Evrim Yöntemi yönettiği Saccharomyces cerevisiae: Mutant Kütüphane Oluşturma ve Tarama

Bu protokolün genel amacı, yönlendirilmiş evrim deneyleri için Saccharomyces Cerevisiae'de mutant kütüphanelerin nasıl oluşturulacağını ve taranacağını göstermektir. Bu yöntem, montaj ve klonlamada çakışan alanların nasıl atanacağı gibi odaklanmış yönlendirilmiş evrim deneyleri için laboratuvar oluşturma kullanımındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı basitliği ve sağlamlığıdır, çünkü sadece bir dönüşüm adımında iyi kalitede seviyeler atanabilir.

Mutant kütüphaneleri oluşturmak ve taramak için bu protokol, bir mantar aril-alkol oksidaz veya AAO için gösterilecektir. Odaklanmış yönlendirilmiş evrim bölgeleri, ilk olarak enzimin mevcut kristal yapısına veya homoloji modellerine dayanan hesaplama algoritmalarının yardımıyla seçilir. Rastgele mutajenez ve rekombinasyon için AAO'nun iki bölgesi hedeflenecektir: M1 bölgesi ve M2 bölgesi.