यहां हम एक प्रोटोकॉल वर्तमान में प्रोटीन संरचना का विश्लेषण करने के लिए बड़े देशी प्रोटीन: प्रोटीन और प्रोटीन: न्यूक्लिक एसिड परिसरों से तिलहन बलात्कार (B. napus) फ्लोएम रिसाव का उपयोग कर एक 3 डी polyacrylamide जेल ट्रो (पृष्ठ) दृष्टिकोण ब्लू के संयोजन देशी (बीएन) दो denaturing सामूहिक spectrometric पहचान के बाद पृष्ठों के साथ ।
नमूना उच्च पौधों की फ्लोएम अक्सर श्रमसाध्य और काफी संयंत्र प्रजातियों पर निर्भर है । हालांकि, denaturing शर्तों के तहत proteome अध्ययन विभिंन प्रजातियों के पौधे में प्राप्त किया जा सकता है । देशी प्रोटीन: प्रोटीन और प्रोटीन: फ्लोएम नमूनों से न्यूक्लिक एसिड परिसरों के रूप में अभी तक शायद ही विश्लेषण किया गया है, हालांकि वे इस विशेष डिब्बे के रखरखाव में महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकता है या लंबी दूरी के संकेत में । बड़े आणविक विधानसभाओं एक नीली देशी जेल ट्रो (बीएन-पृष्ठ) का उपयोग कर पृथक किया जा सकता है । उनके प्रोटीन अवयव एक बाद सोडियम dodecyl सल्फेट पृष्ठ (एसडीएस-पृष्ठ) द्वारा अलग किया जा सकता है । हालांकि, इसी तरह आणविक भार सह प्रवास के साथ प्रोटीन, क्या जन स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन की पहचान में बाधा कर सकते हैं । दो अलग denaturing जेल ट्रो कदम, अर्थात् Tris-Tricine-यूरिया और एसडीएस-पृष्ठ के साथ बीएन-पृष्ठ के संयोजन, प्रोटीन की अतिरिक्त जुदाई उनके hydrophilicity के अनुसार सक्षम बनाता है/hydrophobicity और इस तरह बढ़ता है संकल्प और सफलता प्रोटीन की पहचान । यह भी है कि केवल उनके posttranslational संशोधनों में अलग प्रोटीन भेद की अनुमति देता है । इसके अतिरिक्त, macromolecular परिसरों में आरएनए अवयव पहचानने के लिए नीला देशी उत्तरी सोख्ता लागू किया जा सकता है । हम बताते हैं कि हमारे प्रोटोकॉल देशी प्रोटीन के प्रोटीन और आरएनए घटकों को खंडित करने के लिए उपयुक्त है: प्रोटीन और ribonucleoprotein (RNP) फ्लोएम नमूनों में होने वाली कॉम्प्लेक्स. दो अलग denaturing पृष्ठ कदम के साथ एक नीला देशी पृष्ठ के संयोजन के लिए बड़े प्रोटीन परिसरों के विभिंन प्रकार अलग मदद कर सकते हैं, और भी जन स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा अपने घटकों के एक वृद्धि की पहचान की दर में सक्षम बनाता है । इसके अलावा, प्रोटोकॉल काफी मजबूत एक साथ एक प्रोटीन परिसरों के भीतर संभावित बाध्य न्यूक्लिक एसिड का पता लगाने के लिए है ।
फ्लोएम की लंबी दूरी के नाली उच्च संयंत्रों में कार्बनिक पोषक तत्वों के आवंटन के लिए आवश्यक हैं, लेकिन यह भी कई अलग विकास और विकास के लिए महत्वपूर्ण प्रक्रियाओं को विनियमित करने में शामिल हैं, रोगज़नक़ रक्षा, और प्रतिकूल करने के लिए अनुकूलन पर्यावरण की स्थिति । आयनों, phytohormones, या खुद चयापचयों जैसे छोटे प्रभाव के अलावा, प्रोटीन और RNAs की तरह अणुओं हाल ही में संभावित संकेतों के रूप में उभरा है ।
अध्ययनों से पता चला है कि प्रोटीन के फ्लोएम लदान आकार निर्भर है और आकार बहिष्करण सीमा (चयन) ताकना-plasmodesmal साथी कोशिकाओं (CC) और चलनी तत्वों (एसई) है कि आम तौर पर 10 की सीमा में है जोड़ने इकाइयों के द्वारा नियंत्रित करने के लिए > 67 केडीए1 , 2 , 3. हालांकि, इन आकार सीमाओं के बावजूद बड़ा प्रोटीन और प्रोटीन परिसरों फ्लोएम आकार अपवर्जन के विचार को चुनौती देने की प्रणाली के भीतर पाया गया है4, और यहां तक कि सीसी से प्रोटीन की विशिष्ट हानि एसई को सुझाव दिया गया है5 .
Multiprotein के रूप में अच्छी तरह के रूप में बड़े ribonucleoprotein परिसरों में एक निर्णायक भूमिका निभाते हैं, और कोशिका के संरचनात्मक अखंडता को बनाए रखने6। वहां सबूत है कि फ्लोएम-मोबाइल प्रोटीन प्रोटीन और ribonucleoprotein परिसरों4,7मौजूद है, लेकिन उनके समारोह के बारे में थोड़ा तारीख को जाना जाता है । फ्लोएम चलनी तत्वों में प्रोटीन: प्रोटीन और RNP परिसरों में लंबी दूरी के परिवहन और/या संकेतन8,9के साथ फंसाया गया है । translocated परिसरों के कार्यों को जानने, पर्यावरण या तनाव की स्थिति में बदलती के तहत उनकी संरचना का अध्ययन करने की आवश्यकता है । इस लक्ष्य को प्राप्त करने के लिए, मूल परिसरों को अलग करना होगा और उनके घटकों को पर्याप्त संकल्प के साथ अलग करना होगा ।
फ्लोएम से उच्च आणविक-भार परिसरों को अलग करने के लिए, यह सबसे पहले पर्याप्त गुणवत्ता और मात्रा में एसएपी नमूने प्राप्त करने के लिए आवश्यक है । तकनीक है कि फ्लोएम नमूने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है ब्याज की प्रजातियों के पौधे पर निर्भर करता है । फ्लोएम एसएपी प्राप्त करने के लिए तीन मुख्य तरीकों में 10मौजूद: कीट stylectomy11, EDTA-12, और सहज13इंग्लैण्ड की सुविधा ।
Arabidopsis थालियाना (ए. थालियाना) से फ्लोएम नमूनों, दुनिया भर में प्रयोगशालाओं में प्रमुख मॉडल संयंत्र, केवल EDTA-सोल्यूशन इंग्लैण्ड या एफ़िड stylectomy14,15द्वारा प्राप्त किया जा सकता है. दोनों तरीकों को या तो अत्यधिक पतला फ्लोएम एसएपी या बहुत कम नमूना मात्रा का नेतृत्व । EDTA-सोल्यूशन इंग्लैण्ड भी संदूषण से ग्रस्त है और हो सकता है कि वास्तविक फ्लोएम रचना16का प्रतिनिधित्व न करे । सहज फ्लोएम इंग्लैण्ड, आलू, वृक या युक्का जैसे पादप प्रजातियों तक सीमित है, जहां संयंत्र के भागों को काटने से फ्लोएम एसएपी का सहज उत्सर्जन होता है जिसे आसानी से13,17,18एकत्र किया जा सकता है, 19. हम हाल ही में फ्लोएम विश्लेषण के लिए एक उपयुक्त मॉडल प्रणाली के रूप में तिलहन बलात्कार (ब्रेसिका napus) की स्थापना की है, क्योंकि यह ए. थालियाना के एक करीबी रिश्तेदार है और microliters एसएपी के कई फ्लोएम छोटे चीरा कि दिखाया गया है से प्राप्त किया जा सकता है उच्च शुद्धता4,8,20के हो । इसके अलावा, napus जीनोम अनुक्रम २०१४21में जारी किया गया था ।
एफ़िड stylectomy के अलावा, सभी फ्लोएम संग्रह तरीकों नमूने की साइट पर आसपास के ऊतकों के हानिकारक शामिल है, और फ्लोएम एसएपी की संरचना चोट के जवाब में बदल सकते हैं । इसलिए यह फ्लोएम नमूनों की गुणवत्ता की जांच करने के लिए आवश्यक है, नमूना विधि लागू की परवाह किए बिना. एकत्र फ्लोएम एसएपी के गुणवत्ता नियंत्रण के लिए विभिंन तरीके हैं, जैसे RNase गतिविधि के निर्धारण के द्वारा22,23, आरटी-Rubisco के खिलाफ प्राइमरों के साथ पीसीआर8,24, या चीनी के विश्लेषण रचना8.
अलग और अलग करने के लिए विभिंन तरीकों प्रोटीन परिसरों, आकार अपवर्जन क्रोमैटोग्राफी, सुक्रोज घनत्व ultracentrifugation, या अलग आणविक वजन कट नापसंद के साथ झिल्ली के माध्यम से नमूना निस्पंदन सहित लागू किया जा सकता है । हालांकि, इन approaches उच्च रिज़ॉल्यूशन की अनुमति नहीं है । तकनीक ब्लू देशी पृष्ठ (बीएन-पृष्ठ), पहले Schägger एट अलद्वारा वर्णित बुलाया । 25, संकल्प की दृष्टि से श्रेष्ठ है । यह सफलतापूर्वक विभिंन organelles से या सेलुलर lysates और उनके सापेक्ष बहुतायत से बड़े देशी प्रोटीन परिसरों के आणविक भार निर्धारित करने के लिए इस्तेमाल किया गया था26,27।
आगे के लिए प्रोटीन परिसरों की जटिल संरचना स्पष्ट, यह आवश्यक है अलग अलग घटकों denaturing शर्तों के तहत, जटिल घटकों के पूरे विधानसभा के लिए अग्रणी । यह एसडीएस के एक दूसरे आयाम द्वारा प्राप्त किया जा सकता है-पृष्ठ 28,29 या, उच्च संकल्प प्राप्त करने के लिए, isoelectric के एक दूसरे आयाम द्वारा ध्यान केंद्रित (आईईएफ) एसडीएस के एक तिहाई आयाम के बाद-पृष्ठ30 और बाद की पहचान मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग प्रोटीन ।
इस प्रोटोकॉल में, हम B. napus संयंत्रों से शुद्ध फ्लोएम एसएपी के नमूने का वर्णन और इस तरह के फ्लोएम नमूनों से प्रोटीन परिसरों के विश्लेषण एक 3 डी electrophoretic Tris-Tricine-यूरिया पृष्ठ और एसडीएस-पृष्ठ के साथ बीएन पृष्ठ के संयोजन दृष्टिकोण का उपयोग कर । अलग प्रोटीन जटिल घटक बाद में सामूहिक स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग कर की पहचान कर रहे हैं । इसके अलावा, हम एक बड़ी RNP परिसरों में RNAs का पता लगाने की अनुमति विधि के रूप में ब्लू मूल उत्तरी सोख्ता परिचय4, दृष्टिकोण की प्रयोज्यता का विस्तार ।
फ्लोएम उच्च ब्याज का एक डिब्बा है, क्योंकि यह photoassimilates के लिए प्रमुख परिवहन मार्ग का गठन किया है, और यह भी लंबी दूरी के लिए विभिंन संयंत्र भागों के बीच संकेत करना जरूरी है9,20,३४, ३५. छोटे अणुओं के अलावा प्रोटीन और RNAs जैसे अणुओं को फ्लोएम मेंटेनेंस और सिग्नलिंग4,7,8के साथ फंसाया गया है । फ्लोएम संरचना के विश्लेषण के लिए सीमित पहुंच से ज्यादातर प्रजातियों के संयंत्र में फ्लोएम नमूनों को प्रतिबंधित है । कीट stylet तकनीक व्यापक रूप से लागू है, लेकिन प्रयोग की मांग और फ्लोएम नमूनों की बहुत कम मात्रा में परिणाम11। फ्लोएम नमूना के लिए इस्तेमाल एक आसान तकनीक EDTA-सोल्यूशन12है । EDTA कैल्शियम की तरह चिलेट्स divalent आयनों और इस तरह पी-प्रोटीन और callose द्वारा चलनी प्लेट के समापन रोकता है । यह उपयोग करने के लिए आसान है, लेकिन क्षतिग्रस्त कोशिकाओं और नमूनों द्वारा दूषित करने के लिए प्रवण है पतला कर रहे हैं । EDTA द्वारा divalent आयनों घट भी मौजूदा परिसरों के टूटने का कारण बन सकता है । हालांकि, यह मॉडल संयंत्र ए थालियाना15सहित प्रजातियों की एक विस्तृत श्रृंखला से नमूने की अनुमति देता है । फ्लोएम एसएपी के सहज इंग्लैण्ड केवल संयंत्र प्रजातियों में से एक छोटी संख्या में होता है । यह एक इनवेसिव तरीका है कि संयंत्र के ऊतकों की महत्वपूर्ण चोट10शामिल है । हम हाल ही में लंबी दूरी की परिवहन4,8,20के अध्ययन के लिए एक मॉडल प्रजातियों के रूप में बी napus की स्थापना की । यहां, फ्लोएम एसएपी छोटे चीरा से नमूना किया जा सकता है, जो घाव प्रभाव और संदूषण के स्रोतों को कम कर देता है ।
विभिन्न नमूना तकनीक का उपयोग कर, विभिन्न प्रजातियों के पौधों से फ्लोएम नमूनों की proteome हाल के वर्षों में जांच की गई है7,8,17,३६,३७, ३८,३९. इन proteome अध्ययनों के लिए, प्रोटीन निकाले गए और denaturing शर्तों के तहत उपजी और इसलिए प्रोटीन के बारे में निष्कर्ष की अनुमति नहीं है: प्रोटीन और प्रोटीन: न्यूक्लिक एसिड बातचीत देशी शर्तों के तहत मौजूद । सह immunoprecipitation (CoIP) और ओवरले परख संकेत दिया कि एक प्रमुख ribonucleoprotein परिसर फ्लोएम में कद्दू से मौजूद हो सकता है४०, लेकिन यह नहीं दिखाया गया है कि किसी भी macromolecular परिसरों के भीतर देशी परिस्थितियों में मौजूद फ्लोएम व्यवस्था.
ब्लू देशी पृष्ठ, Schägger एट अल द्वारा शुरू की । 26, बाद में उच्च संकल्प जेल ट्रो कदम के साथ संयोजन में बड़े प्रोटीन परिसरों के व्यक्तिगत घटकों के पृथक्करण सक्षम करें । देशी बी napus फ्लोएम रिसाव के 3 डी पृष्ठ का विश्लेषण का उपयोग करना, हम हाल ही में प्रदर्शित कर सकता है कि कई उच्च आणविक वजन प्रोटीन: प्रोटीन और RNP परिसरों फ्लोएम नमूनों में मौजूद है और सक्रिय4enzymatically हैं । वैकल्पिक तरीकों प्रोटीन कॉंप्लेक्स को अलग करने के साथ ही आकार अपवर्जन क्रोमैटोग्राफी की तरह RNPs मौजूद हो सकता है, लेकिन संकल्प के मामले में असफल जब बीएन-पृष्ठ की तुलना में । इसके अलावा, जटिल जुदाई की एक उचित गुणवत्ता के लिए, आकार अपवर्जन कॉलम मैट्रिक्स समग्र जटिल आणविक भार के अनुसार अनुकूलित किया जा रहा है की जांच की जा रही है । विभिंन आकार के परिसरों का विश्लेषण इसलिए कॉलम के विभिंन प्रकार की मांग है जो गहन लागत है और एक बीएन के रूप में उच्च ध्यान केंद्रित शक्ति के रूप में पृष्ठ की अनुमति नहीं है ।
B. napus से परिसरों का विश्लेषण करने के लिए महत्वपूर्ण चरणों में फ्लोएम sap की कुल मात्रा को प्रारंभ सामग्री के रूप में उपयोग किया जाता है । फ्लोएम नमूना के कम से ६०० µ एल आवश्यक हैं और पांच अच्छी तरह से पानी वाले पौधों से प्राप्त किया जा सकता है । 3 डी के लिए पृष्ठ और बीएन उत्तरी सोख्ता यह फ्लोएम नमूनों की पर्याप्त मात्रा के साथ प्रारंभिक बीएन जेल शुरू करने के लिए आवश्यक है । इस लक्ष्य को प्राप्त करने के लिए, फ्लोएम नमूनों 20 से 30 µ ग्राम प्रोटीन के प्रत्येक अच्छी तरह से लोड किया जा सकता है और एक ही नमूना के कम से triplicates समानांतर में चला रहे हैं जब तक केंद्रित कर रहे हैं । बहुत कम या बहुत उच्च सांद्रता परिसरों का पता लगाने को कम (चित्र 3) । फ्लोएम नमूनों की जरूरत है बर्फ पर प्रतिक्रिया ट्यूबों में एकत्र किया जाना चाहिए और बाद में उपयोग के लिए जमे हुए प्रोटीन क्षरण और कारोबार से बचने के लिए संग्रहीत किया जाना चाहिए । सभी फ्लोएम proteomes में विश्लेषण अवरोधकों पाया गया है, लेकिन यह भी एक पूरी तरह से सक्रिय proteasome बी napus4के फ्लोएम में वर्णित किया गया था । इसके अलावा, मात्रा और फ्लोएम नमूनों की संरचना नमूना समय बिंदु और पर्यावरण की स्थिति10पर निर्भर करते हैं । इसलिए देखभाल इसी तरह की स्थितियों के तहत दिन के एक ही समय में एकत्र करने के लिए लिया जाना चाहिए । तनाव उपचार (जैसे सूखा) फ्लोएम की मात्रा को कम कर सकते हैं जो एकत्र किया जा सकता है । मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा एकल प्रोटीन की पहचान करने के लिए, यह हर समय दस्ताने पहन कर संभव केरातिन संदूषणों को सीमित करने के लिए अनिवार्य है । केरातिन बड़े पैमाने पर कल्पना विश्लेषण के दौरान अतिरिक्त संकेतों की ओर जाता है और प्रोटीन की पहचान में बाधा । एक उच्च वोल्टेज या परिवेश के तापमान पर बीएन-पृष्ठ रनिंग जेल कि नाजुक परिसरों के विधानसभा में परिणाम हो सकता है की हीटिंग के लिए नेतृत्व कर सकते हैं ।
यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल प्रोटीन के विश्लेषण के लिए उपयुक्त है: प्रोटीन परिसरों । हम यह भी बताते है कि यह विशिष्ट समानांतर में परिसरों में निहित RNAs का पता लगाने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है । इस लक्ष्य को हासिल करने के लिए, हम हाल ही में बीएन उत्तरी सोख्ता4के लिए एक प्रोटोकॉल शुरू किया । RNAs RNAse संदूषणों द्वारा क्षरण होने की आशंका है । ऐसे क्षरण को सीमित करने के लिए DEPC-स्वास्थ्यकर्मी, पानी का उपयोग करना चाहिए.
प्रस्तुत विधि की मुख्य सीमाएं प्रोटीन बीएन द्वारा अलग परिसरों के आणविक वजन का आकलन-पृष्ठ शामिल हैं, के बाद से प्रवास व्यवहार आकार, आकार पर निर्भर करता है और यहां तक कि परिसरों के posttranslational संशोधनों पर31, ४१. RNP परिसरों का आकार अनुमान और भी अधिक जटिल माइग्रेशन व्यवहार पर न्यूक्लिक एसिड के प्रभाव के कारण है । यह भी एक ही आकार सह के परिसरों एक एकल बैंड में माइग्रेट नहीं रोका जा सकता है. यह जटिल रचनाओं की गलत भविष्यवाणी करने के लिए नेतृत्व कर सकते हैं । इसलिए पूरक तकनीकों के साथ मनाया बातचीत की पुष्टि, कार्यात्मक परख4द्वारा उदा , आवश्यक हो सकता है । इसके अलावा प्रोटीन केवल कमजोर या क्षणिक एक macromolecular परिसर में जुड़े बीएन बफर इस्तेमाल में खो सकता है । इससे बचने के लिए, नमूनों crosslinked हो सकता है, क्या भी कलाकृतियों के लिए नेतृत्व कर सकते हैं या प्रोटीन की पहचान को रोकने कर सकते हैं, या बफर शर्तों अनुकूलित किया जा सकता.
शास्त्रीय 2d के विपरीत पृष्ठ, यूरिया का संयोजन-और एसडीएस-पृष्ठ hydrophobicity और आणविक वजन के बजाय isoelectric बिंदु (pI) और आणविक वजन 28के अनुसार जुदाई की अनुमति देता है, और एक के प्रोटीन के लिए जुदाई की सीमा नहीं है विशिष्ट pI श्रेणी । शास्त्रीय 2d-पृष्ठ के समान, अलग प्रोटीन एकल धब्बे के रूप में दिखाई दे रहे हैं, लेकिन एक तिरछी लाइन 4,28 (चित्रा 5, चित्रा 6) । अधिक hydrophobic प्रोटीन इस विकर्ण के ऊपर धब्बे में दिखाई देते हैं, जबकि अधिक हाइड्रोफिलिक प्रोटीन रेखा के नीचे पाए जाते हैं28. इस प्रोटोकॉल में इस्तेमाल होने polyacrylamide सांद्रता 25 से ८० केडीए के बीच प्रोटीन को अलग से अच्छी तरह लेगा. छोटे या बड़े प्रोटीन की जुदाई की अनुमति के लिए polyacrylamide एकाग्रता अलग किया जा सकता है या ढाल जैल तीसरे आयाम में इस्तेमाल किया जा सकता है । जटिल IV (चित्रा 3) 3 डी द्वारा अलग-पृष्ठ (चित्रा 6) के घटक बाहर काट रहे थे, trypsin पचा, और बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा विश्लेषण किया । इसका परिणाम कई tRNA ligases की पहचान में आया । अंय परिसरों के घटकों को हाल ही में 4प्रकाशित किया गया है । हमारे 3 डी पृष्ठ अलग ligases, अर्थात् aspartate, asparagine, threonine, lysine और glycine ligases, समान आणविक भार (तालिका 3) के साथ जुदाई सक्षम होना चाहिए । एक मिथीयोनाईन tRNA-विशिष्ट जांच का उपयोग करना, हम जटिल चतुर्थ के भीतर संभावित बाध्य tRNA का पता लगाने में सक्षम थे, लेकिन यदि पूर्ण लंबाई tRNA या tRNA टुकड़े जटिल में है जांच इस्तेमाल के साथ भेदभाव नहीं किया जा सकता है । जांच करने के लिए अगर न्यूक्लिक एसिड वास्तव में जटिल के भीतर ही बंधे है और नहीं सह पलायन, पचा फ्लोएम एसएपी नमूने उपयुक्त प्रवास नियंत्रण के रूप में सेवा कर सकते हैं ।
यह पहले अटकलें है कि प्रोटीन अनुवाद फ्लोएम चलनी ट्यूबों के भीतर हो सकता है, के बाद से लगभग पूरे ribosome के अधिकांश घटकों के रूप में के रूप में अच्छी तरह से बढ़ाव कारकों फ्लोएम नमूनों में पाया गया है4,7। tRNA और tRNA ligases की हमारी खोज के लिए इस विचार का समर्थन लगता है । हालांकि, कद्दू से फ्लोएम नमूनों में मौजूद tRNA अंशों को अनुवाद के प्रबल अवरोधक४२ दिखाया गया है और कार्यात्मक ribosomes को4अनुपस्थित होने के लिए प्रतीत होता है, सुझाव है कि अनुवाद जगह नहीं ले सकता ।
एक साथ ले लिया, यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल देशी प्रोटीन की जुदाई: प्रोटीन और फ्लोएम नमूनों और जुदाई और उच्च संकल्प के साथ अपने व्यक्तिगत घटकों की पहचान से भी RNP परिसरों की अनुमति देता है । इस विधि के आवेदन फ्लोएम नमूनों में उपंयास प्रोटीन और RNP परिसरों की खोज में सक्षम बनाता है और इसलिए इस अत्यधिक विशेष संयंत्र डिब्बे में नए कार्य स्पष्ट कर सकते हैं ।
The authors have nothing to disclose.
हम उनके वैज्ञानिक समर्थन के लिए जेनिफर देके और Urszula Zarzenska को धन्यवाद देते हैं । इस कार्य को यूरोपीय आयोग द्वारा 7वें फ्रेमवर्क प्रोग्राम के अंतर्गत करियर इंटीग्रेशन ग्रांट (CIG, PCIG14-GA-2013-63 0734) द्वारा वित्तीय रूप से समर्थित किया गया, अनुदान LFF-GK06 ‘ DELIGRAH ‘ (Landesforschungsförderung हैम्बर्ग), और DFG अनुदान (DFG KE 856_6-1) जेके को सम्मानित किया ।
1.5 mL reaction tubes | Eppendorf | 30120086 | |
10 well comb for SDS PAGE, thickness 1 mm | BioRad | 1653359 | |
2-Propanol | AppliChem | 131090 | |
30 % Acrylamide-bisacrylamide solution (29:1) solution | BioRad | 1610156 | |
30 % Acrylamide-bisacrylamide solution (37.5:1) solution | BioRad | 1610158 | |
96 % Ethanol | Carl Roth | P075 | |
Acetic acid | Carl Roth | 6755 | |
Agarose | Lonza | 50004 | |
Aluminum sulfate-(14-18)-hydrate | AppliChem | 141101 | |
Ammonium peroxodisulfate (APS) | Carl Roth | 9592.3 | |
Bis-Tris | AppliChem | A3992 | |
Boric acid | AppliChem | A2940 | |
Bromophenol blue | AppliChem | A2331 | |
Centrifugal concentrators e.g. Vivaspin 500 (Mwco 10 kDa) | Sartorius | VS0102 | |
Chemiluminescent Nucleic Acid Detection Module Kit | Thermo Fisher Scientific | 89880 | |
Chromatography papers e.g. 3 mm CHR | Whatman | 3030-153 | |
CoolBox M30 System | Biocision | BCS-133 | |
Coomassie brilliant Blue G-250 | AppliChem | A3480 | |
Diethyl pyrocarbonate (DEPC) | AppliChem | A0881 | |
Dithiothreitol (DTT) | AppliChem | A1101 | |
DNase I | AppliChem | A3778 | |
Ethanol abs. | AppliChem | A3693 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | AppliChem | A1103 | |
Gel Imaging system e.g. Chemidoc Touch | BioRad | 1708370 | |
GeneRuler 1kb plus | Thermo Fisher Scientific | SM1331 | |
Glycerol | AppliChem | 141339 | |
Glycine | AppliChem | 131340 | |
Heating block TS1 | Biometra | 846-051-500 | |
Hybridization oven e.g. GFL Hybridization Incubator 7601 | GFL | 7601 | |
Hypodermic needle (0.8 mm) | B Braun | 4658309 | |
IPG gel comb, thickness 1 mm | BioRad | 1653367 | |
Labeling of RNA e.g.Biotin 3'end DNA Labeling Kit | Thermo Fisher Scientific | 89818 | |
Native gradient gel e.g. Novex NativePAGE 4–16% Bis-Tris protein gel | Invitrogen | BN1002BOX | |
Nylon membrane e.g. Hybond-N+ | Amersham Pharmacia | RPN203B | |
Ortho-phosphoric acid | Carl Roth | 6366.1 | |
PageRuler prestained protein ladder | Thermo Fisher Scientific | 26616 | |
Power supply for Gel electrophoresis EPS | Amersham Pharmacia | 18-1130-01 | available from GE Healthcare |
RNA Cleanup Kit | Qiagen | 74204 | |
Semi dry blot e.g. Fastblot 43B semi dry Blot | Biometra | 846-015-100 | |
Sodium chloride (NaCl) | AppliChem | A1149 | |
Sodium dodecyl sulfate (SDS) | AppliChem | 142363 | |
Synthesis of cDNA e.g. RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit | Thermo Fisher Scientific | K1621 | |
Tetramethylethylenediamine (TEMED) | AppliChem | A1148 | |
Tricine | AppliChem | A3954 | |
Tris | AppliChem | A1086 | |
Tri-sodium citrate dihydrate | AppliChem | A3901 | |
TRIzol Reagent | Thermo Fisher Scientific | 15596026 | |
ULTRAhyb Ultrasensitive Hybridization Buffer | Thermo Fisher Scientific | AM8670 | |
Urea | AppliChem | A1360 | |
UV Crosslinker e.g. Stratalinker 2400 | Agilent | NC0477671 | from Fisher Scientific |
Vertical electrophoresis apparatus e.g.The XCell SureLock Mini-Cell or Mini-Protean III System | Thermo Fisher Scientific or BioRad | EI0001 or 1658004 | |
Wipers e.g. KIMWIPES Delicate Task Wipers | Kimberly-Clark | 34120 |