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Previsão e Validação de elementos reguladores de genes ativada durante ácido retinóico induzida e...
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Developmental Biology
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JoVE Journal Developmental Biology
Prediction and Validation of Gene Regulatory Elements Activated During Retinoic Acid Induced Embryonic Stem Cell Differentiation

Previsão e Validação de elementos reguladores de genes ativada durante ácido retinóico induzida estaminais embrionárias Diferenciação Celular

Full Text
8,714 Views
09:07 min
June 21, 2016

DOI: 10.3791/53978-v

Zoltan Simandi*1, Attila Horvath*2, Peter Nagy1, Laszlo Nagy1,2,3

1Sanford-Burnham-Prebys Medical Discovery Institute at Lake Nona, 2Department of Biochemistry and Molecular Biology,Research Center for Molecular Medicine, Medical and Health Science Center, University of Debrecen, 3MTA-DE “Lendulet” Immunogenomics Research Group,University of Debrecen

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This video presents an integrated set of methods for identifying and validating genomic regulatory elements known as enhancers. It highlights the workflow's adaptability for various cellular model systems.

Key Study Components

Area of Science

  • Genomic regulatory elements
  • Enhancer identification
  • Cellular model systems

Background

  • Enhancers play a crucial role in gene regulation.
  • Understanding enhancer selection is vital for studying transcription.
  • Cell differentiation and responses to stimuli can be influenced by enhancers.
  • ChIP-seq analysis aids in identifying candidate enhancers.

Purpose of Study

  • To provide a workflow for enhancer identification and validation.
  • To facilitate research on transcription and gene regulation.
  • To demonstrate the adaptability of the protocol across different cellular models.

Methods Used

  • Selection of candidate enhancers based on ChIP-seq data.
  • Utilization of genome browsers to analyze binding sites.
  • Experimental validation of enhancer activity.
  • Adaptation of methods for various cellular systems.

Main Results

  • Identification of active enhancers in different contexts.
  • Validation of enhancer functionality through experimental approaches.
  • Demonstration of the workflow's versatility.
  • Insights into enhancer usage during cell differentiation.

Conclusions

  • The presented workflow is effective for enhancer research.
  • It can be adapted for various experimental setups.
  • Enhancer identification is crucial for understanding gene regulation.

Frequently Asked Questions

What are enhancers?
Enhancers are regulatory DNA sequences that increase the likelihood of transcription of particular genes.
How can enhancers be identified?
Enhancers can be identified using techniques such as ChIP-seq to analyze protein-DNA interactions.
What is the significance of enhancer validation?
Validating enhancers is essential to confirm their role in gene regulation and their functional impact on biological processes.
Can the methods be used in different cell types?
Yes, the workflow is designed to be adaptable for various cellular model systems.
What role do enhancers play in cell differentiation?
Enhancers influence gene expression patterns that are crucial for cell differentiation and response to stimuli.

Neste trabalho, fornecemos um fluxo de trabalho experimental de como os intensificadores ativos podem ser identificados e validados experimentalmente.

O objetivo geral deste vídeo é fornecer um conjunto integrado de métodos para identificar e validar experimentalmente os elementos reguladores geneômicos, os chamados intensificadores. Este método pode ajudar a responder a questões-chave na transcrição e regulação de eventos biológicos, incluindo seleção e uso de intensificadores, usando diferenciação celular ou em resposta a estímulos externos. A principal vantagem do fluxo de trabalho apresentado é que um protocolo pode ser facilmente adaptado e usado em qualquer sistema de modelo celular.

Vou demonstrar as etapas do procedimento. Para começar, escolha um aprimorador candidato com base na análise de seqüência de chips pré-existente. Use um navegador de genoma para visualizar os resultados do experimento de seqüência de chip desejado e identificar locais de ligação nas proximidades do gene de interesse.

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