Name: Multiplex RT-qPCR kullanarak tek hücreli Gen İfadesi Nadir Lenfoid Populasyonlarının Farklılıkları karakterize etmek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-19T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 23 s
Description: Öğrenin tek hücreli RT-qPCR ile nadir lenfoid popülasyonlarında çoklu gen ifadesi analizini. Bu yöntem 48 farklı geni aynı anda değerlendirerek hücresel heterojeniteyi ortaya koyar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma Institut Pasteur, INSERM, Université Paris Diderot ve Ministère de la Recherche (S.C.'ye); Association pour la Recherche sur le Cancer (S.C. ve R.G.'ye); REVIVE Future Investment Program ve Agence Nationale de Recherche (ANR; A.C.'ye ''Twothyme'' hibesi) tarafından desteklenmiştir; ANR hibesi ''Myeloten'' (R.G.'ye); ve Institut National du Cancer (Karaciğer karsinogenezi sırasında bağışıklık mikroçevresinin rolü, R.G.). Institut Pasteur'deki İnsan İmmünolojisi ve Sitometri Merkezi'ne destekleri için teşekkür ederiz.

Tüm hayvan deneyleri Fransız Tarım Bakanlığı ve AB kurallarına uygun olarak Pasteur Enstitüsü Güvenliği Komitesi tarafından onaylanan bulundu. 1. Bir 96-yuvalı Tek hücreli Sıralama Plaka Hazırlama <ol><li> Belirli bir retro transkripsiyon tamponu 5.0 ul, düşük etilendiamintetraasetik asit (EDTA) TE tamponu (10 mM TE çözeltisi, pH 8, ve 0.1 mM EDTA solüsyonu, 1.3 ul ekleyerek 1.5 ml bir tüp içinde ön amplifikasyon karışımı hazırlanması 0.2 uM filtre ) ve Taq DNA polimeraz oyuk başına (Şekil 1a, 0.2 ul). </li><li> 96 oyuklu bir plaka üzerinde, her bir (en fazla 48 kuyu) 'de ön amplifikasyon karışımı 6.5 ul dağıtın. Bu plaka, 96 gözlü, tek-hücre sıralama levhasıdır. NOT: Bir elektronik pipet kullanarak bu protokol için tavsiye edilir. Bu hassas ve tekrarlanabilir hacim ölçümleri sağlar ve zaman kazandırır. </li></ol><img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54858/54858fig1.jpg"> (A) plaka sıralama 96-iyi tek hücreden üzerinde ön amplifikasyon karışımı 0.2x tahlil karışımı ardından ilk dağıtılır. (B) her tek hücreli pozisyonunun rekor bir tablo üzerinde tutulmalıdır. İyi olmayan bir hücre, bir "herhangi bir giriş" de denir ve bir kontrol olarak kullanılabilir. İki sıra cDNA seyreltme (bir hücreye 10 5 hücre eşdeğer sıralı tek-in-on seyreltme) ile astar etkinliğini kontrol etmek kurtulmuş olabilir. 96 gözlü esey plâkasının (c), deney yükleme reaktif primerlerin ilave edilir, önce dağıtılır. her bir primer pozisyonda bir düzen tutmak için unutmayın. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54858/54858fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <ol start="3"><li> Her bir primerden 1.4 ul ekleyerek 1.5 ml bir tüp içinde bir 0.2x deney karışımı hazırlanması (primerler 20x, en fazla 48 farklı prob; bakınız Tablo 1). Düşük EDTA TE tamponu ile 140 ul son ses seviyesini ayarlayın. </li><li> Ön amplifikasyon karışımı içeren 96 gözlü, tek hücreli ayırma plakası 48 çukurlara 0.2X deney karışımı 2.5 ul dağıtın. Not: 9 ul olmalıdır 96 gözlü numune plakasının her çukuruna son hacim. </li><li> Bir kapak film ile plaka mühür. plaka vorteks ve 45 saniye boyunca 280 xg'de aşağı doğru döndürün. -20 ° C'de 96-çukurlu bir hücre ayırma plakası saklayın veya hemen kullanın. </li></ol> 2. Tek Hücre Ayrılma <ol><li> CO2 dağıtım sistemi kullanılarak, hipoksi ile fare euthanize. Bir diseksiyon plaka üzerinde fare düzeltmek ve makas kullanılarak boyuna periton boşluğuna açılır. </li><li> karaciğer LAK kurtarın. <ol><li> Karaciğer izolasyon öncesinde, floş livhücreler ER-dolaşım. <ol><li> portal ven ortaya çıkarmak için, küçük ve farenin sol tarafına kalın bağırsak hareket; Portal ven periton boşluğuna en büyük ven olarak görünür. </li><li> 10 ml'lik bir şırınga ve 0.45 mm'lik bir iğne ile, damar üzerinden fosfat-tamponlu salin ortamı (PBS) ile karaciğer yıkayın. Karaciğer kızarma kolaylaştırmak için, makasla gastrik arter kesti. </li><li> safra kesesi kaldırmak için, forseps ile safra kesesi tabanını çimdik ve makas ile karaciğer ayırın. </li><li> karaciğer izole etmek, forseps ile karaciğer tabanını çimdik ve makas kullanılarak, periton boşluğuna geri kalanından karaciğer ayırın. </li><li> Roswell Park Memorial Institute 5 ml ortam (RPMI),% 2 fetal sığır serumu (FCS) içeren bir çömlekçi tüp içinde karaciğer aktarın. </li></ol></li></ol></li><li> Bir havan kullanılarak mekanik ayrışma ile karaciğer ayırmak. 15 ml'lik bir tüpe orta aktarın. toplam hacim getirRPMI% 2 FCS ile 14 ml. hepatositler decant 15-20 dakika süreyle buz üzerinde hücre süspansiyonu bırakın. </li><li> 1 ml pipet kullanarak yeni bir 15 ml tüp içinde (hepatositler) olmadan süpernatant kurtarma (süpernatant 12 mi beklenebilir). 10 ° C'de 7 dakika boyunca 120 xg'de Spin. santrifüj sonra süpernatant atın. </li><li> Yoğunluk gradyan ortamı 14 ml adım 2.4 'de elde edilen pelletini (örneğin, Percoll% 40). 20 ° C'de 20 dakika boyunca 600 x g'de Spin. Aspirasyon ile süpernatantı. </li><li> potasyum asetat, 1 ml (ACK) pelletini. 1 dakika için oda sıcaklığında bırakın. 1 dakika sonra, Hank Dengeli Tuzlu Çözeltisi (HBSS),% 2 FCS ile 14 ml toplam hacmi getirmek. 10 ° C'de 7 dakika boyunca 120 xg'de Spin. süpernatant atın. </li><li> hücreleri leke. <ol><li> Biyotinlenmiş antikor karışımı (Malzeme Tablosuna bakınız 300 ul pelletini, tüm biyotinlenmiş antikorlar söz eklemekEd) ve 1.5 ml tüp hücreleri aktarın. 4 ° C'de 20 dakika boyunca karanlıkta bırakın. </li><li> HBSS% 2 FCS ile 1 ml toplam hacmi getirmek. 10 ° C'de 7 dakika boyunca 120 xg'de Spin. (Malzeme Tablo bkz belirtilen tüm florokrom-bağlanmış antikor ekleyin) florokrom-bağlanmış antikor karışımı ve florokrom-eşlenik streptavidin 300 ul pelletini. 4 ° C'de 20 dakika boyunca karanlıkta bırakın. </li></ol></li><li> HBSS% 2 FCS ile 1 ml toplam hacmi getirmek. 10 ° C'de 7 dakika boyunca 120 xg'de Spin. 1 ml pipet kullanarak süpernatantı. 1 mi HBSS ve propidyum iyodür pelletini (Pi; 1: 4,000). NOT: yaygın ifade LAK hücre yüzey belirteçleri kullanırken, 3 popülasyonları tanımlanmıştır: NKp46 + IL-7Rα - NKp46 + IL-7Rα + ve NKp46 - IL-7Rα +. Tüm popülasyonları soy sıralanır - CD3 - CD4 - CD45.2 +. </li></ol> 3. Tek hücreli floresans ile aktive edilen hücre sınıflandırma (FACS) <ol><li> Tek hücreler 13 sıralamak için FACS kullanın. Not: Farklı hücre tipleri, aynı 96-yuvalı, tek hücreli ayırma plakasında sıralanabilir (Şekil 2). <ol><li> de 0.2X deney karışımı ve 96 gözlü, tek-hücreli ayırma plakasında ön amplifikasyon karışımı içeren her bir hücre sıralamak için FACS kullanın. yeni hazırlanmış bir 96 gözlü, tek-hücreli ayırma plakası kullanarak veya -20 ° C'de muhafaza edildiğinde bu eritin. <ol><li> FACS plaka tutucuya mühürlü bir 96 oyuklu plaka koyun. bir test olarak, boş bir 96 oyuklu plaka kullanınız. ile plaka yerleştirin A1-de solda ve deneyci doğru. </li><li> Doğrulama boncuklar A1-iyi merkezine bir düşüş elde etmek için levha tutucu ayarlayın. </li><li> A hattı tüm kuyuların ile adımı yineleyin 3.1.1.2 </li><li> 96 gözlü plaka conta ve oyuk başına kriteri 100, doğrulama boncuk çıkarın. d edinKuyuların merkezinde rop oluşumu. </li><li> düzgün ayarlanmış olduğunda, plaka sahibinin 96-kuyu tek hücreli sıralama plakasını yerleştirin. plaka düzeni ve kuyu başına sıralama 1 hücre çizin. Not: 96 oyuklu bir hücre ayırma plakası üzerinde, her hücrenin doğru yerleştirilmesi gereklidir. Bir plaka düzeni bir elektronik tablo yazılımı üzerinde tutulmalıdır. Plaka düzeni sonraki birkaç adımda (Şekil 1b) 14 kullanılır. hücreleri olmadan 96-kuyu örnek plaka üzerinde bir de içeren 0.2x tahlil karışımı ve Preamplıfikasyon karışımı bırakın. Bu da, bir No-girişli kontrol olarak kullanılır. bir cDNA seyreltme için 6 kuyu iki sıra boş. Bu kuyular, primer etkinlik (Şekil 1b) için kontrol olarak kullanılır. </li><li> -20 ° C'de 96-çukurlu bir hücre ayırma plakası saklayın veya hemen kullanın. </li></ol></li></ol></li></ol> 4. Ön amplifikasyon <ol><li> taze veya 96-iyi çözülmüş tek hücreli sıralama plaka OBT kullanınAdım 3.1.1.6 yılında ained. (45 saniye için 280 xg) plaka vorteks ve aşağı doğru döndürün. </li><li> PCR 96-kuyu tek hücreli sıralama plaka koyun. Şekil 3 ve Tablo 2 'de belirtilen program uyarınca ters transkripsiyon ve ön amplifikasyon gerçekleştirin. </li></ol><img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54858/54858fig3.jpg"> Şekil 3: Ön amplifikasyon programı. yeterli malzeme elde edebilmek için, sıralanmış tek hücreler üzerinde olduğundan belirli hedef genlerinin ön amplifikasyon gerekir. 96 gözlü, tek-hücreli ayırma plakası ön amplifikasyon programı izlemek için bir ısıl üzerine yüklenir. Ön amplifikasyon ürünleri daha sonra, düşük EDTA TE tamponu ile seyreltildi ve hemen kullanılır veya -20 ° C de dondurulabilir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54858/54858fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <ol start="3"><li> Ön amp sulandırmakher kuyuya düşük EDTA TE tamponu 36 ul ekleyerek örnekleri lified. </li><li> Bir kapak film ile plaka mühür. (45 saniye için 280 gr) plaka vorteks ve aşağı doğru döndürün. -20 ° C'de önceden büyütülmüş, 96 gözlü, tek-hücreli ayırma plakası saklayın veya hemen kullanın. </li></ol> 5. 96-çukurlu bir numune plakası hazırlayın <ol><li> qPCR Master karışımı 175 ul ve örnek yükleme reaktif 17.5 ul ekleyerek ana karışımı 191 ul hazırlayın. </li><li> Yeni 96-kaynaklı tabaka üzerinde kaplanmıştır her bir (en fazla 48 kuyu) 'de ana karışımı 3.6 ul dağıtın. Bu 96-kuyu örnek levhasıdır. </li><li> Yeni 96-iyi levhaya 96 oyuklu bir örnek plakası öncesi amplifiye cDNA 2.9 ul aktarın. 96, tek bir hücre ayırma plakası ve 96-çukurlu bir örnek plakası arasındaki her bir numune için aynı pozisyonda tutmak. </li><li> Bir kapak film ile plaka mühür. (45 saniye için 280 xg) plaka vorteks ve aşağı doğru döndürün. ışıktan koruyarak buz üzerinde yeni bir 96 oyuklu plaka koyun. 96-kuyu s Mağaza-20 ° C'de bol plaka hemen kullanabilir veya. </li></ol> 6. 96 oyuklu bir deney plakasının hazırlanması <ol><li> Yeni 96-kaynaklı tabaka üzerinde kaplanmıştır her bir (en fazla 48 kuyu) 'de deney yükleme reajanı 3 ul dağıtın. Bu plaka, 96 oyuklu bir deney plakası olarak adlandırılır. </li><li> Her bir oyuğa primerler 3 ul ekle. Bir tablo yazılım üzerinde bir düzen tutun (Şekil 1c ve Tablo 1; Tablo 1'de listelenen tüm primerler kullanın). 96 gözlü esey plâkasının her bir primerin doğru yerleştirilmesi sonraki birkaç adımda için gereklidir. <ol><li> numune sayısı 48 altında ise, kullanılmayan oyuklara yerine su primerler ekleyin. </li></ol></li><li> Bir kapak film ile plaka mühür. (45 saniye için 280 xg) plaka vorteks ve aşağı doğru döndürün. -20 ° C'de 96 oyuklu bir deney plakası saklayın veya hemen kullanın. NOT: primerler tekrarlanan donma ve çözülme önlemek Preamplıfikasyon karışımı için primerler dağıtmak ve 96-wel için içinAynı zamanda L deney plakası. </li></ol> 7. Tek hücreli Gen-ifadesi Chip <ol><li> bankta entegre mikroakışkan devre (IFC) yerleştirin ve şapkalı şırınga kullanarak çek valfler. , Şırınga açın vana dik yerleştirin ve sıkıca basın. O-ring hareket etmelidir. Kontrol çizgisi sıvısı ile çip (tüberkülin 0.3 ml) doldurun. </li><li> İkinci valfli adımı yineleyin 7.1. NOT: Hiçbir sıvı çip dökülen edilmelidir. </li><li> çipin alttan mavi filmi çıkarın. IFC denetleyicisi içine çip yükleyin. IFC denetleyici ekranında, "PRIME" ve ardından "RUN." mikroakışkan hatlarının kontrolü 10 dakika sürer. </li><li> çip çıkarın ve çip altındaki mavi filmi yeniden mühür. </li></ol><img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54858/54858fig4.jpg"> Şekil 4: Tek hücreli multipleks gen ifadesi çip yükleme. Bu adımlar g gerektirirÖzellikle, tek hücreli çoklu gen sentezleme çip 96 oyuklu plakanın aktarım sırasında reat hassasiyet,. yükleme hataları ve hatalara önlemek için, son derece seri bir şekilde çalışarak tavsiye edilir. Her bir transfer için alınan ses pipetleme işlemi sırasında kontrol edilmelidir. Son olarak, kabarcıkları önlemek ve oluşması halinde, bunları çıkarmak için önemlidir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54858/54858figfourlarge.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <ol start="5"><li> 8 kanallı pipet transfer çip A1 tarafındaki (sol taraf) 96 oyuklu deney plakası 5 ul kullanılması. Şekil 4'te gösterildiği gibi, çip sol tarafını doldurun. hep ipuçları içine aynı hacimde çizmek için dikkatli olun. <ol><li> kabarcıklar oluşturmak etmeyin. kabarcıklar belirirse, 10 ul ipuçlarını kullanarak bunları kaldırın. çip her bir kuyunun değiştirme ipuçları. </li></ol></li><li> Sağ taraftaki o adımı yineleyin 7.596-iyi örnek plaka 5 ul kullanarak f çip. </li><li> çipin alttan mavi filmi çıkarın. IFC denetleyicisi içine çip yükleyin. IFC denetleyici ekranında, "Run Script" ve ardından "RUN." mikroakışkan hatlarının yükleme 45 dakika sürer. </li><li> çip çıkarın ve çip altındaki mavi filmi yeniden mühür. </li></ol> 8. Çalışma Chip <ol><li> mikroakışkan qPCR bilgisayarda, "Veri Toplama" yazılımı seçin. Başladıktan sonra, "Yeni Çalıştır" ı seçin. </li><li> Seç "Çıkar," çip altındaki mavi filmi çıkarın ve çip yükleyin. Soldaki ve deneyci doğru iyi A1 almak için çip yerleştirin. </li><li> On "Proje ayarı", "Hiçbiri" ve ardından "İleri." </li><li> "Yeni çip run", "Yeni yonga dizin" (deney için bir klasör oluşturun) ve "İleri seçin." </li><li> "Gen ifadesi" On "seçeneğiniPasif referans = ROX "(karboksi-x-rodamin) ve" Tek prob; "astar göre doğru filtreyi seçin seçin." Next ". </li><li> Seç "Gözat" ve kullanılan primerler göre doğru programı seçin. NOT: "Varsayılan-10dk-Hotstart.pcl" tek hücreli çoklu RT-qPCR için en sık kullanılan programdır. </li><li> "Başlat Çalıştır" ı seçin. Reaksiyon yaklaşık 90 dakika sürer. </li><li> Bir kez seçin bitmiş "Çıkar-Bitti." </li></ol> 9. Veri analizi <ol><li> "Aç" "Dosya" ve seçin "Real-Time PCR Analizi" yazılımını açın deneme klasörünü bulun ve seçin "ChipRun.bml dosyasını." </li><li> "Analiz View," "Sonuçlar Tablo" ve "Isı Harita Görünümü üzerine tıklayın;" "X" ile işaretlenmiş kutular eşik algılama seviyesinin altında ve / veya kötü amplifikasyon eğrileri vardı. </li><li> örnekleri adlandırın. "Örnek Setup" ve sel gitvb "Yeni SBS 96." "Mapping" üzerine tıklayın ve "..." Kopyala ve elektronik tablo yazılımı örnek düzeni tasarımı yapıştırın. olarak yapıştırılan düzenini tanımlamak "Örnek Adı." </li><li> tahlilleri adlandırın. Adımı tekrarlayın astar isimleri ile 9.3 "Dedektör Kur." olarak yapıştırılan düzenini tanımlamak "Dedektör Adı." </li><li> "Analiz görünümü" ve "Analiz;" Numune ve astar isimleri örnekleri ve primerler (Şekil 7) otomatik olarak ilişkilendirilir. </li><li> Ct, Delta Ct hesaplayın ve her numune için Değiştir katlayın. Bir iç kontrol (burada, GAPDH) gibi bir temizlik geni kullanın: ACt = Ct örnek - Ct iç kontrol (ΔCtsample-ΔCtnegative kontrolü) - Değişim = 2 Fold <ol><li> "Dedektör Setup" seçeneğini tıklayın ve hiçbir giriş kontrolü ile kuyu seçin (gen ifadesini normalleştirmek için bir iç kontrol olarak temizlik geni kullanın). Seç "Editor "," başvuru tanımlamak, "ve" Update ". </li><li> yukarıda tanımlanan iç kontrol uygulanacağı tüm kuyu seçin. "Testi olarak tanımlar." "Editör" i seçin ve Uygun bir referans geni seçin ve tıklayın "Update." </li><li> iyi negatif kontrol seçmek için "örnek Setup" seçeneğini seçin. "Editör" seçiniz ve tanımlamak "Reference." "Update" i tıklayın. </li><li> "Analiz", "Analiz Görünüm" seçin ve Delta Ct ve Katlama Değişim otomatik olarak hesaplanacaktır. </li></ol></li><li> veri verir. Tablo Sonuçlar "olarak kaydetmek, Export" "Dosya" ve "hedef klasörü seçin, ve vurmak" Kaydet "ve" Çıkış. " </li><li> Adımı tekrarlayın 9.7, ancak bunun yerine olarak kaydetmek "Masa Sonuçları" in "HeatMap Sonuçları." </li></ol>

<ol><li>Sun, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Bead-Based+Microfluidic+Approach+to+Integrated+Single-Cell+Gene+Expression+Analysis+by+Quantitative+RT-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Adv%22%5BJournal%5D)">A Bead-Based Microfluidic Approach to Integrated Single-Cell Gene Expression Analysis by Quantitative RT-PCR.</a> RSC Adv. 5, 4886-4893 (2015).</li>
<li>Kellogg, R. A., Berg, R. G., Leyrat, A. A., Tay, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+microfluidic+single-cell+analysis+pipeline+for+studies+of+signaling+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">High-throughput microfluidic single-cell analysis pipeline for studies of signaling dynamics.</a> Nat. Protoc. 9 (7), 1713-1726 (2014).</li>
<li>Moignard, V., Macaulay, I. C., Swiers, G., Buettner, F., Schütte, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterisation+of+transcriptional+networks+in+blood+stem+and+progenitor+cells+using+high-throughput+single+cell+gene+expression+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Characterisation of transcriptional networks in blood stem and progenitor cells using high-throughput single cell gene expression analysis.</a> Nat. Cell Biol. 15 (4), 363-372 (2013).</li>
<li>Chea, S., Schmutz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+Gene+Expression+Analyses+Reveal+Heterogeneous+Responsiveness+of+Fetal+Innate+Lymphoid+Progenitors+to+Notch+Signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Single-Cell Gene Expression Analyses Reveal Heterogeneous Responsiveness of Fetal Innate Lymphoid Progenitors to Notch Signaling.</a> Cell Rep. 14 (6), 1500-1516 (2016).</li>
<li>Ishizuka, I. E., Chea, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+defines+the+divergence+between+the+innate+lymphoid+cell+lineage+and+lymphoid+tissue+-+inducer+cell+lineage%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis defines the divergence between the innate lymphoid cell lineage and lymphoid tissue - inducer cell lineage.</a> Nat. Immunol. 17, 1-9 (2016).</li>
<li>Spits, H., Artis, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+lymphoid+cells+-+a+proposal+for+uniform+nomenclature%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.Rev.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Innate lymphoid cells - a proposal for uniform nomenclature.</a> Nat.Rev. Immunol. 13 (2), 145-149 (2013).</li>
<li>Walker, J. A., Barlow, J. L., McKenzie, A. N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+lymphoid+cells-+how+did+we+miss+them%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Innate lymphoid cells- how did we miss them.</a> Nat. Rev. Immunol. 13 (2), 75-87 (2013).</li>
<li>Vallentin, B., Barlogis, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26438443">Innate Lymphoid Cells in Cancer.</a> Cancer Immunol. Res. 3 (10), 1109-1114 (2015).</li>
<li>Monticelli, L. a, Artis, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3320042/">Innate lymphoid cells promote lung tissue homeostasis following acute influenza virus infection.</a> Nat. Immunol. 12 (11), 1045-1054 (2012).</li>
<li>Tang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+phenotypic+and+functional+properties+of+liver-resident+NK+cells+and+mucosal+ILC1s%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Autoimmun%22%5BJournal%5D)">Differential phenotypic and functional properties of liver-resident NK cells and mucosal ILC1s.</a> J. Autoimmun. 67, 29-35 (2015).</li>
<li>Durum, K., Gilfillan, S., Colonna, M., Consortium, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+Programs+Define+Molecular+Characteristics+of+Innate+Lymphoid+Cell+Classes+and+Subsets%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Transcriptional Programs Define Molecular Characteristics of Innate Lymphoid Cell Classes and Subsets.</a> Nat. Immunol. 16 (3), 306-317 (2015).</li>
<li>Wang, H., Ramakrishnan, A., Fletcher, S., Prochownik, E. V., Genetics, M. Clonal dynamics of native haematopoiesis. Nature. 2 (2), 322-327 (2015).</li>
<li>Samsa, L. A., Fleming, N., Magness, S., Qian, L., Liu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+Characterization+of+Single+Cells+from+Zebrafish+Embryos%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Isolation and Characterization of Single Cells from Zebrafish Embryos.</a> J. Vis. Exp. (109), e1-e10 (2016).</li>
<li>Klose, C., Flach, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differentiation+of+Type+1+ILCs+from+a+Common+Progenitor+to+All+Helper-like+Innate+Lymhpoid+Cell+Lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Differentiation of Type 1 ILCs from a Common Progenitor to All Helper-like Innate Lymhpoid Cell Lineages.</a> Cell. 157, 340-356 (2014).</li>
<li>Dicle, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatics+Approaches+to+Single-Cell+Analysis+in+Developmental+Biology%5BTitle%5D)+AND+%22MHR%22%5BJournal%5D)">Bioinformatics Approaches to Single-Cell Analysis in Developmental Biology.</a> MHR. 22, 182-192 (2016).</li>
<li>Setty, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wishbone+identifies+bifurcating+developmental+trajectories+from+single-cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Wishbone identifies bifurcating developmental trajectories from single-cell data.</a> Nat Biotechnol. 34, 637-645 (2016).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Bu protokol klonal düzeyde ayrıntılı gen ifadesi bilgilerini nasıl elde edileceği anlatılır. Burada, karaciğer LAK bölme heterojenite araştırdık. (Yaygın olarak dile LAK yüzey belirteçleri göre) farklı LAK popülasyonlarının tek hücreli sıralama sonra, numuneler belirli önceden seçilen genler için önceden çoğaltılmıştır. Daha sonra elde edilen cDNA&#39;sı ve primerler A çoklu RT-qPCR mikroakışkan çip üzerine yüklendi. Son olarak, 48 tek hücre 48 farklı gen ekspresyonunu elde etti. Gen ifadesi sonuçları gen imzası ve hücr...

Geçtiğimiz birkaç yıl içinde, doğuştan lenfoid hücreler (Laboratuvarlar Arası Karşılaştırmalar) giderek incelenmiştir. antijene spesifik reseptörlere karşı olmamasına rağmen, lenfoid soyuna aittir ve doku homeostazında ve iltihaplanma önemli sentineli temsil etmektedir. Laboratuvarlar Arası Karşılaştırmalar şu transkripsiyon faktörü kombinasyonları kendi ifadesi ve sitokinler 6, 7 üretme yetenekleri göre üç gruba ayrılır. Laboratuvarlar Arası Karşılaştırmalar belirli sitokin üretimi 8, 9 vasıtasıyla çeşitli organlarda çok sayıda homeostatik ve patofizyolojik durumlara katkıda bulunur. Bu hücrelerin rolünü anlamak mümkün, organın başına çeşitli LAK alt popülasyonlar belirlemek ve bunların gelişim ilişkilerini belirlemek önemlidir. Buna ek olarak, farklı alt arasındaki plastisite olayları ile ilgili edilmiştir. heterojenitesini inceleyerekBir organın içinde mevcut hücre, bunlann olgunlaşma aşamasına sınırlandırmak için ve özel fonksiyonları ayırt etmek mümkündür. Tek hücreli çoklu RT-qPCR tekniğini göstermek için, karaciğer Laboratuvarlar Arası Karşılaştırmalar aynı LAK grupta (tip 1 LAK) 10 içinde kendi heterojenite özel bir vurgu ile, seçildi. İlk olarak, akış sitometrisi kullanılarak, üç farklı LAK popülasyonları karaciğerde karakterize edilmiştir. iki nüfus az hepatik LAK popülasyonları (doğuştan efektörlerinin% 5&#39;ten az) ise Grup 1 ILC doğuştan efektör yaklaşık% 80&#39;ini oluşturmaktadır. Bu popülasyonlar LAK nüfusun yaygın olarak dile hücre yüzey belirteçleri kullanılarak dizildi. Sonuç olarak, karaciğerde LAK popülasyonları başka büyük oranda benzer bir bakmak sınıflandırılmaktadır. Tek hücreli çoklu RT-qPCR derhal bu popülasyonların 11 heterojenitesini araştırmak için en iyi tekniklerden biri olarak ortaya çıkmıştır </s&gt; Yukarı. İki ana özellikleri tek hücreli çoklu RT-qPCR tekniğin yararlanan belirlenir. İlk olarak, klonal düzeyde bakarak, görünüşe göre benzer gelişim aşamalarını göstermek hücreler arasında karşılaştırma için hücre spesifik gen ifadesi kurtarmak mümkündür. Daha sonra, gen ekspresyonunun önceden seçilmiş bir kombinasyon bakarak, biz bir zaman noktasında eş zamanlı olarak gen ekspresyonu göre yeni gen imza belirleyecektir. tekniği klonal düzeyinde gerçekleştirilir, çünkü bu yönleri, daha az nüfus, hücrelerin geniş bir sayısı için sentezleme verilerinin bir çok çeşitli toplama izin verir. Böylece, karaciğer ILC heterojenite yeterli değerlendirilebilir. Daha sonra, bir küresel ILC fenotipe sahip tüm hücreleri sıralayarak, karaciğer LAK popülasyonlarının çok gen ekspresyonu geniş bir genel son derece nadir popülasyonları temsil etse de, elde edilir. Bir Mikroakışkan tabanlı çip bile deney sağlarHücre maddesinin küçük bir miktar. Bunun bir sonucu olarak, nadir bir hücre popülasyonlarının gen ekspresyon profilleri elde edilebilir. Online gen imza analiz yazılımı, hücre popülasyonu kümeleri ve potansiyel hücre ilişkileri kullanılarak araştırılabilir. Sonuç olarak, fonksiyonel test in vivo düzeyde kümelenme verileri doğrulamak için gerçekleştirilebilir. Genlerin onlarca aynı çip 3, 11, 12, yüzlerce ya da daha fazla tek hücreler üzerinde eş zamanlı olarak değerlendirilebilir. Deneyin tasarımı Deney en uzun ve en önemli parçasıdır. test edilecek hipoteze ilgili genlerin belirlenmesi, ilgili sonuçlar elde etmek için her şeyden önemlidir. İkincisi, ve özel kontroller (örneğin sıralama için kullanılan bilinen yüzey belirteçleri gibi) iç kontrol ihtiyaç vardır. Bu primer amplifikasyon özgüllük, amplifikasyon verimliliğini ve t test etmek çok önemlidirastar rekabet o yokluğu. Bir hücrenin birden çok gen ekspresyonu, aynı zamanda değerlendirilir Bu nedenle, tek hücreli bir çoklu RT-qPCR ile çalışan bir zaman kazandıran bir tekniktir. tüm hücreler için reaktiflerin aynı çip ve karışımı kullanılarak manipülasyon olası hataları sınırlar ve örnekler arasındaki tekrarlanabilirlik sağlar. Tamamen tek hücreli çoklu RT-qPCR farklı yönlerini örnekler ve genlerin çok çeşitli duyarlılık büyük bir seviyeye sahip, klonal düzeyde son derece güvenilir sonuçlar üretimine olanak sağlamaktadır. Elde edilen sonuçlar biyoistatistiksel testler için güçlü ve sağlam veri sunuyoruz. Bunun nedeni, maddenin çok küçük miktarlarda çalışma sağlar ve ayrıntılı sonuçlara yol açar yöntemin mikroakışkan yönüne elde edilebilir. Son olarak, çevrimiçi yazılım kullanarak, istenilen popülasyonları karşılaştırmak mümkündür.

<table><tbody><tr><td>Hücreler Doğrudan Bir Adım qRT-PCR kiti</td><td>Uygulamalı Biyosistemler&nbsp;</td><td>11753100</td><td>Primer prob algılama kiti. 2x reaksiyon karışımı, SSIII Platinium enzimi içerir.</td></tr><tr><td>Düşük TE EDTA Tamponu</td><td>Affymetrix</td><td>75793 100ML</td><td></td></tr><tr><td>96 oyuklu plakalar</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>AB 1100</td><td>Hücre sıralama ve termosiklasyon için uyarlanmış 96 oyuklu plakalar</td></tr><tr><td>Kapak filmi</td><td>Dominique Dutscher</td><td>106570</td><td>alüminyum kapak filmi; kirlenmeyi ve buharlaşmayı önleyin</td></tr><tr><td>Actb</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00607939_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Aes</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01148854_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Ahr</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00478932_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Bcl2</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00477631_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>c-myc</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00487804_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Cbfb</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01251026_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Cd27</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01185212_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Cd49a</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01306375_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>CD49b</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00434371_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Cxcr5</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00432086_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Cxcr6</td><td>Thermofisher Bilimsel</td><td>Mm02620517_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Eomes</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01351985_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Ets1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01175819_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Foxo1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00490672_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Gapdh</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm03302249_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Gata3</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00484683_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Gm-csf</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01136644_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Hes1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01342805_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Hprt</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00446968_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Id2</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01293217_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-12rb2</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00711781_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-18r1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00515178_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-1rl1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00434237_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-22</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm001226722_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-23r</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00519943_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-2ra</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01340213_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Il-2rb</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01195267_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>IL-7r</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00434295_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Klr5</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm04207528_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Lef1</td><td>Thermofisher Bilimsel</td><td>Mm00550265_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Ncr1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01337324_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Nfil3</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01339838_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Çentik1</td><td>Thermofisher Bilimsel</td><td>Mm00435249_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Çentik2</td><td>Thermofisher Bilimsel</td><td>Mm00803069_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Rora</td><td>Thermofisher Bilimsel</td><td>Mm01173766_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Rorc</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01261022_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Runx3</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00490666_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tbx21</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01299453_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tcf3</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01175588_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tcf7</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00493445_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tle1</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00495643_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tle3</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00437097_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tsc22d3</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01306210_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tnfrsf11a</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00437132_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Tox</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00455231_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Zbtb16</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm01176868_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>Zbtb7b</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>Mm00784709_s1</td><td>20x astar</td></tr><tr><td>qPCR Master karışımı&nbsp;</td><td>Applied BioSystems</td><td>P/N 4304437</td><td></td></tr><tr><td>2x Test Yükleme Reaktifi</td><td>Fluidigm</td><td>P/N 85000736</td><td>Multipleks RT-qPCR mikroakışkan çipinde tahlilleri yüklemek için özgül yoğunluklu ortam.</td></tr><tr><td>2x Numune Yükleme Reaktifi</td><td>Fluidigm</td><td>P/N 85000735</td><td>Numuneleri multipleks RT-qPCR mikroakışkan çipe yüklemek için özgül yoğunluklu ortam.</td></tr><tr><td>48.48 mutliplex RT qPCR mikroakışkan çip</td><td>Fluidigm</td><td>BMK-M-48.48</td><td>48.48 Gen İfadesi için Dinamik Dizi IFC; tek hücreli multipleks RT-qPCR reaksiyonu için çip</td></tr><tr><td>48.48 mutliplex RT qPCR mikroakışkan çip kontrolörü</td><td>Fluidigm 89000020</td><td></td><td>48.48 IFC Kontrol Cihazı; çip dahili akışkan sistemini kontrol edin, numuneleri ve tahlilleri reaksiyon odalarına yükleyin</td></tr><tr><td>mutliplex RT qPCR mikroakışkan termodöngüleyici</td><td>Fluidigm</td><td>GE48.48</td><td>48.48 Dinamik Dizi IFC termodöngüleyici</td></tr><tr><td>96 kuyulu plakalar</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>AB 1100</td><td>Hücre ayırma ve termosiklasyon için uyarlanmış 96 oyuklu plakalar</td></tr><tr><td>C57Bl/6 fareler</td><td>Janvier</td><td>C57Bl/6 miceJ@RJ</td><td></td></tr><tr><td>10 ml şırınga</td><td>BD Biosciences</td><td>309639</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Life Technologies</td><td>14040174</td><td></td></tr><tr><td>HBSS</td><td>Life Technologies</td><td>24020133</td><td></td></tr><tr><td>RPMI</td><td>Life Technologies</td><td>61870044</td><td></td></tr><tr><td>FCS</td><td>CVFSVF000U</td><td>Eurobio Abcys</td><td>Standart fetal buzağı serumu</td></tr><tr><td>Potter tüpü</td><td>N/A</td><td></td><td></td></tr><tr><td>15 ml tüp</td><td>Corning</td><td>352097</td><td></td></tr><tr><td>1.5 ml tüp</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9661-1000EA</td><td></td></tr><tr><td>FACS makinesi</td><td>N/A</td><td></td><td></td></tr><tr><td>santrifüj&nbsp;</td><td>Thermofisher Scientific</td><td>75004538</td><td></td></tr><tr><td>1.000 & mikro; l ipuçları</td><td>Fisher Scientific</td><td>10313272</td><td></td></tr><tr><td>P1000&nbsp;</td><td>Gilson</td><td>F123602</td><td></td></tr><tr><td>Percoll</td><td>Dominique Dutscher</td><td>17-0891-01</td><td></td></tr><tr><td>Facs tüp</td><td>Falcon</td><td>352235</td><td></td></tr><tr><td>anti-CD8 Biotin fare antikoru</td><td>Sony</td><td>1103520</td><td>soy antikoru anti-CD19</td></tr><tr><td>Biotin fare antikoru</td><td>Sony</td><td>1177520</td><td>soy antikoru anti-TCRab</td></tr><tr><td>Biotin fare antikoru</td><td>BioLegend</td><td>109204</td><td>soy antikoru</td></tr><tr><td>anti-TCRgd Biotin fare antikoru</td><td>BD Biosciences</td><td>553176</td><td>soy antikoru</td></tr><tr><td>anti-Ter119 Biotin fare antikoru</td><td>BD Biosciences</td><td>553672</td><td>soy antikoru anti-Gr1</td></tr><tr><td>Biotin fare antikoru</td><td>BD Biosciences</td><td>553125</td><td>soy antikoru</td>anti-CD45.2</tr><tr><td>PerCPCy5.5 fare antikoru</td><td>BioLegend</td><td>109828</td><td></td></tr><tr><td>anti-IL7ra PeCy7 fare antikoru</td><td>ebioSciences</td><td>25-1271-82</td><td></td></tr><tr><td>anti-CD3 BV510 fare antikoru</td><td>BD Biosciences</td><td>563024</td><td></td></tr><tr><td>anti-CD4 BV786 fare antikoru</td><td>BD Biosciences</td><td>563727</td><td></td></tr><tr><td>anti-NKp46 PE fare antikoru</td><td>ebioSciences</td><td>12-3351-82</td><td></td></tr><tr><td>Streptavidin</td><td>Sony</td><td>2626025</td><td></td></tr><tr><td>Propidium İyodür</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P4864-10ML</td><td></td></tr><tr><td>Elektronik pipet</td><td>Eppendorf</td><td>4986000017</td><td></td></tr><tr><td>Combitips 0.1 ml</td><td>Eppendorf</td><td>30089405</td><td></td></tr><tr><td>Çok Kanallı pipet</td><td>Rainin</td><td>L8-10XLS+</td><td></td></tr><tr><td>Accudrop</td><td>BD Biosciences</td><td>FACS</td><td>için 345249 doğrulama boncukları</td></tr></tbody></table>

multiplex rt-qpcr kullanarak tek hücreli gen İfadesi nadir lenfoid populasyonlarının farklılıkları karakterize etmek

Single-cell Gene Expression Using Multiplex RT-qPCR to Characterize Heterogeneity of Rare Lymphoid Populations

Gen ifadesi heterojen lenfoid toplumlarda araştırmak için ilginç bir özelliktir. Bu hücrelerde gen ifadesi hücre aktivasyonu, stres veya uyarılması sırasında değişir. Tek hücreli çoklu gen sentezleme gen 1, 2, 3 onlarca aynı anda değerlendirilmesine olanak sağlar. Tek hücre düzeyinde, çoklu gen ekspresyonu popülasyon heterogenitesi 4, 5 belirler. Olgun hücreleri arasında farklı öncül aşamalarında olası karışımını ve aynı zamanda uyaranlara hücre yanıtlarının çeşitliliği hem de belirleyerek nüfus heterojenite ayrımı sağlar. Doğuştan lenfoid hücreleri (LAK) en son bağışıklık tepkisi 6, 7 doğuştan efektörlerinin bir popülasyon olarak tarif edilmiştir. LAK kendisinden Bu protokolde, hücre heterojenlikhepatik bölme homeostazındaki sırasında incelenmiştir. Şu anda, gen ekspresyonunu değerlendirmek için en yaygın olarak kullanılan bir teknik, RT-qPCR olup. Bu metot ölçümlerinin gen aynı anda yalnızca tek bir gen. birden çok hücre bir test için gerekli çünkü ek olarak, bu yöntem, gen ekspresyonunun heterojen tahmin edilemez. Bu popülasyonun ortalama gen ekspresyonunun ölçülmesi yol açar. gen çok sayıda değerlendirilirken, RT-qPCR bir zaman-, reagent- ve numune alıcı bir yöntemdir olur. Bu nedenle, ticaret-off küresel resim eksik riskini artıran değerlendirilebilir genler ya da hücre popülasyonlarının sayısını sınırlamak. Bu yazının tek hücreli çoklu RT-qPCR bu sınırlamaları aşmak için nasıl kullanılabileceği anlatılmaktadır. Bu teknik son Mikroakiskan teknolojik gelişmeler 1, 2 yararlanmıştır. Multipleks RT-qPCR fiş meydana gelen reaksiyonlar tarifeler yoknanoliter düzeyi eed. Bu nedenle, tek bir hücre, gen ekspresyonu, hem de aynı anda birden fazla gen ekspresyonu, Örnek, bir reagent- uygulandı, ve maliyet-etkin bir şekilde olabilir. 5 farklı gelişim aşamalarında veya farklı koşullar altında 4 bir popülasyon içindeki hücre alt arasındaki klonal düzeyde hücre gen imza heterojenitesini test etmek mümkündür. tek hücre düzeyinde koşulları, çok sayıda nadir nüfus üzerinde çalışmak artık bir kısıtlamadır.

Lenfoid popülasyonları gen ekspresyonunda büyük bir çeşitlilik gösterir. Bu protokol, karaciğer LAK bölmesi heterojenite tek hücreli çoklu RT-qPCR gen ekspresyonunu kullanılarak araştırılmıştır. Diğer gen sentezleme tekniklerinin aksine, tek hücreli bir çoklu RT-qPCR gen ekspresyonu, aynı zamanda, daha nadir, birkaç popülasyonda ilgili bir çalışma sağlar. klonal düzeyde yüksek hassasiyet ile birleştiğinde Bu özgüllük, bir popülasyon içindeki gen imzaları farklılıkların incelenmesi için v...

Bu protokol klonal düzeyde genlerin büyük bir dizi ifadesini değerlendirmek açıklamaktadır. Tek hücreli RT-qPCR örnekleri ve yüzlerce genin için güçlü bir hassasiyetle oldukça güvenilir sonuçlar verir.

Multiplex RT-qPCR kullanarak tek hücreli Gen İfadesi Nadir Lenfoid Populasyonlarının Farklılıkları karakterize etmek

Gene expression heterogeneity is an interesting feature to investigate in lymphoid populations. Gene expression in these cells varies during cell ...

Bu deneyin genel amacı, tek hücrelerde çoklu gen ekspresyonunu gözlemlemektir. Bu yöntem, bir hücre popülasyonu içindeki moleküler imzaların heterojenliği veya nadir bir moleküler imza gibi immünoloji alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, en az 48 farklı gene sahip spesifik moleküler imzaların aynı anda birçok hücrede değerlendirilebilmesidir.Bu prosedüre, 1.5 mililitrelik bir tüpte 48 reaksiyon için bir ön amplifikasyon karışımı hazırlayarak başlayın. Tüpe 240 mikrolitre spesifik retrotranskripsiyon tamponu, 62.4 mikrolitre düşük EDTA'lı TE tamponu ve 9.6 mikrolitre Taq DNA polimeraz ekleyin. Elektronik bir pipet kullanarak, 6.5 oyuklu, tek hücreli bir plakada 48 kuyucuğun her birine 96 mikrolitre ön amplifikasyon karışımı dağıtın.Daha sonra, 1,5 mililitrelik bir tüpte 0,2x'lik bir tahlil karışımı hazırlayın. Tüpe her astardan 1.4 mikrolitre ekleyin. Düşük EDTA TE tamponu ile son hacmi 140 mikrolitreye ayarlayın.Elektronik bir pipet kullanarak, 0,2x tahlil karışımının 2,5 mikrolitresini, ön amplifikasyon karışımını içeren 96 oyuklu, tek hücreli ayırma plakasındaki 48 oyuğa dağıtın. Plakayı bir kapak filmi ile kapatın. Plakayı girdaplayın ve bir dakika boyunca 280 kez g'de döndürün.Tek hepatik doğuştan gelen lenfoid hücreler veya ILC'ler, floresanla aktive edilen hücre sıralaması ile sıralanacaktır. Test olarak 96 oyuklu boş bir plaka kullanarak bu prosedüre başlayın. Test plakasını, bir kuyucuk solda ve deneyciye doğru olacak şekilde plaka tutucusuna yerleştirin.Doğrulama boncukları ile bir kuyunun ortasında bir damla elde etmek için plaka tutucuyu ayarlayın. Düzgün bir şekilde ayarlandığında, tahlil karışımını ve ön amplifikasyonu içeren 96 oyuklu, tek hücreli ayırma plakasını plaka tutucusuna yerleştirin. Plaka düzenini çizin ve kapılı popülasyonun her kuyusu için bir hücreyi sıralayın.Her hücrenin 96 kuyucuklu, tek hücreli sıralama plakası üzerinde uygun şekilde konumlandırılması esastır ve bir plaka düzeni bir elektronik tablo yazılımında tutulmalıdır. Girişsiz kontrol olarak hücresiz 0.2x tahlil karışımı ve ön amplifikasyon karışımı içeren bir kuyu bırakın. İsteğe bağlı olarak, primer verimliliği için kontroller olarak cDNA seyreltmesi için altı kuyudan oluşan iki sıra bırakın.Tek hücreli sıralamadan hemen sonra, 96 oyuklu, tek hücreli ayırma plakasını girdap haline getirin ve aşağı doğru döndürün. Plakayı termocycler'a yerleştirin. Belirtildiği gibi ters transkripsiyon ve ön amplifikasyon gerçekleştirin.Yeterli materyale sahip olmak için sıralanmış tek hücreler üzerinde spesifik hedef genlerin önceden amplifikasyonu gereklidir. Her bir oyuğa 36 mikrolitre düşük EDTA'lı TE tamponu ekleyerek önceden amplifiye edilmiş numuneleri seyreltin. Bu prosedüre başlamak için, 175 mikrolitre qPCR Master Mix ve 17,5 mikrolitre numune yükleme reaktifini 1,5 mililitrelik bir tüpe pipetleyerek 191 mikrolitre Master Mix hazırlayın.96 oyuklu yeni bir plakada, 48 oyuğun her birine 3,6 mikrolitre Master Mix dağıtın. Bu 96 oyuklu numune plakasıdır. 2,9 mikrolitre önceden amplifiye edilmiş cDNA'yı 96 oyuklu, tek hücreli ayırma plakasından yeni 96 oyuklu numune plakasına aktarın ve iki plaka arasındaki her numune için aynı konumu koruyun.Yeni bir 96 oyuklu plaka üzerinde 48 oyuğun her birine üç mikrolitre tahlil yükleme reaktifi dağıtarak 96 oyuklu bir tahlil plakası hazırlayın. Her kuyucuğa üç mikrolitre astar ekleyin. 96 oyuklu tahlil plakasındaki her bir astarın uygun şekilde konumlandırılması çok önemlidir.Bir elektronik tablo yazılımında bir plaka düzeni tutun. Bu prosedüre başlamak için, entegre mikroakışkan devresini veya IFC'yi tezgahın üzerine yerleştirin ve bir şırınga kullanarak valfleri kontrol edin. Şırınganın kapağını çıkarın, bir valfe dik olarak yerleştirin ve sıkıca bastırın.O-ring hareket etmelidir. Çipi kontrol hattı sıvısıyla doldurun. İkinci valf ile önceki adımları tekrarladıktan sonra, siyah filmi çipin altından çıkarın.Çipi IFC denetleyicisine yükleyin. IFC denetleyicisi ekranında Prime'ı seçin ve ardından çalıştırın. Ardından, çipi çıkarın ve çipin altındaki siyah filmi tekrar kapatın.Sekiz kanallı bir pipet kullanarak, 96 oyuklu tahlil plakasından beş mikrolitreyi çipin bir veya sol tarafına aktarın. Çipin her bir kuyucuğu için uçları değiştirin. Kabarcıklar oluşturmaktan kaçının ve kabarcıklar ortaya çıkarsa, bunları çıkarmak için 10 mikrolitrelik uçlar kullanın.Çipin sol tarafını belirtildiği gibi doldurun. Aynı şekilde, 96 oyuklu numune plakasından beş mikrolitre kullanarak çipin sağ tarafını doldurun. Bu deneyin başarısı için, IFC çipinin IFC kontrolörüne uygun şekilde yüklenmesi için uygun şekilde doldurulması önemlidir.Çipin altındaki mavi filmi çıkarın ve çipi IFC denetleyicisine yükleyin. IFC denetleyicisi ekranında, yük karışımını seçin ve ardından çalıştırın. Tamamlandığında, çipi çıkarın ve çipin altındaki mavi filmi yeniden kapatın.Çipi çalıştırmak için önce mikroakışkan qPCR bilgisayarında veri toplama yazılımını seçin. Başladıktan sonra yeni çalıştırma'yı seçin. Çipi çıkarın, çıkarın ve yükleyin.Yazılımı metin protokolünde açıklandığı gibi kurduktan sonra, çalıştırmayı başlat'ı seçin. Reaksiyon yaklaşık 90 dakika sürecektir. Veri analizine başlamak için gerçek zamanlı PCR analiz yazılımını açın, dosyayı seçin ve açın, deney klasörünü bulun ve chip run dot b m one dosyasını seçin.Analiz görünümüne, sonuç tablosuna ve ısı haritası görünümüne tıklayın. X ile işaretlenmiş kutular eşik algılama seviyesinin altındadır ve/veya kötü amplifikasyon eğrilerine sahiptir. Örnekleri adlandırın.Örnek kurulumuna gidin ve yeni SBS 96'yı seçin. Haritalamaya tıklayın ve 96 kuyulu numune plakası düzenine göre numune düzenini seçin. Elektronik tablo yazılımından örnek düzen tasarımını kopyalayıp yapıştırın.Yapıştırılan düzeni örnek adı olarak tanımlayın. Tahlilleri adlandırmak için aynı prosedürü kullanın. Dedektör kurulumuna astar adlarını girin ve yapıştırılan düzeni dedektör adı olarak tanımlayın.Analiz görünümüne tıklayın ve analiz edin. Dosyayı seçin, dışa aktarın ve ısı haritası sonuçları olarak kaydedin. Akış sitometrisi kullanılarak, hepatik ILC popülasyonları, yaygın olarak eksprese edilen ILC belirteçlerine göre sıralandı ve üç farklı popülasyon tanımlandı.Düzgün yüklenmiş tek hücreli, multipleks gen ekspresyon çipi, her reaksiyon odası dolu ve aynı boyutta olacak şekilde düz çizgiler ve sıralarla görünmelidir. Yanlış yüklenmiş bir çip, boş hatlara ve reaksiyon odası sıralarına ve ayrıca bükme hatlarına sahip olacaktır. Düzgün yüklenmiş bir çipin bu floresein amid figürü, birkaç döngüden sonra ortaya çıkan reaksiyon odası parlaklığındaki farklılıkları gösterir.Amplifikasyon sinyaline sahip reaksiyon odaları, amplifikasyon sinyali olmayan veya düşük amplifikasyon sinyaline sahip reaksiyon odalarından daha parlak görünür. Uygun hücre sıralaması, ön amplifikasyon ve yüklemeden sonra, ILC popülasyonu yetişkin, vahşi tip farelerin karaciğerinde gen ekspresyonu için heterojen göründü. Solda, değişiklik yapılmamış bir ısı haritası var.Sağ tarafta, numune ve tahlil adı tanımlamasından sonra elde edilen modifiye edilmiş ısı haritası yer almaktadır. Çevrimiçi yazılım kullanılarak, hücreye özgü gen ekspresyon imzaları ve hücre popülasyonu ilişkileri tanımlandı. Her çizgi bir geni temsil eder ve her satır aynı hücreyi temsil eder ve üç hücre popülasyonu mavi, kırmızı ve yeşil renkle temsil edilir.Bir ustalaşan bu teknik, uygun şekilde yapılırsa dokuz saat içinde yapılabilir. Bu prosedürü denerken, hücre ve astar dağılımları için plakanın yönünü dikkatlice takip etmek önemlidir. Geliştirilmesinden sonra, bu teknik, araştırmacının hücre popülasyonlarındaki nadir ve spesifik moleküler imzaları keşfetmesinin yolunu açtı.Bu videoyu izledikten sonra, uygun hücre sıralaması, ön amplifikasyon ve yüklemeden sonra aynı anda birçok tek hücrede çoklu gen ekspresyonunun nasıl değerlendirileceği konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

single-cell-gene-expression-using-multiplex-rt-qpcr-to-characterize

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Burada örnek sınırlı miktarda çalışma, özellikle microRNA (miRNA) ekspresyon düzeyleri için bir maliyet ve zaman etkili yüksek verimli bir tarama aracı olarak mikroakışkan platformu ile birlikte optimize edilmiş bir multiplex ters transkriptaz kantitatif PCR (QRT PCR) protokolü açıklamak.

Yüksek Verimli MicroRNA Profil: Optimize edilmiş, Multiplex QRT-PCR Fluidigm Dinamik ArrayTM IFCS Nanoliter Ölçeğinde

Tek hücre gen sentezleme tahlili kök hücre heterojeniteler anlamak için gereklidir.

Kantitatif RT-PCR ile Bireysel İnsan Embriyonik Kök Hücreleri profilleme

Sentetik Maya Genom projesi, Sc2.0'ın tasarımcı kromozomları, varlık/yokluk uç noktasına sahip PCRTagging adı verilen PCR tabanlı bir genotipleme testi kullanılarak doğal muadillerinden ayırt edilebilir. Burada, PCRTag genotiplemesi için yüksek verimli bir gerçek zamanlı PCR tespit yöntemini açıklıyoruz.

qPCRTag Analizi - A Yüksek Verimli, Sc2.0 Genotiplendirme için Real Time PCR Testi

Tek memeli hücrelerini sıralamak ve her hücrede ilgilenilen 96'ya kadar hedef genin ekspresyonunu ölçmek için bir yöntem açıklıyoruz. Bu yöntem, mutlak transkript sayılarının tahminini sağlamak için dahili qPCR standartlarının kullanılmasını içerir.

İç Standartları FACS ve qPCR kullanma Tek hücreli Gen İfadesi Profil

Bu iletişim kuralı kritik adımlar ve yama-kelepçe sonra tek hücre multiplex Ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirmek için gereken önlemleri açıklar. Bu teknik ifade profil genler tarafından yama-kelepçe kayıtları ile karakterize bir tek hücreden önceden belirlenmiş bir dizi analiz etmek için basit ve etkili bir yöntemdir.

Tek hücre Multiplex Ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesi sonra yama-kelepçe

Toplu gen ifade ölçümleri bulut tek hücre farkları türdeş olmayan hücre popülasyonlarının. Burada, bir protokol açıklamak nasıl tek hücreli gen ifade analizi ve dizin için Variety aktif hücre sıralama (FACS tarafından) sıralama heterojenite betimlemek için birleştirilebilir ve immunophenotypically karakterize tatlı ayrı hücre popülasyonlarının.

Bir moleküler karakterize etmek için Kombinatorik tek hücreli yaklaşım ve insan kök ve yaratıcı nüfus Immunophenotypic heterojen

Burada kantitatif PCR (qPCR) kullanılarak saptanan epigenetik imzalar ile bağışıklık hücresi kimliğini ve saflığını belirlemenin sağlam bir yöntemini tanımlıyoruz. Belirli bir lokustaki DNA demethylation belirli bir hücre tipi için benzersiz bir tanımlayıcı olarak hizmet verir ve CD8+ veya Th17 T hücrelerinin tanımlanmasına olanak tanır.

Epigenetik Tabanlı Kantitatif PCR Kullanarak Bağışıklık Hücre Kimliğinin ve Saflığın Belirlenmesi

Bu protokol, lazer yakalama mikrodisseksi kullanarak yüksek doğruluk ve anatomik özgüllük ile amigdala merkezi çekirdeğinden tek nöron, mikroglia ve astrosit toplamak için nasıl açıklar. Ayrıca, bu hücrelerin transkripsiyonu bir alt kümesini ölçmek için mikroakışkan RT-qPCR kullanımımızı açıklarız.

Tek Hücretranskripsiyonel Profillerini Analiz Etmek Için Lazer Yakalama Mikrodisseksive Mikroakışkan QPCR'nin Birleştirilmesi: Opioid Bağımlılığına Sistem Biyolojisi Yaklaşımı

Burada fare embriyonik dokularında gen ekspresyonunu profillemek için çok katlı tek hücreli mRNA dizileme yöntemi ni sunduk. Damlacık tabanlı tek hücreli mRNA dizileme (scRNA-Seq) yöntem çoklama stratejileri ile birlikte aynı anda birden fazla örnekten tek hücre profili olabilir, hangi önemli ölçüde reaktif maliyetlerini azaltır ve deneysel toplu etkileri en aza indirir.

Fare Embriyonik Hücrelerinin Çok katlı Tek Hücreli mRNA Sıralama Analizi

Epigenetik belirteçler beyaz kan hücresi (WBC) DNA metilasyon desenleri nicelik selektib yoluyla subtyping için kullanılır. Bu protokol, WBC diferansiyel sayımlarının hassas ve çok katlı metilasyona özgü hedef nicelemesine olanak sağlayan damlacık üretimi için termoplastik elastomer (TPE) tabanlı mikroakışkan bir cihaz kullanılarak çok katlı damlacık polimeraz zincir reaksiyonu (mdPCR) yöntemi ni sunar.

Hematolojik Tanı için Polimer Damlacık Jeneratör Cihazı ile Metilasyona Özgü Multipleks Damlacık PCR

Öğrenin tek hücreli RT-qPCR ile nadir lenfoid popülasyonlarında çoklu gen ifadesi analizini. Bu yöntem 48 farklı geni aynı anda değerlendirerek hücresel heterojeniteyi ortaya koyar.

Multiplex RT-qPCR kullanarak tek hücreli Gen İfadesi Nadir Lenfoid Populasyonlarının Farklılıkları karakterize etmek

Daha fazla video keşfet