Name: Wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów drobnoustrojów mające wpływ na zdrowie Caenorhabditis elegans (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-04-28T14:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 40 s
Description: Poznaj wysokoprzepustowe badanie przesiewowe izolatów bakteryjnych wpływających na odporność na stres oksydacyjny i termiczny u Caenorhabditis elegans. Ta metoda umożliwia szybką ocenę zdrowia nicieni.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dziękujemy CGC Minnesota (Madison, USA, NIH - P40 OD010440) za dostarczenie szczepów robaków oraz OP50 i Pr. Hinrichowi Schulenburgowi (CAU, Kilonia, Niemcy) za dostarczenie wszystkich przedstawionych tutaj izolatów mikrobiologicznych środowiska. Prace te zostały sfinansowane z grantu UKRI-BBSRC dla AB (BB/S017127/1). JM jest finansowany ze stypendium doktoranckiego FHM Uniwersytetu Lancaster.

<ol><li>Krishna, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+microbiome+network%3A+establishing+linkages+between+plants%2C+microbes+and+human+health%5BTitle%5D)+AND+%22The+Open+Microbiology+Journal%22%5BJournal%5D)">Integrating microbiome network: establishing linkages between plants, microbes and human health.</a> The Open Microbiology Journal. 13, 330-342 (2019).</li>
<li>Amon, P., Sanderson, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((What+is+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Disease+in+Childhood+-+Education+%26+Practice+Edition%22%5BJournal%5D)">What is the microbiome.</a> Archives of Disease in Childhood - Education & Practice Edition. 102 (5), 257-260 (2017).</li>
<li>Belkaid, Y., Harrison, O. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homeostatic+immunity+and+the+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Homeostatic immunity and the microbiota.</a> Immunity. 46 (4), 562-576 (2017).</li>
<li>Cabreiro, F., Gems, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Worms+need+microbes+too%3A+microbiota%2C+health+and+aging+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Molecular+Medicine%22%5BJournal%5D)">Worms need microbes too: microbiota, health and aging in Caenorhabditis elegans.</a> EMBO Molecular Medicine. 5 (9), 1300-1310 (2013).</li>
<li>Vaga, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Compositional+and+functional+differences+of+the+mucosal+microbiota+along+the+intestine+of+healthy+individuals%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Compositional and functional differences of the mucosal microbiota along the intestine of healthy individuals.</a> Scientific Reports. 10 (1), 14977(2020).</li>
<li>Nagpal, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiome+and+aging%3A+Physiological+and+mechanistic+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nutrition+and+Healthy+Aging%22%5BJournal%5D)">Gut microbiome and aging: Physiological and mechanistic insights.</a> Nutrition and Healthy Aging. 4 (4), 267-285 (2018).</li>
<li>Mitsuoka, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+intestinal+bacteriology%5BTitle%5D)+AND+%22Biosci+Microbiota+Food+Health%22%5BJournal%5D)">Establishment of intestinal bacteriology.</a> Biosci Microbiota Food Health. 33 (3), 99-116 (2014).</li>
<li>Bonfili, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbiota+modulation+as+preventative+and+therapeutic+approach+in+Alzheimer%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22The+FEBS+Journal%22%5BJournal%5D)">Microbiota modulation as preventative and therapeutic approach in Alzheimer's disease.</a> The FEBS Journal. 288 (9), 2836-2855 (2021).</li>
<li>Vendrik, K. E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fecal+microbiota+transplantation+in+neurological+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Cellular+and+Infection+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Fecal microbiota transplantation in neurological disorders.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 10, 98(2020).</li>
<li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+gut+dysbiosis+in+Parkinson%27s+disease%3A+mechanistic+insights+and+therapeutic+options%5BTitle%5D)+AND+%22Brain%22%5BJournal%5D)">The role of gut dysbiosis in Parkinson's disease: mechanistic insights and therapeutic options.</a> Brain. 144 (9), 2571-2593 (2021).</li>
<li>Zhu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+relationship+between+the+gut+microbiome+and+neurodegenerative+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience+Bulletin%22%5BJournal%5D)">The relationship between the gut microbiome and neurodegenerative diseases.</a> Neuroscience Bulletin. 37 (10), 1510-1522 (2021).</li>
<li>Miller, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut-brain+axis%3A+historical+reflections%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Ecology+in+Health+and+Disease%22%5BJournal%5D)">The gut-brain axis: historical reflections.</a> Microbial Ecology in Health and Disease. 29 (1), 1542921(2018).</li>
<li>Foster, J. A., Rinaman, L., Cryan, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stress+%26+the+gut-brain+axis%3A+Regulation+by+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Neurobiology+of+Stress%22%5BJournal%5D)">Stress & the gut-brain axis: Regulation by the microbiome.</a> Neurobiology of Stress. 7, 124-136 (2017).</li>
<li>Coman, V., Vodnar, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota+and+old+age%3A+Modulating+factors+and+interventions+for+healthy+longevity%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Gerontology%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota and old age: Modulating factors and interventions for healthy longevity.</a> Experimental Gerontology. 141, 111095(2020).</li>
<li>Conway, J., Duggal, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ageing+of+the+gut+microbiome%3A+Potential+influences+on+immune+senescence+and+inflammageing%5BTitle%5D)+AND+%22Ageing+Research+Reviews%22%5BJournal%5D)">Ageing of the gut microbiome: Potential influences on immune senescence and inflammageing.</a> Ageing Research Reviews. 68, 101323(2021).</li>
<li>Berg, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assembly+of+the+Caenorhabditis+elegans+gut+microbiota+from+diverse+soil+microbial+environments%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Assembly of the Caenorhabditis elegans gut microbiota from diverse soil microbial environments.</a> The ISME Journal. 10 (8), 1998-2009 (2016).</li>
<li>Dirksen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CeMbio+-+The+Caenorhabditis+elegans+Microbiome+Resource%5BTitle%5D)+AND+%22G3%3A+Genes%2C+Genomes%2C+Genetics%22%5BJournal%5D)">CeMbio - The Caenorhabditis elegans Microbiome Resource.</a> G3: Genes, Genomes, Genetics. 10 (9), 3025-3039 (2020).</li>
<li>Dirksen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+native+microbiome+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+gateway+to+a+new+host-microbiome+model%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biology%22%5BJournal%5D)">The native microbiome of the nematode Caenorhabditis elegans: gateway to a new host-microbiome model.</a> BMC Biology. 14, 38(2016).</li>
<li>Samuel, B. S., Rowedder, H., Braendle, C., Felix, M. A., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+responses+to+bacteria+from+its+natural+habitats%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans responses to bacteria from its natural habitats.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (27), 3941-3949 (2016).</li>
<li>Zimmermann, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+functional+repertoire+contained+within+the+native+microbiota+of+the+model+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">The functional repertoire contained within the native microbiota of the model nematode Caenorhabditis elegans.</a> The ISME Journal. 14 (1), 26-38 (2020).</li>
<li>Dinic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-commensal+interaction+promotes+health+and+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans+through+the+activation+of+HLH-30%2FTFEB-mediated+autophagy%5BTitle%5D)+AND+%22Aging%22%5BJournal%5D)">Host-commensal interaction promotes health and lifespan in Caenorhabditis elegans through the activation of HLH-30/TFEB-mediated autophagy.</a> Aging. 13 (6), 8040-8054 (2021).</li>
<li>Goya, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probiotic+Bacillus+subtilis+protects+against+alpha-Synuclein+aggregation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Probiotic Bacillus subtilis protects against alpha-Synuclein aggregation in C. elegans.</a> Cell Reports. 30 (2), 367-380 (2020).</li>
<li>Hacariz, O., Viau, C., Karimian, F., Xia, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+symbiotic+relationship+between+Caenorhabditis+elegans+and+members+of+its+microbiome+contributes+to+worm+fitness+and+lifespan+extension%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">The symbiotic relationship between Caenorhabditis elegans and members of its microbiome contributes to worm fitness and lifespan extension.</a> BMC Genomics. 22 (1), 364(2021).</li>
<li>Shin, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteria-derived+metabolite%2C+methylglyoxal%2C+modulates+the+longevity+of+C.+elegans+through+TORC2%2FSGK-1%2FDAF-16+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Bacteria-derived metabolite, methylglyoxal, modulates the longevity of C. elegans through TORC2/SGK-1/DAF-16 signaling.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117 (29), 17142-17150 (2020).</li>
<li>Zhang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+genetic+variation+drives+microbiome+selection+in+the+Caenorhabditis+elegans+gut%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Natural genetic variation drives microbiome selection in the Caenorhabditis elegans gut.</a> Current Biology. 31 (12), 2603-2618 (2021).</li>
<li>Zhang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+assessment+of+changes+in+the+Caenorhabditis+elegans+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">High-throughput assessment of changes in the Caenorhabditis elegans gut microbiome.</a> Methods in Molecular Biology. 2144, 131-144 (2020).</li>
<li>Chan, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+bacterial+transcriptomics+to+investigate+targets+of+host-bacterial+interactions+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Using bacterial transcriptomics to investigate targets of host-bacterial interactions in Caenorhabditis elegans.</a> Scientific Reports. 9 (1), 5545(2019).</li>
<li>Hartsough, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optogenetic+control+of+gut+bacterial+metabolism+to+promote+longevity%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Optogenetic control of gut bacterial metabolism to promote longevity.</a> Elife. 9, 56849(2020).</li>
<li>Pryor, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-microbe-drug-nutrient+screen+identifies+bacterial+effectors+of+Metformin+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Host-microbe-drug-nutrient screen identifies bacterial effectors of Metformin therapy.</a> Cell. 178 (6), 1299-1312 (2019).</li>
<li>Benedetto, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+label-free+automated+survival+assays+reveal+unexpected+stress+resistance+patterns+during+C.+elegans+aging%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">New label-free automated survival assays reveal unexpected stress resistance patterns during C. elegans aging.</a> Aging Cell. 18 (5), 12998(2019).</li>
<li>Coburn, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anthranilate+fluorescence+marks+a+calcium-propagated+necrotic+wave+that+promotes+organismal+death+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Biology%22%5BJournal%5D)">Anthranilate fluorescence marks a calcium-propagated necrotic wave that promotes organismal death in C. elegans.</a> PLOS Biology. 11 (7), 1001613(2013).</li>
<li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Ceron, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+Caenorhabditis+elegans+methods%3A+synchronization+and+observation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> Journal of Visualized Experiments. (64), e4019(2012).</li>
<li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li>
<li>Naomi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probiotics+for+Alzheimer%27s+disease%3A+a+systematic+review%5BTitle%5D)+AND+%22Nutrients%22%5BJournal%5D)">Probiotics for Alzheimer's disease: a systematic review.</a> Nutrients. 14 (1), 20(2021).</li>
<li>Zheng, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potential+roles+of+gut+microbiota+and+microbial+metabolites+in+Parkinson%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Ageing+Research+Reviews%22%5BJournal%5D)">Potential roles of gut microbiota and microbial metabolites in Parkinson's disease.</a> Ageing Research Reviews. 69, 101347(2021).</li>
<li>Gill, M. S., Olsen, A., Sampayo, J. N., Lithgow, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+automated+high-throughput+assay+for+survival+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Free+Radical+Biology+and+Medicine%22%5BJournal%5D)">An automated high-throughput assay for survival of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Free Radical Biology and Medicine. 35 (6), 558-565 (2003).</li>
<li>Park, H. -E. H., Jung, Y., Lee, S. -J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Survival+assays+using+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules+and+Cells%22%5BJournal%5D)">Survival assays using Caenorhabditis elegans.</a> Molecules and Cells. 40 (2), 90-99 (2017).</li>
<li>Partridge, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+automated+high-throughput+system+for+phenotypic+screening+of+chemical+libraries+on+C.+elegans+and+parasitic+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+for+Parasitology%3A+Drugs+and+Drug+Resistance%22%5BJournal%5D)">An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes.</a> International Journal for Parasitology: Drugs and Drug Resistance. 8 (1), 8-21 (2018).</li>
<li>Rahman, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NemaLife+chip%3A+a+micropillar-based+microfluidic+culture+device+optimized+for+aging+studies+in+crawling+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">NemaLife chip: a micropillar-based microfluidic culture device optimized for aging studies in crawling C. elegans.</a> Scientific Reports. 10 (1), 16190(2020).</li>
<li>Stroustrup, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Caenorhabditis+elegans+lifespan+machine%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">The Caenorhabditis elegans lifespan machine.</a> Nature Methods. 10 (7), 665-670 (2013).</li>
<li>Xian, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((WormFarm%3A+a+quantitative+control+and+measurement+device+toward+automated+Caenorhabditis+elegans+aging+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">WormFarm: a quantitative control and measurement device toward automated Caenorhabditis elegans aging analysis.</a> Aging Cell. 12 (3), 398-409 (2013).</li>
<li>Brown, A. E., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unrestrained+worms+bridled+by+the+light%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Unrestrained worms bridled by the light.</a> Nature Methods. 8 (2), 129-130 (2011).</li>
<li>Churgin, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Longitudinal+imaging+of+Caenorhabditis+elegans+in+a+microfabricated+device+reveals+variation+in+behavioral+decline+during+aging%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Longitudinal imaging of Caenorhabditis elegans in a microfabricated device reveals variation in behavioral decline during aging.</a> Elife. 6, 26652(2017).</li>
<li>Jushaj, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+criteria+for+locomotion-based+healthspan+evaluation+in+C.+elegans+using+the+WorMotel+system%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Optimized criteria for locomotion-based healthspan evaluation in C. elegans using the WorMotel system.</a> PLoS One. 15 (3), 0229583(2020).</li>
<li>Nambyiah, P., Brown, A. E. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+behavioural+phenotyping+to+investigate+anaesthesia+induced+neurobehavioural+impairment%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Quantitative behavioural phenotyping to investigate anaesthesia induced neurobehavioural impairment.</a> Scientific Reports. 11 (1), 19398(2021).</li>
<li>Squiban, B., Belougne, J., Ewbank, J., Zugasti, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+and+automated+high-throughput+genome-wide+RNAi+screens+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Quantitative and automated high-throughput genome-wide RNAi screens in C. elegans.</a> Journal of Visualized Experiments. (60), e3448(2012).</li>
<li>Zugasti, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+a+G+protein-coupled+receptor+by+its+endogenous+ligand+triggers+the+innate+immune+response+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Immunology%22%5BJournal%5D)">Activation of a G protein-coupled receptor by its endogenous ligand triggers the innate immune response of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Immunology. 15 (9), 833-838 (2014).</li>
<li>Zugasti, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+quantitative+genome-wide+RNAi+screen+in+C.+elegans+for+antifungal+innate+immunity+genes%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biology%22%5BJournal%5D)">A quantitative genome-wide RNAi screen in C. elegans for antifungal innate immunity genes.</a> BMC Biology. 14, 35(2016).</li>
</ol>

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

C. elegans oferuje wiele zalet w zakresie szybkiego badania przesiewowego wielu parametrów eksperymentalnych jednocześnie, ze względu na niewielkie rozmiary, przezroczystość, szybki rozwój, krótką żywotność, nieopłacalność i łatwość obsługi. Jego znacznie prostszy genom, plan ciała, układ nerwowy, jelita i mikrobiom, a jednocześnie wystarczająco złożony i podobny do ludzkiego, sprawia, że jest to potężny model przedkliniczny, w którym można uzyskać mechanistyczny wgląd podczas testowania skuteczności bioaktywnej...

Szacuje się, że ludzkie ciało gości od 10 do 100 bilionów żywych komórek mikrobowych (bakterii, archeonów i grzybów), które występują głównie w jelitach, na skórze i w środowiskach śluzówkowych1. W stanie zdrowia przynoszą one korzyści gospodarzowi, w tym produkcję witamin, dojrzewanie układu odpornościowego, stymulację wrodzonej i nabytej odpowiedzi immunologicznej na patogeny, regulację metabolizmu tłuszczów, modulację reakcji na stres i wiele innych funkcji, wpływając na wzrost, rozwój, wystąpienie chorób oraz proces starzenia się2,3,4,5. Mikrobiota jelitowa ulega również znacznej ewolucji w ciągu życia. Najbardziej gwałtowne zmiany zachodzą w okresie niemowlęcym i wczesnym dzieciństwie6, jednak istotne modyfikacje występują także wraz z wiekiem, w tym spadek liczebności Bifidobacterium oraz wzrost liczebności gatunków z rodzajów Clostridium, Lactobacillus, Enterobacteriaceae oraz Enterococcus7. Styl życia może dodatkowo zmieniać skład mikroorganizmów jelitowych, prowadząc do dysbiozy (utraty pożytecznych bakterii, przerostu bakterii oportunistycznych), co skutkuje różnymi patologiami, takimi jak nieswoiste zapalne choroby jelit, cukrzyca i otyłość5, ale przyczynia się również do rozwoju chorób Alzheimera i Parkinsona8,9,10,11.
Uświadomienie sobie tego faktu w znacznym stopniu przyczyniło się do doprecyzowania koncepcji osi jelitowo-mózgowej (GBA), w której interakcje między fizjologią jelit (obejmującą obecnie również zawarte w nich mikroby) a układem nerwowym są uznawane za główny regulator metabolizmu i funkcji fizjologicznych zwierząt12. Jednakże precyzyjna rola mikrobioty w przesyłaniu sygnałów między jelitami a mózgiem oraz powiązane z nią mechanizmy działania nie są jeszcze w pełni zrozumiałe13. Biorąc pod uwagę, że mikrobiota jelitowa jest kluczowym czynnikiem determinującym zdrowe starzenie się, kwestia tego, w jaki sposób bakterie modulują proces starzenia, stała się przedmiotem intensywnych badań i kontrowersji6,14,15.
Wykazanie, że nicień Caenorhabditis elegans posiada rzeczywistą mikrobiotę jelitową, w której – podobnie jak u innych gatunków – dominują Bacteroidetes, Firmicutes oraz Actinobacteria16,17,18,19,20, sprawiło, że jego gwałtowny rozwój jako platformy eksperymentalnej do badania interakcji między gospodarzem a komensalami jelitowymi21,22,23,24,25,26 znacząco rozszerzył nasz arsenał badawczy26,27,28,29. W szczególności wysokoprzepustowe podejścia eksperymentalne dostępne dla C. elegans, służące do badania interakcji gen-dieta, gen-lek, gen-patogen itp., mogą zostać zaadaptowane do szybkiego badania wpływu izolatów i koktajli bakteryjnych na zdrowie i starzenie się C. elegans.
Niniejszy protokół opisuje potok eksperymentalny do jednoczesnego przesiewania macierzy izolatów bakteryjnych lub mieszanin rozmieszczonych w płytkach wielodołkowych pod kątem ich wpływu na odporność na stres C. elegans jako wskaźnika zdrowia, co może być wykorzystane do identyfikacji probiotyków. Szczegółowo opisano sposób hodowli dużych populacji nicieni oraz zarządzania macierzami bakteryjnymi w formatach płytek 96- i 384-dołkowych przed przygotowaniem nicieni do zautomatyzowanej analizy odporności na stres przy użyciu fluorescencyjnego czytnika płytek (Rycina 1). Podejście to opiera się na zautomatyzowanych testach przeżywalności bez użycia znaczników (LFASS)30, które wykorzystują zjawisko fluorescencji śmierci31, polegające na tym, że obumierające nicienie emitują gwałtowny błysk niebieskiej fluorescencji, który może służyć do precyzyjnego określenia momentu śmierci. Niebieska fluorescencja jest emitowana przez estry glukozylowe kwasu antranilowego zgromadzone w ziarnistościach jelitowych C. elegans (rodzaj organelli związanych z lizosomami), które pękają w momencie uruchomienia kaskady nekrotycznej w jelitach nicienia podczas śmierci31.
<img alt="Protokół testu stresu oksydacyjnego u C. elegans; harmonogram, przygotowanie bakterii, etapy przenoszenia larw, odczynniki." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63860/63860fig01.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rycina 1"> 
Rysunek 1Schemat eksperymentalny do wysokoprzepustowego przesiewu izolatów bakteryjnych z wpływem na C. elegans odporność na stres. (A) Harmonogram utrzymania nicieni i bakterii oraz przygotowania testu. (B) przygotowanie i obsługa tablicy bakterii na płytce 96-dołkowej. (CPrzygotowanie płytek dla nicieni z 384 dołkami. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63860/63860fig01large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.</a>

<table><tbody><tr><td>Płytki o średnicy 10 cm (bez wentylacji)</td><td>Fisher Scientific 10720052</td><td></td><td>Wentylacja nie jest konieczna w przypadku kultur bakteryjnych</td></tr><tr><td>Płytki o średnicy 15 cm (wentylowane)</td><td>Fisher Scientific</td><td>168381</td><td></td></tr><tr><td>384-dołkowe czarne, przezroczyste płytki z płaskim dnem</td><td>Corning</td><td>3712 lub 3762</td><td>Nie muszą być sterylne do szybkich testów naprężeń</td></tr><tr><td>Płytki o średnicy 6 cm (wentylowane)</td><td>Fisher Scientific</td><td>150288</td><td>W przypadku kultur robaków konieczne jest odpowietrzenie, aby uniknąć niedotlenienia</td></tr><tr><td>96-dołkowe przezroczyste płytki (Biolite)</td><td>Thermo</td><td>130188</td><td></td></tr><tr><td>Agar (< 4% popiołu)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>102218041</td><td>Dobrej jakości agar jest ważny dla integralności strukturalnej pożywki hodowlanej, aby uniknąć zakopywania się robaków</td></tr><tr><td>Agaroza</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1356</td><td></td></tr><tr><td>Avanti Wirówka J-26 XP</td><td>Redlica</td><td></td><td></td>Beckman</tr><tr><td>Wybielacz</td><td>Honeywell</td><td>425044</td><td></td></tr><tr><td>Chlorek wapnia</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C5080</td><td></td></tr><tr><td>Wirówka 5415 R</td><td>Eppendorf</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Wirówka 5810 R</td><td>Eppendorf</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cholesterol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C8667</td><td></td></tr><tr><td>LB agar</td><td>Difco</td><td>240110</td><td></td></tr><tr><td>LB bulion</td><td>Invitrogen</td><td>12795084</td><td></td></tr><tr><td>Końcówki LoBind</td><td>VWR</td><td>732-1488</td><td>Lo-bind zmniejszają straty robaków podczas przenoszenia</td></tr><tr><td>Probówki LoBind</td><td>Eppendorf</td><td>22431081</td><td></td></tr><tr><td>Siarczan magnezu</td><td>Fisher Scientific</td><td>M/1100/53</td><td></td></tr><tr><td>Czytnik płytek - nieskończony M nano +</td> <td>Tecan</td><td></td><td>Konfiguracja monochromatora umożliwia strojenie fluorescencji, ale można zastosować odpowiednie konfiguracje oparte na filtrach</td></tr><tr><td>Czytnik płytek - Spark</td><td>Tecan</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fosforan potasu jednozasadowy</td><td>Honeywell</td><td>P0662</td><td></td></tr><tr><td>Chlorek sodu</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S/3160/63</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw mikroskopu stereoskopowego z podstawą transiluminacyjną</td><td>Leica</td><td>MZ6 lub M80</td><td>Konieczne jest powiększenie od 0,6-0,8x do 40-60x, podobnie jak dobrej jakości podstawa transiluminacyjna z odkształcalnym, tytuowalnym lub przesuwanym lustrem do regulacji kontrastu</td></tr><tr><td>t-BHP (tert-nadtlenek butylu)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>458139</td><td></td></tr><tr><td>Przezroczyste uszczelki samoprzylepne Nunc</td><td>Fisher Scientific</td><td>101706871</td><td>Ważne jest, aby był przezroczysty i tolerował temperatury występujące w testach.</td></tr><tr><td>Tryptofan</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>1278-7099</td><td></td></tr><tr><td>Ekstrakt drożdżowy</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1422</td><td></td></tr></tbody></table>

wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów drobnoustrojów mające wpływ na zdrowie caenorhabditis elegans

High-Throughput Screening of Microbial Isolates with Impact on Caenorhabditis elegans Health

Dzięki swoim małym rozmiarom, krótkiej żywotności i łatwej genetyce, Caenorhabditis elegans oferuje wygodną platformę do badania wpływu izolatów mikrobiologicznych na fizjologię gospodarza. Fluoryzuje również na niebiesko podczas umierania, zapewniając wygodny sposób na określenie śmierci. Właściwość ta została wykorzystana do opracowania wysokoprzepustowych, bezznakowych testów przeżycia C. elegans (LFASS). Polegają one na poklatkowym zapisie fluorescencyjnym populacji robaków umieszczonych na płytkach wielodołkowych, na podstawie których można wyznaczyć medianę czasu zgonu populacji. W niniejszym badaniu przyjęto podejście LFASS do badania przesiewowego wielu izolatów drobnoustrojów jednocześnie pod kątem wpływu na podatność C. elegans na silne ciepło i stresy oksydacyjne. Przedstawiono tutaj takie badania przesiewowe mikrobiologiczne, które można w szczególności wykorzystać do wstępnego badania przesiewowego probiotyków, wykorzystując silną odporność na stres jako wskaźnik zastępczy dla zdrowia gospodarza. W protokole opisano, w jaki sposób hodować zarówno kolekcje izolatów mikrobioty jelitowej C. elegans, jak i synchroniczne populacje robaków w układach wielodołkowych przed połączeniem ich do testów. Podany przykład obejmuje testowanie 47 izolatów bakteryjnych i jednego szczepu kontrolnego na dwóch szczepach robaków, w dwóch równoległych testach stresu. Linia podejścia jest jednak łatwo skalowalna i ma zastosowanie do monitorowania wielu innych modalności. W ten sposób zapewnia wszechstronną konfigurację do szybkiego badania wieloparametrycznego krajobrazu warunków biologicznych i biochemicznych, które wpływają na zdrowie C. elegans.

Testy LFASS zapewniają niezawodny, wysokoprzepustowy i szybki screening wielu warunków testowych jednocześnie, takich jak analiza licznych parametrów genetycznych i mikrobiotycznych przyczyniających się do odporności na stres i starzenia. Zebranie obszernego zbioru danych dla wielu warunków testowych w ramach eksperymentu zajmuje zaledwie 2-3 tygodnie. Populacje dorosłych nicieni typu dzikiego w stadium L4 + 36 h poddano stresowi termicznemu w temperaturze 42 °C oraz stresowi oksydacyjnemu indukowanemu 7% t-BHP ...

Mikroby jelitowe mogą pozytywnie lub negatywnie wpływać na zdrowie swojego gospodarza poprzez specyficzne lub konserwatywne mechanizmy. Caenorhabditis elegans to wygodna platforma do badań przesiewowych pod kątem takich drobnoustrojów. Niniejszy protokół opisuje wysokoprzepustowe badania przesiewowe 48 izolatów bakteryjnych pod kątem wpływu na odporność nicieni na stres, wykorzystywane jako wskaźnik zdrowia robaków.

Wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów drobnoustrojów mające wpływ na zdrowie Caenorhabditis elegans

With its small size, short lifespan, and easy genetics, Caenorhabditis elegans offers a convenient platform to study the impact of microbial isolates on ...

Protokół ten opisuje, w jaki sposób przeprowadzać badania przesiewowe pod kątem bakterii mających wpływ na odporność na oksydacyjny stres termiczny C.elegans w dwóch szczepach C.elegans na 48 izolatach bakteryjnych równolegle. Takie podejście jest wszechstronne i skalowalne. Umożliwia szybkie badania przesiewowe wielu schorzeń mających wpływ na C. elegans w stosunku do zdrowia, co ma zastosowanie w badaniu mechanizmów zdrowia i chorób.Wykorzystując odporność na stres jako wskaźnik zastępczy dla zdrowia, ten potok można łatwo zastosować do przedklinicznych badań przesiewowych leków, leków przeciwwymiotnych i probiotyków na modelach mutantów nicieni, knockdown, transgenicznych i chorobowych. Możliwość równoległego testowania wielu warunków umożliwia badanie złożonych interakcji zachodzących w ich obsłudze i służy procesom fizjologicznym. Należą do nich interakcje mikroorganizmów gospodarza, zaburzenia metaboliczne, radzenie sobie ze stresem i starzenie się.Bardzo ważne jest, aby unikać zanieczyszczenia w całym budynku. Nie pozwól, aby robakom zabrakło pożywienia i wykonaj kluczowe kroki, gdy tylko robaki osiągną wymagany etap. Zacznij od przygotowania skoncentrowanej kultury bakterii E. coli OP50, zaszczepiając cztery jednolitrowe butelki bulionu lizogenicznego po dwa mililitry kultury starterowej OP50 każda.Następnie umieść butelki w inkubatorze z wytrząsaniem na sześć godzin w temperaturze 37 stopni Celsjusza i 160 G, a następnie granuluj bakterie w temperaturze 3057 g i 20 stopni Celsjusza przez 15 minut. Następnie wyrzuć supernatant i ponownie zawiesić granulki z sześcioma mililitrami pożywki OP50. Zbierz skoncentrowaną kulturę w sterylnej stożkowej probówce o pojemności 50 mililitrów.Zaszczep osiem sześciocentymetrowych płytek NGM na szczep 100 mikrolitrami nasyconej kultury OP50 wyhodowanej przez noc w temperaturze 37 stopni Celsjusza na płytkę. Następnie trzymaj talerze w temperaturze 20 stopni Celsjusza przez dwa dni przed użyciem. Następnie za pomocą skalpela wytnij kwadratowy kawałek agaru o grubości 0,5 centymetra z robakami z niedawno zagłodzonej płytki NGM i przenieś na każdą z ośmiu zaszczepionych sześciocentymetrowych płytek NGM.Inkubuj te płytki w temperaturze 20 stopni Celsjusza przez trzy dni. Następnie ponownie zawiesić robaki, dodając do trzech mililitrów sterylnego buforu M nine do sześciocentymetrowych płytek NGM za pomocą pipety P1000 i zebrać roztwór robaka ze wszystkich ośmiu płytek na szczep w jednej 15-mililitrowej stożkowej probówce. Następnie odwirować w temperaturze 142 razy G przez dwie minuty w temperaturze czterech stopni Celsjusza i ostrożnie usunąć supernatant za pomocą pipety P5000 lub pompy wodnej wyposażonej w sterylną pipetę lub końcówkę Pasteura.Następnie dodaj 10 mililitrów sterylnego buforu M nine, aby umyć osad robaka. Następnie usunąć supernatant i przenieść robaki na 15-centymetrową płytkę NGM zaszczepioną OP50 uzupełnioną skoncentrowanym OP50 za pomocą pipety. Hoduj każdy szczep robaka na płytce NGM o średnicy 15 centymetrów przez trzy do czterech dni w temperaturze 15 stopni Celsjusza, ponownie karmiąc robaki 0,5 mililitra skoncentrowanego OP50 dziennie.Po zebraniu i umyciu bufora M 9 przenieś każdą kulturę szczepu robaka na więcej płytek NGM i rozmnażaj robaki w temperaturze 20 stopni Celsjusza, aż 95% populacji będzie graitować jako dorosłe. Następnie wybiel dorosłe robaki, postępując zgodnie ze standardową metodą przygotowania jaj, i przenieś jaja na dwie nieobsiane 15-centymetrowe płytki NGM na 24 godziny w temperaturze 15 stopni Celsjusza, aby umożliwić wszystkim larwom L one wyklucie się i synchroniczny wzrost w kolejnych krokach. Najpierw zbierz całą masę bakteryjną wyhodowaną wcześniej na sześciocentymetrowej płytce agarowej LB i przenieś ją do oznakowanej 1,5-mililitrowej probówki mikrowirówkowej zawierającej jeden mililitr buforu M nine.Następnie wiruj probówkę mikrowirówki, aż granulki bakteryjne zostaną całkowicie ponownie zawieszone. Następnie wirować w dół przy 9 300 razy G przez pięć minut w temperaturze pokojowej i usunąć 700 mikrolitrów supernatantu. Ponownie zawiesić osad bakteryjny przez wirowanie.Następnie przenieś 200 mikrolitrów każdej zawiesiny bakteryjnej do jednego dołka pustej sterylnej płytki 96-dołkowej. Z tej płytki zaszczepić osiem 96-dołkowych płytek agarozowych NGM 10 mikrolitrami roztworu bakteryjnego za pomocą pipety wielokanałowej i inkubować z założoną pokrywką w temperaturze 25 stopni Celsjusza przez 24 godziny. Następnie uszczelnij 96-dołkową płytę zawieszenia czystą samoprzylepną folią sufitową i przechowuj ją w temperaturze 15 stopni Celsjusza do pięciu dni.Na początek oceń etap rozwojowy zsynchronizowanej populacji robaków, patrząc na płytki. Gdy ponad 90% robaków osiągnie etap L cztery, zbierz robaki w maksymalnie 10 mililitrach sterylnego roztworu M nine w 15-mililitrowych stożkowych probówkach. Następnie dokładnie umyj robaki cztery razy, wirując w dół z prędkością 142 razy G przez dwie minuty w czterech stopniach Celsjusza, dodając 10 mililitrów świeżego sterylnego M nine między każdym praniem, aby pozbyć się bakterii OP50.Następnie usunąć supernatant i ponownie zawiesić osad robaka w 10 mililitrach M nine. Przenieś 50 mikrolitrów roztworu robaka do 1,5 lub dwumililitrowej rurki wiążącej o niskiej powierzchni zawierającej 950 mikrolitrów M 9. Po delikatnym wymieszaniu zawartości probówki, aby uniknąć sedymentacji robaków, szybko użyj zwilżonej końcówki pipety o niskim poziomie wiązania, aby przenieść trzy do czterech oddzielnych kropli o pojemności 10 mikrolitrów na szkiełko podstawowe lub płytkę NGM.Pod mikroskopem stereoskopowym przy 16-krotnym powiększeniu policz liczbę robaków i uśrednij liczby od trzech do czterech kropli, aby określić liczbę robaków na mikrolitr w roztworze robaka. Dostosuj stężenie robaków do 15 robaków na mikrolitr w stożkowej rurce o pojemności 15 mililitrów. Następnie przenieś osiem mikrolitrów roztworu robaka do każdego z dołków ośmiu 96-dołkowych płytek agarozowych NGM za pomocą pipety wielokanałowej lub pipety powtórzonej za pomocą pipety wielokanałowej.Po 36 godzinach dozować 30 mikrolitrów M nine do każdego dołka płytki 96-dołkowej. Następnie przenieś robaki na płytkę 384-dołkową zgodnie z ustalonym układem za pomocą końcówek o niskiej retencji, upewniając się, że czytniki płytek są prawidłowo ustawione. Następnie uzupełnij 384 płytki dołkowe większą ilością M dziewięć, dążąc do uzyskania końcowej objętości 60 mikrolitrów na studzienkę, dodając 40 mikrolitrów M dziewięć do testu stresu termicznego i 34 mikrolitry M dziewięć do sześciu mikrolitrów TBHP do stresu oksydacyjnego wywołanego przez TBHP.Następnie rozpocznij test w ciągu dwóch minut od dodania TBHP. Następnie zamknij płytki przezroczystą pokrywką i uszczelnij krawędzie płytek 384-dołkowych taśmą maskującą, upewniając się, że taśma nie przechodzi przez pokrywkę ani pod płytką. Następnie włóż płytkę do czytnika płytek.Określ wartość fluorescencji, poniżej której pik nie różniłby się znacząco od szumu, i zanotuj najwcześniejszy punkt czasowy, w którym wahania fluorescencji tłumią się przed wzrostem. Następnie zanotuj punkty czasowe, między którymi spodziewane jest przypadanie minimalnych i maksymalnych wartości fluorescencji, ponieważ będą one używane do dopasowania krzywej. Następnie sprawdź, czy amplitudy pików fluorescencji różnią się znacznie między studzienkami.Znormalizuj dane przed dalszą analizą, korzystając z formuły opisanej w manuskrypcie. Najpierw pobierz LFASS z GitHub, uruchom program MATLAB i przejdź do folderu LFASS. Następnie wpisz i uruchom dopasuj folder w oknie poleceń, postępując zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi na ekranie.Po wpisaniu folderu dopasowania wpisz nazwę folderu danych, w którym znajduje się plik Excel, jako Moje dane. Następnie wprowadź dwa dla odstępu czasu między kolejnymi pomiarami w bieżącym protokole i wpisz wartość progową szumu. Następnie przypisz górny próg tolerancji, wpisując 0,94, a dolny próg tolerancji, wpisując 0,06, aby ograniczyć pasowanie esicy.Ustaw przedziały czasu, aby znaleźć wartości maksymalne i minimalne. Aby wizualnie sprawdzić pasowania zbieżne, wpisz Y dla tak lub N dla nie, aby nie wyświetlać dopasowanych i gładkich krzywych po wyświetleniu monitu. Następnie podaj nowe, dolne i górne granice czasowe na próbę ponownego dopasowania.Jeśli chcesz podjąć próbę remontu, wpisz dwa. Ale jeśli chcesz zaakceptować remont i przejść do następnego łuku, wpisz zero. Aby wybrać, czy przeanalizować krzywe zidentyfikowane jako hałas, czy ponownie dopasować źle dopasowane krzywe, należy wpisać typ Y do zatwierdzenia i N do odrzucenia.Po próbie ponownego dopasowania lub odrzuceniu wszystkich pozostałych krzywych, program zostanie zakończony. Pobierz pliki wyników z folderu wyników i zapisz je jako kropkę XLSX do dalszej analizy. Testy odporności na ciepło i stres oksydacyjny przeprowadzono na dwóch robakach typu dzikiego Bristol N, które karmiono izolatami bakterii MYB11 lub MYB115 lub bakteriami kontrolnymi E coli OP50.Po 36 godzinach dorosłe populacje robaków typu dzikiego były wystawione na stres termiczny o temperaturze 42 stopni Celsjusza i stres oksydacyjny wywołany przez 7% TBHP. Mediana czasu zgonu wahała się od 40 do 130 minut w przypadku testu stresu termicznego i od 90 do 240 minut w przypadku testu stresu oksydacyjnego. Aby upewnić się, że robaki są hodowane w kroku 2.5, a krok 2.1 może potrwać do dwóch godzin, narysuj układ płytek, aby przygotować robaki z 96 dołków do 284 dołków w kroku 4.6.Kroki można dodawać lub zastępować. Na przykład badania przesiewowe RNA całego genomu gospodarza lub genetyczne badania przesiewowe bakterii bakteryjnych można przeprowadzić, zastępując izolaty bakterii jelitowych odpowiednio klonami RNI lub mutantami bakteryjnymi. Obecnie używamy tego podejścia do identyfikacji nowych probiotyków i odkrywania sieci regulacyjnych genów zaangażowanych w mikrointerakcje gospodarza w kontekście infekcji i starzenia się.

high-throughput-screening-microbial-isolates-with-impact-on

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Opisano procedurę hodowli w środowisku ciekłym oraz rozdziału szczepów C. elegans wykazujących ekspresję fluorescencyjnych białek reporterowych, która nie wymaga użycia kosztownego sprzętu do sortowania. Podejście to można zastosować w przypadku licznych indukowalnych genów C. elegans w celu odkrywania leków lub biosensingu zanieczyszczeń.

Przesiewanie wysokoprzepustowe i biosensing z wykorzystaniem fluorescencyjnych szczepów C. elegans

Opisujemy protokół z wykorzystaniem C. elegans oraz bibliotek RNAi dostarczanych drogą pokarmową, który umożliwia zautomatyzowany pomiar wielu parametrów, takich jak fluorescencja, rozmiar i nieprzezroczystość poszczególnych nicieni w populacji. Przedstawiamy przykład screeningu służącego do identyfikacji genów zaangażowanych w wrodzoną odporność przeciwgrzybiczą u C. elegans.

Ilościowe i zautomatyzowane wysokoprzepustowe przesiewy RNAi w całym genomie u C. elegans

Źródło: Anderson, Q. L. i wsp. Wysokoprzepustowy, o wysokiej zawartości, płynny system C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia wysokoprzepustową metodę badań przesiewowych z wykorzystaniem Caenorhabditis elegans do badania knockdownów genów podczas interakcji gospodarz-patogen. Przedstawiono w nim procedurę przygotowania powalanych robaków i przenoszenia ich na płytki testowe w celu oceny skutków zabijania robaków przez patogeny.

Wielodołkowy test na bazie płynu do badań przesiewowych nokautów C. elegans

Źródło: Ali, I., i in. Wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów mikroorganizmów o wpływie na zdrowie Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)Ten film prezentuje wysokowydajny test fluorescencyjny, mający na celu ocenę, jak bakterie jelitowe wpływają na odporność na stres u Caenorhabditis elegans. Śledząc niebieską fluorescencję z pękniętych granulek jelit, test ujawnia wcześniejsze sygnały śmierci u robaków narażonych na testowe bakterie.

Wysokowydajny test fluorescencjonujący do badania interakcji mikroorganizmów z robakami

Protokół jest opisany do wykrywania in vivo efektów inhibitorów mitochondrialnych w organizmie modelowym Caenorhabditis elegans oraz do identyfikacji potencjalnych związków wzmacniających. Protokół ten może być używany do badań przesiewowych bibliotek leków pod kątem związków modulujących funkcję mitochondriów.

Przesiewowy test in vivo dla modulatorów mitochondrialnych przy użyciu transgenicznych bioluminescencyjnych Caenorhabditis elegans

Tutaj prezentujemy nicienia Caenorhabditis elegans jako wszechstronny model gospodarza do badania interakcji mikrobiologicznych.

Nicienie Caenorhabditis elegans - wszechstronny model in vivo do badania interakcji gospodarz-mikroorganizm

Tutaj opisujemy prosty protokół szybkiego wytwarzania setek pożywek hodowlanych dla nicieni, 96-dołkowych płytek hodowlanych ze stałą liczbą Caenorhhabditis elegans na studzienkę. Kultury te są przydatne do fenotypowych badań przesiewowych całych organizmów. Skupiamy się tutaj na wykorzystaniu tych kultur do badań przesiewowych substancji chemicznych pod kątem efektów sprzyjających długowieczności.

Prosta metoda wysokoprzepustowych badań przesiewowych w kierunku Caenorhabditis elegans

Tutaj opisujemy protokół, który jest elastycznym, wszechstronnym narzędziem przesiewowym o wysokiej zawartości, które może być wykorzystane do badania interakcji gospodarz-patogen i może być wykorzystane do odkrywania leków.

Wysokoprzepustowy, o wysokiej zawartości, płynny system patologiczny C. elegans

Metoda ilościowa została opracowana do identyfikacji i przewidywania ostrej toksyczności chemikaliów poprzez automatyczną analizę profilowania fenotypowego Caenorhabditis elegans. Protokół ten opisuje, jak leczyć robaki chemikaliami w 384-dołkowej płytce, przechwytywać filmy i określać ilościowo fenotypy związane z toksykologią.

Wysokoprzepustowy test do przewidywania toksyczności chemicznej za pomocą zautomatyzowanego profilowania fenotypowego Caenorhabditis elegans

Aby zbadać interakcje chaperon-chaperon i chaperon-substrate, przeprowadzamy syntetyczne badania przesiewowe interakcji w Caenorhabditis elegans za pomocą interferencji RNA w połączeniu z łagodnymi mutacjami lub nadmierną ekspresją białek opiekuńczych i monitorujemy dysfunkcję białek specyficznych dla tkanek na poziomie organizmu.

Wykorzystanie Caenorhabditis elegans do badań przesiewowych pod kątem interakcji opiekuńczych specyficznych dla tkanek

Caenorhabditis elegans to potężny model do badania molekularnych determinantów kierujących interakcjami gospodarz-mikrobiom. Przedstawiamy wysokoprzepustowy potok profilujący poziomy kolonizacji mikrobiomu jelitowego u pojedynczych zwierząt wraz z kluczowymi aspektami fizjologii C. elegans.

Zastosowanie wermimetrii przepływowej do kwantyfikacji i analizy mikrobiomu jelitowego Caenorhabditis elegans

Poznaj wysokoprzepustowe badanie przesiewowe izolatów bakteryjnych wpływających na odporność na stres oksydacyjny i termiczny u Caenorhabditis elegans. Ta metoda umożliwia szybką ocenę zdrowia nicieni.

Wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów drobnoustrojów mające wpływ na zdrowie Caenorhabditis elegans

Przeglądaj więcej filmów