ITS2 धन्यवाद
Summary
ITS2 धन्यवाद वंशावली अनुमान एक साथ विचार अनुक्रम और आंतरिक लिखित 2 स्पेसर की माध्यमिक संरचना के लिए एक कार्यक्षेत्र है. यह सही एनोटेशन, संरचना भविष्यवाणी, एकाधिक अनुक्रम संरचना संरेखण और तेजी से पेड़ गणना के साथ डेटा संग्रह में शामिल हैं. संक्षेप में, इस कार्यक्षेत्र कुछ ही क्लिक करने के लिए पहली वंशावली विश्लेषण सरल है.
Abstract
आंतरिक लिखित 2 स्पेसर (ITS2) के अधिक से अधिक दो दशकों के लिए किया गया है एक वंशावली मार्कर के रूप में इस्तेमाल किया. ITS2 अनुसंधान के रूप में मुख्य रूप से बहुत चर ITS2 के दृश्य पर ध्यान केंद्रित, यह केवल निम्न स्तर phylogenetics इस मार्कर सीमित है. हालांकि, ITS2 अनुक्रम और अपने अत्यधिक संरक्षित माध्यमिक संरचना के संयोजन वंशावली 1 संकल्प में सुधार और प्रजातियों 2-8 परिसीमन सहित कई वर्गीकरण रैंक, वंशावली निष्कर्ष की अनुमति देता है.
ITS2 9 डेटाबेस NCBI 11 GenBank सही reannotated 10 से आंतरिक लिखित स्पेसर दो दृश्यों की संपूर्ण डाटासेट प्रस्तुत करता है. प्रोफ़ाइल हिडन मार्कोव मॉडल (HMMs) द्वारा एक टिप्पणी के बाद, प्रत्येक अनुक्रम के माध्यमिक संरचना की भविष्यवाणी की है. सबसे पहले, यह है कि एक न्यूनतम ऊर्जा आधारित गुना 12 (प्रत्यक्ष गुना) के परिणाम सही, चार हेलिक्स रचना में परीक्षण किया है. यदि यह मामला नहीं है, संरचना हैअनुरूपता 13 मॉडलिंग ने भविष्यवाणी की है. अनुरूपता मॉडलिंग में, एक पहले से ही ज्ञात माध्यमिक संरचना अन्य ITS2 अनुक्रम करने के लिए स्थानांतरित कर रहा है, जिसका माध्यमिक संरचना एक प्रत्यक्ष गुना में सही ढंग से गुना में सक्षम नहीं था.
ITS2 धन्यवाद न केवल भंडारण और ITS2 – अनुक्रम संरचनाओं की बहाली के लिए एक डेटाबेस है. यह भी कई उपकरण प्रदान करने के लिए एनोटेशन, संरचनात्मक भविष्यवाणी, आकृति का पता लगाने और ब्लास्ट संयुक्त जानकारी अनुक्रम संरचना पर 14 खोज सहित खुद ITS2 दृश्यों, प्रक्रिया. इसके अलावा, यह से 15,16 4SALE छंटनी संस्करणों को एकीकृत करता है और कई संरेखण अनुक्रम संरचना गणना और पड़ोसी 18 पेड़ पुनर्निर्माण में शामिल होने के लिए 17 ProfDistS. साथ में वे दृश्यों का एक आरंभिक सेट से एक सुसंगत विश्लेषण एक अनुक्रम और माध्यमिक संरचना के आधार पर फाइलोजेनी पाइपलाइन के रूप में.
संक्षेप में, इस कार्यक्षेत्र केवल पहली वंशावली विश्लेषण सरलकुछ माउस क्लिक करता है, जबकि अतिरिक्त उपकरणों और व्यापक बड़े पैमाने पर विश्लेषण के लिए डेटा प्रदान.
Protocol
Discussion
ITS2 धन्यवाद आंतरिक लिखित स्पेसर 2 अनुक्रम संरचना आधारित phylogenetics के लिए एक पूर्ण और पूरी तरह कार्यात्मक कार्यक्षेत्र है. वेबसाइट बहुत तेजी से और intuitively से संचालित किया जा सकता है. जबकि अन्य वेब आधारित फाइलोजेनी workbenches 20 एआरबी या Mobyle 21 की तरह केवल अनुक्रम और / या आम सहमति संरचना जानकारी पर काम कर रहे हैं, ITS2 9 डाटाबेस प्रत्येक टैक्सोन के लिए और दृश्यों व्यक्तिगत माध्यमिक संरचनाओं के साथ ही समझता है. हालांकि, वेब सर्वर के कम्प्यूटेशनल क्षमता में सीमाओं के कारण, यह अत्यधिक कई संरेखण और 18 गणना में शामिल 15,16 4SALE और ProfDistS 17, क्रमशः बड़े डेटासेट लिए, पड़ोसी के लिए खड़े अकेले उपकरण का उपयोग की सिफारिश की है. बुनियादी ITS2 अनुक्रम संरचना फाइलोजेनी 5 वर्कफ़्लो के अलावा, इन उपकरणों के कई अतिरिक्त कार्यों की सुविधा, जैसे गणना बूटस्ट्रैप प्रतिकृति, प्रोफाइल पड़ोसी (PNJ) 19 या नकदी में शामिल होनेहै परिसीमन प्रतिपूरक आधार परिवर्तन 8 (CBCS) पर आधारित. "उपकरण" डाउनलोड और विस्तृत जानकारी के लिए खंड – वे "इस वेबसाइट के बारे में" के माध्यम से पहुँचा जा सकता है. को 4SALE और ProfDistS उपयोग करने के लिए, यह आवश्यक है हमेशा सही प्रारूप में फाइलों को लाने के लिए. एक नमूना टैक्सोन को 4SALE द्वारा संसाधित किया जा समाप्त fasta या. Txt का समर्थन करता है, संरेखण ProfDistS के लिए एक निवेश के रूप में अनुक्रम संरचना जबकि xfasta. के साथ समाप्त होना चाहिए. चाहिए.
वर्तमान में हम ITS2 डेटाबेस में के रूप में के रूप में अच्छी तरह से संबंधित उपकरणों में वंशावली पेड़ के पुनर्निर्माण के लिए वैकल्पिक तरीकों को लागू कर रहे हैं. इस प्रकार, जैसे अनुक्रम संरचना के आधार पर अधिकतम 22 कृपणता और / या अधिकतम 23 संभावना तरीकों भविष्य में सुलभ हो जाएगा.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
हम cordially समूह ITS2, में Biocenter, विश्वविद्यालय वुर्जबर्ग, अमीर और बहुमूल्य राय के लिए धन्यवाद. वित्त पोषण के लिए, हम भी ड्यूश Forschungsgemeinschaft (अनुदान Mu-2831/1-1 DFG) धन्यवाद.
Materials
| Name of the reagent | Company | Comments |
| Internet access | Preferably high-speed | |
| ITS2 Database9 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Website: http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de |
| Software: 4SALE15,16 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |
| Software: ProfDistS17 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |
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