Dağ KEÇİSİ, tıbbi görüntüleme radiomics çalışmaları ve bu aracının nasıl kullanılacağı için tasarlanmış bir açık kaynak aracı açıklanmaktadır. Buna ek olarak, dağ KEÇİSİ belirsizlik çözümlemesi için kullanılan ve bina model bazı yayımlanmış eserler görücüye vardır.
Biyomarker Explorer (IBEX) görüntüleme bir açık kaynak tıbbi görüntüleme radiomics iş için bir araçtır. Bu kağıt amacı dağ KEÇİSİ’ın grafik kullanıcı arabirimini (GUI) ve dağ KEÇİSİ özellikleri klinik çalışmalarda kullanılan hesaplanma göstermek için nasıl tarif etmektir. Dağ KEÇİSİ DICOM görüntüleri alma için DICOM radyasyon terapisi yapısı dosyaları veya Pinnacle dosyaları sağlar. Görüntüleri alındıktan sonra dağ KEÇİSİ içinde görüntüler, ölçü Voksel değerleri ve mesafeler, görüntüleme işlemek ve oluşturmak ve kontür düzenlemek için veri seçimi GUI araçları vardır. Dağ KEÇİSİ şekil sets tasarlamak için 27 önişleme ve 132 özellik seçenekleri ile geliyor. Her ön işleme ve özellik kategorisi değiştirilebilir parametreleri vardır. Dağ KEÇİSİ çıktısını içeren bir elektronik tablo olduğunu: 1) her özelliğin özellik her kontur bir veri kümesinde, bir veri kümesi ve ön işleme 3) bir Özet her kontur hakkında 2) görüntü bilgi için hesaplanan ve onların seçilen ile kullanılan özellikleri parametreleri. Dağ KEÇİSİ hesaplanan özellikler çalışmalarda farklı görüntüleme koşullarında ve hayatta kalma modelleri mevcut klinik modelleri geliştirmek için özellikler değişkenliği sınamak için kullanılır.
Tıpta, hasta hastalık tanı genellikle büyük röntgen, ultrason, bilgisayarlı tomografi (BT), manyetik rezonans görüntüleme (MRG), gibi tanı sınav altyapı ve Pozitron emisyon tomografisi (PET) tarar belirlemede yardımcı olmak için Tabii ki hasta bakımı. Doktorlar hastanın tanı niteliksel değerlendirmek için bu görüntüleri kullanırken, hasta bakımı rehberlik için çıkarılan ek nicel özellikler olabilir. Bu özellikler proteomik ve genomik desenler üzerinde makroskobik ölçekte1ifade temsil edebilir mantığı olduğunu. Bu niceliksel bilgileri geçerli klinik bilgi, örneğin, hasta demografi, ile birleştirerek daha bireyselleştirilmiş hasta bakımı izin verebilir. Radiomics arkasındaki teori bu: özelliği görüntülerin Voksel düzeyde analiz. Özellikleri genellikle 5 ana kategoriye ayrılır: gri düzey ortak oluşumu matris, gri düzey çalışma uzunluğu matris, mahalle yoğunluk farkı matris, çubuk grafik ve şekil.
Biyomarker Explorer (IBEX) görüntüleme bir açık kaynak radiomics iş2için bir araçtır. Grafik kullanıcı arabirimi (GUI) MD Anderson Kanser Merkezi kanser Bakımı karar vermede yardımcı olan çıkarma ve kantitatif özelliklerin hesaplama kolaylaştırmak amacı ile geliştirilmiştir. Bir kaynak kodu3 ve tek başına4 sürümü online olarak mevcuttur. Dağ KEÇİSİ özellikleri her özellik kategorisi için ayarlayabilirsiniz parametreleri ile tıbbi radiomics kullanılan en yaygın 5 kategorilerini hesaplar. Bu gruplar şunlardır: gri düzey ortak oluşumu matris5, gri düzey çalışma uzunluğu matris6,7, yoğunluk, mahalle yoğunluk farkı matris8ve şekil. Dağ KEÇİSİ açık kaynak olduğu için farklı radiomics çalışmalar kolayca karşılaştırmak için kurumlar arasında uyumlu özelliği ayıklama sonuçlarını için sağlar. Dağ KEÇİSİ içinde tüm özellikleri ilk gazetede Zhang vd tarafından açıklanan 2
Dağ KEÇİSİ kullanmak ve yayımlanmış çalışmalar hakemli aracılığıyla uygulamaları MD Anderson radiomics grubundan göstermek için nasıl bir kılavuz sağlamak için bu yazının amacı budur. Piyasaya çıktığından beri halka 2015 yılında, dağ KEÇİSİ CT, PET ve MRI tarama görüntü özelliklerinden hesaplamak için MD Anderson radiomics grubu tarafından genellikle klinik hayatta kalma modelleri9,10geliştirmek için özellikleri soruşturma kullanılmıştır, 11,12,13,14,15,16,17,18,19,20 ve dış kurumları21,22,23,24tarafından. Dağ KEÇİSİ içinde yer almayan adımlar radiomics araştırma için kullanılan yazılım araçları üzerinde ek yönergeler-ebilmek bulunmak içinde mahkeme vd. 25
Dağ KEÇİSİ iş akışı için genel bir giriş verileri düzgün dağ KEÇİSİ kullanan radiomics proje başlamadan önce düzenlemek için yardımcı olacaktır. DICOM görüntüleri içe aktarma, dağ KEÇİSİ her hasta onların DICOM görüntüleri ile kendi klasör var gerektirir. DICOM radyasyon yapısı küme hasta klasöründe eklemek isteğe bağlıdır, ancak içinde dağ KEÇİSİ şekillendirici platformu kullanmak yerine önerilir. Böylece tüm verileri tek bir adım kullanarak dağ KEÇİSİ alınabilecek tüm hastalar için belirli bir çalışma alma ile yardımcı olmak için tüm hasta klasörleri bir klasöre birlikte yerleştirilebilir. Hastalar Pinnacle’dan alma, hasta plana ayarla yapısı en iyisi. Hasta birden çok görüntü kümeleri ve plan Pinnacle içinde olabilir bilmek hangi resim koymak için en iyi ve plan doğru almadan önce olduğu. Hesaplama zaman bir sorun oluşturacaksa, bir hasta için görüntü dilimleri sayısını azaltarak zaman önemli ölçüde azaltır. Örneğin, karaciğer bir çalışmada ilgilendirmez ama hastaların yalnızca tam vücut CT taramaları, DICOM dilimleri sadece ilgi alanı ölçüde azaltılması (DICOM 300 dilimleri 50 dilimlere azaltılmasıörneğin, 1/6t alabilir hesaplama zaman kısaltabilir h zaman). Bu dilim azaltma, yarı otomatik el ile gerçekleştirmek farklı araçlar vardır.
Dağ KEÇİSİ tıbbi görüntüleme radiomics araştırma için güçlü bir araçtır. Bu zamana kadar çoğunlukla MD Anderson radiomics grubu tarafından yürütülen çalışmalarda Radyasyon Onkoloji amaçlı kullanılmıştır. Dağ KEÇİSİ ROIs manipülasyon ve hesaplama özellikleri içinde 5 ana özellik kategorileri sağlar. Kaynak kod sürümü dağ KEÇİSİ, zaten dağ KEÇİSİ, gri düzeyi bölge matris özellikleri gibi dahil olmayan tasarım uygulamaları için kullanıcı sağlar.
<p class="jove_…The authors have nothing to disclose.
Rachel Ger Rosalie d. Hite Yüksek Lisans Bursu ve American Legion yardımcı arkadaş grubu tarafından finanse edilmektedir. Carlos Cardenas George M. Stancel Doktora Bursu Biyomedikal bilimlerde tarafından finanse edilmektedir. Dağ KEÇİSİ gelişimi ncı (R03 CA178495) tarafından finanse edildi.
Excel | Microsoft Office | Any version of excel should work. | |
Matlab | MathWorks | Only use IBEX on 32 bit Matlab 2011a or 64 bit Matlab 2014b. |