Den ITS2 Database är en arbetsbänk för fylogenetisk inferens samtidig hänsyn sekvens och sekundär struktur av den interna transkriberade spacer 2. Detta inkluderar datainsamling med korrekt annotation, struktur prediktion, multipel sekvens-struktur inriktning och snabb träd beräkning. I ett nötskal, förenklas detta arbetsbänk första fylogenetiska analyser till några klick.
Den interna transkriberade spacer 2 (ITS2) har använts som ett fylogenetiskt markör för mer än två decennier. Som ITS2 forskningen främst inriktad på mycket varierande ITS2 sekvens inskränkt denna markör till låg nivå fylogeni bara. Men förbättrar kombinationen av ITS2 sekvensen och dess högkonserverad sekundära struktur fylogenetiska upplösningen 1 och låter fylogenetiska slutledning på flera taxonomiska leden, inklusive art avgränsning 2-8.
Den ITS2 Database 9 visar en uttömmande uppsättning data av interna transkriberade spacer 2 sekvenser från NCBI GenBank 11 exakt reannotated 10. Efter en annotering av profilerade Hidden Markov Models (HMM), är den sekundära strukturen av varje sekvens förutsägas. För det första testas om en lägsta energi bygger gånger 12 (direkt gånger) resulterar i en korrekt fyra helix konformation. Om så inte är fallet, är strukturenförutsägs av homologimodellering 13. I homologimodellering är en redan känd sekundär struktur överföras till en annan ITS2 sekvens var som sekundär struktur inte kan vika korrekt i en direkt gånger.
Den ITS2 Database är inte bara en databas för lagring och hämtning av ITS2 sekvens-strukturer. Det ger också flera verktyg för att bearbeta dina egna ITS2 sekvenser, inklusive anteckningar, strukturell förutsägelse, motiv upptäckt och BLAST 14 sök på den kombinerade sekvensen-struktur information. Dessutom integrerar klippta versioner av 4SALE 15,16 och ProfDistS 17 för flera sekvens-struktur inriktning beräkning och granne gå med 18 träd återuppbyggnad. Tillsammans bildar de en sammanhängande analys rörledning från en första uppsättning sekvenser till en fylogeni baserat på sekvens och sekundär struktur.
I ett nötskal, förenklas detta arbetsbänk första fylogenetiska analyser endastnågra mus-klick, samtidigt som dessutom tillhandahålla verktyg och data för omfattande storskaliga analyser.
Den ITS2 Database är en komplett och fullt fungerande arbetsbänk för interna transkriberade spacer 2 sekvensen-struktur-baserade fylogeni. Webbplatsen kan användas mycket snabbt och intuitivt. Medan andra webbaserade fylogeni arbetsbänkar som ARB 20 eller Mobyle 21 har endast möjlighet att arbeta på sekvens och / eller konsensusstrukturen uppgifter anser ITS2 databasen 9 sekvenser och individuella sekundära strukturer för varje taxon samtidigt. På grund av begränsningar i beräkningskapacitet på webbservern, är det starkt rekommenderat att använda fristående verktyg för flera anpassning och granne Sammanfogning 18 beräkning, 4SALE 15,16 och ProfDistS 17, respektive för stora datamängder. Förutom den grundläggande ITS2 sekvensen-struktur fylogeni arbetsflöde 5, dessa verktyg har flera nya funktioner, såsom beräkning av bootstrap replikat, Profile granne Joining (PNJ) 19 eller species avgränsning bygger på kompenserande bas förändringar (CBCs) 8. De kan nås via "Om webbplatsen" – "Verktyg" för nedladdning och detaljerad information. Om du vill använda 4SALE och ProfDistS att det är nödvändigt alltid ta filer till rätt format. Ett taxon provtagning ska behandlas av 4SALE måste ha ändelsen. FASTA eller. Txt, måste medan sekvensen-strukturen inriktning som ingång för ProfDistS sluta med. Xfasta.
Vi genomför för närvarande alternativa metoder för att fylogenetiskt träd återuppbyggnaden i ITS2 databasen samt i de relaterade verktyg. Således kommer metoder som följd-struktur-baserade Högsta sparsamhet 22 och / eller Maximum Likelihood 23 vara tillgängliga i framtiden.
The authors have nothing to disclose.
Vi tackar hjärtligt för ITS2 gruppen, Biocenter, universitetet i Würzburg, för rik och värdefull feedback. Vi tackar också Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, bidrag Mu-2831/1-1) för finansiering.
Name of the reagent | Company | Comments |
Internet access | Preferably high-speed | |
ITS2 Database9 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Website: http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de |
Software: 4SALE15,16 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |
Software: ProfDistS17 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |