Обнаружение таргетируемых изменений при немелкоклеточном раке легкого с помощью секвенирования нового поколения

Мои исследования выявляют генетические мутации рака для улучшения диагностики и лечения. Для начала зарегистрируйте информацию об образце в Системе управления лабораторной информацией и заполните форму информированного согласия для тестирования на мутацию генов. С помощью одноразовых микротомных лезвий вырезали срезы из немелкоклеточного рака лёгких, формального и фиксированного образца с парафином.

Затем проводите рутинное окрашивание гематоксилином и эозином для оценки содержания опухолевых клеток. Для экстракции нуклеиновой кислоты с помощью микротома разрезают формальный и фиксированный парафиновый блок для получения ленты и помещают ленту в микроцентрифуговую трубку объемом 1,5 миллилитра. Перенесите трубку в назначенное место для входа образца на автоматическом инструменте для экстракции.

Далее используйте автоматический инструмент для экстракции с автоматическим набором для извлечения. Замените ручные этапы пипетирования на автоматическую систему экстракции нуклеиновых кислот с магнитными шариками. Затем выберите программу C1102 на инструменте.

Выберите время инкубации девоска образца в 16 часов и установите объём элусиана на 100 микролитров. Используйте спектрофотометрию для проверки чистоты ДНК. Затем используйте набор для обнаружения с последовательно-специфическими флуоресцентными красителями для проведения флуорометрического анализа с целью точного измерения концентрации ДНК.

Для получения фрагментированной геномной ДНК с помощью ультразвука смешайте 200 нанограммов геномной ДНК в 50 микролитрах буфера с низким уровнем трис-ЭДТА. Поместите пробирку в предварительно охлаждённую стойку, поддерживаемую при восьми градусах Цельсия. Настройте параметры прибора согласно протоколу и инициируйте фрагментацию ДНК.

Чтобы начать автоматическую подготовку библиотеки, нажмите кнопку питания, чтобы активировать систему, и дождитесь завершения инициализации. Перейдите в настройки программы, выберите запуск протокола и протокол BurningRock HS. Установите тип образца на высококачественную ДНК, входное количество нанограмм на 50, циклы до ПЦР на 12, а циклы после ПЦР — на 12. Затем нажмите «Запустить», чтобы продолжить.

Затем вставьте готовый реагентный картридж в назначенный слот инструмента, что автоматически подтвердит расположение и статус реагента. После загрузки сэмплов нажмите старт, чтобы запустить автономный запуск. Следите за индикаторами светодиодов на системе, чтобы отслеживать ход работы.

После завершения программы нажмите OK для подтверждения, и система автоматически перенесёт финальную библиотеку в библиотечную трубку, завершив подготовку библиотеки. Измерьте концентрацию как добиблиотеки, так и всей библиотеки с помощью флюорометрии. Разбавите библиотеку секвенирования до 1,6 пикомолярных и 1300 микролитров для операций секвенирования.

Контролируйте условия последовательности, поддерживая температуру в помещении и влажность в помещении. Полный контроль качества выходных данных прибора путём проверки базового качества выше Q 30 и фильтра плотности кластера. Оптимизированный процесс обнаружения надёжно выявил несколько клинически применимых геномных изменений в репрезентативных образцах опухолей.

Результаты секвенирования показали высокочастотное EGFR p. Миссенс-мутация L858R, сопровождаемая значительным увеличением числа копий гена EGFR. Наблюдалась умеренная амплификация гена MET и низкая амплификация гена BRAF.

Образец продемонстрировал промежуточную мутационную нагрузку и микросателлитную стабильность. Все целевые генные локусы, включая ALK, BRAF, KRAS и ROS1, достигли 100% показателя обнаружения в четырёх реплицированных экспериментах. Каждая мутация была последовательно обнаружена во всех четырёх повторных экспериментах, при этом ожидаемые значения численности оставались в пределах нормы флуктуаций; NJS обеспечивает компрессионный генетический профиль для немелкоклеточного рака лёгких, одновременно обнаруживая распространённые, редкие и новые гены.

Наши будущие исследования будут сосредоточены на сочетании молекулярной патологии с искусственным интеллектом для изучения новых биомаркеров рака легких.