Automatiserte systemer og protokoller for rutinemessig utarbeidelse av et stort antall skjermer og nanoliter krystallisering dråper for damp diffusjon eksperimenter er beskrevet og diskutert.
Når høy kvalitet krystaller er oppnådd som diffract x-stråler, kan krystallstruktur løses på nær Atom løsning. Betingelsene til å krystallisere proteiner, DNAs, RNAs og deres komplekser kan imidlertid ikke være spådd. Ansette en rekke forhold er en måte å øke avkastningen av kvalitet Diffraksjon krystaller. To helautomatisk systemer er utviklet på av MRC Laboratory of Molecular Biology (Cambridge i England MRC-LMB) som forenkler krystallisering screening mot 1920 første vilkår av damp spredning i nanoliter dråper. Halvautomatisk protokoller har også blitt utviklet for å optimalisere betingelser ved å endre konsentrasjonen av reagenser, pH, eller ved å innføre tilsetningsstoffer som potensielt forbedrer egenskapene til de resulterende krystallene. Alle tilsvarende protokollene er beskrevet i detalj og kort diskutert. Sammen gjør de praktiske og effektive macromolecular krystallisering i multi-user anlegg, samtidig gir brukere kontroll over nøkkelparametre for sine eksperimenter.
Røntgenkrystallografi brukes mye lenger fremme vår forståelse av biologisk og sykdom mekanismer på Atom-nivå og deretter hjelpe rasjonelle tilnærmingsmåter til narkotika funnet1. For dette, renset og konsentrert (2-50 mg/mL) macromolecular prøver av protein, DNA, RNA, andre ligander og deres komplekser er trialed for deres tilbøyelighet til skjemaet bestilt tredimensjonale lattices gjennom krystallisering2,3 ,4. Når høy kvalitet krystaller er oppnådd som diffract x-stråler, kan krystallstruktur løses på nær Atom løsning5,6. Avgjørende, betingelsene til å krystallisere en roman prøve ikke kan forutses og avkastningen av høy kvalitet krystaller er vanligvis svært lav. En underliggende årsak er at mange prøver rundt utfordrende biokjemiske egenskaper, som gjør dem ustabil på tilsvarende tidsskalaen for krystallisering (vanligvis noen dager). Til slutt, prosessen er forsterket av tiden det tar å produsere prøver og prøve varianter, og å optimalisere sine rensing og krystallisering7,8.
En krystallisering tilstand er en løsning med en precipitant som reduserer eksempel løselighet vilkårene også inneholder buffere og tilsetningsstoffer. Hundrevis av slike reagenser er godt egnet for å endre parameterne for krystallisering eksperimenter som de har lav tilbøyelighet til å forstyrre eksempel integriteten (som protein eller nukleinsyre utspiller seg). Mens testing millioner av kombinasjoner av krystallisering reagensene ikke er gjennomførbart, er testing på mange screening kits – formulert med ulike strategier9,10 – mulig med miniatyriserte prøvelser og automatisert protokoller. I dette perspektivet er mest mottagelig teknikken sannsynligvis damp diffusjon med 100-200 nL dråper sitter på en liten godt over et reservoar som inneholder krystallisering tilstanden (25-250 µL), implementert i spesialiserte krystallisering plater11 , 12. de protein prøve og tilstand kombineres i en 1:1 ratio for et totalt volum på 200 nL når dråper i øvre-brønnene. Robot nanoliter protein krystallisering kan gjennomføres med alternative teknikker og plater som under olje satsvise13 og Lipidic kubikk fase14 (den siste som blir brukt spesifikt på trans-membran proteiner som er veldig dårlig løselig i vann).
Funksjonen krystallisering på MRC-LMB ble startet tidlig på 2000-tallet og en tidlig oppsummering av våre automatiserte protokollene ble presentert i 200515. En historisk innføring protein krystallisering ble presentert og også en oversikt over fordelene med robot nanoliter tilnærming (deretter en ny tilnærming til rutinemessig eksperimentering). Siden macromolecular krystallisering er i hovedsak en stokastiske prosessen med svært lite eller ingen nyttig tidligere informasjon, ansette en bred rekke (passer) første forhold øke avkastningen av kvalitet Diffraksjon krystaller16. Dessuten er en ofte oversett nytte av første storskjerm å redusere behovet for optimalisering av prøver og krystaller i mange tilfeller. Selvfølgelig kan en fortsatt må fortsette med optimalisering av noen innledende forhold senere. Vanligvis konsentrasjonen av reagenser og pH er deretter systematisk undersøkt. Flere reagenser kan også bli introdusert i optimalisert betingelsen(e) ytterligere endre parameterne for krystallisering. Sikkert, en forsøkte krystallisering med et utvalg ferskt tilberedte, derfor tilsvarende protokollene må være enkel og tilgjengelig helst.
Her to helautomatisk systemer designet på MRC-LMB (systemer 1 og 2) og tilhørende protokoller er fullstendig beskrevet. Den viktigste anvendelsen av disse to systemene er første screening av damp spredning i sittende slipp krystallisering plater. Systemet 1 integrerer en flytende handler, en automatisert carousel til lager plater, en blekkskriver for plate merking og en selvklebende plate sealer. På systemet 1 er 72 96-brønns plater fylt med kommersielt tilgjengelig screening kits (80 µL av tilstand overføres til reservoaret fra en start volumet av 10 mL i test-rør), merket og forseglet. Platene lagres i en 10 ° C inkubator der de er tilgjengelige for brukerne når som helst (som første skjermer kalt ‘LMB plater’).
Systemet 2 integrerer en flytende hånd, en nanoliter-dispenser og en selvklebende plate sealer. På systemet 2, sitter dråper (100-1000 nL) for damp diffusjon eksperimenter er produsert ved å kombinere betingelser og eksemplet i øvre-brønnene 20 48 – eller 96-brønnen plater forhåndsutfylt med forhold. Dette betyr 1920 første screening betingelser er trialed ved 20 LMB plater på systemet 2.
Roboter også brukes individuelt for optimalisering av valgte betingelsene og tilsvarende halvautomatisk protokollene også beskrives. De 4 hjørner metoden17 ansatt rutinemessig å produsere optimalisering skjermer. Tilsvarende protokollen først krever manuell utarbeidelse av 4 løsninger (“A, B, C og D’). To lineære graderinger av konsentrasjoner (for to viktigste krystallisering agenter) deretter genereres automatisk direkte i reservoarene av en krystallisering plate. For dette dispenses en sprøyte-baserte flytende handler 4 hjørnet løsninger på ulike forhold.
For å ytterligere tilpasse en betingelse, kan man bruke additiv skjermer som potensielt forbedrer egenskapene for resulterende krystaller18. To tilnærminger er tilgjengelige for additiv screening: en protokoll med tilsetningsstoffer utlevert i reservoarene krystallisering plater før dråper (protocol 1) og en annen protokoll der additiv skjermen er utlevert direkte på dråpene (protocol 2).
Andre nyttige utviklinger som ble igangsatt på MRC-LMB å lette automatiserte macromolecular krystallisering, er også presentert. I hovedsak minimerer krystallisering plater og tilknyttede enheter som en stables samfunn av Biomolecular Screening (SBS) lokk som fordampning betingelsene ved systemet 2.
For enkelhets antas det at brukerne er kjent med de grunnleggende funksjonene og vedlikehold av nanoliter dispenser, inkjet-skriver og lim plate sealer. Ikke annet er angitt, plater på dekket av roboter er plassert slik at godt A1 (‘A1-hjørne”) er mot baksiden venstre hjørnet av en plate carrier.
1 – utarbeidelse og bruk av første skjermbildene lagres i plater
Screening kits skal blandes før utlevert i platene fordi lys nedbør eller fase separasjon oppstår i noen rør under lagring. Når en skjerm består av to kits (2 x 48 rør), plasseres første tuben til andre kit i sted E1 av nedkjøling transportør. Når en skjerm er sammensatt av 4 kits (4 x 24 rør), første tuben til andre kit plasseres i sted C1, første røret i tredje kit er plassert på et sted E1 og første tube fjerde settet er plassert på et sted G1. Stund setter inn rør i deres nedkjøling transportør, plasseres lokk på et brett etter oppsettet standard 96-brønnen-landskapet. Siden godt numrene angis på lokkene av produsenter, kan dette kors-kontroll hvis alle rør er plassert i riktig rekkefølge. Dette bidrar også til å erstatte riktige lokkene på rør når du fyller et redusert antall plater.
Vi lagrer forhåndsutfylte platene på 10 ° C, et kompromiss å unngå frysing og lagring på 4 ° C som kan føre til forverring av forholdene og problemer med tetting. Platene er lagret i opptil flere måneder med vanligvis ingen merkbar kondens på indre ansiktet av segl. Dette er mindre sant for LMB05, LMB06, LMB09 og LMB10 plater som disse inneholder forhold med relativt høye konsentrasjoner av ustabile reagenser (tabell 1). Liten mengde kondens på innsiden av segl reduserer tetting effektivitet og kan forårsake kryssforurensning mellom brønner mens unsealing platene. For å hjelpe med å hindre kondens under innledende nedkjøling, kan plater først overføres fra karusellen i en isolert piknik kjøligere som lagres i et kaldt rom 4 ° C over natten. Den meget langsom avkjøling minimerer utviklingen av temperatur graderinger i forseglet brønnene og dermed reduserer kondens samlede15. I tillegg når platene er lagret i 10 ° C inkubator, plasseres en in-house tilpasset SBS polystyren lokket på tallerkenen øverst i hver bunke (vises ikke).
Hele settet med våre forhåndsutfylte plater kan brukes som første storskjerm mot en roman, vannløselige, protein prøve. Færre plater kan også velges tilsvarer spesifikke krav. For eksempel LMB15 og LMB19 er skjermer formulert spesielt for membran protein prøver26,27, eller LMB20 er en skjerm formulert med tunge-atomer å lette eksperimentelle utfasing Diffraksjon data28 (se også : Formulering av MORPHEUS protein krystallisering skjermer).
2. sette opp krystallisering dråper
Når du bruker systemet 2, skal screening sett med betydelige mengder ustabile reagenser behandles først. Dette unngår kondens dannet på gummi av SBS lokkene, som kan påvirke lokket håndtering og plate tetting. En SBS lokk har litt klaring når på en plate, og det er derfor de må justeres først (se protokollen, trinn 1.2.6). Protein døde volumene i brønnene av PCR plate er relativt sjenerøse (0,8 µL, se legenden om tabell 2). Merk at like sjenerøse døde volumer er ansatt ved nanoliter dispenser individuelt med protein i 8-brønns strimler (Tabell 4). Mindre døde volumer kan fungere, men noen prøver følge tipsene, kalibrering av en robot kan bli litt unøyaktig, rommet kan bli varmere enn vanlig, etc. Alle føre til eksempel tap dekket av generøse døde volumene for å konsolidere tilnærming.
Siste utviklingen aktivert ytterligere miniatyrisering eksperimenter og dermed volumet av eksempel kreves for screening krystallisering forhold kan reduseres betydelig ved å integrere de tilsvarende teknologi29,30 . Men må noen aspekter av ytterligere miniatyrisering nøye overveielse, som fordampning av dråper31 og manipulering av microcrystals32.
Til slutt, sentrifugering av platen (2000 rpm, 1 min) kunne integreres til rutinemessig slutt når krystallisering dråper (i sfærisk øvre-wells). En mer konsekvent størrelsen og formen på dråper fra sentrifugering redusere reproduserbarhet problemer33,34. Sikkert, sentrert drops vil lette senere eksperimenter med et mikroskop som nødvendig brennvidden vil ligne over hele platen.
3. fordelene metoden 4-hjørnet
Den viktigste fordelen med metoden 4 hjørner er dens enkelhet, som minimerer feil og muliggjør enkel automatisert protokoller. For eksempel vil 4 hjørnet løsningene alltid bli plassert på dekket av en flytende handler følge samme oppsett. Alle programmer er basert på fast forhold mellom løsninger (Figur 3 c).
Manuell forberedelse av 4 hjørnet løsninger er foretrukket automatisk håndtering av løsninger på høye konsentrasjoner som kan være svært tyktflytende. Relativt rask og nøyaktig aspirasjon/dispenser er mulig på de fleste typer flytende handlers med minimumskravene for optimalisering av flytende klasser. Likevel kan noen hjørne løsninger fremdeles for viskøse for en robot som opererer med en flytende-systemet til å fungere effektivt. Det er derfor vi valgte en flytende handler med positiv forskyvning (figur 3B).
I tillegg til de 2 lineære forløpninger for kan en tredje komponent (dvs., et sett av buffere/tilsetningsstoffer) testes i en konstant konsentrasjon på en praktisk måte. For dette, er et relativt stort volum sett av hjørnet løsninger på en hensiktsmessig høyere konsentrasjon, unntatt komponenten skal varieres, utarbeidet først. Deretter lager løsninger inkludert denne komponenten legges til å justere de endelige konsentrasjonene. For eksempel er 50 mL av 4 hjørnet løsninger forberedt på 10% høyere konsentrasjoner enn opprinnelig. Dette sett er deretter delt i 5 mindre deler av 4. Til slutt, 10% i volum av ulike buffer-pH løsninger legges til hver delsett.
4. formater og typer additiv skjermer
Skjermbildene lagres vanligvis på 20 ° C (Figur 4) siden de ikke brukes regelmessig og inneholde flyktige/ustabilt forbindelser. Bruk av en frossen additiv skjerm lagret i en dyp godt blokk (1 mL i brønner) må planlegges tidlig fordi det vil ta 12-24 hr for alle additiv løsninger å tine helt ved romtemperatur. Også en rekke brukere dele samme additiv skjermen, potensielt forårsake problemer med kryss-kontaminering. Endelig gjør høyden på dypt godt blokker dem uegnet for de fleste nanoliter dispensere. Som en praktisk løsning å omgå disse problemene, skal skjermen overføres fra dypt godt blokken til lav profil plater (Figur 4).
Historisk har additiv skjermer som inkluderer en rekke enkelt reagenser (med enkelt konsentrasjoner) vært svært populære35,36. Men er andre typer additiv skjermer utviklet som integrerer blandinger av tilsetningsstoffer37 eller redusert antall enkelt tilsetningsstoffer på ulike konsentrasjoner38. Endelig er en utfyllende tilnærming å undersøke effekten av tilsetningsstoffer på prøvene før krystallisering39,40.
5. mer hensyn
God praksis: De fleste skjermer inneholder skadelig eller selv giftige stoffer og derfor tilstrekkelig personlig beskyttelse må brukes under protokoller. Like, bevegelige deler av roboter kan føre til skader, særlig når prøver å manuelt inn mens et program kjører (selv om de fleste av roboter har Nødstopp-knappen/system). På grunn av tekniske kompleksiteten involvert, vanlig kontroll av roboter, skjermer og programmer med tidligere preget test prøver er viktige for vedvarende høye nivåer av reproduserbarhet.
Produksjon: Som en indikasjon, mellom 4000 til 8000 LMB produseres plater årlig med systemet 1 (og senere ansatt av brukere for første screening). Det er ikke tilpasset lager en stor mengde pre-fylt plater på 10 ° C når forventet inntekt er mye lavere, som etter 4-5 måneder, noen forhold vil begynne å svekkes og fordampe. Ulike tilnærminger til automatisering protokoller er gjennomført for små til mellomstore laboratorier41.
Lagre og vurdere eksperimenter: Etter å forberede dråpene, lagres plater på lite vibrasjoner hyllene i et rom på 4 eller 18 ° C med strengt kontrollert temperatur (+/-0,5 ° C maksimalt avvik). Eksperimenter vurderes med kaldt lys kilde mikroskop. Ulike automatisert imaging-systemer er kommersielt tilgjengelig, men man bør nøye vurdere alle aspekter: samme hastighet til å skanne en plate blir nok for høy gjennomstrømming? Vil objekter enn krystaller forstyrre autofokus? Resulterende kvaliteten på bildene er tilstrekkelig å flekk svært små krystaller (særlig rundt kanten av dråpene)? 42 , 43 , 44
Sammenligning av krystallisering vilkår: Etter forsiktig undersøkelser om innholdet av krystallene først innhentet, kan en analysere trender og likheter over ved hjelp av LMB skjermen databasen eller C6 Webverktøy45.
The authors have nothing to disclose.
MRC-LMB krystallisering anlegget er vennlig støttes av Medical Research Council (UK). Vi takker medlemmer av LMB for deres støtte: Olga Perisic (PNAC), Tony Warne, Fusinita Van den Ent og Pat Edwards (strukturelle studier), Steve Scotcher og de andre medlemmene av mekaniske verksted, Neil Grant og Jo Westmoreland (visuelle hjelpemidler), Paul Hart og Tom Pratt (det). Vi vil gjerne takke Steve Elliot (Tecan, UK), Mitchell Stuart og Heather Ringrose (Hamilton Robotics, UK), Paul Thaw, Robert Lewis og Joby Jenkins (TTP Labtech, UK), Paul Reardon (Swissci AG, Sveits) George Stephens og Donald Ogg (Alphabiotech, UK), Neil Williams (Markem Imaje, UK) og Graham Harris (The Cleveland Agency) for teknisk hjelp.
Robots | |||
Freedom EVO® | Tecan | n/a | Liquid handler (System 1). Aspiration/Dispense based on system liquid. Integrates an automated carousel. EVOware plus controlling software v.2.4.12.0. |
Microlab® STAR™ | Hamilton | n/a | Liquid handler (System 2). Aspiration/Dispense based on positive displacement (CO-RE™ technology). Hamilton STAR controlling software v.4.3.5.4785 with method management interface. |
Mosquito® | TTP Labtech | n/a | Microsyringe-based nanoliter dispenser used to set up droplets (System 2 and stand-alone), 3-position deck. Controlling software v.3.11.0.1422. |
Dragonfly® | TTP Labtech | n/a | Syringe-based liquid handler used to produce optimization screens (4-corner method). Controlling software v.1.2.1.10196. |
Adhesive plate sealer | Brandel | n/a | Integrated to Systems 1 and 2 (also used as stand-alone robot). |
Inkjet printer 9232 | Markem-Imaje | n/a | Integrated to System 1. Touchscreen interface. |
Crystallization screens | |||
Crystal Screen™ 1 | Hampton Research | HR2-110 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01 |
Crystal Screen 2™ | Hampton Research | HR2-112 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01 |
Wizard™ Classic 1 | Rigaku | 1009530 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02 |
Wizard™ Classic 2 | Rigaku | 1009531 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02 |
Grid Screen™ Ammonium Sulfate | Hampton Research | HR2-211 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ PEG/LiCl | Hampton Research | HR2-217 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Quick Screen™ | Hampton Research | HR2-221 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ Sodium Chloride | Hampton Research | HR2-219 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ PEG 6000 | Hampton Research | HR2-213 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
Grid Screen™ MPD | Hampton Research | HR2-215 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
MemFac™ | Hampton Research | HR2-114 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
PEG/Ion™ | Hampton Research | HR2-126 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05 |
Natrix™ | Hampton Research | HR2-116 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05 |
Crystal Screen Lite™ | Hampton Research | HR2-128 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06 |
Custom Lite screen | Molecular Dimensions Ltd | n/a | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06 |
Wizard™ Cryo 1 | Rigaku | 1009536 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07 |
Wizard™ Cryo 2 | Rigaku | 1009537 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07 |
JBS1 | JenaBioScience | CS-101L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS2 | JenaBioScience | CS-102L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS3 | JenaBioScience | CS-103L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS4 | JenaBioScience | CS-104L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS5 | JenaBioScience | CS-105L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS6 | JenaBioScience | CS-106L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS7 | JenaBioScience | CS-107L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS8 | JenaBioScience | CS-108L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS9 | JenaBioScience | CS-109L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
JBS10 | JenaBioScience | CS-110L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 4.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 5.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 6.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 7.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 8.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 4.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 5.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 6.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 7.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 8.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Index™ | Hampton Research | HR2-144 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB13 |
SaltRX™ 1 | Hampton Research | HR2-107 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14 |
SaltRX™ 2 | Hampton Research | HR2-109 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14 |
MemStar™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-21 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15 |
MemSys™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-25 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15 |
JCSG-plus™ Suite | Qiagen | 130720 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB16 |
MORPHEUS® screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-46 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB17 |
Pi minimal screen | JenaBioScience | CS-127 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB18 |
Pi-PEG screen | JenaBioScience | CS-128 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB19 |
MORPHEUS® II screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-91 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB20 |
LMB crystallization screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-98 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB21 |
Additive screens | |||
HT additive screen | Hampton Research | HR2-138 | Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well). |
MORPHEUS® additive screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-93-500 | Frozen in 96-well deepwell block (500 µL per well). |
ANGSTROM additive screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-100 | Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well). |
MORPHEUS® additive screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-93 | Frozen in 96-well cell culture Costar® plate with V-shaped wells (100 µL per well). |
ANGSTROM additive screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-100-FX | Frozen in 96-well cell culture Costar® plate with V-shaped well (100 µL per well). |
HIPPOCRATES additive screen | Molecular Dimensions Ltd | n/a | 48 single additives (drug compounds found in MORPHEUS® III). |
Other consumables | |||
96-well MRC 2-drop plate | Swissci | MRC 96T-UVP | Sitting-drop, vapor diffusion plate. Reservoir recommended volume: 80 µL. Range of useful droplet volumes: 10-1000 nL. UV transmissible. |
48-well MRC 1-drop plate ('MAXI plate') | Swissci | MMX01-UVP | Sitting-drop, vapor diffusion plate for scale-up/optimization. Reservoir recommended volume: 200 µL. Range of useful droplet volumes: 0.1-10 µL. UV transmissible. |
MRC hanging drop seal | Swissci | n/a | Hanging-drop, compatible with both MRC vapor diffusion plates (MRC 96T-UVP and MMX01-UVP ). UV and X-ray transmissible. |
Adhesive sealing tape | Hampton Research | HR4-50 | 3-inch wide Duck® HD Clear™ for sealer and manual sealing. |
Adhesive aluminium sheet | Beckman Coulter | 538619 | Used to reseal additive screens. |
Ink cartridge | Markem-Imaje | 9651 | System 1 (inkjet printer). |
Solvent cartridge | Markem-Imaje | 8652 | System 1 (inkjet printer). |
50 µL tips | Hamilton | 235947 | System 2 (STAR™ liquid handler). Box of 6 sets with 1920 x CO-RE™ tips in disposable stacks. |
Reagent container | Hamilton | 194052 | Used to dispense a condition into plate(s) during additive screening protocols. |
PCR plate | Thermo Scientific™ | AB-2150 | System 2 (contains protein to be transfer to the Mosquito®). Abgene Diamond ultra, 384 V-shaped wells. |
microsyringes | TTP Labtech | 4150-03020 | Spool of 26,000 microsyringes for the Mosquito® nanoliter dispenser (9mm spacing). |
strip-holder block | TTP Labtech | 3019-05013 | SSB device for the Mosquito® strips, aka '4-way Reagent Holder'. |
2 µL 8-well strip | TTP Labtech | 4150-03110 | Contains protein on the deck of the Mosquito®. Box of 40 strips, max. vol. in well is 3.2 µL. |
5 µL 8-well strip | TTP Labtech | 4150-03100 | Contains protein on the deck of the Mosquito®. Box of 40 strips, max. vol. in well is 7.5 µL. |
5 mL syringes | TTP Labtech | 4150-07100 | Syringe body and piston for the Dragonfly® liquid handler. Pack of 100. |
Troughs/Reservoirs | TTP Labtech | 4150-07103 | Contains stock solutions on the deck of the Dragonfly®. Pack of 50. |
Orbital microplate shaker | CamLab Limited | n/a | Variomag® for mixing conditions in a single plate (0-2000 rpm). |
Microplate mixer | TTP Labtech | 3121-01015 | MxOne. Mixing condition in a single plate with 96 vibrating pins. |