Summary

Seguimiento en tiempo real de la separación de fragmentos de ADN por Smartphone

Published: June 01, 2017
doi:

Summary

Los experimentos de electroforesis en gel de placas tradicionales (SGE) requieren un aparato complicado y un alto consumo de productos químicos. Este trabajo presenta un protocolo que describe un método de bajo costo para separar los fragmentos de ADN dentro de un corto período de tiempo.

Abstract

La electroforesis en gel de placas (SGE) es el método más común para la separación de fragmentos de ADN; Por lo tanto, se aplica ampliamente al campo de la biología y otros. Sin embargo, el protocolo SGE tradicional es bastante tedioso, y el experimento lleva mucho tiempo. Además, el consumo de químicos en experimentos SGE es muy alto. Este trabajo propone un método simple para la separación de fragmentos de ADN basados ​​en un chip SGE. El chip está hecho por una máquina de grabado. Se utilizan dos láminas de plástico para las longitudes de onda de excitación y emisión de la señal óptica. La señal de fluorescencia de las bandas de ADN se recoge por teléfono inteligente. Para validar este método, se separaron escaleras de ADN de 50, 100 y 1.000 pb. Los resultados demuestran que una escala de ADN inferior a 5.000 pb puede ser resuelta en 12 minutos y con alta resolución cuando se utiliza este método, lo que indica que es un sustituto ideal para el método SGE tradicional.

Introduction

La electroforesis en gel de placas (SGE) es el método más eficaz para separar los fragmentos de ADN 1 , 2 , 3 , 4 , 5 y por lo tanto se considera una herramienta versátil en los análisis bioquímicos y biológicos 6 , 7 , 8 . Sin embargo, muchos experimentos indican que SGE está restringido por los siguientes cuatro problemas: (1) las separaciones toman muchas horas, e incluso días; (2) el consumo de productos químicos es muy alto; (3) requiere un aparato complicado ( por ejemplo, célula de electroforesis 2D, fuente de alimentación de electroforesis y sistema de formación de imágenes de gel); (4) el sistema de formación de imágenes de gel sólo puede observar los fragmentos de ADN separados cuando se termina el experimento. Además, el bromuro de etidio (EtBr), que se utiliza comúnmente en SGE 9 ,Ass = "xref"> 10, es mutagénico y cancerígeno 11 , 12 . Por lo tanto, siempre se deben usar guantes al entregar geles que contienen EtBr.

La electroforesis capilar (CE) tiene numerosas ventajas 13 , 14 , 15 , 16 , 17 en comparación con SGE, tales como funcionamiento automático, tiempo de separación corto y menor consumo. Sin embargo, el instrumento de la CE es bastante caro. Por lo tanto, para superar esas limitaciones, se ha desarrollado un sistema ( Figura 1 ) para la separación del ADN. Un sistema de este tipo no sólo puede reducir considerablemente el consumo de sustancias químicas y ahorrar tiempo de experimento SGE (<8 min), sino que también puede realizar un seguimiento en tiempo real del proceso de separación de ADN en el gel de agarosa por teléfono inteligente. Siguiendo los procedimientos descritos en este protocolo, los estudiantes debenSer capaz de diseñar y fabricar el chip SGE, preparar el gel de agarosa en el chip, configurar un sencillo sistema SGE con un smartphone y registrar el proceso de migración de ADN en el gel de agarosa.

Protocol

1. Diseño básico del chip SGE Utilice cualquier plástico transparente, como polimetilmetacrilato (PMMA) o policarbonato. Nota: El chip SGE se muestra en la Figura 1B . El chip SGE consiste en agujeros cilíndricos para el buffer TBE, canales para la separación de ADN y dos carriles incrustados a lo largo de los orificios para el electrodo. Fabricar matrices de canales SGE en el bloque PMMA usando una máquina de grabado láser. Nota: Los parámetros ge…

Representative Results

La Figura 4 , la Figura 5 y la Figura 6 representan un resultado típico después de la electroforesis en gel de escaleras de ADN de 50, 100 y 1.000 pb. Después del experimento, los fragmentos de ADN estaban bien separados. Además, las mismas muestras se separaron en los 4 canales del chip SGE, mostrando que fragmentos de ADN del mismo tamaño se mueven a la misma distancia en cada experimento. …

Discussion

La electroforesis en gel de agarosa se emplea ampliamente para la separación de ADN, ARN y proteína. Este trabajo propone un nuevo método para reemplazar el tradicional protocolo de electroforesis en gel. Los resultados demuestran que las escaleras de ADN de 50, 100 y 1.000 pb se pueden separar bien en un dispositivo ensamblado de este tipo. La gran ventaja de este método es que no sólo puede separar los ácidos nucleicos con poco consumo químico, sino que también puede registrar el proceso de separación. Aunque…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos el apoyo de la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (No. 21205078) y el Fondo de Investigación para el Programa de Doctorado de Educación Superior de China (No.20123120110002). Este trabajo fue parcialmente apoyado por el Programa Nacional de Investigación y Desarrollo de China (2016YFB1102303), el Programa Nacional de Investigación Básica de China (973Program; 2015CB352001) y la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (61378060).

Materials

10×TBE Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. T1051
50bp DNA ladder Takara Bio Inc. 3421A
100bp DNA ladder Takara Bio Inc. 3422A
1kbp DNA ladder Takara Bio Inc. 3426A
SYBR GREEN Takara Bio Inc. 5760A
Agarose Sigma-Aldrich Corporate V900510

References

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Cite This Article
Tao, C., Yang, B., Li, Z., Zhang, D., Yamaguchi, Y. Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone. J. Vis. Exp. (124), e55926, doi:10.3791/55926 (2017).

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