Name: Metabole labeling van het ontluikende transcriptoom in de vroege embryogenese van Xenopus (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-27T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: Leer metabole labeling van het ontluikende transcriptoom in vroege Xenopus laevis embryogenese met 5-EU. Deze methode detecteert zygotische genactivering met hoge gevoeligheid en specifiteit.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Lee, M. T., Bonneau, A. R., Giraldez, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zygotic+genome+activation+during+the+maternal-to-zygotic+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Zygotic genome activation during the maternal-to-zygotic transition.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. 30, 581-613 (2014).</li>
<li>Jukam, D., Shariati, S. aM., Skotheim, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zygotic+genome+activation+in+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Zygotic genome activation in vertebrates.</a> Dev Cell. 42 (4), 316-332 (2017).</li>
<li>Vastenhouw, N. L., Cao, W. X., Lipshitz, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-to-zygotic+transition+revisited%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The maternal-to-zygotic transition revisited.</a> Development. 146 (11), (2019).</li>
<li>Kojima, M. L., Hoppe, C., Giraldez, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-to-zygotic+transition%3A+Reprogramming+of+the+cytoplasm+and+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">The maternal-to-zygotic transition: Reprogramming of the cytoplasm and nucleus.</a> Nat Rev Genet. 26 (4), 245-267 (2025).</li>
<li>Palfy, M., Joseph, S. R., Vastenhouw, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+timing+of+zygotic+genome+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">The timing of zygotic genome activation.</a> Curr Opin Genet Dev. 43, 53-60 (2017).</li>
<li>Tadros, W., Lipshitz, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-to-zygotic+transition%3A+A+play+in+two+acts%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The maternal-to-zygotic transition: A play in two acts.</a> Development. 136 (18), 3033-3042 (2009).</li>
<li>Schier, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-zygotic+transition%3A+Death+and+birth+of+rnas%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The maternal-zygotic transition: Death and birth of rnas.</a> Science. 316 (5823), 406-407 (2007).</li>
<li>Chen, H., Good, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nascent+transcriptome+reveals+orchestration+of+zygotic+genome+activation+in+early+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Nascent transcriptome reveals orchestration of zygotic genome activation in early embryogenesis.</a> Curr Biol. 32 (19), 4314-4324.e7 (2022).</li>
<li>Chen, H., Einstein, L. C., Little, S. C., Good, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+patterning+of+zygotic+genome+activation+in+a+model+vertebrate+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal patterning of zygotic genome activation in a model vertebrate embryo.</a> Dev Cell. 49 (6), 852-866.e7 (2019).</li>
<li>Chen, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+nascent+transcription+in+early+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Quantifying nascent transcription in early embryogenesis.</a> Methods Mol Biol. 2923, 143-162 (2025).</li>
<li>Heyn, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+earliest+transcribed+zygotic+genes+are+short%2C+newly+exmaved%2C+and+different+across+species%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">The earliest transcribed zygotic genes are short, newly exmaved, and different across species.</a> Cell Rep. 6 (2), 285-292 (2014).</li>
<li>Bhat, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slamseq+resolves+the+kinetics+of+maternal+and+zygotic+gene+expression+during+early+zebrafish+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Slamseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression during early zebrafish embryogenesis.</a> Cell Rep. 42 (2), 112070(2023).</li>
<li>Palozola, K. C., Donahue, G., Zaret, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eu-rna-seq+for+in+vivo+labeling+and+high+throughput+sequencing+of+nascent+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Eu-rna-seq for in vivo labeling and high throughput sequencing of nascent transcripts.</a> STAR Protoc. 2 (3), 100651(2021).</li>
<li>Kwasnieski, J. C., Orr-Weaver, T. L., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+genome+activation+in+drosophila+is+extensive+with+an+initial+tendency+for+aborted+transcripts+and+retained+introns%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Early genome activation in drosophila is extensive with an initial tendency for aborted transcripts and retained introns.</a> Genome Res. 29 (7), 1188-1197 (2019).</li>
<li>Chan, S. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brd4+and+p300+confer+transcriptional+competency+during+zygotic+genome+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Brd4 and p300 confer transcriptional competency during zygotic genome activation.</a> Dev Cell. 49 (6), 867-881.e8 (2019).</li>
<li>Sive, H. L., Grainger, R. M., Harland, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xenopus+laevis+in+vitro+fertilization+and+natural+mating+methods%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc%22%5BJournal%5D)">Xenopus laevis in vitro fertilization and natural mating methods.</a> CSH Protoc. , (2007).</li>
<li>Patro, R., Duggal, G., Love, M. I., Irizarry, R. A., Kingsford, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salmon+provides+fast+and+bias-aware+quantification+of+transcript+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression.</a> Nat Methods. 14 (4), 417-419 (2017).</li>
<li>Love, M. I., Huber, W., Anders, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Moderated+estimation+of+fold+change+and+dispersion+for+rna-seq+data+with+deseq2%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Moderated estimation of fold change and dispersion for rna-seq data with deseq2.</a> Genome Biol. 15 (12), 550(2014).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+universal+rna-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Ultrafast universal rna-seq aligner.</a> Bioinformatics. 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Chen, H., Good, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+nascent+transcription+in+wholemount+vertebrate+embryos+to+characterize+zygotic+genome+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Imaging nascent transcription in wholemount vertebrate embryos to characterize zygotic genome activation.</a> Methods Enzymol. 638, 139-165 (2020).</li>
<li>Ma, S., Hong, Y., Chen, J., Xu, J., Shen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+nascent+transcription+reveals+sparse+genome+usage+and+plasticity%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Single-cell nascent transcription reveals sparse genome usage and plasticity.</a> Cell. 188 (24), 6873-6891.e23 (2025).</li>
<li>Battich, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequencing+metabolically+labeled+transcripts+in+single+cells+reveals+mrna+turnover+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Sequencing metabolically labeled transcripts in single cells reveals mrna turnover strategies.</a> Science. 367 (6482), 1151-1156 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>&micro;PUPM Microinjector</td><td>World Precision Instruments</td><td>UPUMP</td><td>Voor micro-injectie (micro-injecteren met druk)</td></tr><tr><td>5-ehtynyl uridine</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>E10345</td><td>Voor micro-injectie (labelen van nieuwe traqnscripts)</td></tr><tr><td>ACCU-SCOPE 3075 Zoom Stereomicroscopen</td><td>VWR</td><td>470351-130</td><td>Voor micro-injectie (visualiseren van embryo's)</td></tr><tr><td>Ammoniumacetaat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2706</td><td>Voor RNA-precipitatie</td></tr><tr><td>Ascorbinezuur</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7506</td><td>Voor click reactie</td></tr><tr><td>Boorsilicaat glazen capillairen</td><td>World Precision Instruments</td><td>TW100-4</td><td>Voor micro-injectie (het maken van glazen naalden)</td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5425R</td><td>Voor centrifuge</td></tr><tr><td>Click-iT Nascent RNA Capture Kit</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C10365</td><td>Voor biotinyleren en zuiveren van nieuwe RNA</td></tr><tr><td>CuSO4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>61230</td><td>Voor click reactie</td></tr><tr><td>DNase I</td><td>Roche Diagnostics</td><td>4716728001</td><td>Voor RNA-extractie</td></tr><tr><td>Ficoll 400</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>GE17-0300-10</td><td>Voor micro-injectie (incuberen van embryo's)</td></tr><tr><td>Glazen Petri-schaal (60 mm)</td><td>VWR</td><td>75845-542</td><td>Voor bevruchting</td></tr><tr><td>Glycogen</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9510</td><td>Voor RNA-precipitatie</td></tr><tr><td>Halocarbon olie 27</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H8773</td><td>Voor micro-injectie (kalibreren van injectievolume)</td></tr><tr><td>L-cysteïne</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>168149</td><td>Voor het ontdoen van embryo's van hun dooier</td></tr><tr><td>Microloader tips</td><td>calibre scientific</td><td>EPE-5242956003</td><td>Voor micro-injectie (laden van 5-EU in de glazen naald)</td></tr><tr><td>NEBNext Library Quant Kit voor Illumina</td><td>NEB</td><td>E7630</td><td>Voor bibliotheekkwantificering</td></tr><tr><td>NSQ 500/550 Hi Output KT v2.5 (75 CYS)</td><td>Illumina</td><td>20024906</td><td>Voor sequencing</td></tr><tr><td>Qubi Flex Fluorometer</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q33327</td><td>Voor het meten van RNA-concentratie</td></tr><tr><td>Qubit RNA HS Binding Kit</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32852</td><td>Voor het meten van RNA-concentratie</td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Voor RNA-extractie</td></tr><tr><td>Stage Micrometer</td><td>Ward's Science</td><td>470175-914</td><td>Voor micro-injectie (kalibreren van injectievolume)</td></tr><tr><td>Universele RNA-seq met NuQuant</td><td>NuGEN</td><td>0364</td><td>Voor bibliotheekvoorbereiding</td></tr></tbody></table>

metabole labeling van het ontluikende transcriptoom in de vroege embryogenese van xenopus

Metabolic Labeling of the Nascent Transcriptome in Xenopus Early Embryogenesis

Metabole labeling van het ontluikende transcriptoom in de vroege embryogenese van Xenopus

Early embryogenesis requires new transcription of zygotic genes from the initially dormant zygotic genome after fertilization. A major challenge has been ...

metabolic-labeling-nascent-transcriptome-xenopus-early

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Ontwikkelingsbiologie

Xenopus embryonale epitheel is een ideaal modelsysteem om cel gedrag, zoals polariteit ontwikkeling en vorm veranderen tijdens epitheliale morfogenese bestuderen. Traditionele histologie van vaste monsters wordt in toenemende mate aangevuld door live-cell imaging confocale. Hier laten we zien methoden om de kikker weefsel te isoleren en te visualiseren live-epitheliale cellen en hun cytoskelet met behulp van live-cell confocale microscopie.

Live-cell imaging en kwantitatieve analyse van de embryonale epitheelcellen in Xenopus laevis</em

Een klik-chemie gebaseerde methode die het mogelijk maakt voor de snelle, niet-invasieve, en robuuste etikettering van alkyn-tagged glycanen in zebravis embryo's wordt beschreven. Gefucosyleerde glycanen in de omhullende laag van de zebravis embryo's in de late gastrulatie stadium waren afgebeeld in deze studie.

Imaging glycanen in zebravis embryo&#39;s door metabole Labeling en Bioorthogonal Klik Chemie

Totaal cellulair RNA verschaft een slechte template voor het bestuderen korte termijn veranderingen in RNA synthese en verval en de kinetiek van RNA processing. We beschrijven hier metabolisch merken van nieuw getranscribeerde RNA met 4-thiouridine gevolgd door thiol-specifieke biotinylering en zuivering van nieuw getranscribeerde RNA waardoor deze beperkingen te overwinnen.

Metabole Labeling van Nieuw Transcribed RNA voor hoge resolutie genexpressieprofilering van RNA synthese, verwerking en Decay in Cell Culture

De vraag hoe chromatine toezichthouders en chromatine staten van invloed op het genoom in vivo is de sleutel tot ons begrip van hoe vroeg lot van de cel beslissingen worden genomen in het zich ontwikkelende embryo. ChIP-Seq-de meest populaire benadering van chromatine functies onderzoeken op mondiaal niveau wordt hier geschetst voor Xenopus embryo.

Genoom-brede Snapshot van chromatine regelgevers en staten in<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryo&#39;s van Chip-Seq

We beschrijven een originele transfer-RNA analyse platform genaamd SPOt (gestroomlijnde Platform voor de waarneming van tRNA). Ter plaatse gelijktijdig maatregelen cellulaire niveaus van alle tRNAs in biologische monsters, in slechts drie stappen en in minder dan 24 uur.

Metabole Labeling en profilering van overdracht RNAs met behulp van Macroarrays

We worden stappen beschreven waarmee snel in situ bemonstering van een klein gedeelte van een afzonderlijke cel met hoge precisie en minimale invasie met behulp van capillaire gebaseerde micro-sampling, ter vergemakkelijking van chemische karakterisering van een momentopname van de metabole activiteit in levende embryo's met behulp van een custom-built eencellige capillaire elektroforese en massaspectrometrie platform.

Microprobe capillaire elektroforese massaspectrometrie voor eencellige metabolomica in Live kikker (Xenopus laevis) embryo 's

Het protocol hier beschreven is gebaseerd op het genoom-brede kwantificeren van nieuw samengestelde mRNA gezuiverd van gistcellen aangeduid met 4-thiouracil. Deze methode maakt het mogelijk om het meten van de mRNA-synthese rekken van mRNA verval en biedt dus een nauwkeurige meting van RNA polymerase II transcriptie.

Saccharomyces cerevisiae Metabole labelen met 4-thiouracil en de kwantificering van gesynthetiseerd mRNA nieuw als een Proxy voor RNA Polymerase II activiteit

We presenteren een tweedelige protocol dat fluorescerende calciumbeeldvorming combineert met in situ hybridisatie, waardoor de experimentator patronen van calciumactiviteit kan correleren met genexpressieprofielen op een eencellend niveau.

Fluorescerende calciumbeeldvorming en daaropvolgende in situ hybridisatie voor neuronale precursorkarakterisering in Xenopus laevis

Hier beschrijven we een op massaspectrometrie gebaseerde proteomische karakterisering van cellijnen met bekende weefsellotgevallen in het gewervelde Xenopus laevis-embryo .

Cel-Lineage geleide massaspectrometrie proteomics in het zich ontwikkelende (kikker) embryo

We beschrijven methoden om beginnende transcriptie te visualiseren tijdens de activatie van het zygotische genoom in individuele cellen tijdens de vroege embryogenese.

Visualisering van activatie van het zygotische genoom in individuele cellen van vroege embryo's

Leer metabole labeling van het ontluikende transcriptoom in vroege Xenopus laevis embryogenese met 5-EU. Deze methode detecteert zygotische genactivering met hoge gevoeligheid en specifiteit.

Metabole labeling van het ontluikende transcriptoom in de vroege embryogenese van Xenopus

Meer video's verkennen