Name: Optimize STORM Süper Çözünürlük Mikroskopi Testi Örnekleri (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-09-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 52 s
Description: Öğrenin STORM süper çözünürlük mikroskopisi için test örnekleri hazırlama ve görüntüleme yöntemlerini. Bu teknik, hücre içi yapıları 30-50 nm çözünürlükte görüntülemeyi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz İngiltere&#39;nin Ulusal Ölçme Dairesi Kimyasal ve Biyolojik Metroloji programından fon kabul. Biz teknik tavsiye ve önerileriniz için Sebastian van de Linde, Miklos Erdélyi ve Eric Rees teşekkür ederim. Biz yararlı yorumlarından ve bu yazının üzerine tartışmalar için Miklos Erdélyi, Eric Rees ve Max Ryadnov teşekkür ederim.

Not: Bu protokol boyunca, ipuçları ve öneriler belirli adımları izleyerek bulunur. &quot;* 1&quot; notu 1 böylece bu özel adıma alakalı olduğunu ve gösterir. 1.. Cam Floresan Dekstran Kaplama <ol><li> 8 odasının coverglass her oyuğuna% 0.01 poli-L-lisin çözeltisinin 200 ul ilave edin ve 10 dakika boyunca inkübe edilir. Hiçbir kalan sıvı olmasını sağlamak için, bir pipet ile çıkarın. </li><li> , Bir 2 mg / ml stok çözeltisi yaratmak için imalatçının talimatlarına uygun olarak, dekstran-Alexa 647 * 1 sulandırın. Buradan, bir 20 ug / ml solüsyon oluşturmak için deiyonize edilmiş su içinde 25 ul halinde 0,25 ul seyreltik. </li><li> Dekstran Alexa-647 çözeltisinin bir yüksek yoğunluklu bir kaplama oluşturmak için, de-iyonize su, 200 ul bir toplam olarak 20 ug / ml çözeltisinin 20 ul seyreltik. Bir orta yoğunluklu bir çözüm için de-iyonize su (orijinal stok çözeltiden 1:10,000 seyreltme) 200 ul 2 ul seyreltik. Düşük içinyoğunluklu çözüm de-iyonize su (orijinal stok çözeltiden 1:100,000 seyrelti) 200 ul 0.2 ul seyreltik. </li><li> Her çukuruna seyreltilmiş Alexa 647-dekstran çözeltileri 200 ul ilave edin ve 10 dakika boyunca inkübe edilir. Daha uzun inkübasyon süreleri, daha yoğun bir dekstran kaplama ile sonuçlanabilir ki kullanılabilir. Üç kez çıkarın ve H2O ile yıkayın * 2 </li></ol> Not 1: Diğer dekstran-boya konjugatlan kullanılabilir. Istenen kombinasyonları ticari olarak mevcut değilse, Konjuge olmamış dekstran da boyalar konjuge edilebilir. Not 2: floresan muntazamlığı azaltabilir, ancak aynı dekstran odalar haftalık bir süre boyunca reimaged edilebilir. Herhangi bir tampon maddesi yokluğunda, 4 ° C de depolama önerilir. 2. Camına Floresan Aktin filamentler <ol><li> Bölmenin her çukuruna% 0.01 poli-L-lisin çözeltisinin 200 ul ilave edin ve 3 * 10 dakika boyunca inkübe edilir. ReKalan herhangi bir sıvı olmasını sağlamak için, bir pipet ile hareket eder. </li><li> Her bölmeye genel aktin tamponu (imalatçının talimatlarına göre yeniden) 90 ul ekle. (Üretici talimatlarına uygun olarak metanol, 1.5 ml içinde çözündürüldüğünde 0.2 birim) aktin filament çözeltisi ve 1 ul falloidin-Alexa 647 önceden 10 uM 10 ul eklenir ve hafifçe yukarı aşağı pipet ve karıştırın. 4 * 30 dakika boyunca inkübe edin. </li></ol> Not 3: Poli-L-lisin kaplamalı cam bağlanabilen az filamentler odacık sonuçları içinde filaman çözelti hacmini arttırmak. Not 4: 4 ° C&#39;de en çok 48 saat inkübasyonu kez iyi sonuçlar ile test edilmiştir. Bir oda daha fazla gün için aynı örneği kullanmak için tavsiye edilmez yani tampon anahtarlama maruz edildikten sonra aktin filament görüntü kalitesi bozulur. 3. Fiducial Markers olarak kürecik Floresan Boncuk <ol><li&gt; 200 ul PBS&#39;ye TetraSpeck tanelerin 1 ul seyreltin ve karıştırın. </li><li> Bir görüntüleme odasına seyreltilmiş boncuk * ilave edin ve 5 ila 15 dakika boyunca bekleyin. Çözeltisini çıkarın ve önceki görüntüleme 3 defa PBS ile yıkayın. </li></ol> Not 5 - seyreltme ve inkübasyon süresi boncuk farklı yoğunlukları elde etmek için ayarlanabilir. 20.5 mikron başına 10 boncuk x 20.5 mikron alan-view - Bu protokol genellikle 3 ile sonuçlanır. 4. Epidermal Büyüme Faktörü Hücre boyama <ol><li> Dulbecco Modifiye Eagle Ortamı (DMEM) içinde, yaklaşık olarak% 80 birleşme görüntüleme odalarına Kültür HeLa hücreleri,% 10 fetal sığır serumu (FBS) ve% 1 penisilin-streptomisin solüsyonu ile takviye edilmiştir. </li><li> Kültür Ortamı çıkarın ve PBS ile yıkayın. Daha sonra 10 dakika boyunca% 4 formaldehit çözeltisi (4 mi,% 10 formaldehid çözeltisi, 1 ml 10X PBS, 5 ml su) içinde 500 ul ekleyin. Formaldehit çıkarın ve 3 defa PBS ile yıkayın. Hücreler d kalmasına izin vermeyinry ve her zaman kullanmak PBS hipotonik stresi önlemek için çözümler tamponlu. </li></ol> DİKKAT - formaldehit son derece zehirlidir. Uygun eldiven, koruyucu gözlük ve laboratuvar mont giyilir emin olun. Formaldehit bertarafı için yerel kuralları kontrol edin. <ol start="3"><li> 50 ug / ml stok çözeltisi yaratmak için imalatçının talimatlarına uygun olarak EGF-Alexa 647 sulandırın. (PBS içinde)% 0.1 BSA çözeltisi 200 ul bu stok çözeltinin 2 ul ekle. Hücrelerden PBS çıkarın, EGF bir çözeltisi eklenmekte ve 30 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> Çözeltisini çıkarın ve 15 dakika boyunca (PBS içinde)% 0.1 BSA, bir bloklama çözeltisi ilave edilmeden önce 3 defa PBS ile yıkayın. Bu kaldırma ve önceki görüntüleme PBS ile, ilave 3 kez yıkayın. </li></ol> 5. Tampon Hazırlama anahtarlama <ol><li> Katalaz 10 ul (20 ug / ml), 1 M Tris-(2-carboxyelthyl) fosfin hidroklorür (4 mM), 2.5 mi gliserin (% 50) 20 ul, 125 ul bir enzim stok çözeltisi (A) İsim1 M KCI (25 mM) içinde, 1 M, pH 7,5 Tris-HCl (20 mM), 100 ul, 5 glukoz oksidaz (1 mg / ml) ve diH20 mg ile 5 ml hacme kadar top. Bu, -20 ° C&#39;de saklanır ve 1 yıla kadar kullanılabilir 100 x 50 ul alikotları yapmak için yeterlidir. </li><li> ) 4 g glükoz (100 mg / ml), 4 ml gliserin (% 10) ve 36 ml diH20 ile bir şeker stok solüsyonu (B) olun. 20 ° C ve 1 yıla kadar kullanılabilir - Bu saklanabilir 100 x 400 ul alikotları yapmak için yeterlidir. </li><li> MEA-HCI (1 M) ve 113.6 mg 2 dihidro 0 1 ml olan bir indirgeyici madde stok çözelti (C) olun. Taze kullanın veya -20 ° C&#39;de saklanır ve 1 aya kadar kullanılabilecek 10 x 100 ul hacimde, (bölüntülerin dondurursam yok) olun. </li><li> Hemen önce görüntüleme için, enzim (A), glukoz (B) ve bu oran, 50 ul içinde birlikte madde (C) stok çözeltileri azaltılması, 400 ul, 100 ul karıştırın ve * 6 PBS ile 1 ml&#39;ye. Bu tampon şimdi oksijen temizlemek ve bir indirgeyici ortam (100 mM MEA-olacakHCl) * 7. Nihai pH değeri 6.0 olmalıdır - 8.5 (ayarı normalde gerekli değildir) * 8. </li></ol> Not 6 - bu tamponu, Cy5 ve Alexa 647 gibi karbosiyanin bazlı boya ile kullanılmak için uygundur. Not 7 - nihai enzim konsantrasyonu glikoz oksidaz, 50 ug / ml (5 birim / ml) ve katalaz 1 ug / ml (40-60 birim / ml) &#39;dir. Enzimatik etkinlik (adet) tedarikçiler tarafından verilir ve değişebilir. Katalaz için hesaplamalar adım 5.4 sonra 1 ug / ml &#39;lik son konsantrasyonu, enzim, 50 birimleri içeren varsayalım. Benzer oksijen tutucu bileşenleri dahil olmak üzere çeşitli tampon kompozisyonlar 21,30,40 bulunabilir. Tampon ve boya kombinasyonları bir özeti için başvurular 28,29 bakın. Gliserin ve TCEP -20 ° C&#39;de uzun süreli depolama için gerekli olan Not 8 - görüntüleme aktin filamentler t istikrara kavuşturmak için 2 mM MgCl2 ve 0.2 mM ATP eklersenizo filamentler. 6. (Alexa 647 boya kullanılarak) FIRTINA Veri mikroskop kazanılması <ol><li> Termal denge ulaşılacak izin STORM / PALM mikroskop, görüntüleme önce tercihen en az 3 saat açın. Bu daha önce görüntüleme sürüklenme artan bir şansı var. </li><li> Mikroskop sahne numune tutucu içine görüntüleme odasına yerleştirin. Numune tutucuya sıkıca ve düz olduğundan emin olun. </li><li> Görüntüleme odasından PBS çıkarın ve daha sonra anahtarlama tamponu ile üst doldurun. Dikkatli olun kabarcıklar bütün olduğunu ve tüm odasının kapalı olduğunu yapma, odasının üst üzerinde bir lamel yerleştirin. Herhangi kabarcıklar görülüyorsa, ek tampon veya PBS ile kontör aksi performans azalabilir tampon. </li></ol> DİKKAT - objektif lens ile ilgili olarak örnek yan ve eksenel kayma en aza indirmek için bu örnek ve tampon dengelenmeye bırakılır önerilirönce görüntüleme için en az 15 dakika süre ile oda sıcaklığı arasında gerçekleştirilir. <ol start="4"><li> Görüntülü ilgilendiren bir floresan yapısını bulmak. Bu hücre örneklerinin için özellikle yararlı olan-dışı odak ışığı, en aza indirerek, sinyal-gürültü oranını iyileştirir gibi bu durumda aydınlatma arzu edilen açı, bir TIRF ya da son derece eğimli açı seçin önerilir. Önce STORM görüntüleme için bir yapı referans kırınım sınırlı görüntü al. </li><li> Yaklaşık 2 kW / cm 2 tekabül yüksek bir güce (yaklaşık 640 nm uygun bir dalgaboyu) uyarma lazer artırmak iken 10 msn maruz kamera ayarları ve yaklaşık 50 Hz&#39;lik bir çevrim süresi ile görüntüleme (saniye başına kare) . Flüoroforlar (çoğu örnekler için muhtemelen 10 saniye içinde) bir seyrek yanıp sönen desen içine geçiş kere * 9 10.000 kare toplamak. </li></ol> Not 9 - 10000 çerçeveleri Burada açıklanan örnekler için uygundurancak diğer örnekler için 50.000 veya daha fazla çerçeve sayısını artırmak için gerekli olabilir. 7. Ham Veri Super-Çözünürlüklü resimler Yeniden (rainstorm kullanarak) <ol><li> MATLAB içinde rainSTORM.m dosyasını açın ve (Şekil 1A) çalıştırın. </li><li> Rainstorm pencerede (Şekil 1B) Gözat düğmesini kullanarak analiz edilecek görüntü dosyasını seçin. Bu bir. Tif dosyası (İmageJ tif formatında içine diğer dosya türlerini dönüştürmek için kullanılabilir) olmalıdır. * 10 veri elde etmek için kullanılan mikroskop sisteminin ham verileri eşleştirmek için piksel genişliğini değiştirmek. Varsayılan diğer değerleri bırakın. </li></ol> Not 10 - görüntü üzerinde piksel boyutu 160 nm olacak 100X objektif lens ile bir sistemde yani tipik bir EMCCD kamera 16 mikron piksel boyutu vardır. Ticari sistemlerde piksel boyutu genellikle yazılım içinde görüntülenir. Piksel boyutları en yerelleştirme mikroskopları için 100 nm ve 160 nm arasında değişmektedir.<ol start="3"><li> &#39;Süreç Görüntüler&#39; düğmesine basın ve bir ön görüntü görünene kadar bekleyin. Işleme süresi, dosya boyutu, bilgisayar şartname ve * 11 ham veri içinde aday yanıp söner sayısına bağlıdır. </li></ol> Not 11 - aktin ve EGF veri 10.000 çerçeve dizileri Intel Xeon E5420 CPU ile bir PC kullanarak sırasıyla işlemek için 23 saniye ve 25 saniye sürdü. MATLAB bir paralel işleme alet kutusu olmadan aynı bilgisayarı kullanarak, ya da birden fazla çekirdekli işlemci olmadan bir bilgisayar ile, süreleri sırasıyla 66 saniye ve 81 saniye idi. <ol start="4"><li> Güncelleştirilmiş bir süper çözünürlüklü görüntü basın &#39;Aç Değerlendirmeyi&#39; butonu oluşturmak için ve ikinci bir pencere (Şekil 1C) görünecektir. (Şekil 1D) istediğiniz gibi görüntü ekranı değiştirmek için &#39;Kontrast ayarlayın&#39; düğmesine basın. Bazı durumlarda, görüntü çok koyu olduğu en büyük değer azaltılmalıdır. </li><li> Rev kullanınkullanışlı görüntü kalitesi ölçümleri üretmek ve daha fazla süper çözünürlüklü görüntü rafine iewer pencere (Şekil 1C). Sırasıyla 4.000, 0.1 ve 0,8-2,0 değerleri * 12 ilk üç kalite kontrol parametrelerini ayarlayın. Ya bir foton kalibrasyon ölçümü veya belirli bir EM kazanç ayarı için kamera üreticisi tarafından belirtilen foton-eğrisi kalibrasyon eğrisi değerleri kullanılarak dayalı olmalıdır foton değeri, başına sayıları güncelleyin. Bu doğru hassasiyet ve * 13 çözünürlükte ölçümler elde etmek için önemlidir. </li></ol> Not 12 - Sinyal Sayımlar parlaklık kriterlere göre yanıp reddeder. Değer parlak yüksek göz kırpma son görüntüde bir yerelleştirme olarak kabul haline olmalıdır. Bu durum, boya ve maruz kalma süresi ve kameranın duyarlılık foton çıkış bağlı olarak değiştirilmesi gerekebilir. Sinyali ve monte Gauss yani d arasında anlamlı bir kare hata varsa Tolerans yanıp reddederouble zirveleri. PSF monte genişliği bu aralığın dışında yatıyor eğer PSF Sigma Range yanıp reddeder, yani dar bir aralık out-of-odak sinyallerini ve sürekli floresan büyük toplu lekeler reddetmek için kullanılabilir. Daha geniş bir yelpazede kullanarak son resimde görünen mislocalization eserler neden olabilir. Uygulamada, yerelleştirme hassas kesme parametre kullanarak ilk kalite kontrolünü gerçekleştirmek için tavsiye edilir. Not 13 ​​- çözünürlük ölçümleri hakkında daha fazla bilgi için referanslar 23,27 bkz. Her tarafından üretilen fotonların sayısı her lokalizasyon yerelleştirme hassasiyet hesaplanması ve dolayısıyla genel tüm görüntü için hassas tahminler ortalama türeterek mümkündür yanıp bilerek kısaca. Foton değer başına 200 sayar bir kazanç ayarı ile bir Andor IXON DU-897E kullanılarak 9.04. <ol start="6"><li> Ortalama yerelleştirme PRECIS optimize arasındaki ödünleşime yerelleştirme hassas kesme (Şekil 1C) Alterson görüntüde yerelleştirme sayıda karşı iyon. 30-50 nm değerleri verilerin kalitesi ve örnek olarak tavsiye edilir. Histogramlar ve info.txt dosyaları hem de bu kararı (Şekil 1F ve 1G) bilgilendirmek için kullanılabilir. </li><li> Rekonstrüksiyon ölçek faktörü (Şekil 1C) varsayılan orijinal görüntülerde piksel genişliği 160 nm olduğunu varsayarak 32 nm süper çözünürlük piksel üretecek olan, 5&#39;tir. Ham görüntüleri 100 nm bir piksel boyutu varsa, bu 20 nm piksel ile süper çözünürlüklü görüntüler üretecektir. * 14 son resimde küçük süper-çözünürlük pikselleri üretmek için ölçek faktörünü artırın. </li></ol> Not 14 - yerelleştirme mikroskopi Çözünürlük (basit bir histogram yeniden yapılanma piksel boyutuna yani) görselleştirme yanı sıra yerelleştirme hassasiyet için gerekli yumuşatma bağlıdır. Uygulamada, yeniden piksel boyutu genel olarak lokalizasyonu daha küçük olmalıdırhassas (info text dosyasına ortalama Hassas tahmini ölçüsünü görmek - 6,11 ve 6,12 adımlar). Bu durumda nedeniyle yeniden piksel boyutuna çözünürlük kaybı 23,27 küçük olacaktır. Örneğin satır ve Şekil 4E sütun yönünde ortalama hassas tahminler 16.1 nm ve 16.2 nm. 16 nm&#39;lik bir piksel boyutu (160 nm bir orijinal piksel genişliği 10 ile yeniden ölçek faktörü) bu verileri görselleştirmek için kullanılır olmuştur. <ol start="8"><li> Örneğin, ham veri alt kümeleri için yeniden kısıtlamak için sınır çerçeve aralığını (Şekil 1C) değiştirin [2001-inf] ham verilerin ilk 2.000 kareleri dışlar. </li><li> Güncelleştirilmiş bir süper-çözünürlüklü görüntü (Şekil 1E) oluşturmak için &#39;Çalıştır Değerlendirmeyi&#39; düğmesini (Şekil 1C) basın. </li><li> Görüntü kalitesi ölçümleri (Şekil 1F) * 15 görüntülemek için, &#39;Görünüm histogramlar&#39; düğmesini (Şekil 1C) basın. </li></ol&gt; Not 15 - kamera kare sayısı ve sağ alt (Şekil 1F) yılında Thompson Yerelleştirme Precisions histogramında karşı kabul yerleşimlerin sayısını gösteren sağ üst grafik yerelleştirme hassas kesim incelemesi seçeneği bilgilendirmek için kullanılabilir. Örneğin, 50 nm kesme kullanarak nihai süper çözünürlüklü görüntü dahil olmaktan daha kötü hassasiyetle tüm bölgeselleştirmelerini dışlar. <ol start="11"><li> Tüm bu veriler * 16 kurtarmak için inceleme (Şekil 1C) olarak &#39;resim kaydet&#39; butonuna basın. </li></ol> Not 16 - 3 ila 5 dosya (toplamı görüntü, STORMdataImage, STORMprocessed, bilgi ve hists) seçilen seçeneklere bağlı olarak kaydedilebilir, Şekil 1G bkz. FIRTINA işlenmiş görüntü değiştirilmiş kontrastı ve renk haritaları ile gösterilir. STORMdataImage her pikselin gri seviye uyuşmuş eşittir hangi bir gri tonlamalı görüntüBunun içinde tespit edilmiştir yerleşimlerin er. <ol start="12"><li> 7,6 adım ve istenirse farklı yorumcusu parametrelerle sonraki adımları tekrarlayın verileri inceledikten sonra (örneğin info.txt dosya ve histogramlar) dönüş. Adımda 7.11 &#39;Resmi Kaydet&#39; tuşuna basarak önceden kaydedilmiş verilerin üzerine yazılır. </li></ol> 8. Kutu İzleme ve Drift Düzeltme (rainstorm kullanarak) <ol><li> Normal şekilde bir görüntü oluşturmak için 7.9 - 7.1 adımları izleyin. </li><li> Inceleme (Şekil 1C) de &#39;Box İzleme&#39; düğmesine basın ve tıklatın ve gözden görüntü üzerinde ilgi fiducial işaretleyici veya yapı üzerinde bir kutu sürükleyin. </li><li> Yeni bir görüntü görünene kadar &#39;Kutulu Pozisyonları&#39; (örnekler için Şekil 6B, 6C ve 6F) görüntülemek, hangi bekleyin. İstenirse bu görüntüyü kaydedin. </li><li> Ilgi nesnesi bir referans işaretleyici ise düzeltme kayması &#39;kaymakamlık tarafından izlenen&#39; Set Anchor &#39;düğmesine tıklayarak yapılabiliryolu Drift &#39;düğmesine basın. Son olarak &#39;Çalıştır Değerlendirmeyi&#39; şimdi tekrar tüm yerleşimleri fiducial işaretleyici pozisyonlara göre düzeltilmiş olacak yeni bir FIRTINA görüntü oluşturmak için tıklayınız. Boncuk pozisyonları nihai gözden görüntüden silinir. </li><li> Nihai sürüklenme düzeltilmiş görüntüsü içinde başka referans belirteçleri varsa, bu &#39;Kutu Takibini&#39; tuşuna basarak kaldırılabilir, &#39;Kutulu sil&#39; ve sonra istediğiniz gibi &#39;Run Değerlendirmeyi&#39; olarak birçok kez. </li></ol>

Biz ifşa hiçbir şey yok.

Biz bazı basit test örnekleri ve STORM süper çözünürlük görüntüleme optimize etmek mümkündür özgürce kullanılabilir işleme yazılımı yağmur fırtınası ile göstermektedir. Bu araçlar ve yöntemler yeni kullanıcılar ve mikroskoplar güven ve görülmemiş detaylar biyolojik ve hücresel yapıları incelemek için bunların kullanımını artırmak için deneyimli kullanıcılar için yollar için yararlı başlangıç ​​noktaları sağlayacaktır. Bu görüntü kalitesini iyileştirmek ve daha fazla güven olması mümkündür gösteren bu tür ortalama hassas tahminler, yerelleştirme numarası ve histogramlar olarak yararlı bir görüntü kalitesi ölçümleri bir dizi üretebilir, bilinen ya da iyi anlaşılmış yapıları ve algoritma ile numunelerin bir arada kullanarak STORM görüntüleme işleminde. Kimse-boyut kullanılabilir farklı ticari ve kendini inşa mikroskop yapılandırmaları bir dizi olduğu gibi verileri elde etmek, tüm yaklaşım uyar vardır. Üstelik şekilde etkilenir birçok örnek hazırlama ve görüntü alma adımlar vardırson görüntü bu nedenle yazılım araçları ve test örneklerine sahip anlayış ve FIRTINA görüntü kalitesini optimize etmek önemlidir yaşamaktadırlar. Ayrıca bu protokoller ortaya çıkabilecek sorunları giderme kullanışlı ve daha az belirsiz yollar sağlayabilir. Örneğin dekstran örnek, herhangi bir lazer ışını kayma veya numunenin dengesiz aydınlatma var olup olmadığını belirlemek için çok kullanışlı bir yoldur. Anahtarlama tampon herhangi bir &#39;yanıp sönen&#39; yardımcı olacak olup olmadığını görmek için çok basit bir görsel testi çalışmıyor olabilir ki endişeler varsa. Aktin filamentleri FWHM karşılaştırmalar kullanarak yanı sıra sürüklenme ve mislocalization eserler vurgulayarak çözünürlük ölçmek yararlı bir yoludur. Ancak, lokalizasyon tabanlı süper-çözünürlük yöntemleri gibi pozlama süreleri, çerçeve oranları, lazer güçler ve görüntü işlenir yolu olarak katkıda bulunan diğer faktörler, rağmen, duyarlı fluoroforun yoğunluk olabileceği unutulmamalıdır, bu atamak mümkün değildir Bir bir çözünürlükÖzellikle mikroskop ve tüm görüntüleri bu çözünürlüğe sahip olacağını varsayabiliriz. Ne mümkün, ancak bu tür ortalama yerelleştirme kesinleşmemiş, yerelleştirme numarası gibi çözünürlük çeşitli yönlerini ölçmek ve 27 sürüklenmeye olduğunu. Fiducial belirteçler onlar her deneyde dahil olamaz bile, en azından, bir mikroskop sistemi, çevresini karakterize ve daha iyi gibi çok zaman sonra başlatmak termal dengeye ulaşması için gerekli ne gibi operasyonel konuları anlamak için kullanılabilir. Bu görüntüler 43 satın ediliyor iken örnek konumunu düzeltmek için bir astigmat lens kullanımı ve bir geri besleme mekanizması gerektirir rağmen yanı sıra yanal sürüklenme için düzeltme olarak, referans işaretleri, karakterize etmek için kullanılan ve eksenel sürüklenme için doğru olabilir. Ticari süper çözünürlük sistemleri genellikle stabilite kontrolü veya odak kayması düzeltmek için daha pratik bir çözüm olabilir odak-kilit mekanizması, çeşit içerecektir. Orada birspesifik olmayan bu tür boyalar, doğrudan ya da sekonder antikor olarak başka bir konjugat moleküllerin kullanılarak dekstran, ile cam kaplama alternatif re. Bu yaklaşımların bir sınırlama cama bağlı moleküllerinin sayısı bilinmemektedir olmasıdır. Kullanılmıştır alternatif lifli yapıları mikrotübülleri 28 ve DNA 21 içerir. Ancak, çok küçük boyutlu ve kolay bir ticari olarak temin edilebilen reaktifler kombinasyonu farklılaştı ya da kollara ayrılmış filamentlerin ayırma mesafesi de 27 sistem performansı yararlı bir ölçüm olabilir özellikle, çekici bir alternatif aktin olun. Test örneklerinin daha da geliştirilmesi için oda bu alanda 28,29,46,47 son ilerlemelere rağmen, var. Özellikle, çok renkli görüntüleme bir görüntüleme 3 ana açıdan zorluklar sayıda örnek etiketleme, görüntü alma (donanım) ve yazılım (görüntü işleme ve hizalama) sunuyor. Bir olmuşturyayınlarda bu yönlerini 4-6 adresleme ve uygun test örnekleri ve metodolojileri görüntülerin bu tür üreten ve güvenilir bir yorumlama için kritik olan bu nedenle açıktır bir dizi. Nitekim, son zamanlarda dSTORM iki renkli görüntüler almak ve çözümlemek, nükleer gözenek kompleksinin son derece simetrik doğa için kullanılan olabilir ve yazarlar bu renk sapmaları düzeltmeler 45 performansını değerlendirmek için ideal bir yol olacağını önerdi gösterilmiştir. Bir başka ilginç yaklaşım dışında 46 özel alt-kırılma mesafelerde konumlandırma Flüoroforlann olasılığını yaratan bir nanoruler oluşturmak için DNA origami kullanılmasıdır. Bu çözünürlük değerlendirilmesi ve mesafe ölçümleri yapmak bir yol sağlar. Ancak, nihai amacı karmaşık üç boyutlu yapılardır gibi hücreleri gibi olmayan idealize örneklerinin, bu süper-çözünürlük tekniklerini uygulamaktır. Bu durumda, bir t daha kapsamlı bir anlayış bir aradaO, veri edinme uygun şekillerde işlenmesi ve görüntü ölçümleri sağlayan kullanıcı yardım yazılım araçları ile kombine teknik nihai cevabı olması muhtemeldir. 28,29,47,48

Son zamanlarda optik mikroskopi teknikleri bir dizi tipik kırılma sınırını aşmak ve 100 nm veya 1,2 daha iyi çözünürlükte görüntü üretebilir süper çözünürlüklü mikroskopi veya nanoscopy, olarak adlandırılan, geliştirilmiştir. 2008 yılında yılın Doğa Yöntemleri yöntem olarak süper çözünürlüklü mikroskopi açıklanmasından bu yana, lokalizasyon tabanlı mikroskoplar geliştirme büyük bir olmuştur. Örneğin, çok renkli uygulamalar 3-6, 3D uygulamaları 7-12 ve hatta canlı hücre uygulamaları 5,13-17 vardır. Bu sistemler hücre biyologların eline optik laboratuvarları dışında ticari ediliyor ve artık kendi yolunu yapıyoruz Dahası, biyomedikal sorulara verdikleri kullanımı ve uygulama daha artış olması muhtemeldir. Bu ailenin bir dal bir görüntü molekülü-by-molekülü oluşturarak işe yerelleştirme-tabanlı yöntemler olduğunu. Bensadece bir kaç uzamsal olarak ayrılmış moleküller herhangi bir zamanda aktif olan, böylece bu yapmak için n düzeni, numune içindeki floresan moleküller çoğunluğunun kapatılmalıdır. Bu moleküller daha sonra hızla açılıp kapatılır ve nüfusun önemli bir kısmı alt kırınım hassasiyetle temel yapısını yansıtacak şekilde görüntülü o kadar çok görüntü alınır. Yaklaşımlar bir dizi GSDIM 18, PALM 19, fPALM 20, STORM 21 ve RESOLFT 22 dahil yayınlanmıştır. Tek bir molekül algılama konumunu ölçmek algoritmaları daha sonra örneğin rapidSTORM 24,25 QuickPALM 26, 12, ve bir yağmur fırtınası palm3d 27 Gauss montaj 23 ile 20 nm&#39;den daha iyi kesinleşmemiş ile molekülün gerçek konumunu bulmak için de kullanılabilir. Hücre ya da yüksek molekül yoğunluğa sahip diğer biyolojik örnekler, görüntüleme, bu çerçevelerin binlerce almak nedenle gerekliBu, konumsal olarak ayrılmış, yanıp sönen bir görüntü için Etiketlenmiş moleküllerin önemli bir bölümü olarak işaret etmektedir. Rasgele optik yeniden mikroskobu (STORM) ve yüksek ölçüde ilişkili dSTORM ve GSDIM yöntemler ticari olarak temin edilebilen organik boyalar 21 ile çalışmak için gösterilmiştir lokalizasyon tabanlı süper çözünürlük yöntemleri vardır. O zamandan beri, çünkü özgüllük ve floresan mikroskobu gerçekleştirmek için köklü immün yaklaşımların göreli kolaylık metodoloji özellikle cazip kılan farklı bir dizi boya için 28-30 için geçerli olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak, lokalizasyon tabanlı süper çözünürlük görüntülemede kullanılmak üzere potansiyeline sahip boya antikoru ve boya-biyomolekül konjugatlarının, bir dizi kolay erişim vardır. STORM ve benzeri yaklaşımların genel ilkeleri nispeten basit ve ilk bakışta donanım ve numune hazırlama nispeten stra görünüyor ikenightforward, yüksek kalite, artifakttan ücretsiz, süper çözünürlüklü görüntüler elde için kritik süreçte adımlar vardır. Tüm mikroskopi teknikleri olduğu gibi süreç 3 ana adımda düşünülebilir: Birinci, ikinci numune hazırlama, görüntü alma ve, üçüncü, görüntü işleme ve / veya görüntü analizi ve yorumlanması. Ek çözme gücü ve yerelleştirme dayalı bir yaklaşım kullanarak süper çözünürlüklü görüntüler üreten yöntem bazı yeni sorunlar ve düşünceler 31-33 tanıttı. Immün, birincil ve ikincil antikor kombinasyonu kullanıldığında, özellikle dolaylı immünoflüoresans gerçekleştirirken numune hazırlama ile başlayarak, bu floresan boya uzak, ilgi konusu moleküle kadar 20 nm&#39;ye kadar olabileceğini not edilmelidir. Mikrotübül durumunda, bu 25 nm 28,30 beklenen bir mikro tüp çapı ile karşılaştırıldığında, 35-50 nm çap ile sonuçlanır. Ayrıca, etiketleme yoğunluk gerekir mbir yüksek kaliteli görüntü 14 oluşturmak için Nyquist kriterlerini EET. Bir lifli yapı boyunca 20 nm beklenen bir resim çözünürlüğü için örneğin en az her 10 nm 27, bir boya molekülü olmalıdır. Üzerinde denge - birçok boyalar lokalizasyon tabanlı boya genel performansı en az dört önemli kriterlerin, olay anahtarlama başına yani tespit edilen fotonların (parlak iyidir her yanıp sönüyor parlaklık) bir karışımı olan yaklaşımları için çalışmak yayınlanmıştır iken -off görev döngüsü (devlete karşı off boyaların kontrast oranı - daha kapalı genellikle daha iyidir), hayatta kalma fraksiyonu (düşük bir ağartma oranı daha iyidir) ve döngüleri geçiş sayısı (floroforun başına yanıp sayısı - daha fazla floroforla başına 1 yanıp sönme) molekülü sayma amaçlar için bir avantaj olmasına rağmen, yüksek çözünürlük için daha iyidir. Bu durum, bundan başka, herhangi bir boya için, bu özellikler, farklı tampon şartlarında değişir ve gerçeği ile karmaşıkLazer gücü 28,29 ile. Buna ek olarak, aynı zamanda, bu benzersiz STORM düşünceler olarak, görüntü kalitesi sabitleme koşulları modifikasyonu ve söndürme reaktiflerin kullanımı ile otoflüoresanı en aza, örneğin daha geleneksel floresan mikroskopi teknikleri ile aynı şekilde örnek hazırlama optimize ederek arttırılabilir. Ayrıca, spesifik olmayan şekilde bağlanmış florofor minimize etiket konsantrasyonları, inkübasyon süreleri ve blokaj ve yıkama adımları ayarlama yapılabilir ki önemlidir. Görüntü alımı ikinci adımı da önemlidir. Mikroskop üzerinde optimum ayar boya, tampon koşulları, etiketleme yoğunluğu ve örnek tipi, cam, hücreler ya da doku örnekleri üzerinde, örneğin tekli katmanları bağlıdır. Ana hususlar kamera pozlama süresi, kare sayısı, aydınlatma açısı (TIRF, HILO, Epi) ve lazer güç vardır. Amaç mümkün olduğunca çabuk kadar çok parlak bir konumsal olarak ayrılmış yanıp toplamaktır. Eğer arka irekonstrüksiyon algoritması olarak doğru bir pozisyon lokalize etmek mümkün olmayacaktır, yüksek s veya yanıp söner, çok parlak değildir, başka bir deyişle, sinyal-gürültü oranı kötüdür. Yanı sıra ölçülebilir her molekül konumu ile doğruluk, yani yerelleştirme hassasiyet maksimize olarak, görüntü kalitesi de yerleşimlerin yüksek sayısına bağlıdır. Ilgi moleküllerin sayısı yetersiz yansıması, Nyquist kriterleri 14,27 karşılanmış olmayacak gibi, ya da kötü olması nedeniyle etiketleme verimliliği, aşırı ağartmanın veya yetersiz bir kare sayısına, daha sonra elde edilen süper çözünürlüklü görüntü noktasal ve süreksiz olacak . Ve son olarak, Üçüncü adım, görüntü işleme, standart floresan mikroskopi teknikleri ile karşılaştırıldığında özellikle önemlidir. W bilmek kafa karıştırıcı olabilir tercih açısından bir avantaj, ve hem de bir dezavantaj serbestçe ve ticari olarak temin edilebilen algoritmaları, bir dizi bulunmaktadırhich kullanmak için en uygun olan. Örneğin ham veri mekansal ayrı yanıp iyi aralıklı varsa o zaman bir tek-molekül uydurma algoritması rainstorm 27 mevcut seyrek uydurma algoritmaları, örneğin son derece doğru ve verimli olabilir, rapidSTORM 24,25, QuickPALM 26 Yazılım 12 palm3d ve . Ham veriler daha sonra uygun olabilir algoritmaları sinyalleri örtüşen bir sürü varsa DAOSTORM 34, 3B 35 ve deconSTORM 36 içerir. Ayrıca bu algoritmalar, sinyal sayısı, ya da yanıp başına foton, yanı sıra düzeltilmiş Gauss fonksiyonları ile görüntülenmesi veya süper-çözünürlük piksel boyutu olabilir piksel ızgaraları ile histogramlar gibi farklı görüntü ekran seçenekleri gibi çeşitli kriterler için eşik içerir kullanıcı tarafından seçilir. Tüm bu seçenekler son görüntünün görünümünü değiştirmek ve görüntü analizi ve yorumlanması için etkileri vardır. <p class="jove_content"&gt; Bu nedenle, açıklık uğruna biz fırtına gibi sevk edecektir boya temelli lokalizasyon tabanlı süper-çözünürlük deneyleri, ve daha deneyimli kullanıcılar fırsat için bir başlangıç ​​noktası ile yeni kullanıcı sağlayacak 3 test örneklerini sunmak daha da optimize deneyleri. İlk olarak, bu kat için dextran-boya konjugatının bir floresan tabakası ile cam yüzey mümkündür. Bu mikroskop, boya ve tampon floresan sinyal yanıp üretmek için çalıştıklarını söyledi kurmak için hızlı ve kolay bir yol sağlar. Yöntem daha sonra, tampon koşulları optimize görüntü toplama ayarları ve farklı boyalar test etmek için yağmur fırtınası tarafından üretilen ortalama yerelleştirme hassas ve sayı ölçümleri karşılaştırarak uzatılabilir. İkincisi, biz kolayca phalloidin-boya birleşimleri kullanılarak etiketli olabilir camına aktin filamentleri hazırlamak için basit bir protokol mevcut. Bu çözünürlükte 27 ve genellikle tam genişlikte yarı maksimum (FWHM) ölçümleri almak için idealdir yapıları sağlamakbir filament çözünürlüğü 37 ampirik bir tahmini olarak verilmiştir. Bu lokalizasyon tabanlı süper çözünürlük mikroskopisinde çözünürlük florofor parlaklık, arka plan gürültüsü ve yerelleştirme yoğunluğu 27 bir fonksiyonudur ve bu numune boyunca mutlaka sabit olmadığı için çözünürlük örnekleri arasında ve aynı numune içindeki görüntüleri arasında değişir unutulmamalıdır. Aktin filamentleri gibi mislocalizations gibi potansiyel eserler göstermek ve sürüklenme için kullanılan ve yağmur fırtınası içinde yazılım özellikleri ile tespit edilebilir nasıl vardır. Ayrıca, ölçü ve doğru kayması hem de floresan referans işaretlerinin kullanılmasını tarif eder. Ve üçüncüsü, epidermal büyüme faktörü (EGF)-boya konjugatları ile hücrelerin boyanması tarif edilmektedir. Hücre yüzeyindeki reseptörünün bir kısmı, yaklaşık 50-150 n alt kırılma boyutlu yapılar vesiküller, endositoz yoluyla uğrar, çünkü EGF, süper çözünürlüklü görüntü performansı yararlı bir gösterge sağlarçapı 27,38,39 m.

<table><tbody><tr><td>Labtek Görüntüleme odası camı</td><td>Fisher</td><td>CBR-166-390E</td><td>Numune hazırlama</td></tr><tr><td>Ters Mikroskop </td><td>Olympus</td><td>IX71</td><td>* Alternatifler için aşağıya bakın</td></tr><tr><td>100 X TIRF Objektif Lensi</td><td>Olympus</td><td>UAPON 100XOTIRF</td><td>* Alternatifler için aşağıya bakın</td></tr><tr><td>EMCCD Kamera</td><td>Andor</td><td>iXon 897</td><td>* Alternatifler için aşağıya bakın</td></tr><tr><td>640 nm lazer</td><td>Toptica</td><td>iBEAM-SMART-640-S</td><td>*150 mW - Alexa 647 veya Cy5 boyalarını görüntülemek için</td></tr><tr><td>LabVIEW</td><td>National Instruments</td><td></td><td>*Edinme yazılımı (kontrol donanımı)</td></tr><tr><td>PC </td><td>Dell</td><td></td><td>Windows XP (64 bit), Intel Xeon E5420 CPU, 16 GB RAM *Cihaz kontrolü ve görüntü işleme</td></tr><tr><td>ImageJ</td><td></td><td></td><td>Görüntü analizi ve işleme <a href="http://rsbweb.nih.gov/ij" target="_blank">http://rsbweb.nih.gov/ij</a></td></tr><tr><td>rainSTORM</td><td>Laser Analytics Group (Cambridge) software</td><td></td><td><a href="http://laser.cheng.cam.ac.uk/wiki/index.php/Resources" target="_blank">http://laser.cheng.cam.ac.uk/wiki/index.php/Resources</a></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>Running rainSTORM</td><td></td><td><a href="http://www.mathworks.co.uk/products/matlab/" target="_blank">http://www.mathworks.co.uk/products/matlab/</a></td></tr><tr><td>*Kendi kendine yapılan STORM/PALM mikroskop</td><td></td><td></td> örneği <td>Ayrıca referans 29'a bakın <a href="http://code.google.com/p/quickpalm/wiki/Tutorial_CustomMicroscope" target="_blank">http://code.google.com/p/quickpalm/wiki/Tutorial_CustomMicroscope</ a></td></tr><tr><td>*Ticari STORM/PALM süper çözünürlüklü mikroskoplar</td><td></td><td></td><td>Leica SR GSD, Nikon N-STORM, Vutara SR-200, Zeiss Elyra P.1, DeltaVision OMX Blaze (Monet Yerelleştirme) Kendi kendine yapılan mikroskoplara alternatifler</td></tr><tr><td colspan="4">Tablo 1. Malzemeler & Ekipman </td></tr><tr><td colspan="4">[başlık]</td></tr><tr><td>PBS (10X)</td><td>Fisher</td><td>VX70013065</td><td>1; 2; 3; 4</td></tr><tr><td>Poli-L-Lizin</td><td>Sigma</td><td>P4707</td><td>1.1; 2.1</td></tr><tr><td>Dekstran-Alexa fluor 647</td><td>Invitrogen</td><td>D-22914</td><td>1.2</td></tr><tr><td>Genel aktin tamponu</td><td>Cytoskeleton Inc</td><td>BSA01</td><td>2.2</td></tr><tr><td>Önceden şekillendirilmiş aktin filamentleri</td><td>Cytoskeleton Inc</td><td>AKF99</td><td>2.2</td></tr><tr><td>Phallodin-Alexa fluor 647</td><td>Invitrogen</td><td>A22287</td><td>2.2</td></tr><tr><td>TetraSpeck Mikroküreler (0.1 mikron)</td><td>Invitrogen</td><td>T-7279</td><td>3.1</td></tr><tr><td>HeLa hücreleri</td><td>ATCC</td><td>CCL-2</td><td>4.1</td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Fisher</td><td>VX31966021</td><td>4.1</td></tr><tr><td>FBS</td><td>Fisher</td><td>VX10500064</td><td>4.1</td></tr><tr><td>Kalem / Adım</td><td>Canlandırıcı</td><td>15070063</td><td>4.1</td></tr><tr><td>Plastik tabaklar</td><td>Invitrogen</td><td>734-0006</td><td>4.1</td></tr><tr><td>EGF - Alexa fluor 647</td><td>Invitrogen</td><td>E35351</td><td>4.3</td></tr><tr><td>BSA</td><td>Sigma</td><td>A7906</td><td>4.3, 4.4</td></tr><tr><td>Formaldehit -% 10 çözelti EM sınıfı</td><td>Polysciences</td><td>04018-1</td><td>4.2</td></tr><tr><td>Katalaz</td><td>Sigma</td><td>C100</td><td>5.1</td></tr><tr><td>Glikoz oksidaz</td><td>Sigma</td><td>G2133</td><td>5.1</td></tr><tr><td>KCl</td><td>Sigma</td><td>P9541</td><td>5.1</td></tr><tr><td>TCEP</td><td>Sigma</td><td>C4706</td><td>5.1</td></tr><tr><td>Tris</td><td>Sigma</td><td>93352</td><td>5.1</td></tr><tr><td>Glikoz</td><td>Sigma</td><td>C7528</td><td>5.2</td></tr><tr><td>MEA-HCl</td><td>Sigma</td><td>M6500</td><td>5.3</td></tr><tr><td>Gliserin</td><td>Sigma</td><td>G2289</td><td>5.1; 5.2</td></tr><tr><td colspan="4"><güçlü>Tablo 2.</güçlü> Reaktifler</td></tr></tbody></table>

optimize storm süper Çözünürlük mikroskopi testi Örnekleri

Test Samples for Optimizing STORM Super-Resolution Microscopy

FIRTINA standart floresan mikroskopi teknikleri en fazla 10 kat daha iyi çözünürlük ile yeni geliştirilen süper-çözünürlük mikroskopi tekniktir. Görüntü bir görüntü molekülü-by-molekülü oluşturarak, normalden çok farklı bir şekilde elde edilir Ancak, onların görüntü alımı optimize etmek için çalışırken kullanıcılar için bazı önemli sorunlar vardır. Bu süreci yardım ve FIRTINA biz 3 deney numunelerinin hazırlanması ve 30-50 nm arasında tipik çözünürlük ile süper çözünürlük görüntüleri edinme ve işleme fırtına metodoloji mevcut nasıl daha fazla fikir kazanmak için. Serbestçe kullanılabilir yağmur fırtınası işleme yazılımı kullanımı ile test örnekleri birleştirerek görüntü kalitesi ve çözünürlüğü hakkında bilgi büyük bir anlaşma elde etmek mümkündür. Bu ölçümleri kullanarak bu hazırlama, boya seçimi, tampon koşulları ve görüntü alma ayarları örnek, optik gelen görüntüleme işlemi optimize etmek mümkündür. BizBu tür görüntü alımı ve yoğunluğu sırasında numune hamle &#39;mislocalization&#39; fenomen sonuçlanan ilgili sorunlar yanal sürüklenme, kötü görüntü kalitesine yol bazı ortak sorunlar, LSO örnekleri göstermektedir.

Biz üç test örneklerinin hazırlanması ve nasıl optimize etmek ve STORM mikroskoplar performansını değerlendirmek için kullanılır açıklar. Bu örnekleri kullanarak biz ham veri almak ve daha sonra yaklaşık 30-50 nm çözünürlükte hücrelerinde süper çözünürlüklü görüntüleri elde etmek işlemek için nasıl gösterir.

Optimize STORM Süper Çözünürlük Mikroskopi Testi Örnekleri

STORM is a recently developed super-resolution microscopy technique with up to 10 times better resolution than standard fluorescence microscopy ...

Bu prosedürün genel amacı, yüksek kaliteli STORM süper çözünürlüklü görüntülerin nasıl elde edileceğini göstermektir. Bu işlem, öncelikle floresan işaretli bir test örneği hazırlanarak gerçekleştirilir. İkinci adım ise anahtarlama tamponu hazırlamak ve ardından görüntüleme haznesini bu tamponla doldurmaktır.Ardından, ham veriler bir STORM mikroskobunda elde edilir. Son adım, Rainstorm işleme yazılımını kullanarak ham verilerden süper çözünürlüklü görüntülerin yeniden oluşturulmasıdır. Nihayetinde, test örnekleri, TIRF ve konfokal dahil olmak üzere geleneksel floresan mikroskopi tekniklerine kıyasla beş ila on kat çözünürlük artışını temsil eden, hücrelerde 30 ile 50 nanometre arasındaki çözünürlüklerde STORM süper çözünürlüklü görüntüler üretmek için işlenebilen yüksek kaliteli ham verilerin nasıl elde edileceğini göstermek için kullanılır.Genellikle, bu yöntemde yeni olan kişiler, çok sayıda yüksek kaliteli seyrek bağlantı toplamanın önemini fark etmedikleri için zorluk yaşarlar. Bu durum, doğru değiştirme tamponu içinde Alexa 6 4 7 boyası kullanılarak çok daha kolay hale getirilir. SPR çözünürlüklü görüntüler üretmek için yüksek kaliteli ham veriler elde etmek kritik olduğundan, bu tekniğin görsel bir gösterimi esastır.Bu tekniğin ham video sekansları, diğer tüm floresan mikroskopi türlerinden tamamen farklı görünür. Camı floresan dekstrin ile kaplama prosedürüne başlamak için, sekiz odacıklı lamın her bir kuyucuğuna 200 µL %0,01'lik polilizin çözeltisi ekleyin ve 10 dakika boyunca inkübe edin. 10 dakika sonra, hiçbir sıvı kalmadığından emin olmak için polilizin çözeltisini bir pipet yardımıyla uzaklaştırın.Yüksek yoğunluklu bir dekstrin Alexa 647 kaplaması oluşturmak için, 2 mg/mL konsantrasyonundaki dekstrin Alexa 647 stok çözeltisinden 0,25 µL, 25 µL deiyonize su içerisine eklenerek 20 µg/mL konsantrasyonunda bir çözelti hazırlanır.20 µg/mL çözeltinin 20 µL'sini, toplam 200 µL deiyonize su içerisinde seyreltin. Orta yoğunluktaki bir çözelti için, 2 µL'yi 200 µL deiyonize su içerisinde seyreltin. Düşük yoğunluktaki bir çözelti için 0,2 µL seyreltin.Her bir kuyucuğa 200 µL deiyonize su içerisinde 200 µL seyreltilmiş dekstrin Alexis X 47 çözeltisi ekleyin ve 10 dakika inkübe edin. Daha yoğun bir dekstrin kaplaması elde etmek için daha uzun inkübasyon süreleri uygulanabilir. Son olarak, Dexter Xis X 47 çözeltilerini uzaklaştırın ve su ile üç kez yıkayın.Cam üzerinde floresan aktin filamentleri hazırlamak için öncelikle, sekiz bölmeli bir kapağın her bir kuyucuğuna 200 µL %0,01 polylysine çözeltisi ekleyin. Lamı kapatın ve 10 dakika boyunca inkübe edin. Hiç sıvı kalmadığından emin olmak için pipetle uzaklaştırın.Her bir bölmeye, daha önce üretici talimatlarına göre yeniden hazırlanmış 90 µL genel aktin tamponu ekleyin. Ardından 10 µL 10 µM önceden oluşturulmuş aktin filament çözeltisi ve 1 µL foid ve Alexa 6 47 ekleyip karıştırmak için pipetle nazikçe yukarı aşağı çekin; referans işaretçiler olarak mikroküre floresan boncuklarını hazırlamak için oda sıcaklığında 30 dakika inkübe edin. 1 µL tepec boncuğunu 200 µL PBS içinde seyreltin ve karıştırın. Seyreltilmiş boncukları görüntüleme bölmesine ekleyin ve 15 dakika bekleyin.15 dakika sonra çözeltiyi uzaklaştırın ve görüntüleme öncesinde hücreleri üç kez PBS ile yıkayın. Bu deneyde yaklaşık %80 konfluens düzeyine ulaşmış kültürlenmiş hücreler kullanılır. Kültür ortamını uzaklaştırın ve PBS ile yıkayın. Ardından 10 dakika boyunca 500 µL %4'lük formaldehit çözeltisi ekleyin.Formaldehiti uzaklaştırın ve PBS ile üç kez yıkayın. Hücrelerin kurumasına izin vermeyin ve her zaman PBS tamponlu çözeltiler kullanın. Hipotonik stresten kaçınmak için, 200 µL %0,1 BSA çözeltisine 2 µL 50 µg/mL stok EGF Alexa, 6 47 ekleyin ve ardından bu çözeltiyi HeLa hücrelerine ilave edin.Oda sıcaklığında 30 dakika inkübe edin. Solüsyonu uzaklaştırın ve PBS ile üç kez yıkayın. %0,1 BSA içeren bir bloklama solüsyonu ekleyin ve oda sıcaklığında 15 dakika bekletin.Bundan sonra, bloklama solüsyonunu uzaklaştırın ve görüntülemeden önce PBS ile üç kez daha yıkayın. Görüntülemeden hemen önce, enzim glikoz ve indirgeyici ajan stok solüsyonlarını 50 µL, 400 µL ve 100 µL oranlarında karıştırarak geçiş tamponunu hazırlayın; final hacmi 1 mL'ye tamamlamak için PBS ekleyin. Görüntüleme haznesindeki PBS'yi uzaklaştırın ve ardından hazneyi ağzına kadar geçiş tamponu ile doldurun.Lameli dikkatlice haznenin üzerine yerleştirin, hiçbir hava kabarcığı kalmadığından ve tüm haznenin kapandığından emin olun. Herhangi bir kabarcık görülürse, ek tampon çözelti veya PBS ile tamamlayın. Aksi takdirde, tampon performansı düşebilir.Bu prosedürün başarısı için yüksek kaliteli, seyrek bağlantı verilerinin toplanması esastır; bu nedenle mikroskopların düzgün şekilde odaklandığından ve doğru görüntüleme ayarlarının kullanıldığından emin olun. Görüntülenecek ilgilendiğiniz floresan yapıyı belirleyin. İstenilen aydınlatma açısını seçin.Bu durumda, özellikle hücre örnekleri için faydalı olan odak dışı ışığı minimize ederek sinyal-gürültü oranını iyileştirdiği için turf veya yüksek eğimli bir açı önerilir. STORM görüntülemeden önce yapının fraksiyon sınırlı görüntüsü için bir referans alın. Kamera ayarlarını 10 milisaniye pozlama ve yaklaşık 50 hertz veya saniyedeki kare sayısı çevrim süresine ayarlayarak görüntüleme yaparken, eksitasyon lazerini santimetrekare başına yaklaşık iki kilowatt'a karşılık gelen yüksek bir güce çıkarın.Flora fours seyrek bir yanıp sönme düzenine geçtiğinde, 10.000 kare toplayın. Bu rekonstrüksiyon işlemine başlamak için MATLAB içinden RAINSTORM M dosyasını açın ve rainstorm penceresinde çalıştırın.Gözat butonunu kullanarak analiz edilecek görüntü dosyasını seçin. Bu dosya bir TIF dosyası olmalıdır. Piksel genişliğini, verileri elde etmek için kullanılan mikroskop sisteminin ham verilerine uygun olacak şekilde değiştirin.Diğer değerleri varsayılan haliyle bırakın. Görüntüleri işle (process images) düğmesine basın ve ön izleme görüntüsü ortaya çıkana kadar bekleyin. İşleme süresi dosya boyutuna, bilgisayar özelliklerine ve ham veriler içindeki aday bağlantıların sayısına bağlı olarak değişecektir.Güncellenmiş bir süper çözünürlüklü görüntü oluşturmak için inceleyiciyi aç (open reviewer) düğmesine basın; böylece ikinci bir pencere açılacaktır. Görüntü görüntüsünü istediğiniz şekilde değiştirmek için kontrastı ayarla (adjust contrast) düğmesine basın. Görüntünün çok karanlık olduğu bazı durumlarda, maksimum değer düşürülmelidir.Kullanışlı görüntü kalitesi metrikleri oluşturmak ve süper çözünürlüklü görüntüyü daha da iyileştirmek için inceleme penceresini kullanın. İlk üç kalite kontrol parametresini sırasıyla 5.000, 0,1 ve 0,8 ile 3,5 şeklindeki varsayılan değerlerinde bırakın. Foton başına sayım değerini güncelleyin.Ortalama lokalizasyon ve hassasiyeti, lokalizasyon sayısı ile optimize etmek arasında bir denge kurmak için lokalizasyon hassasiyet eşik değerini değiştirin. Son görüntüde, verilerin ve örneğin kalitesine bağlı olarak 30 ila 50 nanometre değerleri önerilir. Rekonstrüksiyon ölçek faktörü varsayılan olarak beştir; orijinal görüntülerdeki pikselin 160 nanometre olduğu varsayıldığında, bu durum 32 nanometrelik süper çözünürlüklü pikseller oluşturacaktır.Ham görüntülerin piksel boyutu 100 nanometre ise, bu işlem 20 nanometrelik piksellere sahip süper çözünürlüklü görüntüler oluşturacaktır. Daha küçük süper çözünürlüklü pikseller elde etmek için ölçekleme faktörünü artırın. Nihai görüntüde, güncellenmiş bir süper çözünürlüklü görüntü oluşturmak için çalıştırma gözden geçirme (run reviewer) düğmesine basın.Görüntü kalitesi metriklerini görüntülemek için histogramları görüntüle düğmesine basın. Son olarak, tüm bu verileri kaydetmek için inceleyicideki görüntüyü kaydet düğmesine basın. Bu prosedüre, daha önce gösterildiği şekilde bir görüntü oluşturarak başlayın.İnceleyici ekranındaki kutu takip düğmesine basın, ardından incelenen görüntü üzerindeki referans işaretleyici (fiducial marker) üzerinde bir kutu oluşturmak için tıklayıp sürükleyin. Kutuyla belirlenen konumların görüntüleneceği yeni bir görüntü belirinceye kadar bekleyin. Eğer ilgilenilen nesne bir referans işaretleyici ise, isterseniz bu görüntüyü kaydedin.Burada olduğu gibi, önce "set anchor" düğmesine, ardından "subtract drift" düğmesine tıklayarak sürüklenme düzeltmesini gerçekleştirin. Son olarak, yeni bir STORM görüntüsü oluşturmak için tekrar "run reviewer" düğmesine tıklayın. Başarılı bir dekstrin kaplaması floresan bir tek tabaka oluşturmalıdır; tipik dekstrin verileri bu şekilde gösterilmiştir.Kırınım sınırlı görüntüler, STORM görüntüleme öncesindeki farklı dekstrin konsantrasyonlarını göstermektedir. Süper çözünürlüklü rekonstrüksiyonların piksel boyutu 25 nanometredir. 128 x 128 piksellik bir çerçeve boyutuyla 10.000 görüntü toplanmış olup, bu diziden tekil kareler gösterilmiştir.Yüksek dekstrin konsantrasyonunda, floresan tek tabaka bu görüntülerde ve video segmentinde gösterildiği gibi nispeten homojen görünmelidir. Daha düşük konsantrasyonlarda, yanıp sönmeler daha seyrek ve odakta görünecektir.Sabit lazer aydınlatması altındaki bu görüntüleme aşamasında belirgin bir arka plan gürültüsü olmadığından, yüksek yoğunluklu örnekteki 2000. kare ile 8.000. kare arasındaki karşılaştırmada gösterildiği üzere, yanıp sönme sayısı zamanla azalacaktır. Yüksek, orta ve düşük dekstrin konsantrasyonlarının süper çözünürlüklü görüntüleri arasındaki temel fark, lokalizasyon sayısının azalmasıdır. Bu grafik, her bir dekstrin konsantrasyonu için üç adet 10.000 karelik dizinin ortalamasını göstermekte olup hata çubukları standart sapmayı belirtmektedir.Ancak, ham verilerdeki floresan molekül konsantrasyonu, yanıp sönme sayısı ve lokalizasyon sayısı arasındaki bu orantılı ilişki, kare başına kabul edilen lokalizasyon sayısının gösterildiği bu grafikte görüldüğü gibi basit bir doğrusal ilişki değildir. Çok yüksek molekül yoğunluklarında 100 karelik hareketli ortalama kullanıldığında, yazılım herhangi bir örneğin görüntülemesi sırasında molekülleri başarıyla lokalize edemez. Yaygın bir sorun, floroforun ortamda yayılması nedeniyle görüntü boyunca oluşan parlak ancak odak dışı floresan pusun varlığı olabilir.Bu ayrılmış floresan moleküllerin oluşumu, anahtarlama tamponu eklemeden önce PBS ile yapılan yıkama adımlarının sayısı artırılarak önlenebilir veya bunlar uzaklaştırılabilir; ya da işlem yapılan hazneye taze anahtarlama tamponu ekleyip her görüntü dizisinden elde edilen verileri karşılaştırmak, oldukça farklı süper çözünürlüklü görüntülerle sonuçlanır. Panel C ve D, sırasıyla panel A ve B'de toplanan verilere karşılık gelen süper çözünürlüklü görüntü oluşturumlarıdır. Bu grafik, hareketli 100 kare ortalaması kullanılarak kare başına kabul edilen lokalizasyon sayısını göstermektedir.Kırmızı çizgi, arka planın yüksek olduğu fırtına dizisi A ve C'ye karşılık gelirken, mavi çizgi arka planın düşük olduğu B ve D'ye karşılık gelmektedir. Yüksek ve düşük arka plan verilerine karşılık gelen görüntüler için kabul edilen lokalizasyon sayısı ikinci grafikte gösterilmiştir. Bu üç difraksiyon sınırlı görüntü, anahtarlama tamponu eklenmesi ve storm görüntülemesi öncesinde cam yüzeye yapışmış önceden oluşturulmuş aktin filamentlerinin tipik verilerini göstermektedir.Değişken uzunlukta filamentler görülebilir. Çok parlak filamentler sıklıkla birbirine dolanmış birkaç filamentten oluşur. Edinme aşamasında, dolanmış alanlar yerine nispeten parlak tekil filamentlerin seçilmesi daha kaliteli görüntüler elde edilmesini sağlar.Filaman boyunca odak noktası parlak yanıp sönmeler görülmelidir. Edinim aşamasında ve ardından işlenen verilerde seyrek yanıp sönmeler görülmelidir. İnce, sürekli bir filaman olmalı ve kare başına yerelleştirmeler kademeli bir düşüş göstermelidir.Tipik olarak, bir filamentin yarı maksimum tam genişliği veya FWHM, ImageJ'deki çizim profili özelliği kullanılarak aktin filamentinin yakınlaştırılmış bir bölgesi üzerinden düz bir çizgi çizilmesi ve ardından Gauss uyumu yapılmasıyla çözünürlüğün ampirik bir tahmini olarak verilir. FWHM 43.2 nanometre olarak hesaplanmıştır. Bazı aktin filamentlerinin dallandığı ve/veya birbirini kestiği durumlarda, kare alt kümeleri işlenip ilk ve son 5.000 kare karşılaştırılarak bir yanlış yerleşim problemi tespit edilebilir.İlk 5.000 kare kullanılarak oluşturulan süper çözünürlüklü görüntüde farklı bir görüntü ortaya çıkar. Görüntünün ortasında birçok lokalizasyon görülmektedir. Ancak, son 5.000 kare kullanıldığında bu lokalizasyonların çok azı belirgin hale gelir ve görüntüdeki düşük lokalizasyon sayısı nedeniyle biraz kesintili olsalar da geriye sadece filamentler kalır.Çok yüksek bir yanıp sönme yoğunluğundan şüpheleniliyorsa, görüntülerin kare başına lokalizasyon verileriyle karşılaştırılması, bu sorunun ilk kare seti sırasında meydana geldiğini güçlü bir şekilde gösterebilir. Son kare setinde kare başına yaklaşık dört lokalizasyon varken, ilk setle karşılaştırıldığında kare başına ortalama lokalizasyon sayısı 10'un üzerindedir. STORM mikroskobisinde karşılaşılan bir diğer potansiyel sorun, numunenin objektif lensine göre hareket etmesiyle ortaya çıkan kaymadır (drift). Görüntüleme aşamasında tespit edilmesi çok zor olsa da kayma, veri toplama aşamasında aktin filamentleri gibi bilinen yapıların süper çözünürlüklü görüntülerinde tespit edilebilir.Yanal kaymanın meydana gelmiş olabileceğine dair ilk belirti, yapının beklenenden daha büyük olmasıdır. Örneğin, rainstorm'dan elde edilen hassasiyet sınırı verilerine kıyasla nispeten büyük bir yarı maksimum genişlik değeri ile; bu durumda 67 nanometreye karşı 90 nanometre görülmesi gibi. Kaymayı tespit etmenin daha iyi bir yolu, lokalizasyonları zamanın bir fonksiyonu olarak karşılaştırmaktır; yani, sonraki karelerdeki lokalizasyonların ilk karelerdekilere kıyasla yer değiştirip değiştirmediğine bakmaktır.Bu durum, renk koduyla gösterildiğinde aktin filamentleri örneğinde açıkça görülebilir. Panel B ve C'de gösterildiği gibi rainstorm'daki kutu takip özelliği kullanılarak, lokalizasyonlar elde edildikleri kare numarasına karşılık gelen bir renkle görüntülenir. Örneğin, edinim dizisinin başındaki lokalizasyonlar mavi, edinim dizisinin sonundaki lokalizasyonlar ise kırmızıdır.Kaymış renkler, ölçmek ve düzeltmek amacıyla kaymanın meydana geldiğini belirtir. Kayma için, 100 nanometre çapındaki floresan boncuklar referans işaretçiler olarak kullanılabilir; bir ile dört arasındaki rakamlar, kırpılmış ve yakınlaştırılmış boncukları tek tek göstermektedir. Edinme aşamasındaki 3 dakika 10 saniye boyunca yaklaşık 100 nanometrelik nispeten şiddetli bir kaymanın olduğu bir örnekte, aynı kutu takip özelliği, kaymanın gerçekleştiğini renk kodlarıyla belirtmek ve onaylamak için kullanılabilir; bu örnekteki dört boncuğun tamamı neredeyse aynı kaymayı gösterdiğinden, bunlardan birini (bu durumda ikinci boncuğu) referans olarak seçmek ve diğer boncuklardan kaymayı çıkarmak mümkündür.Panel E ile yapılan bir karşılaştırma, lateral kaymanın düzeltildiğini göstermektedir. Son olarak, epidermal büyüme faktörü ile boyanmış hela hücreleri, görüntü çözünürlüğüne gerçekçi bir örnek sunmak için kullanılabilir. Hücrelerde panel A, bazal hücre yüzeyine odaklanmış bir hela hücresinin bir kısmının difraksiyon sınırlı görüntüsünü göstermektedir; burada sarı kutular, difraksiyon sınırlı görüntüdeki belirsiz yakınlaştırılmış ilgi bölgelerinin aksine, panel B ve C'de gösterilen yakınlaştırılmış ilgi bölgelerini belirtmektedir.Süper çözünürlüklü görüntüler, kümeler ile ara sıra görülen izole tek piksellerin bir karışımını göstermelidir. Kümeler yaklaşık 100 nanometre çapında olacak ve muhtemelen oluşmakta olan çukurlara ve veziküllere karşılık gelecektir. EGF'nin ağırlıklı olarak aşağıye düzenlendiği ve endosite edildiği yol ile Panel D'deki kare başına lokalizasyon verileri Grafik G'de sunulmuştur. Bu videoyu izledikten sonra, bazı basit test örneklerinin nasıl hazırlanacağı, verilerin nasıl elde edileceği ve yüksek kaliteli STORM süper çözünürlüklü görüntülerin nasıl yeniden yapılandırılacağı konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.Bu yöntemler, kayma gibi bazı yaygın uyum hatalarından kaçınmaya ve storm işleminizi optimize etmeye yardımcı olacaktır. Çözünürlük deneylerine bakınız.

test-samples-for-optimizing-storm-super-resolution-microscopy

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Floro etiketli antikorların ardışık bağlanması ve elüsyonunu kullanarak heterojen nano yapılardaki çoklu molekülleri tek molekül doğruluğu ile görüntüleme yöntemi gösteriyoruz.

Madstorm kullanarak T hücrelerinin çok yönlü, süper çözünürlüklü görüntüsü

Bu iletişim kuralı süper çözünürlük ışık mikroskobu birleştiriliyor ve elektron mikroskobu görüntüleri taramak Zebra balığı retina üzerinde hücre altı protein yerelleştirme sonuçları elde etmek için gerekli adımları açıklar.

Bağdaşık süper çözünürlük ve elektron mikroskobu Zebra balığı Retina Protein yerelleşme gidermek için

Bu metodoloji genel amacı en iyi deneysel koşullar numune hazırlama resim alma ve yeniden yapılanma için 2D çift renk dSTORM görüntülerini mikrotübüller ve ara filamentler sabit hücrelerde gerçekleştirmek için...

Ara filamentler ve mikrotübüller 2 boyutlu doğrudan Stokastik optik imar mikroskobu ile görüntüleme

Burada Siyanobakteriler autofluorescence azaltmak için photobleaching yöntemi açıklanmaktadır. Photobleaching sonra Stokastik optik imar mikroskobu siyanobakteriyel FtsZ ringin üç boyutlu Süper çözünürlük fotoğraf elde etmek için kullanılır.

Photobleaching Cyanobacterium Prochlorococcus FtsZ ringde Süper çözünürlük görüntüleme sağlar

Çip tabanlı süper çözünürlüklü optik mikroskopi floresan mikroskobu için yeni bir yaklaşım dır ve maliyet etkinliği ve iş akışı avantajları sunuyor. Burada TIRF mikroskobu ve lokalizasyon tabanlı süper çözünürlüklü mikroskopi için çip hazırlama ve görüntüleme protokolleri gösterilmiştir.

Fotonik Çip Kullanarak Yüksek İşLeç Toplam İç Yansıma Floresansı ve Direkt Stokastik Optik Rekonstrüksiyon Mikroskobu

Bu makale, genetik kod genişlemesi (GCE) bölgesini kullanarak Salmonella salgılanan efektörlerini spesifik olarak etiketlemek ve doğrudan stokastik optik rekonstrüksiyon mikroskobu (dSTORM) kullanarak HeLa hücrelerinde salgılanan proteinlerin hücre altı lokalizasyonunu görüntülemek için basit ve açık bir protokol sunmaktadır...

Genetik Kod Genişlemesi Kullanılarak Bakteriyel Salgılanan Proteinlerin Süper Çözünürlüklü Görüntülenmesi

Bu protokol, plazma zarı proteinlerinin nano ölçekli mekânsal organizasyonunu çözmek için tek antikor etiketlemesini (SAL) tanımlar. Tek molekül düzeyinde kümülatif antikor-epitop etkileşimlerini kullanarak, membran SAL (mSAL), yerel epitop dağılımlarını haritalandırırken aynı zamanda doğal hücresel ortamda antikor bağlanma davranışını yakalar.

Tek Antikor Etiketleme Kullanarak Zar Proteinlerinin Tek Moleküllü Lokalizasyon Mikroskopisi

Bu protokol, izole Arabidopsis çekirdeklerinin tek moleküllü lokalizasyon mikroskopik görüntülemesi için verimli bir iş akışı sunar; optimize edilmiş izolasyon, fiksasyon ve etiketleme kullanılarak kromatin ve RNA Polimeraz II'nin nano ölçekli görselleştirilmesini sağlar. Bu yaklaşım, yüksek çözünürlüklü görüntüleme için diğer kromatin ilişkili proteinlere veya histon modifikasyonlarına kolayca uyarlanabilir.

Arabidopsis çekirdeklerinde tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi için sadeleştirilmiş bir protokol

Biz bakteriyel FtsZ-ring yapısal organizasyonu, hücre bölünmesi için gerekli bir aparat soruşturma için görüntüleme yöntemi bir süper-çözünürlük tarif. Bu yöntem, fotoaktive yerelleştirme mikroskobu (PALM) kantitatif görüntü analizi dayanır ve diğer bakteri sitoskeletal proteinleri ile uygulanabilir.

Bakteriyel Bölümü Makine Super çözünürlüklü Görüntüleme

Virionların yüzeye bağlanması, Süper çözünürlüklü floresan görüntüleme veya atomik kuvvet mikroskopisi (AFM) ile tek virion görüntüleme için bir gerekliliktir. Burada, VIRIONların AFM ve süper çözünürlüklü floresan görüntülemede kullanıma uygun cam yüzeylere kontrollü yapışıklık için örnek bir hazırlama yöntemi gösteriyoruz.

Tek Virion Atomik Kuvvet Mikroskopisi ve Süper Çözünürlüklü Floresan Görüntüleme için Numune Hazırlama

Öğrenin STORM süper çözünürlük mikroskopisi için test örnekleri hazırlama ve görüntüleme yöntemlerini. Bu teknik, hücre içi yapıları 30-50 nm çözünürlükte görüntülemeyi sağlar.

Optimize STORM Süper Çözünürlük Mikroskopi Testi Örnekleri

Daha fazla video keşfet