Name: Visualisatie en kwantificering van intermoleculaire RNA-basenparing in in vitro RNA-clusters met behulp van gesplitste broccoli RNA-reporters (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-29T16:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Ontdek de split Broccoli RNA-reporterassay voor directe detectie en kwantificering van intermoleculaire basenparing in RNA-clusters in vitro. Deze methode biedt een kwantitatief alternatief voor chemische probing.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Jain, A., Vale, R. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+phase+transitions+in+repeat+expansion+disorders.">RNA phase transitions in repeat expansion disorders.</a> Nature. 546, 243-247 (2017).</li><li>Langdon, E. M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mRNA+structure+determines+specificity+of+a+polyQ-driven+phase+separation.">mRNA structure determines specificity of a polyQ-driven phase separation.</a> Science. 360, 922-927 (2018).</li><li>Tauber, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+RNA+condensation+by+the+DEAD-box+protein+eIF4A.">Modulation of RNA condensation by the DEAD-box protein eIF4A.</a> Cell. 180, 411-426 (2020).</li><li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+intermolecular+base+pairing+in+Drosophila+germ+granules+by+mRNA+folding+and+its+implications+in+fly+development.">Controlling intermolecular base pairing in Drosophila germ granules by mRNA folding and its implications in fly development.</a> Nat Commun. 16, 8135 (2025).</li><li>Van Treeck, B., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+self-assembly+contributes+to+stress+granule+formation+and+defining+the+stress+granule+transcriptome.">RNA self-assembly contributes to stress granule formation and defining the stress granule transcriptome.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 115, 2734-2739 (2018).</li><li>Bose, M., Rankovic, B., Mahamid, J., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+architectural+role+of+specific+RNA&#8211;RNA+interactions+in+oskar+granules.">An architectural role of specific RNA&#8211;RNA interactions in oskar granules.</a> Nat Cell Biol. 26, 1934-1942 (2024).</li><li>Jambor, H., Brunel, C., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimerization+of+oskar+3&#8242;+UTRs+promotes+hitchhiking+for+RNA+localization+in+the+Drosophila+oocyte.">Dimerization of oskar 3&#8242; UTRs promotes hitchhiking for RNA localization in the Drosophila oocyte.</a> RNA. 17, 2049-2057 (2011).</li><li>Majumder, S., Coupe, S., Fakhri, N., Jain, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-encoded+intermolecular+base+pairing+modulates+fluidity+in+DNA+and+RNA+condensates.">Sequence-encoded intermolecular base pairing modulates fluidity in DNA and RNA condensates.</a> Nat Commun. 16, 4258 (2025).</li><li>Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Condensates+in+RNA+repeat+sequences+are+heterogeneously+organized+and+exhibit+reptation+dynamics.">Condensates in RNA repeat sequences are heterogeneously organized and exhibit reptation dynamics.</a> Nat Chem. 14, 775-785 (2022).</li><li>Poudyal, R. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+sequence+and+structure+control+assembly+and+function+of+RNA+condensates.">RNA sequence and structure control assembly and function of RNA condensates.</a> RNA. 27, 1589-1601 (2021).</li><li>Smola, M. J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+2&#8242;-hydroxyl+acylation+analyzed+by+primer+extension+and+mutational+profiling+(SHAPE-MaP)+for+direct,+versatile+and+accurate+RNA+structure+analysis.">Selective 2&#8242;-hydroxyl acylation analyzed by primer extension and mutational profiling (SHAPE-MaP) for direct, versatile and accurate RNA structure analysis.</a> Nat Protoc. 10, 1643-1669 (2015).</li><li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo.">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nat Methods. 14, 75-82 (2017).</li><li>Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theory+and+simulations+for+RNA+folding+in+mixtures+of+monovalent+and+divalent+cations.">Theory and simulations for RNA folding in mixtures of monovalent and divalent cations.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 116, 21022-21030 (2019).</li><li>Maity, H., Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Odd&#8211;even+disparity+in+the+population+of+slipped+hairpins+in+RNA+repeat+sequences+with+implications+for+phase+separation.">Odd&#8211;even disparity in the population of slipped hairpins in RNA repeat sequences with implications for phase separation.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 120, e2301409120 (2023).</li><li>Liao, J. N., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+intermolecular+base+pairing+using+AMT+crosslinking+in+mammalian+cells+during+oxidative+stress.">Characterization of intermolecular base pairing using AMT crosslinking in mammalian cells during oxidative stress.</a> bioRxiv. , (2025).</li><li>Kirsch, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+streamlined+protocol+for+the+detection+of+mRNA&#8211;sRNA+interactions+using+AMT-crosslinking+in+vitro.">A streamlined protocol for the detection of mRNA&#8211;sRNA interactions using AMT-crosslinking in vitro.</a> Biotechniques. 67, 178-183 (2019).</li><li>Aw, J. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+mapping+of+eukaryotic+RNA+interactomes+reveals+principles+of+higher-order+organization+and+regulation.">In vivo mapping of eukaryotic RNA interactomes reveals principles of higher-order organization and regulation.</a> Mol Cell. 62, 603-617 (2016).</li><li>Alam, K. K., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+fluorescent+split+aptamer+for+visualizing+RNA&#8211;RNA+assembly+in+vivo.">A fluorescent split aptamer for visualizing RNA&#8211;RNA assembly in vivo.</a> ACS Synth Biol. 6, 1710-1721 (2017).</li><li>Conrad, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maximizing+transcription+of+nucleic+acids+with+efficient+T7+promoters.">Maximizing transcription of nucleic acids with efficient T7 promoters.</a> Commun Biol. 3, 439 (2020).</li><li>Imburgio, D., Rong, M., Ma, K., McAllister, W. T. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+of+promoter+recognition+and+start+site+selection+by+T7+RNA+polymerase+using+a+comprehensive+collection+of+promoter+variants.">Studies of promoter recognition and start site selection by T7 RNA polymerase using a comprehensive collection of promoter variants.</a> Biochemistry. 39, 10419-10430 (2000).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li><li>Shanaa, O. A., Rumyantsev, A., Sambuk, E., Padkina, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+production+of+RNA+aptamers+and+nanoparticles:+problems+and+prospects.">In vivo production of RNA aptamers and nanoparticles: problems and prospects.</a> Molecules. 26, (2021).</li><li>Rangan, P., DeGennaro, M., Jaime-Bustamante, K., Coux, R. X., Martinho, R. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+and+spatial+control+of+germ-plasm+RNAs.">Temporal and spatial control of germ-plasm RNAs.</a> Curr Biol. 19, 72-77 (2009).</li><li>Trcek, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-independent+self-assembly+of+germ+granule+mRNAs+into+homotypic+clusters.">Sequence-independent self-assembly of germ granule mRNAs into homotypic clusters.</a> Mol Cell. 78, 941-950 (2020).</li><li>Lorenz, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ViennaRNA+package+2.0.">ViennaRNA package 2.0.</a> Algorithms Mol Biol. 6, 26 (2011).</li><li>Filonov, G. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broccoli:+rapid+selection+of+an+RNA+mimic+of+green+fluorescent+protein+by+fluorescence-based+selection+and+directed+evolution.">Broccoli: rapid selection of an RNA mimic of green fluorescent protein by fluorescence-based selection and directed evolution.</a> J Am Chem Soc. 136, 16299-16308 (2014).</li><li>Song, W., Strack, R. L., Svensen, N., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plug-and-play+fluorophores+extend+the+spectral+properties+of+Spinach.">Plug-and-play fluorophores extend the spectral properties of Spinach.</a> J Am Chem Soc. 136, 1198-1201 (2014).</li><li>Guet, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+Spinach-tagged+RNA+and+gene+localization+to+image+gene+expression+in+live+yeast.">Combining Spinach-tagged RNA and gene localization to image gene expression in live yeast.</a> Nat Commun. 6, 8882 (2015).</li><li>You, M., Litke, J. L., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+metabolite+dynamics+in+living+cells+using+a+Spinach-based+riboswitch.">Imaging metabolite dynamics in living cells using a Spinach-based riboswitch.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112, E2756-E2765 (2015).</li><li>Zinskie, J. A., Roig, M., Janetopoulos, C., Myers, K. A., Bruist, M. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live-cell+imaging+of+small+nucleolar+RNA+tagged+with+the+broccoli+aptamer+in+yeast.">Live-cell imaging of small nucleolar RNA tagged with the broccoli aptamer in yeast.</a> FEMS Yeast Res. 18, (2018).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>1M MgCl2</td><td>Millipore Sigma</td><td>M1028</td><td>Gebazig voor de bereiding van 10× RNA hervouwingsbuffer.</td></tr><tr><td>2M KCl</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9640G</td><td>Gebazig voor de bereiding van 10× RNA hervouwingsbuffer.</td></tr><tr><td>50% PEG 8000</td><td>NEB</td><td>M0204S</td><td>Onderdeel van T4 RNA ligase kit; gebruikt als een moleculaire crowding reagens om RNA clustering te induceren.&nbsp;</td></tr><tr><td>Absolute ethanol, 200 proof</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>T038181000CS</td><td>Gebazig voor de bereiding van RNA was buffer.</td></tr><tr><td>Acid phenol:chloroform, pH 4.5 (met IAA, 125:24:1)</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9722</td><td>Gebazig voor RNA zuivering.</td></tr><tr><td>Aminoallyl-UTP-Cy5</td><td>Jena Bioscience</td><td>NU-821-CY5</td><td>Gebazig voor RNA labelen tijdens in vitro transcriptie.</td></tr><tr><td>Chambered coverglass</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>155409PK</td><td>Beeldvormingskamer voor RNA clustering reacties.</td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>C298-500</td><td>Gebazig voor RNA zuivering.</td></tr><tr><td>DFHBI-1T</td><td>Lucerna</td><td>410</td><td>Gebazig als een fluorofoor voor detectie van Broccoli RNA aptamer.</td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>D12345</td><td>Watervrij; moleculaire biologie kwaliteit; gebruikt voor DFHBI-1T bereiding.&nbsp;</td></tr><tr><td>DNA Clean &amp; Concentrator Kit</td><td>Zymo</td><td>D4014</td><td>Gebazig voor opruiming van DNA producten vóór T7 transcriptie.</td></tr><tr><td>DNA Gel Extraction Kit</td><td>NEB</td><td>T1020L</td><td>Gebazig voor gel extractie.</td></tr><tr><td>Dry bath</td><td>Benchmark Scientific</td><td>BSH1001</td><td>Gebazig voor het verwarmen van RNA monsters in microcentrifugebuisjes.&nbsp;</td></tr><tr><td>FIJI/ImageJ</td><td>NIH (National Institutes of Health)</td><td>N/A</td><td>Open-source beeldanalyse software; gebruikt voor kwantificering van fluorescentie intensiteit en ROI analyse.</td></tr><tr><td>Gel electrophoresis system&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>B2-BP</td><td>Gebazig voor het uitvoeren van DNA gel elektroforese.</td></tr><tr><td>Gel loading dye, purple (6×)</td><td>NEB</td><td>B7024S</td><td>Gebazig als een laaddye voor DNA gel elektroforese.</td></tr><tr><td>Instant structured illumination microscope</td><td>VisiTech international</td><td>VT-iSIM</td><td>Een confocale microscoop die in staat is om GFP en Cy5 fluorescentie te beeldvormen.&nbsp;</td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>327272500</td><td>Gebazig voor RNA zuivering.</td></tr><tr><td>MEGAscript T7 Transcription Kit</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM1334</td><td>Gebazig voor in vitro T7 transcriptie. De kit bevat nucleotide oplossingen (ATP, CTP, GTP, UTP) en DNase.</td></tr><tr><td>Microcentrifuge tubes</td><td>Genesee Scientific</td><td>22-284</td><td>1.5mL buisje; gebruikt voor het opslaan van DNA templates voor in vitro transcriptie, RNA producten, en aliquoten van spermine en DFHBI-1T.&nbsp;&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>Mini centrifuge</td><td>Benchmark Scientific</td><td>Z763845</td><td>Gebazig voor korte centrifugatie.</td></tr><tr><td>Nanodrop One Spectrophotometer</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>13-400-518</td><td>Microvolume spectrofotometer voor het meten van DNA en RNA concentratie en kwaliteit.</td></tr><tr><td>Nuclease-free water&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9937</td><td>Gebazig voor resuspendering van RNA pellets, bereiding van RNA was en hervouwings buffers, en verdunning van spermine en DFHBI-1T.</td></tr><tr><td>Online molar mass calculator</td><td>New England Biolabs (NEB)</td><td>N/A</td><td>Online tool gebruikt om RNA massa te berekenen uit molaire hoeveelheid (bijv. pmol).</td></tr><tr><td>Polypropylene PCR tubes</td><td>Corning</td><td>3745</td><td>200 &mu;L PCR buisjes gebruikt voor PCR, in vitro transcriptie, en RNA clustering reacties</td></tr><tr><td>PowerPac Basic Power Supply</td><td>Bio-rad</td><td>1645050</td><td>Gebazig voor het uitvoeren van DNA gel elektroforese.</td></tr><tr><td>Proflex PCR thermal cycler</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>44-840-73</td><td>Gebazig voor PCR, in vitro transcriptie en het verwarmen van RNA monsters in PCR buisjes.</td></tr><tr><td>Q5 High-Fidelity 2× Master Mix</td><td>NEB</td><td>M0492S</td><td>Gebazig als 2× hoog-fidelity master mix.</td></tr><tr><td>Refrigerated centrifuge&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>5424R</td><td>Gebazig voor RNA zuivering en pelleting.&nbsp;</td></tr><tr><td>RNase Decontamination Solution</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9782</td><td>Gebazig voor het schoonmaken van laboratoriumbanken en oppervlakken om RNase contaminatie te minimaliseren.</td></tr><tr><td>Spermine&nbsp;tetrahydrochloride</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S1141-1G</td><td>Gebazig voor het induceren van RNA clustering.</td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Millipore Sigma</td><td>T1503-1KG</td><td>Gebazig voor de bereiding van Tris buffer (pH 7.0).</td></tr><tr><td>Ultrapure agarose</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>16500500</td><td>Gebazig voor DNA gel elektroforese.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

visualisatie en kwantificering van intermoleculaire rna-basenparing in in vitro rna-clusters met behulp van gesplitste broccoli rna-reporters

Visualization and Quantification of Intermolecular RNA Base Pairing in in vitro RNA Clusters Using Split Broccoli RNA Reporters

Visualisatie en kwantificering van intermoleculaire RNA-basenparing in in vitro RNA-clusters met behulp van gesplitste broccoli RNA-reporters

RNA clustering, driven by multivalent intermolecular RNA&#8211;RNA interactions, can occur in vitro in the absence of proteins. While chemical probing and ...

visualization-quantification-intermolecular-rna-base-pairing-in-vitro

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Vanwege het tijdelijke karakter van de pre-mRNA, kan het moeilijk zijn te isoleren en te...

Een snelle High-throughput Methode voor Mapping Ribonucleoproteins (RNP&#39;s) op de menselijke pre-mRNA

Hier presenteren we een protocol om RNA / eiwit interacties te analyseren. De elektroforetische mobiliteit shift assay (EMSA) is gebaseerd op de differentiële migratie van RNA / eiwit-complexen en vrij RNA in natieve gelelektroforese. Door een radioactief gemerkte RNA-probe, kan RNA / eiwit-complexen worden gevisualiseerd door autoradiografie.

Elektroforetische mobiliteit Shift Assay (EMSA) voor de studie van RNA-eiwit interacties: Het IRE / IRP Voorbeeld

Hier worden we gedetailleerd beschreven over de methode van S- vergelijking van P- soralen verknoopt, L igated en S gekozen H ybrids (SPLASH), die genoom-wide mapping van intramoleculaire en intermoleculaire RNA-RNA interacties in vivo mogelijk maakt . SPLASH kan toegepast worden om RNA-interacties van organismen te bestuderen, waaronder gist, bacteriën en mensen.

Mapping RNA-RNA Interactions Globally Using Biotinylated Psoralen

We beschrijven een protocol te identificeren van RNA-bindende proteÃ¯nen en kaart van de regio's hun RNA-bindende in levende cellen met behulp van UV-gemedieerde photocrosslinking en massaspectrometrie.

Bereiding van de monsters voor de massa spectrometrie gebaseerde identificatie van RNA-bindende regio 's

Plaats-geleide mutagenese is een techniek die wordt gebruikt om specifieke mutaties in deoxyribonucleic acid (DNA). Dit protocol beschrijft hoe het te doen plaats-geleide mutagenese met een 2-step en 3-staps polymerase-kettingreactie (PCR) gebaseerde benadering, die is van toepassing op elk fragment van DNA van belang.

Plaats-geleide mutagenese voor In Vitro en In Vivo experimenten wordt geïllustreerd met RNA interacties in Escherichia Coli

Bij deze methode kwantificeren we de bindende affiniteit van RNA-bindende eiwitten (rbp's) naar verwant en niet-verwant binding sites met behulp van een eenvoudige, Live, reporter assay in bacteriële cellen. De test is gebaseerd op onderdrukking van een reporter-gen.

Een test voor het kwantificeren van eiwit-RNA-binding bij bacteriën

Het protocol presenteert twee methoden om de kinetiek van de fluorogene RNA-aptameren Spinazie2 en Broccoli te bepalen. De eerste methode beschrijft hoe fluorogene aptamerkinetiek in vitro kan worden gemeten met een platenlezer, terwijl de tweede methode de meting van fluorogene aptamerkinetiek in cellen door flowcytometrie beschrijft.

Bepaling van in vitro en cellulaire inschakelkinetiek voor fluorogene RNA-aptameren

Het protocol geeft instructies voor het modificeren van RNA met dimethylsulfaat voor mutatieprofileringsexperimenten. Het omvat in vitro en in vivo tasten met twee alternatieve bibliotheekvoorbereidingsmethoden.

Onderzoekende RNA-structuur met dimethylsulfaatmutatieprofilering met sequencing in vitro en in cellen

We hebben een Duplex in situ hybridisatietest opgezet om insulinereceptorisovormen IR-A en IR-B in de plexus choroid muizen in kaart te brengen, waardoor de beperkingen van traditionele methoden worden overwonnen. Deze benadering met hoge resolutie onthult isovormspecifieke expressie en biedt nieuwe inzichten in insulinesignalering in de hersenen en mogelijke isovormgerichte therapieën voor neurologische aandoeningen.

Nauwkeurige visualisatie van insulinereceptoren A en B in de hersenen van muizen met een RNA in situ hybridisatietest

Hier presenteren we een protocol om RNA-geassocieerde chromatine DNA-DNA interacties vast te leggen voor het in kaart brengen van RNA-gerelateerde driedimensionale genoomorganisatie.

RNA-geassocieerde chromatine DNA-DNA interactie methode

Ontdek de split Broccoli RNA-reporterassay voor directe detectie en kwantificering van intermoleculaire basenparing in RNA-clusters in vitro. Deze methode biedt een kwantitatief alternatief voor chemische probing.

Visualisatie en kwantificering van intermoleculaire RNA-basenparing in in vitro RNA-clusters met behulp van gesplitste broccoli RNA-reporters (Video) | JoVE Journal

Visualisatie en kwantificering van intermoleculaire RNA-basenparing in in vitro RNA-clusters met behulp van gesplitste broccoli RNA-reporters

Meer video's verkennen