Protocol
1. Bereiding van Bacteriële en peptidoglycan Substrates
Opmerking: Hele cel bacteriële substraten en gezuiverd peptidoglycanen worden gebruikt als enzymsubstraten in zowel het microscoopglaasje diffusie assay en de kleurstof-afgifte test. Deze substraten vereisen voorbereiding voorafgaand aan het uitvoeren van de enzymreacties. Het volgende protocol beschrijft de bereiding.
- Hele bacteriële cel Substrate
- Produceren bacteriële cel substraat door inoculeren van 500 ml voedingsbouillon met 2 ml overnacht cultuur van Bacillus subtilis 168 (American Type Culture Collection, ATCC 23857). Incubeer bij 30 ° C onder schudden (125 rpm) totdat de kweek een exponentiële groeifase, gedefinieerd als een snelle groeifase resulteert in de verdubbeling van de bacteriecultuur bereikt. Voor de teelt van Salmonella enterica subsp. Enterica (ATCC 10708), gebruikt als voedingsbodem groeimedium bij 37 ° C onder schudden (125 rpm). Warmte-doden elke cultuur autoclaaf gedurende 10 minuten bij 121 ° C onder 3 atm druk.
- Oogst de hitte gedode bacteriële substraat door centrifugatie gedurende 20 minuten bij 5000 x g. Was de pellet driemaal met type 1 water en resuspendeer in een minimale hoeveelheid water. In deze studie, schorten de substraten in 1200 pl.
- Aliquot 300 pi van de bacteriële cel substraten 1,5 ml microfuge buizen en bewaren bij 20 ° C.
- Gezuiverd peptidoglycaan Substrate
- Zuiver peptidoglycan van het doel substraat bacterie 7-10 of het verwerven van een leverancier (zie materialen en apparatuur Table). Zuiver ruwe peptidoglycan voorbereidingen van accessoire celwandpolymeren.
2. Kwalitatieve microscoopglaasje Diffusion test [Aangepast van Lachica, et al. 11]
Opmerking: De microscoopglaasje diffusie assayeen kwalitatieve methode om de aanwezigheid van antimicrobiële enzym in een monster. Aangezien het enzym door een agarose matrix substraat diffundeert, een zone van clearing ontwikkelt als het enzym hydrolyseert het substraat. Het volgende protocol beschrijft de voorbereiding en uitvoering van het microscoopglaasje diffusie assay voor kwalitatief detecteren van de aanwezigheid van eiwit antimicrobiële middelen.
- Bepaal de concentratie van het antimicrobiële enzym worden beoordeeld met behulp van een bicinchoninezuur (BCA) Protein Assay Kit volgens het protocol van de fabrikant.
- Gebruik fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS) een enzym buffer; echter empirisch bepalen de buffer geschikt is voor de gegeven enzym.
- Voer een seriële verdunning van het antimicrobiële enzym met behulp van fosfaat gebufferde zoutoplossing (PBS) als reactiebuffer. De seriële verdunning gebruikt in deze microscoopglaasje diffusie assays geproduceerd laatste test eiwit massa van 0 pg, 10 pg, 100 pg, 1 ng, 10 ng, 100 ng, 1 ug, en 10 ug per reactievolume.
- Verdeel eiwit massa in individuele microcentrifugebuizen en pas eiwit volumes 20 pl PBS gebruiken als voorbereiding voor toevoeging aan reactiewells microscoopglaasje.
- Voeg een 0,5% agarose-oplossing door het oplossen van 0,25 g agarose in 50 ml PBS. Verwarm de oplossing tot kookpunt totdat de agarose volledig is opgelost. Bepaal waterverlies tijdens het smeltproces gewichtsprocent en weer toevoegen aan de oplossing.
- Voeg 50 ul van 10% natriumazide in water om de agarose vloeistof en breng de temperatuur van de oplossing tot 50 ° C in een waterbad. Het natriumazide wordt toegevoegd aan verontreinigende remmen bacteriegroei tijdens de incubatie van het microscoopglaasje diffusie assay. Als levensvatbare cellen worden gebruikt als substraat, laat de natriumazide van de agaroseoplossing.
- Ontdooi de hitte gedode bacteriële substraat op ijs.
- Resuspendeer de bacteriële substraat in 12 ml van de agarose oplossing ongeveer overeenkomen met de troebelheid van een 2,0 McFArland gelijkwaardigheid norm (zie Materials tabel). Vergelijk de troebelheid van de oplossingen door visualiseren van een zwarte lijn op een witte achtergrond met de oplossingen, toevoeging bacteriële substraat om de agarose tot bij benadering troebelheid bereikt.
- Onmiddellijk Pipetteer 3 ml agarose-substraatoplossing aan elk microscoopglaasje (25 x 75 x 1 mm 3).
- Na dia stollen, pons drie putten in de agarose-substraatlaag van elk microscoopglaasje met een kurkboor (4,8 mm diameter). Voeg 20 ul van elk eiwit gecorrigeerde seriële verdunning van hun respectievelijke putjes.
- Met PBS (20 pl) of runderserumalbumine (5 ug in 20 pl PBS) in een negatieve controle ook. Met bekende bacteriolytische enzymen geschikt voor het substraat, zoals lysozym, als positieve controle.
- Incubeer de dia in een vochtige kamer bij 37 ° C en de temperatuur optimale activiteit van het enzym. De lengte van de incubatie is afhankelijk van de concentratie enspecifieke activiteit van het antimicrobiële enzym. Een typische reactietijd ligt overnacht (ongeveer 16 uur).
- Na incubatie, let op de dia's in het kader van indirect licht en foto's maken van de ontwikkeling van test met behulp van een digitale spiegelreflexcamera met een 60 mm lens op een brandpuntsafstand van ongeveer 30 cm.
Noot: Enzymatische activiteit van het eiwit van de antimicrobiële bepaald substraat gecorreleerd is met de ontwikkeling van een heldere zone hydrolyse, welke vormen rond en het enzym in de agarose diffundeert. - Om de enzymatische activiteit in aanmerking komt, let op de afmetingen van de zones die vormen rond elk putje. Hoge enzymatische activiteit kwalitatief betrekking op een grotere zone, terwijl lage enzymatische activiteit kwalitatief betrekking op een kleinere zone.
3. Substrate Labeling - Remazol Brilliant Blue R Dye Labeling [Modified van Zhou 12]
Opmerking: In de kleurstof-afgifte test, het substraat covalent linked om briljante blauwe kleurstof R Remazol. Het volgende protocol beschrijft de bereiding van geverfde enzymsubstraten.
- Wordt 250 mM natriumhydroxide (NaOH) door het oplossen van 1 g NaOH in 99 ml type I water wordt gebruikt voor het maken van een 200 mM oplossing Remazol briljant blauw R kleurstof (RBB).
- Wordt 200 mM RBB oplossing door het oplossen van 1,25 g RBB in 98,75 ml ± 1 ml van een verse 250 mM NaOH-oplossing (stap 3,1).
- Resuspendeer hitte gedode bacteriële cellen bij een concentratie van 0,5 g versgewicht in 30 ml RBB oplossing. Voor gezuiverde peptidoglycaan, resuspendeer de peptidoglycaan in een concentratie van 0,3 g versgewicht in 30 ml RBB oplossing.
- Incubeer het reactiemengsel in een Erlenmeyer fles op een roterend platform gedurende 6 uur bij 37 ° C onder zachtjes mengen.
- Breng het reactiemengsel tot 4 ° C incubator en incubeer gedurende nog 12 uur onder zachtjes mengen.
- Na incubatie, verzamel de geverfde substraat door centrifugatie bij 3000 xggedurende 30 min. Schenk de kleurstofoplossing van het substraat pellet.
- Verwijder niet-covalent gebonden oplosbare kleurstof van het substraat door het wassen van de kleurstof gemerkte cellen of peptidoglycan herhaaldelijk (ongeveer 3-5 wasbehandelingen) met Type I water gevolgd door centrifugeren. Bij elke toevoeging van water, grondig resuspendeer de pellet.
Opmerking: Als geconsolideerd, oplosbare kleurstof niet meer zichtbaar in het waswater na centrifugeren. De ondergrond moet worden gegeven een extra wasbeurt. Merk op dat de ondergrond blauw zal blijven, terwijl de bovenstaande vloeistof van de laatste wasbeurt zal duidelijk zijn. - Bewaar de geverfde substraten gesuspendeerd in een minimale hoeveelheid water bij -20 ° C voor later gebruik.
4. Kwantitatieve Dye-afgifte test
Noot: Tijdens de kleurstof afgifte assay, de hydrolyse van RBB gekleurd substraat in de enzymreactie releases geverfde producten in de reactie supernatant. Colorimetrie van de hoeveelheid vrijgemaakte kleurstof geeft de amount enzymatische activiteit aanwezig in het monster voor een gegeven enzym. De kwantitatieve werkwijze maakt de vergelijking van verschillende enzymen in substraten en maakt variatie van omgevingscondities beïnvloeden de enzymatische reactie (bijvoorbeeld temperatuur, zoutgehalte, pH). Het volgende protocol beschrijft de voorbereiding en uitvoering van de kleurstof afgifte assay voor het kwantitatief detecteren van de enzymatische activiteit van antimicrobiële eiwitten.
- Voorbereiding van de Dye-afgifte test
- Laat de bevroren geverfde substraat op kamertemperatuur en tweemaal wassen met testbuffer (PBS), die empirisch wordt bepaald voor de gegeven enzym.
- Bereken de hoeveelheid substraat suspensie die nodig is voor de 200 ul reactievolume vermenigvuldigen met het aantal kleurstof afgifte assays uit te voeren.
- De ondergrond suspensie door toevoeging geverfde substraat om het volume testbuffer, bepaald 4.1.2, totdat een optische dichtheid (OD) van 2,0 wordt bereikt bij 595 nm met een spectrofotometer. In de functionele beperkingen van de spectrofotometer te blijven meten van de OD 2,0 1,0 595 als een 1: 1 verdunning van de geconcentreerde oplossing. Gebruik assay buffer als blanco.
Opmerking: Het substraat troebelheid van de reactie kan worden verhoogd dan 2,0 om de activiteitsniveaus van zeer efficiënte enzymen passen. - Schorsen de antimicrobiële eiwit te evalueren in assaybuffer bij een concentratie van ongeveer 1 mg / ml.
- Met de microplaat assay van een BCA Protein Assay Kit volgens het protocol van de fabrikant, werd de werkelijke concentratie van het eiwit te bepalen monster. Dient de concentratie van de voorraadsuspensie tot 1 mg / ml met behulp testbuffer.
- Met behulp van de Dye-afgifte test om te bepalen van de optimale Incubation Voorwaarden voor een eiwit Antimicrobial
- Verdun de voorraad proteïne antimicrobiële schorsing tot 100 ng / ul. Deze concentratie geeft afspronkelijke reactiemassa van 1 ug eiwit per volume (10 ui) toegevoegd aan de reactie assay.
- Bepaal het thermische bereik te worden beoordeeld op de bacteriolytisch eiwit. De verbrandingswaarde in deze testen onder 5 ° C, 15 ° C, 25 ° C, 35 ° C, 45 ° C, 55 ° C en 65 ° C.
- Voer het reactiemengsel assays 0,5 ml microcentrifugebuizen. Voor iedere thermische toestand, voeg 10 ul van de voorraad eiwitten tot 200 ul van voorbereide ondergrond schorsing.
- Incubeer in een thermische cycler voor 8 uur onder mengen door omkeren eenmaal per uur.
- Na incubatie aanhouding van de reacties door het toevoegen van 25 ul van ethanol.
- Verwijderen onverteerd, onoplosbare substraat door centrifugeren bij 3000 xg gedurende 2 minuten, en breng 150 ul van de supernatant per reactie reactiemengsel een 96 putjes met vlakke bodem microplaat, verzorgen de pellet onverteerd substraat niet te verstoren.
- Meet enzymatische activiteit van het eiwit Antimicrobial voor de gegeven substraat door de hoeveelheid van oplosbare kleurstof RBB losgemaakt van het substraat na enzymatische hydrolyse. Om de enzymatische activiteit te kwantificeren, meet de absorptie van de supernatant bij 595 nm onder toepassing van een microplaat spectrofotometer. Verhoogde absorptie door de oplosbare kleurstof afgegeven in de bovenstaande vloeistof van het gemerkte substraat een kwantitatieve meting van enzymatische activiteit.
Opmerking: De verandering in absorptie wordt vertegenwoordigd door activiteitseenheden (AU), waarbij 1 AU resulteert in een 0,01 toename in de optische dichtheid van de kleurstof afgifte reactie supernatant bij 595 nm. Een blanco reactie, geïncubeerd met alle reactiecomponenten behalve enzym wordt gebruikt om kleurstof die loskomt uit de RBB-gemerkt substraat door de incubatie aftrekken. De optimale enzymatische temperatuur biedt de piek activiteit unit meting. - Herhaal stappen 4.2.1 tot 4.2.7 middels verschillende incubatie buffers, de optimale bufferomstandigheden voor antimicrobiële enzym te bepalen. in tHese assays, gebruik PBS.
- Met de Dye-afgifte test aan de minimale actieve concentratie de optimale incubatietemperatuur bepalen voor een eiwit Antimicrobial
- Voer een seriële verdunning van de voorraad antimicrobiële eiwitten suspensie op met assay buffer. De verdunningsreeks bereik zal variëren met de werkzaamheid van het antimicrobiële enzym. De seriële verdunning gebruikt in deze assays geproduceerd eindassayconcentratie eiwit hoeveelheden 0 pg, 10 pg, 100 pg, 1 ng, 10 ng, 100 ng, 1 ug en 10 ug.
- Voer elke reactie test in een 48-well vlakke bodem microplaat. Voor elke assay staat, voeg 10 ul van de respectievelijke eiwitsuspensie tot 200 gl voorbereide ondergrond suspensie. Stel dat veranderingen in het volume van de eiwitoplossing aan het reactiemengsel toegevoegd aan 10 ui reactiebuffer gebruik.
- Sluit de microplaat met plaat afdichting film om het volume te variëren door verdamping te voorkomen. Incubeer in een shaker incubator bij de bepaalde optimale incubation temperatuur voor de gegeven eiwit antimicrobiële gedurende 16 uur onder schudden.
- Na incubatie aanhouding van de reactie door toevoeging van 25 gl ethanol aan elk putje en verwijderen onverteerde substraat door centrifugeren bij 3000 xg gedurende 2 minuten.
- Transfer 150 ul van de supernatant per reactie reactiemengsel een 96 putjes met vlakke bodem microplaat, verzorgen de pellet van de onverteerde substraat niet te verstoren.
- Om de enzymatische activiteit te kwantificeren, meet de absorptie van de supernatant bij 595 nm onder toepassing van een microplaat spectrofotometer. Een blanco reactie, geïncubeerd met alle reactiecomponenten behalve enzym wordt gebruikt om kleurstof die loskomt uit de RBB-gemerkt substraat door de incubatie aftrekken. Verhoogde absorptie door de oplosbare kleurstof afgegeven in de bovenstaande vloeistof van het gemerkte substraat een kwantitatieve maat voor enzymatische activiteit.
Opmerking: De verandering in absorptie wordt vertegenwoordigd door activiteiten eenheden (AU), waarbij 1 AU resultaten ineen 0,01 toename in de optische dichtheid van de kleurstof afgifte reactie supernatant bij 595 nm.
Representative Results
De microscoopglaasje diffusie test en de kwantitatieve dye-afgifte test zijn effectieve methoden voor het screenen en het meten van de eerste onderzoeken van de nieuwe eiwitten antimicrobiële middelen. Elke test heeft voordelen en beperkingen; Echter, wanneer deze wordt uitgevoerd in combinatie, ze laten een snelle eerste screening en de basiskarakterisering van een antimicrobiële.
Het microscoopglaasje diffusie assay maakt efficiënt de snelle screening van bibliotheken microbiële, produceert proteïne antimicrobiële middelen. Als dit enzym concentraties van belang zijn, kunnen detectiegevoeligheid beperkingen de assay beperken, die een grotere hoeveelheid enzym worden toegevoegd aan het reactiemengsel en dan de kleurstof-afgifte test. Zoals weergegeven in figuur 1, de kwalitatieve eigenschappen van de assay die waarnemer om relatieve hoeveelheden enzym aanwezig in elk putje te vergelijken.
figuur 1A (25 ug enzym), de voorrand van de zone wordt troebel of onvolledige lysis van het substraat, terwijl de zone die het dichtst bij de bron geeft een meer complete substraat lysis. Dit verschijnsel, een product van de afnemende concentratie van de diffuserende enzym aan de voorrand, compliceert de nauwkeurige meting van de zone diameter. Aangezien de putjes B (15 ug), C (10 ug), D (5 ug), E (1,0 ug) en F (0,1 ug) worden waargenomen in Figuur 1, de diameter van de zone van volledige lysis verdwijnt uitsterven correleren het verlaagde hoeveelheid enzym. Voor conditie F (0,1 ug), de enzymconcentratie in de agarose onder de limiet waarmee de diffunderende enzym worden gevisualiseerd als het door de agarose beweegt, hydrolyseren van het substraat. De microscoopglaasje diffusie test werd ook uitgevoerd met behulp van gezuiverde Bacillus subtilis Peptidoglycan als substraat (figuur 2). Terwijl de zone minder gedefinieerd dan waargenomen bij volledige cel Salmonella enterica vanwege de weerstand van de peptidoglycan gelijkmatig schorsen de agarose, de hydrolyse van het peptidoglycaan van de onbekende antimicrobiële enzym blijkt.
De kleurstof-afgifte assay is een assay gevoelig en flexibel dan het microscoopglaasje diffusie assay, waarbij een onderste detectielimiet en veranderingen in de milieufactoren die de enzymreactie. In de representatieve assays werd varieerde de optimale temperatuur voor de antimicrobiële enzym te bepalen, bepaald 35 ° C in PBS (figuur 3) zijn. Dit optimum is duidelijk te zien in de reactie supernatanten als verhoogde hoeveelheden blauwe kleur (figuur 3B) als weergegeven in activiteitseenheden afgeleid uit absorptiemetingen bij 595 nm (figuur 3A). Deveelzijdigheid van de kleurstof-afgifte test kan de onderzoeker niet alleen de temperatuur, maar ook de reactiebuffer en buffercomponenten snel bepalen optimale incubatieomstandigheden voor een gegeven enzym variëren.
Het activiteitsniveau van de onbekende antimicrobiële enzym (figuur 4) en de α-chymotrypsine control enzym (figuur 5) werden gemeten op de bepaalde optimale incubatietemperatuur van 35 ° C in PBS tegen RBB-gemerkte Bacillus subtilis hitte gedode substraat. Vergelijking van de resultaten van Figuur 4 en Figuur 5 geeft aan dat de onbekende antimicrobiële enzym bijna tweemaal de affiniteit voor de B. subtilis substraat. Bovendien heeft het α-chymotrypsine control niet volledig verteren het warmte gedode B. subtilis substraat in de put (gegevens niet getoond). De activiteit van de α-chymotrypsine controle begint plaatau ongeveer 0,3 ug vergelijking met de aanhoudende stijging van activiteitseenheden voor alle enzymen bedragen voor de onbekende antimicrobiële enzym (Figuur 4 en Figuur 5). Dit kan betekenen dat het onbekende enzym een hogere aanhoudende activiteit of dat er een groter aantal splitsingsplaatsen waarover het enzym in de B. subtilis substraat.
Figuur 1:. Enzymactiviteit tegen Salmonella enterica Totaal celsubstraat De microscoopglaasje diffusie assay werd gebruikt om de activiteit van een onbekend eiwit antimicrobieel tegen verhitting gedood Salmonella enterica subsp kwalitatief geëvalueerd enterica (ATCC 10.708).. Het eiwit massa van het onbekende antimicrobiële gesuspendeerd in fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS) die aan de respectievelijke putjes van toegevoegdde dia's onder 25 ug (nou ja A), 15 ug (nou ja B), 10 ug (nou ja C), 5 ug (nou ja D), 1 pg (nou ja E), en 0,1 ug (nou F). PBS alleen werd gebruikt voor de negatieve controles van de testen. Zones van lysis werden afgebeeld na een 6 uur incubatie. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Figuur 2:. Enzymactiviteit tegen Bacillus subtilis peptidoglycaan celwand De microscoopglaasje diffusie assay werd gebruikt om de activiteit van een onbekend eiwit antimicrobieel tegen peptidoglycan van Bacillus subtilis 168 kwalitatief geëvalueerd. Gesuspendeerd in 20 pi PBS, 10 pg van het onbekende antimicrobiële was goed A van de microslides toegevoegd. PBS alleen werd gebruikt als negatievecontrole voor de test (well B). De zone van lysis werd in beeld gebracht na een 6-uur incubatie bij 37 ° C. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Figuur 3:. Optimale reactietemperatuur voor een eiwit antimicrobiële De veelzijdigheid van de kleurstof afgifte assay maakt de variatie van fysische en chemische parameters, zoals incubatietemperaturen en buffers, hun invloed op de activiteit van het enzym plaats 6 bepalen. Zoals getoond in deze figuur, was de activiteit van het onbekende eiwit antimicrobiële (1 ug) in PBS geëvalueerd tegen RBB-gemerkte hitte gedode Bacillus subtilis onder uiteenlopende incubatietemperaturen. Weergegeven als activiteitseenheden (AU) in (A), de absorptie van RBB-bound producten die in de supernatant na hydrolyse werd gemeten bij 595 nm onder toepassing van een microplaat spectrofotometer. Bij elke temperatuur conditie, reactie zonder toegevoegd enzym werden gebruikt om de effecten van elke vrijgemaakte kleurstof die resulteerden uit incubatie bij verschillende temperaturen aftrekken. De reactie supernatanten overeenkomt met elke incubatietemperatuur werden voorafgaand aan de absorptie meting (B) afgebeeld. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Figuur 4:. Activiteit bereik voor een eiwit antimicrobiële Het bereik activiteit het onbekende eiwit antimicrobiële werd gemeten als activiteitseenheden na overnacht incubatie voor 0, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900 en 1000 ng , zoals gemeten met de BCA protein assay (A). Voor deze reacties, de RBB-gemerkte B. subtilis substraat verhoogd werd tot een optische dichtheid van 5,0 bij 595 nm te geven opdat de reactie met de grootste hoeveelheid enzym (1000 ng) niet volledig hydrolyseren beschikbare substraat in het reactiemengsel incubatieperiode. Controlereacties zonder toegevoegd enzym werden gebruikt om de effecten van elke vrijgemaakte kleurstof door de incubatie alleen aftrekken. De reactie supernatanten die overeenkomt met elk enzym bedrag werden voorafgaand aan de absorptie metingen (B) afgebeeld. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Figuur 5:. Activiteit Range voor α-chymotrypsine Activiteit bereik voor α-chymotrypsine werd gemeten als activity eenheden na overnacht incubatie voor 0, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900 en 1000 ng enzym (A). Voor deze reacties, de RBB-gemerkte B. subtilis substraat verhoogd werd tot een optische dichtheid van 5,0 bij 595 nm te geven opdat de reactie met de grootste hoeveelheid enzym (1000 ng) niet volledig hydrolyseren beschikbare substraat in het reactiemengsel incubatieperiode. Controlereacties zonder toegevoegd enzym werden gebruikt om de effecten van elke vrijgemaakte kleurstof door de incubatie alleen aftrekken. De reactie supernatanten die overeenkomt met elk enzym bedrag werden voorafgaand aan de absorptie metingen (B) afgebeeld. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Discussion
Het microscoopglaasje diffusie assay en de kleurstof-afgifte assay voordelen opleveren voor het detecteren en karakteriseren van eerder geïdentificeerde proteïne antimicrobiële middelen. Deze snelle en gevoelige methoden kunt high-throughput screening van het organisme source libraries voor de identificatie van enzymen die van belang zijn voorafgaand aan het investeren meer onderzoeksmiddelen. High profile doel enzymen zijn geïdentificeerd, kunnen variaties van de detectie-assays worden gebruikt om het enzym snel detecteren of biochemische eigenschappen van het enzym te bepalen. Bijvoorbeeld, tijdens een meerstaps eiwit zuiveringsschema, het microscoopglaasje diffusie assay kan snel fracties die het enzym van belang te detecteren. Bovendien kan de reactie optima voor het enzym worden bepaald door het veranderen van de reactie buffers en incubatietemperaturen in de kleurstof-afgifte test.
Het bereik enzym massa voor detectie in het microscoopglaasje diffusie assay is afhankelijk enzym karakteriStokjes. Detectie beperkingen van de assay algemeen vereisen het gebruik van grotere hoeveelheden enzym dan de kleurstof-afgifte test. In deze studie, vergelijking van de detectielimieten van het microscoopglaasje diffusie assay (figuur 1) om de kleurstof-afgifte assay (figuur 4) blijkt dat het microscoopglaasje diffusie assay is een minder gevoelige technieken dan de kleurstof-afgifte test. Wanneer enzymconcentratie is geen probleem, het microscoopglaasje assay maakt snelle initiële screening van bibliotheken voor de productie van eiwitten tegen antimicrobiële doelsubstraten met lage arbeidskosten en apparatuur vereist. Hoewel die meer inspanning en apparatuur, de kleurstof-afgifte test is gevoeliger en reproduceerbaar, waardoor kwantitatieve resultaten die vergelijking tussen kleurstof afgifte assays van dezelfde of verschillende enzymen voor een bepaald substraat mogelijk. Beide methoden worden gemakkelijk uitgevoerd in de meeste microbiologische laboratoria zonder de noodzaak van gespecialiseerde apparatuur. In de vertegentieve assays, de controle enzym, α-chymotrypsine werd gedetecteerd bij bedragen vanaf 100 ng (figuur 5) met de kleurstof-afgifte test, terwijl de gedetecteerde in het microscoopglaasje diffusie assay minimale bedroeg 1 ug (gegevens niet getoond).
Waardoor voorzieningen als kwalitatieve detectie assay voor antimicrobiële enzymen zijn een aantal variaties van de diffusie assay gemeld 11,13. Bij de herziening van deze testen, werd het microscoopglaasje diffusie test ontwikkeld voor de relatief hoge gevoeligheid als een eerste scherm en voor het gemak van de reactie naleving. Modificatie van het werk van Lachica et al. 11, waarin agarose overlays werden gebruikt voor de productie van nucleasen te detecteren door stammen van Staphylococcus aureus, het microscoopglaasje diffusie assay werkt vergelijkbaar met de radiale immunodiffusie werkwijze 14 als eiwit diffundeert uit de put in de agarose bevattende het substraat. De radiale immunodiffusie werkwijze stopt de uitbreiding van het gebied van immunoprecipitatie wanneer het systeem een complexvorming evenwicht tussen de diffunderende antigeen en antistof in de agarose bereikt. Daarentegen wordt het substraat van het microscoopglaasje diffusie assay aanvankelijk verteerd door de diffunderende antimicrobiële eiwit in een voortdurend groeiende zones van lysis rond de put. De toenemende diameter van de zone gaat door totdat de enzym activiteit verliest of het substraat wordt bereikt. De snelheid van de productie van de zone van lysis wordt versneld als de zuiverheid en dus tot een specifieke activiteit van het enzym of de concentratie van het enzym toegevoegd aan de put toeneemt.
Voor het kwantitatief beoordelen van de enzymatische activiteit van proteïne antimicrobiële middelen tegen hitte gedode B. subtilis, de kleurstof-afgifte test werd gekozen. Colorimetrische assays met behulp van Remazol briljante blauwe kleurstof R (RBB) -gemerkte substraten toe veelzijdig en gevoelige evaluatie van eiwit antimicrobiële activity. Enzymatische hydrolyse van RBB-gemerkt substraat resulteert in de afgifte van oplosbare blauwe producten die gemakkelijk door een spectrofotometer kan worden gemeten bij 595 nm. Verscheidene variaties van de RBB kleurstof afgifte assay ontwikkeld om andere eiwitten antimicrobiële enzymen karakteriseren, tonen de flexibiliteit van deze assay voor toepassing met andere substraten. Bijvoorbeeld het bepalen van de effecten van lysostafine bacteriolytisch activiteit, Zhou, et al. Rapporteerde een kleurstof-afgifte assay met behulp RBB-geverfd Staphylococcus cellen en staphylococcen peptidoglycaan als substraten 12. In een modificatie van de toepassing van deze RBB kleurstof-afgifte assay werd RBB-gemerkt Micrococcus luteus substraat voorgesteld voor gebruik als een snelle en gevoelige middelen voor de diagnose en het scherm van ziekten zoals bacteriële infectie en de aanwezigheid van een kwaadaardige carcinoom, dat kan worden gecorreleerd aan humane lysozym expressieniveaus in bloedserum 15. Bovendien RBB-gelabelde bacteriële cel substraten eenlso gebruikt in een zymogram werkwijze voor de detectie van 16 lysozym.
We tonen de verlaagde detectielimiet, het gemak en reproduceerbaarheid van de kleurstof afgifte assay, om snelle screening van bibliotheken van enzymproductie. Modificaties van de assay mogelijk maken downstream kwantitatieve biochemische karakterisering assays, met inbegrip van effecten van temperatuur, pH, zoutgehalte en de effecten van andere proteolytische enzymen op de activiteit van antimicrobiële eiwitten 6. Bovendien kan de kwantitatieve kleurstof afgifte assay worden gebruikt om de activiteiten van verschillende enzymen vergelijken voor een bepaald substraat. De RBB kleurstof-afgifte assay nut enzymen met activiteit tegen polysacchariden naast de karakterisering en detectie van eiwit antimicrobiële middelen beschreven. Pettersson en Eriksson rapporteerde een test voor het detecteren endoglycanase activiteit met amorf, RBB-geverfd polysaccharide kralen van cellulose, xylaan, mannan, en chit17 in. In een uitbreiding van deze bevindingen, een gevoelige detectiemethode voor chitinase enzymen die door Bacillus thuringiensis Bt-107 werd ontwikkeld met behulp van colloïdale chitine gemerkt met RBB 18. Uit deze en andere studies, commercieel beschikbare bronnen van RBB-geverfde substraten ontstaan voor gebruik bij detectie van glycolytische activiteit onder meer tegen keratine, amylopectine, amylose, glycogeen, laminarine, d-xylaan, Azo-glucaan gerst, en zetmeel.
In deze studie tonen we het nut van de kleurstof-afgifte test in een microplaat vorm, vermindering van de omvang van RBB-gemerkt substraat en enzym vereist om de colorimetrische resultaat. Zoals geïllustreerd in Figuur 4 en Figuur 5, de microplaat kleurstof-afgifte test levert een lagere detectiegrens dan microscoopglaasje diffusie assay voor enzymatische activiteit detectie. Met betrekking tot de snel gebruik, het behoud van de arbeid, en het gemak van interpretatie, de microfoonroslide diffusie assay biedt nut in eerste high-throughput schermen van antimicrobiële activiteit en de indicatie van antimicrobiële eiwitten aanwezig in downstream eiwitisolatie en zuiveringsstappen. De combinatie van deze twee assays vullen elkaar in de eerste screening en uiteindelijke karakterisering van nieuwe proteïne antimicrobiële
Disclosures
De auteurs verklaren dat ze geen concurrerende financiële belangen. The Mitre Corporation is een not-for-profit bedrijf dat meerdere federale overheid gefinancierde onderzoek en ontwikkeling (FFRDCs) werkt.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 48-well flat-bottom microplate with low evaporation lid | Becton Dickinson | 3078 | |
| 96-well flat-bottom microplate (Costar 3595) | Corning, Inc. | 3595 | |
| agarose | Fisher Scientific | BP162-100 | |
| α-chymotrypsin | MP Biomedicals | 215227205 | |
| Bacillus subtilis 168 | American Type Culture Collection | 23857 | |
| C1000 Touch Thermal Cycler | Bio-Rad | ||
| cork borer | Humboldt | H-9661 | |
| lysozyme | Sigma-Aldrich | L6876-1G | |
| McFarland equivalence standard (2.0) | Fisher Scientific | R20412 | |
| microslides | Fisher Scientific | 22-38-103 | |
| nutrient broth | Fisher Scientific | S25959B | |
| peptidoglycan of Bacillus subtilis 168 | Sigma-Aldrich | 69554-10MG-F | |
| phosphate-buffered saline (1x) | Teknova | P0200 | |
| Pierce BCA Protein Assay Kit | Life Technologies | 23227 | |
| Synergy HT microplate spectrophotometer | BioTek Instruments, Inc. | ||
| Remazol brilliant blue R dye (RBB) | Sigma-Aldrich | R8001 | |
| Salmonella enterica subsp. enterica | American Type Culture Collection | 10708 | |
| sodium azide | Fisher Scientific | S227-100 | |
| sodium hydroxide (NaOH) | Fisher Scientific | S318-500 | |
| Titer Tops pre-cut adhesive polyethylene film | Diversified Biotechnology | T-TOPS-50 | |
| UltraPure distilled water | Invitrogen | 10977-015 | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Solution | |||
| agarose solution 50 ml PBS 0.25 g agarose |
Add 10% sodium azide to the molten PBS/agarose solution | ||
| nutrient broth medium 4 g nutrient broth 500 ml Type I water |
|||
| 250 mM sodium hydroxide (NaOH) solution 1 g NaOH 99 ml Type I water |
|||
| 200 mM Remazol brilliant blue R dye (RBB) 1.25 g RBB 98.75 ml 250 mM NaOH solution |
References
- Anand, T. P., et al. Antimicrobial activity of marine bacteria associated with sponges from the waters off the coast of South East India. Microbiol Res. 161, 252-262 (2006).
- Tagg, J. R., Dajani, A. S., Wannamaker, L. W. Bacteriocins of gram-positive bacteria. Bacteriol Rev. 40, 722-756 (1976).
- Hibbing, M. E., Fuqua, C., Parsek, M. R., Peterson, S. B. Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle. Nat Rev Microbiol. 8, 15-25 (2010).
- Riley, M. A., Gordon, D. M. The ecological role of bacteriocins in bacterial competition. Trends Microbiol. 7, 129-133 (1999).
- Tenover, F. C. Mechanisms of antimicrobial resistance in bacteria. Am J Med. 119, S3-S10 (2006).
- Farris, M. H., Steinberg, A. D. Mitrecin A, an endolysin-like bacteriolytic enzyme from a newly isolated soil streptomycete. Lett Appl Microbiol. 58, 493-502 (2014).
- Dehart, H. P., Heath, H. E., Heath, L. S., Leblanc, P. A., Sloan, G. L. The Lysostaphin Endopeptidase Resistance Gene (epr) Specifies Modification of Peptidoglycan Cross Bridges in Staphylococcus simulans and Staphylococcus aureus. Appl Environ Microbiol. 61, 2811 (1995).
- Srivastava, K. K., Siddique, I. H. Quantitative chemical composition of peptidoglycan of Listeria monocytogenes. Infect Immun. 7, 700-703 (1973).
- Heilmann, H. D. On the peptidoglycan of the cell walls of Pseudomonas aeruginosa. Eur J Biochem. 31, 456-463 (1972).
- Schumann, P. Taxonomy of Prokaryotes. Rainey, F., Oren, A. 38, Academic Press. (2011).
- Lachica, R. V., Genigeorgis, C., Hoeprich, P. D. Metachromatic agar-diffusion methods for detecting staphylococcal nuclease activity. Appl Microbiol. 21, 585-587 (1971).
- Zhou, R., Chen, S., Recsei, P. A dye release assay for determination of lysostaphin activity. Anal Biochem. 171, 141-144 (1988).
- Osserman, E. F., Lawlor, D. P. Serum and urinary lysozyme (muramidase) in monocytic and monomyelocytic leukemia. J Exp Med. 124, 921-952 (1966).
- Mancini, G., Carbonara, A. O., Heremans, J. F. Immunochemical quantitation of antigens by single radial immunodiffusion. Immunochemistry. 2, 235-254 (1965).
- Ito, Y., Yamada, H., Imoto, T. Colorimetric assay for lysozyme using Micrococcus luteus labeled with a blue dye, Remazol brilliant blue R, as a substrate. Chem Pharm Bull. (Tokyo). 40, 1523-1526 (1992).
- Hardt, M., Guo, Y., Henderson, G., Laine, R. A. Zymogram with Remazol brilliant blue-labeled Micrococcus lysodeikticus cells for the detection of lysozymes: example of a new lysozyme activity in Formosan termite defense secretions. Anal Biochem. 312, 73-76 (2003).
- Pettersson, B., Eriksson, K. E. A standardized spectrophotometric assay of endoglycanase activities using dyed, amorphous polysaccharides. Anal Biochem. 285, 220-224 (2000).
- Gomez Ramirez, M., Rojas Avelizapa, L. I., Rojas Avelizapa, N. G., Cruz Camarillo, R. Colloidal chitin stained with Remazol Brilliant Blue R, a useful substrate to select chitinolytic microorganisms and to evaluate chitinases. J Microbiol Methods. 56, 213-219 (2004).
