Summary
هذا البروتوكول وصف بسيط لاصق الشريط النهج القائم على أخذ عينات من البندورة وغيرها من المنتجات الطازجة السطوح ، تليها السريع كشف الخلية بأكملها
Abstract
يصف هذا البروتوكول مقاربة بسيطة لاصق الشريط القائم على أخذ عينات من البندورة وغيرها من المنتجات الطازجة السطوح ، تليها على الشريط مضان التهجين في الموضع (FISH) للكشف عن ثقافة مستقلة السريع لSPP السالمونيلا. ويمكن أيضا أشرطة الخلية مشحونة وضعها وجها لأسفل على أجار انتقائية لالصلبة مرحلة تخصيب اليورانيوم قبل الكشف عنها. بدلا من ذلك ، يمكن إجراء التخصيب المنخفضة حجم السائل (السائل miniculture السطح) على سطح الشريط في غير انتقائي مرق ، تليها الأسماك وتحليلها عن طريق التدفق الخلوي. لتبدأ ، يتم إحضارها معقمة شريط لاصق على اتصال مع المنتجات الطازجة ، يتم تطبيق ضغط لطيف ، وإزالة الشريط ، واستخراج جسديا الميكروبات الموجودة على هذه السطوح. هي التي شنت الأشرطة اللاصقة جانب حتى على الشرائح المجهر والزجاج ، ويتم إصلاح الخلايا عينات مع 10 ٪ من الفورمالين (30 دقيقة) والمجففة الايثانول باستخدام سلسلة متدرجة (50 ، 80 ، و 95 ٪ ؛ 3 دقائق كل التركيز). ورصدت المقبل ، الخلية مشحونة مع الأشرطة العازلة التي تحتوي على السالمونيلا التي تستهدف تحقيق DNA الكوكتيل والمهجنة لمدة 15 -- 30 دقيقة عند درجة حرارة 55 مئوية ، يليه موجز شطف الغسيل في منطقة عازلة لإزالة التحقيق غير منضم. ملتصقة ، يتم counterstained ثم الأسماك المسماة الخلايا التي تحتوي على الحمض النووي صبغ 4 '،6 - diamidino - 2 - phenylindole (دابي) والنتائج يتم عرضها باستخدام المجهر مضان. الصلبة لمرحلة تخصيب اليورانيوم ، وتوضع الخلايا مشحونة الأشرطة وجها لأسفل على سطح آغار انتقائية مناسبة والمحتضنة للسماح للنمو في الموقع من microcolonies السالمونيلا ، تليها الأسماك والمجهري كما هو موضح أعلاه. miniculture عن سطح السائل ، يتم وضع الخلية اتهم الجانب الأشرطة اللاصقة وحتى يتم تطبيق غرفة نضح سيليكون بحيث الشريط وشكل شريحة المجهر الجزء السفلي من الغرفة الضيقة المياه التي في حجم صغير (≤ 500 ميكرولتر) من فول الصويا Trypticase يتم تقديم حساء (TSB). وأغلقت مداخل ومنافذ يتم تحضين الغرف في 35-37 درجة مئوية ، مما يسمح للنمو القائم على التضخيم من الشريط استخراج الميكروبات. التالية الحضانة ، وتفض مدخل الموانئ ، يتم فصل الخلايا ومختلطة مع عودة قوية وpipetting إيابا ، تحصد عن طريق الطرد المركزي والثابتة في 10 ٪ مخزنة محايدة الفورمالين. أخيرا ، يتم تهجين عينات وفحصها عبر التدفق الخلوي للكشف عن وجود السالمونيلا SPP. كما هو موضح هنا ، يمكن لنا "الشريط FISH" نهج تقديم عينات بسيطة وسريعة والكشف عن السالمونيلا على سطح الطماطم. وقد استخدمنا هذا النهج أيضا لأخذ العينات أنواع أخرى من الفواكه والخضروات الطازجة ، بما في ذلك السبانخ والفلفل جالابينو.
Protocol
1. أخذ العينات السطحية مع لاصق معقم
- حدد الشريط لاستخدامها لأخذ العينات. الفطريات المتاحة تجاريا أو كون الشريط ومتماسكا ، و. الأشرطة أخذ العينات ومعقمة ومغلفة خصيصا لسهولة الاستخدام ومع ذلك ، فقد وجدنا أنه يمكن أيضا شفافة (واضحة بصريا) الشريط مكتب عامة يمكن استخدامها.
- استخدام علامة دائمة لرسم المربعات 2 1 سم على الجانب غير لزجة من قطعة 10 سم من شريط لاصق (يمكن استخدام قالب ورقة). هذا سوف يكون بمثابة دليل للمشيرة البصرية التي استخدمت جزء من الشريط لأخذ عينات من سطح الغذاء أو البيئة.
- تشكيل "جيم" على شكل حلقة من الشريط ، مع الجانب زجة يواجه السطح لأخذ عينات. للقيام بذلك ، اضغط نهايات لزجة مع الابهام والاصبع الوسطى والسبابة موقف ضد مربع رسمها على الظهر (غير لزجة الجانب) من الشريط (الشكل 1).
- وضع الشريط على السطح لأخذ عينات واضغط بلطف ملحوظ في المنطقة ضد السطح. من دون الافراج عن حواف الشريط ، استخدم السبابة لضمان أن الجانب زجة من الشريط يأتي في اتصال كامل مع سطح العينة ، وتجنب الفقاعات.
- حتى باستخدام الحركة ، وسحب ببطء بعيدا عن الشريط العينة ، واستخراج جسديا سطح محدد الميكروبات. ربط الشريط الخلية مشحونة ، جنبا لزجة تصل ، على شريحة ميكروسكوب زجاجية باستخدام الشريط عام مكتب شفافة. ضمان التوتر السليم / تمتد من الشريط بحيث يتم إنشاء مسطح ، غير متجعد السطح. وهذا سيساعد على تقليل المشاكل مع تشوه / الشباك من الشريط أثناء التسخين لاحقة خلال التهجين.
2. الصلبة والسائلة مرحلة التخصيب Miniculture بالمتر
- يتم تنفيذ المرحلة الصلبة التخصيب عن طريق وضع الشريط وجها لأسفل على الزيلوز - يسين Tergitol - 4 (XLT - 4) لوحات أجار بحيث يتم وضع عينات الخلايا في اتصال مباشر مع سطح آغار. يتم وضع قالب جزء الاتصال / عينة من الشريط هو التمسك فضفاضة على السطح آغار واحدة من نهاية الشريط إلى الجدار الجانبي للطبق بيتري لتسهيل إزالة سهلة من الشريط من سطح آغار التالية تخصيب اليورانيوم.
- هي مقلوب لوحات (لتجنب التكثيف) وحضنت في 35-37 درجة مئوية للسماح للنمو كاف من SPP السالمونيلا. وطول فترة الحضانة اللازمة لتخصيب الخلايا إلى مستوى يمكن اكتشافها تعتمد على مستويات التلوث الأولي السالمونيلا. وقد لاحظنا من ممتازة تشكيل microcolony قائح الأولية منخفضة بعد تخصيب ح 8.
- بعد فترة التخصيب المطلوب ، افتح لوحة آغار. وسوف تحتفظ الشريط الابتذال في أثناء الحضانة. اضغط برفق الشريط ضد آغار باستخدام السبابة لضمان استرداد أقصى microcolonies شكلت في واجهة الشريط آغار. فهم الشريط من على حافة تعلق على جدار صحن بيتري وإزالته مع حركة بطيئة حتى. تحميل الشريط الخلية مشحونة ، جنبا لزجة تصل ، على شريحة المجهر كما هو موضح في القسم 1.5 أعلاه. انتقل إلى الخطوة "التثبيت والجفاف" أدناه.
- miniculture عن سطح السائل ، وتبدأ إبزيم الشريط المستخدمة لأخذ العينات على شريحة المجهر كما هو موضح في القسم 1.5 أعلاه. المقبل ، تغطية جزء قالب الاتصال / عينة من الشريط مع غرفة سيليكون نضح غير معقمة (Coverwell ، غريس بيو مختبرات ، وشركة) ، وتشكيل غرفة مغلقة السفلي الذي يتألف من الشريط الخلية المشحونة ، التي تواجه صعودا. بحزم ، ولكن بلطف غرفة الصحافة في مكانها لضمان وجود ختم ماء.
- استخدام هلام مرنة تحميل ماصة الحافة ، ونقل ≤ 500 مرق الصويا Trypticase ميكرولتر المتوسطة أو غيرها من تخصيب مناسبة من خلال أحد المنافذ مدخل الغرفة الصغيرة. ختم كل من الموانئ مع مكتب الشريط الشفاف لمنع التبخر واحتضان الشرائح في 35 -37 درجة مئوية حسب الحاجة لتخصيب كافية. على الرغم من ضرورة تنفيذ كافة العمليات وفقا للممارسات أخذ العينات والتعامل معها جيدة ، وليس مطلوبا من العقم الميناء ختم الشريط أو دوائر نضح خلال miniculture سطح السائل. ومزيج من السمك والتدفق الخلوي تمكن من تمييز واضح SPP السالمونيلا. من غير المستهدفة البكتيريا التي قد تكون موجودة ، وأكبر مساهمة غير المستهدفة النباتات من المتوقع أن تأتي من العينة نفسها. انتقل إلى الخطوة "التثبيت والجفاف" أدناه.
3. التثبيت والجفاف
- لأخذ العينات السطحية أو المباشرة لتخصيب المرحلة الصلبة SPP من السالمونيلا. على XLT - 4 آغار ، نفذ على الشريط التثبيت خلية لمدة 30 دقيقة عند درجة حرارة 25 مئوية بحلول مخزنة تغطي منطقة الاتصال مع 500 عينة محايد 10 ٪ ميكرولتر الفورمالين.
- تجاهل تثبيتي في وعاء قابل للغلق (تحت غطاء الكيميائية للحد من التعرض لغضب / السامة بخار).
- يذوى في سلسلة من الايثانول (50 ٪ و 80 ٪ و 95 ٪ و 300 ميكرولتر / 3 دقيقة كل التركيز). انتقل إلى الخطوة "التهجين" أدناه.
- لتثبيت من 500 ميكرولتر السائلة سطح العينة minicultureق ، وتفض غرف التروية ، ويستخدم مرنة غيض ماصة هلام التحميل لاستخراج enrichate. يستخدم pipetting السريع صعودا وهبوطا للمساعدة على ضمان الإزالة الفعلية لأية خلايا الشريط متجهة المتبقية.
- المقبل ، يتم نقل كامل حجم 500 miniculture ميكرولتر لأنبوب microcentrifuge ونسج أسفل في 2000 XG (5 دقائق). يتم تجاهل طاف ، هو vortexed الكرية بقوة من أجل 30-60 ثانية ، ثم معلق في حجم مساو من 10 ٪ محايدة مخزنة الفورمالين. يتم إصلاح الخلايا لمدة 30 دقيقة عند 25 درجة مئوية.
- إزالة المقبل ، ومعلق مثبت العينة في خلية تخزين العازلة ، كما يلي. هو نسج العينة إلى أسفل في 2000 XG (5 دقائق و 25 درجة مئوية) يتم تجاهل طاف ، هو vortexed الكرية بقوة لمدة 30 -- 60 ق ، ومعلق في حجم مساو من 50 ٪ غير التشويه والتحريف الايثانول 50 ٪ الفوسفات مخزنة المالحة. ويمكن تخزين الخلايا ثابتة لأجل غير مسمى (عاما) في -20 درجة مئوية. ملاحظة : عندما يتم تغيير السوائل (على سبيل المثال ، عند إدخال العازلة تثبيتي أو مختلفة) ، فمن المهم أن resuspend بدقة (مع vortexing) وبيليه خلية في جزء ضئيل (~ 10-20 ميكرولتر) من "المنتهية ولايته" نظام السائل . وهذا سيساعد على منع تراكمها وضمان الحصول على تعليق حتى الخلايا الفردية. انتقل إلى الخطوة "التهجين" أدناه.
4. تهجين
- إعداد التهجين / الغسيل العازلة باستخدام التجارية البيولوجيا الجزيئية الصف حلول لوحظ في جدول المواد. تركيزات النهائي المكون العازلة هي كلوريد الصوديوم 0.7 M ، 0.1 M TRIS [8.0 درجة الحموضة] ، 10 ملي EDTA ، 0.1 ٪ كبريتات الصوديوم دوديسيل ، تتكون لحجم النهائي المطلوب مع الجزيئية الصف المياه وتصفيتها باستخدام حقنة 0.22 ميكرون أو تصفية الكأس. يستخدم المخزن نفسه ، من دون إضافة تحقيقات (أنظر أدناه) كمنطقة عازلة الغسيل. سخن التهجين وغسل المخازن إلى 55 درجة مئوية.
- إضافة fluorescently المسمى Sal3 (Nordentoft وآخرون ، 1997 ؛. 5' - AAT TTC ACC CAC TAC GTG - 3 ") وسالم - 63 (Kutter وآخرون ، 2006 ؛. 5' - ACT GAC TCG TTC AGC TCC - 3" ) تحقيقات قليل النوكليوتيد (مواد الجدول) لتهجين محمى العازلة. ويستخدم تركيز التحقيق مجموعه 5 -1 ميكرولتر نانوغرام (على سبيل المثال 2.5 نانوغرام لكل ميكرولتر -1 التحقيق ؛ بيشة وبريم Stecher ، 2009a).
- لمباشرة الى الشريط والعينات الصلبة تخصيب المرحلة ، تراكب الاتصال عينة قالب منطقة الشريط مع 300 ميكرولتر من التهجين العازلة التي تحتوي على مزيج التحقيق ويهجن الشريط محدد الخلايا في رطبة ، وغرفة الحضانة مغلقة تعيين إلى 55 درجة مئوية. إذا تم استخدام حاضنة الاتصال المباشر مثل الشرائح صك الخندق المائي (مواد الجدول) ، وتهجين العينات لمدة 15 دقيقة ويمكن معالجته> 20 الشرائح في وقت واحد. إذا تم استخدام الفرن الدوار التهجين الطراز مثل صك بامبينو (مواد الجدول) ، وتوضع الشرائح في 50 مل من أنابيب البولي بروبلين الطرد المركزي لتهجين ، شريحة واحدة في الأنبوب. لأن نقل الحرارة غير مباشرة ، يتم تهجين هذه العينات لفترات أطول (تصل إلى 30 دقيقة).
- التالية التهجين ، يتم إزالة الشرائح ويتم تجاهل لجنة التحقيق التي تحتوي على العازلة التهجين تراكب. الشرائح ثم يتم إما لفترة وجيزة وتشطف بلطف مع محمى العازلة الغسيل pipetting حجم صغير من المخزن أكثر من شريحة إمالة (3 يشطف من 300 لكل ميكرولتر) ، أو غسلها رسميا (تصل إلى 30 دقيقة) مع أي من تراكب an العازلة أو غسل مسخن الغمر في أنبوب الطرد المركزي البولي بروبلين 50 مل تحتوي على مسخن العازلة الغسيل. في تجربتنا ، على الرغم من أن يغسل الرسمي سيوفر نتائج أفضل (أقل من التحقيق غير منضم الضباب) ، وشطف بسيطة كافية للكشف عن لبس فيه SPP السالمونيلا. المقبل ، والشرائح هي الهواء المجفف قبل ان ينتقل الى الخطوة "الكشف" أدناه.
- يتم تنفيذ التهجين عينات من السائل miniculture أسفل السطح الغزل العينات (طازجة ثابتة أو الاحتفاظ بها في التخزين في المخزن -20 درجة مئوية) لمدة 5 دقائق في XG 2000 ، تليها vortexing قوية من بيليه وإعادة تعليق في 100 ميكرولتر العازلة التي تحتوي على التهجين محمى التحقيق كوكتيل. والمهجنة العينات عند درجة حرارة 55 مئوية لمدة 30 دقيقة على كتلة حرارة أو غيرها من محطة الحضانة المناسبة (مواد الجدول) ، تليها إضافة 500 ميكرولتر العازلة غسل مسخن. كما هو الحال مع عينات الشريط ملزمة ، قد تكون هذه العينات يغسل رسميا لمدة تصل إلى 30 دقيقة مع مزيد من الحضانة عند 55 درجة مئوية في هذا المخزن المؤقت يغسل ، مع vortexing متقطعة. بدلا من ذلك ، قد تكون العينات vortexed جيدا بعد إضافة 500 ميكرولتر العازلة غسل مسخن ، تليها مباشرة الحصاد للتحليل (أدناه).
- في إطار التحضير للكشف عن SPP السالمونيلا. عبر التدفق الخلوي ، يتم نسج عينات السائل miniculture السطح إلى أسفل في 2000 x ج لمدة 5 دقائق ، يتم تجاهل وطاف معلق العينات في درجة حرارة الغرفة 300 ميكرولتر (~ 25 درجة مئوية) في برنامج تلفزيوني. إذا عينات تتطلب النقل إلى منشأة بعيدة ، أو إذا كان يتوقع حدوث تأخير في التهجين بين والتحليل ، قد تكون العينات المبردة أو عقد على الجليد قبل آناتحلل. بدلا من ذلك ، قد يتم نقل العينات الى خلية تخزين العازلة (50:50 خليط من برنامج تلفزيوني والإيثانول المطلق) والذي عقد في -20 درجة مئوية لمدة تصل إلى أسبوع من دون خسائر ملموسة في التحقيق ، تمنح مضان (بيشة وبريم Stecher ، 2009b) .
5. كشف
- على الشريط لكشف SPP السالمونيلا. عبر المجهر مضان ، وoverlayed مباشرة إلى الشريط أو صلبة مع عينات تخصيب المرحلة المتوسطة ميكرولتر 10 ~ H - 1200 Vectashield المتصاعدة التي تحتوي على ملون مباين النووية 4 '،6 - diamidino - 2 - phenylindole (دابي) ، مزودة زلة تغطية ، ثم حضنت في الظلام لمدة 10 دقيقة.
- يوضع زيت الغمر على زلة تغطية ، ويتم فحص العينات باستخدام هدفا النفط عالية التكبير (63x أو 100X). وسجل استخدام فلتر دابي لإحضار العينة إلى التركيز ، ثم يتم تبديل المجهر لمرشح المناسب (أخضر أو أحمر ، اعتمادا على صبغة تستخدم لتحقيقات في نهاية التسمية) والخلايا السالمونيلا بصريا وفقا لمضان بهم (أرقام 2 و 3).
- من أجل الكشف عن عينات من السائل cytometric miniculture السطح ، فلا يجوز استخدام الأدوات المختلفة ، اعتمادا على توافر المحلية. في المختبر ، يتم نقل عينات PBS المتوقفة إلى 5 مل من أنابيب أخذ العينات الجولة أسفل دينار بحريني (فالكون) ودرست باستخدام عداد الكريات تدفق FACSCanto مع الإثارة في 647 نانومتر (مواد الجدول). لعينات اليورانيوم التي تحتوي على أعداد كبيرة من البكتيريا الكلي ، يتم استخدام "معدل التدفق المنخفض" الإعداد (10 دقيقة ميكرولتر -1) ويتم جمع 5،000-50،000 الأحداث. ويتم تحليل البيانات باستخدام برنامج FlowJo (الإصدار 8.8.6 ، شجرة نجمة ، وشركة ، آشلاند ، OR) أو غيرها من برامج التحليل مناسبة (الشكل 4 ، والألواح ألف وباء).
6. ممثل النتائج
الشكل 1. استخدام شريط لاصق لأخذ عينات من SPP السالمونيلا. من على سطح الأرض من الطماطم الملوثة صناعيا.
الشكل 2. واستخدمت نتائج نموذجية لمباشرة الى الشريط أخذ العينات والكشف عن السالمونيلا التيفية الفأرية أسماك ATCC 14028 من سطح الطماطم (100 هدف النفط X). الكوكتيل واثنين من ولاية تكساس التحقيق الأحمر المسمى تحقيقات (Sal3/Salm-63) لتسمية هذه الخلايا.
الشكل 3. من السالمونيلا التيفية الفأرية Microcolonies ATCC 14028 شكلت على سطح آغار يسين Tergitol - 4 (XLT - 4) الزيلوز سكر الخشب بعد 8 ساعات على الشريط التخصيب في 37 درجة مئوية وأخذت عينات أولية من اللقاح السطح من الطماطم الملوثة صناعيا. الصلبة مرحلة تخصيب اليورانيوم يزيد من عدد الخلايا المتاحة للكشف عن ويعزز أيضا الخلوية الرنا الريباسي المحتوى.
الشكل 4. استخدام شريط لاصق لأخذ عينات من س. enterica التيفية الفأرية ضرب مصلي من السطح من الطماطم الملوثة صناعيا ، تليها مباشرة عبر تحليل السمكية والتدفق الخلوي (لوحة أ) أو بعد 5 ح غير انتقائية سطح السائل تخصيب miniculture نضح في غرفة مليئة 500 ميكرولتر Trypticase مرق الصويا (لوحة B ).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
قد أساليب بسيطة وسريعة للكشف عن مسببات الأمراض على السطوح تنتج مساعدة في تخفيف الأمراض المنقولة بالأغذية من خلال تقديم بيانات آنية وقابلة للتنفيذ. وقد استخدمت لاصق طرق أخذ العينات الشريط القائم في مجال الميكروبيولوجيا البيئية والطبية والغذائية منذ عام 1950 وإشراك الملحة "سكوتش" الشريط على غرار على الأسطح لإزالة الكائنات الدقيقة ، ويليه الفحص المجهري المباشر أو نقل الكائنات الدقيقة ملتصقة إلى وسائل الإعلام متينا ل النمو (Barnetson وميلن ، 1973 ؛ ادواردز وهارتمان ، 1952 ؛ Evancho وآخرون ، 2001 ؛. فونغ وآخرون ، 1980 ؛. اكشمانان وشافنير ، 2005 ؛ Langvad ، 1980). ووصف التعديل الأخير مزيج من الشريط القائم على أخذ العينات مع مضان التهجين في الموضع (FISH) لتحليل ثقافة مستقلة عن الكائنات الحية الدقيقة استعمار سطوح النصب الحجرية (لا Cono Urzì & C. ، 2003). لقد طبقنا نهجا مماثلا لأخذ العينات والكشف السريع من السالمونيلا موجودة على المنتجات الطازجة ، بما في ذلك السبانخ والطماطم والفلفل جالابينو (بيشة وبريم Stecher ، 2009a). ويمكن استخدام شريط لاصق لإزالة الخلايا من عينات من هذه الأطعمة ويمكن بعد ذلك معالجة للأسماك وينظر عبر المجهر مضان. في هذه الطريقة ، يمكن الكشف عن عدد قليل من السالمونيلا 10 3 سم CFU -2 (الحد من الكشف عن أساليب الفحص المجهري على أساس) على المنتجات الطازجة في غضون ~ 1،5-2 ساعة. بدلا من ذلك ، يمكن إجراء قصيرة (8 ح) التخصيب المرحلة الصلبة عن طريق وضع وجهه الشريط الخلية مشحونة باستمرار على أجار انتقائية ، وأدى الكشف عنها بواسطة microcolonies الأسماك. التي تتراكب الشريط مع وسائل الاعلام ≤ 500 ميكرولتر السائل ، يمكن فصل الشريط عينات الخلايا السالمونيلا ومباشرة بعد الكشف عن الأسماك باستخدام التدفق الخلوي (الشكل رقم 4 ، لوحة أ). حضانة قصيرة (~ 5 ح) من هذه minicultures سائل غير انتقائي يسمح تخصيب كبيرة من البكتيريا ، مع الكشف عن خلايا السالمونيلا بسهولة في خليط معقد من الخلايا المستهدفة وغير المستهدفة بعد FISH (الشكل رقم 4 ، لوحة باء). جماعيا ، نتائجنا تظهر أن هذا النهج يوفر طريقة جديدة لعرض واستخراج وتحديد البكتيريا محددة موجودة على الطماطم (البندورة) وغيرها من المنتجات الطازجة. على الرغم من أننا قد وصفت استخدام الحمض النووي على أساس تحقيقات هنا ، فمن المحتمل أن هذا النهج يمكن أيضا أن توسع لتشمل كيمياء التحقيق البديلة ، مثل الأحماض النووية الببتيد (PNAS) ، الذي السالمونيلا محددة تحقيقات كما وصفت (الميدا وآخرون ، 2010).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
الإعلان عن أي تضارب في المصالح.
Acknowledgments
تم توفير التمويل لهذا العمل من قبل على جائزة ولاية ايوا صندوق القيم ينمو لBFBS.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Fungi-Tape sampling tape | Scientific Device Laboratory | 745 | http://www.scientificdevice.com/ |
| Con-Tact-It sampling tape | Birko Corporation, Denver, CO | http://www.birkocorp.com/ | |
| Clear office tape, generic | Various | Should be optically clear, have low intrinsic fluorescence | |
| Food surface | Local Grocery Store | Tomat–s (red tomat–s on the vine, not waxed or oiled) used here | |
| Trypticase Soy Broth | Difco Laboratories | 211768 | For non-selective liquid surface miniculture enrichment |
| Xylose-lysine-Tergitol 4 agar base | Difco Laboratories | 223420 | For Salmonella-selective agar (XLT-4) |
| Xylose-lysine-Tergitol 4 agar supplement | Difco Laboratories | 235310 | For Salmonella-selective agar (XLT-4) |
| Formalin solution | Sigma-Aldrich | HT5011 | 10% solution, neutral, buffered (cell fixative) |
| Absolute ethanol | Sigma-Aldrich | E7023 | Molecular biology grade (pre-hybridization dehydration) |
| 1.5 ml microcentrifuge tubes | Various | RNase- and DNase-free | |
| Microscope slides and cover slips | Thermo Fisher Scientific, Inc. | ||
| NaCl solution | Sigma-Aldrich | S5150 | Molecular biology grade, 5M solution (hybridization buffer component) |
| Tris-EDTA buffer solution (100X concentrate) | Sigma-Aldrich | T9285 | 1M Tris [pH 8.0], 0.1M EDTA (hybridization buffer component) |
| Sodium dodecyl sulfate solution | Sigma-Aldrich | L4522 | 10% solution in 18 megohm water (hybridization buffer component) |
| Sal3 and Salm-63 oligonucleotide probes | Integrated DNA Technologies | 5’-labeled with 6-carboxyfluorescein (FAM) or Texas Red (for microscopy) or Cy5 (for cytometry), HPLC-purified | |
| Variable speed microcentrifuge | Various | Use rotor diameter to calculate RPM needed for RCF values described in protocol | |
| CoverWell perfusion chamber | Grace Bio-Lab Inc. | PC1R-2.0 | Non-sterile |
| Gel loading pipette tips (FS MultiFlex) | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 05-408-151 | Long, thin tips for easy access to small sampling ports and maneuverability within chamber |
| Aluminum heat block or precision-controlled heating station | Various | Eppendorf Thermomixer R dry block heating and cooling shaker used here | |
| Bambino mini hybridization oven | Boekel Scientific | Model 230300 | Slides are placed in 50 ml polypropylene centrifuge tubes for hybridization, heat transfer not direct |
| Slide Moat slide hybridizer | Boekel Scientific | Model 240000 | Provides rapid, direct transmission of heat through glass slide |
| Vectashield H-1200 mounting medium with 4’,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) | Vector Laboratories | H-1200 | Minimizes quenching of fluorescence during microscopy, provides DAPI counterstain |
| Fluorescence microscope | Various | Leitz Laborlux S used here | |
| Digital camera | Various | Canon PowerShot A640 camera used here | |
| Image acquisition software | Various | Axiovision software v. 4.6 (Carl Zeiss) used | |
| Adobe Photoshop | Adobe | For minimal processing of images (overlay of images taken in different channels) | |
| Flow cytometer | Various | FACSCanto flow cytometer (BD Biosciences, San Jose, CA) with red (647 nm) excitation used | |
| Flow cytometry analysis software | Various | FlowJo software v. 8.7.1 (Tree Star, Inc.) used |
References
- Almeida, C., Azevedo, N. F., Fernandes, R. M., Keevil, C. W., Vieira, M. J. Fluorescence in situ hybridization method using a peptide nucleic acid probe for the identification of Salmonella spp. in a broad spectrum of samples. Appl. Environ. Microbiol. 76, 4476-4485 (2010).
- Barnetson, R. S., Milne, L. J. R. Skin sampling for Candida with adhesive tape. Br. J. Dermatol. 88, 487-491 (1973).
- Bisha, B., Brehm-Stecher, B. F. Simple adhesive-tape-based sampling of tomato surfaces combined with rapid fluorescence in situ hybridization for Salmonella detection. Appl. Environ. Microbiol. 75, 1450-1455 Forthcoming.
- Bisha, B., Brehm-Stecher, B. F. Flow-through imaging cytometry for characterization of Salmonella subpopulations in alfalfa sprouts, a microbiologically complex food system. Biotechnol. J. 4, 880-887 (2009).
- Edwards, R. W., Hartman, E. A simple technique for collecting fungus specimens from infected surfaces. Lloydia. 15, 39-39 (1952).
- Evancho, G. M., Sveum, W. H., Moberg, L. J., Frank, J. F. Microbiological monitoring of the food processing environment. Compendium of Methods for the Microbiological Examination of Foods. Pouch Downes, F., Ito, K. , 4th edition, American Public Health Association. Washington, D.C. (2001).
- Fung, D. Y. C., Lee, C. Y., Kastner, C. L. Adhesive tape method for estimating microbial load on meat surfaces. J. Food. Prot. 43, 295-297 (1980).
- Kutter, S., Hartmann, A., Schmid, M. Colonization of barley (Hordeum vulgare) with Salmonella enterica and Listeria spp. FEMS Microbiol. Ecol. 56, 262-271 (2006).
- La Cono, V., Urz, C. Fluorescent in situ hybridization applied on samples taken with adhesive tape strips. J. Microbiol. Meth. 55, 65-71 (2003).
- Lakshmanan, C., Schaffner, D. W. Understanding and controlling microbiological contamination of beverage dispensers in university foodservice operations. Food Prot. Trends. 26, 27-31 (2005).
- Langvad, F. A simple and rapid method for qualitative and quantitative study of the fungal flora of leaves. Can. J. Microbiol. 26, 666-670 (1980).
- Nordentoft, S., Christensen, H., Wegener, H. C. Evaluation of a fluorescence-labelled oligonucleotide probe targeting 23S rRNA for in situ detection of Salmonella serovars in paraffin-embedded tissue sections and their rapid identification in bacterial smears. J. Clin. Microbiol. 35, 2642-2648 (1997).
