De ITS2 Database is een werkbank voor fylogenetische gevolgtrekking tegelijkertijd overweegt volgorde en de secundaire structuur van het inwendige overgeschreven afstands 2. Dit omvat het verzamelen van gegevens met de juiste annotatie, structuur voorspelling, multiple sequence alignment-structuur en snelle boom berekening. In een notendop is dit werkbank vereenvoudigt de eerste fylogenetische analyses om een paar klikken.
De inwendige overgeschreven afstands 2 (ITS2) werd gebruikt als een fylogenetische marker voor meer dan twee jaar. Als ITS2 onderzoek voornamelijk gericht op de zeer variabel ITS2 volgorde, dan beperkt deze markering aan low-level phylogenetics alleen. De combinatie van de ITS2 sequentie en de sterk geconserveerd secundaire structuur verbetert de resolutie fylogenetische 1 en kan op verschillende fylogenetische conclusie taxonomisch rijen, waaronder soorten begrenzing 2-8.
De ITS2 Database 9 vormt een complete dataset van inwendige overgeschreven afstands twee sequenties uit NCBI GenBank 11 nauwkeurig reannotated 10. Naar aanleiding van een aantekening van het profiel van Hidden Markov Models (HMMs), wordt de secundaire structuur van elke sequentie voorspeld. Eerst wordt getest of een minimaal energieverbruik gebaseerd vouw 12 (direct voudig) resulteert in een juiste, vier helixconformatie. Indien dit niet het geval de constructievoorspeld door homologie modellen 13. In homologie modellering, een reeds bekende secundaire structuur wordt overgedragen aan een andere ITS2 reeks, waarvan de secundaire structuur was niet in staat om correct te vouwen in een directe vouw.
De ITS2 Database is niet alleen een database voor de opslag en het terugvinden van ITS2 sequentie-structuren. Het biedt ook een aantal tools om het verwerken van uw eigen ITS2 sequenties, inclusief annotatie, structurele voorspelling, motief detectie en BLAST 14 zoekresultaten op de gecombineerde sequentie-structuur informatie. Bovendien integreert het gesneden versies van 4SALE 15,16 en ProfDistS 17 voor meervoudige sequentie-structuur alignment berekening en Neighbor Deelnemen aan 18 boom wederopbouw. Samen vormen ze een coherente analyse pijpleiding van een eerste reeks van sequenties van een fylogenie op basis van volgorde en secundaire structuur.
In een notendop is dit werkbank vereenvoudigt de eerste fylogenetische analyses alleeneen paar muisklikken, terwijl bovendien het verstrekken van hulpmiddelen en gegevens voor uitgebreide grootschalige analyses.
De ITS2 Database is een complete en volledig functionele werkbank voor de inwendige overgeschreven afstands 2 sequentie-structure-based phylogenetics. De website kan heel snel en intuïtief te bedienen. Terwijl andere web-based fylogenie werkbanken, zoals ARB 20 of Mobyle 21 zijn alleen in staat om te werken aan sequentie en / of consensus structuur van informatie, het ITS2 Database 9 beschouwt sequenties en individuele secundaire structuren voor elk taxon tegelijk. Echter, als gevolg van beperkingen in de rekencapaciteit van de webserver, is het sterk aanbevolen om de stand-alone tools te gebruiken voor meerdere uitlijning en Neighbor Deelnemen aan 18 berekening, 4SALE 15,16 en ProfDistS 17, respectievelijk voor grote datasets. Naast de basis ITS2 sequentie-structuur fylogenie workflow 5, deze tools zijn voorzien van een aantal extra functies, zoals het berekenen van bootstrap repliceert, Profiel Neighbor Deelnemen aan (PNJ) 19 of species afbakening op basis van compenserende basis veranderingen (CBCS) 8. Ze zijn toegankelijk via de "Over deze website" – "Tools" voor download en gedetailleerde informatie. Om 4SALE en ProfDistS gebruiken, is het noodzakelijk brengen altijd bestanden naar het juiste formaat. Een taxon dat monsters worden verwerkt door 4SALE moet het einde. FASTA of. Txt, terwijl de sequentie-structuur alignment als input voor ProfDistS moet eindigen met. Xfasta.
We zijn momenteel de uitvoering van alternatieve methoden voor fylogenetische boom wederopbouw in de ITS2 database en in de gerelateerde tools. Zo zal methoden, zoals sequentie-structuur op basis van Maximum Parsimony 22 en / of Maximum Likelihood 23 toegankelijk zijn in de toekomst.
The authors have nothing to disclose.
Wij van harte bedanken de ITS2 groep, Biocenter, Universiteit van Würzburg, voor rijke en waardevolle feedback. We danken ook de Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, subsidie Mu-2831/1-1) voor de financiering.
Name of the reagent | Company | Comments |
Internet access | Preferably high-speed | |
ITS2 Database9 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Website: http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de |
Software: 4SALE15,16 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |
Software: ProfDistS17 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |