PathWhiz जैव रासायनिक और जैविक रास्ते पैदा करने के लिए एक व्यापक, ऑनलाइन मार्ग ड्राइंग उपकरण है। यह सार्वजनिक रूप से सुलभ डेटाबेस और आसानी से विस्तार पट्टियाँ पूर्व खींचा मार्ग घटकों से मिलकर उपयोग करता है। इस प्रोटोकॉल का वर्णन कैसे आसानी से नए रास्ते के निर्माण के लिए दोहराने के लिए और मौजूदा रास्ते संपादित करें, और विभिन्न जीवों के लिए पहले से तैयार रास्ते प्रचार।
PathWhiz एक वेब रंगीन, इंटरैक्टिव, नेत्रहीन मनभावन मार्ग चित्र है कि जैविक जानकारी से भरपूर होते हैं के निर्माण की सुविधा के लिए बनाया गया सर्वर है। इस ऑनलाइन आवेदन द्वारा उत्पन्न रास्ते मशीन पठनीय और अनिवार्य रूप से सभी वेब ब्राउज़र और कंप्यूटर ऑपरेटिंग सिस्टम के साथ पूरी तरह से संगत कर रहे हैं। यह एक विशेष रूप से विकसित, वेब सक्षम मार्ग ड्राइंग इंटरफ़ेस है कि चयन और पूर्व खींचा जैविक या जैव रासायनिक संस्थाओं के विभिन्न संयोजनों की नियुक्ति को परमिट प्रतिक्रियाओं, बातचीत, परिवहन प्रक्रियाओं और बाध्यकारी घटनाओं को चित्रित करने के लिए उपयोग करता है। संस्थाओं के इस पैलेट रासायनिक यौगिकों, प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, सेलुलर झिल्ली, subcellular संरचनाओं, ऊतकों और अंगों के होते हैं। यह दृश्य तत्वों के सभी सहभागी रूप से समायोजित और अनुकूलित किया जा सकता है। इसके अलावा, क्योंकि इस उपकरण के लिए एक वेब सर्वर है, सभी रास्ते और मार्ग तत्वों सार्वजनिक रूप से सुलभ हैं। मार्ग के इस तरह के "भीड़ सोर्सिंग" इसका मतलब है कि PathWhizपहले से ही पहले से तैयार रास्ते और मार्ग तत्वों के एक बड़े और तेजी से बढ़ती संग्रह है। यहाँ हम नए रास्ते की त्वरित और आसान बनाने और मौजूदा रास्ते के परिवर्तन के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन है। आगे मार्ग संपादन और निर्माण की सुविधा, उपकरण प्रतिकृति और प्रचार कार्य शामिल हैं। प्रतिकृति समारोह मौजूदा रास्ते बनाने या नए रास्ते संपादित करने के लिए टेम्पलेट्स के रूप में इस्तेमाल किया जा करने की अनुमति देता है। प्रचार समारोह एक एक मौजूदा मार्ग लेने के लिए और स्वचालित रूप से विभिन्न प्रजातियों के पार का प्रचार करने की अनुमति देता है। इस उपकरण के साथ बनाया रास्ते हो सकते हैं "फिर से स्टाइल" विभिन्न स्वरूपों (KEGG की तरह या पाठ-किताब की तरह), अलग पृष्ठभूमि, BioPAX, SBGN-एमएल, SBML, या PWML डाटा एक्सचेंज प्रारूपों के लिए निर्यात के साथ रंग और रूप में डाउनलोड में PNG या एसवीजी छवियों। रास्ते आसानी से ऑनलाइन डेटाबेस में शामिल किया जा सकता है प्रस्तुतियों, पोस्टर या प्रकाशनों में एकीकृत, या ऑनलाइन दृश्य और अन्वेषण के लिए विशेष रूप से इस्तेमाल किया। इस पीआरotocol सफलतापूर्वक 2,000 से अधिक मार्ग आरेख, जो अब HMDB, DrugBank, SMPDB, और ECMDB सहित कई ऑनलाइन डेटाबेस में पाए जाते हैं उत्पन्न करने के लिए लागू किया गया है।
जैविक मार्ग आरेख जीवन वैज्ञानिकों के लिए ब्लूप्रिंट की तरह हैं। वे शायद जैविक प्रक्रियाओं और जीन, प्रोटीन, और चयापचयों के बीच प्रासंगिक कनेक्शन के चित्रण के लिए सबसे संक्षिप्त और सूचनात्मक रास्ते हैं। इसका कारण यह है छवियों और अधिक कुशलता से कार्रवाई कर रहे हैं और अक्सर अधिक आसानी से पाठ 1 से मनुष्यों द्वारा समझा जाता है। गुणवत्ता, विस्तार, और मार्ग के चित्र की सामग्री काफी भिन्न हो सकते हैं। इन मतभेदों को अक्सर मार्ग का इरादा उद्देश्य और मार्ग कलाकार के कौशल पर निर्भर करते हैं। ऐसी दीवार चार्ट या पाठ्यपुस्तकों के रूप में शैक्षिक उद्देश्यों के लिए बनाए गए रास्ते अक्सर पेशेवर कलाकारों द्वारा बनाई गई हैं। नतीजतन, इन रेखाचित्रों मार्ग बहुत अधिक नेत्रहीन भाता है और मेटाबोलाइट संरचनाओं का पूरा चित्रण, subcellular घटकों, सेल संरचनाओं, ऊतकों और अंगों के साथ काफी अधिक जैविक विस्तार प्रदान करते हैं। ये "पाठ्यपुस्तक" अभ्यावेदन अक्सर विस्तृत नोट शामिल हैं औरटिप्पणियों। दूसरी ओर, मार्ग इंटरनेट अनुप्रयोगों के लिए तैयार रेखाचित्र अक्सर सरलीकृत मशीन पठनीय "तारों" चित्र के पक्ष में कलात्मकता और दृश्य समृद्धि का त्याग करना पड़ता है। ये wireframe रेखाचित्रों और अधिक आसानी से छवि मैप और हाइपरलिंक हैं। सरलीकृत मार्ग आरेख KEGG 2, 3 MetaCyc, Wikipathways 4, और 5 Reactome जैसे लोकप्रिय ऑनलाइन मार्ग डेटाबेस के आधार हैं। कंप्यूटर-संगत मार्ग डेटाबेस के उद्भव भी कंप्यूटर संगत मार्ग ड्राइंग उपकरण की उपस्थिति के लिए प्रेरित किया है। दूसरे शब्दों में, एक एक पेशेवर कलाकार या एक पेशेवर प्रोग्रामर useable मार्ग आरेख उत्पन्न करने के लिए होने की जरूरत नहीं है। उदाहरण के लिए, BioCyc का मार्ग टूल्स 6 और Wikipathway के PathVisio सॉफ्टवेयर 7 उपयोगकर्ताओं को स्वतंत्र रूप से पैदा करते हैं और BioPAX 8 में हिस्सेदारी मशीन पठनीय रास्ते करने की अनुमति एकएन डी / या HTML स्वरूप। इसके अतिरिक्त, वहाँ अन्य खड़े अकेले फ्रीवेयर संकुल के एक नंबर के साथ-साथ व्यावसायिक संकुल है कि इस तरह के Cytoscape 9, GenMAPP 10, के रूप में विभिन्न मशीन पठनीय, तार-फ्रेम रास्ते, की पीढ़ी के 11 PathCase समर्थन है, और VisANT 12 हैं।
इंटरनेट मार्ग चित्र के सरलीकरण मोटे तौर पर कई वेब ब्राउज़र और वेब आधारित प्रतिपादन उपकरण में पाया ऐतिहासिक सीमाओं से वृद्धि हुई। हालांकि, वेब प्रौद्योगिकियों में उल्लेखनीय प्रगति की है पिछले कुछ वर्षों में किया गया है। यह सुझाव दिया है कि यह इंटरैक्टिव, इंटरनेट-संगत मार्ग चित्र है कि बस के रूप में रंगीन कर रहे हैं, बस के रूप में aesthetically मनभावन और बस के रूप में जैविक रूप से पाठ्य पुस्तकों में पाए जाने वाले के रूप में पूरा उत्पन्न करने के लिए संभव हो सकता है। इस काम PathWhiz के विकास के लिए नेतृत्व किया। PathWhiz पटरियों पर रूबी (http://rubyonrails.org, संस्करण 4.2.0) वेब framewor का उपयोग कर लागू किया गया थाइकाई रिश्ते, बाहरी संदर्भ, विवरण, दृश्य विशिष्टताओं और रासायनिक संरचना सहित मार्ग डेटा, के सभी प्रबंध करने के लिए एक MySQL रिलेशनल डेटाबेस (https://www.mysql.com, संस्करण 5.1.50) को शामिल कश्मीर। सामने के अंत वेब ग्राहक पर Backbone.js (http://backbonejs.org, संस्करण 1.0.0) संपादक के लिए सामने के अंत वेब ढांचे के रूप में के साथ संयुक्त रूबी द्वारा नियंत्रित किया जाता है।
मूल रूप से मानव केवल छोटे अणु मार्ग डाटाबेस (SMPDB) 13 के curation के लिए विकसित की है, PathWhiz 14 के बाद से कई अन्य जीवों के लिए मार्ग पीढ़ी का समर्थन करने के लिए और एक सामान्य मार्ग छवि और ज्ञान डेटाबेस के रूप में कार्य करने के लिए बढ़ा दिया गया है। विशेष रूप से, इस वेब उपकरण चयापचय, प्रोटीन बातचीत, आणविक संकेतन, शारीरिक, और दवा / रोग रास्ते सहित जैव रासायनिक / जैविक रास्ते की पूरी रेंज के निर्माण के लिए अनुमति देता है। इस मार्ग में ड्राइंग उपकरण अधिकांश अन्य से अलग हैतीन प्रमुख तरीके में मार्ग पैदा उपकरण: 1) यह बजाय एक स्टैंड-अलोन, स्थापना सॉफ्टवेयर पैकेज की तुलना में एक वेब सर्वर है; 2) यह सतही पीढ़ी और रासायनिक यौगिकों, प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, सेलुलर झिल्ली, subcellular संरचनाओं, ऊतकों और अंगों के इंटरैक्टिव दृश्य का समर्थन करता है; और 3) यह उपयोगकर्ताओं को आसानी से, उधार का निर्माण या अन्य उपयोगकर्ताओं के काम पर सुधार, जिससे अनुमति "भीड़ sourced" मार्ग पीढ़ी के लिए अनुमति देता है। एक वेब सर्वर के रूप में, यह डाउनलोड करने योग्य, मंच विशेष सॉफ्टवेयर उपकरणों पर कई फायदे हैं। विशेष रूप से, यह किसी भी मंच, ऑपरेटिंग सिस्टम और आधुनिक वेब ब्राउज़र के साथ संगत है। इसके अलावा, यह आदेश (उपयोगकर्ताओं को स्वतंत्र रूप आदेश को ट्रैक और रास्ते वे बनाने की पहुंच को नियंत्रित करने में एक "निजी खाता" बना सकते हैं हालांकि) एक मार्ग का निर्माण शुरू करने के लिए रजिस्टर करने के लिए उपयोगकर्ता की आवश्यकता नहीं है। शायद इस उपकरण का सबसे आकर्षक विशेषता यह है कि आसानी से जोड़ा जा सकता है जैविक और जैव रासायनिक विस्तार की राशि हैपूर्व गाया छवियों का एक पैलेट और प्रोटीन और जैव रासायनिक डेटा की एक व्यापक डाटाबेस के माध्यम से किसी भी मार्ग। यह दोनों "गैर कलाकारों" और "गैर प्रोग्रामर" आसानी से, रंगीन aesthetically मनभावन और बड़े पैमाने पर विस्तृत मार्ग है कि वेब-संगत और पूरी तरह से मशीन पठनीय हैं बनाने के लिए अनुमति देता है। PathWhiz और अन्य मार्ग ड्राइंग उपकरण के बीच एक अधिक विस्तृत तुलना तालिका 1 में प्रदान की जाती है।
लोकप्रिय विज्ञान जीवन डेटाबेस की संख्या पहले से ही डेटाबेस विशेष, इंटरैक्टिव मार्ग चित्र बनाने के लिए, ऑनलाइन इस मार्ग ड्राइंग उपकरण का इस्तेमाल किया है। उदाहरण के लिए, कोलाई Metabolome डाटाबेस (ECMDB) 15 हाल ही में एक से अधिक 1,650 रास्ते वेब आधारित उपकरण का उपयोग कर तैयार के साथ अपने मार्ग पुस्तकालय अद्यतन। ECMDB में प्रत्येक मार्ग अब एक बड़े पैमाने पर रंग, पूरी तरह से हाइपरलिंक छवि नक्शा विस्तृत मेटाबोलाइट और प्रोटीन संरचना चित्रण के साथ, साथ ही एक सरल काले और सफेद KEGG-एल के रूप में प्रदर्शित किया जाता हैआइक तार आरेख। यह बड़े पैमाने पर मार्ग अद्यतन कई मध्यवर्ती चयापचयों की खोज की है कि पहले से अन्य कोलाई चयापचय डेटाबेस में शामिल नहीं किया गया था करने के लिए नेतृत्व किया। इस तरह के मानव Metabolome डाटाबेस (HMDB) 15 के रूप में अन्य डेटाबेस, न केवल दर्शाती है और चयापचय और संकेत रास्ते का वर्णन करने के PathWhiz रास्ते पर भरोसा करते हैं, लेकिन यह भी चयापचय कैंसर जैसे रोगों में शामिल परिवर्तन को दर्शाती है। HMDB वर्तमान में 101 चयापचय मार्ग, 376 दवा कार्रवाई के रास्ते, 233 रोग से जुड़े रास्ते और 16 संकेत दे रास्ते, यह सब वेब उपकरण के माध्यम से उत्पन्न भी शामिल है।
निम्नलिखित प्रोटोकॉल में विस्तार से वर्णन कैसे PathWhiz आसानी से बनाने को दोहराने, और उद्देश्यों और आवेदनों की एक किस्म के लिए जैव रासायनिक रास्ते का प्रचार करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।
प्रोटोकॉल यहाँ एक सरल चयापचय मार्ग (टीसीए चक्र) बनाने के लिए वर्णित मशीन पठनीय, किसी भी प्रजाति के लिए जैविक रूप से जटिल रास्ते की एक विस्तृत विविधता बनाने के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। इसके अलावा, इस प्रोटोकॉल का भी वर्णन करता है कि कैसे दोहराने या अन्य उपयोगकर्ताओं के द्वारा बनाई मौजूदा रास्ते प्रचार कर सकते हैं। एक मार्ग इस उपकरण का उपयोग निर्माण प्रतिक्रियाओं, बातचीत, परिवहन प्रक्रियाओं, और उप रास्ते, जिनमें से प्रत्येक तत्व ओवरलैपिंग से जुड़े हुए हैं के बार-बार कदम-दर-कदम जोड़ की आवश्यकता है। इनमें से सभी डाल एक साथ एक रंगीन, नेत्रहीन मनभावन मार्ग चित्र है कि काफी जैविक विस्तार और उपयोगी जैविक संदर्भ प्रदान बनाने के लिए अनुमति देता है। कदम इस प्रोटोकॉल में वर्णित अपेक्षाकृत सरल कर रहे हैं, और समय के लिए एक मार्ग आरेख बनाने लगते हैं आकार और मार्ग की जटिलता पर निर्भर करता है। अभ्यास का एक बिट के साथ, सबसे अधिक व्यक्तियों के बारे में 15-20 प्रतिक्रियाओं से मिलकर एक उच्च गुणवत्ता वाले मार्ग आरेख प्रस्तुत करना या एक प्रक्रियाओं कर सकते हैंके बारे में 15 मिनट में डी कई सेलुलर घटकों। एक ब्रांड के नए उपयोगकर्ता 30-40 मिनट तक का समय लग समान आकार और जटिलता का एक मार्ग उत्पन्न करने के लिए कर सकता है। समय एक मार्ग उत्पन्न करने की जरूरत मोटे तौर पर प्रतिक्रियाओं / प्रक्रियाओं प्रदान की जानी करने की जरूरत है कि संख्या के साथ रैखिक है।
इस वेब आधारित उपकरण के माध्यम से एक उच्च गुणवत्ता वाले मार्ग बनाना गुणवत्ता और स्रोत सामग्री का विस्तार (किताबें, ऑनलाइन डेटाबेस, प्रयोगात्मक डेटा, हाथ से तैयार नमूने से रास्ते) और मार्ग "कलाकार" की दुस्तीष्यता पर निर्भर करता है। उत्पन्न करने के लिए उच्च गुणवत्ता के मार्ग आरेख, वर्गों 1.11, 1.15 और 1.20 प्रोटोकॉल के लिए विशेष ध्यान देना चाहिए, क्योंकि इन वर्गों के निर्माण और प्रतिक्रिया तत्वों (अभिकारकों / उत्पादों, एंजाइमों, किनारों, छवियों, ज़ूम बक्से, लेबल के संपादन का वर्णन इच्छुक लोगों के, और झिल्ली)। सबसे अच्छा मार्ग आरेख होशियारी ख में पाए जाने वाले के रूप में शामिल संभव मार्ग के रूप में कई मौजूदा अभ्यावेदन से जानकारी मिलाना होगाउक्स, पोस्टर, कागज, और ऑनलाइन डेटाबेस। उच्च गुणवत्ता वाले रास्ते पैदा करने के लिए एक और महत्वपूर्ण ध्यान से एक प्रतिक्रिया (धारा प्रोटोकॉल के 1.11 के माध्यम से) बनाने से पहले प्रतिक्रियाओं की सत्यता की जाँच कर रहा है। समय और अभिकारकों, उत्पादों को सुनिश्चित करने के प्रयास, और एंजाइमों शामिल (जिनमें से कई पहले से ही PathWhiz के बड़े डेटाबेस में मौजूद हैं) प्रत्येक प्रजाति के लिए सही ले जा रहे हैं बहुत महत्वपूर्ण है। यह भी महत्वपूर्ण है प्रतिक्रियाओं के सेलुलर स्थान के बारे में पता करने के लिए और व्यवस्था सही जैविक संदर्भ प्रदान करने में महत्वपूर्ण सेलुलर या subcellular घटकों को शामिल करने के लिए है। इस जाँच और ऐसे UniProt के रूप में ऑनलाइन डेटाबेस के माध्यम से प्रतिक्रिया की पुष्टि के द्वारा किया जा सकता है। हाथ में सभी आवश्यक जानकारी, मार्ग बहुत त्रुटियों को कम करेगा पैदा किए जाने का एक मोटा, हाथ से तैयार स्केच और समग्र समय ड्राइंग या प्रतिपादन पर खर्च के साथ-साथ बीत रहा है।
उम्मीद की जा सकती है, बड़ा और अधिक जटिल रास्ते लंबे समय तक प्रस्तुत करने के लिए, खास लगेगाularly अगर वांछित तत्वों और प्रक्रियाओं PathWhiz के डेटाबेस में पहले से ही नहीं कर रहे हैं। जब बड़े रास्ते के साथ काम कर रहे हैं, यह आम तौर पर आदेश कार्रवाई के बीच एक लंबे अंतराल को रोकने के लिए, मैनुअल मोड बचाने के लिए स्वत: सहेजना मोड से स्विच करने के लिए बुद्धिमान है। जब एक मार्ग नकल, समय की राशि उपयोगकर्ता इंतजार हो सकता मार्ग उत्पन्न करने के लिए मार्ग में तत्वों की संख्या पर निर्भर करता है। अधिकांश रास्ते के बारे में 1-2 मिनट में दोहराया जा सकता है। जब एक मार्ग प्रचार, नव प्रचारित मार्ग के सफल प्रतिपादन, कैसे इसी तरह दो प्रजातियां हैं पर निर्भर करता है के रूप में उपयोग करता PathWhiz बम विस्फोट 17 अनुक्रम प्रजातियों के बीच मुताबिक़ एंजाइमों लगाने के लिए खोज करता है। बड़ा रास्ते प्रचार करने के लिए धीमी है क्योंकि विस्फोट एंजाइमों की एक बड़ी संख्या पर चलने की आवश्यकता होगी होगा। काफी भिन्न प्रजातियों के बीच रास्ते का प्रचार करने के लिए (खमीर और मनुष्यों के बीच कहते हैं) के प्रयास में रास्ते अज्ञात प्रोटीन की एक संख्या के साथ प्रदान की जा रही परिणाम होगा। ये "दूर से" पीropagated रास्ते आमतौर पर अतिरिक्त मैनुअल संपादन की आवश्यकता होगी। मार्ग चित्र और विस्तार है कि एक मार्ग के लिए लाया जा सकता है की अत्यधिक दृश्य प्रकृति के कारण, यह हमेशा एक अच्छा विचार (20 इंच या> 50 सेमी>) और एक अच्छा इंटरनेट कनेक्शन एक काफी बड़ी स्क्रीन के साथ एक कंप्यूटर पर काम करने के लिए है (> 5 एमबीपीएस)।
प्रतिपादन या स्क्रीन ताज़ा के साथ समस्याओं का सामना कर रहे हैं, तो उपयोगकर्ता समस्या निवारण की एक छोटी राशि क्या हो सकता है। एक बड़े, जटिल मार्ग अद्यतन करने के लिए भी लंबे समय लेता है, तो उपयोगकर्ता पेज को ताज़ा करने के लिए हो सकता है। अगर एक मार्ग के रूप में उम्मीद का प्रचार नहीं करता, उपयोगकर्ता कुछ मैनुअल संपादन करने के लिए सुनिश्चित करें कि सभी तत्वों को सही ढंग से प्रदर्शित कर रहे हैं हो सकता है। इसके अलावा, एक और अधिक विशिष्ट उदाहरण के रूप में, अगर एक प्रतिक्रिया के तत्वों को प्रदर्शित नहीं कर रहे हैं, उपयोगकर्ता है कि सभी तत्वों या एंजाइमों ठीक से चयन किया जाता है और किनारों से छिपा नहीं कर रहे हैं सुनिश्चित करने के लिए हो सकता है। अगर कोई समस्या का सामना करना पड़ा है मुख्य शीर्षक पर "सहायता" लिंक उपयोगी हो सकता है। एक ट्यूटोरियल है"ट्यूटोरियल" टैब और एक उपयोगकर्ता के मैनुअल के तहत उपलब्ध है "उपयोगकर्ता गाइड" टैब के तहत उपलब्ध है। दोनों में विस्तार से उपकरण की सुविधाओं के कई समझाओ। उपयोगकर्ता गाइड के निवारण में या इस तरह के एक उपयोगकर्ता एक मार्ग ताले के रूप में एक विशेष सुविधा के लिए संभावित सीमाओं, की व्याख्या करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है और बाद में इसे संपादित करना चाहती है।
जैसा कि इस प्रोटोकॉल के माध्यम से और साथ आंकड़े में दिए गए उदाहरणों के माध्यम से प्रकाश डाला, इस उपकरण के किसी भी (या सबसे) अन्य मार्ग ड्राइंग उपकरण (1 टेबल देखें) में नहीं मिला अनूठी विशेषताओं में से एक नंबर प्रदान करता है। सबसे पहले, यह पूरी तरह से वेब आधारित है और पूरी तरह से मंच स्वतंत्र है। दूसरा, यह प्रतिपादन और बहुरंगी, जैविक रूप से जटिल है, नेत्रहीन मनभावन, पूरी तरह से हाइपरलिंक मार्ग रेखाचित्र भी है कि मशीन पठनीय प्रारूपों (BioPAX, SBGN-एमएल 18, SBML 19, PWML 14) को परिवर्तित किया जा सकता की सतही पीढ़ी का समर्थन करता है। तीसरा, मार्ग आरेख पीढ़ीटेड इस उपकरण के द्वारा, खोजा, ब्राउज किया जा सकता चयनित और आसानी से एक ऑनलाइन डेटाबेस के लिए उपयोग में आसान और देखने इंटरफेस के माध्यम से पता लगाया। चौथा, वेब उपकरण समुदाय मार्ग योगदान का समर्थन करने के लिए बनाया गया है, के लिए "मार्ग भीड़ सोर्सिंग" है कि साझा करने और नए रास्ते और नए मार्ग तत्वों की पीढ़ी को प्रोत्साहित करती है की इजाजत दी।
इस वेब आधारित उपकरण के द्वारा उत्पन्न रास्ते आवेदनों की एक किस्म के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। बड़े पैमाने पर विस्तृत, पूरी तरह से हाइपरलिंक रास्ते आसानी से प्रोटिओमिक्स, metabolomics या सिस्टम जीव विज्ञान अनुप्रयोगों के लिए जीव-विशिष्ट डेटाबेस में एकीकृत किया जा सकता है। के रूप में विवरण वेब आधारित चित्रों के माध्यम से उपलब्ध अक्सर जो एक स्थिर छवि के माध्यम से या एक भी पाठ्यपुस्तक या पत्रिका पेज के माध्यम से प्रदर्शित किया जा सकता की तुलना में काफी अधिक कर रहे हैं इंटरनेट-सुलभ रास्ते, शिक्षा और प्रशिक्षण के उद्देश्यों के लिए विशेष रूप से उपयोगी होते हैं। इस वेब आधारित उपकरण भी मार्ग अभ्यावेदन कि मुद्रण और प्रकाशन के लिए अधिक अनुकूल हैं की पीढ़ी का समर्थन करता है।नतीजतन, कई इस वेब आधारित उपकरण के द्वारा उत्पन्न छवियों के कागजात, पोस्टर और स्लाइड प्रस्तुतियों में दिखाई दे रहे हैं। (जैसे BioPAX और SBML के रूप में) पाठ आधारित डाटा एक्सचेंज फ़ाइल स्वरूपों में निर्यात के रास्ते इस वेब सर्वर का उपयोग कर उत्पन्न रास्ते सिस्टम्स बायोलॉजी या चयापचय मॉडलिंग अनुप्रयोगों के लिए कम्प्यूटेशनल विश्लेषण में सीधे इस्तेमाल किया जा करने के लिए अनुमति देता है। प्रचार प्रजातियों के बीच रास्ते की अनुमति देता अनुमान विशेष रूप से उन प्रजातियों है कि हाल ही में अनुक्रम निर्धारण किया गया बीच, जैविक प्रक्रियाओं के बारे में किए जाने के लिए। नहीं सभी मौजूदा रास्ते वर्तमान में PathWhiz में मौजूद हैं, अपने सार्वजनिक मार्ग डेटाबेस वृद्धि जारी है, नई, भीड़ sourced मार्ग संग्रह के उद्भव के लिए अग्रणी। इन संग्रहों में ही आसानी से नई प्रजातियों के लिए बढ़ाई नहीं होगा, उन्हें उम्मीद है कि उनके अद्वितीय जीव विज्ञान और जैव रसायन की एक गहरी समझ को बढ़ावा मिलेगा।
The authors have nothing to disclose.
लेखकों वित्तीय सहायता के लिए, स्वास्थ्य अनुसंधान (CIHR) और जीनोम अलबर्टा, कनाडा जीनोम का एक प्रभाग की कनाडा के संस्थानों का शुक्रिया अदा करना चाहते हैं।
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