ITS2 데이터베이스는 phylogenetic의 추론을 동시에 고려하여 시퀀스 및 내부 베꼈는데 스페이서 2 차 구조를위한 작업대입니다. 이것은 정확한 주석, 구조 예측, 다중 시퀀스 구조의 정렬 및 빠른 나무 계산과 데이터 수집을 포함한다. 간단히 말해서,이 작업대는 몇 번의 클릭 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화합니다.
내부 베꼈는데 스페이서 2 (ITS2)은 두 개 이상의 수십 년 동안 phylogenetic 표지로 사용되었습니다. ITS2 연구는 주로 매우 가변 ITS2 시퀀스에 초점로서, 그것은 단지 낮은 수준의 phylogenetics이 마커를 감금. 그러나 ITS2 순서와 고도 보존 이차 구조의 조합은 phylogenetic 해상도 1을 개선하고 종의 한계 2-8 포함한 여러 taxonomic 순위,에서 phylogenetic의 추론이 가능합니다.
ITS2 데이터베이스 9 정확 reannotated NCBI GenBank 11 10에서 내부 베꼈는데 스페이서 두 시퀀스의 완전한 세트를 제공합니다. 프로필 숨겨진 마르코프 모델 (HMMs)에 의해 주석에 이어, 각 시퀀스의 이차 구조를 예측하고 있습니다. 첫째, 그것은 배 12 (직통 배) 기준으로 최소 에너지 결과 여부 올바른 넷 나선형의 형태로 테스트됩니다. 이런 경우가 아닌 경우, 구조는상동 모델링 13으로 예측했다. 상동 모델링에서 이미 알려진 이차 구조가 다른 ITS2 시퀀스로 전송되며, 누구의 이차 구조는 직접적인 배에서 제대로 접을 수 없습니다.
ITS2 데이터베이스 스토리지 데이터베이스와 ITS2 순서 – 구조의 검색뿐만 아니라이다. 그것은 또한 주석, 구조 예측, 모티프 감지 및 통합 시퀀스 구조 정보에 대한 BLAST 검색을 포함하여 14 자신 ITS2 시퀀스를 처리하는 여러 가지 도구를 제공합니다. 또한, 그것은 4SALE 15,16의 손질 버전을 통합하여 18 나무 재건 가입 다중 시퀀스 구조 정렬 계산과 이웃을위한 17 ProfDistS. 이들은 순서와 이차 구조를 기반으로 phylogeny에 대한 시퀀스의 초기 설정에서 일관된 분석 파이프라인을 형성하고 있습니다.
간단히 말해서,이 작업대는 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화몇 마우스 클릭, 추가 도구 및 포괄적인 대규모 분석을위한 데이터를 제공함과 동시에.
ITS2 데이터베이스 내부 베꼈는데 스페이서 두 시퀀스 구조 기반 phylogenetics에 대한 완전하고 완벽하게 작동 작업대입니다. 웹사이트는 매우 빠르고 직관적으로 운영하실 수 있습니다. ARB 20 Mobyle 21과 같은 다른 웹 기반 phylogeny의 workbenches만이 시퀀스 및 / 또는 합의 구조 정보에서 일할 수 있지만, ITS2 데이터베이스 9 동시에 각 taxon위한 시퀀스 및 개별 이차 구조를 고려합니다. 그러나, 웹 서버의 전산 용량의 제한으로 인해, 그것은 매우 큰 데이터 세트에 대해 각각 4SALE 15,16 및 ProfDistS 17, 18 계산을 가입 다중 정렬과 이웃에 대한 독립 실행형 도구를 사용하는 것이 좋습니다. 부트 스트랩을 계산하는 것은 복제 같은 기본적인 ITS2 시퀀스 구조의 phylogeny 워크플로 5 게다가, 이러한 도구는 프로필 이웃이 (PNJ) 19 또는 정화 가입, 몇 가지 추가 기능을 특징으로님의 한계는 보상 기준 변경 (CBCs) 8에 기초. 다운로드 및 자세한 정보를위한 "도구"섹션 – 그들은 "이 웹사이트에 관하여"를 통해 액세스할 수 있습니다. 4SALE 및 ProfDistS을 사용하기 위해서는 항상 파일이 올바른 형식으로 가져는 것이 필요합니다. 4SALE에 의해 처리될 샘플링 taxon는 결말이 있어야합니다. fasta 또는. TXT, ProfDistS에 대한 입력으로 시퀀스 구조 정렬 반면. xfasta로 끝나야합니다.
현재 ITS2 데이터베이스뿐만 아니라 관련 도구에서 phylogenetic 트리 재구성을위한 대체 방법을 구현하고 있습니다. 따라서, 시퀀스 구조 기반의 최대 간결 22 및 / 또는 최대 가능성 23과 같은 방법은 미래에 액세스할 수 있습니다.
The authors have nothing to disclose.
우리는 진심으로 풍부하고 소중한 의견 ITS2 그룹 Biocenter, 뷔르츠부르크 대학에 감사드립니다. 자금 조달을 위해, 우리는 또한 독일 Forschungsgemeinschaft (교부금 Mu-2831/1-1 DFG)에 감사드립니다.
Name of the reagent | Company | Comments |
Internet access | Preferably high-speed | |
ITS2 Database9 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Website: http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de |
Software: 4SALE15,16 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |
Software: ProfDistS17 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |