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Biology

마이크로 RNA Published: November 30, 2013 doi: 10.3791/50785

Summary

이 문서는 포르말린 고정 신장 섹션의 마이크로 RNA 발현 colormetric 검출에 최적화의 현장 하이브리드 프로토콜을 설명합니다.

Abstract

이 문서에서 우리는 마이크로 RNA 프로브를 태그 제닌과 현장 하이브리드 화에를 통해 신장의 miRNA의 비색 검출하는 방법을 설명합니다. 원래 Kloosterman 및 Exiqon miRNA의 프로브 1 폭 넓은 사용을 위해 동료에 의해 ​​개발 된이 프로토콜은, 신장 조직에서의 miRNA 분석에 내재 된 문제를 극복하도록 수정되었습니다. 여기에는 구조 식별 및 잔류 조사 및 항체를 제거하기 어려운 문제가 있습니다. 비교적 얇은 사용, 두께 5mm, 강한 프로브 신호가 세포 내에 유지하면서, 신장 구조의 명확한 시각화를 허용 조직 섹션. 또한, 프로브 농도와 배양 조건은 낮은 배경 및 비특이적 신호 마이크로 RNA 발현의 시각화를 용이하게하기 위해 최적화되었다. 여기서, 최적화 프로토콜은 프로 시저의 끝에서 슬라이드 실장 통해 초기 티슈 콜렉션 및 준비를 덮고, 설명한다. 기본 compone이 프로토콜의 국세청은 다른 조직과 세포 배양 모델 응용 프로그램에 대해 변경 될 수 있습니다.

Introduction

마이크로 RNA는 내생 적으로 생산되는 RNA를 비 암호화 (약 22 뉴클레오티드) 작은 수 있습니다. 그들은 일반적으로 번역 억압 또는 mRNA의 분해를 통해 단백질 발현을 억제하는 기능을한다. 완전 보완와 mRNA의 대상에있는 miRNA 바인딩, 그것이 가능한 하나의 miRNA가 여러 대상을 억제하기 위해 만드는.

세포의 종류와 구조의 miRNAs을 표현 이해 메커니즘을 이해의 중요한 부분 인을 통해 miRNA의 발현에 영향을 미치는 세포와 조직의 표현형의 변화. 이러한 miRNA의 시퀀싱, qPCR에 노던 블로 팅 등의 방법은 전체 조직에서의 miRNA의 검출에 사용 할 수 있지만,이 방법은 하나가 특정 조직 내에서 온 어떤 특정 세포 유형을 결정하는 것을 허용하지 않습니다. 이러한 방법을 사용하여 분석 전에 셀룰러 및 구조 구성 요소의 해부는 매우 어려울 수 있습니다 적절한 아이솔레이션을 달성하기 위해 필요한 조건은 알을 초래할 수 있습니다유전자 발현 또는 RNA를 저하에 terations. 원위치 혼성화에서 마이크로 RNA는 조직에서 마이크로 RNA 위치 및 발현 수준을 가시화하기 위해 사용하는 방법이다. 이 기술은 신장 등 이종 구조, 구성 조직에 특히 유용합니다.

마이크로 RNA는 신장 개발 2,3 생리학 4에서 규정하는 역할을하는 것으로 나타났다. 마이크로 RNA 발현의 변화는 또한 섬유증 5-10, 당뇨병 성 신증 7, 신장 암 11, 12, 급성 신장 손상은 13 신장 병리에 관여하는 것으로 밝혀졌다. 우리의 연구에서는 신장 조직에 대한 현장 하이브리드 마이크로 RNA를 최적화하는 것이 건강과 질병 (14) 모두에 miRNA의 표현의 정확한 구조 위치를 결정하기위한 가치있는 것을 발견했다. 다른 마이크로 RNA의 관 및 세포 발현의 결정은 중요하기 때문에 타 자신의 규제rgets는 세포 기능에 의존 할 수있다. 병에 걸린 상태에서 그것은 miRNA의 발현의 변경 기능에 영향을 될 수있는 방법을 결정하는 것도 중요하다.

여기에 설명 된 방법의 목적은 Kloosterman 등. 15, 16, 17, 다른 연구자에 의해 개발 된 기존 ISH 방법론에 따라 구축 할 수 있었고, 사람들은 Exiqon 1에 의해 제안 된 포르말린 고정 신장 조직하는 방법을 최적화 할 수 있습니다. 우리는 성공적으로 일방적 인 요관 폐색 (18)와 신장 마이크로 RNA 미르 - 382 식의 지역적인 차이를 식별하기 위해이 방법을 사용했습니다. 이러한 접근은 추가적인 최적화뿐만 아니라 다른 조직으로 사용될 수있다.

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Protocol

1. 신장 조직 섹션

  1. 포르말린 - 고정 (10 %) 파라핀 신장 섹션 슬라이드 분석 전에 몇 달 동안 저장 될 수 마이크로 미터 HM (355)를 사용하여 S. 5mm 두께로 현미경 슬라이드 상으로 절단된다.

2. 솔루션 준비

  1. 고압 증기 멸균 나사 정상 병에 DDH 2 O에 1X PBS의 1 L를 준비합니다. DDH 2 O 1 L로 다른 병 채우기 각 병, 덮개에 DEPC의 1 ML을 추가하고 격렬하게 흔들어. 솔루션 RNAses을 파괴 한 후 오토 클레이브 실온에서 밤새 앉아 보자. PBS-T 만들기 위해 400 ㎖의 트윈 20 1X PBS의 L 1에 추가합니다.
  2. 단백질 분해 효소 K 버퍼 (50 mMTris 염산, pH를 8.0 DEPC에 1 ㎜ 염화칼슘 처리 된 물)을 준비합니다.
  3. PBS-T에서 0.2 % 글리신의 솔루션을 준비합니다.

3. 조직 준비

  1. 혼성화 완충액 대량 50 % 포름 아미드로 이루어진 (50 ~ 100 ㎖), 5X SSC, 0.1 % 트윈, 9.2 준비pH가 6, 50 ㎍ / ㎖의 헤파린, 및 DEPC에 500 ㎍ / ㎖의 효모 RNA에 조정을위한 MM의 구연산은 DDH 2 O를 처리 C. º -80에서 1 ㎖ 분량 씩 분주하여 보관하여
  2. 5 분마다 신선한 크실렌의 3 배를 세척하여 조직에서 파라핀을 제거합니다.
  3. DDH 2 O. 에탄올 농도 (100 %, 75 %, 50 % 및 25 %)를 감소에서 5 분 배양하여 조직 절편을 재수
  4. 완전 1 분 동안 조직 절편 (약 0.4 ~ 0.5 ml)에 충당하기에 충분한 DEPC로 슬라이드를 취급한다. 확인 조직은 건조하지 않습니다.
  5. DEPC의 슬라이드는 적절한 처리에 대한 DEPC 포함 된 폐기물을 수집, 5 분 동안 두 번 PBS-T를 처리 씻어. 모든 시약은 DEPC이 시점에서 RNAses을 제거하는 치료를해야한다.
  6. Prewarm 테 K 버퍼링 및 10 μg / ML의 최종 농도에 단백질 분해 효소의 K를 추가합니다. 단백질 분해 K 솔루션으로 조직 섹션을 덮고 5 분 동안 37 º C에서 알을 품다.
  7. 빨리 proteinas 제거전자 K 솔루션 30 초 동안 PBS-T에서 0.2 % 글리신을 추가합니다.
  8. DEPC에 린스 슬라이드는 30 초마다 두 번 PBS-T를 처리.
  9. 10 분 동안 갓 4 % 파라 포름 알데히드의 부분을 수정.

4. 이종 교잡

  1. 하이브리드 버퍼의 50 μL (50 % 포름 아미드, 배 SSC, 0.1 % 트윈, pH를 6, 50 ㎍ / ㎖의 헤파린, 500 ㎍ / ㎖의 효모 RNA에 조정을위한 9.2 MM의 구연산) 조직 섹션 당을 추가하고 이는 RNAse 무료 HybriSlips 커버 조직 섹션보다 더 큰 단지 컷.
  2. 3 '제닌 표지 프로브 (탐침의 보통 DNA TM에 대해 결정 하이브리드의 온도에서 2 시간 동안 습도 제어 하이브리드 오븐에서 Prehybridize 섹션 -21 ° C ~, 미르 - 382에 대한 (즉, 54 ° C는 DNA TM = 75 ° C를 조사 ), 챔버를 유지하기 위해 50 % formamide/50 %의 5 배 SSC에 배어 조직 실험실 와이프를 사용하여 가습.
  3. miRNA의 프로브, 양성 대조군 (U6 작은 핵 RNA)과 대조군 (스크램블을 희석하이브리드 버퍼에 40 nm의 순서는 () 버퍼의 75 μL)는 섹션 당 필요합니다.
  4. 5 분 동안 65 º C에서 혼성화 버퍼 프로브를 가열한다.
  5. 하이브리드 오븐에서 슬라이드를 제거하고 예비 혼성화에서 커버 슬립 과잉 하이브리드 버퍼를 제거합니다.
  6. 직접 조직에, 조직 섹션 당 프로브를 포함하는 버퍼의 75 μl를 추가합니다. 조직 섹션을 포함 할 정도로 그냥 큰 HybriSlips과 조직을 커버.
  7. 슬라이드 홀더 수준을 유지, 4.2 단계 (약 16 시간)의 온도에서 하룻밤 배양을위한 하이브리드 오븐으로 돌아갑니다.

5. 엄격한 세척

  1. 조직에서 커버 슬립을 해제하는 데 도움이 단지 커버 슬립 중 하나 가장자리에서 하이브리드 온도로 가열 200 μL 2X SSC를 추가합니다. 슬라이드를 기울여 커버 슬립을 제거합니다.
  2. 30 분 각각의 혼성화 온도의 3 배에 50 %의 포름 아미드, 50 % 2X SSC 200 μL에 슬라이드를 씻으십시오.
  3. 헹구기슬라이드는 저속에서 진탕에 5 분 각각 실온에서 PBS-T에서 5 배.

6. 검출

  1. 저속에서 진탕에 실온에서 1 시간 동안 버퍼 (2 % 염소 또는 말 혈청, 2 ㎎ / ㎖ PBS-T에 BSA를) 차단에 슬라이드를 품어.
  2. 1:100에서 버퍼를 차단하는 안티-DIG-AP Fab 단편을 희석. 조직 섹션 당 100 μl를 추가하고 HybriSlips 커버는 부분을 커버하기에 충분한 단지 큰 잘라.
  3. 4 ° C 하룻밤 (약 16 시간)에 가습 실에 항체를 품어.
  4. 낮은 속도로 진탕에 5 분마다, PBS-T 7 배에 슬라이드를 씻으십시오.
  5. 5 분마다, 3 배 (100 ㎜ TrisHCl의 pH 9.5, 50 mM의 MgCl2를 100mm 크기의 NaCl, 0.1 % 트윈 20) AP 버퍼에 슬라이드를 씻으십시오.
  6. AP 버퍼에 NBT / BCIP 솔루션을 추가 (200 μl/10 ML 버퍼)
  7. 완전히 모든 조직 섹션을 포함하는 각각의 슬라이드에 희석 NBT / BCIP 솔루션의 400 ~ 500 ML을 추가합니다. 어두운, 레벨, humidif에 개발4 ~ 5 시간 동안 폭발물 실.

7. 장착 슬라이드

  1. 5 분마다 에탄올 농도 (25 %, 50 %, 75 %, 100 %)을 증가하는 섹션 탈수.
  2. 섹션을 취소하기 위해 크실렌 배에 품어.
  3. 마운트 글라스를 덮고 퍼 마운트로 봉입 설치 매체 건조 하룻밤에 슬라이드.

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Representative Results

혼성화, 배양 중에 건조 또는 NBT / BCIP를 개발하는 동안 더 어둡게 염색 결국 전체적으로 같이 세척 될 조직 절편의 영역. 1 HybriSlip가 가장자리 떨어져 미끄러 된 신장 부분의 일부를 보여준다 그것은 부분적으로 탈수가 될 수 있도록 조직. 나머지 단계에서 재수 커버리지에도 불구하고, 탈수 부에서의 신호는 인위적으로 높다.

NBT-BCIP 개발 시간을 제어의 중요성은도 2a 및도 2b에 설명되어있다. 신장 (그림 2A)를 통해 스크램블 - 미르 제어 탐색 할 조직의 발음 비특이적 발색에 4 ~ 5 시간의 결과보다 긴 개발 기간. 예 U6 작은 핵 RNA 제어와 같은 높은 풍부 대상, 조사해서 신장, (4-5 시간 이상 더 이상 배양 개선 신호가 발생하지 않는도 우레 2B).

신장 조직에서 miRNA의 검출로 여기에 설명 된 ISH 방법의 적용은 그림 3에서 보여줍니다, 그림 KRIEGEL에서 재생된다.이 연구에서는 18 우리는 일방적 인 요관 폐색 (UUO가) qPCR에있는 거의 3 배 증가를 유도 발견 가짜 운영하는 동물에 비해 균질 신장 조직에서 미르 - 382 식을 발견했습니다. 이러한 증가는 항 - 미르 - 382 (데이터 미도시)의 정맥 내 전달에 의해 차단되었다. 이러한 신장 조직에 ISH의 사용은이 프로브에 의해 제공 미르 - 382 검출 qPCR에 근거 발현 분석 미러 정량화의 결과를 제공 할 정도로 민감한 것으로 나타났다. 또한, ISH은 우리가 신장 내에서의 miRNA 발현의 지역적인 차이를 측정 할 수 있었다.

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그림 1. 하이브리드 단계에서 쥐의 신장 부분의 부분적인 탈수의 효과. = 100mm 교정 바. 더 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오 .

그림 2
더 이상의 개선을 제공하지 않습니다 동안 NBT / BCIP 개발 기간의 그림 2. 최적화. NBT / BCIP 개발 스크램블 - 미르의 중요한 배경 염색 이상 4 ~ 5 시간의 결과를 계속할 수는 조직 (그림 2A)를 탐색 할 긍정적 인 컨트롤의 신호는 U6 작은 핵 RNA 탐색 할 샘플 (그림 2B). 보려면 여기를 클릭하십시오큰 이미지.

그림 3
그림 3. 현장 하이브리드 화에 의해 얻어진 마우스 신장 섹션 미르 - 382 표현의 대표 이미지. 교정 바 = 50 μm의. (B) 가짜 + 안티 스크램블 처리 된 생쥐의 %의 평균 IOD로 미르 - 382 식입니다. 이 그림은 KRIEGEL 등 알에서 수정되었습니다., 치료 그룹, 방법의 세부 사항을 설명하고, 18 일 결과 (그림 5). 처리 방지 스크램블 N = 10/group, 안티 - 미르-382 N = 8/group, 같은 수술 (P <0.05)와 안티 스크램블 처리 된 마우스에서 * 유의 한 차이, 사기 조작 동물에서 # 유의 한 차이 같은 안티를 수신 - 미르 치료. 여기를 클릭하십시오더 큰 이미지를 볼 수 있습니다.

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Discussion

이 문서의 목적은 포르말린 고정 신장 조직에서 잘 작동 현장 하이브리드 화에 miRNA를위한 프로토콜을 설명했다. 이 프로토콜을 작업하는 동안 염색 유물의 몇 가지 중요한 소스가 확인되었습니다. 이러한 점에주의는 염색 유물을 방지하고 성공적인 ISH 실행의 가능성을 높일 수 있습니다.

가 조직 섹션 긴 배양 중에 건조 할 때 염색 유물의 가장 예방 가능한 원인 중 하나가 발생할 수 있습니다. 이 경우 건조되어 조직의 부분은 NBT / BCIP 개발 (그림 1) 동안 매우 어둡게 얼룩 것입니다. 이 프로토콜을 통하여 그 조직 절편이 완전히 모든 배양을 통해와 슬라이드가 완전히 수준 유지되는 액체에 의해 보호 상태를 유지하는 것이 중요합니다. 또한, 조직 절편은 완전히 같은 혼성화 단계만큼 배양 중에 HybriSlips 의해 덮여 및 유지되어야 액체 손실을 방지하기 위해 항체 배양. 조직 절편의 부분 또는 완전 건조가 관찰되는 경우는 샘플이 miRNA의 발현은 그 샘플에서 해석되는 것을 허용하지 않을 것이다 최적 염색을 얻을 것 같지는 않다.

액체의 적용이 필수적이다 프로토콜의 다른 단계는 단백질 분해 효소 K의 소화 및 파라 포름 알데히드 처리 중에 있습니다. 이 분해는 세포 내로의 miRNA 프로브의 액세스를 허용하기 위해 필요하다. 조직의 커버리지가이 짧은 배양 중에 불완전하면 소화 효소에 노출되지 않은 영역은 입력 바인딩만큼 프로브를 허용하지 않으며, 궁극적으로 음울 같은 다른 조직의 다른 영역과 같은 얼룩 않을 것이다. 다른 조직 유형이 프로토콜을 적용하는 경우, 프로 테이나 제 K 소화의 재생 시간이 최적화 될 필요가있다. 후속 파라 포름 알데히드 고정 per​​meabilization는 다음의 miRNAs의 손실을 방지하는 것도 중요하다.

NT는 "> NBT / BCIP 개발의 기간도 제어 할 수있는 중요한 변수이다. 우리는 4 ~ 5 시간 이상의 NBT / BCIP의 배양이 중요한 배경 이슈 스크램블 - 미르 제어 프로브 (와 프로빙 조직에서 개발을 시작 발견 NBT / BCIP 개발의 그림 2A). 4 시간 등 U6 작은 RNA 양성 대조군 (그림 2B)로 상대적으로 풍부하게 표현 검색 대상의 검출에 충분하다. 긴 배양 추가 낮은 수준의 표현을 가능하도록 표시되지 않습니다 이 단순히 증가 배경 이슈가 발생 할 수 있습니다 오히려 검출 될 수있다.

이 낮은 표현의 miRNA의 검출 성능의 중요한 문제로 연결됩니다. 우리는 신장에서 우리의 응용 프로그램에 대한 충분한 검출 감도를 저희에게 제공하는 5 '제닌 결합 된 프로브를 찾았지만. 알칼리 포스파타제 근거 발색 EAC 측정되는 여러 신호 입자 허용프로브의 H 분자는 그러나 일부 낮은 수준의 miRNA는 여전히 감지되지 않을 수 있습니다. Exiqon는 마이크로 RNA 분자에 두 번 색채 개발에 대한 가능성을 허용 종료 5 '와 3'모두의 레이블에 명시되어 있습니다 miRNA의 프로브를 개발했다. 우리 연구실은 이러한 프로브를 테스트하지 않은 반면, 비슷한 프로토콜 신장 조직에서의 사용은 8보고 된 바있다.

이 베이직 프로토콜은 프로 테 K 소화 시간을 최적화함으로써 다른 조직 유형 및 miRNA의 프로브로 구성 될 수 있으며, miRNA의 프로브 농도, 혼성화 온도, 및 NBT / BCIP 개발 시간. 그것은 자기 형광 적절히 낮은 조직에서 형광 항체와 조합하여 프로토콜의 제 1 부분을 사용하는 것도 가능하다.

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Disclosures

공개 아무것도 없다.

Acknowledgments

이 작품은 건강의 미국 국립 연구소에 의해 지원되었다 HL082798 및 HL111580을 부여합니다.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Paraformaldehyde Sigma P6148
PBS Gibco 70011044
Diethyl Pyrocarbonate Sigma D5758
Tween-20 Sigma P1379
Xylenes Sigma 534056
Ethanol Ultra Pure 200CSPTP
Tris-HCl Life Technologies 15506-017
CaCl2 Sigma C2536
Glycine J.T. Baker 4059-00
Citric Acid Sigma C2404
Formamide Sigma F9037
20x SSC Buffer Life Technologies 15557-044
Heparin SAGENT 25021-400-30
Yeast RNA Life Technologies AM7118
MgCl2 Sigma M8266-1004
NaCl J.T. Baker 4058-01
Proteinase K Fermentas EO0491
3’ DIG- miRNA probe Exiqon miR dependent-05
3’ DIG- Scrambled miR probe Exiqon 99004-05
3’ DIG- U6 miR probe Exiqon 99002-05
Anti-Digoxigenin-Ab Fab Roche 11093274910
NBT/BCIP Roche 11681451001
Permount Fisher SP15-500
Coverslips Fisher Fit to tissue size
Microtom HM 355 S Thermo Scientific 23-900-672
In-slide Out Hybridization Oven Boekel 241000
Aluminum Tray Assembly Boekel C2403973
Stainless Steel Rack Insert Boekel C2403754

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References

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기본 프로토콜 제 81 마이크로 RNA, 신장 신장 세뇨관 마이크로 RNA 프로브
마이크로 RNA<em&gt; 현장에서</em&gt; 포르말린 고정 신장 조직에 대한 하이브리드
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Kriegel, A. J., Liang, M. MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues. J. Vis. Exp. (81), e50785, doi:10.3791/50785 (2013).

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