Name: Analizi Yersinia enterocolitica Efektör Translokasyon Beta-laktamaz Effector Fusions kullanma (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-10-13T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 23 s
Description: Öğrenin beta-laktamaz füzyon analizi ile Yersinia efektör translokasyonunu ölçme yöntemini. Lazer taramalı mikroskopi ve FRET raportörü kullanarak bakteri virülans mekanizmalarını inceleyin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

FRET edinimi niceleme algoritmasını sağladığı için Dr. Antonio Virgilio Failla'ya ve pMK-bla ve pMK-ova yapılarını sağladığı için Erwin Bohn'a teşekkür ederiz.

1. Tepe Emisyon ve Çapraz-talk Tayini (Ayrıca Bakınız Şekil 2) <ol><li> Emisyon tepe ve verici arasındaki çapraz konuşma (kumarin türevi V450) ve akseptör (fluorescein), boyalar miktarını belirlemek 405 nm eksitasyon bireysel fluorophores hem ile etiketlenmiş hücrelerin spektral tarama işlemi gerçekleştirmek için. </li><li> Verici ve alıcı kanalları (buradan 455-465 nm ve 525-535 nm) için kullanılacak olan her bir boyadaki zirve içinde 10 nm bant genişliği belirler. Dalga boyu üzerinde normalleştirilmiş yoğunluğu arsa ve alıcı kanalı ve tersi (Şekil 2) donör boya çapraz konuşma ortalama yüzdesini hesaplamak. </li></ol> Y&#39;nin 2. Hazırlık Hücre Kültürü Enfeksiyon için enterocolitica Suşları <ol><li> Aşağıdaki suşları kullanın: WA-314 PMK-ova ve (WA-314 17 PMK-bla ve PMK-ova 17, sırasıyla plazmidler ile transforme) WA-314ΔYopE PMK-bla (WA-) 17 314ΔYopE plazmid ile transforme PMK&#39;yi-bla </li><li> Enfeksiyon çizgi Y. önce en az iki gün enterocolitica suşları WA-314 PMK-ova, WA-314 PMK-bla ve WA-314ΔE WA-314 PMK-bla ve WA-314 PMK-ova için (kanamisin gerekli antibiyotikleri içeren LB-agar plakaları üzerinde hisse senedi kriyo gelen PMK-bla ; kanamisin ve WA-314ΔE PMK-bla için tetrasiklin) ve 27 ° C&#39;de O / N büyür. Daha sonra bir haftaya kadar 4 ° C plakaları tutun. </li><li> Enfeksiyondan bir gün önce, ilgili suşlarının bir koloni ile istenen antibiyotik içeren LB-ortamı içinde 3 ml inoküle ve 180 rpm&#39;de bir çalkalama 27 ° C &#39;de O / N inkübe edin. </li><li> Enfeksiyonun günde antibiyotikler olmadan, taze LB-ortamı içinde 40 ml O / N kültürünün 2 ml&#39;sini aşılamak ve tip III sekresyon sisteminde ekspresyonunu indüklemek için 180 rpm&#39;de bir çalkalayıcıda olmak üzere 37 ° C &#39;de 90 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> Uygun bir tüp içine kültürleri aktarın ve C buz üzerinde veya 4 ° kültürleri tutmakbundan sonra. 5000 xg ve 4 ° C&#39;de 10 dakika boyunca kültürler santrifüj. </li><li> Buz 2-3 ml soğuk PBS bakteriyel pelletini. Bir spektrofotometre kullanılarak, 8 x 10 8 cfu / ml&#39;lik bir konsantrasyona kadar bakteri süspansiyonu ile seyreltilir. Ayrı ayrı ilgili optik yoğunluk belirlenir. HeLa hücrelerini enfekte kadar buz üzerinde bu süspansiyon tutun. </li></ol> 3. Kaplama HeLa Hücreleri <ol><li> 96 gözlü bir levhanın gözleri içinde% 10 ısı ile inaktive edilmiş fetal dana serumu (FCS) ihtiva eden ve 37 ° C&#39;de bir% 5 CO2 inkübatörü içinde yetiştirmek 200 ul DMEM içinde bir gün enfeksiyon tohum önce 1.5 x 10 4 hücre HeLa hücreleri. Her bir suş (üç farklı inkübasyon kez) üç kuyu Seed. </li></ol> 4. HeLa Hücreleri Enfeksiyon ve CCF4 ile yükleme <ol><li> Orta bakteriyel süspansiyon 3.5 ul ekleyerek HeLa hücreleri enfekte ve nazikçe orta kez pipetleme karıştırın. Bakteriler üzerinde çökelmesi için izin verHücre başına yaklaşık olarak 100 bakteri MOI (enfeksiyon kısmı) hücrelere. Bir zaman süreci için -90 dakikada, -60 dakika ve -30 dakikada enfeksiyonları başlatmak ve ortak bir uç noktası elde etmek için 0 dakika kadar bir% 5 CO2 inkübatöründe 37 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> İnkübasyon tamamlandıktan sonra, dikkatli bir şekilde HeLa hücreleri çıkarmadan orta aspire ve CCF4 ihracat azaltmak için efektör ve 2.5 mM probenesid ekspresyonunu durdurmak için 20 ug / ml kloramfenikol içeren PBS 50 ul ekle. </li><li> Bu noktada, bir mikroskop kademesine 96 oyuklu plaka transfer ve de her biri daha sonraki analizler için uygun noktalar tanımlar. 10 dakika içinde bu adımı tamamlayın (edinim ayrıntıları için bakınız bölüm 5.1). </li><li> Ortalama de, 20 içeren CCF4 / AM yükleme çözeltisi (0.24 ul çözelti A, 1.2 ul çözelti B, 70 ul, 18.56 ul çözelti C (çözelti A, B, ve C CCF4 / AM yükleme kiti içinde temin) ve 50 ul PBS (ekleme Çok p kullanılarak ug / ml kloramfenikol ve 2.5 mM probenesid)ipette oda sıcaklığında 5 dakika inkübe vb. Şimdi çalışma kesintisiz itibaren. </li><li> Yükleme solüsyonu aspire ve çok pipet kullanılarak 20 ug / ml kloramfenikol ve 2.5 mM probenesit içeren 100 ul PBS ilave edin. Sonra hızla mikroskop aşamaya 96 plaka aktarmak ve yükleme çözümünün aspirasyonu 10 dakika içinde alımı başlatabilirsiniz. </li></ol> 5. Lazer Tarama Mikroskopi ve Veri Analizi <ol><li> Görüntü edinimi <ol><li> Fototoksisite, Photobleaching ve çapraz uyarma toplam foton sayısını en üst düzeye çıkarmak ve en aza indirmek için bir şekilde görüntüleme koşullarını ayarlayın. <ol><li> Modern bir konfokal lazer tarama mikroskobu, aynı anda aktif donör ve alıcı kanalları, 8 bit derinliği ile yüksek hassasiyet GaAsP-dedektörleri seçin 2.5 Airy birimlerinin (yani, geniş optik kesit) detektör iğne deliği açmak, 20X yüksek sayısal açıklık daldırma objektif kullanın ~ 750 nm piksel boyutu, 3 kat çerçeve ortalama ve Excit405 nm diyot lazer% 10 e. </li><li> Doğru miktar aynı değere her iki kanal dedektör kazancını ayarlamak sağlamak ve herhangi doymuş piksel önlemek için. Not: Burada kazançları% 150 kuruldu. </li></ol></li><li> 1 ml şırınga ile, örneğin kuyu dibine batırma orta yayarak sürekli daldırma emin olun ve herhangi bir hava kabarcığı yakalama kaçının. </li><li> Iletilen ışık etkinleştirin ve her kuyuda bir görüş temsilcisi alanını bulmak. Bir doğru kalibre otomatik sahne kullanın ve yazılımı konumunu işaretleyin. </li><li> Boyama için plakasının sökülmesinden sonra, (bölüm 4.3) plaka takın ve fokal sürüklenme önlemek için üst kısmında bir ağırlık ilave. Lazer tarama modu ile kaydedilen pozisyonları gözden geçirin ve düzgün odaklama ve yanal konumunu ayarlamak. </li><li> 2 saat kadar, 2 dakika süre zaman atlamalı ayarlayın ve alımı başlatabilirsiniz. </li></ol></li><li> Resim miktar (örneğin Bitplane Y verilecek) bu tür IMARIS gibidir <ol><li> Piksel matrislerin aritmetik hesaplamaları izin veren yazılım içine veri kümesi aktarın. Sürükleyip bağışçı ve yazılım simgesine alıcı kanalı hem de içeren kaynak dosya bırakarak bunu yapın. </li><li> Aynı ofset kullanarak her iki kanallarda arka plan çıkarın. Bunu yapmak için, Menü&#39;yü tıklatın ve sonra Görüntü tıklayın&gt; İşleme&gt; Baseline Çıkarma. Her kanalı seçin ve bazal değeri girin. </li><li> Yeni bir kanal oluşturarak, önceden belirlenmiş düzeltme faktörü f (1.1 bakınız) ile alıcı kanalı (CH2) içine donör kanalı (Ch1) ve boşaltma-through düzeltin: Ch2 &#39;= CH2 - Ch1 * f Not: verici kanalı içine alıcı bir boşaltma yoluyla gürültü seviyesi üzerinde tespit edilememiştir. <ol><li> Menü&gt; Görüntü İşleme&gt; Kanal Arithmetics tıklayın ve butonu abs (CH2- (ch1 * 0.33)). Daha sonra Menü&gt; Düzenle&gt; Kanallar Sil&#39;i tıklatarak Kanal 2 silin. Emin olunkanamaya-yoluyla düzeltilmiş alıcı kanalı olarak kalır yeni Kanal 2. İsteğe bağlı: Menü&gt; Düzenle&gt; Görüntü Özellikleri giderek orijinal rengine gri kanal rengini değiştirin. Channel 4&gt; Haritalı Renk&gt; Temel Rengi seçip yeşil, örneğin değiştirin. </li></ol></li><li> Göreceli FRET katsayısını belirlemek için aşağıdaki işlemi ile yeni bir kanal oluşturun: = CH3 Ch2 &#39;/ (Ch1 + CH2&#39;), <ol><li> Menü&gt; Görüntü İşleme&gt; Kanal Aritmetik gidin ve ./ (CH1 + CH2) CH2 girin </li></ol></li><li> 8 bit görüntüde FRET kanalının uygun görünüm için, dördüncü kanal oluşturmak: Ch4 = 255 * Ch3 <ol><li> Menü&gt; Görüntü İşleme&gt; Kanal Aritmetik gidin ve 255 * CH3 girin. Menü&gt; Düzenle&gt; Görüntü Özellikleri giderek kanal rengini değiştirin. Channel 4&gt; Haritalı Renk&gt; Renk Tablosu Dosya&gt; Jet seçin. </li></ol></li><li> Kanallar CH3 ve Ch4 tha bir 3x3 medyan filtre uygulamakt görüntüler gürültüyü azaltır. Bunu yapmak için, Menü&gt; Görüntü İşleme&gt; Düzleştirici&gt; Medyan Filtre tıklayın. Her iki kanal seçin ve bir filtre boyutu &quot;3x3x1&quot; uygulanacaktır. </li><li> Hücresel sinyal ölçümü için doğru ofset ayarlayarak Ch4 hücrelerin tespit etmek ve çok küçük yapılar dahil büyüklük olarak yapı filtre. <ol><li> Seçin Görünüm Aşan ve simgesi &quot;Yeni Yüzey Ekle&quot; düğmesine tıklayın. Yüzey penceresinde algılama algoritma parametreleri tanımlayın. Daha hızlı işlem için, iki onay kutularını &quot;Segment İlgi sadece Bölge&quot; ve &quot;nihayet Süreç tüm Image&quot; etkinleştirin. Boyutlarını düzenleyerek ilgi bölgeyi tanımlamak. </li><li> Kaynak kanalı olarak Kanal 4 seçip eşik&gt; Arka Plan Çıkarma (Yerel Kontrast) tarafından eşiğini ayarlamak ve 10 um çapı ayarlayın. Maksimum intensi elle 0&#39;a asgari yoğunluk eşiğini ve maksimum eşik ayarlamakty. Alana göre yapılarını Filtre ve örneğin, 187 μm² minimum değeri ayarlayın. Yüzey algılama bitirin. </li></ol></li><li> Donör floresan yoğunluğu (Ch1) ve bağıl FRET katsayısı (Ch3) ve hücresel varlık kendi standart sapmaları için ortalama değerler ayıklayın. Bunu yapmak için, Yüzey özelliklerine gidin. Yüzeyler Stil / Kalite&gt; Yüzey seçerek yapıların görünümünü değiştirin. Filtreler sekmesini tıklayarak bütün yapıları seçiniz. Seçimi&gt; birleştirmek Süreç giderek tespit yapıları birleştirin. Istatistik sekmesini tıklayarak MS Excel yüzey istatistiklerini İhracat&gt; İhracat Tüm istatistikleri Dosyaya. </li><li> Zaman içinde bu değerler çizilir. Transloke efektör miktarını temsil ettiği uygun bir parametre olarak her bir durum için donör kanalı floresan artış maksimum eğim 10 dakika aralığını belirlemek. M = Δ donör floresan yoğunluğu / Δ süresi (min) olarak eğimi hesaplayın. </li></ol></li&gt; </ol>

<ol><li>Galan, J. E., Lara-Tejero, M., Marlovits, T. C., Wagner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+Type+III+Secretion+Systems%3A+Specialized+Nanomachines+for+Protein+Delivery+into+Target+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial Type III Secretion Systems: Specialized Nanomachines for Protein Delivery into Target Cells.</a> Annu Rev Microbiol. 68, 415-438 (2014).</li>
<li>Aepfelbacher, M., Trasak, C., Ruckdeschel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effector+functions+of+pathogenic+Yersinia+species%5BTitle%5D)+AND+%22Thromb+Haemost%22%5BJournal%5D)">Effector functions of pathogenic Yersinia species.</a> Thromb Haemost. 98 (3), 521-529 (2007).</li>
<li>Heesemann, J., Sing, A., Trulzsch, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia%27s+stratagem%3A+targeting+innate+and+adaptive+immune+defense%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yersinia's stratagem: targeting innate and adaptive immune defense.</a> Curr Opin Microbiol. 9 (1), 55-61 (2006).</li>
<li>Viboud, G. I., Bliska, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+outer+proteins%3A+role+in+modulation+of+host+cell+signaling+responses+and+pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yersinia outer proteins: role in modulation of host cell signaling responses and pathogenesis.</a> Annu Rev Microbiol. 59, 69-89 (2005).</li>
<li>Dewoody, R. S., Merritt, P. M., Marketon, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+the+Yersinia+type+III+secretion+system%3A+traffic+control%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Infect+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of the Yersinia type III secretion system: traffic control.</a> Front Cell Infect Microbiol. 3, 10-3389 (2013).</li>
<li>Pettersson, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+virulence+factor+expression+by+pathogen+target+cell+contact%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Modulation of virulence factor expression by pathogen target cell contact.</a> Science. 273 (5279), 1231-1233 (1996).</li>
<li>Schweer, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytotoxic+necrotizing+factor+of+Yersinia+pseudotuberculosis+%28CNFY%29+enhances+inflammation+and+Yop+delivery+during+infection+by+activation+of+Rho+GTPases%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">The cytotoxic necrotizing factor of Yersinia pseudotuberculosis (CNFY) enhances inflammation and Yop delivery during infection by activation of Rho GTPases.</a> PLoS Pathog. 9 (11), e1003746(2013).</li>
<li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytotoxic+necrotizing+factor-Y+boosts+Yersinia+effector+translocation+by+activating+Rac+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cytotoxic necrotizing factor-Y boosts Yersinia effector translocation by activating Rac protein.</a> J Biol Chem. 288 (32), 23543-23553 (2013).</li>
<li>Mejia, E., Bliska, J. B., Viboud, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+controls+type+III+effector+delivery+into+host+cells+by+modulating+Rho+activity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Yersinia controls type III effector delivery into host cells by modulating Rho activity.</a> PLoS Pathog. 4 (1), e3(2008).</li>
<li>Aili, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+Yersinia+Yop-effector+delivery+by+translocated+YopE%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of Yersinia Yop-effector delivery by translocated YopE.</a> Int J Med Microbiol. 298 (3-4), 183-192 (2008).</li>
<li>Gaus, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Destabilization+of+YopE+by+the+ubiquitin-proteasome+pathway+fine-tunes+Yop+delivery+into+host+cells+and+facilitates+systemic+spread+of+Yersinia+enterocolitica+in+host+lymphoid+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Destabilization of YopE by the ubiquitin-proteasome pathway fine-tunes Yop delivery into host cells and facilitates systemic spread of Yersinia enterocolitica in host lymphoid tissue.</a> Infect Immun. 79 (3), 1166-1175 (2011).</li>
<li>Nordfelth, R., Wolf-Watz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((YopB+of+Yersinia+enterocolitica+is+essential+for+YopE+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">YopB of Yersinia enterocolitica is essential for YopE translocation.</a> Infect Immun. 69 (5), 3516-3518 (2001).</li>
<li>Radics, J., Konigsmaier, L., Marlovits, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+a+pathogenic+type+3+secretion+system+in+action%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Structure of a pathogenic type 3 secretion system in action.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (1), 82-87 (2014).</li>
<li>Sory, M. P., Cornelis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translocation+of+a+hybrid+YopE-adenylate+cyclase+from+Yersinia+enterocolitica+into+HeLa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Translocation of a hybrid YopE-adenylate cyclase from Yersinia enterocolitica into HeLa cells.</a> Mol Microbiol. 14 (3), 583-594 (1994).</li>
<li>Schlumberger, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+imaging+of+type+III+secretion%3A+Salmonella+SipA+injection+into+host+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Real-time imaging of type III secretion: Salmonella SipA injection into host cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (35), 12548-12553 (2005).</li>
<li>Charpentier, X., Oswald, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+secretion+and+translocation+domain+of+the+enteropathogenic+and+enterohemorrhagic+Escherichia+coli+effector+Cif%2C+using+TEM-1+beta-lactamase+as+a+new+fluorescence-based+reporter%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Identification of the secretion and translocation domain of the enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli effector Cif, using TEM-1 beta-lactamase as a new fluorescence-based reporter.</a> J Bacteriol. 186 (16), 5486-5495 (2004).</li>
<li>Koberle, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+enterocolitica+targets+cells+of+the+innate+and+adaptive+immune+system+by+injection+of+Yops+in+a+mouse+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Yersinia enterocolitica targets cells of the innate and adaptive immune system by injection of Yops in a mouse infection model.</a> PLoS Pathog. 5 (8), e1000551(2009).</li>
<li>Geddes, K., Cruz, F., Heffron, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+cells+targeted+by+Salmonella+type+III+secretion+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Analysis of cells targeted by Salmonella type III secretion in vivo.</a> PLoS Pathog. 3 (12), e196(2007).</li>
<li>Marketon, M. M., DePaolo, R. W., DeBord, K. L., Jabri, B., Schneewind, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plague+bacteria+target+immune+cells+during+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Plague bacteria target immune cells during infection.</a> Science. 309 (5741), 1739-1741 (2005).</li>
<li>Mills, E., Baruch, K., Aviv, G., Nitzan, M., Rosenshine, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+the+type+III+secretion+system+activity+of+enteropathogenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Dynamics of the type III secretion system activity of enteropathogenic Escherichia coli.</a> MBio. 4 (4), (2013).</li>
<li>Mills, E., Baruch, K., Charpentier, X., Kobi, S., Rosenshine, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+analysis+of+effector+translocation+by+the+type+III+secretion+system+of+enteropathogenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Real-time analysis of effector translocation by the type III secretion system of enteropathogenic Escherichia coli.</a> Cell Host Microbe. 3 (2), 104-113 (2008).</li>
<li>Heesemann, J., Laufs, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+a+mobilizable+Yersinia+enterocolitica+virulence+plasmid%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Construction of a mobilizable Yersinia enterocolitica virulence plasmid.</a> J Bacteriol. 155 (2), 761-767 (1983).</li>
<li>Zumbihl, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytotoxin+YopT+of+Yersinia+enterocolitica+induces+modification+and+cellular+redistribution+of+the+small+GTP-binding+protein+RhoA%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">The cytotoxin YopT of Yersinia enterocolitica induces modification and cellular redistribution of the small GTP-binding protein RhoA.</a> J Biol Chem. 274 (41), 29289-29293 (1999).</li>
</ol>

Yazarlar, rekabet eden hiçbir finansal çıkarları olmadığını beyan ederler.

Biz burada başarılı Y. tarafından efektör translokasyon kantitatif analizi için bir TEM-1 beta-laktamaz muhabiri bazlı analiz uygulamalı enterocolitica. Bu, hassas bir özel ve oldukça basit bir tekniğin bir çok farklı varyasyonlar literatürde tarif edilmiştir. Bu çalışmada, lazer tarama mikroskobu floresan sinyalleri en hassas ve kesin tespiti için yürütülmüştür. Özellikle, verici ve alıcı boyalar ve bağımsız olarak ayarlanabilen tespit bant genişlikleri arasında çapraz konuşma için düzeltme yönteminin...

Tip III salgılama sistemleri, doğrudan ökaryotik hedef hücrelere bakterisel olarak kodlanmış proteinlerin efektör sağlamak için gram negatif bakterilerin farklı cins tarafından kullanılan özel bir protein ihracatı makinelerdir. Salgılanması mekanizmasının kendisi yüksek ölçüde korunmuş olsa da, efektör proteinler uzman setleri hücresel sinyal yolları değiştirmek ve belirli bir bakteriyel hastalık stratejileri 1 kolaylaştırmak için farklı bakteri türleri arasında gelişmiştir. Yersinia durumunda, yedi efektör proteinler olarak adlandırılan Yops (Yersinia dış proteinler) &#39;ye kadar, konakçı hücre temas üzerine transloke ve örneğin, fagositoz ve sitokin üretimi, immün hücresi tepkilerini bozmak için birlikte hareket edilir, bakterilerin hücre dışı sürdüreceği 2-4. Translokasyon süreci sıkı farklı aşamalarında 5 kontrol edilir. Bu T3SS birincil aktivasyon hedef ce onun temas ile tetiklenen olduğunun tespit edilmesill 6. Ancak, bu inisiyasyon kesin mekanizması henüz aydınlatılamamıştır olmaktır. Yersinia ise translokasyon sözde ince ayar bir ikinci düzey Up-by veya aşağı-düzenleyen hücresel Rho GTP-bağlayıcı proteinlerin Rac1 veya RhoA aktivitesini elde edilir. Invazın veya sitotoksik nekrotizan faktör Y (CNF-Y) örneğin Rac1 Aktivasyon GAP transloke YopE işlevini (GTPaz protein aktive) ise Rac1 aktivitesini aşağı düzenler ve buna göre bir negatif geribildirim türü translokasyonu azaltır, artan translokasyon 7-9 yol açar mekanizması 10,11. Geçerli ve hassas yöntemler translokasyon Yersinia konak hücre etkileşim sırasında nasıl düzenlendiği araştırmak için önkoşuldur. Birçok farklı sistemleri özel avantajları ve sakıncaları ile birlikte, her biri bu amaç için kullanılmaktadır. Bazı yaklaşımlar western blot analizi ile, ardından farklı bir deterjan enfekte hücrelerin parçalanması değil, bakteri dayanmaktadır. ThBu yöntemlerin e ortak dezavantajı küçük ama kaçınılmaz bakteriyel lizis potansiyel bakteri ilişkili efektör proteinleri ile hücre lizat kirletir olmasıdır. Ancak, hücre dışı proteinler ve efektör ökaryotik hücrelerde seçici parçalanması digitonin sonraki kullanımının indirgemek için proteinaz K ile hücrelerinin tedavi, bu sorunu 12 en aza indirmek için önerilmiştir. Önemli olarak, bu deneyler, en önemlisi, çoğunlukla, ticari olarak mevcut değildir, yüksek kaliteli, anti-efektör antikorları bağlıdır. Girişimleri floresan proteinleri küresel üçüncül yapısı ve sekresyon 13 önce onları açılmak için salgılama aygıtının yetersizlik muhtemelen başarılı nedeniyle değildi translokasyon izlemek için GFP gibi efektör proteinlerin çeviri füzyonlarının ve floresan proteinleri kullanmak için. 14 ya da Flash cyclolysin Bordetella pertussis toksin Ancak, CYA gibi birçok farklı raportör etiketleri (kalmodulin-bağımlı adenilat siklaz) etki alanıetiketi başarıyla translokasyon analiz etmek için kullanılmıştır. Flash etiket, çok kısa bir Tetracysteine ​​(4Cys) motifi etiketi, sekresyon işlemi bozmadan biarsenical boya Flash ile etiketlenmesi için izin verirken, eski deneyinde CYA enzimatik aktivitesi, hücre içi füzyon proteininin sinyal yükseltmek için kullanılır 15. Burada uygulanan yaklaşım, Charpentier vd., Ilk kez bildirilmiştir transloke efektör TEM-1 beta-laktamaz füzyonları 16 (Şekil 1 A) Förster rezonans enerji transferi (FRET) boya CCF4 hücre içi dönüşüm dayanır. CCF4 / AM kumarin türevi (donör) ve flöresan kısmı (akseptör) bir cephalosporin çekirdek ile birbirine takılmış olduğu, bir hücre nüfuz edici bileşiktir. Ökaryot hücreye pasif girmesinden sonra, CCF4 / AM bileşik esterlenmiş floresan olmayan ücret ve floresan CCF4 hücresel esterazlarla işlenir ve bu sayede tuzakhücre içinde. 530 nm&#39;de bir yeşil floresan sinyali yayan floresein kısım için FRET 405 nm sonuçlara kumarin parçasının Uyarım. Beta-laktamaz FRET tarafından sefalosporin çekirdek ayrılmasından sonra bozulur ve kumarin kısmının uyarma nm AR460 mavi floresan emisyonuna yol açar. Bu yöntemin farklı uygulamalar çok yönlülüğünü vurgulama literatürde tarif edilmiştir. Yöntem, in vitro olarak translokasyonu analizi sağlar ve aynı zamanda in vivo, örneğin, bu teknik, in vivo 17-19 translokasyon için hedeflenen lökosit popülasyonları tanımlamak için, bir fare enfeksiyon modelinde kullanılmıştır. Sinyallerin okunması plaka okuyucusu, FACS analizi ya da floresan mikroskopi kullanılarak yapılabilir. Unutmayın ki, yöntem aynı zamanda enfeksiyon süreci 20,21 sırasında canlı hücre mikroskopi gerçek zamanlı translokasyonu izlemek için imkanı sağlar. Burada lazer tarama mikroskobu readou floresan uygulanmıştırfloresan sinyalleri t en yüksek hassasiyet ve doğruluk sağlar olarak. Özellikle, yetenek yüksek duyarlı dedektörler ile birlikte nanometre hassasiyetle emisyon penceresini floresens optimize edilmiş ve çapraz konuşma minimize kolaylaştırır ayarlamak için. Buna ek olarak, bu mikroskopi kurulum translokasyonun gerçek zamanlı izleme için uyarlanabilir ve potansiyel olarak hücresel düzeyde-konak etkileşim aynı anda analiz için izin verir. Bir Y. Bu çalışmada translokasyon oranları enterocolitica vahşi tip suş ve hypertranslocator fenotip 10,11 sergileyen YopE silme mutant örnek bir analiz edildi.

<table><tbody><tr><td>LB-Agar</td><td>Roth</td><td>X969.2</td><td></td></tr><tr><td>LB-Orta</td><td>Roth</td><td>X968.2</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' s Fosfat Tamponlu Tuzlu</td><td>Tuzlu Sigma-Aldrich</td><td>D8662-500ML</td><td></td></tr><tr><td>96 oyuklu plaka (siyah, şeffaf alt)</td><td>Greiner Bio One</td><td>655087</td><td></td></tr><tr><td>DMEM, yüksek glikoz, GlutaMAX Takviyesi, piruvat</td><td>Gibco/Yaşam Teknolojileri</td><td>31966-047</td><td></td></tr><tr><td>Probenecid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P8761-25G</td><td></td></tr><tr><td>LiveBLAzer FRET-B/G CCF4-Yaşam Teknolojili Yükleme Kiti</td><td></td> Triticum vulgaris'ten (buğday) <td>K1095</td><td></td></tr><tr><td>Lektin FITC eşleniği</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4895</td><td>Tepe emisyon ve çapraz konuşma belirleme için kullanılır</td></tr><tr><td>V450 Sıçan anti-Fare CD8a</td><td>BD Bioscience</td><td>560469</td><td>Tepe emisyonu ve çapraz konuşma belirleme için kullanılır</td></tr><tr><td>Immersol W daldırma yağı&nbsp;</td><td>Zeiss</td><td>444969-0000-000</td><td>Kırılma indisi = 1.3339 @ 23 &derece; C</td></tr><tr><td>TCS SP5 II konfokal lazer tarama mikroskobu</td><td>Leica mikrosistemleri</td><td></td><td>2x GaAsP-Hibrit dedektörler, 4 kanallı spektrometre, acusto optik ışın ayırıcı, motorlu XY kademesi, ayarlanabilir iğne deliği, objektif 20X HC PL APO CS IMM/CORR, 405&#160; nm diyot lazer 50 & # 160; mW</td></tr><tr><td>Imaris 7.6 yazılımı</td><td>Bitplane</td><td></td><td>Eklentileri dahil ImarisXT ve MeasurementPro</td></tr><tr><td>MatLab derleyici çalışma zamanı</td><td>MathWorks</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Prism 5</td><td>GraphPad yazılımı</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

analizi<em&gt; yersinia enterocolitica</emana hücreleri içine&gt; efektör translokasyon beta-laktamaz effector fusions kullanma

Analysis of Yersinia enterocolitica Effector Translocation into Host Cells Using Beta-lactamase Effector Fusions

Patojenik Yersinia spp dahil olmak üzere birçok gram-negatif bakteriler. Ökaryotik hedef hücrelere efektör proteinleri yerini değiştirmek için tip III salgı sistemlerini kullanır. Konak hücre içinde efektör proteinler bakteriler yararına hücresel fonksiyonları manipüle. Daha iyi translokasyon ölçmek için konak hücre etkileşimi, hassas ve doğru deneyleri sırasında tip III sekresyon kontrolünü anlamak için gereklidir. Burada Yersinia enterocolitica efektör proteini fragmanı füzyon göre bir deneyde (Yersinia dış proteini; YopE) uygulanmasını tarif eder. Translokasyon kantitatif analiz için TEM-1, beta-laktamaz olan deney bir hücre bölünmesinden dayanır geçirgen FRET boyası transloke beta-laktamaz füzyonu (CCF4 / AM). Floresein bozulur ve kumarin yarımının uyarım mavi flüoresans emisyonlarına neden olan beta-laktamaz göre CCF4 sefalosporin çekirdeğin ayrılmasından sonra, kumarin gelen FRET.Bu yöntemin farklı uygulamalar çok yönlülüğünü vurgulama literatürde tarif edilmiştir. Yöntem, bir fare modelinde in vitro translokasyon analizi için ve aynı zamanda in vivo, örn sağlar. Floresan sinyalleri tespit levhası okuyucu, FACS analizi ya da floresan mikroskopi kullanılarak gerçekleştirilebilir. Farklı Yersinia mutantlar tarafından HeLa hücrelerine efektör füzyonlarının nitro translokasyon, burada açıklanan kurulum lazer tarama mikroskobu ile izlenir. Gerçek zamanlı olarak beta-laktamaz efektör füzyon ile FRET raportör hücre içi dönüşümünü kayıt sağlam bir nicel sonuçlar sağlar. Biz burada bir Y. tarafından artan translokasyon gösteren, örnek verileri göstermek vahşi tip suş ile karşılaştırıldığında enterocolitica YopE mutant.

Kantitatif hedef hücrelere efektör translokasyon analiz etmek için tarif edilen yönteme kapasitesini göstermek için, farklı bir translokasyon kinetiği iki Yersinia suşlar üzerine çalışıldı: Y. ve onun türevi WA-314ΔYopE (pYVO8ΔYopE 23 barındıran WA-314) (virülans plazmid pYVO8 22 barındıran serogrup O8) enterocolitica vahşi tip suş WA-314. Daha önce iş olduğunu gösterdi Y. Fonksiyonel YopE sergilediğini anlamlı olarak yüksek Yop translokasyon oranı 10 ...

Tip III sekresyon sistemi yoluyla konak hücrelere efektör translokasyonu, gram negatif bakteriler arasında yaygın bir virülans stratejisidir. Translokasyonun kantitatif analizi için beta-laktamaz efektör füzyon bazlı bir test uygulandı. Yersinia ile enfekte olmuş hücrelerde, bir FRET raportörünün beta-laktamaz tarafından dönüşümü lazer tarama mikroskobu kullanılarak izlenir.

Analizi<em&gt; Yersinia enterocolitica</emAna Hücreleri içine&gt; Efektör Translokasyon Beta-laktamaz Effector Fusions kullanma

Many gram-negative bacteria including pathogenic Yersinia spp. employ type III secretion systems to translocate effector proteins into eukaryotic target ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, Yersinia tip üç salgı sistemi aracılığıyla efektör proteinlerin konak hücrelere translokasyonunu ölçmektir. Bu, efektör füzyonların HeLa hücrelerine translokasyonuna izin vermek için, efektör TEM-1 beta-laktamaz füzyonlarını eksprese eden Yersinia mutantları ile HeLa hücrelerinin inkübe edilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci bir adım olarak, enfekte HeLa hücreleri, hücresel esterazlar tarafından floresan özelliği taşıyan yüklü CCF4 formuna dönüştürülen ve böylece hücre içinde hapsolan, hücre geçirgen bir FRET raporlayıcı bileşik ile yüklenir.CCF4'ün transloke olmuş beta-laktamaz tarafından bir sonraki parçalanması, donör ve akseptör floresans yoğunluklarını analiz etmek amacıyla lazer taramalı mikroskopi ile kaydedilen floroforların ayrışmasıyla sonuçlanır. Sonuçlar, donör floresansındaki artışın farklı kinetiklerine dayanarak, transloke olmuş efektör TEM1 beta-laktamaz füzyonunun farklı miktarlarda olduğunu göstermektedir. Bu tekniğin mevcut yöntemlere göre temel avantajlarından biri, CCF4 bileşiğinin hücre içi işlemesinin translokasyonu ölçmek için oldukça spesifik ve hassas bir araç sağlamasıdır.Bu yöntem, bakterilerin ve konak hücrelerin etkileşimi sırasında translokasyonun nasıl hassas bir şekilde ayarlandığı gibi bakteriyel patogenez alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Enfeksiyondan bir gün önce, ekteki metin protokolünde açıklandığı şekilde hazırlanan Y enterocolitica transforme suşlarının her birinden bir koloni ile üç mililitre LB besiyeri ve gerekli antibiyotikler içeren üç ayrı flakonu inoküle edin. Ayrıca, enfeksiyondan bir gün önce, bir 96 kuyucuklu plakanın dokuz kuyucuğuna 200 µL kültür besiyeri içinde 15.000 hücre ekerek HeLa hücreleri içeren plakalar hazırlayın; hücreleri enfeksiyon günü %5CO2 inkübatöründe 37 °C'de inkübe edin.Gece boyunca büyütülmüş kültürden iki mililitre, antibiyotik içermeyen 40 mililitre taze lb besiyerine inoküle edin. Bakterileri 37 °C'de, 180 RPM hızındaki bir çalkalayıcıda 90 dakika boyunca inkübe edin. Bu işlem tip üç salgı sisteminin ekspresyonunu indükleyecektir; 90 dakika sonra kültürleri taze bir tüpe aktarın ve buz üzerinde muhafaza edin.Bundan sonraki aşamada, bakterileri çöktürmek için kültürleri 5.000 G'de ve dört santigrat derecede 10 dakika boyunca santrifüjleyin. Ardından, pelletini iki ila üç mililitre buz gibi soğuk PBS içinde yeniden süspande edin, bakteri süspansiyonunu mililitre başına 800 milyon koloni oluşturan birim konsantrasyonuna seyreltin ve ardından kültürleri buza yerleştirin.Ardından, her bir kültürün karşılık gelen optik yoğunluğunu belirleyin. Her suştan 3,5 µL bakteri süspansiyonunu, hazırlanmış 96 kuyucuklu plakanın farklı kuyucuklarına ekleyin ve besiyerini nazikçe iki kez pipetleyerek karıştırın; bakterilerin, hücre başına yaklaşık 100 bakteri olacak bir enfeksiyon çokluğuyla hücrelerin üzerine çökmesine izin verin.Enfeksiyonları 30 dakikalık aralıklarla başlatarak ve hücreleri %5CO2 içeren bir inkübatörde 37 °C'de tutarak bir zaman serisi gerçekleştirin. Her enfeksiyondan sonra, ilk enfeksiyondan 90 dakika sonra, hela hücrelerini uzaklaştırmadan besiyerini dikkatlice aspire edin. Ardından, 20 µg/mL kloramfenikol ve 2,5 mM pronic içeren 50 µL PBS ekleyin.Bu işlem efektörlerin ekspresyonunu durduracak ve CCF four dışa aktarımını azaltacaktır. Mikroskopi hazırlığı için, bir mililitrelik bir şırınga kullanarak imersiyon ortamını kuyucukların tabanına yayarak sürekli imersiyon sağladığınızdan emin olun. İmersiyon ortamında hava kabarcığı kalmamasına dikkat edin.Ardından 96 kuyucuklu plakayı mikroskop tablasına yerleştirin ve her birindeki daha sonraki analizler için uygun bölgeleri belirleyin. Bu adımı 10 dakika içinde tamamlayın. Daha sonra her birine 70 µL CF 4:00 AM yükleme çözeltisi ekleyin.Plak oda sıcaklığında beş dakika boyunca inkübe edilir. Ardından, yükleme solüsyonu aspire edilir ve 20 µg/mL kloramfenikol ile 2,5 mM pronic içeren 100 µL PBS eklenir. Sonrasında hızla mikroskopiye başlanır.20 kat büyütmeli yüksek sayısal açıklıklı bir immersiyon objektifi yerleştirin, dedektör pinhole açıklığını 2,5 airy birime getirin ve 96 kuyucuklu plakayı konfokal lazer tarama tablasına aktarın. Ardından, donör ve akseptör kanalları eş zamanlı olarak aktif olan yüksek hassasiyetli galyum arsenür fosfat dedektörleri seçin. Sekiz bit derinliğinde üç katlı çerçeve ortalaması (frame averaging) uygulayın ve 405 nanometrelik bir diyot lazerin %10'u ile uyarın.Doğru nicelendirmeyi sağlamak için her iki kanalın detektör kazancını aynı değere ayarlayın ve doygun piksellerden kaçının. Ardından, iletilen ışığı aktifleştirin ve her birindeki temsilci görüş alanlarını tekrar kontrol ederek, kalibre edilmiş otomatik bir sahne kullanarak konumları gerektiği gibi ayarlayın ve yeniden kaydedin. Son olarak, zaman atımını iki dakika, süreyi iki saat olarak ayarlayın ve görüntüleri almaya başlayın.Görüntü alımının ardından, veri setini piksel matrislerinin aritmetik hesaplamalarına izin veren bir yazılıma aktarın. Önce menüye tıklayıp ardından görüntü işlemeye giderek temel çizgi çıkarma (baseline subtraction) seçeneğini belirleyip, her iki kanaldaki arka planı aynı ofset değerini kullanarak çıkarın. Daha sonra her bir kanalı seçin ve temel çizgi değerini girin.Önceden belirlenmiş düzeltme faktörünü kullanarak, birinci kanal olan donör kanalının ikinci kanal olan akseptör kanalına sızıntısını (bleed through) düzeltin ve bu amaçla yeni bir kanal olan kanal iki prime oluşturun. Menüye tıklayın, ardından görüntü işlemeyi (image processing) ve sonrasında kanal aritmetiğini (channel Arithmetics) seçin; kanal ikiden 0,33 katı kanal birin çıkarıldığı mutlak değeri girin. Ardından, kanal ikiyi silin ve sızıntısı düzeltilmiş akseptör kanalının yeni kanal iki olarak kaldığından emin olun.Ardından, göreceli fret katsayısını belirlemek için burada gösterilen işlemi kullanarak yeni bir kanal oluşturun. Sonra, kanal aritmetiği menüsüne geri dönün ve fret kanalının uygun şekilde görselleştirilmesi için kanal iki bölü kanal bir artı kanal iki işlemini girin. Sekiz bitlik bir görüntüde, kanal üç'ün 255 katına eşit olan dördüncü bir kanal (kanal dört) oluşturun.Görüntü özellikleri menüsüne giderek kanal rengini değiştirin; dördüncü kanalı seçin, ardından eşlenen rengi (mapped color) ve sonrasında renk tablosu dosyasını seçip "jet" seçeneğini belirleyin. Daha sonra, üçüncü ve dördüncü kanallara 3x3 boyutunda bir medyan filtresi uygulayın. Görüntü işleme menüsüne girip yumuşatma (smoothing) seçeneğini belirleyerek görüntülerdeki gürültüyü azaltabilirsiniz.Median filtrelemeden sonra, her iki kanalı seçin ve hücresel sinyallerin nicelleştirilmesi için üç çarpı üç çarpı bir boyutunda bir filtre uygulayın. "Surpass view" seçeneğini belirleyip simgeye tıklayarak dördüncü kanaldaki hücreleri tespit edin. Yeni yüzeyler ekleyin.Yüzey penceresindeki tespit algoritması parametrelerini tanımlayın ve iki onay kutusunu etkinleştirin. Yalnızca ilgilenilen bölgeyi segmente edin ve görüntünün tamamını işleyin. Son olarak, boyutlarını düzenleyerek ilgilenilen bölgeyi tanımlayın.Kaynak kanal olarak kanal dördü seçin ve eşikleme menüsüne gidip arka plan çıkarma seçeneğini belirleyerek eşiği ayarlayın. Çapı 10 µm olarak ayarlayın, minimum yoğunluk eşiğini manuel olarak sıfıra ve maksimum eşiği maksimum yoğunluğa getirin. Yapıları alana göre filtreleyin ve minimum değeri 187 µm² olarak ayarlayın.Ardından yüzey tespitini tamamlayın. Son olarak, hücresel varlık içindeki birinci kanaldaki donör floresans yoğunluğu ve üçüncü kanaldaki göreceli FRET katsayısının ortalama değerlerini ve standart sapmalarını çıkarın. Bu yöntemin, efektörlerin hedef hücrelere translokasyonunu kantitatif olarak analiz etme yeteneğini göstermek için, farklı translokasyon kinetiklerine sahip iki yersinia suşu, hem donör floresans hem de göreceli FRET katsayıları kullanılarak incelenmiştir.Yaban tipindeki enfekte hücreler, zamanla floresan yoğunluğunda bir artış göstermektedir. Beklendiği üzere, floresan yoğunluğunun maksimum eğimi enfeksiyon süresi ile pozitif korelasyon göstermekte olup, bu durum önceki çalışmalarla uyumlu olarak, transle edilmiş beta laktamazın farklı konsantrasyonlarının ayırt edilebileceğini göstermektedir. Yersinia YOPE delesyon mutantı ile enfekte edilen hücreler, yaban tipi suşa kıyasla floresan yoğunluğunda daha hızlı bir artış sergilemektedir.İlginç bir şekilde, enfeksiyon süresinin 90 dakikaya çıkarılması, 60 dakikalık enfeksiyona kıyasla donör floresansındaki artışı daha fazla hızlandırmamıştır. Bu prosedür uygulanırken, CCR four bileşiğinin işleminin eklenmesinden hemen sonra başladığı unutulmamalıdır. Bu nedenle, görüntü alımına zamanında başlamak önemlidir.

analysis-yersinia-enterocolitica-effector-translocation-into-host

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Biz son zamanlarda basit bir bakteriyel tespiti için floresan assay "mix-ve-okuma" kurmak için uygulanabilir Flourogenik DNAzyme probları üretmek için yeni bir yaklaşım bildirdin. Bu özel DNA sondaları böylece floresans sinyali kuşağa bakteriyel algılama çevirme belirli bakteri tarafından üretilen ham hücre dışı karışımı (CEM) varlığında, bir kromofor-değiştirilmiş-DNA RNA kimerik substratın bölünme katalize. Bu yazıda, "RFD-EC1" ifade belirli bir DNAzyme prob modeli bakterinin tespiti için...

Flourogenik DNAzymes kullanarak Bakterilerin Tespiti

Bu makale, ilgilenilen bir protein ile E. coli'deki diğer faktörler arasındaki etkileşimleri izlemek için bölgeye özgü fotoçapraz bağlama ile birlikte nabız kovalama radyo etiketlemesinin kullanımını göstermektedir. Geleneksel kimyasal çapraz bağlama yöntemlerinden farklı olarak, bu yaklaşım, canlı bir hücredeki düzenli bir montaj yolunun yüksek çözünürlüklü "anlık görüntülerini" oluşturur.

Bölgeye Özgü Çapraz Bağlama Kullanarak Salgılanan Bir Bakteriyel Virülans Faktörünün Montajının İzlenmesi

Enterobacter sp. YSU glukoz az tuz ortamında büyür. Oksotroflan rastgele bir konakçı genom içine kendisini ekleyen bir transposome ile dönüştürülmesiyle oluşturulur. Mutantlar minimal orta karmaşık ortamdan replika plaka tarafından bulundu. Kesilen gen, kurtarma ve dizileme ile tespit edilir.

Üretilmesi Enterobacter Sp. YSU oksotroflan transpozon mutajenezi kullanarak,

Elektroporasyon, saflaştırılmış bakteriyel virülans efektör proteinlerini doğrudan canlı ökaryotik hücrelere yerleştirmek için kullanıldı. Protein lokalizasyonu konfokal immünofloresan mikroskopi ile izlendi. Bu yöntem, ökaryotik hücrelerde heterolog ekspresyon ihtiyacını ortadan kaldırarak, aktif eksojen proteinleri kullanarak kaçakçılık, fonksiyon ve protein-protein etkileşimleri üzerine çalışmalara izin verir.

Memeli Hücreleri içinde fonksiyonel Bakteriyel Efektör elektroporasyonu

Burada açıklanan yöntem, bir anti-apoptotik bakteriyel efektör proteinin aktivitesini incelemek için tanımlanmış adımlarda apoptotik sinyal kaskadını indüklemek için kullanılır. Bu yöntem aynı zamanda pro-apoptotik veya toksik proteinlerin indüklenebilir ekspresyonu için veya diğer sinyal yollarıyla etkileşimi incelemek için de kullanılabilir.

Bir uyarılabilir İfade Sistemi uygulamak Hücre içi Sinyali ile Bakteriyel Virulans Faktörler Girişim Eğitim için

bakteriyel patojenler ve ev sahipleri arasındaki etkileşimleri araştıran biyolojik araştırmaların önemli bir alandır. Burada, Blam substrat kullanılarak siRNA gen susturma sırasında Coxiella burnetii'nin efektör translokasyonu ölçmek için gerekli teknikleri tarif eder.

Uygulanması Floresan Rezonans Enerji Transferi (FRET) tarafından Efektör Translokasyon Verimliliği incelemek için<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; SiRNA susturma sırasında

Bakteriyel efektör proteinleri başarılı enfeksiyonları kurulması için önemlidir. Bu protokol, doğal bitki konukçuda bir bakteriyel efektör proteininin proteinli bağlanma partnerleri ile deneysel tanımlanmasını açıklar. Maya iki hibrit ekranlarından yoluyla bu efektör etkileşimleri belirlenmesi moleküler patojenite stratejilerinin çözülüyor önemli bir araç haline gelmiştir.

Bir Maya İki hibrid Ekran kullanarak Olmayan ekilebilir Bitki Patojen bir Bakteriyel Efektör Fonksiyonu aydınlatmak

Floresan protein temelli yaklaşımlar konak hücrelere bakteriler tarafından salgılanan effectors izlemek için zor olan. Bu tip III salgı sistemi ve floresan proteinler arasındaki uyumsuzluk kaynaklanmaktadır. Burada, bir en iyi duruma getirilmiş split superfolder GFP sistemi ana bitki hücre bakteriler tarafından salgılanan effectors görselleştirme için kullanılır.

Split yeşil flüoresan Protein sistemi effectors görselleştirmek için bakteri enfeksiyonu sırasında teslim.

Burada bir protokol antibiyotik direnç-kaset silme yapıları silme mutantlar diğer E. coli suşları yapmak için bir temel olarak önceden var olan kullanım için mevcut. Böyle silme mutasyonlar seferber ve büyük bir alıcı yük P1 bakteriyofaj iletim kullanarak odağı karşılık gelen eklenmiş.

Escherichia coli Excisable antibiyotik direnci kasetleri ile P1 iletim tarafından üreten gen silme

Bu makale, genetik kod genişlemesi (GCE) bölgesini kullanarak Salmonella salgılanan efektörlerini spesifik olarak etiketlemek ve doğrudan stokastik optik rekonstrüksiyon mikroskobu (dSTORM) kullanarak HeLa hücrelerinde salgılanan proteinlerin hücre altı lokalizasyonunu görüntülemek için basit ve açık bir protokol sunmaktadır...

Genetik Kod Genişlemesi Kullanılarak Bakteriyel Salgılanan Proteinlerin Süper Çözünürlüklü Görüntülenmesi

Öğrenin beta-laktamaz füzyon analizi ile Yersinia efektör translokasyonunu ölçme yöntemini. Lazer taramalı mikroskopi ve FRET raportörü kullanarak bakteri virülans mekanizmalarını inceleyin.

Analizi

Daha fazla video keşfet