Summary
该协议描述了一种有效的无细胞方法，通过使用小麦无细胞系统和脂质体的双层透析方法生产高质量的蛋白水产体。该方法为膜蛋白的功能分析、药物靶点筛选和抗体开发提供了合适的手段。
Abstract
膜蛋白在各种细胞过程中起着至关重要的作用，并发挥着至关重要的功能。膜蛋白在药物发现中具有医学意义，因为它们是一半以上药物的靶标。对膜蛋白进行生化、生物物理和结构研究以及抗体开发的一个障碍是难以生产大量具有正确构象和活性的高质量膜蛋白。在这里，我们描述了一种“双层透析方法”，使用小麦无生殖细胞系统，脂质体和透析杯在短时间内高效合成膜蛋白并制备纯化的蛋白脂质体，成功率高。膜蛋白可以产生多达几毫克，例如GPCR，离子通道，转运蛋白和四跨蛋白。这种无细胞方法有助于减少制备高质量蛋白水产酶体的时间、成本和精力，并为膜蛋白的功能分析、药物靶标筛选和抗体开发提供了合适的手段。
Introduction
膜蛋白是诊断和治疗中最重要的药物靶点之一。事实上，一半的小复合药物靶标是膜蛋白，例如G蛋白偶联受体（GPCR）和离子通道1。多年来，研究人员一直致力于膜蛋白的生物化学、生物物理和结构研究，以阐明其结构和功能2，3。还积极开发针对膜蛋白的单克隆抗体，以加速功能和结构研究，并开发治疗和诊断应用4，5，6，7，8，9。所有这些研究都需要大量的高质量膜蛋白10。例如，抗体开发需要几毫克具有自然构象的纯化膜蛋白。X射线晶体学需要大量高度纯化的膜蛋白。然而，膜蛋白的大规模生产仍然是膜蛋白研究的瓶颈11。膜蛋白具有具有一个或多个跨膜螺旋的复杂结构，在细胞稳态中起重要作用。膜蛋白的异源过表达导致多种障碍，例如膜蛋白聚集在高局部浓度下积累或干扰细胞信号通路。即使表达成功，后续的样品制备步骤也面临困难。例如，蛋白脂质体的制备需要膜蛋白溶解、纯化和稳定的高水平技能和专业经验，并且需要花费大量的精力和时间12，13。
另一方面，近几十年来出现了一些先进技术，可以在不使用活细胞的情况下生产蛋白质14，15，16，17，18。无细胞蛋白质合成技术在试管中重建翻译反应。由于细胞表达系统没有限制，因此无细胞系统有可能合成各种难以表达或在细胞中显示毒性的蛋白质。纯化的细胞提取物或重组的翻译机制与模板mRNA、氨基酸和能量源混合，并在短时间内合成重组蛋白。关于膜蛋白的合成，某些由脂质或两亲分子组成的支架，例如脂质体、双细胞、纳米盘或共聚物被添加到无细胞反应19，20，21，22，23，24中。合成的膜蛋白与支架相互作用，可以在水中稳定。无细胞合成的膜蛋白广泛用于功能研究和抗体生产25，26，27，28，29，30，31。
在该协议中，我们描述了一种使用小麦无细胞系统和脂质体生产蛋白石体的有效无细胞方法。小麦无细胞蛋白质合成系统是一种强大的体外翻译系统，使用小麦胚芽15，32，33的提取物。小麦胚芽含有大量的翻译机制和很少的翻译抑制剂。作为真核生物成员的小麦中的翻译机制适用于翻译真核蛋白质，其翻译效率几乎不受模板mRNA的密码子使用的影响。使用小麦无细胞系统，我们合成了多种蛋白质，包括蛋白激酶34，35，泛素连接酶36，转录因子37和膜蛋白，成功率很高。对于膜蛋白生产，我们将脂质囊泡脂质体作为支架19，38 添加到翻译混合物中。膜蛋白的疏水结构域与脂质双层相互作用，并与脂质体自发整合。密度梯度离心用于从内源性小麦蛋白中严格分离蛋白石质体，即使翻译反应混合物的普通离心足以简单纯化蛋白石质体20。利用小麦无细胞系统合成了多种完整的膜蛋白，并应用于各种研究和开发25，38，39，40，41，42，43，44。此外，我们还开发了用于大规模生产的“双层透析法”45，46.该方法中，将杯式透析装置浸入底物进料缓冲液中，并在杯中形成两层平移反应混合物和底物进料缓冲液，如图1所示。连续供应底物和去除副产物可以在反应混合物的顶部和底部长时间有效地进行，从而获得出色的转化效果（图2A和图2B）45。
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Protocol
1. pEU表达质粒的制备
注意：pEU表达质粒应包括起始密码子，靶膜蛋白的开放阅读框和片段中的终止密码子（见 图1）。需要时，在适当的位置添加检测/纯化标签序列。限制性内切酶切或无缝克隆均适用于亚克隆。在这里，我们描述了一种使用无缝克隆方法的协议。
- 准备插入片段。
- 使用 cDNA 模板、引物 1 和引物 2 通过 PCR 扩增目的基因。引物1和引物2分别包含15 bp重叠，用于无缝克隆（参见 材料表）。
注意：不包括要处理并从细胞中的成熟蛋白中去除的序列（例如，信号序列）。合成蛋白质的加工不在小麦无细胞系统中进行。不要添加科扎克序列。pEU-E01-MCS载体具有E01翻译增强剂。 - 向PCR产物中加入1/25体积的 DpnI限制性内切酶以去除模板质粒DNA。在37°C孵育30分钟。
- 使用 PCR 纯化试剂盒纯化 PCR 产物并将浓度调整为 20–50 ng/μL。
- 使用 cDNA 模板、引物 1 和引物 2 通过 PCR 扩增目的基因。引物1和引物2分别包含15 bp重叠，用于无缝克隆（参见 材料表）。
- 线性化 pEU-E01-MCS 载体。
- 使用 pEU-E01-MCS、引物 3 和引物 4 进行反向 PCR。
- 向反向PCR产物中加入1/25体积的 DpnI限制性内切酶。在37°C孵育30分钟。
- 根据制造商的建议，使用PCR纯化试剂盒纯化PCR产物。将浓度调整为 20–50 ng/μL。
- 混合 2 μL 插入片段、2 μL 线性化载体和 4 μL 2x 无缝克隆酶混合物。
- 用无缝克隆产品转化 大肠杆菌 菌株 JM109。使用撒布器，将细菌悬浮液散布在LB-氨苄西林琼脂平板上。
注意：pEU载体具有氨苄青霉素耐药标志物。 - 确认pEU质粒中分别从MCS的5'和3'侧使用引物5和引物6构建的表达质粒的序列。
- 扩增和纯化表达质粒。
- 将质粒转化的大 肠杆菌 菌株JM109在150mL的LB-氨苄青霉素培养基中以37°C和每分钟125次振作振荡过夜。
- 使用市售质粒制备中型试剂盒提取和纯化质粒。将质粒溶解在 500 μL 的 TE 缓冲液中。
注意：请勿使用小型制备试剂盒进行质粒提取。它不能提供足够质量和数量的质粒。 - 加入 500 μL 苯酚/氯仿/异戊醇 （25：24：1）。剧烈混合5分钟，并在17，800×g 和室温下离心5分钟。将上层质粒溶液转移到新管中。
注意：戴上一次性手套，以保护皮肤免受苯酚和氯仿的侵害。
注意：为了去除质粒提取试剂盒中RNase的污染，请使用苯酚-氯仿纯化纯化来纯化质粒。 - 加入 500 μL 氯仿以完全去除苯酚。剧烈混合5分钟，并在17，800 ×g 和室温下离心5分钟。将上层质粒溶液转移到新管中。
- 加入2.5体积的乙醇和1/8体积的7.5M乙酸铵，并在-30°C下储存1小时。
- 在4°C下以17，800 ×g 离心10分钟。用 500 μL 70% 乙醇洗涤沉淀。小心地除去上清液，让沉淀干燥5分钟。
- 将表达质粒完全溶解在 100 μL 超纯水中。测量在260nm处具有吸光度的质粒的浓度。将浓度调节至1毫克/毫升。
2. 体外转录
注意：在转录和翻译步骤中使用脱氧核糖核酸酶和无核酸酶的塑料管和吸头。避免高压灭菌塑料器皿以防止污染。
- 在新的塑料管中收集超纯水。
注意：不要使用经过DEPC处理的水，因为残留的DEPC会强烈抑制反应。使用新鲜纯化的超纯水进行转录和翻译。 - 通过混合 115.2 μL 超纯水、40 μL 转录缓冲液 LM、20 μL NTP 混合物、2.4 μL 80 U/μL RNase 抑制剂、2.4 μL 80 U/μL SP6 聚合酶和 20 μL 1 mg/mL pEU 表达质粒来制备转录反应混合物。通过倒置轻轻混合试剂。执行快速旋转。
- 将转录反应在37°C孵育6小时。
- 通过倒置轻轻混合反应并快速旋转。立即用于翻译，否则冷冻并储存在-80°C。
- 通过电泳确认转录产物。
- 混合 100 mL 的 1x TAE 缓冲液和 1 g 琼脂糖。在微波炉中加热悬浮液以制备1%琼脂糖TAE凝胶。
- 取 1 μL 转录反应，与 3 μL 水和 4 μL 2x 上样染料混合。
注意：不需要对RNA进行变性。 - 将 4 μL 混合物和 2 μL DNA 分子量标准标记物加载到琼脂糖 TAE 凝胶中。
- 在100V下电泳20分钟。
- 将凝胶在溴化乙锭中染色30分钟。使用紫外透照仪和凝胶成像仪检查mRNA的梯形带模式。
注意：当观察到小于500 bp的拖尾条带时，怀疑mRNA降解。
3. 准备翻译材料
- 准备翻译缓冲区。
- 在 50 mL 管中分别混合 27 mL 新鲜制备的超纯水和 0.75 mL 各 40x 储备溶液，用于 S1、S2、S3 和 S4。
注意：根据最终所需的 1x 翻译缓冲区量调节材料量。
注意：使用后请勿存储或重新冻结多余的 1x 翻译缓冲区。
- 在 50 mL 管中分别混合 27 mL 新鲜制备的超纯水和 0.75 mL 各 40x 储备溶液，用于 S1、S2、S3 和 S4。
- 准备肌酸激酶储备溶液。将冻干肌酸激酶溶解在超纯水中至终浓度为 20 mg/mL。将溶液少量（每 10 至 50 μL）分装在 0.2 mL 8 条联管中。将试管冷冻在液氮中，并储存在-80°C。
注意：解冻后不要重新冷冻肌酸激酶溶液。 - 清洗透析杯（0.1 mL 大小）以去除透析膜中的甘油。
注意：有几种不同尺寸的透析杯。小型杯（0.1 mL）分别用于小规模测试（第5.4节），大尺寸杯（2 mL）分别用于大规模生产（第5.5节）。大尺寸杯子透析膜的清洗步骤是可以避免的。- 将 1 mL 超纯水放入新的 1.5 mL 管中。将小型透析杯 （0.1 mL） 插入试管中。在杯中加入 0.5 mL 超纯水。
- 在室温下孵育30分钟以上。
4. 脂质体的制备
注意：在这里，我们描述了两种制备脂质体的方案。一种使用即用型冻干脂质体（第4.1节），而另一种通过水合薄膜脂质体产生脂质体（第4.2节）。
- 使用冻干脂质体制备脂质体。
注意：生产蛋白脂质体的一种更简单的方法是使用市售的阿索凝集素脂质体。阿索凝集素是一种从大豆中提取的天然脂质。- 打开含有10mg冻干凝集素脂质体的小瓶（参见 材料表），并向小瓶底部加入200μL翻译缓冲液（第3.1节）。密封小瓶并孵育10分钟。
- 通过将小瓶放在涡旋混合器上1分钟来剧烈混合。
- 将小瓶插入 50 mL 管中。通过以500 x g 离心1分钟来旋转管。
- 使用移液器将阿索凝集素脂质体悬浮液（50 mg 脂质/mL）转移到新的 1.5 mL 管中。立即使用脂质体进行翻译，否则在液氮中冷冻并储存在-80°C。
- 通过水合薄脂质膜来制备脂质体。
- 如果脂质以粉末形式出售，请溶解在氯仿或适当的有机溶剂中至10-100 mg/mL浓度。
注意：可以使用纯化和/或合成的两亲性脂质制备薄脂膜。阿索凝集素的纯化方法如前所述38。功能修饰的脂质，如生物素化脂质、荧光脂质和佐剂脂质，可以添加到基础脂质中以产生功能性脂质体。 - 将含有50mg脂质的脂质溶液转移到蒸发瓶中。
- 使用旋转蒸发器，蒸发溶剂并将脂质均匀地铺在烧瓶底部的壁上，形成一层脂质薄膜。
- 将烧瓶放入真空干燥器中，在负压下放置过夜以完全除去溶剂。
- 向蒸发瓶中加入 1 mL 翻译缓冲液。旋转烧瓶以将缓冲液铺在脂质薄膜上。孵育5分钟以水合薄膜。
- 用超声波均质器或超声波清洗机对烧瓶进行超声处理。偶尔改变烧瓶的角度，使溶液彻底接触薄膜。确保薄膜脂质膜从底部剥离并完全均匀地乳化。
注意：含有脂质体的生物素化脂质的电子显微照片如图 1所示。 - 将脂质体悬浮液（50 mg 脂质/mL）转移到新的 1.5 mL 管中。如果不立即使用，请将脂质体冷冻在液氮中，并储存在-80°C。
- 如果脂质以粉末形式出售，请溶解在氯仿或适当的有机溶剂中至10-100 mg/mL浓度。
5. 体外翻译
- 通过将试管在室温下漂浮在水面上几分钟来快速解冻小麦胚芽提取物。解冻后，立即倒置试管轻轻混合，向下旋转，在冰上冷却直至使用。
注意：使用后将小麦胚芽提取物冷冻在液氮中，并储存在-80°C。 它经受住了几次冻融循环。 - 解冻 20 mg/mL 肌酸激酶储备溶液。混合 5 μL 储备溶液和 45 μL 翻译缓冲液，制备 2 mg/mL 肌酸激酶工作溶液。
注意：不建议重新冷冻肌酸激酶。 - 需要时解冻脂质体或mRNA。
- 进行小规模的蛋白质翻译。
- 从试管和透析杯（0.1mL）中取出水，如步骤3.3.2中制备的那样。
- 分别在管和透析杯中注入 1 mL 和 300 μL 翻译缓冲液。
注意：如果透析杯底部未到达 1.5 mL 管中的翻译缓冲液表面，请向管中额外注入 50–100 μL 缓冲液。 - 通过混合 15.6 μL 翻译缓冲液、2.4 μL 2 mg/mL 肌酸激酶、12 μL 50 mg/mL 脂质体、15 μL 小麦胚芽提取物和 15 μL mRNA 来制备翻译反应混合物。通过倒置试管轻轻混合，然后向下旋转。
- 使用 200 μL 移液器吸出 60 μL 平移反应混合物。
- 将移液器吸头插入透析杯中翻译缓冲液的下表面。缓慢而轻柔地移出反应混合物。用盖子盖住透析杯以防止蒸发。
注意：反应混合物自然沉入杯子底部并形成双层。不要通过混合或摇晃杯子来干扰双层。
- 进行大规模翻译（图1）。
- 将 22 mL 翻译缓冲液倒入 25 mL 管中。将大尺寸透析杯 （2 mL） 插入管中，并在杯中加入 2 mL 翻译缓冲液。
- 通过混合 130 μL 翻译缓冲液、20 μL 2 mg/mL 肌酸激酶、100 μL 50 mg/mL 脂质体、125 μL 小麦胚芽提取物和 125 μL mRNA 制备翻译反应混合物。通过移液轻轻混合。
- 使用 1，000 μL 移液器吸出所有平移反应混合物 （500 μL）。以与步骤5.4.5中描述的相同方式将平移反应混合物注入透析杯中。用盖子盖住透析杯以防止蒸发。
- 将反应物在15°C孵育24小时。
- 通过移液在透析杯中充分混合反应。将粗蛋白脂质体悬浮液转移到新管中。
注意：建议使用平底 1.5 mL 管从小规模翻译中收集蛋白脂质体。离心后，脂质体在管的底角形成紧凑且易于看到的沉淀。
6. 蛋白脂质体的纯化
- 将含有粗蛋白脂质体悬浮液的管在4°C下以17，800 ×g 离心10分钟。
- 除去上清液。通过移液将蛋白脂质体沉淀悬浮在PBS（小规模：1mL，大型：10mL）中。
- 重复蛋白脂质体的离心和洗涤另外两圈。
- 洗涤后，加入少量PBS，并通过移液重新悬浮蛋白脂质体沉淀。使用微量移液器测量悬浮液的体积。添加 PBS 以将体积调整为 60 μL（小规模）或 500 μL（大规模）。将悬浮液转移到新的 1.5 mL 管中。
- 将 10 μL 蛋白脂质体悬浮液转移到新的 PCR 管中以进行 SDS-PAGE。将其余样品分成较小的部分，以便在必要时使用。在液氮中冷冻并储存在-80°C。
7. SDS-PAGE 和 CBB 染色
- 将 70 μL 水和 40 μL 3x SDS-PAGE 样品缓冲液加入 10 μL 蛋白脂质体悬浮液中。
注意：不要煮沸SDS-PAGE样品，因为膜蛋白会聚集，并且在电泳中几乎不会渗透到丙烯酰胺凝胶中。此外，向SDS-PAGE样品缓冲液中添加足够的还原剂（例如，终浓度为3%的2-巯基乙醇）以防止氧化。 - 在电泳室中放置5%–20%梯度SDS-PAGE凝胶。同时加载 3 μL、6 μL、12 μL 蛋白脂质体样品、2 μL 蛋白质大小标记物和 BSA 标准系列。
- 在52mA，400V下电泳30分钟。
- 用CBB染料染色凝胶1小时。在热水中脱色并扫描凝胶图像。
- 使用NIH Image J软件（https://imagej.nih.gov/ij/），量化每个泳道中膜蛋白的条带强度。使用BSA标准系列估计合成膜蛋白的量。
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Representative Results
使用该协议，可以在短时间内获得部分纯化的蛋白脂质体。代表性结果如图 2A所示。采用双层透析法（小规模）成功合成了25个A、B、C类GPCR，并通过离心和缓冲液洗涤进行了部分纯化。虽然合成蛋白质的量因蛋白质类型而异，但当使用大型透析杯时，每次反应通常可以合成50至400μg膜蛋白。由于小麦无细胞系统的高可扩展性，通过增加反应次数可以很容易地产生几毫克的膜蛋白。使用小型透析杯进行预测试足以确定双层透析方法中目标蛋白的生产效率。根据获得的生产率，可以估计使用大型透析杯要生产的目标蛋白的量。
该方案适用于膜蛋白的表达，特别是对于具有多个跨膜螺旋的蛋白。在大多数情况下，具有三个或更多跨膜螺旋的膜蛋白在合成后很容易掺入蛋白脂质体中（图2B），这使得蛋白脂质体具有良好的生产力。单跨膜螺旋蛋白通常合成顺利;然而，由于疏水区域小，它们几乎不会整合到脂质体中。关于具有两个跨膜螺旋的蛋白质，它们是否锚定在脂质体上取决于它们的跨膜螺旋暴露的方式。
通过简单的离心收集合成的蛋白脂质体，并用洗涤缓冲液部分纯化，大大缩短了膜蛋白的纯化过程。尽管生物膜和膜蛋白都已事先从小麦胚芽提取物中去除，但有时通过与脂质体或合成的膜蛋白结合来共沉淀少量小麦蛋白（图2A）。这些蛋白质污染物很难通过简单的离心和缓冲液洗涤去除。当需要高度纯化的膜蛋白时，需要用表面活性剂溶解部分纯化的蛋白脂质体，并通过柱色谱纯化它们。
图1：无细胞蛋白水产体生产方案。 SP6、SP6启动子序列;E01、E01翻译增强子序列;Ampr，氨苄西林抗性基因;DTT，二硫苏糖醇。电子显微照片显示含有脂质体的生物素化脂质的免疫金标记。巴，0.2微米。该电子显微照片图像来自武田等人的 图1D ，201545。 请点击此处查看此图的大图。
图2：双层透析法生产蛋白水产卵体的代表性结果。 （A）无细胞合成GPCR的SDS-PAGE图像。 通过双层透析法合成了25个选定的GPCR。部分纯化蛋白脂质体并应用于SDS-PAGE和CBB染色。箭头表示目标GPCR。 （B）不同翻译方法之间膜蛋白生产的比较。各方法分别以相同比例的小麦胚芽提取物、脂质体和mRNA合成多巴胺受体D1（DRD1）蛋白。DRD1蛋白脂质体通过离心部分纯化，并进行SDS-PAGE和CBB染色。（C）DRD1-生物素/脂质体复合物的免疫金标记。DRD1被BirA生物素连接酶酶生物素化。巴，0.2微米。空白箭头表示脂质体上的DRD1-生物素。该图修改自武田等人，201545中的图1。请点击此处查看此图的大图。
图3：功能性蛋白脂质体的应用。 （A）含脂质蛋白水质体的佐剂免疫。（B）基于生物素化脂质体的相互作用测定（BiLIA）。通过AlphaScreen检测膜蛋白和抗膜蛋白抗体之间的相互作用。 请点击此处查看此图的大图。
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Discussion
所提出的协议提供了一种以高成功率生产膜蛋白的方法。该协议简单、可重复且易于扩展。它还有可能减少消耗大量膜蛋白的实验的时间和成本。与双层法或透析法相比，双层透析方法将生产率提高了4-10倍（图2B）45。在极端情况下，双层透析法的离子通道和转运蛋白的产率分别比双层法提高了30倍和20倍（数据未显示）。该方案的高生产率是免疫抗原生产的优势。蛋白脂质体通常用作抗膜蛋白抗体开发的免疫抗原。嵌入蛋白脂质体中的高浓缩和纯化的膜蛋白可有效刺激免疫反应并诱导抗体41，47。使用这种双层透析方法，可以在几天内轻松制备携带几毫克膜蛋白用于免疫目的的蛋白水产卵体。事实上，我们小组已经使用该协议合成了GPCR，离子通道和克劳迪斯，并用产品免疫小鼠以获得针对它们的单克隆抗体31，41，45。将获得的部分单克隆抗体验证为功能抗体，如高亲和力抗体、构象敏感抗体、流式细胞术适用抗体和抑制性抗体，表明该方案能够产生具有功能正确构象的膜蛋白。
该方案的另一个有吸引力的好处是允许生产使用修饰的脂质（例如生物素化脂质，荧光脂质或佐剂脂质）分配特定功能的蛋白脂质体。制备的具有特定功能的蛋白脂质体是有用的，适用于广泛的实验。例如，含脂质的蛋白脂质体，如脂质A48 或单磷酰脂质A（MPLA）49，使免疫抗原方便，因为它们可以直接施用以免疫小鼠而无需乳液。佐剂脂质有效刺激宿主动物的免疫反应，诱导针对靶膜蛋白的抗体（图3A）。事实上，我们已经成功地通过用含有MPLA的蛋白脂质体31免疫小鼠来诱导流式细胞术适用抗体。此外，由生物素化脂质制备的蛋白脂质体是筛选测定的理想探针。我们开发了一种高通量筛选方法，使用生物素化的蛋白脂质体和AlphaScreen（BiLIA方法）选择抗膜蛋白抗体（图3B）45。三明治ELISA也能够使用生物素化的蛋白水脂质体和链霉亲和素包被的板轻松构建。
最后，使用此方法时应解决两个重要的注意事项。首先，由于翻译缓冲液中DTT浓度高，二硫键的形成可能不足，这可能会影响某些类型的膜蛋白的结构15。虽然在纯化过程中去除还原剂后能够形成二硫键，但它们可能会形成不同的类型而不是天然类型。另一个是膜蛋白没有糖基化。糖基化所需的酶理论上在无细胞系统中不存在，因为在产生小麦胚芽提取物的过程中，包括高尔基体和ER在内的生物膜已被去除。由于缺乏二硫键和糖基化可能导致不同的构象，因此应仔细考虑和评估实验设计，特别是当翻译后修饰对于根据实验目的的蛋白质功能表达至关重要时。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
本研究得到了AMED支持药物发现和生命科学研究的平台项目（支持创新药物发现和生命科学研究（BINDS）的基础）的支持，资助号为JP20am0101077。这项工作也得到了JSPS KAKENHI授权号20K05709的部分支持。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| ×3 SDS-PAGE sample buffer | Containing 10% 2-mercaptoethanol | ||
| 5-20% gradient SDS-PAGE gel | ATTO | E-D520L | |
| 70% ethanol | Diluted ethanol by ultrapure water. | ||
| Agarose | Takara Bio | ||
| Ammonium acetate | Nakalai tesque | 02406-95 | As this reagent is deliquescent, dissolve all of it in water once opened and store it at -30°C. |
| Ampicillin Sodium | Nakalai tesque | 02739-74 | |
| Asolectin Liposome, lyophilized | CellFree Sciences | CFS-PLE-ASL | A vial contains 10 mg of lyophilized liposomes. |
| BSA standard | 1000 ng, 500 ng, 250 ng, 125 ng BSA / 10 µL ×1 SDS-PAGE sample buffer | ||
| CBB gel stain | |||
| cDNA clone of interest | Plasmid harboring cDNA clone or synthetic DNA fragment | ||
| Chloroform | Nakalai tesque | 08402-84 | |
| Cooled incubator | Temperature ranging from 0 to 40 °C or wider. | ||
| Creatine kinase | Roche Diagnostics | 04524977190 | |
| Dialysis cup (0.1 mL) | Thermo Fisher Scientific | 69570 | Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO, 0.1 mL |
| Dialysis cup (2 mL) | Thermo Fisher Scientific | 88404 | Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO, 2 mL |
| DNA ladder marker | Thermo Fisher Scientific | SM0311 | GeneRuler 1 kb DNA Ladder |
| DpnI | Thermo Fisher Scientific | FD1703 | FastDigest DpnI |
| E. coli strain JM109 | |||
| Electrophoresis chamber | ATTO | ||
| Ethanol (99.5%) | Nakalai tesque | 14713-95 | |
| Ethidium bromide | |||
| Evaporation flask, 100 mL | |||
| Gel imager | |||
| Gel scanner | We use document scanner and LED immuninator as a substitute. | ||
| LB broth | |||
| Lipids of interest | Avanti Polar Lipids | ||
| Micro centrifuge | TOMY | MX-307 | |
| NTP mix | CellFree Sciences | CFS-TSC-NTP | Mixture of ATP, GTP, CTP, UTP, at 25 mM each |
| Nuclease-free 25 mL tube | IWAKI | 362-025-MYP | |
| Nucrease-free plastic tubes | Watson bio labs | Do not autoclave. Use them separately from other experiments. | |
| Nucrease-free tips | Watson bio labs | Do not autoclave. Use them separately from other experiments. | |
| PBS buffer | |||
| PCR purification kit | MACHEREY-NAGEL | 740609 | NucleoSpin Gel and PCR Clean-up |
| pEU-E01-MCS vector | CellFree Sciences | CFS-11 | |
| Phenol/chloroform/isoamyl alcohol (25:24:1) | Nippon Gene | 311-90151 | |
| Plasmid prep Midi kit | MACHEREY-NAGEL | 740410 | NucleoBond Xtra Midi |
| Primer 1 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’-CCAAGATATCACTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ Gene specific primer, forward. Upper case shows overlap sequence to be added for seamless cloning. Lower case nnnn…. (20-30 bp) shows gene specific sequence. |
| Primer 2 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-CCATGGGACGTCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ Gene specific primer, reverse. Upper case shows overlap sequence to be added for seamless cloning. Lower case nnnn…. (20-30 bp) shows gene specific sequence. |
| Primer 3 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-GTCGACGTCCCATGGTTTTGTATAGAAT-3' Forward primer for vector linearization. Underline works as overlap in seamless cloning. |
| Primer 4 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-CTAGTGATATCTTGGTGATGTAGATAGGTG-3' Reverse primer for vector linearization. Underline works as overlap in seamless cloning. |
| Primer 5 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’-CAGTAAGCCAGATGCTACAC-3’ Sequencing primer, forward |
| Primer 6 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’- CCTGCGCTGGGAAGATAAAC-3’ Sequencing primer, reverse |
| Protein size marker | Bio-Rad | 1610394 | Precision Plus Protein Standard |
| Rotary evaporator | |||
| seamless cloning enzyme mixture | New England BioLabs | E2611L | Gibson Assembly Master Mix Other seamless cloning reagents are also avairable. |
| SP6 RNA Polymerase & RNase Inhibitor | CellFree Sciences | CFS-TSC-ENZ | |
| Submarine Electrophoresis system | |||
| TAE buffer | |||
| Transcription Buffer LM | CellFree Sciences | CFS-TSC-5TB-LM | |
| Translation buffer | CellFree Sciences | CFS-SUB-SGC | SUB-AMIX SGC (×40) stock solution (S1, S2, S3, S4). Prepare ×1 translation buffer before use by mixing stock S1, S2, S3, S4 stock and ultrapure water. |
| Ultrapure water | We recommend to prepare ultrapure water by using ultrapure water production system every time you do experiment. Do not autoclave. We preparaed ultrapure water by using Milli-Q Reference and Elix10 system. Commercially available nuclease-free water (not DEPC-treated water) can be used as a substitute. Take care of contamination after open the bottle. |
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| Ultrasonic homogenizer | Branson | SONIFIER model 450D-Advanced | Ultrasonic cleaner can be used as a substitute. |
| UV transilluminator | |||
| Vacuum desiccator | |||
| Wheat germ extract | CellFree Sciences | CFS-WGE-7240 | WEPRO7240 |
References
- Santos, R., et al. A comprehensive map of molecular drug targets. Nature Reviews. Drug Discovery. 16 (1), 19-34 (2017).
- Gusach, A., et al. Beyond structure: emerging approaches to study GPCR dynamics. Current Opinion in Structural Biology. 63, 18-25 (2020).
- Congreve, M., de Graaf, C., Swain, N. A., Tate, C. G. Impact of GPCR Structures on Drug Discovery. Cell. 181 (1), 81-91 (2020).
- Wilkinson, T. C. I. Discovery of functional monoclonal antibodies targeting G-protein-coupled receptors and ion channels. Biochemical Society Transactions. 44 (3), 831-837 (2016).
- Hino, T., Iwata, S., Murata, T. Generation of functional antibodies for mammalian membrane protein crystallography. Current Opinion in Structural Biology. 23 (4), 563-568 (2013).
- Webb, D. R., Handel, T. M., Kretz-Rommel, A., Stevens, R. C. Opportunities for functional selectivity in GPCR antibodies. Biochemical Pharmacology. 85 (2), 147-152 (2013).
- Douthwaite, J. A., Finch, D. K., Mustelin, T., Wilkinson, T. C. I. Development of therapeutic antibodies to G-protein coupled receptors and ion channels: Opportunities, challenges and their therapeutic potential in respiratory diseases. Pharmacology and Therapeutics. 169, 113-123 (2016).
- Hashimoto, Y., Yagi, K., Kondoh, M. Current progress in a second-generation claudin binder, anti-claudin antibody, for clinical applications. Drug Discovery Today. 21 (10), 1711-1718 (2016).
- Hutchings, C. J., Colussi, P., Clark, T. G. Ion channels as therapeutic antibody targets. mAbs. 11 (2), 265-296 (2019).
- Errey, J. C., Fiez-Vandal, C. Production of membrane proteins in industry: The example of GPCRs. Protein Expression and Purification. 169, 105569 (2020).
- Pandey, A., Shin, K., Patterson, R. E., Liu, X. Q., Rainey, J. K. Current strategies for protein production and purification enabling membrane protein structural biology. Biochemistry and Cell Biology. 94 (6), 507-527 (2016).
- Wiseman, D. N., et al. Expression and purification of recombinant G protein-coupled receptors: a review. Protein Expression and Purification. 167, 105524 (2020).
- Jeffery, C. J. Expression, Solubilization, and Purification of Bacterial Membrane Proteins. Current Protocols in Protein Science. 83 (1), 1-15 (2016).
- Spirin, A. S., Baranov, V. I., Ryabova, L. A., Ovodov, S. Y., Alakhov, Y. B. A continuous cell-free translation system capable of producing polypeptides in high yield. Science. 242 (4882), 1162-1164 (1988).
- Takai, K., Sawasaki, T., Endo, Y. Practical cell-free protein synthesis system using purified wheat embryos. Nature Protocols. 5 (2), 227-238 (2010).
- Endo, Y., Sawasaki, T. Cell-free expression systems for eukaryotic protein production. Current Opinion in Biotechnology. 17 (4), 373-380 (2006).
- Shimizu, Y., Kuruma, Y., Ying, B. W., Umekage, S., Ueda, T. Cell-free translation systems for protein engineering. The FEBS Journal. 273 (18), 4133-4140 (2006).
- Klammt, C., et al. Cell-free expression as an emerging technique for the large scale production of integral membrane protein. The FEBS Journal. 273 (18), 4141-4153 (2006).
- Nozawa, A., et al. A cell-free translation and proteoliposome reconstitution system for functional analysis of plant solute transporters. Plant and Cell Physiology. 48 (12), 1815-1820 (2007).
- Nozawa, A., et al. Production and partial purification of membrane proteins using a liposome-supplemented wheat cell-free translation system. BMC Biotechnology. 11 (1), 35-45 (2011).
- Henrich, E., Hein, C., Dotsch, V., Bernhard, F. Membrane protein production in Escherichia coli cell-free lysates. FEBS Letters. 589 (15), 1713-1722 (2015).
- Henrich, E., Peetz, O., et al. Analyzing native membrane protein assembly in nanodiscs by combined non-covalent mass spectrometry and synthetic biology. eLife. 6, 243 (2017).
- Shelby, M. L., He, W., Dang, A. T., Kuhl, T. L., Coleman, M. A. cell-free co-translational approaches for producing mammalian receptors: expanding the cell-free expression toolbox using nanolipoproteins. Frontiers in Pharmacology. 10, 744 (2019).
- Jacobs, M. L., Boyd, M. A., Kamat, N. P. Diblock copolymers enhance folding of a mechanosensitive membrane protein during cell-free expression. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116 (10), 4031-4036 (2019).
- Sackin, H., Nanazashvili, M., Makino, S. I. Direct injection of cell-free Kir1.1 protein into Xenopus oocytes replicates single-channel currents derived from Kir1.1 mRNA. Channels. 9 (4), 196-199 (2015).
- Zemella, A., Richter, T., Thoring, L., Kubick, S. A combined cell-free protein synthesis and fluorescence-based approach to investigate GPCR binding properties. Methods in Molecular Biology. 1947 (10), 57-77 (2019).
- Vaish, A., Guo, S., Murray, R. M., Grandsard, P. J., Chen, Q. On-chip membrane protein cell-free expression enables development of a direct binding assay: A curious case of potassium channel KcsA-Kv1.3. Analytical Biochemistry. 556, 70-77 (2018).
- Suzuki, Y., et al. Functional G-Protein-Coupled Receptor (GPCR) synthesis: the pharmacological analysis of Human Histamine H1 Receptor (HRH1) synthesized by a wheat germ cell-free protein synthesis system combined with asolectin glycerosomes. Frontiers in Pharmacology. 9, 38 (2018).
- Cortes, S., Barette, C., Beroud, R., De Waard, M., Schaack, B. Functional characterization of cell-free expressed Kv1.3 channel using a voltage-sensitive fluorescent dye. Protein Expression and Purification. 145, 94-99 (2018).
- Woznicka-Misaila, A., Juillan-Binard, C., Baud, D., Pebay-Peyroula, E., Ravaud, S. Cell-free production, purification and characterization of human mitochondrial ADP/ATP carriers. Protein Expression and Purification. 144, 46-54 (2018).
- Hashimoto, Y., et al. Engineered membrane protein antigens successfully induce antibodies against extracellular regions of claudin-5. Scientific Reports. 8 (1), 8383 (2018).
- Sawasaki, T., et al. A bilayer cell-free protein synthesis system for high-throughput screening of gene products. FEBS Letters. 514 (1), 102-105 (2002).
- Goshima, N., et al. Human protein factory for converting the transcriptome into an in vitro-expressed proteome. Nature Methods. 5 (12), 1011-1017 (2008).
- Nemoto, K., Takemori, N., Seki, M., Shinozaki, K., Sawasaki, T. Members of the plant CRK superfamily are capable of trans- and autophosphorylation of tyrosine residues. The Journal of Biological Chemistry. 290 (27), 16665-16677 (2015).
- Takeda, H., et al. Comparative analysis of human src-family kinase substrate specificity in vitro. Journal of Proteome Research. 9 (11), 5982-5993 (2010).
- Takahashi, H., et al. Establishment of a wheat cell-free synthesized protein array containing 250 human and mouse E3 ubiquitin ligases to identify novel interaction between E3 ligases and substrate proteins. PLoS One. 11 (6), 0156718 (2016).
- Nozawa, A., et al. Construction of a protein library of Arabidopsis transcription factors using a wheat cell-free protein production system and its application for DNA binding analysis. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 73 (7), 1661-1664 (2009).
- Goren, M. A., Nozawa, A., Makino, S. I., Wrobel, R. L., Fox, B. G. Cell-free translation of integral membrane proteins into unilamelar liposomes. Methods in Enzymology. 463, 647-673 (2009).
- Nozawa, A., et al. Production and partial purification of membrane proteins using a liposome-supplemented wheat cell-free translation system. BMC Biotechnology. 11 (1), 35 (2011).
- Renauld, S., et al. Functional reconstitution of cell-free synthesized purified Kv channels. Biochimica Et Biophysica Acta. Biomembranes. 1859 (12), 2373-2380 (2017).
- Liu, S., et al. Efficiency and Safety of CRAC Inhibitors in Human Rheumatoid Arthritis Xenograft Models. Journal of Immunology. 199 (5), 1584-1595 (2017).
- Jarecki, B. W., Makino, S. I., Beebe, E. T., Fox, B. G., Chanda, B. Function of shaker potassium channels produced by cell-free translation upon injection into xenopus oocytes. Scientific Reports. 3, 1-7 (2013).
- David, G., et al. Phosphorylation and alternative translation on wheat germ cell-free protein synthesis of the DHBV large envelope protein. Frontiers in Molecular Biosciences. 6, 138 (2019).
- Jirasko, V., et al. Proton-detected solid-state NMR of the cell-free synthesized α-helical transmembrane protein NS4B from hepatitis C virus. Chembiochem: A European Journal of Chemical Biology. 21 (10), 1453-1460 (2020).
- Takeda, H., et al. Production of monoclonal antibodies against GPCR using cell-free synthesized GPCR antigen and biotinylated liposome-based interaction assay. Scientific Reports. 5, 11333 (2015).
- Zhou, W., Takeda, H. Production of immunizing antigen proteoliposome using cell-free protein synthesis system. Methods in Molecular Biology. 1868, Clifton, N.J. 49-67 (2018).
- Hutchings, C. J., Koglin, M., Marshall, F. H. Therapeutic antibodies directed at G protein-coupled receptors. mAbs. 2 (6), 594-606 (2010).
- Raetz, C. R. H., et al. Discovery of new biosynthetic pathways: the lipid A story. Journal of Lipid Research. 50, 103-108 (2009).
- Baldridge, J. R., Crane, R. T. Monophosphoryl lipid A (MPL) formulations for the next generation of vaccines. Methods. 19 (1), 103-107 (1999).
