Summary

Udvikling af en individuel-Tree Basal Area Increment Model ved hjælp af en lineær mixed-effects tilgang

Published: July 03, 2020
doi:

Summary

Mixed effects-modeller er fleksible og nyttige værktøjer til analyse af data med en hierarkisk stokastisk struktur inden for skovbrug og kan også bruges til at forbedre skovvækstmodellernes ydeevne betydeligt. Her præsenteres en protokol, der syntetiserer oplysninger vedrørende lineære blandede effektmodeller.

Abstract

Her har vi udviklet en individuel-træ model af 5-årige basal område stigninger baseret på et datasæt, herunder 21898 Picea asperata træer fra 779 prøve parceller beliggende i Xinjiang-provinsen, nordvest Kina. For at forhindre høje korrelationer mellem observationer fra den samme prøvetagningsenhed udviklede vi modellen ved hjælp af en lineær blandet effektmetode med tilfældig ploteffekt for at tage højde for stokastisk variation. Forskellige træ- og standniveauvariabler, såsom indekser for træstørrelse, konkurrence og tilstand på stedet, blev inkluderet som faste effekter for at forklare restvariationen. Desuden blev heteroscedasticitet og autokorrelation beskrevet ved at indføre variansfunktioner og autokorrelationsstrukturer. Den optimale lineære mixed effects-model blev bestemt af flere fit-statistikker: Akaikes informationskriterium, Bayesian-informationskriterium, logaritme sandsynlighed og en sandsynlighedsforholdstest. Resultaterne viste, at signifikante variabler af individuelle træ basale areal stigning var den omvendte omdannelse af diameter ved brysthøjde, det basale areal af træer større end emnet træet, antallet af træer pr hektar, og elevation. Desuden blev fejl i variansstrukturen modelleret mest af eksponentiel funktion, og autokorrelationen blev i væsentlig grad korrigeret af den autoregressive struktur (AR(1)). Udførelsen af den lineære mixed-effects model blev væsentligt forbedret i forhold til modellen ved hjælp af almindelige mindst firkanter regression.

Introduction

Sammenlignet med lige ældre monokultur har skovforvaltning af ujævne arter af blandede arter med flere mål fået øget opmærksomhed på det seneste1,2,3. Forudsigelse af forskellige forvaltningsalternativer er nødvendig for at formulere robuste skovforvaltningsstrategier, især for komplekse skovsorter af ujævne arter af blandede arter4. Modeller for skovvækst og udbytte er i vid udstrækning blevet anvendt til at forudsige udvikling og høst af træer eller bevoksning under forskellige forvaltningsordninger5,6,7. Skovvækst- og udbyttemodeller klassificeres i individuelle træmodeller, størrelsesklassemodeller og helstandsvækstmodeller6,7,8. Desværre er modeller i størrelsesklassen og helhedsmodeller ikke egnede til ujævne skove af blandede arter, som kræver en mere detaljeret beskrivelse for at støtte beslutningsprocessen for skovforvaltning. Af denne grund har individuelle trævækst- og udbyttemodeller fået øget opmærksomhed gennem de sidste par årtier på grund af deres evne til at lave forudsigelser for skovstande med en række arters sammensætninger, strukturer og forvaltningsstrategier9,10,11.

Almindelig mindst kvadratisk regression (OLS) er den mest anvendte metode til udvikling af individuelle trævækstmodeller12,13,14,15. Datasættene for individuelle trævækstmodeller , der gentagne gange er indsamlet over en bestemt periode på den samme prøvetagningsenhed (dvs. Den hierarkiske stokastiske struktur overtræder ols-regressions grundlæggende antagelser, nemlig uafhængige residualer og normalt distribuerede data med lige store afvigelser. Derfor giver brugen af OLS-regression uundgåeligt partiske estimater af standardfejlen i parameterestimater for disse data13,14.

Mixed effects-modeller er et effektivt værktøj til analyse af data med komplekse strukturer, f.eks. Mixed effects-modeller består af både faste komponenter, der er fælles for hele populationen, og tilfældige komponenter, som er specifikke for hvert prøveudtagningsniveau. Desuden tager modeller med blandede effekter højde for heteroscedasticitet og autokorrelation i tid og rum ved at definere ikke-diagonale varians-kovariansstrukturmatrixer17,18,19. Af denne grund er blandede effekter modeller blevet flittigt brugt i skovbrug, såsom i diameter-højde modeller20,21, krone modeller22,23, selvfortyndende modeller24,25, og vækstmodeller26,27.

Her var hovedformålet at udvikle en individuel-træ basal område tilvækst model ved hjælp af en lineær blandet effekt tilgang. Vi håber, at den blandede virkning kan anvendes i vid udstrækning.

Protocol

1. Udarbejdelse af data Forbered modelleringsdata, som omfatter oplysninger om individuelle træer (art og diameter i brysthøjde ved 1,3 m) og plotoplysninger (hældning, aspekt og højde). I denne undersøgelse blev dataene indhentet fra den 8. (2009) og 9. (2014) kinesiske nationale skovbeholdning i Xinjiang-provinsen, nordvest Kina, som omfatter 21.898 observationer af 779 prøveområder. Disse prøveområder er firkantede med en størrelse på 1 Mu (kinesisk arealenhed svarende til 0,067 ha) og er systemat…

Representative Results

Den grundlæggende model for forøgelse af basalområdet for P. asperata blev udtrykt som Ligning (7). Parameterestimaterne, de tilsvarende standardfejl og statistikkerne over manglende tilpasning fremgår af tabel 2. Restområdet er vist i figur 1. Udtalt heteroscedasticitet af residualerne blev observeret.(7) Skøn</s…

Discussion

Et afgørende spørgsmål for udviklingen af mixed effects-modeller er at afgøre , hvilke parametre der kan behandles som tilfældige effekter , og hvilke der bør betragtes som faste virkninger34,35. Der er foreslået to metoder. Den mest almindelige tilgang er at behandle alle parametre som tilfældige effekter og derefter få den bedste model valgt af AIC, BIC, Loglik og LRT. Dette var den metode, der anvendes af vores undersøgelse35….

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Denne forskning blev finansieret af grundforskningsfondene for de centrale universiteter, tilskudsnummer 2019GJZL04. Vi takker professor Weisheng Zeng på Academy of Forest Inventory and Planning, National Forestry and Grassland Administration, Kina for at give adgang til data.

Materials

Computer acer
Microsoft Office 2013
R x64 3.5.1

References

  1. Meng, J., Lu, Y., Ji, Z. Transformation of a Degraded Pinus massoniana Plantation into a Mixed-Species Irregular Forest: Impacts on Stand Structure and Growth in Southern China. Forests. 5 (12), 3199-3221 (2014).
  2. Sharma, A., Bohn, K., Jose, S., Cropper, W. P. Converting even-aged plantations to uneven-aged stand conditions: A simulation analysis of silvicultural regimes with slash pine (Pinus elliottii Engelm). Forest Science. 60 (5), 893-906 (2014).
  3. Zhu, J., et al. Feasibility of implementing thinning in even-aged Larix olgensis plantations to develop uneven-aged larch–broadleaved mixed forests. Journal of Forest Research. 15 (1), 71-80 (2010).
  4. Leites, L. P., Robinson, A. P., Crookston, N. L. Accuracy and equivalence testing of crown ratio models and assessment of their impact on diameter growth and basal area increment predictions of two variants of the Forest Vegetation Simulator. Canadian Journal of Forest Research. 39 (3), 655-665 (2009).
  5. Pretzsch, H. . Forest Dynamics, Growth and Yield. , (2009).
  6. Weiskittel, A. R., et al. Forest growth and yield modeling. Forest Growth & Yield Modeling. 7 (2), 223-233 (2002).
  7. Burkhart, H. E., Tomé, M. . Modeling Forest Trees and Stands. , (2012).
  8. Zhang, X. Chinese Academy Of Forestry. A linkage among whole-stand model, individual-tree model and diameter-distribution model. Journal of Forest Science. 56 (56), 600-608 (2010).
  9. Peng, C. Growth and yield models for uneven-aged stands: past, present and future. Forest Ecology & Management. 132 (2), 259-279 (2000).
  10. Lhotka, J. M., Loewenstein, E. F. An individual-tree diameter growth model for managed uneven-aged oak-shortleaf pine stands in the Ozark Highlands of Missouri, USA. Forest Ecology & Management. 261 (3), 770-778 (2011).
  11. Porté, A., Bartelink, H. H. Modelling mixed forest growth: a review of models for forest management. Ecological Modelling. 150 (1), 141-188 (2002).
  12. Moses, L. E., Gale, L. C., Altmann, J. Methods for analysis of unbalanced, longitudinal, growth data. American Journal of Primatology. 28 (1), 49-59 (2010).
  13. Biging, G. S. Improved Estimates of Site Index Curves Using a Varying-Parameter Model. Forest Science. 31 (31), 248-259 (1985).
  14. Kowalchuk, R. K., Keselman, H. J. Mixed-model pairwise multiple comparisons of repeated measures means. Psychological Methods. 6 (3), 282-296 (2001).
  15. Hayes, A. F., Cai, L. Using heteroskedasticity-consistent standard error estimators in OLS regression: An introduction and software implementation. Behavior Research Methods. 39 (4), 709-722 (2007).
  16. Gutzwiller, K. J., Riffell, S. K. . Using Statistical Models to Study Temporal Dynamics of Animal-Landscape Relations. , (2007).
  17. Calama, R., Montero, G. . Multilevel linear mixed model for tree diameter increment in stone pine (Pinus pinea): a calibrating approach. 39, (2005).
  18. Vonesh, E. F., Chinchilli, V. M. Linear and nonlinear models for the analysis of repeated measurements. Journal of Biopharmaceutical Statistics. 18 (4), 595-610 (1996).
  19. Zobel, J. M., Ek, A. R., Burk, T. E. Comparison of Forest Inventory and Analysis surveys, basal area models, and fitting methods for the aspen forest type in Minnesota. Forest Ecology & Management. 262 (2), 188-194 (2011).
  20. Sharma, M., Parton, J. Height-diameter equations for boreal tree species in Ontario using a mixed-effects modeling approach. Forest Ecology & Management. 249 (3), 187-198 (2007).
  21. Crecente-Campo, F., Tomé, M., Soares, P., Diéguez-Aranda, U. A generalized nonlinear mixed-effects height–diameter model for Eucalyptus globulus L. in northwestern Spain. Forest Ecology & Management. 259 (5), 943-952 (2010).
  22. Fu, L., Sharma, R. P., Hao, K., Tang, S. A generalized interregional nonlinear mixed-effects crown width model for Prince Rupprecht larch in northern China. Forest Ecology & Management. 389 (2017), 364-373 (2017).
  23. Hao, X., Yujun, S., Xinjie, W., Jin, W., Yao, F. Linear mixed-effects models to describe individual tree crown width for China-fir in Fujian Province, southeast China. Plos One. 10 (4), 0122257 (2015).
  24. Vanderschaaf, C. L., Burkhart, H. E. Comparing methods to estimate Reineke’s Maximum Size-Density Relationship species boundary line slope. Forest Science. 53 (3), 435-442 (2007).
  25. Zhang, L., Bi, H., Gove, J. H., Heath, L. S. A comparison of alternative methods for estimating the self-thinning boundary line. Canadian Journal of Forest Research. 35 (6), 1507-1514 (2005).
  26. Hart, D. R., Chute, A. S. Estimating von Bertalanffy growth parameters from growth increment data using a linear mixed-effects model, with an application to the sea scallop Placopecten magellanicus. Ices Journal of Marine Science. 66 (9), 2165-2175 (2009).
  27. Uzoh, F. C. C., Oliver, W. W. Individual tree diameter increment model for managed even-aged stands of ponderosa pine throughout the western United States using a multilevel linear mixed effects model. Forest Ecology & Management. 256 (3), 438-445 (2008).
  28. Condés, S., Sterba, H. Comparing an individual tree growth model for Pinus halepensis Mill. in the Spanish region of Murcia with yield tables gained from the same area. European Journal of Forest Research. 127 (3), 253-261 (2008).
  29. Pokharel, B., Dech, J. P. Mixed-effects basal area increment models for tree species in the boreal forest of Ontario, Canada using an ecological land classification approach to incorporate site effects. Forestry. 85 (2), 255-270 (2012).
  30. Wykoff, W. R. A basal area increment model for individual conifers in the northern Rocky Mountains. Forest Science. 36 (4), 1077-1104 (1990).
  31. Stage, A. R. Notes: An Expression for the Effect of Aspect, Slope, and Habitat Type on Tree Growth. Forest Science. 22 (4), 457-460 (1976).
  32. Gregorie, T. G. Generalized Error Structure for Forestry Yield Models. Forest Science. 33 (2), 423-444 (1987).
  33. Zhao, L., Li, C., Tang, S. Individual-tree diameter growth model for fir plantations based on multi-level linear mixed effects models across southeast China. Journal of Forest Research. 18 (4), 305-315 (2013).
  34. Hall, D. B., Bailey, R. L. Modeling and Prediction of Forest Growth Variables Based on Multilevel Nonlinear Mixed Models. Forest Science. 47 (3), 311-321 (2001).
  35. Yang, Y., Huang, S., Meng, S. X., Trincado, G., Vanderschaaf, C. L. A multilevel individual tree basal area increment model for aspen in boreal mixedwood stands : Journal canadien de la recherche forestière. Revue Canadienne De Recherche Forestière. 39 (39), 2203-2214 (2009).
  36. Pinheiro, J. C., Bates, D. M. Mixed-effects models in S and S-Plus. Publications of the American Statistical Association. 96 (455), 1135-1136 (2000).

Play Video

Cite This Article
Wang, W., Bai, Y., Jiang, C., Meng, J. Development of an Individual-Tree Basal Area Increment Model using a Linear Mixed-Effects Approach. J. Vis. Exp. (161), e60827, doi:10.3791/60827 (2020).

View Video