Antilichamen binden zich aan gifstoffen of stoffen op het oppervlak van cellen, bacteriën, virussen of schimmels. De stof wordt een antigeen genoemd en de precieze bindingsplaats is het epitoop. De sterkte van de antilichaam-epitoop-interactie wordt affiniteit genoemd. Wanneer een antilichaam een antigeen zich bindt aan meerdere epitopen, wordt de cumulatieve sterkte van de interactie aviditeit genoemd. De kracht van de interactie beïnvloedt de opgewekte immuunrespons.
Alles waaraan een antilichaam kan binden, wordt per definitie een antigeen genoemd. Een antigeen kan afkomstig zijn van een ander organisme, een vreemd deeltje zoals een toxine, medicijn of een fysieke indringer (bijv. splinter), of het eigen lichaamsweefsel. Het exacte contactpunt waar het antilichaam zich bindt, wordt het epitoop van het antigeen genoemd. De sterkte waarmee een antilichaam aan een epitoop bindt, wordt zijn affiniteit genoemd.
Wanneer het lichaam een antigeen voor het eerst tegenkomt, binden slechts enkele van de beschikbare antilichamen in het lichaam het antigeen bij toeval. De affiniteit van het antilichaam is waarschijnlijk laag. Het adaptieve immuunsysteem verdient zijn naam echter door adaptief te reageren op antigenen die het organisme tijdens zijn leven tegenkomt. Zodra een antigeen voor de eerste keer is herkend, leidt een complex selectieproces tot de productie van antilichamen met een hogere affiniteit tegen dit specifieke antigeen. Daarom is de affiniteit van het antilichaam voor een bepaald antigeen hoger wanneer hetzelfde antigeen een tweede keer wordt aangetroffen. Hierdoor zal de immuunrespons sterker zijn.
Sommige antilichamen, zoals IgM, hebben meerdere bindingsplaatsen die allemaal hetzelfde epitoop herkennen. De cumulatieve bindingssterkte van zo'n antilichaam wordt aviditeit genoemd. Als vuistregel geldt dat antilichamen met een hoge aviditeit een lage affiniteit hebben. Hierdoor kan IgM gemakkelijker nieuwe antigenen herkennen en sneller geproduceerd worden, omdat het geen uitgebreid selectieproces ondergaat. IgM is in feite gebonden aan B-cellen en zorgt er voornamelijk voor dat B-cellen andere klassen antilichamen produceren met een hogere affiniteit tegen dat nieuw geïdentificeerde antigeen.
Lipman, Neil S., Lynn R. Jackson, Laura J. Trudel, and Frances Weis-Garcia. “Monoclonal Versus Polyclonal Antibodies: Distinguishing Characteristics, Applications, and Information Resources.” ILAR Journal 46, no. 3 (January 1, 2005): 258–68. [Source]