Algumas células podem estar infetadas por duas cepas diferentes de um vírus ao mesmo tempo, causando uma confusão de ambas as sequências genéticas, em um processo denominado recombinação viral. Mais especificamente, depois que os vírus entram no citoplasma da célula, eles se desmontam e começam a replicar seus genomas. As regiões semelhantes de cada genoma podem emparelhar e trocar peças, reconectando as fitas.Alternativamente, os vírus podem trocar alguns de seus segmentos em um processo chamado rearranjo, em que novos vírus feitos dentro da célula pode ter uma mistura das cepas. Metade dos segmentos da cepa um e a outra metade da cepa dois. Esses vírus recém-formados, agora evoluíram de dois vírus originais, formando populações que podem continuar a mudar ao longo do tempo.