Summary
Здесь мы приводим протокол для исследования генома широкого метилирование ДНК в крупномасштабных клинических исследованиях пациентов скрининга с использованием Метил-Binding ДНК захвата секвенирование (MBDCap-Seq или MBD-Seq) технологии и анализ трубопровода последующих биоинформатики.
Abstract
Метилирование является одним из основных эпигенетических модификаций ДНК, который отвечает за точное регулирование генов, необходимых для устойчивого развития и дифференциации различных типов тканей. Нарушение регуляции этого процесса часто является признаком различных заболеваний, таких как рак. Здесь мы опишем один из последних методов секвенирования, Метил-Binding ДНК захвата секвенирование (MBDCap-Seq), используемый для количественного определения метилирования в различных нормальных и болезненных тканей для больших когорт пациентов. Мы описываем подробный протокол этого сродства подхода по обогащению наряду с биоинформатики трубопровода для достижения оптимального количественного определения. Этот метод был использован для секвенирования сотни пациентов через различные виды рака, как часть methylome проекта 1000 (Рак системы Methylome).
Introduction
Эпигенетическая регуляция генов через метилирование ДНК является одним из основных механизмов , необходимых для определения судьбы клеток путем стабильной дифференциации различных типов тканей в организме 1. Дисрегуляция этого процесса, как известно, вызывают различные заболевания , включая рак 2.
Этот процесс в основном включает добавление метильных групп на остатке цитозина в динуклеотидах CpG ДНК 3. Есть несколько различных методов , используемых в настоящее время для изучения этого механизма, каждый из которых имеет свои преимущества , как описано во многих исследованиях 2-8. Здесь мы обсудим один из этих методов, называемых Метил-связывающих ДНК Захват секвенирование (MBDCap-сл), где мы используем технологию обогащения сродством для идентификации метилированные области ДНК. Этот метод основывается на метил-связывающую способность белка MBD2 обогащать для геномных фрагментов ДНК, содержащих метилированные сайты CpG. Мы используем коммерческий денатурат набор по обогащению ДНКдля выделения этих метилированных регионов. Наша лаборатория скринингу сотни образцов пациентов, используя эту технику и здесь мы предлагаем комплексный оптимизированный протокол, который может быть использован для изучения больших когорт пациентов.
Как видно с любой технологией секвенирования следующего поколения, MBDCap-сл также требует подхода конкретных биоинформатики для того, чтобы точно определить их уровни метилирования по образцам. Там было много недавних исследований в целях оптимизации процесса нормализации и анализа данных секвенирования 9, 10. В этом протоколе, мы демонстрируем один из этих методов, реализующих уникальный подход для восстановления чтения - LONUT - с последующей линейной нормализации каждого образца, с тем чтобы объективные сравнения между большим количеством образцов пациентов.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Все ткани получены после одобрения комитета Institutional Review Board, и когда все участники согласились с обеих молекулярных анализов и последующих исследований. Протоколы утверждаются Комитетом по изучению человека в Университете Техаса Научного центра здоровья в Сан-Антонио с.
1. Метил-связывание ДНК захвата (MBDCap)
- Сбор образцов и выделения ДНК
- Сбор объемной опухоли или образцы нормальных тканей от парафином образцов тканей пациента.
- Используйте коммерческий набор ДНК мини для выделения геномной ДНК из парафином образцов ткани в соответствии с протоколом производителя.
- Используйте метилированный набор по обогащению ДНК с процедурой, описанной здесь, в соответствии с протоколом производителя.
- Первоначальная мойка шарик
Примечание: тесьма используются для пары с MBD-биотина белком, который обнаруживает метилирование ДНК на геном. Шарики, как правило, приостановленов маточном растворе. Используйте эти шаги, чтобы смыть эту жидкость.- Ресуспендируют запас стрептавидином гранул (см Материалы таблицу), осторожно пипеткой вверх и вниз до получения однородной суспензии. Не следует смешивать бусы встряхиванием.
- За один мкг входной ДНК, add10 мкл шариков в пробирку с 90 мкл 1x Bind / промывочного буфера. Поворот в течение 1 мин. Не следует смешивать встряхиванием.
- Поместите пробирку (ы) на магнитной стойке в течение 1 мин.
- Удалите жидкость с помощью пипетки и удалите жидкость.
- Добавить 250 мкл 1x Bind / промывочного буфера к шарикам и вращаться в течение 1 мин.
- Повторите шаги 1.2.3 - 1.2.5 дважды.
- Муфта белка MBD-биотина к шарикам
- Для 1,2 мкг ввода ДНК, добавить 7 мкл (3,5 мкг) белка MBD-биотина в каждую пробирку.
- Добавить 93 мкл 1x Bind / промывочного буфера с белком, чтобы сделать окончательный объем 100 мкл.
- Смешайте шарики-белоксмесь на вращающемся смесителе при комнатной температуре в течение 1 ч.
- Фрагментированной ДНК (вход)
- Разрушать ультразвуком ДНК путем добавления 1,2 мкг тотальной геномной ДНК в 96 мкл ТЕ-буфера и 24 мкл 5х Bind / промывочного буфера, чтобы сделать раствор 120 мкл. Используйте 30 сек питание и 30 сек питание во время озвучивания, 20 - 25 раз.
- Выполнить 1 мкл обработанной ультразвуком раствора ДНК с использованием системы Bioanalyzer с комплектом ДНК коммерческой высокой чувствительности, чтобы проверить размер фрагментов, чтобы быть в диапазоне от 150 - 350 пар оснований в соответствии с протоколом производителя.
- Вымойте MBD-шарики
- Поместите пробирку, содержащую MBD-бусины на магнитной стойке в течение 1 мин.
- Удаляют жидкость с пипеткой, не касаясь бусинок.
- Ресуспендируют бусины с 250 мкл 1x Bind / промывочного буфера.
- Смешайте бусинки на вращающемся смесителе при комнатной температуре в течение 5 мин.
- Повторите шаги 1.5.1 - 1.5.4 дважды.
- Реакцию Fragmented захвата ДНК (1 мкг ДНК ввод)
- Перенести смесь ДНК / буфера в пробирку, содержащую MBD-бусинки.
- Смешайте MBD-бусинки с ДНК на вращающемся смесителе в течение 1 часа при комнатной температуре. В качестве альтернативы, смешать O / N при 4 о С.
- Удаление без захваченное ДНК из шариков
- После смешивания ДНК и MBD-бусинки, поместите трубку на магнитной стойке в течение 1 мин, чтобы сконцентрировать все бусин на внутренней стенке трубки.
- Удалить надосадочную жидкость с помощью пипетки и сохранить его в чистом ДНКазой свободной микроцентрифужных трубки в качестве nonmethylated ДНК. Храните этот образец на льду.
- Добавить 200 мкл 1x Bind / промывочного буфера к шарикам, чтобы вымыть бисером.
- Смешайте бусинки на вращающемся смесителе в течение 3 мин.
- Поместите пробирку на магнитной стойке в течение 1 мин.
- Удалите жидкость с помощью пипетки и сохранить его в микроцентрифужных трубки.
- Для колпачкомTURE реакции ≤1 мкг входной ДНК, повторите шаги 1.7.3 - 1.7.6 для более 2 мытья фракций в общей сложности.
- Одно фракции элюции
- Смешать с низким содержанием соли буфер с высоким содержанием соли буферного раствора (1: 1), чтобы получить буфера для элюции (1000 мМ NaCl).
- Ресуспендируют бисером в 200 мкл буфера для элюции (1000 мМ NaCl).
- Выдержите бусинки на вращающемся смесителе в течение 3 мин.
- Поместите пробирку на магнитной стойке в течение 1 мин.
- С помощью трубки в месте на магнитной стойке, удалить жидкость с помощью пипетки, не касаясь бусинок с кончиком пипетки, и сохранить его в чистом ДНКазой свободной 1,5 мл микроцентрифужных трубки. Храните этот образец на льду.
- Повторите шаги 1.8.1 - 1.8.4 один раз, собирая вторую пробу в той же трубе (общий объем будет составлять 400 мкл). Хранить объединенного образца на льду.
- Этанол осадков (ДНК зачистка)
- Каждому noncaptured, промывка и элюирование фракции фром предыдущие шаги, добавить 1 мкл гликогена (20 мкг / мкл, входит в комплект), объем 1/10 образец 3М ацетата натрия, рН 5,2 (например, 40 мкл на 400 мкл образца) и 2 тома выборки из 100% этанол (например, 800 мкл на 400 мкл образца). Общий объем составляет 1,241 мкл.
- Хорошо перемешать и инкубировать при температуре -80 о С в течение не менее 2 ч.
- Центрифуга трубки в течение 15 мин при 11,363 мкг при 4 о С.
- Осторожно удалите супернатант, не нарушая гранул.
- Добавить 500 мкл холодного 70% -ного этанола.
- Центрифуга трубки в течение 5 мин при 11,363 мкг при 4 о С.
- Осторожно удалите супернатант, не нарушая гранул.
- Повторите шаги 1.9.6 - 1.9.7 один раз и удалите оставшуюся остаточный супернатант.
- Высушите осадок в течение ~ 5 мин. Не полностью высушить осадок.
- Ресуспендируют осадок ДНК в 37,5 мкл ДНКазы без воды или другихсоответствующий объем буфера.
- Поместите ДНК на льду или хранить ДНК при температуре -20 ° С или ниже до дальнейшего использования.
- Проверьте , что общее количество ДНК составляет более 20 нг, (например, использовать флуорометрического систему количественного определения см Материалы таблицу).
2. Секвенирование
- Используйте фрагменты ДНК, выделенной из процедуры MBDCap для секвенирования. Для каждого образца, чтобы быть секвенирован, а общее количество 20 - 40 нг ДНК необходима для подготовки библиотеки.
- Для ДНК-сл подготовка библиотеки используют полностью автоматизированную систему строительства библиотеки (см Материалы таблицу) и следовать по стандартному протоколу , поставляемый изготовителем. Выберите фрагменты ДНК размером 200 - 400 пар оснований для подготовки библиотеки. Система подготовки автоматизации библиотек позволяет стандартизировать процедуру подготовки библиотеки и сводя к минимуму колебания между образцов из-за ручного приготовления.
- Используйте адаптер премьерRS и разбавить до концентрации 100х. Из этого, используют 10 мкл для каждого образца.
- После этапа 2.2, достают реакцию, и количественно ДНК-сл библиотеку с помощью флуорометрического системы (см количественный материалы таблицу).
- Процедура установки ПЦР-амплификации. Выбор Master Mix ПЦР является повышение эффективности ПЦР-GC обогащенные области генома. В ПЦР - пробирку, добавляют 15 мкл ДНК-Seq библиотеки, 25 мкл ПЦР - смеси мастер - микс (см Материалы таблицу), 2 мкл ПЦР - смеси праймера (см Материалы таблицу), и 8 мкл H 2 O.
- Следуйте ПЦР рекомендации от производителя мастер - смеси ПЦР, изменяя велосипедного времени и температуры для отличающихся исходных материалов: 98 ° С в течение 45 с, X циклов 98 ° С в течение 15 с, 65 ° С в течение 30 с, 72 ° С в течение 30 с, а затем 72 ° С в течение 1 мин. Держите при температуре 4 о С.
- PerfОРМ достаточно циклов, чтобы в конечном итоге с 2 - 10 нМ библиотеки ДНК (8 - 10 циклов).
- Очистка реакции ПЦР с соотношением 1: ПЦР - очистки шариков в соответствии с протоколом производителя 1 (См Материалы таблицу).
- Элюировать 20 - 30 мкл буфера для элюции.
- Штрих-код каждого образца и бассейн 4 образца в одну полосу клетки потока. Используйте стандартный 50 н.п. один протокол чтения для секвенирования (см Материалы таблицу).
3. Биоинформатика анализ
Примечание: дополнительно обрабатывать сырые fastq файлы, полученные из секвенирования для выполнения контроля качества и отображения коротких последовательностей ДНК (читает) в геном.
- Использование Боути короткого чтения Согласователь, генома инструмент отображения каждого файла образца fastq для отображения чтений на референсный геном. Многие инструменты для отображения чтения доступны для выполнения этого действия, и могут быть использованы на основе индивидуальных предпочтений.
- Разрешить до 2 несовпадений в Wholе читает во время отображения на референсный геном. Доклад до 20 лучших трасс для каждой операции чтения. Например, используйте бабочку -v 2 --best -k 20 --chunkmbs 200 <ebwt> <fastqFile> <alignFile>.
- Используйте LONUT 9 для восстановления многократно сопоставляется читает , чтобы улучшить обнаружение обогащенных областей. Для каждой операции чтения, не более одного выравнивания будут восстановлены, когда он находится достаточно близко к любой из вышеперечисленных называемых пиков. Например, используйте: Perl lonut.pl -g hg19 -w 250 -p 99 <alignFile> <OutputPath>. LONUT будет выполнять следующие шаги.
- Split выравнивания в однозначно сопоставляются читает и многократно сопоставляется читает. Вызов на пик однозначно сопоставляются считывает с помощью пикового вызывающему BELT 11. Опция -w 250 и -p 99 в примере команды предназначены для поясу.
- Комбинат однозначно сопоставляются считывает с восстановленными чтений с использованием LONUT, и объединенный читает, в формате BED, будут использованы в дальнейшем анализе. Подсчитать количество Комбенред читает для будущей нормализации.
- Bin чтений. Экстракт читает в области интереса с помощью Perl скрипт: Perl methyPipeline.pl <sampleInfoFile> <refGeneFile> -до <вверх по течению расширения длина> -dn <вниз по течению расширения длина>. Для каждого файла кровати перечисленных в sampleInfoFile, то выполняет скрипт на Perl ниже задачи.
Примечание: Смотрите дополнительный файл кодирования для Perl скрипта.- Bin чтений в фиксированный размер бен, например, на 100 базисных пунктов, для 24 хромосом.
- Для каждого гена, указанного в refGeneFile, извлечь бункеров вокруг сайта инициации транскрипции (TSS), до протягивания длины, указанной опцией -up и -dn. Например, извлечь данные в регионе, который до и после 4 кб TSS. На бен размер 100 п.н., этот извлеченный данные есть 81 бункеров, а центр бин соответствует TSS.
- Для этого гена на антисмысловой цепи, переворачивать выделенной области слева направо, так что вверх по течению мусорные ведра всегда PLACED слева со сценарием Perl.
- Далее разделить ± 4 кб область TSS в трех субрегионов: слева, вверх по течению 4 кб до 2 кб вверх по течению; Средний, вверх и вниз по течению 2 кб; Право, вниз по течению 2 кб до 4 кб.
- Для каждого образца, разделите количество операций чтения в каждом бункере по общему числу комбинированных сопоставляются чтений рассчитывается в 3.3.3. Нормализация устранит конкретного образца чтения различия и позволяет сравнивать читает в разных образцах.
- Выполните скрипт Баш (как указано в файле сценария) для выполнения статистического теста на нормализованный чтений с использованием левого области, для обнаружения дифференциального метилирования между нормальной и случайной группе в регионах, описанных как в фланкирующего.
Примечание: Смотрите дополнительный файл кодирования для сценария Баш. Исходя из регионов, которые по-разному метилированные, есть семь комбинаций:
Весь регион: дифференциал метилирования по всему ± 4 кб области TSS
MiddleLeft: дифференциальное метилирование как в средней и левой области
MiddleRight: дифференциальное метилирование как в средней и правой области
Пашина: дифференциальное метилирование в левой и правой области
Слева: дифференциальное метилирование в левой области только
Справа: дифференциальное метилирование в правой области только
Средний: дифференциальное метилирование в средней области только - Используйте тот же самый Баш скрипт для визуализации дифференциального метилирования в смерча участке. Участок гипер и гипо метилированных генов на отдельной панели, и сортировать в порядке комбинации области, как описано в разделе 3.4, соответственно.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Мы использовали MBDCap-SEQ для изучения метилирования ДНК изменения в большом количестве пациентов с различными типами рака молочной железы , включая 12, 13 , рак эндометрия, простаты 14 и рака печени среди других. Здесь мы демонстрируем некоторую информацию из исследования рака молочной железы , опубликованной недавно 12. В данном случае мы использовали весь секвенирование генома подход к идентификации CpG островков, которые дифференцированно метилируют опухоли по отношению к нормальным в различных геномных областей. В ходе расследования выяснилось, что из общего числа исследовали CpG островов, расположенных в промоторах генов (п = 13,081), 19,5% показали дифференциальное метилирование в опухолях по сравнению с нормальными. Аналогичным образом, из 6959 островов внутригенных CpG, 55,2% показали дифференциальное метилирование. Межгенная промоутеры показали 28,1% 4,847 и промоторов генов без CpG островов, 1,8% от 5,454 исследованных регионов показали дифференциальное метилирование ДНК (Рис . 1А) Визуальное представление(Фигура 1В) показаны репрезентативные примеры областей , рассмотренных выше. Heatmap ясно изображает метилированные регионы через 77 опухолей молочной железы, 10 молочных желез нормальных тканей и клеточных линий рака молочной железы 38. Количественное метилирования, как описано в протоколе биоинформатики, детально описанной в этой рукописи, позволяет выполнять различные статистические тесты по этим образцам пациентов, чтобы выявить существенные различия в метилирования всей популяции или субпопуляции. Такой анализ подход дает нам проверяемые цели для дальнейшего изучения эпигенетических механизмов в этих образцах пациентов. После того, как эти цели будут определены, уровни метилирования может быть дополнительно количественно и проверены с использованием Пиросеквенирование. MBDCap-сл обеспечивает геномную разрешение около 100 - 200 пар оснований для целевых задач. Для того, чтобы получить еще одну резолюцию, отдельные места CpG в этих регионах могут быть выбраны для пиросеквенирования количественной оценки. Мы используем этот подход к Quanтифы и проверять метилирования различия , наблюдаемые в MBDCap-Seq данных на большем разрешении и для сравнения между отдельными группами пациентов. Рисунок 2 показывает количественное определение метилирования в 2 рака эндометрия подгруппы единовременными (NR) по сравнению с рецидивирующим (R). На рисунке изображен уровень метилирования ДНК для каждого пациента в 2-х группах на разных сайтах CpG в промоторной CpG острова идентифицированного гена-мишени SFRP1.
Рисунок 1:. Гиперметилирование ДНК в образцах рака молочной железы по отношению к нормальной ткани молочной железы в промоторных и не промоторных CpG островков захвата Метил секвенирование (MBD-сл) был использован для создания метилирования ДНК профили геномов опухолей молочной железы (n = 77) и нормальной ткани молочной железы (п = 10). (А) Ре графики демонстрируют дифференциальное метилирование промотора, внутригенной и межгенную CGI , а также не-CGI промоторные области. (В) Пример , показывающий локусам промотор CGI, внутригенную, межгенная и без CGI промоторные области. Пунктирные квадраты выделить области , соответствующие гиперметилированием рака молочной железы. Пожалуйста , нажмите здесь , чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.
Рисунок 2: Количественная метилирования ДНК с использованием Пиросеквенирование сайтов CpG в идентифицированной гена - мишени метилирование ДНК SFRP 5 промоторной области в рецидивирующих и единовременных больных раком эндометрия , обнаруженных пиросеквенирования.. Каждый сайт представляет собой один сайт CpG (R: рецидивирующий, п = 21 и NR: Непериодические, п = 71). Графики показывают,средние и ошибок столбики показывают стандартную ошибку среднего или SEM. Пожалуйста , нажмите здесь , чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Методика MBDCap-сл представляет собой подход , обогащение сродства 3, рассматривается как экономически эффективную альтернативу при исследовании когорты с большим количеством пациентов 15. Трубопровод, представленный здесь описывает комплексный подход от закупок образца для анализа и интерпретации данных. Одним из наиболее важных этапов создания процедуры ПЦР-амплификации с целью повышения эффективности ПЦР-GC обогащенные областей в геноме, как это имеет место, где метилирование ДНК. Кроме того, важно, чтобы гарантировать, что после того, как секвенирование, каждый образец имеет, по крайней мере, более чем 20 миллионов однозначно сопоставляются читает в геном. Это покрытие , как ожидается , чтобы обеспечить достаточное обогащение или последовательности глубины для отображения всего генома 12. Если это покрытие не выполняется во время первого раунда секвенирования для конкретного образца и более ДНК для этой выборки из части он доступен, еще один раунд секвенирования во второй части могут быть запущены. Результирующая чтений могут быть объединены с гEADS с первого раунда, чтобы достичь охвата. Общие эксперименты должны быть разработаны , чтобы включать в себя некоторые биологические элементы управления (например, нормальная ткань) с учетом смещения на основе таких факторов , как копирование число вариаций 15.
Наш подход биоинформатики для изучения метилирования ДНК, наблюдаемых в образцах пациентов дает возможные гены-мишени, которые показывают дифференциальное обогащение метилирования в основной промотор, промотор береговых областей, а также различные их комбинации. Несмотря на то, что MBDCap-сл может максимально достигать разрешения вниз только до 100 б.п., различие этих регионов в ядро и берегом, как описано в протоколе позволяет определить потенциальные целевые регионы для дальнейшего изучения регуляторных ролей дифференциального метилирования обогащения и проведения будущих механистических исследований. Здесь мы также опишем способ визуализации этих выявленных регионов с использованием участков Торнадо, который обеспечивает обзор дифференциального обогащенияузоры.
Существуют и другие методы, которые основаны на химической конверсии неметилированной цитозина в урацил по бисульфида натрия через дезаминирования, а также обеспечить более полный охват метилирования ДНК в одной резолюции нуклеотида. Обычно после бисульфидного преобразования, ДНК секвенировали с использованием Пиросеквенирование для целевых на основе экспериментов, или всего генома дробовика бисульфидного секвенирование (BS-сл). Эти методы решения ограничения методики, описанной здесь, как MBDCap-SEQ может достичь только в большей разрешением до 100 базисных пунктов. Тем не менее, несмотря на эти подходы будучи более полной, они относительно дороги и может экспоненциально увеличить стоимость как глубина секвенирование или числа пациентов, увеличивается. С другой стороны, обычно используемые бисульфидного микрочипов платформы являются экономически эффективными, но обеспечивают относительно низкий охват с зондами исследовании областей, близких к промоторов генов, а не весь геном. MBDCap-сл однако, обеспечиваетбаланс между этими методами секвенирования с высокой стоимостью и недорогих метилирования массивов 16. Мы используем этот протокол для изучения метилирования ДНК в большом количестве когорт пациентов, как часть проекта Рак Methylome System 10 и могут быть использованы в будущих исследованиях с участием больших групп пациентов.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Этот протокол разработан в лабораториях Dr. Tim Huang и д-ра Виктора Джин в Университете Техаса Научного центра здоровья в Сан-Антонио.
Acknowledgments
Работа выполнена при поддержке CPRIT Research Training Award RP140105, а также при частичной поддержке Национального института здоровья (NIH) грантов R01 GM114142 и Фонда исследований Уильям и Элла Owens Medical.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Methylminer DNA enrichment Kit | Invitrogen | ME10025 | |
| Dynabeads M-280 Streptavidin | Invitrogen | 112-05D | |
| Bioruptor Plus Sonication Device | diagenode | B01020001 | |
| 3 M sodium acetate, pH 5.2 | Sigma | S7899 | 100 mL |
| SPRIworks Fragment Library System I | Beckman Coulter | A50100 | Fully automated library construction system |
| Adapter Primers | Bioo Scientific | 514104 | PCR primer mix |
| Qubit | Invitrogen | Q32854 | Fluorometric Quantitation System |
| PCR master mix | KAPA scientific | KK2621 | PCR master mix |
| AMPure XP | Beckman Coulter | A63881 | PCR Purification beads |
| EB Buffer | Qiagen | 19086 | |
| HiSeq 2000 Sequencing System | Illumina |
References
- Trimarchi, M. P., Mouangsavanh, M., Huang, T. H. Cancer epigenetics: a perspective on the role of DNA methylation in acquired endocrine. Chin. J. Cancer. 30, 749-756 (2011).
- Nair, S. S., et al. Comparison of methyl-DNA immunoprecipitation (MeDIP) and methyl-CpG binding domain (MBD) protein capture for genome-wide DNA methylation analysis reveal CpG sequence coverage bias. Epigenetics. 6, 34-44 (2011).
- Zuo, T., Tycko, B., Liu, T. M., Lin, J. J., Huang, T. H.
- Clark, C., et al. A comparison of the whole genome approach of MeDIP-seq to the targeted approach of the Infinium HumanMethylation450 BeadChip((R)) for methylome profiling. PLoS One. 7, e50233 (2012).
- Walker, D. L., et al. DNA methylation profiling: comparison of genome-wide sequencing methods and the Infinium Human Methylation 450 Bead Chip. Epigenomics. , 1-16 (2015).
- Huang, Y. W., Huang, T. H., Wang, L. S. Profiling DNA methylomes from microarray to genome-scale sequencing. Technol. Cancer Res. Treat. 9, 139-147 (2010).
- Serre, D., Lee, B. H., Ting, A. H. MBD-isolated Genome Sequencing provides a high-throughput and comprehensive survey of DNA methylation in the human genome. Nucleic Acids Res. 38, 391-399 (2010).
- Brinkman, A. B., et al. Whole-genome DNA methylation profiling using MethylCap-seq. Methods. 52, 232-236 (2010).
- Wang, R., et al. LOcating non-unique matched tags (LONUT) to improve the detection of the enriched regions for ChIP-seq data. PLoS One. 8, e67788 (2013).
- Gu, F., et al. CMS: a web-based system for visualization and analysis of genome-wide methylation data of human cancers. PLoS One. 8, e60980 (2013).
- Lan, X., Bonneville, R., Apostolos, J., Wu, W., Jin, V. X. W-ChIPeaks: a comprehensive web application tool for processing ChIP-chip and ChIP-seq data. Bioinformatics. 27, 428-430 (2011).
- Jadhav, R. R., et al. Genome-wide DNA methylation analysis reveals estrogen-mediated epigenetic repression of metallothionein-1 gene cluster in breast cancer. Clin. Epigenetics. 7, 13 (2015).
- Hsu, Y. T., et al. Promoter hypomethylation of EpCAM-regulated bone morphogenetic protein gene family in recurrent endometrial cancer. Clin. Cancer Res. 19, 6272-6285 (2013).
- Wang, Y. V., et al. Roles of Distal and Genic Methylation in the Development of Prostate Tumorigenesis Revealed by Genome-wide DNA Methylation Analysis. Sci. Rep. , (2015).
- Plongthongkum, N., Diep, D. H., Zhang, K. Advances in the profiling of DNA modifications: cytosine methylation and beyond. Nat Rev Gen. 15, 647-661 (2014).
- Riebler, A., et al. BayMeth: improved DNA methylation quantification for affinity capture sequencing data using a flexible Bayesian approach. Genome Biol. 15, R35 (2014).
