İzomerler, aynı moleküler formüle sahip ancak farklı bir yapısal düzenlemeye sahip bileşiklerdir. Her izomerin farklı fiziksel ve kimyasal özellikleri vardır. Koordinasyon bileşiklerinde, gözlemlenen bir tür izomerizm yapısal izomerizmdir.Yapısal izomerizmde, atomların merkezinin metal atomuna olan bağlantıları, aynı moleküler formüle rağmen farklıdır. Ayrıca koordinasyon küre izomerleri ve bağlantı izomerleri olarak kategorize edilebilir. Koordinasyon küresi izomerleri, koordinasyon küresindeki merkezi metal ile koordineli ligand, kafeste bir karşı iyon ile yer değiştirdiğinde meydana gelir.Böylece metal iyonunun koordinasyon sayısı sabit kalırken, koordinasyon küresi ve bileşiğin bileşimi değişir. Kobaltın koordinat kompleksinde, ligand veya klor olarak brom ile iki koordinasyon küresi izomeri mümkündür. Bileşiğin bileşimi farklı olduğundan, bu izomerlerin her biri farklı kimyasal özelliklere sahiptir.Suda çözüldüğünde, pentaamminebro mocobalt klorür, klorür iyonları üretirken, pentaamminechlorocobalt bromür, solüsyonda bromür iyonları oluşturur. Öte yandan, bağlantı izomerizmi, bir ligand, iki farklı yönde merkezi metal atomu ile koordine edebildiğinde meydana gelir. Bu nedenle, birden fazla potansiyel verici atomu olan monodentat ligandlar, izomerizasyonu bağlayabilir.Hangi verici atomun metal iyonu ile koordine olduğuna bağlı olarak ligandın adı değişir. Nitrit iyonu, biri nitrojen atomu ve diğeri oksijen atomu üzerinde olmak üzere iki çift elektrona sahiptir. Bunlardan herhangi biri, merkezi metal iyonu ile koordinat kovalent bir bağ oluşturabilir.Nitrit iyonu, nitrojen atomundaki yalnız elektron çifti aracılığıyla koordine edildiğinde, nitro ligand olarak bilinir. Oksijen atomu bir donör olarak hareket ettiğinde nitrito ligandı olarak bilinir. Kobalt metalinin nitrit iyonlarıyla koordinasyon kompleksleri iki olası bağlantı izomerine sahiptir, sarı renkli bir pentaamminenitrocobalt ve turuncu renkli bir pentaamminenitritocobalt