Name: Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: Keşfedin, doğal amino asitlerden peptid tersiyer amid alt monomerleri hazırlayarak katı destek üzerinde kombinatoryal kütüphane sentezleme yöntemini. Bu teknik, yüksek verimli tarama ve yeni ilaç keşfi için protein ligandları sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazarlar değerli yardım için Dr Jumpei Morimoto ve Dr Todd Doran teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma enstitünün (No1-YG-00242) bir sözleşme ile desteklenmiştir.

1.. Split-ve-havuz Synthesis Temelleri Etkili bir katı faz üzerinde bileşiklerin büyük bir sayı üretmek için, iki-ve-pool sentez genellikle genel bir strateji olarak kullanılır. Şekil 4&#39;te gösterildiği gibi, TentaGel boncuk üç porsiyon halinde birinci bölünmüş bulunmaktadır. Her bölüm, boncuklar üzerinde ilk tortu üreten, farklı bir tepkin madde ile reaksiyona sokulur. Birinci reaksiyon sonra, tüm üç bölümlerini, bir araya toplanmış karıştırılmış ve daha sonra üç kısım halinde tekrar bölünür. Her bölüm bir daha boncuklar üzerinde ikinci bir tortu üreten, farklı bir tepkin maddesi ile reaksiyona girer. Iki bölünmüş ve-havuz adımlardan sonra, dokuz bileşikler oluşturulur. Alt monomer sentezinde, boncuklar, birinci birleştirme reaktifi varlığında, farklı bromo asitlerle tepkimeye birkaç kısım ayrılır. Çözücü ile yıkandıktan sonra, her boncuklar daha sonra tekrar farklı ile tepkimeye birkaç parçaya bölünür, bir araya toplanmış ve karışık olacaktırbirincil aminlerdir. Aminasyon sonra tüm taneler bir araya toplanmış ve her bir tane üzerinde tam bir monomer tamamlayan, iyice yıkanmıştır. İstenen çeşitlilik ulaşana kadar bu işlem tekrar edilebilir. Doğal amino asitler Asit Bromid 2. Hazırlanması .. Asit bromür ve primer aminler ile aminasyon 2 (Şekil 2) 1 birleştirme: alt monomer sentezi, her monomerin sentezi iki ayrı aşamaya ayrılır. Bir peptit üçüncü derece amid sentezlemek amacıyla, alfa karbon üzerinde yan zincirleri olan bir kiral asit bromürler doğal amino asitlerden hazırlanacaktır. Burada yüksek stereo aslına uygunluk ile birlikte uygun asit bromür içine doğal bir amino asidin dönüştürme yöntemini tarif etmektedir. Biz örnek olarak alanin kullanmak; serin, treonin, aspartik asit, glutamik asit, asparagin, glutamin, glisin, valin, izolösin dahil olmak üzere diğer amino asitler, fenilalanin da benzer conditio altında bromo asitlere dönüştürülebilirns. Fenol, guanidin ve amin gibi fonksiyonel grupları olan amino asitlerin bir dönüşüm daha önce korunması gereken unutmayın. Reaksiyon, ayar, Şekil 3 &#39;de gösterilmiştir. Güvenlik Önlemleri: HBr&#39;nin, Nano 2 ve diğer korozif / toksik kimyasallar, koruyucu gözlük, laboratuvar önlüğü, ve kimyasal maddelere dayanıklı eldiven gibi uygun güvenlik ekipmanları içeren aşağıdaki reaksiyonlar ihtiyaç vardır için. Bütün reaksiyonlar tecrübeli bir kimyager tarafından, bir çeker ocak içinde yapılmalıdır. <ol><li> Bir 1 L,% 30 HBr çözeltisi hazırlamak için 630 ml% 48 HBr çözeltisi içine 370 ml su ilave edilir. Bir 1 L banyo kabı içine 500 ml etilen glikol ekleme; -10 ° C&#39;de sıcaklığı korumak için kuru buz ilave Dikkat:% 48 HBr çözelti dikkatle ele, kuvvetli asidik ve aşındırıcı olduğunu. Kullanmadan önce MSDS okuyun. </li><li> Manyetik bir karıştırma çubuğuna sahip olan bir 250 ml&#39;lik üç boyunlu yuvarlak dipli bir şişeye D-alanin (8.9 g, 0.1 mol) ve KBr (11.9 g, 0.1 mol) ilave edin. 100 ml, ve t de hazırlanan HBr% 30 eklemeo önceki adım. Adım 2.1 &#39;de hazırlanan etilen glikol banyosu içinde şişeyi koyun ve -10 ° C sıcaklıkta tutmaya Şekil 3&#39;de gösterildiği gibi, 10 dakika boyunca, şişenin tabanından, bir uzun iğne vasıtasıyla kabarcık argon. 300 rpm&#39;de bir manyetik karıştırma çubuğu ile çözüm karıştırın. </li><li> 20 ml su ile 100 ml&#39;lik bir beher içinde Nano 2 (8.28 g, 0.12 mol) içinde çözülür. Damlatma hunisi basınç dengeleme içine solüsyonu ekleyin ve bir septum ile damlatma hunisi mühür. Yavaş yavaş damlatma hunisi vana açmak ve NaNO 2 solüsyon şişesi içine bırakalım. Saniye başına yaklaşık 2 damla damlatma hızını ayarlamak için kontrol valfi. 300 rpm&#39;de karıştırmaya devam edin ve şişenin tabanından köpüren argon tutun. Tüm NaNO 2 ilave edilir kadar Şişe, -10 ° C &#39;de etilen glikol banyosu içinde tutulmalıdır. Dikkat: Bu adım NaNO 2 çözeltisinin ilave edilmesi sırasında, ısı ve gaz üretir. Damlama oranı con dikkatli olmalıkontrollü ve tüm sistem argon çıkış yoluyla açık olmalıdır. </li><li> 3 saat boyunca daha karıştırıldıktan Ol ve sıcaklık, oda sıcaklığına kadar -10 ° C ila ısınmasına izin verin. Elde edilen çözelti, açık sarı bir açık olmalıdır; rengi çok koyu ise, aşırı azot oksitleri ve reaksiyon sırasında oluşan olası Br 2 kaldırmak için vakum uygulanır. </li><li> Bir ekstre etme hunisi kullanılarak, 3x 35 mi dietil eter ile çözeltiden ürünü ekstrakte edin. Organik fazı birleştirin ve doymuş tuzlu su ile yıkayın. Organik faz, ayrıca önceki karanlık ise rengi yok etmek için tuzlu su ile yıkanması için NaHCO 3 arasında az bir miktar ile yıkanabilir. SO 4 ila 6 saat boyunca, Na 2 üzerinde organik faz kurutulur. </li><li> SO 4 Na2 filtreleyin ve vakum altında çözücüyü buharlaştırmak, ham ürün, soluk sarı bir yağ halinde elde için açık olmalıdır. Ham ürün, bir daha 115 ° C&#39;de damıtma yoluyla saflaştırılabilir, 3 mm Hg ya da by03:01 heksan ile silika kolon: etil asetat. </li><li> Saf ürün, berrak bir yağ, 6.6 g (verim% 74), yoğunluğu = 1.69 g / ml, [α] D20 = +24 ° (metanol), 4.41 (q δ 1H NMR (400 MHz, CDCI3) olarak elde edilmektedir J = 7.0 Hz, 1 H), 1.86 (d, J = 7.0 Hz, 3H). (S)-2-bromopropanoik durumunda, (d 4-L-alanin) asit-d4, saf ürün berrak bir yağ olarak elde edildi, verim% 78, yoğunluğu = 1.72 g / ml, [α] D20 = -19 ° (metanol). 1H NMR anlamlı H sinyal görülmektedir. ESI-MS - [M-1] - = 155.1 (154,97 beklenen). Için, (S)-2-bromo-4-metilpentanoik Saf ürün,% 89 verim, berrak bir yağ halinde [α] D20 = +37 ° (metanol), 1H elde edilir (aynı prosedür kullanılarak L-lösin ile hazırlanır) asidi NMR δ 4.30 (400 MHz, CDCI3) (t, J = 7.7 Hz, 1 H), 1.94 (dd, J = 10.8, 3.9 Hz, 2H), 1.81 (tt, J = 13.2, 6.5 Hz, 1 H), 0.96 (dd, J = 18.2, 6.6 Hz, 7H). (S)-2-bromo-3-phe durumundanylpropanoic asit (aynı yöntem kullanılarak L-fenilalaninden hazırlandı) saf ürün soluk sarı bir yağ olarak elde edilir, verim% 72, [α] D20 = +17 ° (metanol), 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.38 - 7.19 (m, 5H), 4.42 (dd, J = 8.1, 7.3 Hz, 1 H), 3.47 (dd, J = 14.2, 8.2 Hz, 1 H), 3.25 (dd, J = 14.2, 7.2 Hz, 1 H). </li></ol> Transaminaz alanin 3. Izotopik etiketleme Kombinatoryal kütüphane sentezi olarak, özellikle bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kütüphanelerinin iki-ve-havuz sentezinde, her bir boncuk elde edilebilir bileşik miktarı nispeten küçüktür. (Genellikle 1 pmol nmol 10). Ayrıca, kütle spektrometrisi çok yüksek olması nedeniyle duyarlılığı, nihai bileşiğin tanımlanması ve karakterizasyonu için kullanılmıştır. Nihai PTA ürünlerinin kiral merkezlerde mutlak stereo-belirlenmesi için kütle spektrometresi kullanmak için, bromo asit enantiomerleri isoto olmalıdırpically Kullanmadan önce etiketlenmiş. Burada, etiket L-alanine transaminaz ve D 2 O kullanma yöntemi tarif eder. <ol><li> 50 ml&#39;lik bir polietilen tüp içinde D 2 O 10 ml L-alanin (300 mg, 3.36 mmol) çözülür. Ko-substrat olarak α-ketoglutarat (10 mg, 0.068 mmol) ilave edin. 37 ° C&#39;ye ısıtın ve tüp, bir 1 M NaOD SOUTION kullanarak 8,5-8,7 için pL ayarlayın. Not: pD pH test şeritleri tarafından belirlenir. Geleneksel elektro pH metre H + için seçici cam elektrodu ile donatılmış verebilir yanlış D + için okuma. </li><li> , 8.7 önceki adımda hazırlanan 37 ° C çözümü - pD 8.5 (domuz kalbi, Roche Diagnostics, Indianapolis, IN 0.1 mg, EC 2.6.1.2) alanin transaminaz ekleyin. Bir 37 ° C kuluçka makinesi içinde tüp koyun ve hafif çalkalama ile gece boyunca inkübe, 10-30 rpm tercih edilir. </li><li> Gece boyunca inkübasyondan sonra, D 2 O çözeltisi 0.5 ml alır ve 1H-NMR ile reaksiyon, ilerleme kontrol edin. Bir bütün proton sinyallerilanine, δ 3.76 (q, J = 7.2 Hz, 1 H), 1.46 (d, J = 7.3 Hz, 3H), 1H NMR 400 MHz, büyük ölçüde bağlı döteryumlanma bastırılır olmalıdır. 23, daha önce tarif edildiği gibi protonun fazla% 98 döteryum için değiştirilmesi gerekir. Not: D 2 reaksiyon, büyük ölçekte gerçekleştirilir ise O, kısmen (&gt; 200 mi D 2 O) damıtma ile elde edilebilir. Normal olarak, D 2 O% 80% 60 solüsyondan damıtılabilir. </li><li> Sıvı nitrojen ile yukarıdaki çözelti dondurularak beyaz dötere L-alanin toz elde etmek üzere bir toz haline kullanarak liyofilize edilir. </li></ol> Peptoit Bağlayıcı Region 4. Sentezi Bağlayıcı bölge PTA kütüphane sentezi için gerekli değildir. Bununla birlikte, MALDI kütle spektroskopisi ve düşük molekül ağırlığı aralığı (100-600) &#39;de, yüksek bir arka plan önlemek ve bileşiklerin iyonlaşma geliştirmek amacıyla, çok sayıda polar artıkları ile bir peptoid bağlayıcı sıklıkla kullanılmaktadır. Bu lin peptoitker standart peptoid sentez prosedürü ile sentezlenebilir. (Şekil 5&#39;de gösterildiği gibi) Burada bağlayıcı olarak N-metoksietil glisin oluşan bir pentamerik halka sentez olacaktır. <ol><li> Hafif çalkalama ile 12 ml şırınga reaktör içinde, 3 saat boyunca 10 ml DMF içindeki bir bağlayıcı RAM (1 g, 0.27 mmol / g) ile 90 um TentaGel Boncukları şişirmek. </li><li> Reaktörden DMF boşaltın ve Rink amid bağlayıcısı arasındaki Fmoc grubunun korumasının kaldırılması için 10 ml% 20 piperidin DMF çözeltisi ilave edilir. 30 dakika boyunca% 20 piperidin çözeltisi ile boncuk çalkalayın. Tüm piperidin kaldırmak için DMF 5x ile yıkayın. </li><li> Şırınga bir kaç boncuk almak ve kloranil testi ile test. Fmoc başarıyla koruması kaldırılır ise Boncuk koyu kahverengi (birincil amin pozitif kloranil testi) çevirmek gerekir. </li><li> . Aşağıdaki çözümleri hazırlayın: 1, 20 ml, 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi; 2. 20 ml, 2 M DIC / DMF çözeltisi.; 3.. 10 mi, 1 M methoxylethylamine / DMF çözeltisi. </li><li> 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi 5 mlboncuklar, hafifçe sallayın. Daha sonra 5 eklemek boncuklara 2 M DIC / DMF çözeltisi mi; pistonu ile şırınga mühür ve çalkalayıcı üzerine koydu. 10 dakika boyunca çalkalayın. </li><li> DMF ile iyice boncuk yıkayın. Boncuklara aşama 4.4 hazırlanabilir 1 M metoksietilamin / DMF çözeltisi 2 ml ilave edilir. Plançer ile şırınga Seal ve 30 dakika boyunca bir karıştırıcı üzerinde sallayın. </li><li> DMF 5x ile boncuk yıkayın. Pozitif (mavi boncuk dönüş) ise, kloranil testi ile bir kaç boncuk kontrol edin, ardından bir sonraki adıma devam edin. Aksi halde, adım 4.6 tekrarlayın. </li><li> Tekrarlayın 4,5-4,7 adımları, pentamer tamamlamak için 4x. </li></ol> . (R) ile PTA Kütüphanesi&#39;nin 5 Split-ve-havuz Sentezi - ve (S)-2-bromopropionik Asitler Burada adım 4,8 boncuk 1 g kadar 9261 bileşiklerinin teorik çeşitliliği ile küçük PTA kütüphanenin sentezini tarif eder. 90 mikron TentaGel boncuk gram başına yaklaşık 2.9 milyon boncuk içerdiğini unutmayın; Bu nedenle artıklıkKütüphane 2.9 x 10 6/9261 = 312 kopya olacaktır. Biz aminasyon için (ayrıntılar için bakınız Şekil 5, A1-A7) asitleri ve 7 farklı aminler gibi (S)-etiketli bromoasetik asit, (R)-2-bromopropanoik ve izotopik-2-bromopropanoik asit-d4 kullanır. Şırınga reaktörler ve bir vakum manifoldu sentezini gerçekleştirmek için kullanılacaktır. <ol><li> Adım 4,8 şırınga DMF;: DCM 01:01 10 ml ekleme Üç 5 ml şırınga reaktörlere eşit hepsi 1 g boncuk bölmek için kesilmiş bir pipet ile 1.000 ul pipet kullanın. ((S)-2-bromopropanoik asit-d4) B (bromoasetik asit), R ((R)-2-bromopropanoik) ve S olarak etiketleyin. DCM 3x 3 şırınga yıkayın ve susuz THF 3x ile R ve S ile etiketlenmiş şırıngalar yıkama, DMF 3x B ile işaretlenmiş şırınga yıkayın. </li><li> Şırınga R ve S. Bromopropanoik asit BTC kavrama. <ol><li> Taze BTC / THF çözeltisi hazırlayın. Bir eklemepproximately bir çeker ocak içinde bir şişe içine BTC 200 mg, kapaklı mühür. Şişede BTC miktarı tartılır. Gerekli çözücü miktarını hesaplayın ve 20 mg / ml BTC / THF solüsyon yapmak için, şişeye susuz THF ilave edin. </li><li> Bromo asitler / BTC karışım hazırlayın. (R)-2-bromopropanoik asit (89 ul, 0.95 mmol) ilave edin ve (S)-2-bromopropanoik ayrı ayrı iki küçük şişeler içinde asit-d4 (89 ul, 0.95 mmol) eklenmiştir. Her bir şişeye, yukarıda belirtilen 20 mg / ml BTC / THF çözeltisi 5 ml ekleyin. Iki şişeleri Seal ve 20 dakika boyunca -20 ° C derin dondurucuya koyun. </li><li> Ayrı ayrı R ve S şırınga için 1.125 ul, 2:1 THF / DIPEA (750 ul THF, 375 ul DIPEA, 2.2 mmol) ilave edin. Pipet ucu ile boncuk karıştırın. Onlara 5 dakika boyunca bekletin. </li><li> Iki aşama 5.2.2 ikinci bromo asitler / BTC karışımları soğutuldu al her şişelerine 2,4,6-trimetilpiridin (356 ul, 2.7 mmol) ekleyin. Beyaz çökeltiler hemen meydana gelir. Doğrudan ilgili süspansiyonunuen kısa sürede ve daha sonra 2 saat boyunca 120 rpm&#39;de sallamak altında bir karıştırıcı üzerine koyun bazlaştınldı boncuklar (aşama 5.2.3 şırınga R ve S). Not: şırınga reaktörlerde Çözelti, reaksiyonun tamamı sırasında bir soluk sarı süspansiyon olmalıdır. Bir koyu bir renk asit klorür çözeltisinin ilave edilmesi sırasında, ilk serbest aşırı ısı bir göstergesidir. Bu da soğuma çözülebilir veya bromo asitler / BTC karışımını seyreltmek olabilir. </li></ol></li><li> Şırınga B. , DIC Bromoasetik asit birleştirme <ol><li> Taze 20 ml, 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi hazırlayın. 20 ml, 2 M DIC / DMF çözeltisi hazırlayın. </li><li> 2 M bromoasetık asit / DMF ml B şırınga 2 eklemek, hafifçe sallayın. 2 M DIC / DMF ml B şırınga 2 eklemek, hafifçe sallayın. </li><li> Şırınga R ve S ile aynı karıştırıcı üzerinde şırınga B koyun </strong&gt;, 2 saat için sallayın. Bromoasetik asit / DIC birleştirme reaksiyonu, 30 dakika içinde yapılır dikkat edin; uzun reaksiyon süresi bölünmüş ve-havuz sentez kolaylık içindir. </li></ol></li><li> 2 saat sonra, sallantýyý şırınga R, S ve B alır. DCM 5x ile iyice üç şırınga yıkayın. Daha sonra DMF 5x ile yıkayın. Bu şırınga R ve S, birinci, DCM ya da THF ile yıkanmadan önce, DMF ile yıkandı edilemez edin. </li><li> Havuz şırınga R, S ve B&#39;den her boncuk bir 12 ml şırınga reaktöre. DMF 5x tüm boncuk yıkayın. </li><li> Şırınga DMF;: DCM 01:01 10 ml ekleme , 7 ayrı 2 ml şırınga içine eşit tüm boncuklar bölünmüş A1-A7 olarak etiketlemek için kesilmiş bir pipet ile 1.000 ul pipet kullanın. </li><li> Aminasyon. 10 ml, Şekil 5&#39;te listelenen aminler 7 her biri için 2 M birincil amin / DMF solüsyonları hazırlayın. EAC 5 mLkarşılık gelen şırınga A1-A7 h amin çözeltisi. Bir gece boyunca çalkalama ile 60 ° C kuluçka makinesi içinde 7 şırınga inkübe edin. </li><li> İnkübasyondan sonra, DMF ile iyice her boncuk yıkayın. Her şırınga boncuk birkaç alın ve kloranil testi ile kontrol edin. Boncuklar 3 dakika içinde yeşil (pozitif) açarsanız, bir sonraki adıma geçin. Negatif ise, negatif şırıngalar için adım 5.7 tekrarlayın. </li><li> Tekrar trimerini tamamlamak için 5.1 2x 5.8 için yineleyin. İsteğe bağlı adım: Her döngüsünden sonra, aşağıda açıklandığı gibi kütle spektroskopisi tarafından sentez kalitesini kontrol etmenizi öneririz. Tüm bileşikler, hemen 9261 OBOC kütüphanesi olarak TentaGel taneleri üzerinde sentezlenir. </li><li> PTA kütle spektroskopik onay. PTAs oldukça yapılandırılmış oligomerleri ve N-metillenmiş peptidlerin birçok ortak özelliklere sahiptir. N-metillenmiş peptidler katı faz sentezi ortak sorunlarından biri, TFA bölünmesi sırasında asit kayıplardır. Asit bozulmalarını, siklosporin gibi moleküllerinin bölünmesini engellemek için ikinciKatı destek, genellikle düşük sıcaklık altında gerçekleştirilir. Bu katı destekten farklı PTA moleküllerinin parçalanması için çeşitli parçalama koşulları karşılaştırdık. Biz genellikle, düşük sıcaklık ve düşük TFA konsantrasyon etkili asit bozulmasını bastırmak ve saf bileşikler sağlayabilir, bulundu. <ol><li> 10 ml, 15 ml bir tüp içinde 1:01 TFA / DCM çözeltisi hazırlayın. Tüpü kapatın ve 20 dakika boyunca -20 ° C dondurucuda koydu. </li><li> DCM 5x ile yarılır gereken boncuk yıkayın. 15 dakika boyunca DCM içinde boncuk çalkalanır ve DCM ile tekrar 5x boncuk yıkayın. </li><li> Şırıngadan DCM boşaltın. Oyuk başına 96 oyuklu bir plaka, bir boncuk halinde, her bir boncuk aktarmak için kesik ucu bir ışık mikroskobu ve bir pipet kullanın. </li><li> Örtücü bir kılıfla 96 oyuklu plaka örtün. 15 dakika süre ile, -20 ° C dondurucu içinde plaka koyun. </li><li> Adım 5.10.1 gelen soğutulmuş 01:01 TFA / DCM çözeltisi alın ve bir boncuk içeren bölümlerinin her birine 20 ul ekle. Sırt ve pu kapak kayma koyunt -20 ° C buzdolabında bir çalkalayıcı üzerinde 96 oyuklu plaka. </li><li> 20 dakika boyunca çalkalayın. Çıkış 96-iyi plaka almak ve kapak kayma soyulabilir. Püskürtmeli kuru üzerine hava ya da argon üfleme her kuyudan TFA / DCM. 10&#39;dan fazla boncuk ayrılmaktadır ise, SpeedVac bütün plakadan TFA / DCM kurutmak için kullanılabilir. Bu noktada, tüm bileşiklerin boncuklar kesilir, ancak bileşikler yarılmış kütle spektroskopisi analizi gerçekleştirmek için yeterince fazla olması gerektiğine dikkat edin. </li><li> H 2 O çözeltisi, her kuyudan yarılmış bileşikleri eritmek için: 20 ul 6:04 ACN ekleyin. Birlikte MALDI plaka üzerinde 0.6 ul CHCA MALDI matris her bileşik çözeltisi, 0.6 ul nokta. </li><li> Her bir bileşiğin molekül ağırlığı ve sırasını (MS / MS) tespit etmek üzere MALDI kütle spektrometresi kullanarak. </li></ol></li></ol> 6.. Kloranil Testi <ol><li> Her bir test için aşağıdaki reaktifler Taze hazırlayın. Çözelti A:% 2 Kloranil (CAS: 118-75-2) DMF. ÇözümB:% 2 asetaldehid (CAS: 75-07-0), DMF. </li><li> Bir 1.5 ml bir tüp içinde test öncesi çözelti B, 100 ul çözelti A, 100 ul karıştırın; boncuk bırakın ve hafifçe sallayın. Boncuklar 5 dakika içinde maviye döner, bu boncukların yüzeyinde ikincil amin varlığını gösterir. Birincil aminler yerine Mavileşmeye koyu kahverengi bir renk verir. </li></ol>

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

Yazarlar, hiçbir rakip mali çıkarlarını olmadığını beyan ederim.

Peptid üçüncül amidler (PTAs) peptidomimetik oligomerlerin bir süper ailesidir. Iyi çalışılmış peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptitlerin yanı sıra, bu aile içinde bileşiklerin büyük bir kısmı büyük oranda nedeniyle genel olarak N-alkile peptidler ulaşmak için sentetik yöntemin eksikliği, ilgili yeterli kalmaktadır. Burada amino asitlerden türetilen kapsamındaki şiral yapı birimleri ile PTA sentezlenmesi için etkili bir yöntem tarif eder. Daha önce, PTA moleküllerin 23 sentezi kitaplıklarına yeni bir ...

Peptidomimetikler, doğal peptidlerin yapısını taklit eden bileşiklerdir. Bunlar, proteoliz 1-3 karşı hücre geçirgenliği ve stabilitesi de dahil olmak üzere, doğal peptidler ile ilişkili problemlerin bazılarının üstesinden ise biyoaktiviyeyi korumak için tasarlanmıştır. Nedeniyle bu bileşiklerin oligomerik doğası, geniş sentetik kütüphaneler kolayca monomerik ya da alt-tek moleküllü sentetik yollar 4-7 üzerinden erişilebilir. Peptidomimetiklerin en çok çalışılan sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler bir alt monomer strateji 8, 9 ile kolayca sentezlenebilir N-alkillenmiş glisin oligomerleridir. Birçok yararlı protein ligandlan başarılı bir şekilde protein hedefleri 1, 10-14 karşı geniş sentetik peptoid kütüphanelerinin taranması ikinci tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoit kütüphanelerden tanımlanan &quot;hit&quot; nadiren protein hedefleri 1,10-14,22 karşı çok yüksek bir yakınlık arşiv. Bir mamajör peptoidler ve doğal peptidler arasındaki fark peptoidler en kaynaklanmaktadır şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar olmadığı için sekonder yapı oluşturmak üzere yeteneğinden yoksun olmasıdır. Bu sorunu çözmek amacıyla, birden çok stratejileri büyük ölçüde ana zincir nitrojen atomu 15-22 üzerinde yer alan yan zincirlerinin modifikasyonu odaklanarak, son on yıl içinde geliştirilmiştir. Son zamanlarda, peptid üçüncül amidler 23 oluşturmak için bir peptoid omurgası üzerine doğal bir amino asit yan zincirlerine katılması için bir yeni bir sentetik yol geliştirdik. Peptid üçüncül amidler (PTAs) kapsamaktadır fakat peptidler (R 2 = H), peptoidler (R1 = H) ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir (R1 ≠ H, R2 = Me) . Bizim sentetik yol doğal olarak üzerinde kiralliği ve yan zincirlerinin kaynağı olarak oluşmayan amino asitler uygulama (Bakınız Şekil 1)45,-C-ve N-yer değiştirmeli sağlamak için ticari olarak temin edilebilen birincil aminlerdir. Bu nedenle, basit peptitler, peptoidler veya N-metillenmiş peptidlerin daha büyük bir kimyasal boşluk keşfedilebilir. Dairesel çift taraflı spektra PTA bu moleküllerin yüksek çözelti içinde yapılandırılmıştır göstermiştir. PTA-protein komplekslerinden biri karakterizasyonu açıkça PTA yapısal kısıtlamalar bağlanma için gerekli olduğunu göstermektedir. Son zamanlarda, daha da PTA moleküllerin bazıları peptoid ve peptit göre daha gelişmiş hücre geçirgenliğini sahip olduğunu keşfettiler. Biz bu PTA kütüphaneler protein hedefleri için yüksek afinite ligandları iyi bir kaynak olabilir inanıyoruz. Bu çalışmada, bir numunenin, bu bileşiklerin bağlanması ve ayrılması için bazı gelişmiş koşulları ile birlikte ayrıntılı olarak bir boncuk bir-bileşik (OBOC) PTA kütüphane sentezini tartışılacaktır.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimetilpiridin</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS: 108-75-8</td></tr><tr><td>2-morfolinoetanamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS: 2038-03-1 ve nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>% 48 HBr su çözeltisi</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS: 10035-10-6</td></tr><tr><td>Asetaldehit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>402788</td><td>CAS: 75-07-0&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Asetonitril</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS: 75-05-8</td></tr><tr><td>Susuz tetrahidrofuran (THF)</td> <td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS: 109-99-9</td></tr><tr><td>benzilamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS: 100-46-9</td></tr><tr><td>bis (Triklorometil) karbonat (BTC)</td> <td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS: 32315-10-9</td></tr><tr><td>Bromoasetik asit</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>Kloranil</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS:118-75-2</td></tr><tr><td>Sikloheksanetimamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS:3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>Cambridge İzotop</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS:7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanin</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS:338-69-2</td></tr><tr><td>Diklorometan (DCM)</td><td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS: 75-09-2</td></tr><tr><td>Dimetilformamid (DMF)</td> <td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS: 68-12-2</td></tr><tr><td>Etilen glikol</td><td>Meşe Ağacı</td><td>44710</td><td>CAS: 107-21-1</td></tr><tr><td>İzopentilamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS: 107-85-7</td></tr><tr><td>KBr ACROS</td><td></td><td>424070025</td><td>CAS: 7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanin</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-Metoksipropilamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS:5332-73-0</td></tr><tr><td>2-Metoksietilamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS:109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-Aminopropil)-2-pirolidinon</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>136565</td><td>CAS:7663-77-6&nbsp;</td></tr><tr><td>N, N'-Diizopropilkarbodiimid (DIC)</td> <td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS: 693-13-0</td></tr><tr><td>N, N-Diizopropiletilamin (DIPEA)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS: 7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO < alt > 2 < / alt ></td> <td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS: 7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD suda% 40 çözelti</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS: 7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidin</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS: 110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonilamin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS: 2620-50-0</td></tr><tr><td>Propilen</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS: 107-10-8</td></tr><tr><td>Trifloroasetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>299537</td><td>CAS: 76-05-1</td></tr> <tr><td>ve alfa; -Siyano-4-hidroksisinnamik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS: 28166-41-8 &nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>&alpha;-Ketoglutarat</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS:328-50-7</td></tr><tr><td>RINK bağlayıcılı Tentagel Reçine</td><td>Rapp-Polimer</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Alanin transaminaz</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: Glutamat-Piruvat Transaminaz (GPT)</td></tr> <tr><td>İnkübatörü</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>MALDI kütle spektrometresi</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Liyofilizatör</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis tezgah üstü K</td><td></td></tr><tr><td>Şırınga reaktörü</td><td>INTAVIS</td><td>Reaksiyon Kolonu</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Vakum manifoldu</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

split-ve-havuz sentezi ve peptit tersiyer amid kütüphanesi karakterizasyonu

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics protein ligandların büyük kaynaklarıdır. Bu bileşiklerin yapısı oligomerik kombinasyon kimyası kullanılarak katı faz üzerinde büyük bir sentetik kütüphaneler erişim sağlamaktadır. Peptidomimetiklerin en iyi okudu sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler sentez kolaydır ve proteolize dirençli ve hücre-geçirgen olduğu gösterilmiştir. Geçtiğimiz on yıl içinde, birçok yararlı protein ligandlar peptoit kütüphanelerin tarama yoluyla tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoid kütüphanelerden tespit ligandların en nadir istisnalar dışında, yüksek afinite gösteren yoktur. Bu peptoid moleküllerin şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar eksikliği, kısmen, bağlı olabilir. Son zamanlarda, biz peptid üçüncül amidler (PTAs) erişmek için yeni bir sentetik rota nitelendirdi. PTAs arasında, ancak peptidler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Α-karbon ve nitrojen atomları ana zincir her iki yan zincirleri ile,Bu moleküllerin yapı büyük ölçüde sterik engel ve Alilik 1,3 zorlanma tarafından kısıtlanır. (Şekil 1) Bu çalışma, bu moleküllerin yüksek PTA çözeltisi içinde yapılandırılmıştır ve protein ligandları belirlemek için kullanılabileceğini göstermektedir. Biz, bu moleküllerin yüksek afiniteli bir protein ligandlan, gelecekteki bir kaynak olabilir inanıyoruz. Burada bir örnek PTA bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kitaplığı sentezlemek için iki-ve-havuzu ve alt monomer stratejilerinin her ikisi de gücünü birleştirerek sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Burada bağlayıcı ile bir PTA trimer üç temsil MALDI spektrumlarını göstermektedir. Şekil 6A&#39;da gösterildiği gibi,% 50 TFA / DCM çözeltisi kullanılarak oda sıcaklığında ayrıldı zaman, önemli bir bozulma gözlenir. Şekil 6A&#39;da, 593 ve tepe 484, bütün molekül başarılı bir kordon üzerinde sentezlenen ancak bölünme sırasında bozulmuş olduğunu göstermektedir, sırası ile, bağlayıcı ve PTA trimer karşılık gelir. Yukarıda tarif edildiği gibi düşük sıcaklık koşulları altında ayrıldı, <stro...

Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

Bu prosedürün genel amacı, peptid tersiyer amid veya PTA birimleri içeren kombinatoryal kütüphanelerin nasıl sentezleneceğini göstermektir. Bu işlem, öncelikle doğal amino asitlerden bir PTA alt monomeri hazırlanarak gerçekleştirilir. İkinci adım ise katı bir destek üzerinde peptid bağlayıcı bölgesinin sentezlenmesidir.Ardından, PTA ve peptit alt birimleri içeren kombinatoryal bir kütüphane sentezlenir. Son adım, sentezin kalitesini doğrulamak amacıyla sentezlenen kütüphanenin karakterize edilmesidir. Nihayetinde, konformasyonel olarak kısıtlanmış PTA alt birimleri içeren kombinatoryal bir kütüphane sentezlenmiş olur ve böyle bir kütüphane, protein ligandları sağlamak ve yeni ilaç keşiflerine yol açmak için yüksek kapasiteli tarama amacıyla kullanılabilir.Bu makaleye konu olan kimya, daha önce üzerinde çalıştığımız bazı peptidlerden ve diğer maddelerden çok daha sert moleküller bulma çabasıyla geliştirilmiştir. Buradaki temel fikir, daha sert moleküllerden oluşan kütüphaneler belirlenirse, bunların protein hedeflerine çok daha yüksek afinitelerle bağlanacağıdır; bunun, gelecekte ilaçlar ve hatta ilgi çekici prob molekülleri geliştirmeye çalışırken çok önemli olduğunu düşündük. PTA

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Peptoids çoğu laboratuarlarda kolayca sentezlenebilir sağlayan temel ekipman ve piyasada bulunan reaktifler içeren basit ve genel bir manuel peptoid sentez yöntemi özetlenmiştir. Amfifilik peptoid 36mer sentezi, saflaştırma ve karakterizasyonu yanı sıra, yüksek sıralı nanosheets olarak kendi montaj olarak açıklanmıştır.

Yüksek Sıralı Nanosheets Peptoid Polimerler ve Self-Meclis Solid-faz Submonomer Sentezi

Bir HMBA reçineden Yarılma Prosedürü: "emniyet yakalamak" kullanılarak, bir fonksiyonlandırılmış bis-peptit trimerininkinden verimli bir katı-faz peptid sentezi açıklanmaktadır.

Bir Fonksiyonlu Bis-Peptid Katı Faz Sentezi Metodolojisi &quot;Güvenlik&quot; Catch Kullanımı

Aynı dizide karışık katyonik işlevselliğe sahip peptoidleri sentezlemek için bir protokol sunulmuştur (lizin ve arginin tipi monomerler). Bu bileşiklerin, kutanöz leishmaniasis'e neden olan protozoan parazitler olan Leishmania mexicana'ya karşı daha sonraki testleri de açıklanmaktadır.

Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem

Bu kağıt malzemelerin ve monosit hedefleme peptid Amfifil micelles içeren bir yöntem sunar ve Biyouyumluluk ve monosit için bağlamak için micelle yeteneğini sınamak için ilgili deneyleri.

Monosit hedefleme peptid Amfifil Micelles için düşsel ateroskleroz sentezi

Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

Helisel peptidler sülfür hayvan zinciri fotoğraf kaynaklı thiol-KD/thiol-yne hydrothiolation kullanarak thioether/vinil inşası için bir iletişim kuralı mevcut.

Thioether/vinil sülfür-gergin helisel peptidler fotoğraf yolu ile indüklenen Thiol-KD/yne Hydrothiolation oluşturmak

Polyamine tabanlı peptid amphiphiles (PPAs) sentezi gruplar bu reaktif işlevler maske korumanın akılcı kullanımı gerektiren birden çok Amin nitrogens, varlığı nedeniyle önemli bir sorundur. Bu yazıda, bu yeni sınıf kendi kendine montaj moleküllerin hazırlanması için facile yöntemi açıklanmaktadır.

Polyamine tabanlı peptid Amphiphiles (PPAs) ve ilgili Biyomalzeme kendi kendine montaj sentezi için facile iletişim kuralı

1,2-dithiolane sentezi için bir protokol peptid ve peptid kendinden montajlı kaynaklanan supramolecular yapıları karakterizasyonu değiştiren.

1,2-Dithiolane malzemelerin ve kendi kendine montaj peptidler değiştirilme tarihi

Sistein-zengin peptidler onların disülfür bağlantısı bağlı olarak farklı üç boyutlu yapılar içine katlayın. Arabellek oksidasyon istenen disülfür bağlantı yol değil tek tek disülfit izomerler hedeflenen sentezi gereklidir. Protokol ile 3 disülfür bağ peptidler ve NMR ve MS/MS çalışmaları kullanarak onların yapısal analiz sentez seçici fırsatlar.

Sentez ve μ-Conotoxin PIIIA izomerler farklı disülfür Connectivities ile yapı belirlenmesi

Bir protokol bilgi kodlanmış peptoid oligomers sentezi için ve dinamik kovalent reaktan çiftleri ve Lewis asidik nadir toprak olarak aminler ve aldehitler kullanarak moleküler merdivenler içine bu peptoidlerin dizi yönelimli kendini montaj için sunulmaktadır metal çok rol reaktifler olarak triflates.

Bilgi taşıyan Peptoidlerin sentezi ve Dizi yönelimli Dinamik Kovalent Öz-montaj

Bu protokol, sistein ve metiyonin arasındaki bisalkilasyon yoluyla siklik peptitlerin sentezini ve propargil sülfonyum merkezi tarafından tetiklenen fakil tiol-yne reaksiyonunu sunar.

On-Tether Sülfonyum Merkezi Kullanarak Döngüsel Peptitlerin Oluşturulması

Keşfedin, doğal amino asitlerden peptid tersiyer amid alt monomerleri hazırlayarak katı destek üzerinde kombinatoryal kütüphane sentezleme yöntemini. Bu teknik, yüksek verimli tarama ve yeni ilaç keşfi için protein ligandları sağlar.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Daha fazla video keşfet