Abstract
과 아노 펠 레스 gambiae 종 단지는 아프리카에서 모기를 전송하는 주요 말라리아가 포함되어 있습니다. 이들 종은 의료 중요하기 때문에, 여러 가지 특성은 전형적 역학 연구에 도움 분자 분석법을 이용하여 특성화된다. 이러한 특성은 종 식별, 살충제 저항, 기생충 감염 상태, 호스트 환경 설정을 포함한다. 과 아노 펠 레스 gambiae 복합체의 형태 학적 집단 구별하기 때문에, 중합 효소 연쇄 반응 (PCR)은 전통적 종을 식별하는 데 사용된다. 종이 알려지면, 여러 하위 분석은 정기적으로 추가 특성을 규명하기 위해 수행된다. 예를 들어, 파라 유전자 KDR이라고도 돌연변이는 DDT 및 피레스 로이드 계 살충제에 대해 내성을 부여. 또한, 효소 면역 분석법 (ELISA를) 또는 변형체 기생충 DNA 검출 PCR 분석법 모기 조직 기생충 존재를 검출하기 위해 사용된다. 마지막으로, combinatioPCR과 제한 효소 다이제스트의 N은 호스트 별 DNA의 모기 bloodmeal을 선별하여 호스트 환경 설정 (예를 들어, 동물의 혈액 대 인간) 규명하는 데 사용할 수 있습니다. 우리는 96 시간에 384 샘플에 대해 단일 멀티 플렉스 반응 유전자형 33SNPs으로 상기 분석을 모두 겸비한 다중 검출법 (MDA)을 개발 하였다. MDA 종, 말라리아 검출 및 호스트 혈액 식별을위한 여러 마커를 포함하기 때문에, 오탐 (false positive) 또는 네거티브를 생성하는 가능성은 크게 특성 당 하나의 마커를 포함 이전 분석에서 감소한다. 이 강력하고 간단한 분석은 비용 효율적으로 기존 분석의 시간의 틈새에서 이러한 주요 모기의 특성을 감지 할 수 있습니다.
Introduction
학질 모기의 arabiensis, 학질 모기의 coluzzii 아노 펠 레스 gambiae 아프리카 1 말라리아 전송을 담당하는 주요 벡터입니다. 이 세 종은 형태 학적으로 2 구별 만 분자 분석 3-9으로 구별 할 수있다. 또한, 정기적으로 역학 및 인구 유전학 연구를 지원하기 위해 실시 많은 다운 스트림 분석이있다. 이들은 분화 섬 10-12 (1) 유전자형 분석, (2) 아미노산 코돈 파라 유전자의 위치 번째 1014 비 동의어 SNP를 인식 유전자형 분석 (녹다운 저항 또는 KDR, SNP) (13)를 포함 -18, (3) 기생충 검출 PCR 19-23, 모기 midguts 24, 25에서 호스트 별 DNA (4) 검사.
우리의 목표와 하나의 멀티 플렉스 반응으로 모든 분석을 결합한 다중 탐지 분석 (MDA)을 개발아프리카에서 말라리아 벡터의 역학적으로 중요한 특성을 alyzing. MDA 분석 여러 (1) 종을 검출하기위한 마커 (A.의 arabiensis, A.의 gambiae, A.의 coluzzii, 또는 3 개)의 기타 (없음) KDR의 SNP로 표현, (2) 살충제 저항을 포함 (L1014F 및 L1014S 모두) 두 가지 주요 말라리아 기생충, (3)의 존재, 말라리아 원충 및 P. 삼일 열, 하나의 조류와 여섯 포유류 호스트에서 (4) 혈액 소스.
전통적으로, 이러한 분석은 분리 된 중합 효소 연쇄 반응을 수행 하였다. 이러한 모든 분석은 종래의 PCR 플랫폼을 사용을 완료하면, 그것은 8-10 PCR 반응 분석을 수행하고 전기 영동 단계를 수반하는 요구한다. 여기에 제시된 MDA 방식은 전체에서 약 5 시간 소요하면서 문서화 결과에 준비에서 각 PCR 반응은, 4 ~ 5 시간이 걸립니다. 이 단독으로 노동 비용을 90 % 절감하는 것과 같습니다. MDA는 여기에 제시된 5 달러 비용샘플 당 모두 33 개의 SNP 유전자형합니다. 이것은 상당히 저렴 샘플 당 약 $ 1.50의 요금으로 하나의 아가 로스 젤 기반 분석,보다. MDA 의해 덮여 모든 특성을 검출 분석은 샘플 당 $ 12-15의 비용 8-10 별도 아가 로스 겔 - 기재 분석법의 최소 필요하다. 또한, MDA 크게 각 기생충 또는 호스트 소스 검출에 대해 적어도 3 개의 마커를 이용하여, 거짓 포지티브 또는 네거티브의 발생 가능성을 감소시킨다.
우리가 활용 플랫폼은 말라리아 벡터에 한정되지 않고, 의약, 수의학, 및 기초 생물학 26-28 같은 다양한 애플리케이션에 사용될 수있다. 심층 많은 샘플 (100 단위의 순서) 번호를 포함하는 관련 연구 또는 집단 유전학 연구는 동시에 여러 마커에 대한 비용 효과 분석 검사를 필요로한다. 둘 이상의 별개 PCR 분석법을 이용하는 대부분의 연구는 더 낮은 비용으로 더 빠른 결과를 위해 MDA를 구현할 수있다.
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Protocol
1. PCR 증폭
- 1.5 ㎖ 마이크로 튜브의 모든 PCR 프라이머를 (보충 테이블 S1 참조) 섞는다. 각각의 SNP는 두 개의 프라이머 (순방향 및 역방향)가 있습니다. 각 PCR 프라이머의 주식 농도를 100 μM로 유지되어 있는지 확인합니다. (보충 표 S2 참조) 벤치에서 오류와 시간을 피펫 팅 줄이기 위해 500 ~ 1,000 반응에 대한 충분한 프라이머 믹스를 확인합니다. 원하는 경우, -20 ° C에서 튜브 및 상점 당 100 ~ 200 반응의 분량을 준비합니다.
- 제조 업체의 프로토콜 (표 1)에 설명 된대로 PCR 칵테일을 준비합니다. 96 반응의 부피는 20 %의 돌출부를 포함한다. 소용돌이 2,000 x g에서 30 초간 가볍게 PCR의 칵테일을 함유하는 원심 분리기 튜브.
- 각각의 우물에 PCR 칵테일 3 μl를 96 웰 플레이트에 분주 비 스커트. 리피터 피펫은이 프로세스에 대해 시간을 절약 할 수 있습니다.
- 각 웰에 모기의 적절한 게놈 DNA의 2 μl를 추가합니다.
주 : m으로부터 게놈 DNA를 얻는 공정 osquito 조직 (머리 / 흉부, 복부 또는 전신)는 다른 문헌 29 ~ 32에 설명되어 있습니다. (머리 / 흉부에 말라리아를) 감염 모기의 혈액 (복부)에서 말라리아와 사람들을 구별하기 위해 적절한 DNA 추출 프로토콜을 선택합니다. 우리는 일반적으로 모기의 신체 부위 (머리 / 흉부 또는 복부)에서 추출 된 DNA를 사용하므로 DNA 농도는 0.05-2ng / μL에 따라 다릅니다. 총 DNA 입력이 제조업체의 권장 사항 (5-10ng / RXN)보다 낮지 만, 우리는 일반적으로 강력한 SNP가 전체 게놈 증폭없이 DNA 샘플의 98 %에서 호출 얻을. - 370 x g에서 1 분간 혼합 또는 소용돌이, 원심 분리기 부드럽게, 플레이트를 밀봉합니다.
- PCR 증폭을 수행하기 위해 다음과 같은 열 순환기 프로토콜을 사용한다 : (1) 94 ° C 2 분 동안, (2) 94 ° C 30 초, (3) 1 분 30 초 동안 56 ° C, (4) 72 ° C (5) 단계를 반복합니다 (2) - (4) 45 사이클, (6) 1 분, 4 ℃로 유지 72 ° C.
- 96 웰 플레이트에서 SAP 효소 용액을 제조 하였다 (표 2 참조). 접시에 96 샘플을 처리합니다. 96 반응의 부피는 20 %의 돌출부를 포함한다.
- 소용돌이 2,000 × g으로 30 초 동안 SAP 효소 가볍게 솔루션과 원심 분리기 튜브. 각 웰에 SAP 효소 용액 2 μl를 분주한다. 다시 말하지만, 리피터 피펫은이 프로세스에 대해 시간을 절약 할 수 있습니다.
- 370 x g에서 1 분간 혼합 또는 소용돌이, 원심 분리기 부드럽게, 플레이트를 밀봉합니다. 40 분 (1) 37 ° C, (2) 85 ° C를 5 분 동안 효소를 불 활성화 (3) 4 ° C를 유지, 다음과 같이 판을 품어. 이 단계의 완료시 계속하기 전에 -20 ° C에서 접시를 저장합니다. 이주 내에 저장 판을 처리합니다.
3. SNP 확장
- 샘플 플레이트 SAP 처리 후에 고정되는 경우, 진행하기 전에 실온으로 해동 할 수있다.
- 확장 프라이머 믹스 (보충 표 S2)를 준비합니다. 각각의 SNP는 하나의 엑스 테가nsion 프라이머. 500 μM에서 각 확장 프라이머의 주식 농도를 유지합니다. 선택적으로, -20 ° C에서 튜브 및 매장 당 100 ~ 200 반응에 나누어지는.
- 96 반응 부피가 20 %의 돌출부를 포함 표 3에 기술 된 바와 같이 확장 믹스를 준비한다.
- 소용돌이 2,000 × g으로 30 초 동안 연장 가볍게 칵테일과 원심 분리기 튜브. 각 웰에 확장 칵테일 2 μl를 분배. 다시 말하지만, 리피터 피펫은이 프로세스에 대해 시간을 절약 할 수 있습니다.
- 370 x g에서 1 분간 혼합 또는 소용돌이, 원심 분리기 부드럽게, 플레이트를 밀봉합니다. 도 1에 도시 된 바와 같이 열 순환 플레이트. 이때, 질량 분석을 진행 또는 이주에 -20 ° C에서 최대 플레이트를 저장한다.
4. 컨디셔닝 SNP 확장 제품 질량 분석기 분석을 최적화하는
- 샘플 플레이트 SNP 확장 후에 특히 동결이 진행하기 전에 실온으로 해동 할 수있다.
- 그 접점에서 수지의 15 mg을 이동연장 된 스푼을 사용하여 딤플 접시에 INER. 딤플 판의 우물에 수지를 확산 스크레이퍼를 사용합니다. 수지를 확산 딤플 접시에 걸쳐 좌우로 스크레이퍼 스윕. 수지는 각 웰에가 있는지 확인합니다.
- 스크레이퍼를 사용하여 딤플의 접시를 초과하는 수지를 쳤어요. 수지가 적어도 20 분 동안 플레이트 딤플 스탠드하자. 수지, 딤플 플레이트에 서 샘플 플레이트의 각 웰에 HPLC 등급의 물을 41 μL를 추가시키는있다.
- 조심스럽게 딤플 판에 샘플 판 거꾸로 놓으십시오. 딤플 판의 우물 시료 판의 우물을 정렬 딤플 판의 작은 둥근 게시물에 대한 샘플 판 재설정해야합니다.
- 수지는 샘플 플레이트의 우물에 딤플 판에서 쓰러 함께 샘플 플레이트와 딤플 판을 잡고 천천히을 뒤집어. 수지는 샘플 플레이트에 빠지고 있도록 딤플 판을 누릅니다. 디에 있는지 모든 수지 확인mple 플레이트는 샘플 판 우물에 빠지고. 30 초 동안 3,200 XG에서 접시를 원심 분리기.
- RT에서 5 분 동안 회전에서 샘플 판을 돌립니다. 로테이터는 샘플 판을 장축을 약 360도 회전한다.
- 5 분 동안 3,200 XG에서 샘플 판을 원심 분리기. 이 단계 후에, 다음 단계로 진행하기 전에 이주 -20 ° C에서 샘플 플레이트를 저장한다.
5. MALDI-TOF 질량 분석
- 제조업체의 지침에 따라 같은 SpectroCHIP로 bioarray에 조절 된 SNP 확장 제품을 전송합니다. 우리는이 단계 MassArray Nanodispenser를 사용합니다.
- 전송이 완료되면, 분석 및 플레이트가 분석 데이터베이스에 설정되는 방법을 정의한다. 각각의 판은, 특정 분석 설계 (보충 표 S3)에 링크 고유 식별자를 갖도록 분석과 판의 이름을 지정합니다.
- 분석 접시가 정의 된 후, 질량 분석계를 사용하여 스펙트럼을 획득.
- 이러한 타이 퍼 분석기 나 TyperViewer (Sequenom)로서 실시간 PCR 분석 데이터 해석 소프트웨어를 사용하여 데이터 분석을 수행한다. 각 웰에 대한 샘플 레이아웃, 질량 스펙트로 포함 .XML 형식으로 데이터를 구하는, 이름을 포함 마커 정보, 대응하는 SNP의 각 변이체에 대한 예상 질량, 및 오류 또는 각각의 반응과 관련된 경고 메시지. 결과 질량 스펙트로 그램 그림 2를 참조하십시오.
- . 각 유전자형 허용 공차 / 차이 (잡음비 크기 또는 신호) 검출 임계 값을 설정하여 SNP 유전자형 클러스터링 분석을 수행 3 04707-KDR # 2 SNP 유전자형 클러스터의 예를 보여준다.
- 스프레드 시트 프로그램에 결과 SNP 유전자형 호출을 보냅니다.
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Representative Results
종 식별 :
샘플이 세 종 중 하나가 아닌 경우 다음과 같은 5 개의 SNP 함께. 세 가지의 SNP (01073-213, 04679-157과 10,313 세 종 (A.의 arabiensis, A.의 coluzzii와 A.의 gambiae) (표 4)를 식별 -052)는 증폭 실패합니다.
살충제 저항을 추론하기위한 KDR 유전자형 :
파라 전압 관문 나트륨 채널의 1014 번째 코돈 KDR에 대응한다. 1014 번째 코돈의 2 차 및 3 차베이스에 두 개의 SNP는 세 가지 아미노산을 결정합니다. . 유전자형의 가능한 조합은 표 5에 나와있는이 SNP는 아프리카 말라리아 벡터의 세 종족에 대한 작동합니다 : A. arabiensis, A.의 coluzzii와 A. gambiae. 이들의 SNP는 A에서 증폭 실패 darlingi, 브라질 말라리아 벡터. 이것은 아니다놀라운은 주어진 A. 간의 미토콘드리아 게놈 서열 유사성 darlingi와 A. 3 아프리카 말라리아 벡터 중 미토콘드리아 게놈 서열 유사성은 98 % 이상 동안 gambiae은 88.9 %이다. 다른 종은 테스트되지 않았습니다. 우리는 말리, 카메룬, 탄자니아와 잠비아에서 수집 한 샘플에서 증폭에 성공했다.
말라리아 검출 :
DNA 손상 변형체는 모기 조직에있는 경우, 우리는 P. 검출 기대 원충 또는 P. 모기로부터 추출 된 DNA 샘플 중 삼일 특정 DNA. 특정 종의 SNP 123 P.의 시토크롬 B 서열의 서열 정렬로부터 확인되었다 원충, 97 P. 삼일 열, 11 P. 원충 18 P. 개존증 젠 뱅크에서 아프리카 시퀀스를 사용할 격리. 우리는 P.를 구별하기 위해 고유의 SNP 유전자형을 생산하는 6 개의 SNP를 설계 원충 또는 P. VI VAX 다른 변형체 종 (표 6). 우리는 말리, 카메룬, 탄자니아, 잠비아, 브라질에서 수집 된 모기 샘플에이 분석을 시험하고 마커이 특정 세트에 관계없이 모기 종의 작동하는지 확인했다.
Bloodmeal 검출 PCR :
7 호스트 종 (인간, 닭, 소, 개, 염소, 돼지와 양)에서 시토크롬 B 시퀀스는 젠 뱅크에서 수집하고 합의 시퀀스가 생성되었다. 각 호스트에 대한 정보의 SNP는 유전자형으로 선택했다. 우리는 7 개의 다른 동물 (표 7)의 혈액 소스와이 테스트를 마쳤습니다.
PCR 단편 (80 ~ 120 BP)이 부족하기 때문에이 다소 저하 된 DNA 또는 모기 조직에서에 부분적으로 소화 bloodmeals를 작동합니다. 가양 통화의 확률은 크게 호스트 유형에 여러 마커를함으로써 감소된다.
의 ">
SNP 확장 단계 그림 1. 열 순환기 프로그램. 증폭주기는 200 (5X40)의 총입니다.
MDA 그림 2. 매스 스펙트로 그램. X 축은 SNP 신장 산물의 질량 (다)이며, Y 축은 신호 강도이다. 레드 라인은 선택한 마커에 대한 예상 비법 확장 프라이머의 질량, SNP 대립 유전자 1, 대립 유전자 2를 나타냅니다. 회색 선은 MDA의 다른 마커의 질량을 예상 나타냅니다. 이 그래프는 5 단계 후 출력 데이터 파일의 데이터 분석 소프트웨어 (타이 퍼 분석기 나 타이 퍼 뷰어)에서 생성됩니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
전자 = "항상"> 
도 3 개인 SNP 유전자형 클러스터 X 축은 Y 축이 유전자형 콜 신호의 크기이다 SNP 대립 유전자 1 SNP 대립 유전자 2의 신호 세기들 ( "각도"로 표시)에 대한 아크 탄젠트 값이다 볼. 이 플롯은 데이터 분석 소프트웨어 (TYPER 분석기 나 TYPER 뷰어)에 제공된다. 임의의 특정 데이터는 마우스 버튼의 클릭으로 선택 될 수 있고, 선택된 샘플 데이터는 원으로 표시된다. 소프트웨어 클러스터에 구비 클러스터링 분석은 사용자 정의 임계 값 분산 자동 색 배체 SNP의 유전자형을 가진 세 유전자형. 여기에 표시된 예는 파란색 삼각형, 사각형, 녹색, 오렌지 역 삼각형으로 동질 접합체 (AA) 개인으로서 이형 접합체 (TA)와 같은 동형 접합 T (TT) 개인을 나타냅니다. 빨간 동그라미가 없음 호출 (더 증폭)을 대표하지 않습니다.t = "_ 빈">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
| 시약 | 5 μL의 농도 | 체적 | 체적 |
| (1 RXN) | (96 rxns) | ||
| 물 (HPLC 등급) | NA | 0.8 μL | 92.2 μL |
| 20 mM의 MgCl2를 가진 10 배 PCR 버퍼 | 1 배 (2 mM의 MgCl2를) | 0.5 μL | 57.6 μL |
| 의 MgCl2 (25 mM)을 ** | 2 mM의 | 0.4 μL | 46.1 μL |
| 의 dNTP 믹스 (25 mM의 각) *** | 500 μM | 0.1 μL | 11.5 μL |
| 프라이머 믹스 (500 nM의 각) | 100 nm의 | 1.0 μL 115.2 μL | |
| PCR 효소 (5 U / μL) | 1.0 U / RXN | 0.2 μL | 23.0 μL |
| 총 양 : | 3.0 μL | 345.6 μL |
표 1. 멀티 플렉스 PCR 칵테일 레시피. 하나의 반응과 20 %의 오버행 96 반응에 대한 PCR 확장 단계에 대한 각 시약의 부피.
| 시약 | 볼륨 (1 RXN) | 볼륨 (96 RXN) |
| 물 (HPLC 등급) | 1.53 μL | 176.3 μL |
| SAP 버퍼 (10 배) | 0.17 μL | 19.6 μL |
| SAP 효소 (1.7 U / μL) | 0.30 μL | 34.6 μL | 2.00 μL | 230.4 μL |
표 2. SAP 효소 용액. 하나의 반응과 20 %의 돌출부 (96)와 반응에 새우 알칼리성 포스파타제 처리를위한 각각의 시약의 양.
| 시약 | 진한. 9 μL에서 | 볼륨 (1rxn) | 볼륨 (96 rxns) |
| 물 (HPLC 등급) | NA | 0.6190 μL | 71.3 μL |
| IPLEX 버퍼 플러스 (10 배) | 0.222x | 0.2000 μL | 23.0 μL |
| IPLEX 종단 믹스 | 1 배 | 0.2000 μL | 23.0 μL |
| 확장 프라이머 믹스 | 0.9400 μL | (108).3 μL | |
| IPLEX 효소 | 1 배 | 0.0410 μL | 4.7 μL |
| 총 양 | 2.0000 μL | 230.4 μL |
표 3. SNP 확장 칵테일 하나의 반응과 20 %의 오버행 96 반응에 대한 SNP 확장 단계에 대한 각 시약의 부피.
각 종 표 4. SNP 유전자형. 28S IGS-540, 28S IGS-649과 01073-213 X 염색체에 위치, 04679-157은 2 번 염색체에 있고 10313-052 염색체 3. 하이브리드 유전자형에 (이형 접합체) 노란색으로 강조 표시됩니다. A.에 고정 변형 coluzzii는 A의 밝은 파란색과 고정 된 변형에 표시됩니다 gambiae은 어둠 속에서 표시됩니다파란색.
표 5. SNP에 대한 유전형 KDR. 두 개의 SNP KDR # 1, # 2 KDR 파라 유전자의 1014 번째 코돈에 대한 유전자형을 구성한다. 이 분석에 포함되지 않도록 제 염기는 불변이다. 감수성 동형 유전자형은 청색으로 표시되어 있습니다. 가장 저항 L1014F의 동형 접합체 유전자형은 어두운 파란색으로 표시됩니다. 노란 색은 이형 접합체를 나타냅니다. 중간에 저항성 유전자형 L1014 S는 주황색으로 표시됩니다.
P. 표 6. SNP 유전자형 열대열 및 P. 삼일 열 옹>. 총 6 개의 SNP는 말라리아 기생충의 존재를 결정하는 데 사용됩니다. PL-0041, PL-1269와 PL-1549 P.를 포함 원충 특정 대립 유전자 (각각 G, T와 T). 세 가지 대립 유전자를 동시에 증폭이 상대적으로 그대로 P.의 존재를 나타냅니다 DNA 샘플에서 DNA 원충. 다른 대립 유전자 (PL-0041와 PL-1269에 대한 A)의 증폭은 샘플의 다른 변형체 종 (예를 들면, P. 삼일 열 원충은, P.가 개존증 또는 P. 원충)의 존재를 나타냅니다. PF-1549은 더 많은 피와 지역에 위치 따라서이 SNP를 지역의 측면에 원충 특정 때만 P.를 증폭 원충은 존재한다. PL-0071, PL-1245와 PL-0157은 P.를 포함 삼일 특정 대립 유전자 (각각 G, G 및 T). 다른 대립 유전자 (A, 각각 A와 C)의 증폭은 샘플의 다른 변형체 DNA의 존재를 나타냅니다. 감염되지 않은 모기는 모두 6 마커에 더 증폭이 없습니다. 
. 7 호스트 표 7. SNP 유전자형 : 인간, 닭, 소, 개, 염소, 돼지와 양 "NC"는 다음 표에 "아니오 호출"(더 증폭)을 의미합니다. 하지만 특정 호스트의 모든 SNP에 대한 일부 비특이적 증폭이 어떤 궤적에서 발생할 수 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
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Discussion
- 비행 (MALDI-TOF) 질량 분석 33-37 시간 PCR 증폭, 새우 알칼리 포스 파타 아제 (SAP) 반응, SNP 확장, 확장 제품 에어컨, 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 : MDA는 5 개의 주요 단계로 구성되어있다. 첫 번째 PCR 증폭 단계는 충분한 주형 DNA가 SNP 확장 단계에서 사용할 수 있도록 각각의 SNP를 측면에서는 DNA를 증폭한다. SAP 반응은 다음과 SNP 확장 단계를 방해 할 수있는 사용하지 않은 dNTPs를 중화. SNP 확장은 SNP의 궤적과 대량 수정 터미네이터 뉴클레오티드 당 하나의 확장 프라이머를 포함한다. 3'- 말단이 변형 된 뉴클레오티드 프라이머 확장에 혼입되는 것을 방지 후속 뉴클레오티드. 따라서, 단일 염기의 질량은 해당 SNP의 유전자형을 나타낸다.
이 접근법의 성공을 보장하는 가장 중요한 단계는 대상 생물체의 존재 다형성 좋은 데이터 세트를 구비한다의. 우리는 종 식별 (N> 900) 10,12,38-40과 KDR (N> 1000) 15, 18에 잘 특성화의 SNP를 사용했다. 변형체에 대한 구체적인 종의 SNP 123 P.의 시토크롬 B 서열의 서열 정렬로부터 확인되었다 원충, 97 P. 삼일 열, 11 P. 원충 18 P. 개존증 젠 뱅크에 사용할 수 있었던 아프리카에서 서열을 격리 할 것. 7 호스트 종 (인간, 닭, 소, 개, 염소, 돼지와 양)에서 시토크롬 B 시퀀스는 호스트 별 SNP 식별을 위해 젠 뱅크에서 수집되었다. 시퀀스 데이터의 이러한 큰 몸체를 바탕으로 분석 디자이너 소프트웨어를 사용하여 강력한 진단 분석법을 설계 할 수 있었다.
각 반응물을 수용 할 수있는 마커의 수는 이합체 전위 (0-1 스케일 0.9) 프라이머 주어진 공차 프라이머 믹스 생화학 호환성에 의해 결정된다. 거짓 프라이밍 잠재력, 저자가 기본값 (가장 엄격한 1)을 사용했다. R이 파라미터의 elaxation 잠재적 SNP를 본 연구에 포함 이외에 단일 반응에서 분석 할 수의 SNP의 수를 증가시킬 수있다.
PCR 증폭 단계는 전형적으로 견고하고 분석 초기 설계에서의 조정을 필요로하지 않는다. SNP 확장 믹스 (표 3)은, 그러나, 각각의 프라이머 달성 잡음비 충분한 신호를 확인하기 위해 질량 분석기를 이용하여 각각의 프라이머의 상대적인 양의 변형을 필요로 할 수있다. 제공되는 SNP 확장 프라이머 조리법은 이러한 조정의 결과입니다. 확장 프라이머 중에서 호환성 단일 반응에서 다중 될 수의 SNP의 총 수를 제한 할 수있다. 반응 부피는 (5-8 μL) 작기 때문에, 샘플 플레이트가 제대로 증폭 단계에서 증발을 방지하도록 밀봉 될 필요가있다.
다른 SNP 유전형 플랫폼 accommodat 수 있지만이 플랫폼은 동시에, 반응 당 35 개의 SNP까지 득점 할 수 있습니다반응 (41) 당 전자 천 이상의 SNP가. 게놈 시퀀싱 기술의 발전으로, 하나는 차세대 시퀀싱을 사용 29,42,43 수백만 개의 SNP를 획득 할 수있다. 그러나, 여기에 사용 된 기술은 많은 (100S-1,000)에 대한 개인 마커의 비교적 적은 수의 유전형 필요 연구 이상적인 응용을 제공한다. 다른 SNP 유전자형 플랫폼의 설계 제약의 추가 논의는 이전의 연구 (41)에 덮여있다.
MDA는 말라리아 벡터의 역학적으로 중요한 특성을 특성화 목표 및 자연 인구에서 수집 된 모기의 수천을 분석 중간 처리량 SNP 유전형 분석을위한 이상적인 프로토콜을 제공한다. MDA는 시약 비용 (2) 60 % 감소, 여러 마커를 이용하여 오탐 (false positive) / 네거티브 (3) 감소, 노동 시간의 90 % 감소를 통해 여기에 소개 (1)를 제공합니다. 제안 된 분석에 의해 역학 연구를 향상시킬 수 있습니다크게 데이터 수집을 용이. 또한, 인구의 기원에 대해, 살충제 저항, 기생충 감수성 및 호스트의 선택에 모기 샘플을 특성화하여 게놈 넓은 협회 연구를 향상시킬 수 있습니다. 마지막으로,이 MDA는 영감과 MALDI-TOF 기반 SNP 유전자형 플랫폼을 사용하여 다른 멀티 플렉스 분석 설계를위한 템플릿을 제공 할 수있다.
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Acknowledgments
우리는 박사 감사합니다. 탄자니아에서 모기 표본을 제공 글래스고 대학의 UC 데이비스 박사 카타리나 Kreppel에서 앤서니 코르 넬과 로라 노리스. 우리는 잠비아에서 모기 샘플을 공유하기 위해 공중 보건의 존스 홉킨스 대학원에서 양 Smita 다스 박사 더글러스 노리스 감사합니다. 우리는 또한 분석 디자인 교육에 대한 동물 유전학 연구소 이씨 V. 밀론 감사합니다. 이 작품은 R01AI 078183과 R21AI062929을 부여 건강의 국립 연구소에 의해 지원되었다.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| MassARRAY Analyzer Compact | Sequenom | MT9 | MALDI-TOF mass spectrometry for genomic applications to analyze nucleic acids. |
| MassARRAY Nanodispenser | Sequenom | RS1000 | Transfers completed iPLEX reaction products to the SpectroCHIP |
| iPLEX Gold Genotyping Reagent Set | Sequenom | 10158 | Reagents used for iPLEX assay including SAP kit. |
References
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