Zellen werden manchmal von mehr als einem Virus infiziert. Wenn sich zwei Viren disassemblieren, um ihr Genom für die Replikation in derselben Zelle bereitzustellen, können sich ähnliche Regionen ihrer Genome miteinander paaren. In einem Prozess, der Rekombination genannt wird, tauschen sie dann Sequenzen miteinander aus. Alternativ können Viren mit segmentierten Genomen auch ganze Segmente durch das Reassortment austauschen.
Einige Krankheiten können mehrere Spezies infizieren. Zum Beispiel können Schweine mit menschlichen und Vogelviren infiziert werden, zusätzlich zu jenen die normalerweise Schweine infizieren. Da Viren rekombinieren können, wenn sie dieselbe Zelle infizieren, können Schweine so “Mischgefäße” darstellen. In ihren Zellen können sich Viren von anderen Spezies rekombinieren, um neue Viren zu bilden, welche manchmal auch Menschen infizieren können. Dieses besorgniserregende Phänomen stellt einen Weg dar, über den infektiöses Material von anderen Spezies in die menschliche Population gelangen kann. Krankheiten, die vom Tier auf den Menschen übergehen, werden als Zoonosen bezeichnet. Der Mensch kann für solche Viren sehr anfällig sein, da er diesen Viren noch nicht ausgesetzt wurde und somit noch keine Immunität entwickelt hat.
Die Influenza A ist ein Paradebeispiel für die “Mischgefäß”-Theorie der Viruserkrankungen. Die Forschung hat gezeigt, dass sich die Influenza-A-Viren von Schweinen, Vögeln und Menschen innerhalb der Schweinewirte reassortiert haben. Diese Ereignisse ergaben “doppelt-kombinierte” Viren, die Gene von menschlichen und Vogelviren enthielten und “dreifach-kombinierte” Viren, die Gene von menschlichen, Vogel-und Schweineviren enthielten. In den Niederlanden wurde ein reassortierter Virus, der aus menschlichen und Vogelgrippe-Genen zusammengesetzt war, von Schweinen auf den Menschen übertragen.
