Name: Synteza i charakterystyka trzeciorzędowej biblioteki amidów peptydów (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: Poznaj metodę syntezy biblioteki trzeciorzędowych amidów peptydów przy użyciu strategii split-and-pool. Ta technika umożliwia tworzenie związków peptidomimetycznych dla odkrywania leków.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Autorzy chcieliby podziękować dr Jumpei Morimoto i dr Toddowi Doranowi za cenną pomoc. Prace te były wspierane przez umowę z NHLBI (NO1-HV-00242).

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

Autorzy oświadczają, że nie mają konkurencyjnych interesów finansowych.

Peptydowe trzeciorzędowe amidy (PTA) to nadrodzina oligomerów peptydomimetycznych. Oprócz dobrze przebadanych peptydów, peptydów i peptydów N-metylowanych, duża część związków z tej rodziny pozostaje niedostatecznie zbadana, głównie z powodu braku syntetycznej metody dostępu do ogólnych peptydów N-alkilowanych. Tutaj opisujemy skuteczną metodę syntezy PTA z chiralnymi blokami budulcowymi pochodzącymi z aminokwasów. Wcześniej informowaliśmy o użyciu nowej trasy submonomerów do syntezy bibliotek cząsteczek PTA23...

Peptydomimetyki to związki, które naśladują strukturę naturalnych peptydów. Zostały zaprojektowane tak, aby zachować bioaktywność przy jednoczesnym przezwyciężeniu niektórych problemów związanych z naturalnymi peptydami, w tym przepuszczalności komórek i stabilności przed proteolizą1-3. Ze względu na oligomeryczny charakter tych związków, duże biblioteki syntetyczne mogą być łatwo dostępne za pośrednictwem monomerycznych lub submonomerycznych ścieżek syntezy4-7. Jedną z najczęściej badanych klas peptydomimetyki są peptoidy. Peptoidy są oligomerami N-alkilowanych glicyn, które można łatwo syntetyzować przy użyciu strategii sub-monomerów 8,9. Wiele użytecznych ligandów białkowych udało się zidentyfikować na podstawie badań przesiewowych dużych bibliotek syntetycznych peptoidów pod kątem docelowych białek 1,10-14. Niemniej jednak "trafienia" zidentyfikowane w bibliotekach peptydów rzadko wykazują bardzo wysokie powinowactwo do celów białkowych1,10-14,22. Jedną z głównych różnic między peptydami a naturalnymi peptydami jest to, że większość peptydów na ogół nie ma zdolności do tworzenia struktury drugorzędowej z powodu braku centrów chiralnych i ograniczeń konformacyjnych. Aby rozwiązać ten problem, w ciągu ostatniej dekady opracowano wiele strategii, w dużej mierze koncentrujących się na modyfikacji łańcuchów bocznych zawartych na atomach azotu w łańcuchu głównym15-22. Niedawno opracowaliśmy nową drogę syntezy w celu wprowadzenia naturalnych łańcuchów bocznych aminokwasów do szkieletu peptydu w celu wytworzenia peptydowych trzeciorzędowych amidów23.
Peptydowe trzeciorzędowe amidy (PTA) to super rodzina peptydomimetyków, która obejmuje, ale nie ogranicza się do peptydów (R2 = H), peptydów (R1 = H) i N-metylowanych peptydów (R1 ≠ H, R2 = Me). (Patrz rysunek 1) Nasza droga syntezy wykorzystuje naturalnie występujące aminokwasy jako źródło chiralności i łańcuchów bocznych na α-węglu oraz dostępne na rynku aminy pierwszorzędowe, aby zapewnić N-podstawienia. W związku z tym można badać większą przestrzeń chemiczną niż w przypadku prostych peptydów, peptoidów lub peptydów N-metylowanych. Widma dichroizmu kołowego wykazały, że cząsteczki PTA są wysoce ustrukturyzowane w roztworze. Charakterystyka jednego z kompleksów PTA-białko wyraźnie pokazuje, że do wiązania wymagane są ograniczenia konformacyjne PTA. Niedawno odkryliśmy również, że niektóre cząsteczki PTA mają lepszą przepuszczalność komórek niż ich peptoidalne i peptydowe odpowiedniki. Uważamy, że te biblioteki PTA mogą być dobrym źródłem ligandów o wysokim powinowactwie do celów białkowych. W tym artykule szczegółowo omówimy syntezę próbki jednoskładnikowej biblioteki PTA z jedną kulką (OBOC) wraz z niektórymi ulepszonymi warunkami sprzężenia i rozszczepienia tych związków.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimetylopirydyna</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS:108-75-8</td></tr><tr><td>2-morfolinoetanamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS:2038-03-1&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>48% roztwór wodny HBr</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS:10035-10-6</td></tr><tr><td>Aldehyd octowy</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>402788</td><td>CAS:75-07-0&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Acetonitryl</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS: 75-05-8</td></tr><tr><td>Bezwodny tetrahydrofuran (THF)</td> <td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS: 109-99-9</td></tr><tr><td>Benzyloamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS: 100-46-9</td></tr><tr><td>Węglan bis(trichlorometylu) (BTC)</td> <td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS: 32315-10-9</td></tr><tr><td>Kwas bromooctowy</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>Chloranil</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS:118-75-2</td></tr><tr><td>Cykloheksanometylamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS:3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>Izotop Cambridge</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS:7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanina</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS:338-69-2</td></tr><tr><td>Dichlorometan (DCM)</td><td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS: 75-09-2</td></tr><tr><td>Dimetyloformamid (DMF)</td> <td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS: 68-12-2</td></tr><tr><td>Glikol etylenowy</td><td>Dąb</td><td>44710</td><td>CAS: 107-21-1</td></tr><tr><td>Izopentyloamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS: 107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS: 7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanina</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-metoksypropyloamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS:5332-73-0</td></tr><tr><td>2-metoksyetyloamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS:109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-aminopropylo)-2-pirolidynon</td><td>136565 Sigma-Aldrich</td><td></td><td>CAS:7663-77-6&nbsp;</td></tr><tr><td>N,N'-diizopropylokarbodimid (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS:693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-diizopropyloetyloamina (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS:7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO2</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS:7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD 40% roztwór w wodzie</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS:7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperydyna</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS: 110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonyloamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS: 2620-50-0</td></tr><tr><td>Propylamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS: 107-10-8</td></tr><tr><td>Kwas trifluorooctowy</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>299537</td><td>CAS: 76-05-1</td></tr><tr><td>&alfa;-Kwas cyjano-4-hydroksycynamonowy</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS: 28166-41-8&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>&alfa;-ketoglutaran</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS: 328-50-7</td></tr><tr><td>Żywica tentagel z łącznikiem</td><td>RINK Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Transaminaza alaninowa</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: Inkubator transaminotransferazy glutaminiano-pirogronianowej (GPT)</td></tr> <tr><td></td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>Spektrometr masowy MALDI</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Liofilizator</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis stacjonarny</td> Reaktor strzykawkowy K <td></td></tr><tr><td></td><td>INTAVIS Kolumna</td><td>reakcyjna</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Kolektor próżniowy</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

synteza i charakterystyka trzeciorzędowej biblioteki amidów peptydów

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptydomimetyki są doskonałym źródłem ligandów białkowych. Oligomeryczny charakter tych związków umożliwia nam dostęp do dużych bibliotek syntetycznych w fazie stałej przy użyciu chemii kombinatorycznej. Jedną z najlepiej przebadanych klas peptydomimetyki są peptoidy. Peptoidy są łatwe do syntezy i wykazano, że są odporne na proteolizę i przepuszczalne dla komórek. W ciągu ostatniej dekady zidentyfikowano wiele użytecznych ligandów białkowych poprzez badania przesiewowe bibliotek peptoidów. Jednak większość ligandów zidentyfikowanych na podstawie bibliotek peptydów nie wykazuje wysokiego powinowactwa, z rzadkimi wyjątkami. Może to być częściowo spowodowane brakiem centrów chiralnych i ograniczeń konformacyjnych w cząsteczkach peptoidów. Niedawno opisaliśmy nową syntetyczną drogę dostępu do peptydowych trzeciorzędowych amidów (PTA). PTA to nadrodzina peptydomimetyków, która obejmuje między innymi peptydy, peptoidy i peptydy N-metylowane. W przypadku łańcuchów bocznych zarówno na atomach azotu α-węglowych, jak i w łańcuchu głównym, konformacja tych cząsteczek jest znacznie ograniczona przez przeszkodę steryczną i szczep allilowy 1,3. (Rysunek 1) Nasze badanie sugeruje, że te cząsteczki PTA są wysoce ustrukturyzowane w roztworze i mogą być używane do identyfikacji ligandów białkowych. Wierzymy, że cząsteczki te mogą być w przyszłości źródłem ligandów białkowych o wysokim powinowactwie. W tym miejscu opisujemy metodę syntezy łączącą moc strategii podziału i puli oraz submonomerów w celu syntezy biblioteki jednoskładnikowych (OBOC) próbki PTA.

Przedstawiamy tutaj trzy reprezentatywne widma MALDI dla trimeru PTA z łącznikiem. Jak pokazano na Ryc. 6A, podczas odszczepiania w temperaturze pokojowej z użyciem 50% roztworu TFA/DCM obserwuje się znaczną degradację. Na Ryc. 6A piki 593 i 484 odpowiadają odpowiednio łącznikowi i trimerowi PTA, co wskazuje, że cała cząsteczka została pomyślnie zsyntetyzowana na ziarnie, lecz uległa degradacji podczas odszczepiania. Przy odszczepianiu w warunkach niskiej temperatury, opisanych powyżej, ...

Peptydowe trzeciorzędowe amidy (PTA) to nadrodzina peptydomimetyków, która zawiera, ale nie ogranicza się do peptydów, peptoidów i peptydów N-metylowanych. W tym miejscu opisujemy metodę syntezy, która łączy w sobie zarówno strategie podziału i puli, jak i submonomerów w celu syntezy jednocząsteczkowej biblioteki PTA z jednym kulką.

Synteza i charakterystyka trzeciorzędowej biblioteki amidów peptydów

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

Ogólnym celem niniejszej procedury jest zademonstrowanie sposobu syntezy bibliotek kombinatorycznych zawierających peptydowe jednostki trzeciorzędowych amidów lub PTA. Cel ten osiąga się poprzez wstępne przygotowanie submonomeru PTA z naturalnych aminokwasów. Drugim krokiem jest synteza regionu łącznika peptydowego na nośniku stałym.Następnie syntetyzowana jest biblioteka kombinatoryczna zawierająca podjednostki PTA i peptydowe. Ostatnim krokiem jest charakterystyka zsyntetyzowanej biblioteki w celu zapewnienia jakości syntezy. W rezultacie otrzymywana jest biblioteka kombinatoryczna zawierająca podjednostki PTA o ograniczonej konformacji, która może być wykorzystana do wysokoprzepustowego screeningu w celu uzyskania ligandów białkowych i opracowania nowych leków.Chemia będąca przedmiotem tego artykułu została opracowana w próbie znalezienia cząsteczek znacznie sztywniejszych niż peptydy i inne związki, z którymi pracowaliśmy wcześniej. Koncepcja polega na tym, że zidentyfikowanie bibliotek sztywniejszych cząsteczek pozwoli na ich wiązanie z białkowymi celami z znacznie wyższym powinowactwem, co uznaliśmy za niezwykle istotne w kontekście dalszego opracowywania leków lub interesują

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Research

JoVE Journal

Chemistry

Chemia

Synteza i charakterystyka biblioteki amidów trzeciorzędowych peptydów metodą split-and-pool

Opisano prostą i ogólną metodę manualnej syntezy peptoidów z wykorzystaniem podstawowego sprzętu i dostępnych komercyjnie odczynników, co umożliwia łatwą syntezę peptoidów w większości laboratoriów. Opisano syntezę, oczyszczanie i charakterystykę amfifilowego peptoidu 36-meru, a także jego samoorganizację w wysoko uporządkowane nanoarkusze.

Synteza peptoidów metodą submonomerową w fazie stałej oraz ich samoorganizacja w wysoko uporządkowane nanoarkusze

Opisano wydajną syntezę na fazie stałej funkcjonalizowanego trimeru bis-peptydowego z wykorzystaniem procedury odszczepiania typu „safety catch” z żywicy HMBA.

Synteza na fazie stałej funkcjonalizowanego bis-peptydu z wykorzystaniem metodologii „safety catch”

Przedstawiono protokół syntezy peptoidów o mieszanej funkcjonalności kationowej w tej samej sekwencji (monomery typu lizyny i argininy). Opisano również późniejsze testy tych związków przeciwko Leishmania mexicana, pasożytniczym pierwotniakom wywołującym leiszmaniozę skórną.

Skuteczna metoda syntezy peptoidów z monomerami typu mieszanego lizyny/argininy i oceny ich aktywności przeciwleiszmanicznej

Ten artykuł przedstawia metodę obejmującą syntezę i charakterystykę miceli amfifilowych peptydów ukierunkowanych na monocyty oraz odpowiednie testy do testowania biokompatybilności i zdolności miceli do wiązania się z monocytami.

Synteza miceli amfifilowych peptydów ukierunkowanych na monocyty do obrazowania miażdżycy

Opisany jest protokół ręcznej syntezy oligo-peptoidów, po którym następuje analiza sekwencji za pomocą spektrometrii mas.

Synteza i analiza oligo-peptoidów za pomocą spektrometrii mas

Przedstawiamy protokół budowy spiralnych peptydów tioeterowych/siarczków winylu za pomocą fotoindukowanej hydrotiolacji tiol-en/tiol-yne.

Konstruowanie peptydów helisowych na uwięzi tioeteru/siarczku winylu za pomocą fotoindukowanej hydrotiolacji tiolu-enu / yny

Synteza amfifilów peptydowych na bazie poliaminy (PPA) jest znaczącym wyzwaniem ze względu na obecność wielu azotów aminowych, co wymaga rozsądnego użycia grup ochronnych w celu zamaskowania tych reaktywnych funkcji. W tym artykule opisujemy łatwą metodę otrzymywania tych nowych klas cząsteczek samoorganizujących się.

Łatwy protokół syntezy samoorganizujących się amfifilów peptydowych na bazie poliaminy (PPA) i pokrewnych biomateriałów

Protokół syntezy peptydu modyfikowanego 1,2-ditiolanem i charakterystyka struktur supramolekularnych wynikających z samoorganizacji peptydu.

Synteza i charakterystyka samoorganizujących się peptydów modyfikowanych 1,2-ditiolanem

Peptydy bogate w cysteinę składają się w odrębne trójwymiarowe struktury w zależności od ich połączeń dwusiarczkowych. Ukierunkowana synteza pojedynczych izomerów dwusiarczkowych jest wymagana, gdy utlenianie buforu nie prowadzi do pożądanego połączenia dwusiarczkowego. Protokół dotyczy selektywnej syntezy peptydów z wiązaniami 3-dwusiarczkowymi oraz ich analizy strukturalnej z wykorzystaniem badań NMR i MS/MS.

Synteza i oznaczanie struktury izomerów PIIIA μ-konotoksyny o różnych połączeniach dwusiarczkowych

Przedstawiono protokół do syntezy kodowanych informacyjnie oligomerów peptoidowych oraz do sekwencyjnego samoorganizowania tych peptoidów w drabinki molekularne przy użyciu amin i aldehydów jako dynamicznych par kowalencyjnych reagentów oraz kwaśnych triflatów metali ziem rzadkich Lewisa jako odczynników wielozadaniowych.

Synteza peptydów niosących informacje i ich sekwencyjna dynamiczna samoorganizacja kowalencyjna

Ten protokół przedstawia syntezę cyklicznych peptydów poprzez bissalkilację między cysteiną a metioniną oraz łatwą reakcję tiol-yne wywołaną przez centrum propargylu sulfonium.

Konstruowanie cyklicznych peptydów przy użyciu centrum sulfonowego na uwięzi

Poznaj metodę syntezy biblioteki trzeciorzędowych amidów peptydów przy użyciu strategii split-and-pool. Ta technika umożliwia tworzenie związków peptidomimetycznych dla odkrywania leków.

Synteza i charakterystyka trzeciorzędowej biblioteki amidów peptydów

Przeglądaj więcej filmów