Summary

通过智能手机实时跟踪DNA片段分离

Published: June 01, 2017
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Summary

传统的平板凝胶电泳(SGE)实验需要复杂的装置和高的化学消耗。这项工作提出了一个协议,描述了一种在短时间内分离DNA片段的低成本方法。

Abstract

板状凝胶电泳(SGE)是分离DNA片段的最常用方法;因此,它广泛应用于生物学等领域。然而,传统的SGE协议相当乏味,实验需要很长时间。此外,SGE实验中的化学消耗量非常高。这项工作提出了一种基于SGE芯片分离DNA片段的简单方法。该芯片由雕刻机制成。两个塑料片用于光信号的激发和发射波长。通过智能手机收集DNA条带的荧光信号。为了验证该方法,分离出50,100和1,000bp DNA梯。结果表明,使用该方法可以在12分钟内解析出小于5,000bp的DNA梯度,分辨率高,表明它是传统SGE方法的理想替代品。

Introduction

板状凝胶电泳(SGE)是DNA片段分离最有效的方法1,2,3,4,5 因此被认为是生物化学和生物学分析中的通用工具6,7,8。然而,许多实验表明,SGE受到以下四个问题的限制:(1)分离需要很多小时甚至几天; (2)化学品消耗量非常高; (3)需要复杂的装置( 例如, 2D电泳池,电泳电源和凝胶成像系统); (4)实验完成后,凝胶成像系统只能观察分离的DNA片段。此外,SGE 9中通常使用的溴化乙锭(EtBr)ass =“xref”> 10,是致突变性和致癌性11,12 。因此,在装载含有EtBr的凝胶时,应始终佩戴手套。

与SGE相比,毛细管电泳(CE)具有许多优点,如自动操作,分离时间短,消耗量少等优点,13,14,15,16,17。然而,CE仪器相当昂贵。因此,为了克服这些限制,已经开发了一种用于分离DNA的系统( 图1 )。这样的系统不仅可以大大降低化学消耗,还可以节省SGE实验时间(<8分钟),而且可以通过智能手机对琼脂糖凝胶中的DNA分离过程进行实时跟踪。按照本协议中描述的程序,学生们可以可以设计和制造SGE芯片,在芯片中制备琼脂糖凝胶,用智能手机设置简单的SGE系统,并将DNA迁移过程记录在琼脂糖凝胶中。

Protocol

SGE芯片的基本设计使用任何透明塑料,如聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)或聚碳酸酯。 注:SGE芯片如图1B所示 。 SGE芯片由用于TBE缓冲器的圆柱形孔,用于DNA分离的通道和沿着电极孔嵌入的两条通道组成。 使用激光雕刻机在PMMA块中制造SGE通道阵列。 注意:芯片的几何参数取决于要分离的DNA的大小。例如,如果DNA片段小于1,000bp,则SGE芯片的最佳信道参数为2…

Representative Results

图4 , 图5和图6代表了在50,100和1,000bp DNA梯级的凝胶电泳之后的典型结果。实验后,DNA片段分离良好。此外,在SGE芯片的4个通道中分离相同的样品,显示出相同尺寸的DNA片段在每个实验中移动相同的距离。 DNA梯度的分离性能可以通过分析迁移距离与DNA大小对数的关系进行评估;因此,SGE可用于计算未知DNA…

Discussion

琼脂糖凝胶电泳广泛用于分离DNA,RNA和蛋白质。这项工作提出了一种替代传统凝胶电泳方法的新方法。结果表明,在这样一个小的组装装置中,50,100和1,000bp的DNA梯子可以很好地分离。该方法的优点在于不仅可以将化学消耗少的核酸分开,还可以记录分离过程。尽管DNA片段在图2中看起来很宽,但可以通过优化SGE芯片的参数和琼脂糖凝胶的浓度来改善结果。此外,如果在芯片?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

我们非常感谢中国国家自然科学基金(21205078)和中国高等教育博士研究基金(No.20123120110002)的支持。这项工作得到了中国国家重点研究发展计划(2016YFB1102303),中国国家基础研究计划(973计划,2015CB352001)和国家自然科学基金(61378060)的部分支持。

Materials

10×TBE Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. T1051
50bp DNA ladder Takara Bio Inc. 3421A
100bp DNA ladder Takara Bio Inc. 3422A
1kbp DNA ladder Takara Bio Inc. 3426A
SYBR GREEN Takara Bio Inc. 5760A
Agarose Sigma-Aldrich Corporate V900510

References

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Cite This Article
Tao, C., Yang, B., Li, Z., Zhang, D., Yamaguchi, Y. Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone. J. Vis. Exp. (124), e55926, doi:10.3791/55926 (2017).

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