Este protocolo describe el proceso de aplicación de siete herramientas de la segmentación automatizada diferentes análisis estructurales de T1-weighted MRI para delimitar las regiones de materia gris que pueden ser utilizadas para la cuantificación del volumen de materia gris.
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Artículo de método
Segmentación automática de la materia gris Cortical de las imágenes de T1-Weighted MRI
En este artículo
Resumen
Resumen
Dentro de la investigación neuroimaging, un número de estudios recientes ha discutido el impacto de las diferencias entre los estudios en hallazgos volumétricos que se piensan para resultar de la utilización de herramientas de segmentación diferente para generar volúmenes de cerebro. Aquí, se presentan tuberías de proceso para siete herramientas automatizadas que pueden utilizarse para segmentar materia gris dentro del cerebro. El protocolo proporciona un paso inicial para investigadores con el objetivo de encontrar el método más preciso para la generación de volúmenes de materia gris de T1-weighted MRI las exploraciones. Pasos para realizar control de calidad visual detallada también están incluidos en el manuscrito. Este protocolo cubre una gama de posibles herramientas de segmentación y anima a los usuarios a comparar el rendimiento de estas herramientas dentro de un subconjunto de sus datos antes de seleccionar uno para aplicar a una cohorte completa. Además, el protocolo puede ser más generalizado a la segmentación de otras regiones del cerebro.
Introducción
Neuroimaging es ampliamente utilizado en las dos clínicas y parámetros de investigación. Hay un movimiento actual para mejorar la reproducibilidad de los estudios que cuantifican el volumen del cerebro de la proyección de imagen de resonancia magnética (MRI) exploraciones; por lo tanto, es importante que los investigadores compartan experiencias del uso de herramientas disponibles de MRI para segmentación de las exploraciones de MRI en volúmenes regionales, mejorar la estandarización y optimización de métodos1. Este protocolo proporciona a una guía paso a paso para usar siete herramientas diferentes a la materia gris cortical (CGM; materia gris....
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Protocolo
Nota: Asegúrese de que todas las imágenes están en formato de NifTI. Conversión a NifTI no está cubierto aquí.
1. segmentación por SPM 8: Unificado de segmento
Nota: Este procedimiento se realiza mediante la GUI de SPM8 que opera dentro de Matlab. La guía SPM8 proporciona más detalle y se puede encontrar en: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/spm8_manual.pdf.
- Asegúrese de que SPM8 instalado y ubicado en la ruta de acceso de software.
- Segmentación de SPM se realiza utilizando una interfaz gráfica. Para abrir el SPM, abra una ventana de comandos y escriba 'spm' en la línea de comandos....
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Resultados
Los volúmenes de medio cerebro para 20 participantes de control, junto con información demográfica, se muestra en la tabla 1. Esto actúa como una guía para los valores esperados al usar estas herramientas. Resultados deben considerarse en el contexto de la imagen original de T1.nii. Todas las regiones de GM deben ser inspeccionadas según los pasos descritos en la sección 8. Cuando se realiza el control de calidad visual, es importante comparar directamente las regiones de.......
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Discusión
Recientemente, la investigación ha demostrado que el uso de los diferentes métodos volumétricos puede tener implicaciones importantes para los estudios de neuroimagen1,2. Editorial protocolos que ayudan a los usuarios guía en cómo aplicar herramientas de neuroimagen diferentes, así como realizar control de calidad en la salida de resultados por estas herramientas, los investigadores pueden seleccionar el mejor método para aplicar a su conjunto de datos.
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Deseamos agradecer a todos los de la Fundación de Q de CHDI y alto responsable del estudio TRACK-HD; en particular, Beth Borowsky, Allan Tobin, Daniel van Kammen, Ethan Signer y Sherry Lifer. Los autores también desean extender su agradecimiento a los participantes del estudio TRACK-EH y sus familias. Este trabajo fue emprendido en UCLH/UCL, que recibió una proporción de la financiación del Instituto de nacional del Departamento de salud de salud centros de investigación biomédica investigación esquema de financiación. S.J.T. reconoce apoyo del Instituto Nacional de investigación en salud a través de las demencias y neurodegenerativas Research Network, DeNDRoN.
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Referencias
- Katuwal, G. J., et al. Inter-Method Discrepancies in Brain Volume Estimation May Drive Inconsistent Findings in Autism. Frontiers in Neuroscience. 10, 439(2016).
- Johnson, E. B., et al.
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Reimpresiones y permisos
