1. ביאור הנכון של רצף ITS2 גישה למסד הנתונים ITS2 תולדות הגזע שולחן העבודה כאן: http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de מתחילים את הניתוח שלך על ידי לחיצה על "הוסף הערות" סמל בסעיף "הגדרות". לאחר מכן, להקליד או להדביק רצף לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. עורך רצף בודק באופן אוטומטי, בין רצפי ITS2 שלך הם חוקיים. בחר דגם הממ מתאים רצפים שלך (למשל Viridiplantae לצמחים). התחל את התהליך על ידי לחיצה על "הוסף הערות." ידי מרחפת על הסמל "להכליא" אתה יכול לראות תמונה של 5.8S ו 28S rRNA היברידית כאישור של דיוק ביאור של הממ. לחץ על ירוק בתוספת סימן רצף ITS2 שנוצר כדי לבחור בדרך של חיזוי מבנה משני: כדי לחזות את המבנה ללא templat ידועדואר, לחץ על "לחזות המבנה." אם ברצונך להשתמש בתבנית משלך עבור מודלים הומולוגיה, לחץ על "מבנה דגם." 2. חיזוי מבנה שניוני לחזות רצף ITS2 המבואר מודבק באופן אוטומטי לתוך עורך את הרצף. כדי להתחיל את התחזית מבנה משני עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על "לחזות מבנים" כפתור. שמור את רצף ITS2 וכתוצאה מכך לרבות המבנה המשני הדמיית לבריכה הנתונים על ידי לחיצה על סימן ירוק בתוספת ולאחר מכן "הוסף לבריכה." לחלופין, ניתן להוסיף אותו למאגר הנתונים שלך באמצעות גרירה ושחרור (איור 1). אם הרצף לא יכול לקפל ישירות, התוצאות הטובות ביותר של מודלים הומולוגיה מוצגים. שמור את המתאים ביותר רצף המבנה באמצעות גרור ושחרר למאגר הנתונים. לחלופין, שמור את רצף המבנה לתוך הבריכה נתונים בלחיצת כפתור הימני ולאחר מכן לחצו על "הוסף לבריכה." התאמה אישית דוגמנות הקלד או הדבק אחד או מספר רב של תבניות (עם מבנה ידוע) לתוך עורך את רצף העליון. הקלד או הדבק אחד או מספר היעד רצפים (ללא מבנה) לתוך עורך את רצף נמוכים יותר. לחץ על "תבנית הטובה ביותר לחזות (ים)" להתחיל דוגמנות הומולוגיה עם הגדרות ברירת המחדל. הטובים ביותר תבנית היעד שילובים מוצגים ברשימה הנוצרת. שמור עיצבו רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי קליק ימין לחצו על "הוסף לבריכה." 3. מוטיב חיפוש להקליד או להדביק רצף השאילתה (ים) לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. בחר את דגם הממ נכונה (למשל Viridiplantae לצמחים). 3.3. לחץ על "חיפוש מוטיב" כדי להתחיל את התהליך. ITS2 רצפים עם מוטיבים הן מודגשות illustraטד בחלק התחתון של האתר. לחץ על הסמל ליד הכותרת ברצף כדי להציג את המוטיבים מודגשים במבנה משני. 4. חיפוש ועיון ב חיפוש סוג או שם taxon או מזהה GenBank (GI) בשדה החיפוש בחלק העליון של האתר. חיפוש לפי שם taxon נתמך על ידי תיבת החיפוש מופיעה לייב. ניתן לבצע חיפוש מרובים באמצעות פסיק, המפריד בין השאילתות שלך. לחץ על "חיפוש" על מנת לבצע את החיפוש. התוצאות מופיעות ברשימה בכרטיסיה חדשה. לחץ על שם העמודה כדי למיין את התוצאות לפי עמודה מסוימת. אתה יכול גם להוסיף או להסיר עמודות על פי בחירתך עם תפריט העמודה. תפריט עמוד ניתן להזין בלחיצה על סמל החץ המופיע בתוך שם העמודה. לחץ על "הצג פרטים" כדי להציג את הפרטים של מבנה רצף. </ Li> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על "הוספת לבריכה." כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על "שמור בחירה" או "שמור הכל." לדפדף עיון במאגר ITS2 ידי ניווט באמצעות מבנה עץ דמוי בצד שמאל של האתר. לחץ על סימן פלוס להציג מינים 1 לרמה נמוכה יותר. לחץ על שם taxon כדי לפתוח כרטיסייה חדשה המכילה כל רצף המבנה של taxon. לחץ על "הצג פרטים" כדי להציג את הפרטים של זוג רצף המבנה. שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על "הוספת לבריכה." כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על "שמור בחירה" או "שמור הכל." 5. ITS2 הפיצוץ הקלד או הדבק רצפים בשאילתה אחת או יותר לתוך עורך את הרצף. רצפים שלך יכולים להיות רצפי נוקליאוטידים רגיל או רצף, מבנה בזוגות. ניתן גם להקליד מספר מבנים משניים מתחת רצף אחד. על ידי סימון התיבה "מסדר אלמנטים רצפים XXFASTA" מבנים אלה משמשים לאחר מכן כמו שאילתות בודדים. כדי להתחיל תפציץ עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על "פיצוץ". בהתאם לאופי של השאילתה שלך, או BLASTN משותפת או ITS2 רצף המבנה תפציץ מתבצע. כרטיסיית המשנה נפתח עבור כל רצף שאילתה בתוך המופיעים טאב "תוצאות הפיצוץ", כמו גם סקירה של החיפושים שבוצעו. לחץ על "יישור הצג" כדי להציג את יישור הפיצוץ מחושבים. שמור את המכות הפיצוץ על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על "הוספת לבריכה." כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על הבחירה שמור ""או" שמור הכל. " 6. יישור מרובות רצף המבנה תסתכל על הבריכה הנתונים שלך על ידי לחיצה על "ניהול מערך נתונים" ואז סמל זכוכית המגדלת ממש ליד מספר רצפים בבריכה שלך. לחלופין, ניתן ללחוץ על סימן נתונים בריכה בפינה השמאלית התחתונה של האתר. לחץ על זוג רצף המבנה בבריכה הנתונים כדי להציג את פרטיו. כדי ליצור מספר רב של יישור רצף המבנה של כל רצף מבנה זוגות בבריכה, לחץ על "בסיס הנתונים נתח" ואז "רצף & מבנה." עכשיו אתם מתבקשים לבחור את מצב גרפי של יישור שלך. אם יישור שלך מכיל רק כמה רצפים, לדחות את מצב הדק על ידי לחיצה על "לא" אחרת לבחור את מצב הגרפיקה רזה על ידי לחיצה על "כן." בעוד כמה רגעים, יישור שלך מוצג בכרטיסיה חדשה (איור 2). יתר על כן, הוא נשמר באופן אוטומטי למאגר הנתונים. כדי לשמור אתיישור לקובץ חיצוני, לחץ על "יישור שמור". 7. עץ פילוגנטי כדי לחשב שכן רצף המבנה מבוסס הצטרפות עץ יישור מרובות, לחץ על "בסיס הנתונים נתח" ואז "שכן ההצטרפות." עץ וכתוצאה מכך באה לידי ביטוי בכרטיסיה חדשה (איור 3). סולם העץ שלך בחופשיות עם פס גלילה "עץ זום". Reroot שלך העץ על ידי לחיצה על הצומת או עלה של עץ ואז "Reroot בצומת זה." אם אתה רוצה להסיר taxon ממאגר הנתונים שלך, לחץ על עלה ובחר "הסרה של node זה לבריכה." עכשיו אתה יכול לחשב מחדש יישור שלך עץ עם הדגימה taxon מופחת. לחץ על "עץ שמור" כדי לשמור עץ פילוגנטי שלך כתוצאה הסופית של הניתוח שלך לקובץ NEWICK חיצוני. 8. תוכנה נוספת לחץ על "אתר זה אודות" – "כלי" כדי למצוא נוספת להודיעation על 4SALE כלי עצמאי ו ProfDistS. לצד יישור ותפקוד שכן ההצטרפות שמספקת ממשק מסד נתונים ITS2 האינטרנט, עכשיו אתה יכול לגשת פונקציות חדשות שונות, למשל תיחום המינים המבוססת על שינויים בסיס פיצוי (CBCs). 9. נציג תוצאות העבודה כמתואר לעיל בהצלחה הוחל במספר סקרים גישה פתוחות 3,4. דוגמאות ניתן לראות דרך הקישורים הבאים: http://www.plosone.org/article/info% 3Adoi% 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931 http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320 אלה מחקרים בקנה מידה גדול, היינו יכולים לפתור את תולדות הגזע של Chlorophyta וכן Hypnales (Bryophyta) Wברזולוציה גבוהה ith. בשני המקרים, הדגימה taxon ממצה נאסף מתוך מסד נתונים ITS2 9, מיושר אוטומטית עם 4SALE 15,16 ומעובד ולבסוף ידי ProfDistS 17 לתוך עץ פילוגנטי. בכל השלבים הללו, רצף ומידע המבנה שימשו בעת ובעונה אחת. תמיכה bootstrap על עמוד השדרה פילוגנטי הושגה באמצעות שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19, אשר זמין בגירסה עצמאית של ProfDistS. עבור קבוצה קטנה יותר של רצף, מבנה זוגות, דמויות 1 עד 3 מתארים את השלבים העיקריים של זרימת עבודה זו אוטומטי 5 ישירות על שולחן העבודה ITS2 חדש מסד נתונים: הדגימה taxon, יישור מספר רצף המבנה, ובסופו של דבר את החישוב עץ פילוגנטי. באיור 1. הדגימה Taxon לכל גרירה ושחרור. בכל רצפים זמן או רצף structur זוגות אלקטרוני ניתן להוסיף למאגר הנתונים, למשל באמצעות גרירה ושחרור. כאן רצף, מבנה נוסף באמצעות גרור ושחרר לאחר חיזוי המבנה המשני. האליפסה הכחולה מסמנת את המקום בו רצף המבנה הוא ירד אל תוך בריכת נתונים. לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה. איור 2. יישור מרובות רצף המבנה במצב גרפי מלא. במשך כמה רצפים במאגר הנתונים, מצב גרפי מלא נבחר. בסיסים הם בצבע, זוגות בסיסים יכולים להיות מודגשים עם עיגולים אדומים על ידי לחיצה על בסיס אחד או סוגר צמד הבסיס. לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה. "Alt =" 3.jpg איור 3 "/> 3. איור רצף המבנה שכן ההצטרפות עץ. עץ מדרגי בחופשיות מחושב של יישור 7 מינים מרובים רצף המבנה ניתן לשמור בפורמט NEWICK.