Следующее поколение тканей микрочипов (ngTMA) Протокол биомаркера исследований

Целью данной процедуры является создание оптимальных или целевых тканевых микрочипов для последующего использования в исследовании биомаркеров. Во-первых, создается цифровой архив слайдов из репрезентативных слайдов тканей. Гистологические области интереса аннотированы на цифровых предметных стеклах, чтобы указать точные области соответствующих донорских блоков, которые должны быть перенесены в тканевый микрорентгеновский блок.

После того, как дизайн и макет тканевых микрочипов созданы, донорные блоки автоматически пробиваются, а причина загружается в тканевые микрочипы. Используя этот точный, быстрый и автоматизированный подход нового поколения, точные гистологические области или даже определенные группы клеток могут быть точно захвачены и перенесены на тканевый микрочип. Основным преимуществом нашей методики перед существующими методами тканевого микрокольца, такими как использование самодельного или полуавтоматического устройства, безусловно, является гистологическая точность.

Это достигается за счет сочетания сильных сторон цифровой патологии с гистологической экспертизой, а также автоматизированного тканевого микрокольца, демонстрирующего процедуру сегодня, Калин Хамман и Хосе Гальван. Две технические помощи от нашей лаборатории Использование программного обеспечения для сканирования. Сначала выберите автоматический режим сканирования светлого поля.

Затем нажмите на параметры сканирования, чтобы настроить параметры качества слайда. Теперь выберите сохранение сканов слайдов локально или в веб-версии, щелкнув параметры сервера и установив место назначения сканирования в центр случая. Теперь подготовьте слайды перед загрузкой слайдов в журнал Для сканера убедитесь, что слайды чистые.

При необходимости очистите их С помощью этанола можно загрузить до 25 слайдов в каждый магазин, а сканер может загрузить до 10 магазинов. Несколько магазинов складываются друг на друга, когда они заряжены. Как только слайды будут загружены, укажите все слайды, имена файлов и установите папку сохранения в центре кейсов.

Теперь начните сканирование слайда, нажав на зеленую стрелку. В этом разделе места, из которых образцы тканей пробиваются на предметном стекле, задаются аннотациями к цифровому предметному стеклу. Начните с открытия папки с цифровыми слайдами.

В программном обеспечении для просмотра можно вносить изменения в саму папку. Можно добавлять заметки, изменять порядок слайдов, а также устанавливать привилегии пользователей и вложения. Теперь начните комментировать слайды, нажав на один из них.

Он появится в просмотрщике. В просмотрщике. Используйте инструмент увеличения, чтобы оценить слайд и найти интересующие области для интеграции в TMA следующего поколения.

С помощью инструмента аннотации TMA выберите размер желаемого керна и цвет аннотации. Прикрепите эту аннотацию к слайду, щелкнув по слайду. Затем переместите аннотацию к нужным гистологическим структурам.

Эти аннотации отмечают места пуансонов на соответствующем тканевом блоке. Повторяйте этот процесс до тех пор, пока все слайды не будут аннотированы. Альтернативным вариантом для тканевой причины является отправка их в ПЦР-пробирку объемом 0,2 миллилитра для молекулярного анализа.

Аннотируйте слайды, используя метку другого цвета, чтобы отличить эти пятна от тех, которые являются TMA. После того, как все аннотации будут созданы, сохраните файл электронной таблицы, содержащий список всех слайдов с соответствующими аннотациями и цветами аннотаций. Начните микрореконструкцию ткани с извлечения соответствующих парафиновых блоков ткани для всех аннотированных цифровых слайдов.

Вызываются блоки-доноры. Отсортируйте блоки в том же порядке, что и цифровые слайды. Убедитесь, что толщина каждого блока должна быть не менее четырех миллиметров.

Если нет, ткань нужно будет заново изобретать за компьютером. Откройте тканевый микрочип программного обеспечения и введите название проекта. Перейдите к смене инструмента и выберите необходимый диаметр инструмента.

Теперь загрузите в автомат до 12 блоков-получателей. Обратите внимание на названия блоков. Все они должны быть помечены с использованием одной и той же системы нумерации для обеспечения единообразия.

Затем в программном обеспечении присвойте соответствующее имя каждому из блоков, чтобы создать макет TMA. Во-первых, создайте новый дизайн TMA, назначив количество строк, столбцов, пустых строк и интервалов между пуансонами. Сохраните макет и назначьте его блоку.

Затем повторите процесс для следующего блока. При использовании нового макета или того же макета размеры ядер могут варьироваться между блоками-получателями. Далее загрузите в автомат до 60 блоков-доноров.

В каждый ряд помещается до 10 блоков. A через F. Оставшиеся донорские блоки будут загружены позже в программное обеспечение. Дайте каждому блоку-донору идентифицирующее имя.

Изображение каждого блока будет получено автоматически. Теперь совместите цифровые слайды с соответствующими блоками-донорами. Сначала выберите блок.

Затем нажмите на слайд и сравните изображения слайда и блока рядом друг с другом. Выберите опорные точки на изображении блока-донора, которые соответствуют конкретным точкам на соответствующем цифровом слайде. Затем нажмите далее, и аннотации переместятся на изображение блока-донора.

Если аннотации верны, нажмите на каждую из них, чтобы подтвердить ее расположение. Затем нажмите «Начать». Это побуждает микрочип просверлить отверстие в контрольной точке в блоке-реципиенте, а затем пробить отверстие в блоке-доноре в том же месте и перенести керн в блок-реципиент.

Чтобы собрать керны в ПЦР-пробирку, нажмите на инструмент ПЦР для блока. Для подачи ткани в трубку можно использовать до четырех аннотаций. Как только они будут установлены, нажмите «Старт», и донор будет вызван и трубка будет загружена.

После станка сверлят и пробивают керны, обновляют изображение донорского блока. Продолжайте повторять выравнивание и аннотирование для следующего блока. Затем удалите сердцевину.

Продолжайте делать это для каждого донорского блока. Это будет в ТМА. Когда первый набор из 60 блоков-доноров будет завершен, выгрузите их и загрузите еще 60 блоков.

Продолжайте процесс до тех пор, пока все блоки-доноры не будут выстроены в порядок. После взятия около 500 ядер очистите сверло, и пробивной инструмент начнет работать. Когда массивы будут готовы, экспортируем проект.

Файл таблицы с данными проекта будет находиться в папке экспорта. Он показывает расположение каждой выборки в каждом блоке TMA. Затем сохраните изображения блока-донора с наложенными аннотациями в виде файлов JPEG в папку экспорта.

На этом процесс генерации блока TMA завершен. На этой схеме TMA показаны шесть блоков NG TMA, которые были построены в двух экземплярах для 12 последних блоков для заполнения массива. Каждый опухолевый блок содержал 402 тканевых пятна, а каждый нормальный тканевый блок содержал 268 пятен.

После того, как 60 донорских блоков были аннотированы, причина была пробита. Время переноса ядра составило примерно 12 секунд. Потери ядра были минимальными, а общее время работы над массивом в этом проекте составило в общей сложности около 24 часов.

Это включало время, затраченное на определение причины для последующего молекулярного анализа после процесса N-G-T-M-A. Другие методы, такие как иммуногистохимия при цитогибридизации и даже специальные окрашивания, могут быть применены к этим тканевым микрочипам, чтобы ответить на некоторые вопросы, например, какие гены или белки экспрессируются или даже изменяются в различных тканях.