voor het construeren en exploiteren van gist Saccharomyces cerevisiae reporter stammen te bestuderen van menselijke P53 trans activatie potentieel, effecten van de verschillende kanker-geassocieerde mutaties, co-uitgedrukt interactie eiwitten, en de effecten van specifieke kleine moleculen.

Gist als chassis voor het ontwikkelen van functionele assays voor het bestuderen van menselijke P53

Het doel van dit protocol is om het ontwerp en de prestaties van in vivo experimenten in Drosophila melanogaster te schetsen om de functionele gevolgen van zeldzame genvarianten in verband met menselijke ziekten te beoordelen.

In vivo functionele studie van ziekten-geassocieerde zeldzame menselijke varianten met behulp van Drosophila

Hier gepresenteerd is een stapsgewijze procedure voor in vitro differentiatie van de menselijke primaire keratinocyten door contactremming gevolgd door karakterisering op moleculair niveau door RNA-seq analyse.

Karakterisering van in vitro differentiatie van de menselijke primaire keratinocyten door RNA-Seq Analyse

Hier beschrijven we een protocol voor detectie en lokalisatie van Drosophila embryo-eiwit en RNA van verzameling tot pre-embedding en embedding, immunostaining en mRNA in situ hybridisatie.

Een protocol voor immunohistochemie en RNA-in-situ distributie binnen vroege drosophila-embryo's

Een eenvoudige en schaalbare methode werd ontwikkeld om de functionele betekenis van missense-varianten in Ube3a te beoordelen, een gen waarvan het verlies en de winst van functie verband houden met zowel het Angelman-syndroom als de autismespectrumstoornis.

Een schaalbare, op cellen gebaseerde methode voor de functionele beoordeling van Ube3a-varianten

Deze studie introduceert een multischaalkader, variërend van DNA- tot eiwitfunctie en neuraal gedrag. Het presenteert een nieuwe benadering voor het onderzoeken van voorspelde pathogene mutaties in de GABA A-receptorsubeenheid, waarbij wordt verondersteld dat epileptogene mutaties en proximale mutaties, voorspeld als pathogeen, vergelijkbare effecten kunnen hebben op het CA1-piramidale neuronmodel.

Identificatie en classificatie van positiespecifieke GABA A-receptorsubeenheid missense-varianten voor hun rol in hippocampale piramidale neuronen

Leer functionele karakterisering van RYR1-mutaties in menselijke B-lymfocyten en myotubes voor neuromusculaire onderzoek. Deze methode evalueert calciumhomeostase en helpt bij diagnostiek en therapeutisch onderzoek.

Functionele karakterisering van endogene uitgedrukte menselijke RYR1-varianten

Meer video's verkennen